Molekularne bioznanosti - rektorat.unios.hrrektorat.unios.hr/molekularna/upload/2016_MOBIhr.pdf · Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku Sveučilište u Dubrovniku Institut

Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku

Sveučilište u Dubrovniku

Institut Ruđer Bošković Zagreb

Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni

doktorski studij

Molekularne bioznanosti

Studijski program

Osijek, 2007.

Izmjene i dopune 2012.

Izmjene i dopune 2016.

2

1. UVOD

1.1. Razlozi za pokretanje studija

1.1.1. Procjena svrhovitosti - potrebe tržišta rada

1.1.2. Povezanost studija sa suvremenim znanstvenim spoznajama - utemeljenost na

kompetitivnim znanstvenim istraživanjima

1.1.3. Uspostavljanje suradnih istraživanja

1.1.4. Usporedivost studija s programima inozemnih visokih učilišta posebice

zemljama Europske unije

1.1.5. Potencijalni partneri izvan visokoškolskog sustava

1.2. Dosadašnja iskustva predlagača u provođenju poslijediplomskih

doktorskih studija i drugih poslijediplomskih studija

1.3. Otvorenost studija prema pokretljivosti studenata

1.4. Mogućnost uključivanja studija ili njegovog dijela u zajednički

(združeni) program s inozemnim sveučilištima (joint study programme)

1.5. Ostali elementi i potrebni podatci, prema mišljenju predlagača

2. OPĆI DIO

2.1. Naziv studija

2.2. Nositelj studija i suradne ustanove

2.3. Institucijska strategija razvoja doktorskih programa

2.4. Inovativnost doktorskog programa

2.5. Uvjeti upisa na studij

2.6. Kriteriji i postupci odabira polaznika

2.7. Kompetencije koje student stječe završetkom studija, mogućnosti nastavka

znanstveno-istraživačkog rada, mogućnost usavršavanja, te mogućnosti

zapošljavanja u privatnom i javnom sektoru

3

3. OPIS PROGRAMA

3.1. Struktura i organizacija doktorskog programa

3.2. Popis obveznih i izbornih predmeta i/ili modula s brojem sati aktivne

nastave potrebnih za njihovu izvedbu i brojem ECTS -bodova

3.3. Opis svakog predmeta

3.4. Ritam studiranja i obveze studenata

3.5. Sustav savjetovanja i vođenja kroz studij, način odabira studenta, obaveze

studijskih savjetnika i voditelja doktorskih radova te doktorskih kandidata

3.6. Popis predmeta i/ili modula koje studenti mogu izabrati s drugih

poslijediplomskih doktorskih i specijalističkih studijskih programa

3.7. Popis predmeta i/ili modula koji se mogu izvoditi na stranom jeziku (uz

navođenje jezika)

3.8. Kriteriji i uvjeti prijenosa ECTS-bodova - pripisivanje bodovne vrijednosti

predmetima koje studenti mogu izabrati s drugih studija na sveučilištu-

predlagaču ili drugim sveučilištima

3.9. Način završetka studija i uvjeti za prijavu teme doktorskog rada

3.10. Uvjeti pod kojima studenti koji su prekinuli studij ili su izgubili pravo

studiranja na jednom studijskom programu mogu nastaviti studij

3.11. Uvjeti pod kojima polaznik stječe pravo na potvrdu (certifikat) o

apsolviranom dijelu doktorskog studijskog programa, kao dijelu cjeloživotnog

obrazovanja

3.12. Uvjeti i način stjecanje doktorata znanosti upisom doktorskog studija i

izradom doktorskog rada bez pohađanja nastave i polaganja ispita

3.13. Maksimalna duljina razdoblja od početka do završetka studiranja

4

4. UVJETI IZVOĐENJA STUDIJA

4. 1. Mjesta izvođenja studija

4. 2. Podaci o prostoru i oprema predviđena za izvođenje studija

4.3. Popis znanstvenih i razvojnih projekata na kojima se temelji program

4.4. Institucijsko rukovođenje doktorskim programom

4.5. Ugovorni odnosi između studenata i nositelja doktorskog studija

4.6. Imena nastavnika i suradnika koji će sudjelovati u izvođenju svakog

predmeta pri pokretanju studija. Podaci o svakom angažiranom nastavniku, i to:

4.7. Popis nastavnih radilišta (nastavnih baza) za provođenje studija (nastave i

istraživačkog rada)

4.8. Optimalan broj studenata koji se mogu upisati s obzirom na prostor opremu

i broj nastavnika, posebno obzirom na broj potencijalnih voditelja doktorskih

tema

4.9. Procjena troškova izvedbe doktorskog programa i trošak studija po

studentu

4.10. Financiranje doktorskog programa

4. 11. Kvaliteta doktorskog programa

5. NAPOMENE

5

1. UVOD

Visoko obrazovanje i znanost nedvojbeno su okosnica razvoja suvremenog društva i

bitne sastavnice kvalitete ljudskog kapitala koje presudno uvjetuju gospodarski

razvoj. Kako je svrha bolonjskog procesa uspostavljanje jedinstvenog europskog

obrazovnog prostora koji će studentima osigurati pokretljivost i omogućiti razvoj

društva temeljenog na znanju, pokretanje poslijediplomskog studija organiziranog

sukladno pozitivnim europskim iskustvima, a prilagođenog potrebnom razvoju našeg

društva i implementaciji suvremenih spoznaja, predloženi Sveučilišni

poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij Molekularne bioznanosti jedan je

od preduvjeta daljnjeg razvoja suvremene znanosti na Sveučilištu Josipa Jurja

Strossmayera u Osijeku, a time i u Slavonsko-Baranjskoj regiji, ali i u državi

Hrvatskoj kao i u prostorima koji nas okružuju. Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera

u Osijeku provodi organizacijski preustroj, koji obuhvaća strukturu sličnu europskim

sveučilištima, uz reformu studijskih programa u skladu s Bolonjskim procesom i

procesom stvaranja jedinstvenog europskog sustava visoke naobrazbe.

Osnovni ciljevi Bolonjskog procesa zasnivanju se na:

harmonizaciji europskog prostora visokog obrazovanja,

razvitku sustava visokog obrazovanja u tri ciklusa - preddiplomski, diplomski i

poslijediplomski studij,

razvitku sustava prepoznatljivih diploma,

razvitku sustava prenošenja bodova (ECTS),

razvitku i promicanju mobilnosti studenata, nastavnika, znanstvenika i

administrativnog osoblja,

poticanju europske mreže međusveučilišne suradnje na svim razinama

obrazovanja,

poticanju izvrsnosti kao jamstvu kakvoće visokog obrazovanja .

Savladavanje metoda otkrivanja znanja jedan je od preduvjeta za ostvarivanje

modernog društva. Korištenje metoda molekularne biologije i medicine uz primjenu

bioinformatike potpomognuti dobrim projektnim menadžmentom u znanosti osigurati

će potreban napredak i akumulaciju znanja u molekularnoj biologiji, biologiji biljaka,

biologiji mora i biomedicini. Znanost o materijalima i nove tehnologije, proučavanje

sveprisutnog oksidacijskog stresa i biomedicina omogućiti će definiranje uvjeta koji

osiguravaju održivi razvitak, pravilno korištenje obnovljivih resursa, raznolikost

biljnog i životinjskog svijeta kao i napredak u prevenciji bolesti. Organiziranje

poslijediplomskoga sveučilišnog interdisciplinarnog doktorskog studija Molekularne

bioznanosti rezultirati će produkcijom znanstvenog kadra koji je osposobljen za

rješavanje zahtjevnih znanstvenih i stručnih zadataka, koji će imati potencijal za

unapređenje sveučilišne zajednice i biti konkurentan na globalnom tržištu znanosti što

se mora ogledati u plasiranju znanstvenih rezultata u prestižnim svjetskim časopisima

čime rezultati rada naše znanstvene zajednice postaju dostupni i poznati u svijetu.

Trajanje studija: Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni studij za stjecanje

akademskog stupnja doktora znanosti traje šest semestra (tri godine). Tijekom dva

semestra izvodi se nastava, a preostala četiri semestra predviđena su za izradu

doktorskog rada, te izvannastavne aktivnosti.

6

1.1. Razlozi za pokretanje studija

Studijski program Poslijediplomskog studija usmjeren je na tri interesna područja:

biotehničke, biomedicinske i prirodne znanosti. Povezanost tih interesa ogleda se u

biološkim spoznajama esencijalnim za održavanje i unapređenje života. Cilj je

poslijediplomskog studija obrazovati znanstvenike koji će moći sudjelovati u

interdisciplinarnim timovima što je imperativ za dobar razvoj znanosti i gospodarstva

temeljenog na znanju. Brzi napredak hrvatskog gospodarstva moguć je samo uz

mudra ulaganja u interdisciplinarne znanstvene i tehničke projekte koji će osigurati

stabilnu platformu za kontinuiran, u svjetskim razmjerima prepoznatljiv, razvoj

znanosti. Molekularne bioznanosti nesporno čine bitnu sastavnicu svjetske znanosti.

U okviru hrvatske akademske zajednice do sada nije postojao ovako koncipiran,

interdisciplinaran i interinstitucionalan studij, naglašenom tendencijom

internacionalizacije. Gledajući regionalno, potreba za osnivanje ovakvog studija još je

veća.

1.1.1. Procjena svrhovitosti - potrebe tržišta rada

Pristupnici koji završe ovaj studij steći će znanja potrebna za obavljanje složenih

znanstvenih i stručnih zadataka u biologiji, biomedicini i biotehnologiji, te će biti

osposobljeni za rad na:

- znanstveno-istraživačkim i razvojnim projektima (zaposlenje na fakultetima,

znanstvenim institutima, bolničkim istraživačkim laboratorijima i drugim javnim

ustanovama);

- kontroli kakvoće okoliša i inspekcijskim poslovima (zaposlenje u kontrolnim

laboratorijima, te uredima i poglavarstvima gradova i županija);

- razvoju i planiranju ekološke poljoprivrede, te proizvodnji i preradi hrane na

ekološki prihvatljiv način (zaposlenje u različitim proizvodnim poduzećima);

- kontroli i proizvodnji farmaceutskih produkata (zaposlenje u različitim tvrtkama);

- kontroli zdravlja i prevenciji bolesti ljudi (zaposlenje u različitim zdravstvenim

ustanovama)

Slični studiji su organizirani diljem Europe i svijeta, pogotovo u SAD, ali u našoj

zemlji takav studij ne postoji, premda postoji ili je u pripremi nekoliko sukladnih

studijskih programa s kojima ćemo rado surađivati. Predvidiva je mogućnost

pohađanja pojedinih predmeta za studente drugih studija u okviru studija

Molekularnih bioznanosti, kao i mogućnost da studenti ovog studija pohađaju nastavu

pojedinih kolegija u okviru drugih, komplementarnih studijskih programa kao što je

studij Biomedicine i zdravstva Medicinskog fakulteta u Osijeku i Medicinskog

fakulteta u Zagrebu, studij Biologija novotvorina ili odgovarajući poslijediplomski

studiji Prirodoslovno matematičkih i Prehrambeno biotehnoloških fakulteta.

Izvjesno je da će daljnji razvoj Republike Hrvatske kao društva temeljenog na znaju

biti usmjeren prema suvremenim oblicima korištenja prirodnih resursa za potrebe

proizvodnje zdrave i kvalitetne hrane, uz očuvanje okoliša, te razvoj turizma i

uslužnih djelatnosti. Kako ne bismo bili zemlja ovisna o znanju drugih, ovim studijem

želimo iskoristiti naše prednosti i izvorne znanstvene i tehnološke spoznaje u

područjima znanosti o moru i okolišu, biologiji bilja i biomedicini zahvaljujući kojima

smo poznati u zemlji svijetu. Funkcionalnim integriranjem područja istraživanja

uglednih znanstvenika iz zemlje i inozemstva u interdisciplinarni i interinstitucionalni

7

studij želimo stvoriti temelje za razvoj karijere u temeljnim i primijenjenim

istraživanjima mladih stručnjaka interdisciplinarne orijentacije kako za potrebe

znanosti tako i za potrebe različitih poduzeća. Stoga cilj nije samo povećati interes

mladih ljudi za izradom doktorata, već i stvaranje doktora znanosti čije će znanje

doprinositi trajnom razvoju društva u cjelini, pa će broj studenata polaznika studija

Molekularne bioznanosti biti ograničen na maksimalno 30 studenata, koji će osim

prestižnog životopisa, pri upisu trebati imati definirano područje istraživanja za

potrebe disertacije. Područja istraživanja će biti obznanjena na portalu studija prije

upisa, a temeljiti će se na istraživanjima nastavnika, potencijalnih mentora. Odabir

tema za pojedinog studenta će biti proveden tijekom radnog skupa koji će organizirati

Sveučilište u Dubrovniku pod radnim nazivom “burze mentora”.

1.1.2. Povezanost studija sa suvremenim znanstvenim spoznajama - utemeljenost na

kompetitivnim znanstvenim istraživanjima

Slijedom potrebe povezanosti izobrazbe za znanstvenoistraživački rad s radom na

znanstvenoistraživačkim projektima, te slijedom preporuka i smjernica EUA

(European University Association), Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa

(MZOŠ) i Smjernica za organizaciju doktorskih studijskih programa Rektorskog

zbora, prijedlog studijskog programa poslijediplomskog doktorskog studija

Molekularne bioznanosti, organizacijski i izvedbeno je temeljen na znanstvenim

istraživanjima koja se odvijaju na Sveučilištima u Osijeku i u Dubrovniku, te na

Institutu Ruđer Bošković.

Jezgru mentora studija potencijalnim studentima predloženog doktorskog studija čine

istraživači znanstveno-istraživačkih projekata koje financira MZOŠ. Glavni

istraživači na spomenutim znanstveno-istraživačkim projektima angažirani su u

predloženom studiju, kao voditelji ili suradnici u predmetima i praktikumima, te kao

savjetnici studija i potencijalni mentori doktorata.

Većina glavnih istraživača na znanstvenoistraživačkim projektima aktivno je

uključena i u različite oblike međunarodnih suradnji temeljem kojih su za potrebe

studija angažirani i ugledni strani znanstvenici, pretežito iz zemalja Europske Unije.

Projekti MZOŠa započeti 2002. godine koje su provodili znanstvenici suradnih

ustanova visoko su pozicionirani u Hrvatskoj znanstvenoj bibliografiji, a isto vrijedi i

za znanstvenike koji su sudjelovali u realizaciji ovih projekata i koji prijavljuju

kolegije u okviru studija Molekularnih bioznanosti.

Na kraju, treba istaći da su u istom periodu nastavnici i suradnici u predloženom

doktorskom studiju publicirali i značajan broj znanstvenoistraživačkih radova nevezan

uz tekuće znanstvene projekte koje financira MZOŠ RH.

1.1.3 Uspostavljanje suradnih istraživanja

Sveučilište u Osijeku, Sveučilište u Dubrovniku i Institut Ruđer Bošković surađuju sa

svim znanstveno-istraživačkim ustanovama u zemlji, kao i s više od stotinu srodnih

visokoškolskih i znanstvenih ustanova u inozemstvu. Između Sveučilišta u Osijeku i

Instituta Ruđer Bošković sklopljen je sporazum o znanstveno-nastavnoj suradnji

2000. godine (u privitku), a takav je sporazum Institut Ruđer Bošković sklopio i sa

Sveučilištem u Dubrovniku 2004. godine. Time je sudjelovanje najvažnijeg hrvatskog

8

javnog znanstvenog instituta, koji je dominantna istraživačka ustanova u području

molekularnih bioznanosti u našoj zemlji, u skladu sa zaključcima 28. sjednice

Nacionalnog vijeća za visoko obrazovanje.

Značajna je i suradnja Sveučilišta u Osijeku i u Dubrovniku, te Instituta Ruđer

Bošković s pojedinim ministarstvima i drugim državnim institucijama, te s

međunarodnim agencijama u davanju stručnih mišljenja i ekspertiza. Županija i grad

Osijek, te mnoge druge ustanove različitog tipa i na različitim razinama, česti su

partneri osječkog sveučilišta u provođenju brojnih aktivnosti (kongresi, tribine,

simpoziji, projekti, edukacijski programi).

Značajna je i suradnja s prehrambenom i farmaceutskom industrijom u tehnološkim i

primijenjenim, te ugovornim i razvojnim istraživanjima. Veliki je i potencijal za

stručnu i znanstvenoistraživačku suradnju s nacionalnom Agencijom za kontrolu

hrane u Osijeku, koja je u osnivanju (genetski modificirani organizmi, toksini, aditivi,

lijekovi i njihovi metaboliti u ljudskoj prehrani, utjecaj na ljudsko zdravlje).

Osim formalno potpisanih sporazuma o suradnji između suradnih ustanova koje

prijavljuju studij Molekularne bioznanosti, postoji i znanstveno-nastavna suradnja

među znanstvenicima naših institucija. Izvjesno je, međutim, da će znanstveno-

istraživačka suradnja biti znatno intenzivnija kad započne doktorski studij

Molekularne bioznanosti zbog potrebe izrade interdisciplinarnih doktorskih

disertacija, pri čemu su znatne i mogućnosti internacionalnih suradnji za pojedina

istraživanja, temeljem postojećih suradnji znanstvenika Sveučilišta u Osijeku i u

Dubrovniku, te Instituta Ruđer Bošković. U kreiranju suradnih istraživanja će svakako

dominirati Institut Ruđer Bošković čiji su znanstvenici autori više od četvrtine

međunarodno prepoznatih publikacija hrvatskih znanstvenika. Budući da misija

Instituta Ruđer Bošković podrazumijeva da je Institut posvećen istraživanju, visokom

obrazovanju i podršci akademskoj zajednici, tijelima državne i lokalne uprave, te

industriji koja se temelji na tehnologiji, studij Molekularne bioznanosti bitno

doprinosi ispunjenju misije Instituta u zajednici čime će znatno osnažiti i razvoj

cjelokupne znanosti i visokog školstva u zemlji, a time i njeno uključivanje u

europske integracije. Pri tome je važan i iskazani interes za znanstveno-tehnološki

razvoj na znanju temeljenog društva od strane institucija i poduzeća u područjima

istočne i jugoistočne Hrvatske, čija su središta Osijek i Dubrovnik, u definiranju

konkretnih istraživanja za potrebe ne samo izrade pojedinih doktorata, već i za vlastiti

razvoj.

1.1.4. Usporedivost studija s programima inozemnih visokih učilišta posebice

zemljama Europske unije

Poslijediplomski sveučilišni studij Molekularnih bioznanosti odgovara svojim

programom specifičnim znanstvenim interesima istraživača u Republici Hrvatskoj i

suvremenim pravcima razvoja naše zemlje. Stoga i jest osmišljen kao

interdisciplinaran i interinstitucionalan studij u kojem važan doprinos daju u

stručnjaci iz inozemstva. Slični studiji programski osmišljeni za potrebe drugih

sredina postoje diljem svijeta.

U našoj neposrednoj blizini, u Grazu, provodi se poslijediplomski doktorski studij

molekularne enzimologije http://dk.uni-graz.at/introduction.html. Pojedini kolege iz

Austrije koji su osmislili ovaj studij ujedno su i naši suradnici (npr. prof. S. Kohlwein

i prof. R. Zuchner), te smo načelno dogovorili daljnju intenzivnu suradnju i u okviru

http://dk.uni-graz.at/introduction.html

9

istraživanja koja će biti dostupna studentima Molekularnih bioznanosti. Posebnost

ovog studija je da studij financijski podupire Austrijska fondacija za znanstvena

istraživanja (Austrian Science Foundation FWF ), ali i Tehničko Sveučilište i Karl-

Franz Sveučilište, te grad Graz i Gospodarska komora pokrajine Štajerske, čime je

omogućeno stipendiranje studenata i upis studija od strane studenata izvan Austrije.

U Velikoj Britaniji postoji nekoliko sveučilišta koja organiziraju poslijediplomske

studije iz molekularnih bioznanosti. Studij koji organizira Sveučilište Westminster u

Londonu http://www.wmin.ac.uk/biosciences/page-0 je osmišljen kao prestižan studij

koji upisuje malen broj studenata (trenutno studira manje od 40 studenata), ali koji su

tijekom studija angažirani kao istraživači na projektima mentora bilo puno radno

vrijeme ili pola radnog vremena. Budući da će naš studij pretežito pohađati znanstveni

novaci izvjesno je da ćemo imati podudarnost u načinu organiziranja znanstvenih

istraživanja za potrebe izrade doktorata i s ovim studijem. Treba napomenuti da će

naši studenti biti i mladi stručnjaci koji nisu znanstveni novaci MZOSa, ali su

uposleni u ustanovama i poduzećima kojima treba visoko obrazovani kadar

interdisciplinarnog znanja iz područja bioznanosti. Na taj ćemo način uskladiti studij s

potrebama našeg društva i interesima pojedinaca za školovanjem i znanstvenim

usavršavanjem iz područja rada tvrtki u kojima su uposleni, ali i osobnim interesima,

blisko načinu na koji to rade u Londonu.

Sličan studij organizira i Institut za stanične i molekularne bioznanosti u Newcastleu

http://www.ncl.ac.uk/camb. Ovaj mladi institut je utemeljen 2004. godine

funkcionalnim udruživanjem znanstvenika različitih odjela sveučilišta s ciljem

promicanja izvrsnosti putem interdisciplinarnih istraživanja u području bioznanosti.

Školarina je u skladu s time relativno visoka, a studentima se nudi niz mogućnosti za

dobivanje stipendija, uključujući i rad na projektima pojedinih nastavnika. U te svrhe

studij podupire niz zaklada kako na nacionalnoj, tako i na internacionalnoj razini.

Slični studiji su organizirani diljem Europe i svijeta, pogotovo u SAD, ali u našoj

zemlji takav studij ne postoji, premda postoji ili je u pripremi nekoliko sukladnih

studijskih programa s kojima ćemo rado surađivati.

1.1.5. Potencijalni partneri izvan visokoškolskog sustava

Osim samog Instituta Ruđer Bošković koji je sunositelj studija Molekularne

bioznanosti, partneri u realizaciji studija Molekularne bioznanosti su i tijela uprave i

poduzeća istočne i jugoistočne Hrvatske, čija su središta Osijek i Dubrovnik. To

uključuje Poljoprivredni institut Osijek, Zavod za unapređivanje sigurnosti d.d.,

Obrtničku komoru Dubrovnik i Gospodarsku komoru Dubrovačko-neretvanske

županije, koji će podupirati studij Molekularne bioznanosti sukladno svojim

interesima i mogućnostima putem promidžbe, financijske i organizacijske potpore, ali

i u definiranju pojedinih istraživanja od zajedničkog interesa. Osim toga, uspješne

suradnje Instituta Ruđer Bošković i drugih javnih instituta i istraživačkih institucija u

zemlji i inozemstvu (npr. Brodarski institut, CERN i sl.), te pojedinih poduzeća

(Pliva, Podravka, Herbos, Končar i sl.) i do sada su promicale istraživanja u

područjima molekularnih bioznanosti, a izvjesno je da će biti od znatnog utjecaja i u

stvaranju mreže suradnika za potrebe studija.

http://www.fwf.ac.at/de/press/w09.html

http://www.wmin.ac.uk/biosciences/page-0

http://www.ncl.ac.uk/camb

10

1.2. Dosadašnja iskustva predlagača u provođenju poslijediplomskih studija

Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u prethodnom razdoblju ustrojavalo je niz

poslijediplomskih magistarskih studija, te podjeljivalo doktorate iz područja

biomedicinskih, biotehničkih, tehničkih, društvenih i humanističkih znanosti. Od

2002. godine zajedno s Institutom Ruđer Bošković Sveučilište organizira

poslijediplomski studij Zaštita prirode i okoliša. Ovdje predložen Sveučilišni

poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij Molekularne bioznanosti uz

Sveučilišni poslijediplomski doktorski studij Biomedicina i zdravstvo predstavlja

nastavak prethodno ustrojenog poslijediplomskog studija Biomedicina i zdravstvo.

Sveučilište u Dubrovniku osnovano je 1. prosinca 2003. odlukom Sabora Republike

Hrvatske. Prve studente na preddiplomske studije upisalo je u akademskoj

2004./2005. godini, pa je tako prvo u visokoobrazovni sustav Republike Hrvatske

primijenilo kriterije Bolonjskog procesa. Budući da sastavnice Sveučilišta nisu prije

njegova osnivanja izvodile poslijediplomske doktorske studije, to ni Sveučilište do

danas nije izvodilo takve studije. Zbog toga je Sveučilište sunositelj poslijediplomskih

doktorskih studija: Povijest stanovništva, Pomorstvo, Europske integracije, Poslovna

ekonomija u turizmu i Biologija novotvorina. U akademskoj 2005./20056 godini na

Sveučilištu ukupno studira 2700 studenata, a nastavnu, stručnu i znanstvenu djelatnost

obavlja 180 nastavnika.

Institut Ruđer Bošković je prva ustanova u kojoj su na područjima bivše države

započeli poslijediplomski studiji (1957.) godine, stoga ne začuđuje da je, usprkos

neprimjerenom položaju Instituta u sustavu visokog obrazovanja u zemlji, nastavna

aktivnost znanstvenika Instituta Ruđer Bošković izuzetno velika. Institut u kojem je

uposleno više od 500 istraživača, među kojima je 284 znanstvenika u višem zvanju iz

svih područja prirodnih i informatičkih znanosti, trenutno školuje 212 doktoranata,

znanstvenih novaka i 28 post-doktoranata u suradnji sa svim nacionalnim

visokoškolskim ustanovama i s nizom znanstvenih institucija u inozemstvu.

Znanstvenici Instituta provode 63 kolegija prediplomskih i diplomskih studija i 198

kolegija poslijediplomske nastave. Znanstvenici Instituta Ruđer Bošković su voditelji

šest smjerova poslijediplomskih studija, a od ove akademske godine Institut je

sunositelj prvog specijalističkog studija Projektni mendžment koji se uspješno

ostvaruje u suradnji s Visokom školom za poslovanje i upravljanje Baltazar Adam

Krčelić u Zaprešiću. Premda se u Institutu Ruđer Bošković svakog tjedna, u prosjeku,

dovrši jedan diplomski rad i jedan magistarski rad ili doktorska disertacija iz područja

izvrsnih istraživanja u prirodnim znanostima u kojima bitnu ulogu imaju molekularne

bioznanosti, mogućnosti izrade doktorata pod voditeljstvom znanstvenika su i znatno

veće, budući da gotovo 300 znanstvenika udovoljava uvjetima koje moraju

ispunjavati mentori. Velik broj ovih znanstvenika će sudjelovati u ostvarenju studija

Molekularne bioznanosti za koji su prijavili izvorne kolegije kakvi do sada ne postoje

niti na jednom sveučilištu u zemlji.

1.3. Otvorenost studija prema pokretljivosti studenata

Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni doktorski studij Molekularne

bioznanosti organiziran je tako da osigurava maksimalnu pokretljivost studenata.

Usklađenost pridjeljivanja ECTS osigurava jednostavan prijelaz studenata iz s bilo

kojeg sličnog i na bilo koji sličan poslijediplomski studij. Veliki broj ECTS-a koje se

11

dobiva temeljem izvannastavnih aktivnosti i izdre znanstvenog rada pridonose

mobilnosti. Međunarodna pokretljivost studenata i nastavnika treba se temeljiti na

bilateralnim, partnerskim sporazumima sveučilišta. Na taj način sukladno preporuci

Nacionalnog vijeća za visoko obrazovanje studentima omogućava da provedu jedan

semestar u znanstvenoistraživačkom radu na inozemnom sveučilištu ili znanstvenoj

ustanovi.

1.4. Mogućnost uključivanja studija ili njegovog dijela u zajednički

(združeni) program s inozemnim sveučilištima (joint study programme)

Združeni studijski programi (joint studies) omogućuju studentima stjecanje

akademskog iskustva u inozemstvu, a visoko-obrazovnim institucijama priliku za

uspostavljanjem i proširenjem međunarodne suradnje. Temeljni ciljevi programa su

sljedeći: razvoj združenih studija (joint studies) u prioritetnim strateškim područjima;

poticanje studenata i profesora na stjecanje akademskog, profesionalnog i kulturnog

iskustva u inozemstvu; ubrzavanje izgradnje nacionalnog sustava za priznavanje

diploma i kvalifikacija; potiču suradnju među sveučilištima, posebice hrvatskih

sveučilišta sa sveučilištima državama Europske unije, na razvijanju studijskih

programa, znanstvenih istraživanja i razvitku ljudskih resursa; podizanje kvalitetu

studijskih programa proširenjem kompetencija i resursa kroz suradnju hrvatskih

visoko-obrazovnih institucija s institucijama u inozemstvu; razvijanje novih studijskih

programa sukladno potrebama i zahtjevima razvoja tehnologije i tržišta rada; razvijaju

institucijske mehanizme za osiguranje kvalitete. S obzirom na interdisciplinarni

karakter poslijediplomskog doktorskog studija Molekularne bioznanosti koji

omogućava kroz veliki broj ponuđenih općih i strukovnih izbornih predmeta i

mogućnost održavanja nastave svih kolegija i na engleskom jeziku izvjesno je da će

pojedini kolegiji i uz njih vezana istraživanja biti privlačni i studentima drugih

poslijediplomskih i specijalističkih studija iz zemlje i iz inozemstva.

U području molekularnih bioznanosti Institut Ruđer Bošković će od ove godine biti

ko-ordinator jednog od najvećih COST projekata u kojem su integrirane znanstveno-

istraživačke aktivnosti znanstvenika iz 20 zemalja koji proučavaju molekularne

aspekte lipidne peroksidacije, integrirajući istraživanja iz biofizike, biokemije,

biologije, biomedicine i biotehnologije. To je jedini COST projekt koji ko-ordinira

Hrvatska i kojim će biti dodatno olakšano mladim znanstvenicima uključivanje u

suvremena europska istraživanja. Činjenica da je preliminarno ispitivanje 55

doktoranata koji rade u suradnim laboratorijima ovog COST projekta pokazalo da je

Institut Ruđer Bošković jedno od najprivlačnijih odredišta u kojima bi mladi

istraživački htjeli izraditi dio svoje disertacije (pozicioniran na 3. mjestu po

atraktivnosti od 28 suradnih institucija iz 20 zemalja) ukazuje na moguću

međunarodnu perspektivu studija Molekularne bioznanosti. Izvjesno je da će i druge

suradnje i Instituta Ruđer bošković i Sveučilišta u Osijeku, odnosno u Dubrovniku biti

bitni čimbenici međunarodne afirmacije studija uz mogućnost izrade zajedničkih

doktorskih disertacija, kao što je planirano i u okviru ranije navedenog COST

projekta. O tome su započeli razgovori s kolegama iz Salzburga, Graza i Pečuha, a

izvjesno je da će u tome temeljnu ulogu imati naši suradni znanstvenici iz inozemstva

koji su nastavnici u pojedinim kolegijima studija Molekularne bioznanosti.

12

2. OPĆI DIO

2.1. Naziv studija


bioznanosti, funkcionalno integrira: područje biotehničkih znanosti - polje

biotehnologija i polje poljoprivreda, područje biomedicine i zdravstva - polje temeljne

medicinske znanosti, područje prirodnih znanosti - polje biologija, polje fizika i polje

kemija, te područje tehničkih znanosti - polje računarstvo.

2.2. Nositelj studija i suradne ustanove

Nositelj: Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku

Trg Sv. Trojstva 3

31 000 Osijek

Suradne ustanove: Institut "Ruđer Bošković"

Bijenička 54, P. P. 180

10 000 Zagreb

Sveučilište u Dubrovniku

Ćira Carića 4

20 000 Dubrovnik

2.3. Institucijska strategija razvoja doktorskih programa

Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku s tradicijom od trideset godina još

uvijek pripada u grupu mladih sveučilišta koja se kontinuirano razvijaju. Znanstvenu i

nastavnu djelatnost obavlja 515 sveučilišnih nastavnika (349 doktora znanosti).

Godišnje se upisuje oko 3000 studenata, a od osnivanja sveučilišta diplomiralo je 26

665 studenata.

Svako sveučilište, pa tako i ovo stremi razvoju znanstvene i nastavne djelatnosti u

svim znanstvenim područjima. Sveučilište Josipa Jurja Strossmeyera do sada je

uspješno promoviralo doktorate iz biomedicinskih, biotehničkih, tehničkih, društvenih

i humanističkih znanosti. Prirodan je put razvoj područja prirodnih znanosti što se

ogleda i u osnivanju poslijediplomskog doktorskog studija Molekularne bioznanosti.

U posljednjem nizu godina Sveučilište je svoju intenciju razvoja biotehničkih,

prirodnih i biomedicinskih znanosti pokazalo kroz velike investicije u prostor

(adaptacija vojarne za smještaj Odjela biologije, Odjela matematike i Odjela fizike,

adaptacija prostora Prehrambeno-tehnološkog fakulteta, izgradnja Medicinskog

fakulteta i izgradnja Poljoprivrednog fakulteta). Do sada izgrađeni ili adaptirani

prostori opremljeni su suvremenim laboratorijskim namještajem, a opremanje

suvremenom laboratorijskom opremom kontinuirano napreduje. U sferi studijskih

programa smjer razvoja biotehničkih, prirodnih i biomedicinskih znanosti Sveučilišta

Josipa Jurja Strossmayera definiran je kroz ustrojavanje preddiplomskih i diplomskih,

odnosno integriranih studija. Biologija se studira na jednom preddiplomskom i dva

diplomska studija (znanstvenom i nastavnom). Studij medicine organiziran je kao

integrirani. U području biotehničkih znanosti organiziran je veći broj preddiplomskih

13

i diplomskih studija, te specijalističkih poslijediplomskih studija. Osnivanje

poslijediplomskih doktorskih studija iz ovih područja logična su strategija u

ostvarivanju cjelovitosti razvoja Sveučilišta.

Sveučilište u Dubrovniku jedno je od najmlađih hrvatskih sveučilišta, osnovano 2003.

godine. Na tom Sveučilištu ukupno studira oko 2700 studenata, a nastavnu, stručnu i

znanstvenu djelatnost obavlja 180 nastavnika. Poslijediplomski studiji kojima je

sunositelj Sveučilište u Dubrovniku su Povijest stanovništva, Pomorstvo, Europska

integracija, Poslovna ekonomija u turizmu i Biologija novotvorina. Razvoj

poslijediplomskih doktorskih programa Sveučilište temelji na dosadašnjim iskustvima

i postignućima u područjima tehničkih, društvenih, biotehničkih i prirodnih znanosti,

te na intenzivnoj suradnji s drugim članicama hrvatske akademske zajednice i suradnji

s inozemnim partnerima. Najveću ulogu ima suradnja s Institutom Ruđer Bošković iz

Zagreba, pogotovo u području poslijediplomskih doktorskih studija i znanstvenih

istraživanja. U tu svrhu priprema se i utemeljenje zajedničkog istraživačkog centra

koji bi ujedno bio i atraktivno mjesto za strane znanstvenike, jer je osnivanje toga

centra sukladno aktivnostima međunarodnih organizacija, pogotovo u području

molekularnih bioznanosti (EMBO). Važnu ulogu ima i suradnja s Općom bolnicom

Dubrovnik, te sveučilištima u Zadru i Splitu s kojima je Sveučilište u Dubrovniku,

zajedno s Institutom Ruđer Bošković i započelo pripreme nekih poslijediplomskih

doktorskih studija. Tako i pokretanje poslijediplomskog doktorskog studija

Molekularne bioznanosti čini jedan od temelja strategije razvoja doktorskih programa

Sveučilišta u Dubrovniku koje teži izvrsnosti, interdisciplinarnosti i međunarodnoj

razini znanstveno-nastavnih aktivnosti, a na taj će se način konkretizirati i

višegodišnja suradnja sa Sveučilištem u Osijeku.

Institut Ruđer Bošković nije u javnosti prepoznat kao jedna od stožernih ustanova

sustava visokog školstva, premda su znanstveno-istraživačke i nastavne aktivnosti

Instituta preduvjet za uspješan rad niza sastavnica hrvatskih sveučilišta, pogotovo

Prirodoslovno-matematičkog i Medicinskog fakulteta u Zagrebu. Pozicija Instituta u

sustavu nije primjerena, stoga znanstvenici Instituta Ruđer Bošković teže

kvalitetnijem osobnom i sustavnom angažmanu u edukaciji, s naglaskom na izvrsnost

istraživanja i suvremenost doktorskih studija. Pri tome je važna interdisciplinarnost

rada sukladno temeljnim značajkama Instituta. Zbog navedenih razloga i zbog

činjenice da dosadašnji pristup visokoškolskih ustanova Institutu nije omogućio

optimalno korištenje postojećih istraživačkih kapaciteta Instituta, a pogotovo ne

gotovo 300 potencijalnih mentora, osmišljavanje i realizacija novih oblika suradnje s

drugim ustanovama u edukaciji jedna je od bitnih aktivnosti Instituta. Usklađivanje

daljnjeg razvoja Instituta, kojem su uzori Instituti Max Planck i Weizmann, s

reformom sustava visokog obrazovanja u zemlji svakako će ovisiti o integraciji

hrvatske u europske sustave ERAu i EHEAu. Strateški je važno da studij Molekularne

bioznanosti bude dobar primjer funkcionalne integracije Instituta u sustav visokog

obrazovanja uz očuvanu samostalnost Instituta u definiranju istraživačkih interesa i

mogućnost izbora optimalnih načina za ostvarenje svojih strateških ciljeva i oblika

suradnje s drugim ustanovama u zemlji i u inozemstvu. Bit toga je formalna i stvarna

jednakopravnost suradnih ustanova uz uvažanje komplementarnih specifičnosti

Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Osijeku i Sveučilišta u Dubrovniku.

14

2.4. Inovativnost doktorskog programa

2.4.1. Interdisciplinarnost

Interdisciplinarnost je uz interinstitucionalnost temeljna značajka studija Molekularne

bioznanosti. Interdisciplinarnost studijskog programa očituje se u sadržajima

obveznih, općih i strukovnih izbornih predmeta iz područja biotehničkih,

biomedicinskih i prirodnih znanosti. Doktorski studij Molekularne bioznanosti,

funkcionalno integrira:

područje biotehničkih znanosti - polje biotehnologija, polje prehrambena

tehnologija i polje poljoprivreda,

područje biomedicine i zdravstva - polje temeljne medicinske znanosti, te

područje prirodnih znanosti - polje biologija, polje fizika i polje kemija.

Modularna struktura studija omogućava funkcionalan odabir kolegija za potrebe

studenata. Obzirom na mogućnost upisa kolegija i izvan odabranog modula, a također

i izvan studija Molekularne bioznanosti, izvjesno je da će osobne znanstveno-

istraživačke interese polaznika studija biti moguće primjereno uskladiti i s interesima

institucija u kojima rade, odnosno projekata temeljem kojim će izraditi doktorsku

disertaciju.

2.4.2. Kolaborativnost

Razvoj znanosti, primjena znanstvenih postignuća u praksi i poboljšanje kvalitete

života zahtijeva kolaborativni pristup između javnog, privatnog i civilnog sektora.

Studijski program uz interdisciplinarni pristup sadrži različita područja i polja

znanosti uz sudjelovanje 155 znanstveno-nastavnih i znanstvenih djelatnika iz 12

različitih znanstvenih institucija, pretežito djelatnika Sveučilišta u Osijeku, Instituta

Ruđer Bošković i Sveučilišta u Dubrovniku, ali i iz drugih hrvatskih sveučilišta

(Rijeka, Split, Zagreb), te iz inozemstva (pretežito iz zemalja EU). Kolegije za studij

Molekularnih znanosti su prijavili:

32 sveučilišna profesora

16 sveučilišnih docenata

29 znanstvenih savjetnika Instituta Ruđer Bošković

13 viših znanstvenih suradnika Instituta Ruđer Bošković, te

18 znanstvenih suradnika Instituta Ruđer Bošković

Ovih 108 iskusnih znanstvenika su do sada objavili više od 3.500 znanstvenih i

stručnih radova, od čega oko 2.300 u časopisima koje navodi Current Contents. Kao

suradnike u nastavi naveli su i 47 asistenata od čega 12 s doktoratom znanosti.

2.4.3. Partnerstvo s industrijom i poslovnim sektorom u pokretanju i izvođenju

doktorskog programa

Studij Molekularne bioznanosti se ne oslanja samo na kolaborativnost znanstvenika

ustanova koje organiziraju studij i suradnika samo u temeljnim istraživanjima i

provedbi nastave, već i na suradnju s industrijskim partnerima i poslovnim sektorom.

U tome bitnu ulogu ima u srpnju 2002. godine registriran Tehnologijsko-razvojni

centar u Osijeku gdje je uz Osječko-baranjsku županiju i Grad Osijeku, Sveučilište

15

Josipa Jurja Strossmayera jedan od osnivača. Tehnologijsko-razvojni centar smješten

je u novouređenim prostorima bivšoj vojarni "Gaj" (Gajev trg 6).

Djelatnost Tehnologijsko-razvojnog centra čine poslovi vezani uz: prijenos i primjenu

znanstvenih i stručnih spoznaja vezanih uz tehniku i tehnologiju proizvodnje;

poticanje primijenjenih znanstvenih istraživanja, te industrijske primjene i tržišne

eksploatacije rezultata istraživanja i novih tehnologija i prijenos znanja iz javnog

istraživačkog sektora u proizvodnju kao i uspostavljanje suradnje znanosti i

gospodarstva radi uključivanja znanstvenika i istraživača u gospodarski razvitak;

osiguravanje infrastrukture, savjetodavne, marketinške i druge potpore inovativnim i

tehnološkim projektima i njihovim nositeljima (inovatorima) s ciljem tehnološke

operacionalizacije projekata, njihove stručne valorizacije, pravne zaštite i primjene u

proizvodnji; stručnu pomoć tijelima lokalne samouprave u oblikovanju i ostvarivanju

koncepta tehnološkog razvoja i inovativnog poduzetništva; poticanje i potporu u

osnivanju mreže poduzetničkih inkubatora i malih poslovnih zona (tehnoloških

parkova).

Planirane aktivnosti Tehnologijsko-razvojnog centra su nastavak i daljnji razvitak

dosadašnjih aktivnosti na komercijalizaciji javno financiranih istraživanja i transferu

tehnologije prema gospodarstvu. Tehnologijski i inovacijski razvitak slijedi

policentričan razvoj Sveučilišta.

U svrhu povezivanja Sveučilišta i gospodarstva planira se na lokaciji bivšeg

Biotehničkog znanstveno-nastavnog centra (BTZNC, ulica Josipa Reihl Kira u

Osijeku) otvaranje proizvodnih inkubatora, a sastavnice projekta su: Centar za

izvrsnosti u poljoprivredi kao zajednički projekt Sveučilišta i Poljoprivrednog

fakulteta u Osijeku, interdisciplinarni centar za održivi razvitak poljoprivrednog i

zaštićenog prostora te već gore navedeni Tehnologijsko razvojni centar u Osijeku

d.o.o.

Znatan doprinos razvoju primijenjenih istraživanja iz područja biologije mora i

biotehnologije morskih organizama pružit će Razvojno istraživački centar za

marikulturu (Maribic) koji je utemeljilo Sveučilište u Dubrovniku. Ovaj

POSLOVNO-INOVACIJSKI CENTAR ZA MARIKULTURU je bitna sastavnica

nacionalnog strateškog programa tehnologijskog razvitka. Izvjesno je da će Maribic

imati znatnu ulogu u povećanju razvojno-istraživačkih potencijala hrvatskih

istraživačkih institucija i preusmjeravanju njihovih istraživačkih infrastruktura i

prema uslugama gospodarstvu. Interdisciplinarnost studija Molekularne bioznanosti

osigurati će razinu izvrsnosti istraživanja koja čine osnovu znanstvenog razvoja u

ovom području, dok će Maribic biti jamac njihove primjene u gospodarstvu.

Povrh toga treba naglasiti i suradnje u području temeljnih i primijenjenih istraživanja

koje Institut Ruđer Bošković ima s Brodarskim institutom (također bitna sastavnica

nacionalnog programa tehnologijskog razvoja), te s Podravkom i Plivom, a također i s

nizom manjih i srednjih poduzeća u zemlji inozemstvu koje su i do sada rezultirale

brojnim uspješnim istraživačkim projektima i izradama doktorskih disertacija, pa i

stvaranje prve spin-off tvrtke Instituta. Nedvojbeno je da će ti oblici suradnji bitno

doprinijeti uspješnosti studija Molekularne bioznanosti.

2.5. Uvjeti upisa na studij

Upis na Poslijediplomski interdisciplinarni sveučilišni doktorski studij Molekularne

bioznanosti obavlja se temeljem natječaja za upis kojega raspisuje Sveučilište.

16

1. Studij mogu upisati polaznici sa završenim diplomskim studijem kako

slijedi:

a) iz područja biotehničkih, biomedicinskih i prirodnih znanosti

(biologije, kemije, fizike, prehrambene tehnologije, kemijskog

inženjerstva, biotehnologije, humane i veterinarske medicine,

stomatologije, farmacije, poljoprivrede i šumarstva);

b) ostalih diplomskih studija uz polaganje razlikovnih predmeta koje

utvrđuje Vijeće poslijediplomskog interdisciplinarnog studija.

2. Studij mogu upisati pristupnici koji su magistrirali na bilo kojem

poslijediplomskom studiju. Broj priznatih ECTS bodova za upis u

određeni semestar odobrava Vijeće poslijediplomskog studija ovisno o

priloženim kvalifikacijama (broj objavljenih radova, sudjelovanje na

skupovima i sl.).

2.6. Kriteriji i postupci odabira polaznika

Poslijediplomski studij mogu upisati pristupnici koji su završili odgovarajući

sveučilišni dodiplomski studij iz područja biotehničkih, biomedicinskih i prirodnih

znanosti iz odgovarajućeg znanstvenog polja kako je navedeno pod točkom 2.5. s

prosječnom ocjenom većom od 3,5. Poslijediplomski studij može upisati pristupnik

koji je završio i drugi sveučilišni dodiplomski studij. Međutim, Vijeće će razmotriti

moguće specifične slučajeve, pogotovo u slučaju kandidata iz inozemstva, te odrediti

razliku ispita koje student treba položiti. Sukladno tome Vijeće će utvrditi koji su

studiji izvan navedenih područja prihvatljivi zbog svoje interdisciplinarnosti, te

odrediti srodna znanstvena područja, polja i grane prikladne za nastavak

poslijediplomskog studija

Iznimno se može odobriti upis pristupnicima koji su završili sveučilišni dodiplomski

studij s prosječnom ocjenom manjom od 3,5 (pogotovo u slučaju kandidata iz

inozemstva), ali uz preporuku dvaju sveučilišnih profesora visokog učilišta na kojem

su diplomirali. U tom slučaju prednost će imati kandidati koji su tijekom studija

postigli zapažene rezultate u znanstveno-istraživačkom radu (npr. objavili znanstveni i

stručni rad i sudjelovanje na znanstvenim skupovima s izvornim rezultatima

istraživanja).

Za sve pristupnike nužno je i poznavanje najmanje jednog svjetskog jezika, o čemu

pristupnici prilažu pismenu potvrdu. Valjanom pismenom potvrdom podrazumijeva se

ovjereni izvod iz ocjena dodiplomskog studija ili potvrda ovlaštene škole stranih

jezika.

Odabir se vrši na temelju uspjeha na dodiplomskom sveučilišnom studiju prema

kriterijima koji su objavljeni u natječaju za upis studenata.

Prijava za natječaj mora sadržavati:

o osobne podatke pristupnika s naznakom adrese stanovanja,

o ovjereni preslik domovnice ili dokaz o državljanstvu

o ovjereni preslik diplome o završenom dodiplomskom studiju,

o prijepis ocjena

o preporuke sveučilišnih profesora (ako je prosjek niži od 3,5)

o životopis

o dokaz o poznavanju jednog svjetskog jezika.

Prijave se podnose osobno ili se šalju poštom na adresu Tajništva poslijediplomskog

studija Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku.

17

Temeljem dobivenih prijava studenata, te paralelno prikupljenim prijavama mogućih

tema za izradu doktorata u okviru projekata koje vode znanstvenici nastavnici studija,

održati će se radni skup (workshop) na kojem će biti usklađeni interesi i mogućnosti

studenata i nastavnika za suradnju pri izradi disertacija. Studenti koji će imati već

ostvarena prethodna istraživanja ili će težiti izradi doktorata u skladu s interesima

institucije (tvrtke) koja stipendira njihovo školovanje, imati će priliku provesti

istraživanja pod nadzorom znanstvenika nastavnika škole, a prema potrebi i

suvoditelja iz zemlje i inozemstva. O prihvatljivosti takvih istraživanja porethodno će

mišljenje dati Vijeće studija. U takvim slučajevima individualno će se dodatno

definirati ugovorni odnosi nastavnika, studija i studenata, pogotovo glede

intelektualnog vlasništva nad rezultatima istraživanja, ali i glede potpore izradi

doktorata.

Dobivanje stipendije, nacionalne ili međunarodne, će, kao i status znanstvenog

novaka, odnosno socijalni status kandidata biti prednost pri upisu, ali samo u slučaju

da su ostali preduvjeti zadovoljeni, što prije svega podrazumjeva da kandidati nisu

svojim dotadašnjim radom ugrozili temeljna načela na kojima se temelji naše društvo.

2.7. Kompetencije koje student stječe završetkom studija, mogućnosti nastavka

znanstveno-istraživačkog rada, mogućnost usavršavanja, te mogućnosti

zapošljavanja u privatnom i javnom sektoru

Završetkom poslijediplomskog sveučilišnog interdisciplinarnog studija stječe se

akademski stupanj doktora znanosti iz područja Prirodnih, Biotehničkih ili

Biomedicinskih znanosti u polju koje je sukladno matičnoj struci i disciplini u kojoj je

izrađen doktorat.

Poslijedoktorsko usavršavanje moguće je kroz rad na znanstveno-istraživačkim,

razvojnim i međunarodnim projektima na različitim visokoškolskim i znanstvenim

institucijama u zemlji i inozemstvu. Zapošljavanje doktora znanosti je moguće na:

fakultetima, institutima i drugim javnim ustanovama, kontrolnim laboratorijima,

tijelima državne uprave, poglavarstvima gradova i županija, u različitim proizvodnim

poduzećima i razvojno tehnološkim centrima. Treba naglasiti da se

interdisciplinarnost studija Molekularne bioznanosti očituje i u nizu metodološki

sukladnih kolegija koji se skladno nadopunjuju s izbornim kolegijima, specifičnim za

pojedino područje. Zahvaljujući tome znanje koje će steći doktori znanosti po

završetku ovog studija neće samo jamčiti izvrsnost u području primarnog interesa, što

će biti razvidno iz same disertacije i izvornih publikacija, već će razumjeti i druga,

sukladna područja znanosti, te će moći koristiti stečena znanja i vještine za potrebe

vlastite karijere, ali i općenito za promicanje interdisciplinarnosti znanosti i njenog

doprinosa razvoju na znanju temeljenog društva. Stoga s pravom očekujemo da će,

kao i u slučajevima dobrih primjera u svijetu, pojedini naši studenti po završetku

studija osnivati vlastite tvrtke i istraživačke laboratorije, u suradnji s ustanovama u

kojima su do tada radili i s ustanovama nositeljima studija Molekularne bioznanosti.

Naposljetku treba reći i da je izvjesno kako će stečena znanja iz komplementarnih

područja znanosti promicati i suradnju među studentima, te među studentima i

nastavnicima, koja će po završetku studija doprinijeti razvoju izvornih znanstveno-

istraživačkih projekata, kao što je to slučaj u razvijenim zemljama, dobro nam poznat

na primjerima naših kolega inozemnih suradnika u studiju Molekularne bioznanosti.

18

3. OPIS PROGRAMA

3.1. Struktura i organizacija doktorskog programa

Studijski program Poslijediplomskog interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog

studija Molekularne bioznanosti sadrži

o obvezne predmete

o metodološke izborne predmete

o izborne predmete u različitim modulima:

znanost o materijalima i nove tehnologije

bioinformatika

biologija

biologija mora

biologija biljaka

biomedicina

Izborne predmete student odabire u suradnji s mentorom, komentorom i voditeljem

studija uvažavajući uže područje interesa studenta, prilikom upisa studija.

Studijski program se vrednuje bodovnim sustavom (ECTS = European Credit

Transfer System), gdje svaki pojedinačni kredit (bod) predstavlja koeficijent

opterećenja studenta, kojim se u određenom smislu iskazuje vrijeme koje polaznik

treba utrošiti za uspješno svladavanje gradiva. To znači i da se ne uračunava samo

vrijeme provedeno na predavanjima, seminarima i vježbama, nego, i potrebno vrijeme

utrošeno za studiranje gradiva, tj. na samostalno učenje, na ispitivanje i na druge

provjere znanja.

ECTS bodovi za svaki pojedini kolegij su unaprijed određeni i proizlaze iz satnice

pojedinog kolegija, njegovog značenja i složenosti, te potrebnih obveza koje je

potrebno ispuniti kako bi se pojedini kolegij položio.

Budući da nastava čini oko 30% bodova (težine) studija, obvezni i izborni

metodološke predmeti su raspoređeni u prvi semestar na način da 20 sati nastave čini

4 ECTS-a, budući da su ti predmeti više informativne naravi (podrazumijeva se manje

opterećenje učenjem izvan nastave). Stoga četiri obveznih predmeta nosi ukupno 16

ECTS, a do minimalno potrebnih 30 se bodova dopunjava izbornim metodološkim

predmetima. Izborni predmeti iz modula raspoređeni su u drugom i prema potrebi

trećem semestru. Iz nastave ovih predmeta također je potrebno skupiti 30 ECTS

bodova.

Studentu se dodjeljuje mentora pri upisu studija na tematskom radnom skupu mentora

i studenata.

U prvom semestru slušaju se obvezni predmeti i metodološki izborni predmeti, a u

drugom, te u slučaju potrebe i u trećem semestru, izborni predmeti u modulima.

Tijekom trećeg semestra student započinje znanstvena istraživanja koja će rezultirati

doktoratom, a na temelju kojih će izraditi znanstveni rad. Ukoliko je moguće

istraživanja će započeti i ranije, nakon što prijavljenu temu disertacije prihvati Vijeće

(u slučaju studenata s magisterijem ili prethodnim istraživanjima, te objavljenim

znanstvenim radovima). Dio nastave pojedinih modula, pogotovo u slučaju potrebe za

intenzivnom terenskom nastavom ili korištenjem kapitalne opreme, te u slučaju

predmeta za čiju je realizaciju bitno sudjelovanje kolega iz inozemstva može biti

organiziran i tijekom trećeg semestra.

Tijekom četvrtog i petog semestra očekuje se aktivno sudjelovanje studenta u

različitim izvannastavnim aktivnostima: predavanja, stručne ekskurzije, okrugli

19

stolovi, sudjelovanje na domaćim i međunarodnim skupovima, studijski boravak

izvan matične ustanove i sl. uz mogućnost prijave teme disertacije.

Prijava teme doktorata obavlja se najkasnije tijekom petog semestra.

U šestom semestru aktivnosti studenta su koncentrirane na izradu i obranu doktorske

disertacije.

Nastava se osim redovitih predavanja na poslijediplomskom studiju iz pojedinih

predmeta može izvoditi u obliku konzultacija, seminarskog, pojedinačnog ili grupnog

istraživačkog rada, te ostalih oblika rada.

Sva pitanja vezana uz organizaciju i izvedbu studija bit će propisana jedinstvenim

pravilnikom o studiranju Sveučilišta Josipa Juraj Strossmayera u Osijeku.

3.2. Popis obveznih i izbornih predmeta i/ili modula s brojem sati aktivne

nastave potrebnih za njihovu izvedbu i brojem ECTS -bodova

I. godina

I. semestar

OBVEZNI KOLEGIJI:

R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra

P S V UKUPNO

1. Počela biostatistike Doc.dr.sc. Domagoj Šimić,

znanstveni savjetnik

Doc.dr.sc. Andrijana Rebekić

5 5 15 25 4 1001

2. Molekularna biologija

stanice

Prof.dr.sc. Hrvoje Lepeduš

Izv.prof.dr.sc. Koraljka Gall

Trošelj, viša znanstvena

suradnica

15 5 5 25 4 1005

3. Metodika izrade

znanstvenog rada

Prof.dr.sc. V. Cesar 15 10 25 4 1003

4. Projektni menadžment u

znanosti

Izv.prof.dr.sc. N. Žarković,

znanstveni savjetnik-trajno zv. 5 5 15 25 4 1004

IZBORNI KOLEGIJI (metodološki):


P S V UKUPNO

1. Osnovne metode u

molekularnoj biologiji i

medicini

Dr. sc. A. Ambriović Ristov,

znanstvena savjetnica

Dr. sc. N. Slade, viša

znanstvena suradnica

15 5 20 40 8 1115

2. Moderne eksperimentalne

metode fizike u prirodnim

Dr. sc. M. Ivanda, znanstveni

savjetnik 5 5 25 35 6 1102

20

znanostima

3. Osnove metoda magnetske

rezonancije

Izv.prof.dr.sc. M. Ilakovac

Kveder, znanstvena savjetnica 5 5 15 25 4 1103

4. Nuklearne metode za

analizu bioloških

materijala

Dr. sc. I. Bogdanović Radović,

viša znanstvena suradnica 5 5 25 35 6 1104

5. Primjena kultura stanica i

tkiva u biomedicinskim

istraživanjima

Izv.prof.dr.sc. N. Žarković,

znanstveni savjetnik-trajno zv.

Dr. sc. S. Borović Šunjić, viša


5 5 15 25 4 1105

6. Osnove imunokemijskih

metoda

Dr. sc. Paško Konjevoda, viši

znanstveni suradnik 5 5 15 25 4 1106

7. Osnovne metode i ciljevi

oplemenjivanja bilja

Prof.dr.sc. Sonja Marić

Doc.dr.sc. A. Lalić, znanstveni

savjetnik

15

5 5 25 4 1108

8. Biljna mikrotehnika i

metode mikroskopije

Prof.dr.sc. V. Cesar

15 5 5 25 4 1109

9. Bioinformatika za

početnike

Izv.prof.dr.sc. D. Matijević 20 5 25 4 1110

10. Molekulska spektroskopija

bioloških sistema

Dr.sc. V. Mohaček Grošev,

znanstvena suradnica 5 5 25 35 6 1111

11. Analiza lokusa

kvantitativnih svojstava

Doc.dr.sc. D. Šimić,

znanstveni savjetnik

Doc.dr.sc. Sonja Petrović

15

5 5 25 4 1112

12. Laboratorijske životinje i

biomedicinska istraživanja

Dr. sc. R. Stojković, viši


13. Modeli i metode za

istraživanje oksidacijskog

stresa u kancerogenezi

Dr.sc. A. Čipak Gašparović,

viša znanstvena suradnica

5 5 15 25 4 1114

14. Metode molekularne

dijagnostike u detekciji

multirezistentnih bakterija

Doc.dr.sc. Domagoj

Drenjančević 15 5 5 25 4 1116

Minimalno je potrebno skupiti 14 ECTS bodova iz gore navedenih izbornih

metodoloških kolegija.

II. semestar

IZBORNI PREDMETI U MODULIMA

Iz modularne nastave studenti moraju skupiti minimalno 30 ECTS bodova, od čega

barem 20 moraju steći iz kolegija odabranog modula. Preostali broj ECTS bodova

mogu steći pohađanjem nastave kolegija iz drugih modula, odnosno drugih srodnih

studija. Studenti mogu upisati i veći broj različitih kolegija, te tako steći i više ECTS

bodova, ali uz obvezu zadržavanja odnosa po kojem će na nastavu utrošiti oko 30%

radnog vremena potrebnog za izradu doktorata, a preostalo vrijeme će iskoristiti za

praktični rad i izvannastavnu aktivnost usklađenu s tematikom doktorske disertacije.

MODUL: Znanost o materijalima i nove tehnologije

21


P S V UKUPNO

1. Biomaterijali Doc.dr.sc. Domagoj

Drenjančević

Dr.sc. A. Moguš-Milanković,

viša znanstvena suradnica

15 5 20 4 2102

2. Peptidi u biološkim

procesima - potencijalni

terapeutici

Dr. sc. I. Jerić, znanstveni

suradnik 5 5 10 20 4 2105

3. Genetičko inženjerstvo u

biotehnologiji

Izv.prof. dr. sc. H. Fulgosi,

znanstveni savjetnik 10 5 15 25 6 2108

4. Aditivi u hrani Prof. dr. sc. D. Šubarić 20 5 25 6 2109

5. Biomolekule u hrani Doc.dr.sc. D. Gašo Sokač 20 5 25 6 2111

6. Konzervacijska obrada tla Prof.dr.sc. Danijel Jug

Izv.prof.dr.sc. Irena Jug 15 5 20 4 2112

7. Biofortifikacija Prof.dr.sc. Zdenko Lončarić 20 5 25 6 2113

8. Metode kondicioniranja tla Doc.dr.sc. Krunoslav Karalić

Doc.dr.sc. Boris Đurđević 15 5 20 4 2114

9. Biljni biostimulatori Doc.dr.sc. Tomislav Vinković 15 5 20 4 2115

10. Primjena gljiva bijelog

truljenja u biotehnologiji

Doc.dr.sc. Marina Tišma 20 5 25 6 2116

11. Nedestruktivne metode

analize svojstava

gospodarskih vrsta

Prof.dr.sc. Damir Magdić 20 5 25 6 2117

12. Interakcije sastojaka hrane Izv.prof.dr.sc. Mirela Kopjar

Doc.dr.sc. Anita Pichler 20 5 25 6 2118

13. Napredni pristup uzgoju

kultura u mediteranskom

klimatu

Doc.dr.sc. Slavko Perica,

znanstveni savjetnik-trajno zv. 5 5 10 20 4 2119

MODUL: Bioinformatika


P S V UKUPNO

1. Informatičke metode

otkrivanja znanja

Doc.dr.sc. Boris Badurina

Dr.sc. Anita Papić, znanstvena

suradnica

20 5 5 30 6 2206

2. Vizualizacija u

bioinformatici

Prof.dr.sc. K. Skala 5 5 20 30 6 2202

3. Informatički alati u

molekularnim

bioznanostima

Dr. sc. Paško Konjevoda, viši


4. Modeliranje biološki

važnih molekula i njihovih

kompleksa

Dr. sc. S. Tomić, viši


5. Strukturna bioinformatika

proteina i bioaktivnih

molekula

Dr. sc. B. Lučić,


6. Računalne i napredne Izv.prof.dr.sc. Domagoj

Matijević 20 5 5 30 6 2208

22

statističke metode u

bioznanostima

MODUL: Biologija


P S V UKUPNO

1. Biologija tumorskih i

normalnih stanica

Prof.dr. sc.S. Levanat,

znanstvena savjetnica 5 5 20 30 6 2301

2. Imunogenetika

transplantacije

Izv.prof.dr.sc. Z. Grubić,

znanstvena savjetnica 10 10 20 4 2302

3. Supramolekularne

strukture i oksidacijski

stres

Izv.prof.dr. sc. M. Ilakovac

Kveder, znanstvena savjetnica

Prof.dr.sc. Hrvoje Lepeduš

15

5 20 4 2303

4. Peroksidacija lipida u

osnovama oksidacijskog

stresa

Izv.pr. sc. N. Žarković,


5 5 20 30 6 2304

5. Slobodni radikali, lipidna

peroksidacija i kontrola

rasta stanica

Izv.pr.sc. N. Žarković,


5 5 20 30 6 2306

6. Kontrola staničnog

ciklusa, održavanje

genomskog integriteta i

kancerogeneza

Doc.dr. sc. V. Dulić



5 5 10 20 4 2307

7. Genomska DNA Prof.dr. sc. S. Levanat,


8. Mehanizmi oštećenja i

popravka DNA

Dr. sc D. Zahradka, znanstveni

suradnik

Dr.sc. K. Zahradka,


5 5 20 30 6 2309

9. RNA i genska regulacija Prof.dr. sc. Đ. Ugarković 5 5 10 20 4 2310


starenja i karcinogeneze

Dr. sc. I. Rubelj, znanstveni

suradnik 5 25 30 6 2311

11. Molekularna kontrola

hematopoeze i

leukemogeneze

Dr.sc. M. Antica, znanstvena

savjetnica 5 5 10 20 4 2312

12. Stanični prijenos signala Doc. dr. sc. Miroslav Lisjak

Prof.dr.sc. John T. Hancock 15 5 20 4 2313

13. Zaštita dobrobiti životinja

u znanstvenim

istraživanjima

Dr. sc. R. Stojković, viši


MODUL: Biologija mora


P S V UKUPNO

1. Molekularna toksikologija

mora

Dr. sc. N. Bihari, viša


2. Metalni ioni i organska tvar Dr.sc. M. Mlakar, viša 5 5 10 20 4 2402

23

u prirodnim vodama znanstvena suradnica

Dr.sc. V. Cuculić,

znanstveni suradnik

3. Utjecaj stresa na akvatične

organizme

Prof. dr. sc. D. Lučić 5 5 20 30 6 2403

4. Genomska manipulacija u

akvakulturi

Prof. dr. sc. B. Glamuzina 5 5 20 30 6 2404

5. Uzgoj planktona Prof. dr. sc. B. Skaramuca,

znanstveni savjetnik-trajno

zvanje

5 5 20 30 6 2405

6. Ekologiija mora Prof. dr. sc. D. Lučić 5 5 10 20 4 2406

7. Ribe u biomedicinskim

istraživanjima

Dr. sc. R. Ćož-Rakovac,


8. Biomineralizacijski procesi Dr.sc. D. Medaković,


9. Biologija važnih

životinjskih vrsta u Jadranu

Prof.dr.sc. Jasna Vidaković 20 10 30 6 2409

MODUL: Biologija biljaka

R.br

.

Kolegij Nositelj S A T I ECTS Šifra

P S V UKUPNO

1. Organizacija i funkcija

biljnih stanica

Prof.dr.sc. H. Lepeduš 25 5 30 6 2501

2. Struktura i funkcija biljnih

proteina

Prof.dr.sc. E. Has-Schön

25 5 30 6 2502

3. Kinetika enzimskih

reakcija

Prof.dr.sc. E. Has-Schön

Doc.dr.sc. Valentina Pavić 20 5 5 30 6 2503

4. Razvojna bilogija biljaka Prof.dr.sc. V. Cesar

25 5 30 6 2504

5. Molekularni mehanizmi

oksidacijskog stresa u

biljaka

Prof.dr.sc. T. Teklić,

Prof.dr.sc. H. Lepeduš 25 5 30 6 2505

6. Biljni testovi toksičnosti Izv.prof.dr.sc. J. Horvatić 20 5 5 30 6 2506

7. Kvantitativna

i populacijska genetika u

oplemenjivanju bilja

Doc.dr.sc. Sonja Petrović

Prof.dr.sc. G. Drezner

20

5 5 30 6 2507


fotosintetskih organizama

Izv.prof.dr.sc. H. Fulgosi,


9. Strukturna genomika Prof.dr.sc. M. Plohl,


10. Fitopatogene gljive u

biljnoj proizvodnji

Prof.dr.sc. J. Ćosić 25 5 30 6 2511

11. Kultura tkiva i genetička

transformacija biljaka

Dr.sc. S. Mihaljević, viša


12. Biljni hormoni: od

biosinteze do aktivnosti

Dr.sc. B. Salopek Sondi,


13. Analiza genetske Doc.dr.sc. Sonja Petrović

Doc.dr.sc. D. Šimić, 20 5 5 30 6 2515

24

raznolikosti biljaka znanstveni savjetnik

Doc.dr.sc. S. Grljušić,


14. Molekularna fiziologija

ishrane biljaka

Prof.dr.sc. T. Teklić,

Prof.dr.sc. Z. Lončarić 20 5 5 30 6 2516

15. Upotreba mediteranskih

genetskih resursa bilja

Doc.dr.sc. Goran Zdunić, viši

znanstveni suradnik

Doc.dr.sc. Irena Budić Leto,


5 5 10 20 4 2517

MODUL: Biomedicina

R.br. Kolegij Nositelj S A T I ECT

S

Šifra

P S V UKUPNO

1. Personalna medicina –

prediktivna medicina i

farmakogenetika

Dr.sc. S. Kapitanović, viša


5 5 10 20 4 2601

2. Genetika

neurodegenerativnih

bolesti

Dr.sc. S. Hećimović,



psihičkih poremećaja

Izv.prof.dr.sc. N. Pivac,


4. Metaboličke i genetske

promjene u akutnim,

kroničnim i malignim

oboljenjima gušterače

Dr.sc. M. Hadžija, znanstveni

savjetnik 5 15 20 4 2604

5. Funkcionalna genomika Dr.sc. M. Kralj, znanstvena

savjetnica 5 5 5 15 3 2605

6. Tumor supresorski gen

p53 i njegovi srodnici



Dr. sc. M. Kralj, znanstvena

ssavjetnica

5 5 10 2 2606

7. Gensko liječenje:

eksperimentalni i klinički

aspekti

Prof.dr. sc. J. Pavelić,

znanstveni savjetnik-trajno zv. 10 5 15 3 2607

8. Uvod u nanomedicinu Dr. sc. Mile Ivanda,


9. Strukturne značajke

nukleinskih kiselina i

organske molekule kao

protutumorski

lijekovi

Dr.sc. I. Piantanida,


10. Uloga željeza u kroničnim

i malignim bolestima

Dr. sc. S. Kukulj, viša


11. Molekulske osnove

metastaziranja

Dr. sc. M. Herak Bosnar, viša

znanstvena suradnica 5 10 15 3 2611

12. Kombinacija terapija i

mehanizmi u liječenju

malignih bolesti

Prof.dr. sc. S. Levanat,

znastvena savjetnica

5 5 10 20 4 2612

25

13. Patofiziologija procesa

zgrušavanja krvi kod

tumorskih bolesti

Prof. dr. sc. K. Šakić

Doc.dr.sc. S. Kvolik,


10 5 5 20 4 2614

14. Molekulski mehanizmi

imunopatofiziološkog

odgovora u sustavnom

upalnom odgovoru i sepsi

Prof. dr.sc J. Barbić

Prof. dr.sc. I. Drenjančević 20 5 5 30 6 2616

15. Osnove nutrigenomike Prof.dr.sc. Lj. Glavaš-Obrovac 20 5 25 5 2617

16. Inhalacijski anestetici u

znanstvenim

istraživanjima

Doc.dr.sc. S. Kvolik,

znanstvena savjetnica 15 5 20 4 2619

17. Multirezistentne bakterije -

izvorište, evolucija i

metode detekcije

Doc.dr.sc. Domagoj

Drenjančević 15 5 20 4 2620

II. godina

III. semestar

Svaki student pod vodstvom mentora započinje znanstvena istraživanja na temelju

kojih će izraditi znanstveni rad. U konačnici ta istraživanja mogu, ali i ne moraju biti

dio doktorske disertacije.

Na temelju izrađenog znanstvenog rada bodovi se ostvaruju po primitku obavijesti o

tiskanju rada ili kada je rad objavljen u časopisu. Student treba ostvariti 30 ECTS na

temelju publikacija pod rednim brojem 1., 2. i 3.

Student koji je prethodno završio poslijediplomski studij i stekao stupanj magistra

znanosti ostvaruje 30 ECTS-a.

IV. semestar

Tijekom IV. semestra student aktivno sudjeluje u različitim izvannastavnim

aktivnostima (opisane u tablici) i uz objavljivanje rezultata ostvaruje određen broj

ECTS (minimalno 30 ECTS bodova).

Bodove ostvarene u izvannastavnim aktivnostima predlaže mentor uz suglasnost

voditelja studija, a potvrđuje ih Vijeće poslijediplomskog studija.

26

Bodovanje znanstvenih radova:

Publikacija Bodovi

1. Originalni znanstveni rad citiran u CC ili ISI iznadprosječni IF

(Q1 ili Q2)

30

2. Originalni znanstveni rad citiran u ISI, ali ne i u CC 20

3. Originalni znanstveni rad citiran u drugim bazama podataka 10

4. Poglavlje u knjizi 15

5. Kongresno priopćenje u časopisu s međunarodnom recenzijom 10

6. Kongresno priopćenje u zborniku - usmena prezentacija na

međunarodnom skupu

10

7. Kongresni sažetak u zborniku radova 5

Izvannastavne aktivnosti:

Aktivnost Bodovi

Održano pozvano predavanje (npr. u strukovnom društvu) maks. 5

Stručne ekskurzije maks. 5

Okrugli stol - organizacija maks. 5

Sudjelovanje na domaćem ili međunarodnom skupu bez

priopćenja

2

Studijski boravak u laboratoriju (do 1 mjesec) maks. 10

Studijski boravak u laboratoriju (do 2 mjeseca) maks. 20

III. godina

V. semestar

Tijekom V. semestra student aktivno sudjeluje u različitim izvannastavnim

aktivnostima i i uz objavljivanje rezultata ostvaruje određen broj ECTS (minimalno

30 ECTS bodova).

Bodove ostvarene u izvannastavnim aktivnostima predlaže mentor uz suglasnost

voditelja studija, a potvrđuje ih Vijeće poslijediplomskog studija.

Također, tijekom V. semestra student treba pripremiti prijavu teme doktorata (ukoliko

istu nije ranije prijavio). Prijava teme doktorata nosi 10 ECTS-a.

VI. semestar

Izrada disertacije i obrana donosi 30 ECTS-a.

1. Student mora izraditi doktorski rad koji treba biti jezično, stilski i tehnički

korektno oblikovan i usklađen sa suvremenim postupcima i tehnologijom izrade

znanstvenih radova;

2. Student ne mora posebno pisati doktorski rad ukoliko je napisao 3 znanstvena rada

u časopisima koji su zastupljeni u CC bazi od kojih je barem jedan iznad

prosječnog faktora značajnosti (Q1 ili Q2), odnosno dva znanstvena rada

27

zastupljena u CC bazi s iznad prosječnim faktorom značajnosti (Q1 ili Q2) ili

jedan rad u časopisu zastupljenom u CC bazi koji pripada u 10% najbolje

rangiranih u Q1 skupini prema ISI web of knowledge. Radovi trebaju biti

povezani u cjelinu prema pravilima koje je propisalo Vijeće poslijediplomskog

studija;

3. Student mora biti glavni autor na svim radovima i imati najmanje 70% doprinosa

u svakom pojedinom radu.

Sukladno gore navedenom student mora braniti doktorsku disertaciju pred

Povjerenstvom za obranu doktorskog rada.

3.3. Opis svakog predmeta i/ili modula u koji ulaze:

o okvirni sadržaj predmeta i/ili modula,

o ishode učenja odnosno opis razvijenih općih i specifičnih kompetencija

(znanja i vještina) za svaki pojedini predmet i/ili modul,

o oblici provođenja nastave i način provjere znanja

o popis literature potrebne za studij i polaganje ispita

o popis literature koja se preporučuje kao dopunska

o bodovna vrijednost svakog predmeta određena u skladu s ECTS-om uz

odgovarajuće obrazloženje

o način polaganja ispita

o način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe svakog predmeta i/ili modula

Prilog 1. Podatci o predmetima

3.4. Ritam studiranja i obveze studenata

o Uvjeti za napredovanje kroz studij, upis u sljedeći semestar, odnosno sljedeću

godinu studija

o preduvjeti upisa pojedinog predmeta ili skupine predmeta

Prema studijskom programu i izvedbenom planu studij je strukturiran u šest

semestara: prva dva semestra studenti slušaju nastavu iz obveznih i izbornih

predmeta. U trećem semestru student započinje znanstvena istraživanja, što se

kontinuirano nastavlja do kraja studija i završetka izrade doktorske disertacije.

Tijekom četvrtog i petog semestra student, uz znanstveni rad sudjeluje u

izvannastavnim aktivnostima. U šestom semestru student je posvećen dovršavanju

doktorske disertacije. Nastava se izvodi u obliku predavanja, konzultacija, vježbi i

seminara.

Za upis treće godinu student treba imati 90 bodova. Za prijelaz u šesti semestar

potrebno je ostvariti 120 ECTS-a. Oblik studija u dijelu radnog vremena (part-time)

namijenjen je pristupnicama doktorskog studija zaposlenim izvan sustava znanosti i

28

visokog obrazovanja, a pristupnici koji će studirati u cijelom radnom vremenu čine

full-time studenti.

Kod upisa studijskog programa koji se izvodi full-time student je obvezan steći

akademski stupanj doktora znanosti u roku od šest godina, odnosno u part time u roku

od osam godina.

3.5. Sustav savjetovanja i vođenja kroz studij, način odabira studenta obaveze

studijskih savjetnika i voditelja doktorskih radova te doktorskih kandidata


bioznanosti temelji se na mentorskom sustavu te Vijeće poslijediplomskog studija na

početku studija nakon radnog skupa mentora i studenata svakom studentu imenuje

studijskog savjetnika (mentora) s ciljem boljeg povezivanja studenta s nastavnicima.

Studijski savjetnik može biti nastavnik u znanstveno-nastavnom zvanju redovitog,

izvanrednog profesora ili docenta, odnosno u ekvivalentnom znanstvenom zvanju. U

pravilu studijski savjetnik mora biti uključen u znanstveno-istraživački projekt i

sudjelovati u nastavi poslijediplomskog studija.

Obveza studijskog savjetnika je organizacija nastave, vježbi, konzultacija i ispita,

praćenje i usmjeravanju studenta, pružanje pomoći u odabiru izbornih kolegija,

uključivanju u znanstveno-istraživački rad te predlaganju i podnošenju prijave teme i

izradi doktorskog rada. Uz studijskog savjetnika studentu se može imenovati mentora

doktorskog rada koji ne mora sudjelovati u nastavi poslijediplomskog studija.

3.6. Popis predmeta i/ili modula koje studenti mogu izabrati s drugih

poslijediplomskih doktorskih i specijalističkih studijskih programa

Student može u dogovoru s mentorom izabrati (osim ponuđenih) bilo koji predmet iz

postojećih poslijediplomskih studija sa Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera, drugih

hrvatskih sveučilišta, ili pak drugih europskih sveučilišta čiji su programi u skladu s

ECTS. Isto tako svaki predmet Sveučilišnog poslijediplomskog interdisciplinarnog

doktorskog studija Molekularne bioznanosti upisati studenti drugih srodnih

poslijediplomskih studija Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijek, kao i drugih

hrvatskih te inozemnih sveučilišta.

3.7. Popis predmeta i/ili modula koji se mogu izvoditi na stranom jeziku (uz

navođenje jezika)

Svi predmeti Poslijediplomskog interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog studija

Molekularne bioznanosti mogu se izvoditi i na engleskom jeziku.

3.8. Kriteriji i uvjeti prijenosa ECTS-bodova - pripisivanje bodovne vrijednosti

predmetima koje studenti mogu izabrati s drugih studija na sveučilištu-

predlagaču ili drugim sveučilištima

Studij je u skladu s ECTS (European Credit Transfer System) Europskim sustavom

prijenosa bodova, što znači da student može u dogovoru s mentorom izabrati (osim

ponuđenih) bilo koji predmet iz postojećih poslijediplomskih studija sa Sveučilišta

29

Josipa Jurja Strossmayera, drugih hrvatskih sveučilišta, ili pak drugih europskih

sveučilišta čiji su programi u skladu s ECTS.

Isto tako sve ponuđene predmete Sveučilišnog poslijediplomskog interdisciplinarnog

doktorskog studija Molekularne bioznanosti mogu upisati studenti drugih

poslijediplomskih studija i specijalističkih poslijediplomskih studija Sveučilišta Josipa

Jurja Strossmayera kao i drugih domaćih i inozemnih sveučilišta.

3.9. Način završetka studija i uvjeti za prijavu teme doktorskog rada

o Postupak i uvjeti za prihvaćanje teme doktorskog rada

o Postupak i uvjeti ocjene doktorskog rada

o Uvjeti i način obrane doktorskog rada

Postupak i uvjeti za prihvaćanje teme doktorskog rada


bioznanosti završava izradom i obranom doktorskog rada. Prijava kojom se pokreće

postupak stjecanja doktorata znanosti mora sadržavati: prijedlog teme doktorskog

rada, obrazloženje teme, metode rada, popis literature te navođenje očekivanog

znanstvenog doprinosa. Uz prijavu teme student prilaže životopis i popis objavljenih

radova. Kada predloženi mentor nije znanstvenik ili nastavnik na znanstvenom ili

znanstveno-nastavnom radnom mjestu izabran u znanstveno zvanje (najniže

znanstveni suradnik) prema Praviliku o uvjetima za izbor u znanstvena zvanja RH

tada treba priložiti dodatne kvalifikacijske radove mentora. Prijava s potpisom

studijskog savjetnika (i predloženog/predloženih mentora) predaje se Tajništvu

poslijediplomskog studija, a zatim istu razmatra Vijeće poslijediplomskog

interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog studija Molekularne bioznanosti, te ako

utvrdi da prijava ne sadrži potrebnu dokumentaciju pozvat će studenta da dopuni

prijavu u određenom roku, koji ne može biti duži od 30 dana. Prijedlog za pokretanje

postupka prijave teme upućuje Sveučilišnom vijeću za sveučilišne interdisciplinarne

poslijediplomske (doktorske) studije Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera. Sveučilišno

vijeće za sveučilišne interdisciplinarne poslijediplomske (doktorske) studije na prijedlog

Vijeća poslijediplomskog studija imenuje Povjerenstvo za prihvaćanje teme

doktorskog rada od najmanje tri člana, te imenuje mentora/mentore doktorata. Obrana

teme doktorskog rada je javna, a mentor (mentori) je dužan prisustvovati obrani.

Imenovano povjerenstvo u roku od 90 dana od dana imenovanja podnosi izvješće s

prijedlogom za prihvaćanje, izmjene i dopune ili odbijanje teme doktorskog rada.

Kada Povjerenstvo predlaže izmjene i dopune ili odbijanje teme doktorskog rada

Tajništvo studija prosljeđuje Izvješće mentoru (mentorima) koji se o istom treba

očitovati. Vijeće poslijediplomskog interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog

studija Molekularne bioznanosti prijedlog Odluke o prihvaćanju, izmjenama i

dopunama ili odbijanju teme doktorskog rada dostavlja na odlučivanje Sveučilišnom

vijeću za sveučilišne interdisciplinarne poslijediplomske (doktorske) studije

Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera.

Postupak i uvjeti ocjene doktorskog rada

Student predaje Tajništvu poslijediplomskog studija doktorski rad u elektroničkom

obliku (pdf) i jedan spiralno uvezani primjerak na ocjenu nakon što je položio sve

propisane ispite, izvršio sve obveze utvrđene studijskim programom, podmirio sve

financijske obveze i dobio Odluku Sveučilišnog vijeća za sveučilišne interdisciplinarne

poslijediplomske (doktorske) studije o prihvaćanju teme doktorskog rada i imenovanju

mentora. Doktorski rad mora biti jezično, stilski i tehnički korektno oblikovan i

30

usklađen sa suvremenim postupcima i tehnologijom izrade znanstvenih radova. Sveučilišno vijeće za sveučilišne interdisciplinarne poslijediplomske (doktorske) studije Sveučilišta imenuje Povjerenstvo za ocjenu doktorskog rada s najmanje tri člana na

prijedlog Vijeća poslijediplomskog studija. Povjerenstvo za ocjenu doktorskog rada

može u svom izvješću predložiti:

o da se doktorski rad prihvati i studentu dopusti pristup obrani doktorskog

rada,

o da se doktorski rad vrati studentu radi dopuna ili ispravki,

o da se doktorski rad odbije.

Ukoliko Povjerenstvo utvrdi da doktorski rad ima nedostataka koji se mogu otkloniti

student je dužan u roku od 90 dana od dana primitka primjedbi Povjerenstva izvršiti

ispravak istoga u protivnom će smatrati da je rad odbijen.

Nakon izvješća Povjerenstva za ocjenu doktorskog rada i prihvaćanja pozitivne ocjene

Sveučilišno vijeće za sveučilišne interdisciplinarne poslijediplomske (doktorske) studije na

prijedlog Vijeća poslijediplomskog studija imenuje Povjerenstvo za obranu

doktorskog rada s najmanje tri člana i najmanje jednim zamjenikom te utvrđuje datum

obrane doktorskog rada.

Obrana doktorskog rada je javna. Student brani doktorski rad pred Povjerenstvom za

obranu doktorskog rada. Mentor (mentori) su dužni prisustvovati obrani. O obrani se

vodi zapisnik kojeg potpisuju svi članovi Povjerenstva. U zapisnik se unosi odluka

Povjerenstva o obrani doktorskog rada. Odluka može biti: obranio jednoglasnom

odlukom Povjerenstva, obranio većinom glasova i nije obranio.

Student koji nije obranio doktorski rada ima pravo nakon 90 dana ponovo prijaviti

izradu i obranu doktorskog rada, ali ne s istom temom. Doktorski rad koji nije

obranjen u roku od 10 godina od dana prihvaćanja teme doktorskog rada podliježe

ponovnom postupku prihvaćanja.

Postupak prijave teme, odobrenje teme, ocjena i obrana doktorskog rada utvrđeni su

Statutom Sveučilišta i Pravilnikom o studiranju Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera

u Osijeku.

3.10. Uvjeti pod kojima studenti koji su prekinuli studij ili su izgubili pravo

studiranja na jednom studijskom programu mogu nastaviti studij

Studentima koji su iz opravdanog razloga napustili studij, priznaju se položeni ispiti s

odgovarajućim ETCS bodovima. Vijeće studija će razmotriti zahtjev za nastavak

studija, te u dogovoru s mentorom donijeti preporuku Senatu Sveučilišta Josipa Jurja

Strossmayera koje donosi odluku o mogućem nastavku studija.

3.11. Uvjeti pod kojima polaznik stječe pravo na potvrdu (certifikat) o

apsolviranom dijelu doktorskog studijskog programa, kao dijelu cjeloživotnog

obrazovanja

Uvjeti pod kojima student stječe pravo na potvrdu o apsolviranom dijelu studijskog

programa Poslijediplomskog interdisciplinarnog sveučilišnog doktorskog studija

Molekularne bioznanosti jesu položeni ispiti u prvom i drugom semestru, te izrađen

znanstveni rad što iznosi ukupno 90 ECTS-a, a što je uvjet za izdavanje potvrde

(certifikata) o apsolviranju dijela studijskog programa i preduvjet za izradu

doktorskog rada u šestom semestru.

31

3.12. Uvjeti i način stjecanje doktorata znanosti upisom doktorskog studija i

izradom doktorskog rada bez pohađanja nastave i polaganja ispita.

Osobe koje su ostvarile znanstvena dostignuća koja svojim značenjem odgovaraju

uvjetima za izbor u znanstvena zvanja (znanstveni suradnik, viši znanstveni suradnik,

znanstveni savjetnik), a na temelju Odluke nadležnog vijeća utvrđenog Statutom

sveučilišta o ispunjavanju uvjeta za izbor u navedena znanstvena zvanja mogu bez

pohađanja nastave i polaganja ispita upisati poslijediplomski studij, izraditi i javno

obraniti doktorski rad, te uz suglasnost Senata Sveučilišta steći doktorat znanosti.

3.13. Maksimalna duljina razdoblja od početka do završetka studiranja

Sveučilišni poslijediplomski interdisciplinarni studij Molekularne bioznanosti traje

šest semestara sukladno Uputama za sastavljanje prijedloga programa sveučilišnog

poslijediplomskog studija i Statutom Sveučilišta Josipa Jurja Strosssmayera u

Osijeku. Nastava se održava tijekom dva semestra, a slijedeća četiri predviđena su za

sudjelovanje u izvannastavnim aktivnostima i izradu doktorske disertacije. Kod

upisa studijskog programa koji se izvodi “full-time” student je obvezan steći

akademski stupanj doktora znanosti u roku od šest godina (usklađeno s odredbom

Zakona o znanstvenoj djelatnosti i visokom obrazovanju, čl. 43) odnosno u “part-

time” u roku od osam godina.

4. UVJETI IZVOĐENJA STUDIJA

4. 1. Mjesta izvođenja studija

Program studija Molekularne bioznanosti će se u prostoru Odjela za biologiju,

Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku, ul. Cara Hadrijana 8A, u laboratorijima,

seminarskim učionicama i predavaonicama Instituta Ruđer Bošković u Zagrebu,

Bijenička 54, te u učionicama i predavaonicama Sveučilišta u Dubrovniku, Ćira

Carića 4.

Za potrebe nastave pojedinih predmeta koristiti će se i znanstveno-nastavne

mogućnosti Razvojno-istraživački centar za marikulturu u Stonu i Centra za

istraživanje mora Instituta Ruđer Bošković u Rovinju.

4. 2. Podaci o prostoru i oprema predviđena za izvođenje studija

Odjel za biologiju, ul. Cara Hadrijana 8A, novouređeni je prostor Sveučilišta J. J.

Strossmayera u Osijeku. U zgradi bivše vojarne Odjelu za biologiju pripada 2500 m2

prostora.

Prostor Odjela za biologiju sadrži: tri predavaonice, seminarsku učionicu s računalima

i 4 specijalizirana praktikuma: praktikum za zoologiju 12 radnih mjesta, praktikum za

botaniku 12 radnih mjesta, praktikum za biokemiju i fiziologiju 12 radnih mjesta i

praktikum za mikrobiologiju 12 radnih mjesta; 9 znanstveno nastavnih laboratorija:

Laboratorij za staničnu i molekularnu biologiju biljaka, Laboratorij za ekofiziologiju

alga, Laboratorij za ekologiju voda, Laboratorij za ekologiju alga, Laboratorij za

animalnu fiziologiju i toksikologiju, Laboratorij za mikrobiologiju i Laboratorij za

entomologiju; 12 nastavničkih i suradničkih soba. Uz navedene prostore treba

32

naglasiti postojanje velikog i upotrebljivog hodnika (+4 mala postrana) za smještanje

bioloških zbirki i za okupljanje studenata. Od zajedničkih prostora koje koristimo na

raspolaganju su nam: knjižnica i čitaonica (150 m2), studentska referada, tajništvo,

računovodstvo, sanitarni čvor i apartman za gostujuće nastavnike.

Prostor koji koristimo za potrebe terenskih nastava dugogodišnjim ugovorom

iznajmili smo od općine Mrkopalj (Gorski Kotar) u mjestu Sunger. To je zgrada bivše

osnovne škole koja je potpuno preuređena i adaptirana za smještaj studenata za

vrijeme terenskih nastava. Kapacitet zgrade je smještaj 40 studenata i 6 nastavnika. U

zgradi se nalaze 2 velike spavaonice, blagovaonica, kuhinja, sanitarni čvor, tri

apartmana za nastavnike i veliki prostor za nastavu (praktikum, projekcije, društveni

život).

Odjel za biologiju posjeduje veliku količinu nastavne i znanstvene opreme koja se

koristi za izvođenje nastave. Učionice su opremljene svim audiovizualnim nastavnim

pomagalima: kompjuter, LCD projektor, grafoskop, dijaprojektor, TV s pripadajućim

video i DVD "player"-ima. Praktikumi su opremljeni prikladnim laboratorijskim

namještajem i opremom za izvođenje nastave ovisno o namjeni. U njima studenti

mogu koristiti: 26 mikroskopa, 20 binokularnih lupa, hardverom i softverom za

projiciranje slike mikroskopa na zid, sterilizatori, termostati, UV-komora za rad u

sterilnim uvjetima, centrifuge, hladnjaci i veliki broj sitnog inventara za kemijske i

mikrobiološke analize. Znanstveno-nastavni laboratoriji opremljeni su

sofisticiranijom biološkom opremom. U Laboratoriju za staničnu i molekularnu

biologiju biljaka nalazi se: UV-VIS spektrofotometar Analitik Jena Specord 40,

centrifuga Eppendorf 5804R, Mini PAM (uređaj za mjerenje fotosinteze), svjetlosni i

fluorescentni mikroskop s foto opremom Zeiss Jena, binokularna lupa s foto opremom

Leica, mikrotom Leica RM 2155, ultramikrotom Richert, pH metar Methrom,

analitička vaga Mettler, oprema za vertikalnu i horizontalnu elektroforezu,

izoelektrično fokusiranje, blotter (wett i semy-dry), različite miješalice, tresilice,

flow-box, thermocycler, transiluminator s foto sustavom i softverom, kisikova

elektroda Waltz za mjerenje u plinovitoj fazi (oxy-lab), kisikova elektroda Waltz za

mjerenje u tekućoj fazi (chlorolab), sterilizator, hladnjaci, fitotron Vötsch i ostali

instrumentarij potreban za kvalitetan rad studenata i istraživača.

U Laboratoriju za ekofiziologiju alga nalazi se: Labsystem multicsan MS

spektrofotometar, Air flow laminar, centrifuga 48000G s hlađenjem, mikroskop

Axiowert 25 C s foto-opremom, 3 istraživačka mikroskopa, pH metar Mettler,

analitička vaga Mettler i ostali instrumentarij potreban za kvalitetan rad studenata i

istraživača.

Laboratorij za ekologiju alga opremljen je mikroskopima za istraživanje

fitoplanktona.

U Laboratoriju za ekologiju voda nalazi se: mikroskop Carl Zeiss Jena opremljen s

digitalnom kamerom Moticam 350, binokularna lupa Carl Zeiss Jena, mikroskop

Olympus SZX9 s digitalnom foto-opremom, binokularna lupa Olympus BX51,

hidrometrijsko krilo Flow probe 5' do 15', mini laboratorij multi 340i/set i drugi

instrumentarij potreban za kvalitetan rad studenata i istraživača.

U Laboratorij za animalnu fiziologiju i toksikologiju nalazi se: inkubator CO2,

mikroskop, binokularna lupa, klizni mikrotom Leica i ostali sitni laboratorijski pribor.

U Laboratoriju za mikrobiologiju nalaze se termostati, autoklav, hladnjaci, UV-

komora, vodene kupelji i ostali sitni laboratorijski instrumentarij potreban za

mirkobiološke analize.

U Laboratoriju za entomologiju nalazi se: 3 istraživačke lupe s pripadajućom

opremom za fotografiranje, kaveze za uzgoj kukaca, kvalitetna foto-oprema za

33

mikrofotografiju Olympus C5050, hardvere i softvere za uporabu GIS-a te

entomološka zbirka i drugi instrumenti potrebni za istraživanja.

Partnerske ustanove Sveučilišta u Osijeku koje osiguravaju dodatne kvalitetne uvjete

za izvođenje ovog studijskog programa su Institut Ruđer Bošković

(http://www.irb.hr/) i Sveučilište u Dubrovniku (http://www.unidu.hr). Suradne

ustanove su potpisnici sporazuma o znanstveno-nastavnoj suradnji kojim je

omogućena visoka razina nastavnog standarda za izvođenje studijskog programa,

daljnji razvoj studija i znanstvenih istraživanja, te izrade disertacija.

Od strane Sveučilišta u Dubrovniku posebno je važan doprinos Odjel za akvakulturu

Sveučilišta koji je započeo s radom akademske 2002./2003. godine, i jedini je takve

vrste u Hrvatskoj. Na Odjelu je organiziran preddiplomski studij Akvakultura u

trajanju od 3 godine i diplomski studij Akvakultura - nove vrste tehnologije u

marikulturi, u trajanju od još dvije godine, tj. ukupno pet godina. Znanstveno-

nastavne aktivnosti Odjela blisko su vezane uz istraživačke djelatnosti Razvojno-

istraživačkog centara za marikulturu (RICM). Djelatnost centra obuhvaća:

1.poslove na sudjelovanju u TAL-2 i STP projektima - razvoj i rad na projektu

“MARIBIC - Poslovno inovacijski centar za marikulturu”,

2.poslove na početku razvoja strategije za poslovno-inkubacijsku suradnju s

poduzetnicima u hrvatskoj marikulturi,

3.rad na projektu “Razvoj novih proizvoda temeljenih na stonskoj dagnji i nove

marketinške strategije za njihov plasman”,

4.rad na projektu “Polikulturni uzgoj ribe u delti Neretve”,

5.suradnju s jedinicama lokalne uprave i samouprave na promociji i razvoju

marikulture,

6.međunarodnu suradnju s Norveškom i Italijom.

Djelatnost RICM-a omogućena je potporom MZT RH. Dostavljena sredstava od

MZT-a sastoji se od: sredstava potpore po Ugovoru o suradnji, te od sredstava

jednokratne potpore za opremanje i izgradnju infrastrukture. Stoga su istraživački i

nastavni kapaciteti za potrebe studija Molekularne bioznanosti u segmentu koji

uključuje Sveučilište u Dubrovniku na visokoj razini.

Napominjemo i da je u pripremi osnivanje zajedničkog znanstveno-nastavnog i

istraživačkog centra Instituta Ruđer Bošković i Sveučilišta u Dubrovniku. Centar će

biti primarno usmjeren prema istraživanjima u temeljnim i primijenjenim područjima

molekularnih bioznanosti, pogotovo biomedicine, ulazeći u metodološke aspekte

genomike, proteomike, lipidomike i metabonomike, oslanjajući se na kapitalnu

opremu Instituta koja se nalazi u Zagrebu, te internacionalna istraživanja Instituta i

Sveučilišta. Aktivnosti ovog centra biti će vezane uz zajedničke nastavne aktivnosti

suradnih ustanove u kojima studij Molekularne bioznanosti ima dominantnu ulogu.

Od strane Instituta Ruđer Bošković u studiju Molekularne bioznanosti sudjeluju brojni

iskusni i mladi znanstvenici (novaci) 10 zavoda i Centra za informatiku i računarstvo.

Među istaknutim znanstvenicima su i pojedini voditelji laboratorija, predsjednici

odjelnih znanstvenih vijeća i predstojnici zavoda, predsjednica znanstvenog vijeća

Instituta, te neki savjetnici ravnatelja i sam ravnatelj Instituta. Do sada niti jedan

znanstveno-nastavni program nije pobudio toliki interes za sudjelovanjem stručnjaka

Instituta Ruđer Bošković kao studij Molekularne bioznanosti. Time do izražaja dolazi

znanstveno-istraživačka interdisciplinarnost Instituta, kojom se snažno podupire

interdisciplinarnost, kolaborativnost i izvrsnost studija Molekularne bioznanosti.

Budući da je u studiju Molekularne bioznanosti uključena cjelokupna infrastruktura

Instituta Ruđer Bošković, uključujući po prvi puta i Centar za istraživanje mora u

Rovinju, nije prikladno navoditi u detalje raspoloživi prostor i opremu, ali moramo

http://www.irb.hr/

http://www.unidu.hr/

34

naglasiti da je sva kapitalna oprema, uključujući i opremu od strateškog interesa

Republike Hrvatske koja se nalazi u Institutu dostupna nastavnicima i studentima

ovog studija.

Za detaljniji uvid u raspoloživi prostor i opremu dostupne su stranice:

Zavod za eksperimentalnu fiziku http://www.irb.hr/hr/str/zef/

Zavod za fiziku materijala http://www.irb.hr/hr/str/zfm/

Zavod za elektroniku http://www.irb.hr/hr/str/zel/

Zavod za fizičku kemiju http://www.irb.hr/hr/str/zfk/

Zavod za organsku kemiju i biokemiju http://www.irb.hr/hr/str/zokb/

Zavod za kemiju materijala http://www.irb.hr/hr/str/zkm/

Zavod za molekularnu biologiju http://www.irb.hr/hr/str/zmg/

Zavod za molekularnu medicinu http://www.irb.hr/hr/str/zmm/

Zavod za istraživanje mora i okoliša http://www.irb.hr/hr/str/zimo/

Centar za istraživanje mora http://www.irb.hr/hr/str/cim/

Centar za informatiku i računarstvo http://www.irb.hr/hr/cir/

Na ovim stranicama prikazani su detaljnije i podaci o prostoru i opremi pojedinih

laboratorija i grupa koje sudjeluju u studiju Molekularne bioznanosti.

4.3. Popis znanstvenih projekata na kojima se temelji program

Šifra Projekt Glavni istraživač Nastavnik –

istraživač na

projektu

HRZZ

5707

Genetika i fiziologija

tolerancije na višestruki stres

kod kukuruza

Dr.sc. Domagoj Šimić Dr.sc. Domagoj Šimić

Dr.sc. Vera Cesar

HRZZ

4359

Fitohormoni u abiotskom

stresu kupusnjača: mehanizam

tolerancije i primjena

Dr.sc. Branka Salopek

Sondi

Dr.sc. Branka Salopek

Sondi

Dr.sc. Hrvoje Lepeduš

Dr.sc. Snježana Mihaljević

HRZZ

1172

Molekularni mehanizmi

alternativne raspodjele

elektrona u fotosintezi

Dr.sc. Hrvoje Fulgosi Dr.sc. Hrvoje Fulgosi

Dr.sc. Hrvoje Lepeduš

HRZZ

6090

Molekularni aspekti

oksidativnih procesa u

stanicama

Dr.sc. Mario Vazdar Dr.sc. Koraljka Gall

Trošelj

HRZZ

9310

Nekovalentne interakcije u

dizajnu novih fotoosjetljivih

molekula

Dr.sc. Davor Margetić Dr.sc. Koraljka Gall

Trošelj

HRZZ

2000

Stvaranje pšenice za

budućnost-potraga za novim

genima iz postojećih izvora

Dr.sc. Sonja Petrović Dr.sc. Sonja Petrović

Dr.sc.Andrijana Rebekić

Dr.sc. Sonja Marić

HRZZ

2465

Molekularni mehanizmi

povećanja osjetljivosti na

protutumorske lijekove stanica

karcinoma dojke i melanoma

čovjeka utišavanjem integrina

Dr.sc. Andreja

Ambriović Ristov

Dr.sc. Andreja Ambriović

Ristov

HRZZ

3912

Razumjevanje puta ulaska

Adenovirusa tipa 26 u stanicu:

način poboljšanja vektora za

Dr.sc. Dragomira

Majhen

Dr.sc. Andreja Ambriović

Ristov

http://www.irb.hr/hr/str/zef/

http://www.irb.hr/hr/str/zfm/

http://www.irb.hr/hr/str/zel/

http://www.irb.hr/hr/str/zfk/

http://www.irb.hr/hr/str/zokb/

http://www.irb.hr/hr/str/zkm/

http://www.irb.hr/hr/str/zmg/

http://www.irb.hr/hr/str/zmm/

http://www.irb.hr/hr/str/zimo/

http://www.irb.hr/hr/str/cim/

http://www.irb.hr/hr/cir/

35

vakcinaciju

HRZZ

1615

Otkrivanje novih proteinskih

interakcija kao podloga za

nove pristupe liječenju

melanoma čovjeka

Dr.sc. Neda Slade Dr.sc. Neda Slade

Dr.sc. Maja Herak Bosnar

Dr.sc. Sonja Levanat

HRZZ

7046

Hibribridne silicijske

nanostrukture za senzoriku

Dr.sc. Mile Ivanda Dr.sc. Mile Ivanda

HRZZ

1108

Karakterizacija

niskotemperaturne molekulske

dinamike sustava s

neuređenom rešetkom

metodom ESR

Dr.sc. Marina Ilakovac

Kveder

Dr.sc. Marina Ilakovac

Kveder

HRZZ

2334

Nano-mreže kvantnih točaka u

staklima: Od samouređenja do

pretvorbe energije i pohrane

vodika

Dr.sc. Maja Buljan Dr.sc. Ivančica Bogdanović

Radović

HRZZ

4806

Identifikacija i funkcionalna

karakterizacija

(eko)toksikološki važnih

polispecifičnih membranskih

transportnih proteina u zebrici

(Danio rerio)

Dr.sc. Tvrtko Smital

HRZZ

1321

Primjena nusproizvoda

prehrambene industrije za

razvoj funkcionalnih i okolišno

prihvatljivih ekstrudiranih

proizvoda i aditiva

Dr.sc. Drago Šubarić Dr.sc. Drago Šubarić

Dr.sc. Alojzije Lalić

HRZZ

1477

Višenamjensko očitavanje

DNA / RNA sekundarne

strukture molekularnim

kemijskim senzorima

Dr.sc. Ivo Piantanida Dr.sc. Ivo Piantanida

Dr.sc. Ranko Stojković

HRZZ

6380

Poremećena vazorelaksacija i

endotelno-leukocitna

interakcija (ELI) u razvoju

aterosklerotskih lezija

Dr.sc. Ines

Drenjančević

Dr.sc. Ines Drenjančević

Dr.sc. Domagoj

Drenjančević

HRZZ

5863

Električni transport u staklima i

staklo-keramici

Dr.sc. Andrea Moguš-

Milanković

Dr.sc. Andrea Moguš-

Milanković

HRZZ

3102

Višekomponentne reakcije u

sintezi peptidnih mimetika

Dr.sc. Ivanka Jerić Dr.sc. Ivanka Jerić

HRZZ

6949

Trehaloza: poboljšanje

kvalitete proizvoda na bazi

voća

Dr.sc. Mirela Kopjar Dr.sc. Mirela Kopjar

Dr.sc. Anita Pichler

HRZZ

3365

Cijepljenje rajčice ublažava

biotički stres izazvan štitastim

moljcima

Dr.sc. Katja Žanić Dr.sc. Katja Žanić

Dr.sc. Slavko Perica

HRZZ

7235

Povezanost fleksibilnosti,

aktivnosti i strukture u porodici

dipeptidil-peptidaza III

Dr.sc. Sanja Tomić Dr.sc. Sanja Tomić

36

HRZZ

2945

Utjecaj promjena termohaline

cirkulacije u istočnom

Mediteranu na planktonske

zajednice u južnom

Jadranu:ekološki i genetički

pristup

Dr.sc. Mirna Batistić Dr.sc. Davor Lučić

HRZZ

2978

Rekombinacija, popravak

DNA i očuvanje integriteta

genoma: novi putevi

Dr.sc. Davor Zahradka Dr.sc. Davor Zahradka

Dr.sc. Ksenija Zahradka

HRZZ

3733

Satelitska DNA u genskoj

regulaciji i ekološkoj adaptaciji

Dr.sc. Đurđica

Ugarković

Dr.sc. Đurđica Ugarković

HRZZ

1481

Starosno-ovisna ekspresija

membranskih prijenosnika u

štakora

Dr.sc. Ivan Sabolić Dr.sc. Ivica Rubelj

HRZZ

7140

Notch u diferencijaciji

hematopoetskih stanica matica

i u razvoju leukemija

Dr.sc. Mariastefania

Antica

Dr.sc. Mariastefania Antica

HRZZ

7530

Novi metodološki pristup

biogeokemijskim

istraživanjima specijacije

metala u tragovima u obalnim

vodenim ekosustavima genoma

Dr.sc. Dario Omanović Dr. sc. Marina Mlakar

Dr.sc. Vlado Cuculić

HRZZ

8607

Utjecaj okolišnog stresa na

pojavnost i međudjelovanje

biološki važnih organskih

molekula i mikronutrijenata u

morskom ekosustavu

Blaženka Gašparović Dr. sc. Marina Mlakar

Dr.sc. Vlado Cuculić

HRZZ

2324

Patofiziološke posljedice

promjena sastava lipidnih

splavi

Dr.sc. Marija Heffer Dr. sc. Elizabeta Has

Schön

Dr.sc. Valentina Pavić

HRZZ

3183

Centromerna genomika

beskralješnjaka

Dr.sc. Miroslav Plohl Dr.sc. Miroslav Plohl

HRZZ

9737

Divlja loza (Vitis vinifera

subsp. sylvestris): vrijedan

izvor gena za oplemenjivanje

vinove loze

Dr.sc. Goran Zdunić Dr.sc. Goran Zdunić

Dr.sc. Irena Budić-Leto

HRZZ

1194

Razjašnjavanje sortne

tipičnosti vina i maslinovih ulja

od hrvatskih domaćih sorti

Dr.sc. Igor Lukić Dr.sc. Irena Budić-Leto

HRZZ

4289

Genomski i glikanski

biomarkeri PTSP-a

Dr.sc. Nela Pivac

Dr.sc. Nela Pivac

HRZZ

5660

Mulitidisciplinarni pristup

otkriću lijekova s ciljanim

djelovanjem na matične stanice

tumora – uloga transporta

kalija

Dr.sc. Marijeta Kralj

Dr.sc. Marijeta Kralj

Povrh temeljnih istraživačkih projekata koje znanstvenici – nastavnici studija

Molekularne bioznanosti ostvarivali od 2007. godine uz potporu Ministarstva

37

znanosti, obrazovanja i športa, treba reći da ovi stručnjaci rade i na nizu tehnoloških i

kolaborativnih projekata MZOSa, ali i međunarodnih projekata, uključujući i projekte

tzv. Okvirnog programa (FW) EU. Tijekom 2006. godine započela je i realizacija

COST projekta (Akcije) B35 koju će voditi znanstvenici koji vode i studij

Molekularne bioznanosti, a u kojem se integrira rad 28 istraživačkih centara iz 20

europskih zemalja i Izraela u području lipidne peroksidacije.

4.4. Institucijsko rukovođenje doktorskim programom

Sveučilišnim poslijediplomskim interdisciplinarnim doktorskim studijem

Molekularne bioznanosti rukovodi Vijeće poslijediplomskog studija uz suradnju s

Povjerenstvom za poslijediplomske studije, doktorate i počasne doktorate te Senatom

Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku. U radu Vijeća sudjelovati će

predstavnici svih triju suradnih ustanova koji će odabrati voditelja studija i njegove

zamjenike.

4.5. Ugovorni odnosi između studenata i nositelja doktorskog studija

Sa svakim studentom poslijediplomskog studija sklapa se Ugovor o studiranju.

Ugovorom se uređuju međusobna prava i obveze tijekom studija, te financiranju

studija.

4.6. Imena nastavnika i suradnika koji će sudjelovati u izvođenju svakog

predmeta pri pokretanju studija. Podaci o svakom angažiranom nastavniku, i to:

o naziv ustanove u kojoj je zaposlen

o e-mail adresa i adresa osobne web stranice

o životopis, popis radova objavljenih u posljednjih pet godina, te navođenje

radova koji ga kvalificiraju za izvođenje studijskog programa

o datum zadnjeg izbora u znanstveno-nastavno ili nastavno zvanje

o ako nastavnik nije zaposlen u visokoškolskoj ustanovi ili u suradnim

ustanovama koje predlažu program pismena izjava nastavnika da je

spreman izvoditi nastavu, te pismena dozvola čelnika ustanove u kojoj je

nastavnik zaposlen s navođenjem predmeta i razdoblja za koje se dozvola

izdaje.

Prilog 2. Podatci o nastavnicima

4.7. Popis nastavnih radilišta (nastavnih baza) za provođenje studija (nastave i

istraživačkog rada)

Uz prostore rektorata Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, Odjela za

biologiju Sveučilišni poslijediplomski interdisciplinarni doktorski studij Molekularne

bioznanosti koristit će za potrebe provođenja eksperimentalnog rada laboratorije

znanstveno-nastavnih sastavnica osječkog Sveučilišta, centre, zavode i laboratorije

Instituta Ruđer Bošković, te Sveučilišta u Dubrovniku kako je navedeno pod točkom

4.2.

38

4.8. Optimalan broj studenata koji se mogu upisati s obzirom na prostor opremu

i broj nastavnika, posebno obzirom na broj potencijalnih voditelja doktorskih

tema

Optimalan broj studenata je 30, uz mogućnost da studij pogađaju studenti kojima je to

osnovna aktivnosti – redovni (full time) studenti, odnosno znanstveni novaci, te

studenti koji studij pohađaju radeći na poslovima kojima izrada doktorata nije

primarna zadaća, dakle koji nisu znanstveni novaci (part time).

4.9. Procjena troškova izvedbe doktorskog programa i trošak studija po

studentu

Temeljem prethodno izrađenog poslovnog plana za studij koji je bio osmišljen kao

sastavnica STP (Science and Technology Project) od strane Instituta Ruđer Bošković

procijenjena je vrijednost školarine po studentu u iznosu od 2.000 USD (cca 12.500

kuna). U ove troškove nisu uračunati materijalni troškovi za izradu doktorata, a

očekivana je i financijska potpora MZOSa studiju za potrebe istraživanja i temeljne

materijalne troškove nastave. Stoga troškovi studija po studentu iznose 12.500 kuna.

4.10. Financiranje doktorskog programa:

o Izvori financiranja doktorskog programa

o Status studenata (ugovori sa studentima, plaće ili stipendije, socijalna i

zdravstvena zaštita, zaštita na radu, izobrazba u inozemnim institucijama)

Doktorski program može se financirati iz različitih izvora:

o proračunska sredstva Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa

Republike Hrvatske (znanstveni novaci, znanstveni projekti);

o troškove poslijediplomskog studija može snositi student odnosno poduzeće

ili ustanova koja ga je uputila na studij

o kompetitivno pribavljenim sredstvima zaklada, fondova

Iznos utvrđene naknade za školarinu na poslijediplomskom studiju uplaćuje se prije

upisa u svaki semestar, te prilikom prijave doktorskog rada.

Pravne osobe plaćaju unaprijed ukupan iznos troškova, dok se studentima koji sami

plaćaju troškove studija odobrava obročna uplata prije upisa u svaki semestar i prijavu

doktorskog rada.

Povrat uplaćenog iznosa nije moguć čim se student upisao na poslijediplomski studij,

bez obzira tko je izvršio uplatu.

Status studenta

1. Pristupnici koji studiraju u punom radnom vremenu bit će u pravilu u statusu

znanstvenih novaka (uz osiguranu plaću kao i sva druga prava koja im

pripadaju iz radnog odnosa (socijalna, zdravstvena zaštita i zaštita na radu):

2. Pristupnici koji su zaposleni izvan visokoškolskih ustanova studiraju u dijelu

radnog vremena ostvaruju prava koja im pripadaju temeljem potpisanoga

ugovora o radu sa svojim poslodavcima.

39

3. Izobrazbu na drugim znanstvenim institucijama u zemlji i inozemstvu, te

izvannastavna znanstvena aktivnost (troškovi puta i boravka) u svrhu

znanstvenog usavršavanja podmiruje se odobrenim stipendijama (prijave uz

suglasnost mentora i voditelja studija) gdje su studentu za vrijeme njegovog

boravka u pravilu pokrivena osnovna prava (socijalna i zdravstvena zaštita i

zaštita na radu).

4. 11. Kvaliteta doktorskog programa:

o Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe doktorskog programa, a

posebno način sudjelovanja studenata u ocjenjivanju studijskog

programa,

o Praćenje realizacije ciljeva doktorskog programa (stjecanje znanja i

vještina, ovladavanje tehnikama, vještine relevantne za zapošljavanje

izvan akademskih institucija, zapošljavanje, alumni) (learning

outcomes),

o Institucijski mehanizmi za unaprjeđenje kvalitete doktorskog programa

(samo-evaluacijski postupci, evaluacijski postupci, anketiranje studenata,

istraživanje uspješnosti provođenja programa, indikatori uspješnosti)

Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo

Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja

Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i anketa:

1. Studentska anketa o nastavniku (ocjenama od 1 do 5 ocjenjuje se: pridržavanje

rasporeda i satnice, pridržavanje najavljene teme, pripremljenost nastavnika,

korištenje vizualnih pomagala, način izlaganja).

2. Studentska anketa o nastavi i predmetu (ocjenama od 1 do 5 ocjenjuje se: pojedini

oblici nastave (predavanja, seminari, vježbe), aktivno sudjelovanje studenata i je li

predmet pružio potrebno znanje i vještine.

Student je obvezan pri prijavi doktorske disertacije popuniti anketni upitnik.

Također, provesti će se ankete za utvrđivanje razine stečenog znanja diplomiranih

doktora znanosti u korelaciji s očekivanjima radne sredine koja ih je uputila na studij

odnosno u kojoj djeluju nakon završenog studija.

U skladu s rezultatima anketa Vijeće poslijediplomskog studija predložiti će mjere za

poboljšanje kvalitete studija.

Treba napomenuti i da Sveučilište u Dubrovniku ima vrlo razvijen Sustav upravljanja

kvalitetom iz vremena dok je imalo status veleučilišta. Naime, Veleučilište u

Dubrovniku bila je prva visokoškolska ustanova u Hrvatskoj koja je već 1999. godine

stekla certifikat za upravljanje kvalitetom prema normi ISO 9002:1994, s dvojnom

certifikacijom Hrvatskog registra brodova (HRB) i Bureau Veritas Quality

International (BVQI). Nakon uvođenja sustava upravljanja kvalitetom pokazale su se

sve prednosti koje takav sustav donosi u organiziranju i svakodnevnom odvijanju

poslova u ustanovi koja ga je primijenila. Ujednačili su se inače diversificirani

poslovi, uveli standardizirani obrasci za sve aktivnosti u ustanovi, jasnije su se

definirale odgovornosti za pojedine aktivnosti, uveo se sustav kvantitativnog

vrednovanja nastave i nastavnika, te se poboljšao nadzor nad odvijanjem radnih

procesa. Pozitivna iskustva Sustava upravljanja kvalitetom Sveučilišta u Dubrovniku

će pomoći kontinuiranom promicanju kvaliteta studija Molekularne bioznanosti i

suradnje pojedinaca uključenih u realizaciju studija i ustanova koje studij

organiziraju.

40

5. NAPOMENE

U tijeku je natječaj MZOSa za prijavu znanstvenih programa i projekata, stoga je

izvjesno da će tijekom realizacije studijskog programa znanstvenici, nastavnici studija

Molekularne bioznanosti, raditi na projektima drugih naziva od onih koji su navedeni

u ovom programu.

Sukladno iskazanom interesu očekujemo da će Molekularne bioznanosti biti značajan

čimbenik povezivanja stručnjaka iz ovih područja u zemlji i inozemstvu, te da će nam

se postupno pridružiti i drugi kolege, ne samo iz matičnih ustanova koje prijavljuju

ovaj studij, već i iz drugih srodnih ustanova naše akademske zajednice.

41

Prilog 1. Podatci o predmetima

3.3. Opis svakog predmeta

Šifra predmeta: 1001

Naziv predmeta: POČELA BIOSTATISTIKE

OPĆI PODACI:

Studijski program: Molekularne bioznanosti

Modul: obvezni kolegij

Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Domagoj Šimić1

Doc.dr.sc. Andrijana Rebekić2

Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni institut Osijek 2Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja

Strossmayera u Osijeku

Suradnici – izvoditelji:

Status predmeta: X obvezni □ izborni

Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, I. semestar

Cilj predmeta:

Cilj je kolegija naučiti studente (1) temeljnim znanjima o osobitostima statističke obradbe

biomedicinskih podataka, (2) kako podatke obraditi samostalno ili u suradnji sa statističarima,

tj. kako obaviti obradu podataka u okviru vlastitih znanstvenih istraživanje ili tumačiti

rezulate obrade podataka, te (3) kako objaviti rezultate obrade podataka kao sastavni dio

rezultata istraživanja i prema kojim pravilima, tj. u kojem dijelu znanstvenoga rada.

Sadržaj predmeta:

Statistička metodologija obradbe biomedicinskih podataka u tijeku znanstvenog istraživanja:

vrste kliničkih istraživanja, uzorak i populacija, raspodjela podataka, prikupljanje, vrste i opis

podataka, mjerne ljestvice, pregled deskriptivnih statističkih pokazatelja (mjere centralne

tendencije i rasapa), statistička hipoteza i zaključivanje, usporedba vrijednosti između dvaju

ili više skupina, proporcije, raščlamba nepotpuno praćenih podataka i krivulje preživljenja,

veličina uzorka, snaga testa, korelacije i regresija (multivarijatna regresija, logistička regresija

i Coxov regresijski test), raščlamba karakteristika rada prijamnika (engl. ROC analiza).

Informatički pregled, prikaz i vježbanje načina uporabe tipičnog računalnog programa za

statističku obradbu biomedicinskih podataka: zadavanje osobina pokazatelja, upis podataka,

pohrana i prijenos podataka iz jednoga u drugi oblik zapisa. oblikovanje ispisa rezultata

obradbe, prijenos rezultata u tablične ili grafičke oblike znanstvenog izvješća.

Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija

Samostalno komuniciranje sa znanstvenicima na temu statističke raščlambe podataka i

razumijevanje čitanja izvješća o provedenoj obradbi podataka. Provedba znanstvenog

istraživačkog rada. Samostalno korištenje računalnih programa i samostalna uporaba

temeljnih funkcija računalnog programa za statističku obradbu podataka. Samostalno

oblikovanje i tumačenje izvješća obradbe podataka.

Satnica, način izvedbe i ECTS koeficijent opterećenja studenta

ECTS bodovi 4

Broj sati Predavanja 5

Seminari 5

Vježbe 15

42

Ukupno 25

NAČIN IZVOĐENJA NASTAVE I USVAJANJA ZNANJA

Predavanja Seminari Vježbe Radionice Samostalni zadaci

Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene: osim uvodnoga predavanja i jednog trosatnog seminara se sva ostala nastava

obavlja tako da svaki student radi na jednom računalu, sasvim samostalno, korištenjem

programa za statističku obradbu podataka. Sva nastava događa se kroz rješavanje problema

(zadataka).

Obveze studenata: redovito pohađanje nastave.

Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)

Pohađanje nastave Aktivnosti u

nastavi

Obvezan seminarski

rad Vježba ili case

study

Način ocjenjivanja:

Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz

slučaja

Analiza objavljene

publikacije

Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku

nastave

Prezentacija Praktičan rad

Obvezna literatura:

1. Dawson-Saunders B, Trapp RG. Basic & Clinical Biostatistics. 3. izdanje. Prentice-Hall

Int. Inc., London, 2000.

2. Petrie A, Sabin C. Medical statistics at a glance. Blackwell Science, Oxford, 2000.

Dopunska (preporučena) literatura:

1. Petz B. Osnovne statističke metode za nematematičare. III. dopunjeno izd. Naklada Slap,

Jastrebarsko, 1997.

2. Marušić M. Uvod u znanstveni rad u medicini. III. obnov. izd. Medicinska naklada, Zagreb,

2004.

3. StatSoft Inc. Electronic Statistics Textbook. Tulsa, OK: StatSoft, 2002.

(http://www.statsoft.com/textbook/stathome.html)

4. Moher D, Schulz KF, Altman DG, for the CONSORT Group. The CONSORT statement:

revised recommendations for improving the quality of reports of parallel group randomized

trials. Lancet 2001;357:1191-4. (http://www.consort-statement.org/revisedstatement.htm)

Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe (evaluacija):

1. testiranje znanja na kraju svake treće vježbe

2. test na kraju nastave s anketom (anonimno)

43


Naziv predmeta: MOLEKULARNA BIOLOGIJA STANICE

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Hrvoje Lepeduš1

Izv.prof.dr.sc. Koraljka Gall Trošelj, viša znanstvena suradnica2

Ustanova nositelja predmeta: 1Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja

Strossmayera u Osijeku 2Institut Ruđer Bošković




Cilj predmeta:

Zadaća kolegija je dati temeljna znanja o građi, strukturi i funkciji stanice, osnovne jedinice

života. Posebno je važno da studenti usvoje princip dinamičke povezanosti između struktura i

njihovog funkcioniranja u stanici, te da usvoje spoznaju o kontinuitetu staničnih procesa.

Poseban cilj je povezivanje dosadašnjih znanja studenata i funkcioniranja stanice na

molekularnoj razini.

Sadržaj predmeta:

Kemijski sastav stanice. Pregledni plan stanične organizacije: protocite, eucite. Organizacija i

kemizam biomembrana. Oblici transporta kroz biomembranu. Citoskelet. Struktura i funkcija

interfazne jezgre: kromosomi, DNA i geni. Kontrola genske ekspresije. Stanični ciklus.

Replikacija. Transkripcija. Mitoza i endomitoza. Mejoza i crossing-over. Endoplazmatski

retikulum, ribosomi i biosinteza proteina. Golgijev sustav, lizosomi, peroksisomi,

glioksisomi, vakuole. Mitohondriji: ultrastruktura i funkcija. Stanična energetika. Plastidi i

plastidni pigmenti. Ultrastruktura kloroplasta i fotosinteza. Diferencijacija stanica i kontrola

rasta. Molekularni mehanizmi koji dovode do razvoja karcinoma. Posebnosti metabolizma

stanica karcinoma.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima potrebnim za korištenje biološke terminologije, moći

će opisati, povezati i kritički analizirati osnovne znanstvene spoznaje o građi i funkciji

stanica, te objasniti princip dinamičke povezanosti između struktura i njihovog funkcioniranja

u stanici.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu Konzultacije Rad u

laboratorij

u

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

44

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima i vježbama ili

konzultacijama, te pripremiti seminare na odabrane teme.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study


Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene

publikacije

Projekt Kontinuirana provjera znanja u

tijeku nastave Prezentacija Praktičan rad

Obvezna literatura:

ALBERTS, A., JOHNSON, A., LEWIS, J., RAFF, M., ROBERTS, K., WALTER, P., 2007:

Molecular biology of the cell. 5th ed. Garland Science, New York – Abingdon.

COOPER, G.M., HAUSMAN, R.E., 2010: Stanica – molekularni pristup. Peto izdanje.

(Urednik hrvatskog izdanja: Lauc, G.) Medicinska naklada Zagreb.

MURRAY, R.K., BENDER, D.A., BOTHAM, K.M., KENNELLY, P.J., RODWELL, V.W.,

WEIL, P.A., 2011: Harperova ilustrirana biokemija. 28. izdanje. (Urednice hrvatskog izdanja:

Lovrić, J., Sertić, J.) Medicinska naklada Zagreb.

LEPEDUŠ, H., CESAR, V., 2010: Osnove biljne histologije i anatomije vegetativnih organa.

Sveučilište J. J. Strossmayera u osijeku, Odjel za biologiju, Osijek.


REECE, J.B., URRY, L.A., CAIN, M.L., WASSERMAN, S.A., MINORSKY, P.V.,

JACKSON, R.B., 2013: Campbell biology. 10th ed. Pearson - Benjamin Cummings, San

Francisco.

VOET, D., VOET J.G., 2010: Biochemistry, 4th ed. John Wiley & Sons, Inc. New York.

AMBRIOVIĆ RISTOV, A., 2007: Metode u molekularnoj biologiji. Institut Ruđer Bošković,

Zagreb.


Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta

Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku

na temelju uspjeha na ispitu i anketa.

45


Naziv predmeta: METODIKA IZRADE ZNANSTVENOG RADA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Vera Cesar

Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju, Sveučilište Josipa Jurja





Cilj predmeta:

Zadaća kolegija jest dati znanja o načinima organiziranja istraživačkog zadatka i načinima

prezentacije rezultata znanstvenoj javnosti, te etičkim načelima kojih se treba pridržavati.

Tijekom seminara studenti će organizirati znanstveni skup polaznika studija, te na njemu

prezentirati samostalno pripremljenu prezentaciju znanstvenih rezultata (poster, izlaganje ili

kratki znanstveni rad).

Sadržaj predmeta:

Ciljevi znanstvenog rada. Razlike između znanstvenog i stručnog rada. Komponente

znanstvenog rada. Korištenje literature. Eksperiment, ispitivanje, istraživanje, organizacija

rada na terenu (pojmovi, razlike). Obrada rezultata: sortiranje, primjena adekvatnih

statističkih metoda, modeliranje, predviđanje. Prezentacija istraživanja: objavljivanje

rezultata, izlaganje, poster. Pisanje članka (znanstvenog, stručnog, preglednog, znanstveno-

popularnog). Citiranje literature. Prijave na znanstvene i stručne skupove. Osnovna načela u

izlaganju rezultata. Etika u istraživačkom rada (objavljivanje rezultata, korištenje tuđih

podataka, citiranje drugih autora, odnos među istraživačima).


Studenti će ovladati temeljnim znanjima potrebnim za samostalno postavljanje istraživačkog

zadatka, prezentiranje i publiciranje rezultata.


ECTS bodovi 4


Seminari 10

Vježbe

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

46

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama,

organizirati znanstveni skup polaznika studija, te na njemu prisustvovati s jednim od oblika

prezentacije znanstvenih rezultata.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



publikacije



Obvezna literatura:

KNIEWALD, J., 1993: Metodika znanstvenog rada. Manualia Universitatis Studiorum

Zagrebiensis, Miltigraf, Zagreb.

SILOBRČIĆ, V., 1994: Kako sastaviti i objaviti znanstveno djelo. Zagreb.

DAY, R.A., 1988: How to write & publist a scientific paper. Oryx Press, Phoenix, New York.

MATTHEWS, J.R., BOWEN, J.M., MATTHEWS, R.W., 1996: Successful scientific writing.

Cambridge University Press. Melbourne.

JONES, A., REED, R., WEYERS, J., 2003: Practical skills in biology, Pearson, Prentice Hall,

London.


FULGOSI, H., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Differential accumulation of

plastid preprotein translocon components during spruce (Picea abies L. Karst.) needle

development. Biol. Chem., 386, 777-783.

LEPEDUŠ, H., JOZIĆ, M., ŠTOLFA, I., PAVIČIĆ, N., HACKENBERGER, B. K., CESAR, V., 2005:

Changes in guaiacol peroxidase activity in the peel of Unshiu mandarin (Citrus unshiu Marc.)

LEPEDUŠ, H., GAĆA, V., CESAR, V., 2005: Guaiacol peroxidases and photosynthetic pigments

during maturation of spruce needles. Croat. Chem. Acta, 78(3), 355-360.

CESAR, V., LEPEDUŠ, H., LJUBEŠIĆ, N., 2004: Histochemical observations on the needles of

Norway spruce (Picea abies L. Karst.) trees affected by cement dust pollution. Phyton, 44,

205-217.

HAS-SCHÖN, E., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., 2002: Trendline analysis in biological processes

during the proliferation of spruce vegetative buds into young needles. Period. biol. 104, 469-

474.





47


Naziv predmeta: PROJEKTNI MENADŽMENT U ZNANOSTI

OPĆI PODACI:



Nositelji predmeta: Izv.prof.dr.sc.Neven Žarković, znanstveni savjetnik-trajno zvanje

Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković



Godina i semestar u kojem se predmet predaje: 1. godina 1. semestar

Cilj predmeta:

Osposobiti polaznike nastave za samostalan rad i za rad u projektnoj skupini za izradu

znanstveno-istraživačih projektnih prijava i njihovu realizaciju. Poseban naglasak je na

timskom radu i procjeni individualnog afiniteta svakog studenta za odgovarajuću funkciju u

projektnom timu.

Sadržaj predmeta:

1. Koncipiranje ideje: prikupljanje podataka, pretraživanje baze patenata,state-of-the-art,

pisanje sažetka

2. Pravne osnove korištenja interneta u projektnom menadžmentu

3. Razrada razvojnog projekta i poslovnog plana: zadaci, resursi, budžetiranje

4. Prezentiranje projekta: koncept prezentacije, prilagodba auditoriju, izvještavanje

5. Poslovni planovi u znanosti: koncepcija i namjena, specifičnosti realizacije

6. Primjeri znanstveno-istraživačkih projekata i projektnih prijava

7. Primjeri znanstvenih i tehnologijskih projekata EU i SAD

8. Izrada i prezentacija virtualnih projektnih prijava


Polaznici će steći temeljna znanja i praktične vještine potrebne za samostalan rad i rad u

projektnoj skupini tijekom izrade projektnih prijava. Steći će i vještinu javnog prikaza prijave.

Uvježbati će se zajedničkom radu projektne skupine. Polaznici će biti upoznati s osnovnim

značajkama znanstvenih projekata te principima projektnog upravljanja.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje

na daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene: Odabir projektnih prijava će biti usklađen s interesima i mogućnostima

studenata.

48

Obveze studenata: Redovno i aktivno sudjelovanje u nastavi provjereno doprinosom u radu

seminara i vježbi uz izradu individualne projektne prijave i prikaza izrade projekta skupine.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. CORDIS FP7 materials

2. Project management tutor (2003) Accord software & sytems Inc. Software shareware

program

3. Ministarstvo znanosti obrazovanja i športa (Ministarstvo znanosti i tehnologije): Projekt

tehnologijskog razvitka.

4. Žarković N. i Jurina M. (ur.), Posebnosti projektnog menadžmenta u znanstveno-

istraživačkom radu, VSPU udžbenik u izradi


1. Drucker, P. (1994), The coming of knowledge-based business, Harvard Business review,

Sep-Oct. 1994, pp. 165-170.

2. Lundvall, B.A. (1992), National system of innovations, towards theory of innovation and

interactive learning,, Pinter Publishers, London

3. Radošević, S (1994), Strategic Technology Policy for Eastern Europe, Economic Systems,

Vol. 18., No.2

4. European Commission (2002): Implementing the priority thematic areas of the Sixth

Framework Programme http://europa.eu.int/comm/research/fp6/documents_en.html

5. Žugaj, M., K. Dumičić, V. Dušak, Temelji znanstvenoistraživačkog rada, Metodologija i

metodika, Fakultet organizacije i informatike, Varaždin, 1999.

6. Katarina Prpić:U potrazi za akterima znanstvenog i tehnološkog razvoja IDIS, Zagreb

2000

7. J. Irvine and B.R. Martin: Picking the Winners, 1983

8. T. Kealey: The Economic Laws of Scientific Research, 1996

9. Science & Engineering Indicators, National Science Board, NSF, 2000

10. Inventing a Better Future – Report from the InterAcademy Council

www.interacademycouncil.net/report.asp?id=6258

11. Human Development report, 2003, UNDP, www.undp.org/hdr2003

12. Dr. Raoul Kneucker, Austria, Scientific Entrepreneurship in a Science System

http://www.mzos.hr/

13. Dr. Heikki Kotilainen, TEKES Finland, Deputy Director General, Finnish R&D policy,

best practices, lessons learned and experience with former EU candidate countries

http://www.mzos.hr/

14. Dr. Charles W. Wessner, Director Technology Innovation, National Academy of Sciences,

USA, Crossing the Valley of Death: SBIR and STTR in the United States

http://www.mzos.hr/

15. Dr. Arie van-der-Zwan, EU R&D policy, best practice, prospective for future candidate

countries http://www.mzos.hr/

http://europa.eu.int/comm/research/fp6/documents_en.html

http://www.interacademycouncil.net/report.asp?id=6258

http://www.undp.org/hdr2003

../../../Documents%20and%20Settings/Korisnik/Local%20Settings/temp/Download/2004/06/05/Kneucker.ppt

http://www.mzos.hr/

../../../Documents%20and%20Settings/Korisnik/Local%20Settings/temp/Download/2004/06/05/Kotilainen.ppt

../../../Documents%20and%20Settings/Korisnik/Local%20Settings/temp/Download/2004/06/05/Kotilainen.ppt

http://www.mzos.hr/

../../../Documents%20and%20Settings/Korisnik/Local%20Settings/temp/Download/2004/06/05/Wessner.ppt

../../../Documents%20and%20Settings/Korisnik/Local%20Settings/temp/Download/2004/06/05/Wessner.ppt

http://www.mzos.hr/

../../../Documents%20and%20Settings/Korisnik/Local%20Settings/temp/Download/2004/06/05/Zwan.ppt

../../../Documents%20and%20Settings/Korisnik/Local%20Settings/temp/Download/2004/06/05/Zwan.ppt

http://www.mzos.hr/

49

Kvalifikacijski radovi nastavnika:

1. Žarković N. (2001) Projekt otvorenih Austro-hrvatskih laboratorija za temeljna i

primjenjena istraživanja u područjima prirodnih znanosti, biomedicine i biotehnologije.

IDM-INFO, 3/2001:70-73

2. Pifat Mrzljak G, Žarković N. (Eds.) (2003): Towards the European University Networks:

Trends and Challenges in Higher Education. Hrvatsko-austrijsko Društvo, Zagreb

3. Žarković N., Craig. S., Pavelić K., et al. (2003) Advanced Biomedical Diagnostics:

Functional Genomics, Project Business Plan, RBI-STP

4. Žarković N., Craig. S. (2003) Postgraduate School of Molecular Biomedicine, Project

Business Plan, RBI-STP

5. Žarković N., Reichl H., Craig. S. (2003) Bioassay Analysis Of Prion Associated

Diseases, Project Business Plan, RBI-STP

6. Etlinger B. et al. Long-term Business Plan of Rudjer Boskovic Institute, RBI-STP, 2003

7. Tin Matić: Uvod u pravo elektronske trgovine, Odvjetnik br. ¾, Zagreb, 2000;

8. Tin Matić: Primjena elektroničkog potpisa, Zbornik sa seminara Pravnika u gospodarstvu,

Opatija 2002, Zagreb, 2002

9. Dina Korper Žemva: AWA Information 03/01 – Technology Transfer in Pharmaceutical

Industry

10. Dina Korper Žemva: AWA Information 05/02 – Drug research in Croatia


Upitnici za ispitivanje stavova korisnika programa prema programu i izvoditeljima.

50


Naziv predmeta: OSNOVNE METODE U MOLEKULARNOJ BIOLOGIJI I

MEDICINI

OPĆI PODACI:


Modul: izborni kolegij (metodološki)

Nositelj predmeta: dr.sc. Andreja Ambriović Ristov, dr.sc. Neda Slade


Suradnici – izvoditelji: Anamaria Brozović, Koraljka Gall-Trošelj, Silva

Hećimović, Maja Herak Bosnar, Dubravka Hranilović,

Brankica Mravinac

Status predmeta: □ obvezni X izborni

Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina , I. semestar

Cilj predmeta:

Stjecanje teoretskog i praktičnog znanja o osnovnim metodama rada u biologiji i medicini.

Kvalitetno znanstveno obrazovanje mora omogućiti teoretsko i praktično poznavanje metoda

rada.

Sadržaj predmeta:

Predmet je skup predavanja i vježbi kojima su obuhvaćene najvažnije metode u

eksperimentalnom radu u biologiji i medicini. Većina metoda uključuje i vježbe koje se

izvode u laboratoriju. Svaki predavač u okviru predmeta počinje sa teoretskim uvodom, kako

bi studenti mogli dalje pratiti praktični rad. Predviđa se kontinuirano obogaćivanje sadržaja

predmeta modernim metodama. Na seminarima se zajednički obrađuju članci samih

predavača s ciljem da se objasni zašto se i za koju svrhu određena metoda upotrebljava.

Predmet uključuje praktičan rad, međutim neke metode zbog dužine trajanja i/ili cijene,

obrađuju se samo pokazno. Predviđa se kontinuirano obogaćivanje sadržaja predmeta

modernim metodama. Na seminarima se zajednički obrađuju članci samih predavača s ciljem

da se objasni zašto se i za koju svrhu određena metoda upotrebljava.

Predmet obuhvaća sljedeće metode: izolacija DNA i RNA, elektroforeza u agaroznom gelu,

lančana reakcija polimerazom (PCR), reverzna transkripcija (RT), natrij dodecil sulfat

elektroforeza (SDS-PAGE), Western blot, analiza produkata reakcije PCR cijepanjem uz

pomoć restrikcijskih enzima (RFLP), imunocitokemija, kulture stanica, transfekcija,

određivanje apoptoze (fluorescencijom, izolacijom DNA fragmenata), kloniranje u plazmidni

vektor, Southern i dot blot hibridizacija, real time PCR, određivanje primarnog slijeda

nukleotida-sekvenciranje, heteroduplex analiza, analiza gubitka heterozigotičnosti, analiza

jednolančanih oblika DNA, biblioteke gena, konfokalna laserska pretražna mikroskopija,

elektronska mikroskopija, Ames test, gel elektroforeza u promjenjivom električnom polju

(PFGE), biokemijske metode pročišćavanja proteina, DNA microarray.


Predmet omogućuje proširivanje praktičnog znanja o eksperimentalnim metodama u biologiji

i medicini. Osim temeljite obrade svake pojedine metode, na seminarima se obrađuju

znanstveni članci samih predavača. Cilj seminara je na konkretnim znanstvenim problemima

pokazati kako se metoda bira i kako se opisuje u znanstvenom članku, odnosno kako se piše

poglavlje znanstvenog članka «Materijali i metode».


ECTS bodovi 8

51


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 40



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene: U početku će se vježbe izvoditi u laboratorijima predavača, ali s vremenom se

nadamo da će Institut Ruđer Bošković osigurati jedan manji laboratorij namijenjen upravo toj

svrsi. Ovaj predmet temelji se na trogodišnjem iskustvu obrazovnog projekta

"METODOLOŠKI TEČAJEVI U BIOLOGIJI I MEDICINI" koji se organiziraju u sklopu

Instituta Ruđer Bošković www.metode.avalon.hr

Obveze studenata:

Redovito pohađanje predavanja i aktivno sudjelovanje na seminarima i vježbama.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study

Način ocjenjivanja: seminarski rad i pismeni ispit koji sastavljaju svi predavači zajedno


slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

-Sambrook J, Fritsch, E., Maniatis, T. (1989) Molecular cloning laboratory manual, 2nd ed.

Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.

-Ausbel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K. (1992)

Short protocols in molecular biology, Harvard Medical School, Greene Publishing Associates

and John Wiley and Sons, USA

-Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ. (1990) PCR Protocols. A guide to methods

and applications. Academic Press, Inc. USA


Ambriović Ristov i sur. (2003-2005) Metodološki tečajevi u biologiji i medicini, skripte uz

tečajeve, Institut Ruđer Bošković, Zagreb



Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem ankete

od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane voditeljstva.

http://www.metode.avalon.hr/

52


Naziv predmeta: MODERNE EKSPERIMENTALNE METODE FIZIKE U

PRIRODNIM ZNANOSTIMA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr. sc. Mile Ivanda, znanstveni savjetnik



Status predmeta: x izborni

Godina i semestar u kojem se predmet predaje: 1.god. I. godina, I. semestar

Cilj predmeta:

Savladavanje teorijskih i eksperimentalnih vještina u primjeni modernih eksperimentalnih

metoda fizike u biologiji, kemiji i medicini. Upoznavanje s eksperimentalnim radom na

analitičkim metodama koje postoje na IRB-u. Obrada eksperimentalnih podataka modernim

računalskim metodama.

Sadržaj predmeta:

Osnove vakuumske fizike. Osnove niskotemperaturene fizike. Metode za depoziciju tankih

filmova. Metode pripreme praskastih uzoraka. Sol-gel metoda. Stakla. Keramike. Kompozitni

materijali. Nanomaterijali. Difrakcija x-zrakama. Laseri. Ramanova spektroskopija.

Infracrvena spektroskopija. Apsorpcijska spektroskopija. Fotoluminescencija. Florescencija.

Fosforescencija. Elipsometrija.

Optička mikroskopija. Konfokalna mikroskopija. Transmisijska i pretražna elektronska

mikroskopija. Pretražna tunelska mikroskopija (STM). Mikroskopija atomskim silama

(AFM). Pretražna optička mikroskopija bliskog polja (SNOM). Nuklearna magnetska

rezonancija (NMR). Elektronska paramagnetska rezonancija (EPR). Moessbauerova

spektroskopija. Statistička obrada eksperimentalnih podataka. Obrada podataka softwerskim

paketima: EXCEL, ORIGIN, MATHCAD, STATISTICA, PEAKFIT, J-IMAGE.

Vježbe:

Izrada i javna prezentacija seminarskog rada na jednoj od eksperimentalnih metoda IRB-a.

Posjeta laboratorijima IRB-a i dirktno upoznavanje s eksperimentalnim metodama moderne

fizike.


U modernim prirodnim znanostima interdisciplinarnost kao i usvajanje modernih

eksperimentalnih metoda fizike igraju ključnu ulogu u njihovom razvoju. Kod mladih biologa

i medicinara, glavna barijera za usvajanje ovih metoda je kompleksan matematički aparat

fizike nužan za njihovo savladavanje. Ovim premetom, uz matematički aparat i predznanje

fizike primjereno polaznicima, ove bi se metode usvojile i time omogućile njihovu primjenu u

daljnjem znanstvenom radu.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 25

Ukupno 35

53



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene: Redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 6 sati nastave.

Obveze studenata:



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. M. Ivanda: Moderne eksperimentalne metode fizike u prirodnim znanostima, Skripta u

pripremi.

2. Miroslav Furić: Eksperimetalne metode moderne fizike, Školska knjiga, Zagreb, 1994.

3. Lecture Notes in Physics: Nanoscale Spectroscopy and Its Applications to

Semiconductor Research, Eds.Y. Watanabe, S. Heun, G. Salviati, and N. Yamamoto,

Springer Verlag 2002,

4. Physical Methods in Bioinorganic Chemistry – Spectroscopy and Magnetism, Ed.

Lawrence Que, Sausalito, 2002.

5. Nanostruktured Materials, Editor Carl C. Koch, William Andrew Publishing, Norwich/

New York, 2002.

6. David Harvey, Modern Analytic Chemistry, McGraw-Hill, New York, 1990.


1. Hans Kuzmany: Solid State Spectroscopy – An Introduction, Springer, Wien, 2002.

2. George Turrell: Infrared and Raman Spectra of Crystals, Academic Press, London,

1972.

3. Claus F. Klingshirn, Semiconductors Optics, Springer, Berlin, 1997.

4. Frank J.Blatt, Modern Physics, McGRAW-HILL, New York,1992.

5. Prospects in Nanotehnology, Proceedings of the First General Conference on

Nanotechnology, Editors M. Krummenacker and J. Lewis, Wiley & Sons, New York /

Chichester / Brisbane / Toronto/ Singapore, 1995.


upitnici za ispitivanje stavova korisnika programa

provjera razumijevanja dobivenih informacija,

rasprave sa studentima i kolegama,

praćenje napredovanja svakoga studenta,

evaluacija uspješnosti predmenta svake godine od strane zajedničkog stručnog

povjerenstva Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta

u Osijeku”

54


Naziv predmeta: OSNOVE METODA MAGNETSKE REZONANCIJE

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Marina Ilakovac Kveder, znanstvena savjetnica





Cilj predmeta:

Naučiti osnove različitih metoda istraživanja bioloških sustava metodama koje se zasnivaju na

magnetskoj rezonanciji. Pri tome će se obuhvatiti aspekti nuklearne magnetske rezonancije i

elektronske paramagnetske rezonancije. Također će se u okviru kolegija teorijske znanja

demonstrirati na primjerima aktualnh istraživačkih projekata.

Sadržaj predmeta:

Tematske cjeline:

- Spinski i magnetski moment

- Magnetska rezonancija

- Manipulacije spinskim stanjima

- Osnove teorije relaksacije

- NMR i primjene

- EPR i primjene


Stečeno znanje omogućit će kritički pristup analizi podataka iz literature ili dizajniranje i

provođenje vlastitih pokusa u suradnji s grupom koja izvodi nastavu


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati seminarima i vježbama.


Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study


55


slučaja Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

A. Carrington and A.D.McLachlan, Introduction to magnetic resonance, Harper and Row,

1967

L.J.Berliner: Spin labeling, Theory and applications, Academic press 1976

L.J.Berliner: Spin labeling, The next millenium, Plenum Press 1998

A.E.Derome: Modern NMR techniques for chemistry for chemistry research, Pergamon Press,

1987

M.H.Lewitt: Spin Dynamics, John Wiley and Sons, 2001


Redovito praćenje radova iz časopisa Magnetic resonance in biology and medicine



Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.

56


Naziv predmeta: NUKLEARNE METODE ZA ANALIZU BIOLOŠKIH

MATERIJALA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr. sc. Ivančica Bogdanović Radović, viša znanstvena suradnica





Cilj predmeta:

U prvom dijelu ovog predmeta cilj je upoznati studente s fizikalnim principima i vrstama

ionizirajućeg zračenja koje susrećemo u prirodi te načinima kojima to zračenje međudjeluje s

materijom. U drugom dijelu predmeta bit će prikazano kako se akceleratori nabijenih čestica i

nuklearne analitičke metode mogu koristiti za karakterizaciju bioloških uzoraka. Bit će opisan

princip rada ionske mikroprobe kao jedinstvenog instrumenta koji je uz analitičke primjene

pogodan i za istraživanje utjecaja čestičnog zračenja ne pojedinačnu živu stanicu i okolinu te

stanice (bystander effect).

Sadržaj predmeta:

Ionizirajuće zračenje. Elektromagnetsko zračenje. Čestično zračenje. Alfa čestice. Beta čestice.

Kozmičko zračenje. Međudjelovanje zračenja i materije. Detekcija zračenja. Izvori zračenja u

prirodi. Čovjekova izloženost zračenju iz prirodnih izvora. Načini na koje zračenje utječe na žive

stanice. Zračenje možemo proizvesti i korištenjem akceleratora – izvora iona visokih energija.

Nuklearne analitičke metode koje se koriste za karakterizaciju bioloških uzoraka. Protonima

inducirana emisija x-zraka. Rutherfordovo raspršenje unatrag. Princip rada ionske mikroprobe.

Proučavanje pojedinačnih stanica korištenjem fokusiranog snopa iona iz ionske mikroprobe.

Skenirajuća transmisijska ionska mikroskopija. Metode ozračivanja pojedinačnih stanica.

Predmet bi uključivao i posjet Laboratoriju za interakcije ionskih snopova gdje bi studenti bili

upoznati s akceleratorom i ionskom mikroprobom, te prisustvovali demonstraciji jednog

eksperimenta za karakterizaciju bioloških uzoraka.


U ovom predmetu studenti bi stekli osnovna znanja o vrstama zračenja koja nas okružuju u

prirodi. Naučili bi osnovne fizikalne principe i načine na koje zračenje međudjeluje s materijom s

posebnim naglaskom na djelovanje na žive stanice.

Također studenti bi se upoznali s eksperimentalnim metodama nuklearne i atomske fizike u

kojima se pomoću snopa iona visoke energije proučavaju biološki uzorci. U okviru posjeta

laboratoriju studenti bi stekli uvid u eksperimentalne opremu i metode koje se koriste.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 25

Ukupno 35



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

57

Napomene:

Obveze studenata: redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 4 sata,

redovito pohađanje vježbi te istraživanje za temu seminara koja će biti individualno dodijeljena

svakom studentu

- pohađanje vježbi te održavanje seminara su obavezni


Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski rad Vježba ili case

study


Pismeni ispit Usmeni ispit Esej/Seminar Prikaz slučaja Analiza

objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Zvonimir Jakobović: Ionizirajuće zračenje i čovjek, Školska Knjiga, Zagreb, 1991.

2. Proceedings of the 8th International Conference on Nuclear Microprobe Technology and

Applications, Nuclear Instruments and Methods in Physics Research B210 (2003), Elsevier

B.V., Netherlands

3. Tesmer and Nastasi, “Handbook of Modern Ion Beam Materials Analysis”, Materials

Research Society (1995)


1. John Quaedackers: Elemental Analysis of Biological Tissues with a Proton Microprobe,

Universiteitsdrukkerij Technischje Universiteit Eindhoven, 2001


- rasprave sa studentima i kolegama radi provjere razumjevanja dobivenih informacija te

razumljivosti načina prezentacije

- uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer

Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku

58


Naziv predmeta: METODE UZGOJA STANICA I TKIVA ZA BIOMEDICINSKA

ISTRAŽIVANJA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Neven Žarković, znanstvei savjetnik-trajno zvanje

Dr.sc. Suzana Borović Šunjić, viša znanstvena suradnica





Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznati polaznike studija s osnovnim metodama uzgoja stanica i tkiva, kao i

metodama praćenja osnovnih parametara rasta stanica. Nakon pohađanja ovog kolegija,

polaznici bi trebali dobiti osnovno znanje o radu sa staničnim kulturama koje bi im omogućilo

samostalan rad sa staničnim kulturama.

Sadržaj predmeta:

- prednosti i nedostaci upotrebe staničnih kultura; biologija staničnih kultura

- aseptičke metode i održavanje sterilnosti

- uvjeti za uzgoj staničnih kultura: supstrati, medij i temperatura

- izolacija primarnih staničnih kultura

- uzgoj organokultura

- održavanje i čuvanje staničnih kultura

- mjerenje vijabilnosti i citotoksičnosti

- dizajn pokusa i tumačenje rezultata

- specijalizirane tehnike rada sa staničnim kulturama


- savladavanje rada u sterilnim uvjetima

- osnove uzgoja stanica i rada sa staničnim kulturama

- osnove dizajniranja pokusa i tumačenja rezultata


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

59

Napomene:

Obveze studenata:

redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 2 sata nastave



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Sović A, Borović S, Lončarić I, Kreuzer T, Žarković K, Vuković T, Waeg G, Hrašćan

R, Wintersteiger R, Klinger R, Zurak N, Schaur RJ, Žarković N: The carcinostatic and

proapoptotic potential of 4-hydroxynonenal in HeLa cells is associated with its

conjugation to cellular proteins. Anticanc Res, 21:1997-2004, 2001

2. Semlitsch T, Tillian HM, Žarković N, Borović S, Purtscher M, Hohenwarter O,

Schaur RJ: Differential Influence of the Lipid Peroxidation Product 4-Hydroxynonenal on

the Growth of Human Lymphatic Leukaemia Cells and Human Peripheral Blood

Lymphocytes. Anticancer Res, 22:1689-1697, 2002

3. Wildburger R, Žarković N, Borović S, Žarković K, Kejla Z: Enhanced osteogenesis:

Systemic consequence of traumatic brain injury: U: Shock, sepsis and Organ Failure, 5th

Wiggers Bernard Conference. Schlag G, Redl H, Traber DL, (ur.), Springer-Verlag,

Heidelberg, 305-318, 1997

4. Freshney RI: Animal cell culture: A practical approach, Irl Press

5. skripta (u pripremi)


1. Freshney RI: Culture of animal cells, Wiley-Liss

2. Adams R.L.P.: Laboratory techniques in biochemistry and molecular biology,

ELSEVIER

3. Borović Šunjić, Suzana; Čipak, Ana; Wildburger, Renate; Žarković, Neven. The

influence of 4-hydroxy-2-nonenal on proliferation and differentiation of human

osteosarcoma cells. Biofactors. 2005, u tisku


Za pojedina predavanja – tematske cjeline – provjera razumijevanja dobivenih informacija,

načina prezentacije, itd.

Rasprave sa studentima i kolegama – anketa po završetku kolegija.

Praćenje napredovanja svakoga studenta.

Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva

ustanova nositelja studija. Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno

povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”.

60


Naziv predmeta: OSNOVE IMUNOKEMIJSKIH METODA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr. sc. Paško Konjevoda, viši znanstveni suradnik

Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zagreb




Cilj predmeta:

Za kemijsku i/ili instrumentalnu analizu bioloških tvari u većini slučajeva potrebno je naporno

i dugotrajno izdvajanje ciljnih supstanci. Imunokemijske metode su osjetljive, jednostavne,

selektivne, brze i isplative zamjene ili dodaci raspoloživim analitičkim metodama. Jedna od

glavnih prednosti imunokemijskih analiza je mogućnost kvalitativne i kvantitativne

karakterizacije veoma malih količina tvari neposredno u složenim biološkim uzorcima.

Sadržaj predmeta:

Definicija antigena (epitop) i protutijela (paratop). Reakcije antigen-protutijelo (specifičnost,

afinitet, križna reaktivnost) i osnove na kojima se temelje imunokemijske tehnike.

Imunizacija i priprava specifičnih poliklonalnih protutijela: imunogeni (stanice, velike

molekule, hapteni, priprava haptenskih konjugata), imunizacija (životinje, postupci

imunizacije, adjuvansi), klase imunoglobulina, skupljanje i skladištenje antiseruma. Priprava

monoklonskih i rekombinantnih protutijela. Izolacija, pročišćavanje i karakterizacija

protutijela. Obilježavanje protutijela.

Imunotaloženje, aglutinacija, inhibicija aglutinacije. Metode taloženja u gelu u uvjetima

difuzije (jednostruka i dvostruka, jedno- i dvodimenzionalna imunodifuzija). Elektroforeza i

imunoelektroforeza, bugačenje i njegova imunodetekcija. Radiokemijske metode (RIA).

Imunoenzimatske (ELISA) i imunofluorescentne metode (FIA). Protočna citometrija.


Upoznavanje s temeljima imunokemijskih metoda i mogućnostima njihove primjene u

kvantitativnoj i kvalitativnoj analizi biološkog materijala.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

Redovno pohađanje nastave, izrada seminarskog rada, sudjelovanje u praktičnoj nastavi,

rasprave


61

Redovno pohađanje

nastave

Aktivnosti u

nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

Butler JE, IMMUNOCHEMISTRY OF SOLID-PHASE IMMUNOASSAY, CRC Press,

Boca Raton, 1991.

Brousseau P, Beaudet M, MANUAL OF IMMUNOLOGICAL METHODS, CRC Press, Boca

Raton, 1998.

Day ED, ADVANCED IMMUNOCHEMISTRY, Wiley-Liss, NY, 1990.

Longobardi Givan Alice (2001) FLOW CYTOMETRY: FIRST PRINCIPLES, 2nd Edition,

Wiley

Goers J, IMMUNOCHEMICAL TECHNIQUES LABORATORY MANUAL, Academic

Press, San Diego, 1993.

Javois LC, IMMUNOCYTOCHEMICAL METHODS & PROTOCOLS, Humana Press,

Totowa, NJ, 1999.

Johnstone A, Thorpe R, IMMUNOCHEMISTRY IN PRACTICE, Blackwell Science,

Cambridge, MA, 1996.

Manson MM, IMMUNOCHEMICAL PROTOCOLS, 1992.

Phillips TM, ANALYTICAL TECHNIQUES IN IMMUNOCHEMISTRY, Dekker, NY,

1992.

Pokrić B, PRECIPITATION AT EQUIVALENCE AND EQUILIBRIUM: A METHOD FOR

THE DETERMINATION OF EQUILIBRIUM CONSTANTS OF REACTION

BETWEEN MULTIDETERMINANT ANTIGEN AND SPECIFIC POLYCLONAL

ANTIBODIES, J Chem Inf Comput Sci 40: 524-529, 2000.

Pound JD, IMMUNOCHEMICAL PROTOCOLS, Humana Press., Totowa, NJ, 1998.

Riley RS, Mahin E J, Ross W, CLINICAL APPLICATIONS OF FLOW CYTOMETRY,

Igaku-Shoin Press, NY, 1993.

Van Oss CJ, Van Regenmortel MH, IMMUNOCHEMISTRY, Dekker, NY, 1994.

Ritter MA, Ladyman, HM, Monoclonal antibodies - Production, engineering and clinical

application, Cambridge University Press, 1995.


Padlan EA, ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEXES. R.G. Landes Co., Austin, Texas, 1994.

Van Regenmortel MHV, STRUCTURE OF ANTIGENS. Vol. 3. CRC Press, Boca Raton, FL,

1996.


Provjera razumijevanja dobivenih informacija za tematske cjeline.

Ispitivanje primjerenosti programa, načina prezentacije, nastavnih materijala, usvajanja

gradiva na kraju predavanja.

Rasprave sa studentima i kolegama.


Uspješnost kolegija evaluirati će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta


http://www.bestwebbuys.com/Eduardo_A_Padlan-author.html?isrc=b-compare-author

62


Naziv predmeta: OSNOVNE METODE I CILJEVI OPLEMENJIVANJA BILJA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Sonja Marić1

Doc. dr. sc. Alojzije Lalić, znanstveni savjetnik2

Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja

Strossmyera u Osijeku 2Poljoprivredni institut Osijek


Status predmeta: □ obvezni X □ izborni


Cilj predmeta:

Oplemenjivanje bilja pruža temeljna znanja za razumjevanje postupka korištenja učinaka

gena u poboljšanju gospodarskih svojstava kultiviranog bilja. Temeljno je ukazati na ciljeve

oplemenjivanja kao znanstvene i stručne discipline čiji je cilj u konačnici stvaranje novih

kultivara, na način ostvarivanja postavljenoga cilja, u klasičnom oplemenjivanju ili uz pomoć

biotehnologije, vezano uz urod, namjensku kakvoću, otpornost na bolesti, reakciju na stresne

uvjete, adaptibilnost ... .

Sadržaj predmeta:

1. Naziv: Uvod i povijest oplemenjivanja. Sadržaj:Važnost oplemenjivanja, faze u razvoju

oplemenjivanja i najvažnija razdoblja (oplemenjivanje sorti, jednostruka hibridizacija,

dvostruka hibridizacija), oplemenjivanje na različita svojstva.

2. Naziv: Genetski resursi u oplemenjivanju bilja i poboljšavanje germplazme. Sadržaj:

Svrha i i cilj predmeta je upoznati studente sa značenjem genetskih resursa i načinima njihova

korištenja u oplemenjivanju kulturnog bilja.

3. Naziv: Oplemenjivačke metode i ciljevi oplemenjivanja. Sadržaj: Metode oplemenjivanja

i selekcije samooplodnih kultura, metode oplemenjivanja i selekcije stranooplodnih kultura,

rekurentna selekcija, selekcija hibrida, selekcija klonskih i sintetičkih kultivara.

4. Naziv: Adaptabilnost i stabilnost genotipa, Interakcija genotip × okolina. Sadržaj: Pokusi

u više okolina (prostor i vrijeme) – Dizajn pokusa – Pojam i interpretacija.

5. Naziv: Molekularne tehnike u oplemenjivanju. Sadržaj: Genomika pojedinih kultura,

analiza genetske divergentnosti, kulture stanica i tkiva, prednosti i nedostaci upotrebe metoda

molekularnih markera u oplemenjivanju bilja, RFLP metoda, metode na bazi PCR reakcije,

metode transfera gena i GM biljke u oplemenjivanju bilja.

6. Naziv: “Case studies”. Sadržaj: Razrada posebnih problema u istraživanjima u

oplemenjivanju pšenice, ječma, kukuruza, soje, suncokreta, lucerne.


Doktoranti stječu znanja vezana za osnovne koncepte oplemenjivanja bilja, te se detaljnije

upoznaju s metodama selekcije samooplodnih i stranooplodnih kultura izradom plana

križanja, savladavaju planiranje, dizajniranje i izvođenje pokusa u oplemenjivanju. Prikaz

selekcijskog rada na poljskim pokusima. Demonstracija provođenja emaskulacije i križanja.

Korištenje genetskih izvora i formiranje kolekcija germ-plazme. Uvid u mogućnosti i potrebe

primjene biotehnologije.


ECTS bodovi 4


63

Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad Terenska

nastava

Napomene:


vježbama i seminarima.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave Prezentacija Praktičan rad

Obvezna literatura:

Martinčić, J., V. Kozumplik i suradnici (1996): Oplemenjivanje bilja

Jelaska, Sibila (1994): Kultura biljnih stanica i tkiva. Školska knjiga. Zagreb

Katarina Borojević (1986): Geni i populacija, Forum, Novi Sad.

Collin, H.A. and Edwards, S. (1998): Plant Cell Culture. BIOS Scientific Publishers. Oxford,

UK.

Newton, C.R. and Graham, G.A. (1997): PCR. Second edition. BIOS Scientific Publishers.

Oxford, UK.

Hallauer, A.R., W.A. Russel, and K.R. Lamkey. 1988. Corn breeding. p. 463-564. In: G.F.

Sprague and J.W. Dudley (eds.) Corn and corn improvement.Third edition. ASA, CSSA,

SSSA, Madison, WI, US


- Theoretical and Applied Genetics, Plant Breeding, Euphytica, Crop Science, Poljoprivreda,

Poljoprivredna znanstvena smotra, Cereal research.

- Tijekom izvođenja nastave odrediti će se najnoviji radovi objavljeni u referentnim

međunarodnim časopisima koji će služiti za pripremu seminara





64


Naziv predmeta: BILJNA MIKROTEHNIKA I METODE MIKROSKOPIJE

OPĆI PODACI:









Cilj predmeta:

Zadaća kolegija je dati znanja o pripremi citoloških i histoloških biljnih preparata, kao i

različitih metoda mikroskopije. Tijekom praktikuma studenti će samostalno izrađivati

preparate i mikroskopirati.

Sadržaj predmeta:

Uvod u biljnu mikrotehniku. Uzorkovanje biljnog materijala. Fiksacija. Dehidracija.

Infiltracija i uklapanje. Upotreba mikrotoma. Histokemijske i citokemijske reakcije: svježi

prerezi, prerezi uklopljeni u parafin, metakrilatne i epoksi smole. Imunolokalizacija. In situ

hibridizacija nukleinskih kiselina. Svjetlosna mikroskopija. Tipovi svjetlosnih mikroskopa:

mikroskop s faznim i diferencijalno-interferencijeskim kontrastom, fluorescencijski

mikroskop, konfokalni mikroskop. Elektronska mikroskopija: TEM i SEM (ESEM).

Tijekom praktikuma studenti će samostalno izrađivati citolške i histološke preparate, bojati i

mikroskopirati, te naučiti analizirati dobivene rezultate.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima potrebnim za samostalno izrađivanje i interpretaciju

mikroskopskih preparata.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, i

svim praktikumima.


Pohađanje nastave Aktivnosti u Obvezan seminarski Vježba ili case

65

nastavi rad study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

RUZIN, S.E., 1999: Plant Microtechnique and Microscopy. Oxford University Press, New

York, Oxford.

MALIGA, P., KLESSIG, D. F., CASHMORE, A. R., GRUISSEM, W., VARNER, J. E., 1995: Methods

in Plant Molecular Biology. A Laboratory Course Manual. Cold Spring Harbor Laboratory

Press, New York.

O’BRIEN, T. P., MCCULLY, M. E., 1981: The Study of Plant Structure. Princples and Selected

Methods. Termercarphi Pty. Ltd., Melbourne, Australia.

WILKINSON, D. G., 1998: In situ Hybridization. Practical Approach. Oxford University Press,

Oxford, New York, Tokyo.







205-217.

LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., HAS-SCHÖN, E., 2003: Photosynthetic pigments,

chloroplast distribution and fine structure in vegetative buds of two spruce species. Biologia

(Bratislava), 58, 867-873.

LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2001: Chloroplast ultrastructure and chlorophyll

levels in vegetative buds and needles of Norway spruce (Picea abies L. Karst.). Period.

Biol.,103, 61-65.

LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Photosystem II efficiency, chloroplast pigments

and fine structure in previous-season needles of Norway spruce (Picea abies L. Karst.)

affected by urban pollution. Period. Biol., 107(3), 329-333.





66


Naziv predmeta: BIOINFORMATIKA ZA POČETNIKE

OPĆI PODACI:


Usmjerenje: izborni kolegij (metodološki)

Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Domagoj Matijević

Ustanova nositelja predmeta: Odjel za matematiku, Sveučilište Josipa jurja





Cilj predmeta:

Predmet je zamisljen kao elementarni uvod u Bioinformatiku za istrazivace bez prethodnog

iskustva s racunalima i statistikom.

Svrha predmeta je prirediti sudente za napredniju bioinformaticku nastavu koja zahtjeva

razumijevanje racunala, algoritama i programiranja..

Sadržaj predmeta:

Dio I Bioinformatika upotrebom web preglednika (web browser)

Svrha: Nauciti studente gdje i kako mogu doci do informacija

1.1. Sto je dostupno na mrezi i pod kojim uvjetima?

1.2. PubMed, PubChem i databaze sekvenci

1.3. Bioinformatika s jednom sekvencoma

1.3.1. DNA sekvenca

1.3.2. Proteinska sekvenca

1.4. Bioinformatika s vise sekvenci - komparacija sekvenci

1.4.1. DNA sekvence

1.4.2. Proteinske sekvence

1.5. Specijalizirane base podataka

Dio II Bioinformatika upotrebom izvanmreznog racunala

Svrha: Nauciti studente kako maksimalno iskoristiti informacije sakupljene na mrezi

2.1. Osobno racunalo kao bioinformaticka racunalska stanica

2.1.1. Windows, Mac ili Linux?

2.2. Prebacivanje rutinskih i repetitivnih zadataka na racunalo

2.2.1. Sto je programiranje?

2.2.2. Sto je Perl?

2.3. Gotovi bioinformaticki programi za osobno racunalo

Dio III Bioinformatika kroz prakticne primjere

Svrha: Pokazati vaznost bioinformatike za prakticne probleme

3.1. Analiza BLAST izvjestaja

3.2. Analiza paraloga

3.3. Analiza ortologa

3.4. Analiza SNP

67


Studenti ce se upoznati s osnovnim bioinformatickim programima i bazama podataka koji su

dostupni preko weba.

Studenti ce postupno, pocevsi od jednostavnih primjera, usvojiti znanje efikasne upotrebe

racunala


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 25



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Redovno pohadanje 80% nastave, aktivnost na nastavi i pismeni ispit.

Student moze umjsto pismenog ispita odrzati seminar u dogovoru s voditeljem predmeta.



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Gibas, C., Jambeck, P., „Developing Bioinformatics Computer Skills“, O’Reilly, 2001

2. http://en.wikipedia.org/wiki/Biological_database


68

1. Molecular Biology of the Gene. J.D. Watson et al., 5th Ed. B. Cummings 2004

2. Bioinformatics. Mount, D., 2nd Ed., Cold Spring Harbour Laboratory Press, 2004


03. J. V. Knop, W. R. Muller, Z. Jericevic, N. Trinajstic,

"Computer Enumeration and Generation of Trees and Rooted Trees",

J. Chem. Inf. Comput. Sci., 21 (1981) 91-99.

04. Z. Jericevic, I. Kucan, R. W. Chambers,

"Photochemical Cleavage of Phosphodiester Bonds in Oligoribonucleotides",

Biochemistry, 21 (1982) 6563-6567.

05. Z. Trgovcevic, D. Petranovic, E. Salaj-Smic, M. Petranovic, N. Trinajstic, Z. Jericevic,

"DNA Replication Past Pyrimidine Dimers in the Absence of Repair",

Mutat. Res., 112 (1983) 17-22.

07. N. Trinajstic, Z. Jericevic, J. V. Knop, W. R. Muller, K. Szymansky,

"Computer Generation of Isomeric Structures",

Pure & Appl. Chem., 55 (1983) 379-390.

11. Z. Jericevic, N. Trinajstic, D. Petranovic, Z. Trgovcevic,

"Mathematical Modelling of DNA Replication in UV-Irradiated Bacteria",

Studia Biophysica, 102 (1984) 97-106.

20. Zeljko Jericevic, Brent Wiese, Joseph Bryan and Louis C. Smith,

"Validation of an Imaging System: Steps to Evaluate and Validate a Microscope Imaging

System for Quantitative Studies", in Fluorescence Microscopy of Living Cells in Culture, Part

B, Quantitative Fluorescence Microscopy: Imaging and Spectroscopy, D.L. Taylor and Y-L.

Wang, Editors,

Methods in Cell Biology Series, Vol 30 (1989) 47-83,

Academic Press, New York 1989.

21. Z. Jericevic and L.C. Smith,

"Factor Analysis Applied to Digital Images of Human Chromosomes", in A. Graovac, Editor,

Studies in Physical and Theoretical Chemistry, Vol 63 (1989) 279-288, Elsevier Science

Publishers, Amsterdam, 1989.

69

25. Z. Jericevic, B. Wiese, R. Homan, J. Bryan, and L.C. Smith,

"Digital Imaging Fluorescence Microscopy: Statistical Analysis of Photobleaching and

Passive Cellular Uptake Processes", in K.R. Miller, Editor,

Advances in Cell Biology, Vol 3 (1990) 111-151, JAI Press, Greenwich, 1990.

31. M. Sakamoto, D. Pinkel, L. Mascio, D. Sudar, D. Peters, W-L. Kuo, K. Yamakawa, Y.

Nakamura, H. Drabkin, Z.Jericevic, L.C. Smith, and J.W. Gray,

"Semiautomated DNA Probe Mapping Using Digital Imaging Microscopy: II. System

Performance"

Cytometry, 19 (1995) 60-69.

35. Željko Jeričević and Željko Kušter

"Non-linear Optimization of Parameters in Michaelis-Menten Kinetics"

Croatica Chemica Acta, 78 (2005) 519-523.

37. Rainer B. Lanz, Zeljko Jericevic, William J. Zuercher, Chris Watkins, David L. Steffen,

Roland Margolis and Neil J. McKenna

“Nuclear Receptor Signaling Atlas (www.nursa.org): hyperlinking the nuclear receptor

signaling community”

Nucleic Acids Research, 34 (2006) D221-D226.


- izrada web stranice sa nastavnim materijalom

- anonimna anketa o kvaliteti i sadržaju nastave, studentske sugestije za poboljsanje

http://www.nursa.org/

70


Naziv predmeta: MOLEKUSKA SPEKTROSKOPIJA BIOLOŠKIH SISTEMA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr.sc. Vlasta Mohaček Grošev, znanstvena suradnica



Status predmeta: □ obvezni x izborni

Godina i semestar u kojem se predmet predaje: Prva godina, prvi semestar

Cilj predmeta:

Obrazovanje studenata u svrhu stjecanja znanja o mogućnostima primjene molekulskih

spektroskopija, posebno Ramanove i infracrvene spektroskopije u proučavanju bioloških

sistema.

Sadržaj predmeta:

Teorijske osnove: kako organizam, tkivo, stanicu...detektiramo vibracijskim

spektroskopijama; opis svojstvenih stanja molekula, koji su dozvoljeni prijelazi u

molekulama u Ramanovoj i infracrvenoj spektroskopiji, koji spektralni interval opisuje

kolektivana pobuđenja više molekula, da li ga uvijek opažamo i kojom metodom; red i nered

u složenim sistemima.

Praktične vježbe: Proučavanje nekoliko odabranih jednostavnih sistema (organske molekule u

tekućem stanju, komadić tkiva ili organizam) u laboratorijskim vježbama. Svaki student

dobija svoj sistem i problem za rješavanje te uz pomoć mentora piše seminarski rad koji

usmeno izlaže.


Po završetku kolegija student bi trebao biti sposoban samostalno pristupiti izučavanju bilo

kojeg biološkog uzorka metodama vibracijske spektroskopije.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 25

Ukupno 35



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

71

Napomene: Izvođenje kolegija provodi se u Laboratoriju za molekulsku fiziku Zavoda

za fiziku materijala Instituta Ruđer Bošković

Obveze studenata: Obavezno pohađanje predavanja, radu u laboratoriju i izrada samostalnog

zadatka.



rad

Vježba ili case

study



publikacije



Obvezna literatura:

V. Mohaček Grošev: Primjena vibracijske spektroskopije na biološke sisteme (skripta)

S. F. Parker: Applications of infrared, Raman and resonance Raman spectroscopy in

biochemistry, Plenum Press, New York 1983.


M. Hesse, H. Meier, B. Zeek, A. Linden, M. Murrey: Spectroscopy methods in organic

chemistry, Thieme Medical Publishers 1997 šesto izdanje ili

sedmo njemačko izdanje: M. Hesse, H. Meier, B. Zeek : Spektroskopische Methoden in den

organische Chemie Georg Thieme Verlag Sttuttgart 2005.


1. V. Mohaček Grošev, R. Božac, G. J.Puppels:

Vibrational spectroscopic characterization of wild growing mushrooms and

toadstools,

Spectrochim. Acta A 57(14) (2001) 2815-2829

2. V. Mohaček Grošev:

Vibrational analysis of hydroxyacetone,

Spectrochim. Acta A 61(3)(2005) 477-484.

3. K. Furić, V. Mohaček Grošev, M. Hadžija:

Development of cataract caused by dibetes mellitus; Raman study

J. Mol. Struct. (u tisku)

4. V. Mohaček Grošev.

Spectroscopic arguments for a new crystal phase of glycolaldehyde,

J. Raman Spectroscopy (prihvaćen)

. 5. V. Mohaček, K. Furić, M. Dakkouri, M. Grosser:

Stable and metastable solid phases of dicyclopropylacetylene,

J. Phys. Chem. 96 (1992) 11042 - 11047.

6. K. Furić, V. Mohaček, M. Mamić:

72

Methanol in matrix isolated, vapour and liquid phase: Raman spectro-

scopic study,

Spectrochim. Acta 49A (13/14) (1993) 2081 – 2087.

7. V. Mohaček, K. Furić:

Vibrational analysis of some cyclopropyl derivatives,

J. Mol. Struct. 266 (1992) 321 - 326.

8. K. Furić, V. Mohaček, M. Bonifačić, I. Štefanić:

Raman spectroscopic study of H2O and D2O water solutions of glycine,

J. Mol. Struct. 267 (1992) 39 - 44.


Uspješnost izbora gradiva i tumačenja pratit će se upitnicima podijeljenim studentima prije i

poslije kolegija. Koliko je predmet ispunio očekivanja ocijenit će voditeljstvo studija, a svake

godine će uspješnost kolegija evaluirati zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer

Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.

73


Naziv predmeta: ANALIZA LOKUSA KVANTITATIVNIH SVOJSTAVA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Domagoj Šimić, znanstveni savjetnik1

Doc.dr.sc. Sonja Petrović2



Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Dario Novoselović, znanstveni savjetnik



Cilj predmeta:

Upoznavanje s analizom lokusa kvantitativnih svojstava (QTL) –statističkom metodom

kombiniranja fenotipskih (mjerljiva svojstva) i genotipskih podataka (molekularni markeri) u

svrhu razjašnjenja genetske osnove variranja kompleksnih svojstava kod biljaka i životinja, u

medicini. Stjecanje novih znanja i vještina iz područja QTL analize putem teorijskih

predavanja i praktičnih vježbi na konkretnim podacima.

Sadržaj predmeta:

Kvantitativna (kompleksna) svojstva. Fenotipizacija i genotipizacija. Genetsko mapiranje.

Tipovi populacija za QTL mapiranje. Broj lokusa i gena. Veličina populacije. Analiza

pojedinog markera, intervalno i kompozitno intervalno mapiranje, asocijacijsko mapiranje.

Analiza konkretnih podataka i slučajeva. Pregled računalnih programa za QTL analizu.

Genomski resursi. Referentne populacije. Od QTL-a do gena: pozicijsko kloniranje, geni

kandidati. Mapiranje i mikročipovi, ekspresijski QTL-ovi. Budući trendovi.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima iz genetske analize kompleksnih svojstava što će im

omogućiti planiranje i izvođenje istraživanja iz tog područja.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, te

pripremiti i izložiti seminarski rad.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study

74



publikacije



Obvezna literatura:

HEDRICK, P.W., 2000. Quantifying QTLs. U: Genetics of populations. Jones and Bartlett

Publishers, Boston, pp 493-499.

MILES, C., WAYNE, M., 2008. Quantitative trait locus (QTL) analysis. Nature Education 1(1).

Available from: http://www.nature.com/scitable/topicpage/quantitative-trait-locus-qtl-

analysis-53904

SHADT, E.E., MONKS, S.A., DRAKE, T.A., LUSIS, A.J., CHE, N., COLINAYO V., RUFF, T.G.,

MILLIGAN, S.B., LAMB, J.R., CAVET, G., LINSLEY, P.S., MAO, M., STOUGHTON, R.B., FRIEND,

S.H , 2003. Genetics of gene expression surveyed in maize, mouse and man. Nature, 422, 297-

302.

WAYNE, M.L:, MCINTYRE, L.M., 2002. Combining mapping and arraying: An approach to

candidate gene identification. Proceedings of the National Academy of Sciences, 99, 14903-

14906.


ANDORF, C.M., LAWRENCE, C.J., HARPER. LC, SCHAEFFER ML, CAMPBELL DA, SEN Z, 2010.

The Locus Lookup tool at MaizeGDB: identification of genomic regions in maize by

integrating sequence information with physical and genetic maps. Bioinformatics, 26, 434-

436.

KEARSEY, M.J., 1998. The principles of QTL analysis (a minimal mathematics approach).

Journal of Experimental Botany, 49, 327, 1619-1623.

SORIĆ, R., LONČARIĆ, Z., KOVAČEVIĆ, V., BRKIĆ, I., ŠIMIĆ, D., 2009. A major gene for leaf

cadmium accumulation in maize (Zea mays L.). The Proceedings of the International Plant

Nutrition Colloquium XVI. UC Davis, USA. Available from:

http://escholarship.org/uc/item/1q48v6cf

ŠIMIĆ, D., LEDENČAN, T., JAMBROVIĆ, A., ZDUNIĆ, Z., BRKIĆ, J., BRKIĆ, A., MLADENOVIĆ

DRINIĆ, S., BRKIĆ, I., 2009. SNP and SSR marker analysis and mapping of a maize

population. Genetika, 41, 237-246.

ŠIMIĆ, D., MLADENOVIĆ DRINIĆ, S., ZDUNIĆ, Z., JAMBROVIĆ, A., LEDENČAN, T., BRKIĆ, J.,

BRKIĆ, A., BRKIĆ, I., 2012. Quantitative trait loci for biofortification traits in maize grain.

Journal of Heredity, doi: 10.1093/jhered/esr122.





75


Naziv predmeta: LABORATORIJSKE ŽIVOTINJE I BIOMEDICINSKA

ISTRAŽIVANJA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr. sc. Ranko Stojković, viši znanstveni suradnik


Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Josipa Lazić, viši znanstveni suradnik



Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznati polaznike s različitim animalnim modelima koji se koriste u

biomedicinskim istraživanjima, načinom držanja laboratorijskih životinja te planiranja i

provođenja pokusa na istima, osiguranjem dobrobiti životinja tijekom provođenja pokusa kao

i zakonskom regulativom vezanom uz ovo područje

Sadržaj predmeta:

- Uvod u znanost o laboratorijskim životinjama

- Značaj animalnih modela u biomedicinskim istraživanjima i etika upotrebe laboratorijskih

životinja

- Najčešće laboratorijske životinje i njihove biološke osobine

- Genetski standardizirane, mikrobiološki standardizirane i fiziološki oštećene

laboratorijske životinje i njihova uporaba u biomedicinskim istraživanjima

- Pregled pozitivne zakonske regulative u RH i EU vezane uz uzgoj držanje i rad s

laboratorijskim životinjama koje se koriste u biomedicinskim istraživanjima

- Izrada pokusnog protokola za rad s laboratorijskim životinjama kroz kritičku analizu

znanstvenog članka iz područja znanosti o laboratorijskim životinjama (Journal club)

- Alternative uporabi laboratorijskih životinja kroz kritičku analizu znanstvenog članka iz

područja znanosti o laboratorijskim životinjama (Journal club). - Posjet animalnoj jedinici instituta „Ruđer Bošković i rad s laboratorijskim životinjama (

obilježavanje životinja, određivanje spola, aplikacija lijekova (ip,sc.ig,iv), prikaz različitih

načina uzorkovanja krvi u laboratorijskih životinja, analgezija, anestezija i eutanazija

laboratorijskih životinja)


Proširenje znanja o biologiji, smještaju i uporabi animalnih modela u biomedicinskim

istraživanjima Proširenje znanja o prednostima, nedostacima i potrebom pravile ekstrapolacije

animalnih pokusa na ljude.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

76

Napomene:

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati nastavi, te pripremiti i izložiti

seminarski rad



nastavi

Obvezan seminarski


study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

- Guide for the Care and Use of Laboratory Animals: Eighth Edition, 2011

- W.M.S. Russell and R.L. Burch The Principles of Humane Experimental Technique

- Fox JG, Anderson LC, Loew FM, Quimby FW (2002) Laboratory Animal Medicine 2nd

ed. Academic Press, Elsevier Science (USA).

- Liggitt HD. Laboratory Animals: Alternatives To Traditional Use, Laboratory Animal

Medicine and Sciences - Series 11 (2000).

- Harkness JE, Vagner JE, 1995. The Biology and medicine of Rabits and Rodents (1995)

Williams and Wilkins (USA).

- Zbirka zakona i podzakonskih akata RH i EU kojima se regulira rad s laboratorijskim

životinjama koje se koriste u biomedicinskim istraživanjima


Najnoviji znanstveni i pregledni radovi iz područja znanosti i zaštite pokusnih životinja.

Svu potrebnu obveznu i dodatnu literaturu polaznici će dobiti od voditelja predmeta na nastavi

na elektronskom nosaču (CD).





77


Naziv predmeta: MODELI I METODE ZA ISTRAŽIVANJE OKSIDACIJSKOG

STRESA U KANCEROGENEZI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: dr.sc. Ana Čipak Gašparović, viša znanstvena suradnica





Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznati polaznike s različitim modelima, njihovim prednostima i

nedostacima u istraživanju uloge oksidacijskog stresa u kancerogenezi, te s testovima koji su

primjenjivi na pojedine modele.

Sadržaj predmeta:

- animalni i stanični modeli

- metode za određivanje reaktivnih kisikovih spojeva

- metode za određivanje antioksidacijskih mehanizama obrane stanice

- metode za određivanje produkata lipidne peroksidacije

- metode za određivanje citotoksičnih i genotoksičnih učinaka oksidacijskog stresa

- metode za određivanje učinaka oksidacijskog stresa na proteine

- metode za određivanje učinaka oksidacijskog stresa na genom

- komercijalno dostupni testovi za određivanje oksidacijskog stresa


Osnovna saznanja o modelima u istraživaju uloge oksidacijskog stresa i lipidne peroksidacije

u kancerogenezi. Poznavanje mogućih metoda i njihove primjene na pojedine modele za

optimalnu evaluaciju izbora modela za ciljano istraživanje.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

Studenti su obavezni redovito pohađati nastavu uz mogući opravdani izostanak do 2 sata

78

nastave



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. Metode u molekularnoj biologiji (Andrea Ambriović Ristov, glavna ur.), Institut Ruđer

Bošković, Zagreb 2007

2. Cipak A, Jaganjac M, Tehlivets O, Kohlwein SD, Zarkovic N. Adaptation to oxidative

stress induced by polyunsaturated fatty acids in yeast. Biochimica et Biophysica Acta

1781 (2008); 283-287.

3. Cipak A, Hasslacher M, Tehlivets O, Collinson EJ, Zivkovic M, Matijevic T, Wonisch W,

Waeg G, Dawes IW, Zarkovic N, Kohlwein SD. Saccharomyces cerevisiae strain

expressing a plant fatty acid desaturase produces polyunsaturated fatty acids and is

susceptible to oxidative stress induced by lipid peroxidation. Free Radical Biology and

Medicine 40 (5) (2006), 897-906

4. Zivkovic M, Zarkovic K, Skrinjar Lj, Waeg G, Poljak-Blazi M, Borovic S, Schaur RJ,

Zarkovic N. A new method for detection of HNE-histidine conjugates in rat inflammatory

cells. Croatica Chemica Acta 78 (2005), 91-98


1. Zivkovic M, Poljak-Blazi M, Zarkovic K, Mihaljevic D, Schaur RJ, Zarkovic N.

Oxidative burst of neutrophils against melanoma B16-F10. Cancer Letters 232 (2007);

100-108.

2. Borovic S, Rabuzin F, Waeg G, Zarkovic N. Enzyme-linked immunosorbent assay for 4-

hydroxynonenal-histidine conjugates. Free Radical Research, 40 (8) (2006), 809-820.

3. Borovic Sunjic S, Cipak A , Rabuzin F, Wildburger R, Zarkovic N The Influence of 4-

Hydroxy-2-nonenal on Proliferation, Differentiation and Apoptosis of Human

Osteosarcoma Cells. Biofactors 24 (2005), 141-148





79


Naziv predmeta: METODE MOLEKULARNE DIJAGNOSTIKE U DETEKCIJI

MULTIREZISTENTNIH BAKTERIJA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Domagoj Drenjančević

Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku, Medicinski

fakultet Osijek

Suradnici – izvoditelji: nastavnici Katedre za mikrobiologiju i parazitologiju,

MF Osijek


Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina , I. semestar

Cilj predmeta:

Upoznati studente s najnovijim molekularnim dijagnostičkim metodama u istraživanju i

detekciji multirezistentnih bakterija. Upoznati studente s metodama molekularne

epidemiologije i genotipizacije bakterija. Prikazati primjenu molekularnih metoda detekcije u

kliničkoj dijagnostičkoj primjeni.

Sadržaj predmeta:

Evolucija rezistencije i značaj multirezistentnih bakterija u nastanku globalne prijetnje. Uloga

pravovremene detekcije i nadzora nad širenje rezistentnih determinanti među bakterijskom

populacijom. Genetske osnove za nastanka antimikrobne rezistencije. Gentotipizacija

bakterija: gel-elektroforeza u pulsirajućem polju (pulsed-field gel electrophoresis, PFGE),

analiza sekvenci više gena (multilocus sequence typing, MLST) i analiza lokusa koji sadrže

različiti broj uzastopnih ponavljanja (multiple locus variable number of tandem repeat

analysis, MLVA) . Laboratorijska dijagnostika multirezistentnih bakterija. Fenotipske vs.

genotipske metode u detekciji multirezistentnih uzročnike - prednosti i nedostatci. Prikaz

molekularnih metoda u detekciji rezistentnih bakterija: amplifikacijske metode temeljene na

lančanoj reakcija polimeraze (PCR) - „konvencionalni“ PCR, real-time PCR i komericijalni

RT-PCR kitovi, multiplex PCR, polimorfizam dužine restrikcijskh fragmenta (restriction

fragment length polymorphism RFLP), DNA probe-based hibridizacijski eseji, kombinirani

eseji (DNA probe-based + PCR, PCR+ELISA). Sekvencioniranje genoma u detekciji

bakterijske rezistencije i nova generacija sekvencioniranja visoke propusnosti (high-

throughput sequencing). Tehnologija genskih nizova (Microarray technology) u detekciji

multirezistentnih bakterija. Nove metode u brzoj detekciji i identifikaciji multirezistentnih

bakterija: Pyrosequencing® tehnologija, Liquid array i matrix-associated laser desorption

ionization-time of flight (MALDI-TOF) – mogućnosti primjene i budući smjerovi.


Studenti će steći znanja o metodama genotipizacije i molekularne dijagnostike

multirezistentnih bakterija, njihovoj primjeni i značaju u nadzoru nad širenjem bakterijske

rezistencije. Studenti će proširiti postojeća znanja o laboratorijskim metodama i njihovoj

primjeni u biomedicinskim istraživanjima u području mikrobiologije i infektivnih bolesti.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 25

80



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorsk

i rad

Terenska

nastava

Napomene: /

Obveze studenata: Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. Diagnostic Bacteriology Protocols 2nd edition, L. O’Connor (Ed.) Series: Methods in

Molecular Biology, Vol. 345. Humana Press; New Jersey: 2006.

2. Sundsfjord A, Simonsen GS, Haldorsen BC, Haaheim H, Hjelmevoll SO, Littauer P et

al. Genetic methods for detection of antimicrobial resistance. APMIS 2004;112:815-

37.

3. Espy MJ, Uhl JR, Sloan LM, Buckwalter SP, Jones MF, Vetter EA et al. Real-time

PCR in clinical microbiology: applications for routine laboratory testing. Clin

Microbiol Rev 2006;19:165-256.

4. Fluit AC, Visser MR, Schmitz FJ. Molecular detection of antimicrobial resistance.

Clin Microbiol Rev 2001;14:836-71.

5. Lecuit M, Eloit M. The diagnosis of infectious diseases by whole genome next

generation sequencing: a new era is opening. Front Cell Infect Microbiol 2014 6;4:25.

6. Tuite N, Reddington K, Barry T, Zumla A, Enne V. Rapid nucleic acid diagnostics for

the detection of antimicrobial resistance in Gram-negative bacteria: is it time for a

paradigm shift?J Antimicrob Chemother 2014;69:1729-33.

7. Osei Sekyere J, Govinden U, Essack SY. Review of established and innovative

detection methods for carbapenemase-producing Gram-negative bacteria. J Appl

Microbiol 2015;119:1219-33.

8. Hrabák J1, Chudácková E, Walková R.Matrix-assisted laser desorption ionization-

time of flight (maldi-tof) mass spectrometry for detection of antibiotic resistance

mechanisms: from research to routine diagnosis. Clin Microbiol Rev. 2013;26:103-14.

9. Card RM, Warburton PJ, MacLaren N, Mullany P, Allan E, Anjum MF. Application

of microarray and functional-based screening methods for the detection of

antimicrobial resistance genes in the microbiomes of healthy humans. PLoS One. 2014

22;9(1):e86428.


1. Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ. Application of molecular

techniques to the study of hospital infection. Clin Microbiol Rev. 2006;19:512-30.

2. Antibiotic Resistance, Methods and Protocols. Stephen H. Gillespie, editor. Series:

Methods in Molecular Biology, Vol. 48. Humana Press; New Jersey: 2001.





81


Naziv predmeta: BIOMATERIJALI

OPĆI PODACI:


Modul: Znanost o materijalima i nove tehnologije

Nositelj predmeta: Dr.sc. Andrea Moguš-Milanković,viša znanstvena suradnica1

Doc. dr. sc. Domagoj Drenjančević2

Ustanova nositelja predmeta: 1Institut Ruđer Bošković 2Medicinski fakultet,

Sveučilište Josip Juraj Strossmayer

Suradnici – izvoditelji: Ana Šantić


Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II. semestar

Cilj predmeta: Upoznati studente sa sastavom, svojstvima, strukturom biomaterijala.

Tipovima biomaterijala i njihovoj primjeni. Razvojem biomaterijala, zahtjevima koje

materijali moraju zadovoljavati za uporabu u tijelu, testovima biokompatibilnosti. Pokazati

kako kemijska i biološka svojstva ovise o sastavu i strukturi biomaterijala. Upoznati studente

s interakcija biomaterijala i mikrobne flore čovjeka i komplikacije koje proizlaze iz upotrebe

biomaterijala: stvaranje biofilma i infekcije. Upoznati studente s metodama detekcije

biofilma, dijagnostike, liječenja i prevencije infkecija biomaterijala.

Sadržaj predmeta:

Implantati, Struktura i oblici biomaterijala (staklo, keramike, staklo-keramike, polimeri,

kompoziti, tanki slojevi, metali-čelici; prah, zrna, niti, pjena, polikristali). Svojstva

biomaterijala (mehnička, kemijska stabilnost u vodenom mediju, kemijske i biološke reakcije

u fiziološkom okruženju, površinske reakcije, bioaktivnost). Vrste biomaterijala. Bioinertni,

bioaktivni, biorazgradivi materijali.

Terapijski biomaterijali. Dentalni materijali. Radioaktivni biomatrijali (stakla, metali u

različitim oblicima). Primjena i tehnološki razvoj biomaterijala. Biološki orijentirane metode

za obnovu tkiva. Tkivni inženjering-uvod. Materijali koji se koriste za podlogu u tkivnom

inženjeringu, njihova svojstva. Testiranje in vitro, in vivo, bioreaktori. Regenerativni

bioaktivni materijali.

Interakcija biomaterijala s čovjekovom mikrobnom florom i formiranje biofilma. Bakterijske

vrste povezane sa stvaranjem biofilma na biomaterijalima. Imunološki odgovor na stvaranje

biofilma. Infekcije biomaterijala – ubikvitarni izazov: značaj, metode detekcije, dijagnostika,

liječenja i prevencije. Antimikrobna rezistencija u biofilmu. In vivo modeli za istraživanje

infekcija povezanih s biofilmom.


Pokazati važnost poznavanja odnosa između sastava, strukture, svojstva i djelovanja

biomaterijala. Budući da fizička i kemijska svojstva ovise o sastavu biomaterijala i njegovoj

pripremi, njihovo poznavanje je osnovica za odabir i primjenu biomaterijala. Stjecanje znanja

o osnovnim kemijskim i biološkim procesima na površini bioinertnih, bioaktivnih i

biorazgradivih materijala. Stjecanje znanja o mikrobnom biofilmu i infekcijama biomaterijla.

Upoznavanje s metodama detekcije biofioma, dijagnostike, liječenja i prevencije infekcije

biomaterijala. Upoznavanje s modelima za ispitivanje biofilma.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

82

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene: Seminari će uključivati samostale zadatke i upotpunjavati će pojedine tematske

cjeline obrađene na predavanju.

Obveze studenata: Izrada seminarskog rada



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. An Introduction to Bioceramics, ed. by L.L. Hench and J. Wilson, World Scientific

Publishing Co. (1993)

2. Bioceramics: Materials and Applications, ed. by G. Fischman, A. Clare, L.L. Hench,

The American Ceramic Society, Ceramic Transactions, vol.48, (1994)

3. Future Strategies for Tissue and Organ Replacement, ed. by J. M. Polak, L. L. Hench,

P. Kemp, Imperial College Press, (2002)

4. L. L. Hench, Biomaterials: a forecast for the future, Biomaterials 19 (1998) 1419.

5. L. L. Hench, J. M. Polak, Third-Generation Biomedical Materials, Science 295 (2002)

1014.

6. L. G. Griffith, G. Naughton, Tissue Engineering-Current Challenge and Expanding

Opportunities, Science 295 (2002) 1009.

7. J. E. White , D. E. Day, Rare Earth Aluminosilicate Glasses for in vivo Radiation

Delivery, KeyEngineering Materials, 94-94 (1994) 181.

8. On-line udžbenik: Jerolimov V. i suradnici. Osnove stomatoloških materijala /

Jerolimov V. (ur.). Zagreb : Stomatološki fakultet, 2005.

9. Biofilms, infection, and antimicrobial therapy. Pace JL, Rupp M, Finch RG, editors.

CRC Press, Taylor & Francis Group: Boca Raton, 2006.

10. Römling U, Kjelleberg S, Normark S, Nyman L, Uhlin BE, Åkerlund B.Microbial

biofilm formation: a need to act. J Intern Med 2014;276:98-110.


1. S. F. Hulbert, J. C. Bokros, L. L. Hench, J. Wilson, and G. Heimke, "Ceramics in Clinical

Applications, Past, Present and Future"; Ed. by P. Vincenzini. Elsevier Science Pub. B.V.,

Amsterdam, (1987).

2. L. L. Hench, "Bioactive Ceramics"; Vol. 523. Ed. by P. Ducheyne and J. Lemons. Annals

N.Y. Acad. Sci. (1988).

3. J. Black, "Systemic Effects of Biomaterials," Biomaterials, 5 (1984) 11.

4. W. Hohland, W. Vogel, K. Naurnann, and J. Gummel, "Interface Reactions Between

Machinable Bioactive Glass-Ceramics and Bone," J. Biomed. Mater. Res., 19 (1985) 303.

5. M. Jarcho, "Calcium Phosphate Ceramics as Hard Tissue Prosthetics," Clin. Orthop. Relat.

83

Res., 157 (1981) 259.

6. D. C. Greenspan and L. L. Hench, "Chemical and Mechanical Behavior of Bioglass Coated

Alumina," J. Biomed. Maters. Res., 10 [4] (1976) 503.

7. The Bone-Biomaterial Interface, Ed. by J.E. Davies, University of Toronto Press (1991).

8. L. L. Hench, D. E. Clark, "Physical Chemistry of Glass Surfaces," J. Non-Cryst. Solids, 28

(1978) 83.

9. R. W. Douglas and T. M. El-Shamy, Reactions of Glasses with Aqueous Solutions," J.

Amer. Ceram. Soc., 50 [1] (1967) 1.

10. Francolini I, Donelli G. Prevention and control of biofilm-based medical-device-related

infections. FEMS Immunol Med Microbiol 2010;59:227-38.


Provjera znanja nakon svake tematske jedinice. Seminarske radnje. Prezentacije studenata.

Rasprava sa studentima.

Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajdeničko stručno povjerenstvo Instituta


84


Naziv predmeta: PEPTIDI U BIOLOŠKIM PROCESIMA - POTENCIJALNI

TERAPEUTICI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr.sc. Ivanka Jerić, znanstvena suradnica





Cilj predmeta:

Upoznati studente s ulogom i mehanizmom djelovanja neuropeptida, antimikrobnih,

amiloidnih i natriuretskih peptida, oboljenja do kojih dolazi poremećajem u njihovoj funkciji i

istraživanjima koja imaju za cilj korigirati te poremećaje. Upoznati studente s prednostima i

ograničenjima peptida kao terapeutika i kako ih prevladati.

Sadržaj predmeta:

1. Uvod u peptide: građa, struktura i funkcija

2. Neuropeptidi

-otkriće, karakteristike, funkcija i neuropeptidni receptori

- neuropeptidi kao modeli u razvoju lijekova za kontrolu boli, ovisnosti, depresije, epilepsije,

unosa hrane i neurodegeneraciji

3. Antimikrobni peptidi

- podjela, mehanizam djelovanja, faktori bitni za aktivnost

- antimikrobni peptidi kao terapeutici i modificirani sintetski peptidi

4. -Amiloidni peptidi

- struktura, funkcija i uloga u patogenezi Alzheimerove i Parkinsonove bolesti, Down-ovog

sindroma i prionskih bolesti

5. Natriuretski peptidi

- podjela i korištenje kao markera i terapeutika

6. Peptidni mimetici

- jednostavne modifikacije, ciklički analozi, modifikacije peptidne veze, -aminokiseline,

peptidne nukleinske kiseline


Temeljna znanja o peptidima usvojenim na dodiplomskom studiju proširuje na područje

kemije i biokemije. Razumijevanje mehanizma djelovanja i uloge peptida u razvoju niza

kroničnih ili infektivnih oboljenja. Razumijevanje pristupa razvoju modificiranih peptida ili

njihovih mimetika. Usvajanje važnosti interdisciplinarnog pristupa rješavanja problema u

post-genomskoj eri kada upravo peptidni terapeutici pronalaze sve više svoj put prema

kliničkoj primjeni.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20

85



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: -pohađanje nastave i pisanje seminarskog rada



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. S. Lien i H. Lowman, Therapeutic peptides, Trends Biotechnol. 21 (2003) 556-562

2. T. Hökfelt, T. Bartfai i F. Bloom, Neuropeptides: opportunities for drug discovery, Lancet

Neurol. 2 (2003) 463-472

3. M. Zasloff, Antimicrobial peptides of multicellular organisms, Nature, 415 (2002) 389-

395

4. N. A. Lockwood i K. H. Mayo, The future for antibiotics: bacterial membrane

disintegrators, Drugs of the future, 28 (2003) 911-923

5. J. A. Esteban, Living with the enemy: a physiological role for the -amyloid peptide,

Trends Neurosci., 27 (2004) 1-3

6. Z. Abassi, T. Karram, S. Ellaham, J. Winaver i A. Hoffman, Implications of the natriuretic

peptide system in the pathogenesis of heart failure: diagnostic and therapeutic importance,

Pharmacoogy & Therapeutics, 102 (2004) 223-241

7. I. Jerić i Š. Horvat, Glycopeptides as model in biomedical studies, Kem. Ind. 53 (2004)

63-70

8. I. Jerić, Peptide mimetics: why and how, Kem. Ind. 53 (2004) 495-504

9. Skripta u pripremi


11. J. Zalewska-Kaszubska i E. Czarnecka, Deficin in beta-endorphin peptide and tendency to

alcohol abuse, Peptides 26 (2005) 701-705

21. M. Egli, Peptides: their role in excess alcohol drinking and their promise as a therapeutic

tool, Physiology&Behaviour 79 (2003) 89-93

31. I. Gozes, Neuroprotective peptide drug delivery and development: potential new

therapeutics Trends Neurosci., 24 (2001) 700-705

41. A. Izadpanah i R. L. Gallo, Antimicrobila peptides, J. Am. Acad. Dermatol., 52 (2005)

381-390

51. B. L. Kagan, R. Azimov i R. Azimova, Amyloid peptide channels, J. Membrane Biol.,

202 (2002) 1-10

61. D. J. Selkoe, Alzheimer's disease: genes, proteins and therapy, Physiol. Rev., 81 (2001)

741-766

71. H. P. Brunner-La Rocca, W. Kiowski, D. Ramsay i G. Sütsch, Therapeutic benefits of

increasing natriuretic peptide level, Cardiovascular Res., 51 (2001) 510-520

81. P. E. Nielsen, Peptide nucleic acids as therapeutic agents, Curr. Opin. Struct. Biol., 9

(1999) 353-357


86

- ispitivanje primjerenosti programa - provoditi će se ispunjavanjem upitnika koji će

sadržavati pitanja o predznanju studenata iz područja koje obrađuje kolegij, kao i području

znanstvenog djelovanja, da bi se osigurala maksimalna uspješnost i korist od predloženog

kolegija. Provodi se 3-5 tjedana prije početka nastave i na kraju predavanja predmeta

- uspješnost kolegija će evoluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta

Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku

87


Naziv predmeta: GENETIČKO INŽENJERSTVO U BIOTEHNOLOGIJI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Izv.prof. dr. sc. Hrvoje Fulgosi, znanstveni savjetnik





Cilj predmeta:

Temeljni je cilj kolegija dati znanja o tehnologiji rekombinantne DNA i mogućoj primjeni

kako bi se studenti mogli osposobiti za istraživanja i rad u biotehnologiji

Sadržaj predmeta:

Prokariotska i eukariotska DNA: razlike u mehanizmima regulacije genske aktivnosti.

Nuklearna i ekstranuklearna DNA. Fragmentiranje DNA: restrikcijske nukleaze, restrikcijsko

mapiranje. Odvajanje molekula DNA po veličini: gel elektroforeza. Sekvencioniranje DNA:

kemijsko cijepanje, dideoksi metoda. Hibridizacija nukleinskih kiselina in vitro i in situ.

Kloniranje DNA: plazmidski i viralni vektori. Svrha i primjena rekombinantne DNA

tehnologije: zamjena gena u bakterija i nižih eukariota, kreiranje specifičnih dominantnih

mutanata u diploidnih organizama, proizvodnja transgeničnih organizama, genska terapija.


Upoznavanje s najnovijim tehnikama genetičkog inženjerstva te upoznavanje i izvođenje

nekih od suvremenih laboratorijskih tehnika koje se koriste u stvaranju i analizi transgeničnih

organizama


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorsk

i rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Redovito polaženje nastave te aktivno sudjelovanje – redovita izrada

izvješća o izvedenim vježbama i tumačenje rezultata na temelju znanja stečenih u teorijskoj i

praktičnoj nastavi



nastavi

Obvezan seminarski


study

88




publikacije


nastave


Obvezna literatura:

DELIĆ, V., 1997: Genetičko inženjerstvo u biotehnologiji. PMF, Zagreb.

VOET, D., VOET J.G., 2004: Biochemistry, 3rd ed. John Wiley & Sons, Inc. New York.


WINNACKER, E.L., 1987: From genes to clones: introduction to gene technology. VCH

Verlagesellschaft mbH, Weinheim – New York.

IKIĆ, D., PAVELIĆ, K., SPAVENTI, R., 1989: Onkogeni i faktori rasta. Globus, Zagreb.

PAVELIĆ, K., SPAVENTI, R., 1992: Molekularna onkologija. Globus, Zagreb.

ALBERTS, B., BRAY, D., LEWIS, J., RAFF, M., ROBERTS, K., WATSON, J.D., 1994: Molecular

biology of the cell. 3rd ed. Garland Publishing, Inc., New York – London.

BROWN, T.A., 1994: DNA sequencing: the basics. IRL Press, Oxford.

BLACKBURN, G.M., GAIT, M.J., 1996: Nucleic acids in chemistry and biology. 2nd ed. Oxford

University Press.

FOSTER, G.D., TWELL, D., 1996: Plant gene isolation: principles and practice. John

Wiley&Sons, Chicester – New York.

HUGES, M.A., 1996: Plant molecular genetics. Longman, Edinburgh gate, Harlow.

BERG, J.M., TYMOCZKO, J.L., STRYER, L., 2002: Biochemistry, 5th ed. Freeman & Co, New

York.


Razgovorom sa studentima te anonimnim anketama

89


Naziv predmeta: ADITIVI U HRANI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Drago Šubarić

Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno tehnološki fakultet u Osijeku

Suradnici – izvoditelji: Prof.dr. sc. Ljubica Glavaš-Obrovac



Cilj predmeta:

Upoznati studenta s aditivima koji se uobičajeno koriste u proizvodnji hrane, funkciji aditiva

u prehrambenom proizvodu, zakonskom regulativom, trendovima u primjeni aditiva, kao i

učincima aditiva na zdravlje čovjeka.

Sadržaj predmeta:

Aditivi u hrani. Zašto se aditivi dodaju u hranu? Zakonska regulativa vezana za primjenu

aditiva u proizvodnji hrane (kod nas i u svijetu). Klasifikacija i fizikalno-kemijska svojstva

aditiva. Reakcije sa sastojcima hrane. Trendovi u primjeni aditiva u proizvodnji hrane.

Aditivi u hrani i njihovi štetni učinci na zdravlje čovjeka. Malnutricija izazvana aditivima u

hrani. Antioksidansi u hrani kao inhibitori karcinogeneze i rasta tumora.


Uz temeljna znanja iz prirodnih i biotehničkih znanosti vezana za ovu problematiku studenti

će steći i znanja neophodna za razumijevanje kako pozitivnih tako i negativnih učinaka

aditiva na ljudsko zdravlje.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 25



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

Da bi uspješno savladao ciljeve ovog predmeta student treba redovito pohađati nastavu,

aktivno sudjelovati u seminarima, pratiti literaturu iz područja i pripremiti prezentaciju.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije

Projekt Kontinuirana provjera znanja u tijeku Prezentacija Praktičan rad

90

nastave

Obvezna literatura:

1. W. Baltes: Lebensmittelchemie. Springer Verlag, Berlin, Heidelberg, New York. 2000.

2. Food Chemistry (O. R. Fennema ur.), Marcel Dekker, Inc., New York, Basel, Hong Kong,

1996.

3. Food Additives (Collection of Analytical Methods for Food Additives, AOAC

International, Arlington, USA).

4. Food Additives in the European Union (propisi).

5. Pravilnik o aditivima koji se mogu nalaziti u namirnicama (NN 1/97).


1. Robert L. Smith, Samuel M. Cohen, John Doull, Victor J. Feron, Jay I. Goodman,

Lawrence J. Marnett, Ian C. Munro, Philip S. Portoghese, William J. Waddell, Bernard M.

Wagner and Timothy B. Adams Criteria for the safety evaluation of flavoring substances:

The Expert Panel of the Flavor and Extract Manufacturers Association. Food and

Chemical Toxicology, 2005;43:1141-1177

2. Silvio De Flora and Lynnette R. Ferguson Overview of mechanisms of cancer

chemopreventive agents. Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of

Mutagenesis, Online 16 August 2005.


Provjera razumijevanja dobivenih informacija, načina prezentacije i opsega usvojenog gradiva

korištenjem upitnika na kraju predavanja predmeta.


Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine voditeljstvo studija i zajedničko stručno

povjerenstvo ustanova nositelja studija.

91


Naziv predmeta: BIOMOLEKULE U HRANI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Dajana Gašo Sokač

Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno – tehnološki fakultet Osijek



Status predmeta: obvezni X izborni


Cilj predmeta:

Zadaća kolegija jest dati znanja o važnim bioaktivnim spojevima u hrani, njihovom

fiziološkom djelovanju kao i mogućim interakcijama. Tijekom seminara studenti će pripremiti

samostalnu prezentaciju neke zanimljive skupine spojeva.

Sadržaj predmeta:

Uvod. Reakcije između pojedinih sastojaka hrane (ugljikohidrata, proteina, lipida). Biološka

uloga pojedinih aktivnih molekula (fitokemikalija) u hrani. Biodostupnost nekih skupina

spojeva (polifenoli, terpenoidi, hidrokoloidi, glukozinolati, fosfolipidi, vitamini). Novi pristup

u korištenju biomolekula u hrani – funkcionalna hrana.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima o bioaktivnim sastojcima hrane.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje

na daljinu

Konzultacije Rad u


rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Studenti su obvezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, te

prezentaciji u sklopu seminara.



92

nastavi rad study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

BELITZ, H.-D.,W. GROSCH; W., SCHIEBERLE, P., 2004: Food Chemistry. Springer-

Verlag, Berlin.

FENNEMA, O.R., 1996: Food Chemistry. Marcel Dekker, Inc, New York.


RICE-EVANS, C.A., PACKER, L., 2003: Flavonoids in Health and Disease. Marcel Dekker,

Inc, New York.

WATSON, D., 1998: Natural Toxicants in Food. Sheffield Academic Press, Sheffield.

GAŠO-SOKAČ, D., BUŠIĆ, V., KOVAČ, S., 2012.: Antioksidansi u hrani (interna skripta)

Prehrambeno-tehnološki fakultet Osijek





93


Naziv predmeta: KONZERVACIJSKA OBRADA TLA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Danijel Jug

Izv. prof. dr. sc. Irena Jug

Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet u Osijeku





Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznati studente s negativnim implikacijama tradicionalnih i

konvencionalnih sustava obrade tla (predstavljenih u osnovi oranjem i višestrukim

prometovanjem po poljoprivrednoj proizvodnoj površini), a koji se prvenstveno reflektiraju na

fizikalni, kemijski i biološki kompleks tla. Upoznavanje i svladavanje osnovnih postulata

suvremenih tehnoloških rješenja konzervacijskih sustava obrade tla, čija primjena predstavlja

neizostavnu agrotehničku uzgojnu mjeru u održivoj poljoprivrednoj proizvodnji i u

prevladavanju okolišno degradirajućih utjecaja konvencionalnih sustava. Kroz samostalni

seminarski rad studenti će obrađivati tehnologiju pojedinih konzervacijskih sustava obrade tla.

Sadržaj predmeta:

Uvod i upoznavanje s problematikom obrade tla u uzgoju poljoprivrednih usjeva. Promjene

fizikalnih, kemijskih i bioloških svojstava tla pod utjecajem obrade i važnost analize tla.

Usporedba konvencionalnih i konzervacijskih sustava obrade tla. Multidisciplinarnost i

polivalentnost aplikacije konzervacijskih sustava. Principi primjene i refleksija najznačajnijih

konzervacijskih tehnologija obrade. Višerazinska valorizacija primijenjenih tehnologija

konzervacijske obrade tla: biljno uzgojna, agroekološka, prehrambeno-kvalitativna,

molekularno-biološka, i dr.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima i procesima vezanim uz obradu tla, na temelju kojih

će biti u mogućnosti usporediti i kritički analizirati prednosti i nedostatke pojedinih sustava

obrade tla (prvenstveno usporedba konvencionalne i konzervacijske obrade tla). Nadalje, biti

će u mogućnosti prepoznati i definirati ograničenja primjene odgovarajućeg sustava

konzervacijske obrade tla u odnosu na agroekološke, socijalno-gospodarske, društveno-

tradicijske, tehničko-tehnološke i druge relevantne uvjete uzgojne sredine. Na temelju analize

i usporedbe sustava biti će u mogućnosti odabrati i primijeniti najpovoljniji sustav obrade tla

u biljnoj proizvodnji.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju Mentorsk

i rad

Terenska

nastava

94

Napomene:

Obveze studenata:

Izrada seminarskog rada



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. Jug, D, Birkás, M., Kisić, I. (2015): Obrada tla u agroekološkim okvirima. Hrvatsko

društvo za proučavanje obrade tla. Udžbenik. Osijek.

2. Bašić, F., Herceg, N. (2010): Temelji uzgoja bilja. Udžbenik. Synopsis, Zagreb.

3. Butorac, A. (1999): Opća agronomija. Udžbenik, Školska knjiga, Zagreb.

4. Soane, B.D., van Ouwerkerk, C. (1994): Soil management for sustainability. Elsevier.

5. Birkás, M. (2008): Environmentally–sound adaptable tillage. Udžbenik. Akadémiai

Kiadó, Budapest.


1. Adel El Titi (2003): Soil Tillage in Agroecosystems. Advances in Agroecology. CRC

press, USA.

2. WASWC (2007): No-till Farming Systems. Special publications No.3 by World

Association of Soil and Water Conservation.

3. Nortcliff, S. (2015): Tasko force: Soil matters. Catena Verlag. International Union of

Soil Science.





95


Naziv predmeta: BIOFORTIFIKACIJA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Zdenko Lončarić

Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet,





Cilj predmeta:

Stjecanje znanja o ciljevima, genetskim principima, fiziološkim mehanizmima,

oplemenjivačkim i agronomskim tehnologijama biofortifikacije. Svladavanjem predviđenog

programa polaznici će biti upoznati s razvojem biofortifikacije, trenutnim znanstvenim i

tehnološkim ostvarenjima, ciljevima i izazovima.

Sadržaj predmeta:

Definicija, razvoj i ciljevi biofortifikacije. Genetska biofortifikacija i agronomska

biofortifikacija. Svojstva tla i agrotehničke mjere biofortifikacije (tretiranje sjemena,

aplikacija u tlo, folijarna fertilizacija). Oblik aktivne tvari i vrijeme provedbe

agrofortifikacije. Fiziološki mehanizmi agrofortifikacije. Agrofortifikacija cinkom, željezom,

selenom i ostalim hranivima (translokacija, akumulacija, efikasnost). Agrofortikiacija i

akumulacija štetnih elemenata (Cd, Pb). Fortifikacija pšenice, ječma, raži, kukuruza, soje,

lisnatog povrća, plodovitog povrća, korjenastog povrća. Bioraspoloživost fortificiranih

hraniva, promotori i inhibitori bioraspoloživosti. Sortna specifičnost i biofortifikacija.


Polaznici studija će znati objasniti razloge, zadatke, principe i sustave biofortifikacije.

Polaznici će znati fiziološke mehanizme usvajanja, translokacije i akumulacije esencijalnih i

štetnih elemenata kao posljedicu biofortifikacije. Razvit će kompetenciju za provedbu

biofortifikacije u bilinogojstvu i hortikulturi, i usvojit će osnovna znanja o bioraspoloživosti

hraniva u bifortificiranom proizvodu.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama i

pripremiti i izložiti seminarski rad.


96


nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

6. Pevalek-Kozlina, B. (2003.): Fiziologija bilja. Profil International. Zagreb.

7. Lončarić, Z. (2012): Teški metali u agroekosustavu. Interna skripta. Poljoprivredni

fakultet Sveučilišta u Osijeku.

8. Vukadinović, V., Lončarić , Z. (1998.): Ishrana bilja. Poljoprivredni fakultet

Sveučilišta u Osijeku.

9. Marschner, H. (1986): Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press, London.

10. Hooda, Peter (2010): Trace elements in soils. Blackwell Publishing Ltd. West Sussex.

United Kingdom.


4. Impa, S.M., Johnson-Beebout, S.E. (2012): Mitigating zinc deficiency and achieving

high grain Zn in rice through integration of soil chemistry and plant physiology

research. Plant adn Soil: 361: 3-41. Springer.

5. Sarwar, N. i sur. (2010): Role of mineral nutrition in minimizing cadmium

accumulation by plants. Journal of the Science of Food and Agriculture: 90: 925-937.

6. Reynolds, M.P., Ortiz-Monasterio, J.I., McNab, A. (2001): Application of physiology in

wheat breeding.CIMMYT, Meksiko.

7. Ivarsson, Kjell et all. (2002): Cadmium from Plough to Plate. SLU. Swedish university of

agricultural science.





97


Naziv predmeta: METODE KONDICIONIRANJA TLA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Krunoslav Karalić

Doc.dr.sc. Boris Đurđević






Cilj predmeta:

Upoznati studente s suvremenim metodama kondicioniranja tla kao ekološki prihvatljivim

mjerama koji imaju direktan povoljan utjecaj na tlo i okoliš. Identificirati vrste i svojstva

kondicionera te njihov značaj u ishrani bilja i kondicioniranju tla radi povećanja

pristupačnosti hraniva u tlu uz podizanje plodnosti tla, povećanja mikrobiološke aktivnosti uz

podizanje sadržaja organske tvari tla i smanjenja ugljičnog otiska.

Sadržaj predmeta:

Osnovna podjela kondicionera, njihov utjecaj na svojstva tla i raspoloživost hraniva. Osnove

tehnologije i proizvodnje kondicionera tla kao i njihova fizikalna i kemijska svojstva.

Kondicioneri i popravljanje tla, aplikacija kondicionera. Kiselost tla te potreba kalcizacije, i

potreba humizacije kao najznačajnije mjere. Odabir i primjena novih i alternativnih materijala

i metoda za kondicioniranje tla. Seminar koji obuhvaća izračun optimalne količine

kondicionera, ocjenu kvalitete, fertilizacijskog i ekološkog učinka analiziranog kondicionera.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima o svojstvima, proizvodnji i primjeni kondicionera tla

te njihovom utjecaju na ekosustav. Također, moći će usporediti i preporučiti različite

materijale pogodne za kondicioniranje tla te procijeniti optimalne količine kondicionera koje

je potrebno dodati ovisno o svojstvima tla.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:



98


nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

11. V. Vukadinović, I. Jug, B. Đurđević (2014): Ekofiziologija bilja, Osijek

12. V. Vukadinović i Vesna Vukadinović (2011): Ishrana bilja, Osijek

13. Z. Lončarić, K. Karalić (2015): Mineralna gnojiva i gnojidba ratarskih usjeva, Osijek

14. Z. Lončarić, D. Rastija, K. Karalić, B. Popović, V. Ivezić, R. Lončarić (2015):

Kalcizacija tala u pograničnom području, Osijek


1. B. Đurđević (2014): Praktikum iz Ishrane bilja, Osijek

2. K. Karalić (2009): Utvrđivanje potrebe u kalcizaciji i utjecaj kalcizacije na status

hraniva u tlu. Doktorska disertacija, Osijek


Provjera znanja nakon svake tematske jedinice. Seminarske radnje. Prezentacije studenata.

Rasprava sa studentima.

99


Naziv predmeta: BILJNI BIOSTIMULATORI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Tomislav Vinković



Suradnici – izvoditelji: Prof.dr.sc. Nada Parađiković



Cilj predmeta:

Cilj ovog predmeta je upoznavanje studenata s primjenom biostimulatora u proizvodnji

pojedinih poljoprivrednih kultura. Također, studenti će steći temeljna znanja o načinu i

mogućnostima primjene biostimulatora u kontroliranim uvjetima uzgoja u svrhu znanstvenih

istraživanja te se upoznati s osnovnim sastojcima biostimulatora i njihovom funkcijom te

utjecajem na biljku kao što su aminokiseline, fulvo kiseline, huminske kiseline, vitamini i

minerali.

Sadržaj predmeta:

Biljni biostimulatori i njihov utjecaj na biljku. Funkcionalne komponente biostimulatora te

njihove interakcije. Uloga aminokiselina kod obrane biljke od oksidativnog stresa. Uloga

huminskih i fulvo kiselina kod usvajanja elemenata ishrane biljke. Biostimulatori i oksidativni

stres te rast i razvoj biljke pod utjecajem primjene biostimulatora.


1. Navesti i opisati biljne biostimulatore te ih svrstati u grupe u ovisnosti o svrsi

primjene

2. Preporučiti primjenu biostimulatora prema vrsti oksidativnog stresa, uvjetima

okoline te značajkama biljne vrste

3. Prepoznati prednosti primjene biostimulatora u određenim uvjetima okoline

4. Izabrati i primijeniti određeni biostimulator u ovisnosti o glavnim značajkama

vrste, medija uzgoja i agroekoloških čimbenika

5. Predvidjeti djelovanje i moguće ishode primjene biostimulatora ovisno o udjelu

funkcionalnih komponenata


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Od studenata se očekuje kontinuirano prisustvovanje nastavi i aktivno

sudjelovanje u zadacima tijekom izvođenja predavanja. Vježbe su obvezne. Studenti će na

početku semestra biti upoznati s točnim datumima održavanja ispita. Završni ispit je usmeni.

100

Studentima se preporuča vođenje bilješki tijekom predavanja, a pripremanje ispita iz obvezne

literature nastavnih materijala. Tijekom predavanja biti će korištene PowerPoint prezentacije

kao pomoć pri objašnjavanju sadržaja o kojima se raspravlja na predavanjima. Prezentacije će

u tiskanom obliku (handouts) biti dostupne studentima.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

15. Calvo, J; Nelson, L; Kloepper, J.W. (2014): Agricultural uses of plant biostimulants.

Plant Soil 383: 3-41.

16. Brown, P. i Saa, S. (2015): Biostimulants in Agriculture. Frontiers in Plant Science 6:

Article 671.

17. Du Jardin, P. (2015): Plant biostimulants: Definition, concept, main categories and

regulation. Scientia Horticulturae 196: 3–14.


8. Parađiković, N. (2009.): Opće i specijalno povrćarstvo, Poljoprivredni fakultet Osijek.

9. Vinković, T. (2011): Učinkovitost primjene biostimulatora u proizvodnji presadnica

rajčice. Doktorska disertacija. Poljoprivredni fakultet u Osijeku.

10. Štolfa, I. (2010): Utjecaj biostimulatora i reducirane gnojidbe na kvalitetu ploda

jagoda i zaštitu okoliša. Doktorska disertacija. Odjel za biologiju Sveučilišta J.J.






101


Naziv predmeta: PRIMJENA GLJIVA BIJELOG TRULJENJA U

BIOTEHNOLOGIJI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Marina Tišma

Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno-tehnološki fakultet Osijek


Suradnici – izvoditelji: -



Cilj predmeta:

Upoznati studente s tehnologijama primjene gljiva bijelog truljenja u procesima obrade

lignoceluloznog otpada i proizvodnje visokovrijednih bioprodukata.

Sadržaj predmeta:

Vrste gljiva bijelog truljenja. Tehnike submerznog uzgoja i uzgoja na čvrstim nosačima. Vrste

bioreaktora za uzgoj gljiva bijelog truljenja. Vrste i mehanizam lignolitičkih enzima (lakaza,

mangan-peroksidaza i lignin-peroksidaza). Primjene gljiva bijelog truljenja i lignolitičkih

enzima u biotehnologiji okoliša (obrada lignoceluloznog otpada, obrada otpadnih voda,

bioremedijacija, itd.) i proizvodnji biogoriva (bioplin i bioetanol). Primjena lignolitičkih

enzima u biotehnologiji (biotransformacije, senzori, itd.)

Seminari: Izrada analize slučaja (case study).


Sposobnost odabira vrste gljive bijelog truljenja i odabira načina uzgoja u obradi

lignoceluloznog otpada s ciljem proizvodnje željenog bioprodukta ili s ciljem rješavanja

problema zbrinjavanja lignoceluloznog otpada. Poznavanje primjene lignolitičkih enzima u

biotehnološkim procesima.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



i rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:




nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study


102


slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

18. Mitchell, D.A., Kriger, N., Berovič, M. (2006.): Solid-State Fermentation Bioreactors,

Springer, New York.

19. Webster, J., Weber, R.W.S. (2007.): Introduction to Fungi, Cambridge University

Press.

20. Gadd, G.M. (2001.): Fungi in bioremediation, Cambridge University Press.


11. Marić, V., Šantek, B. (2009.): Biokemijsko inženjerstvo, Golden marketing –

Tehnička knjiga, Zagreb.





103


Naziv predmeta: NEDESTRUKTIVNE METODE ANALIZE SVOJSTAVA

GOSPODARSKIH VRSTA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Damir Magdić

Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno-tehnološki fakultet Sveučilišta u Osijeku




Cilj predmeta:

Studenti će kroz predavanja, vježbe i izradu seminarskog rada naučiti razlikovati svojstva

gospodarskih vrsta. Uspoređivanjem metoda naučit će analizirati prikladnost pojedinih

materijala za primjenu nedestruktivnih metoda analize. Bit će upoznati s međunarodnim

organizacijama i standardima za nedestruktivne metode analize. Na odabranim gospodarskim

vrstama će studentima biti opisana i pokazana primjena različitih nedestruktivnih i statističkih

metoda analize.

Sadržaj predmeta:

PREDAVANJA: Teorijske osnove i primjena nedestruktivnih metoda; Podjela metoda;

Standardi za nedestruktivne metode analiza; Nedestruktivne i statističke metode u analizi

gospodarskih vrsta; Svojstva materijala; Primjer 1. Primjena u analizi voća i povrća; Primjer

2. Primjena u analizi ekosustava; Primjer 3. Statističke metode analize rezultata među

laboratorijskih umjeravanja (ISO standardi); Internet poveznice i Rječnik pojmova;

Međunarodne organizacije za nedestruktivne metode analize. SEMINAR: Odabir gospodarske

vrste, priprema literature, popisa opreme i plana za ciljane nedestruktivne metode analize.


Studenti će znati navesti i objasniti primjenu nedestruktivnih metoda analize gospodarskih

vrsta. Naučit će odrediti osnovna svojstva gospodarskih vrsta koja omogućuju primjenu

nedestruktivnih metoda. Studenti će znati primijeniti mjernu opremu i računalne programe za

provođenje nedestruktivnih mjerenja i analiza te će koristiti materijale međunarodnim

organizacijama i standarde za nedestruktivne i statističke metode.


ECTS bodovi 6


Seminari

Vježbe 5

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

Studenti su dužni prisustvovati nastavi, izraditi seminarski rad i položiti usmeni dio ispita.


104


rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

21. Lelas V: Prehrambeno–tehnološko inženjerstvo 1, Fizička svojstva hrane. Sveučilište

u Zagrebu, Golden marketing, Tehnička knjiga, Zagreb,2006.

22. Novinc Ž; Halep A: Tehnička dijagnostika i monitoring u industriji. Kigen, Zagreb,

2010.


12. Piljac I: Senzori fizikalnih veličina i elektroanalitičke metode. Media Print, Zagreb,

2010.

13. Kulišić P, Lopac V: Elektromagnetske pojave i struktura tvari. Školska knjiga Zagreb,

2003.

14. Horvat, D; Magdić, D; Šimić, G; Dvojković, K; Drezner, G. The relation between

dough rheology and bread crumb properties in winter wheat cultivars. Agriculturae

Conspectus Scientificus. 73(1) 2008, 9-12

15. Magdić, D; Dobričević, N: Statistical Evaluation of Dynamic Changes of "Idared"

Apples Colour During Storage. Agriculturae conspectus scintificus. 72(4) 2007, 311-316





105


Naziv predmeta: INTERAKCIJE SASTOJAKA HRANE

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Izv. prof. dr. sc. Mirela Kopjar; doc. dr. sc. Anita Pichler

Ustanova nositelja predmeta: Prehrambeno tehnološki fakultet Osijek,





Cilj predmeta:

Upoznati studenta s osnovnim sastojcima hrane te mogućim interakcijama između sastojaka

hrane ovisno o uvjetima tijekom procesiranja i skladištenja. Studenti će također biti upoznati s

novim tehnologijama koje se primjenjuju u prehrambenoj industriji kako bi se proizveli što

kvalitetniji prehrambeni proizvodi.

Sadržaj predmeta:

Podjela sastojaka hrane. Interakcije između makronutrijenata. Interakcije

makronutrijenata i mikronutrijenata. Čimbenici koji utječu na interakcije

sastojaka. Utjecaj interakcija na kvalitetu hrane. Primjena novih

tehnologija te utjecaj na kvalitetu hrane. Netermičke metode konzerviranja hrane, primjena

visokih tlakova, pulsirajućeg električnog polja, oscilirajućeg magnetskog polja, pulsirajućeg

svijetla. Suvremena dostignuća primjene membranskih procesa u proizvodnji hrane.


Studenti će steći znanja o osnovnim sastojcima hrane te mogućim interakcijama između

sastojaka hrane. Definiranjem različitih čimbenika tijekom procesiranja i skladištenja steći će

znanja za razumijevanje mogućih promjena koje utječu na kvalitetu proizvoda (senzorske

karakteristike, zdravstvenu ispravnost i nutritivnu vrijednost). Kroz razumijevanje novih

tehnologija u prehrambenoj industriji, studenti će steći znanja o mogućim interakcijama

sastojaka te utjecaju na kvalitetu hrane primjenom navedenih tehnologija.


ECTS bodovi


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



i rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:




nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study


106


slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura: 1. H.D. Belitz, W. Grosch, P. Schieberle: Food Chemistry. Springer, 4th revised and extended ed., 2009.

2. S. Damodaran, K.L. Parkin, O.R. Fennema: Fennema`s Food Chemistry. CRC Press, 2008.

3. J. G. Brennan and A. S. Grandison: Food Processing Handbook. Wiley VCH, 2011.

4. J. F. White: High Frequency Techniques: An Introduction to RF and Microwave Engineering. Wiley-

IEEE Press, 2004.

5. R. Baker: Membrane Technology and Applications. Wiley, 2004.

Dopunska (preporučena) literatura: 1. B.K. Simpson: Food Biochemistry and Food Processing. Wiley-Blackwell, 2012.

2. Z.E. Sikorski: Chemical and Functional Properties of Food Components. CRC Press, 2002.

3. M. Mulder: Basic principles of membrane technology. Kluwes Academic Publishers, 1996.

4. G.V. Barbosa-Canovas, U.R. Pothakamury, E. Palon, B.G. Swanson: Nonthermal preservation of

foods. Marcel Dekker INC., 1998.

5. D.R. Heldman, R.W. Hartel: Principles of food processing. Chapmen and Hall, 1998.





http://bookzz.org/g/Joseph%20F.%20White

http://bookzz.org/g/Richard%20Baker

107


Naziv predmeta: NAPREDNI PRISTUP UZGOJU KULTURA U

MEDITERANSKOM KLIMATU

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Slavko Perica, znanstveni savjetnik-trajno zvanje

Ustanova nositelja predmeta: Institut za jadranske kulture i melioraciju krša

Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Katja Žanić, znanstvena savjetnica

Doc. dr. sc. Gvozden Dumičić, viši znanstveni suradnik

Dr. sc. Gabriela Veletin Selak, znanstvena suradnica

Doc. dr. sc. Frane Strikić, znanstveni savjetnik



Cilj predmeta:

Cilj predmeta je razumijevanje funkcioniranja hortikulturnih ekosustava u mediteranskom

klimatu kao osnove za njihovo planiranje i održivi razvoj. Studenti će steći spoznaje

primjenjive u širokom rasponu sustava uzgoja, od intenzivnih (zaštićeni prostor;

superintenzivni nasadi) do ekstenzivnih.

Sadržaj predmeta:

Sustavi uzgoja hortikulturnih biljaka u mediteranskom klimatu; godišnji ciklusi rasta i

razvoja; suvremene tehnologije uzgoja.

Mehanizmi koji biljkama omogućuju rast i razmnožavanje u različitim okolišnim uvjetima,

ključni procesi: cvjetanje, oprašivanje i razvoj ploda; mikroskopske tehnike u istraživanju

reproduktivnih značajki.

Dijagnostika i rješavanje hranidbenih i zdravstvenih poremećaja izazvanih abiotičkim ili

biotičkim čimbenicima; genotipske specifičnosti.

Seminarski radovi s elementima znanstveno-istraživačkog rada i njihova prezentacija;

pažljivo sagledavanje i razumijevanje literaturnih podataka.


Studenti će:

- biti osposobljenosti bolje razumjeti kako okolišni čimbenici utječu na rast i razvoj biljke u

mediteranskom klimatu;

- steći znanja i vještine potrebne za donošenje odluka vezano za sustav uzgoja, kondiciju i

zdravstveno stanje biljke;

- naučit povezivati stečeno znanje s mogućim problemima i situacijama u radnom okruženju;

- naučit odabrati relevantne literaturne izvore, kao i razumjeti te kritički tumačit znanstvene

podatke.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

108

Napomene:

Obveze studenata: predavanja ili konzultacije, vježbe (praktikum i terenska nastava) te

seminarski rad.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

23. Marschner, H. (1986) Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press, London.

24. Öpik, H., Rolfe, S. (2005) The physiology of flowering plants. Cambridge: Cambridge

University Press.

25. Paul V. Nelson (2011) Greenhouse Operation and Management. 7th ed. Prentice Hall.

Englewood Cliffs NJ.

26. Maslina i maslinovo ulje A-Ž, (Zadro, B. i Perica, S., ur.), Naklada Zadro, Zagreb, (2007),

ISBN 978-953-182-075-2.

27. Civantos Lopez- Villalta, M. (1999) Olive pest and disease management. International

Olive Oil Council, Madrid.

28. Pimentel, D. (2007) Encyclopedia of pest management. Volume II. CRC Press, Taylor &

Francis Group, Boca Raton, New York, USA.


16. Perica, S. (2001) Seasonal fluctuation and intracanopy variation in leaf nitrogen level in

olive. Journal of Plant Nutrition 24(4&5):779-787.

17. Perica, S., Brown, H.P., Connell, H., Nyomora, J., Agnes M.S., Dordas, C., Hu, H. (2001)

Foliar boron application improves flower fertility and fruit set of olive. HortScience

36(4):714-716.

18. Strikić, F., Bandelj Mavsar, D., Perica, S., Čmelik, Z., Šatović, Z., Javornik, B. (2009)

The main Croatian olive cultivar "Oblica", shows high morphological but low molecular

diversity. Journal of Horticultural Science and Biotechnology 84(3):345-349.

19. Vuletin Selak, G., Cuevas, J., Goreta Ban, S., Perica, S. (2014) Pollen tube performance in

assessment of compatibility in olive (Olea europaea L.) cultivars. Scientia Horticulturae

165:36-43.

20. Vuletin Selak, G., Cuevas, J., Goreta Ban, S., Pinillos, V., Dumičić, G., Perica, S. (2014)

The effect of temperature on the duration of the effective pollination period in ‘Oblica’

olive (Olea europaea L.) cultivar. Annals of Applied Biology 164(1):85-94.

21. Žanić, K., Ban, D., Gotlin Čuljak, T., Goreta Ban, S., Dumičić, G., Haramija, J.,

Znidarčič, D. (2013) Aphid populations (Hemiptera: Aphidoidea) depend of mulching in

watermelon production in Mediterranean part of Croatia. Spanish Journal of Agricultural

Research 11(4):1120-1128.

22. Žanić, K., Dumičić, G., Škaljac, M., Goreta Ban, S., Urlić, B. (2011) The effects of

nitrogen rate and the ratio of NO3-:NH4

+ on Bemisia tabaci populations in hydroponic

tomato crops. Crop Protection 30:228-233.

23. Žanić, K., Goreta, S., Perica, S., Šutić, J. (2008) Effects of alternative pesticides on

greenhouse whitefly in protected cultivation. Journal of Pest Science 81:161-166.


109




110


Naziv predmeta: INFORMATIČKE METODE OTKRIVANJA ZNANJA

OPĆI PODACI:


Modul: Bioinformatika

Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Boris Badurina

Dr.sc. Anita Papić, znanstveni suradnik

Ustanova nositelja predmeta: Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja





Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznati studente sa metodama otkrivanja znanja zasnovanih na tehnikama

induktivnog strojnog učenja i njihovom primjenom u medicini, genetici i kemiji. Svaki

slušatelj bi nakon kolegija trebao biti sposoban koristiti metode otkrivanja znanja na svojim i

javno dostupnim podacima u znanstvenim i razvojnim istraživanjima.

Sadržaj predmeta:

Baze podataka i potreba za metodama njihove analize. Analiza podataka s ciljem predikcije i

klasifikacije neklasificiranih primjera. Otkrivanje znanja u znanstveno-istraživačkom radu s

primjenom u formiranju novog znanja i usmjeravanju istraživanja. Proces analize podataka

metodama umjetne inteligencije. Algoritmi induktivnog učenja, asocijacijskog učenja,

otkrivanja podgrupa, otkrivanja izuzetaka i grešaka. Klasteri podataka. Indukcija iz

vremenskih slijedova podataka. Vizualizacija otkrivenog znanja. Učenje iz relacijskih baza

podataka.. Usporedba znanja ekstrahiranog pomoću raznih sustava te statističkih metoda.

Primjena statističkih metoda u verifikaciji i detekciji potvrđujućih faktora. Praktični rad na

stvarnim medicinskim, bioinformatičkim i kemijskim problemima s naglaskom na odabiru

podataka, predprocesiranju i transformaciji podataka, generiranju znanja u obliku pravila te

njihovoj ekspertnoj interpretaciji. Korišteni sustavi: Data Mining Server, Weka i Tanagra.

Ishodi učenja : kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija

Studenti će steći teoretsko znanje o metodama otkrivanja znanja iz podataka i praktičnu

vještinu njihove primjene. Uspješnim svladavanjem kolegija studenti će moći analizirati

vlastite podatke, otkrivati greške u podacima te formulirati hipoteze pogodne za teoretsku i

eksperimentalnu verifikaciju i znanstvene publikacije. Po potrebi, znanje će se u obliku

pravila moći koristiti i za klasifikaciju novih primjera nepoznate klase.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

111

Napomene:

Obveze studenata:

Obvezan samostalan rad, po mogućnosti na vlastitim podacima.



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

M.Berthold, D.J:Hand: Intelligent Data Analysis – An Introduction. Springer 1999.

H.Liu, H.Motoda: Instance Selection and Construction for Data Mining. Kluwer 2001

D.Mladenić, N.Lavrač, M.Bohanec, S.Moyle: Data Mining and Decision Support –Integration

and Collaboration. Kluwer 2003

S.Džeroski, N.Lavrač: Relational Data Mining. Springer 2001.

A.A.Freitas: Data Mining and Knowledge Discovery with Evolutionary Algorithms. Springer

2002.


L.DeRaedt: Advances in Inductive Logic Programming. IOS Press 1995.


Anonimna studentska anketa na kraju predavanja.

112


Naziv predmeta: VIZUALIZACIJA U BIOINFORMATICI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Karolj Skala





Cilj predmeta:

Stvoriti koherentnu programsku cjelinu unutar generičnog modula Bioinformatika. Uvesti

nove tehnike i tehnologije u multidisciplinarnom znanstvenoistraživačkom i stručnom radu.

Dati mogućnost i trening u korištenju suvremene ICST tehnologije na Grid platformi unutar

ERA (European Research Area).

Sadržaj predmeta:

Sadržaj predavanja

Sučelje čovjek-računalo i vizualizacija. Tehnika računalno podržane znanstvene

vizualizacije. Multimedijske grafičke komunikacije. Elementi web grafičkih sučelja.

Metode distribuirane bioinformatike. Grid računarstvo i vizualizacija podataka. Metode

prikupljanja, segmentiranja, filtriranja i prikazivanja vizualnih podataka. Razmatranje

primjene različite vizualizacijske tehnike i tehnologije kod analize sekvencijalnih

podataka, kategoričkih podataka i numeričkih podataka. Programerske tehnike za razvoj

grafičkih podataka i njihova vizualizacija. 3D strukturalna bioinformatička vizualizacija.

Višedimenzijski vizualizacijski alati. Digitalno procesiranje i statističke metode analize

informacije u slici. Statistička vizualna analiza. Klasifikacija i prepoznavanje slikovnih

sadržaja. Prostorni statistički model. Prostorne frekvencije, korelacije i strukturalna

ekstrakcija. Metode analize slike DNA mikronizova (microarrays). Dizajn i

implementacija bioinformatičkog vizualizacijskog sustava. Tehnologija vizualne mrežne

integracije. Prikaz multimedijske telekonferencije, telemedicine i VO (Virtual

Organization) kao primjene mrežne suradnje u medicini i istraživanju.

Sadržaj vježbi:

Praktičan rad korištenjem programa Matlab na konkretnim zadacima. Primjena NMR i

suvremene mikroskopske instrumentacije u sklopu praktičnih zadataka. Vježbe na

bioinformatičkim Grid aplikacijama, koristeći EGEE e-Science infrastrukturu. Rad se

odvija u manjim skupinama na konkretnim zadacima na suvremenoj Grid (računalno-

mtrežno) infrastrukturi.


Znanje o novim vizualizacijskim tehnikama i tehnologijama. Suvremena uporaba

programskih alata. Dizajn i razvoj konkretnih rješenja u medicini i računalnoj biologiji.

Vještina rad na Grid znanstvenoj inftrastrukturi.

113


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



PPP,

Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu, WebCT

Konzultacije

Java

simulacije

Rad u

laboratoriju i

na Grid

infrastrukturi

Mentorski

rad

Seminarski

rad

Napomene: Koristit će se znanstvena oprema za vizualizaciju iz znanstvenoistraživačkog

programa i Grid infrastruktura u ERA sustavu.

Obveze studenata: svi oblici nastave i ostalih aktivnosti prema unaprijed objavljenom

kriteriju.



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

[1] K.Skala, Optoelektronički sustavi,2003.

[2] Bryan Bergeron, Bioinformatics Computing,HMD, 2003.

[3] Multimedijski referalni centar URL: www.carnet.hr/obrazovni/referalni/imme 2004.


[4] Zoe Lacroix, Bioinformatics: Managing the dana, 2004.

[5] Cynthia Gibas, Per Jambeck, Developing Bioinformatics Computer Skills, 2003


U sklopu WebCT-a, testova, anketa.

http://www.carnet.hr/obrazovni/referalni/imme

114


Naziv predmeta: INFORMATIČKI ALATI U MOLEKULARNIM

BIOZNANOSTIMA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr.sc. Paško Konjevoda, viši znanstveni suradnik




Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina , II. semestar

Cilj predmeta:

Upoznati studente s osnovnim informatičkim alatima koji se koriste u računalnoj biologiji, te

njihova primjena u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji.

Sadržaj predmeta:

Teorijski dio

Područje računalne biologije i bioinformatike. Primjena računalne biologije i bioinformatike u

molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i biotehnologiji. Biološke baze podataka.

Slaganje sekvenci. Filogenetska analiza. Transkriptomika. Proteomika. Metabolomika.

Biokemijska dinamika. Sistemska biologija. Programski jezici. Open-source programi za

analizu podataka. Komercijalni programi za analizu podataka. Najčešće pogreške u analizi

podataka.

Praktični dio – rad s programom Unipro UGENE

Uvod u grafičko sučelje. Učitavanje sekvenci. Anotacija sekvenci. Učitavanje i pregledavanje

3D struktura. Poslagivanje sekvenci. Filogenetska analiza. Uporaba BLAST-a. Predikcija

sekundarne strukture.

Seminari

Praktična primjena računalne biologije u molekularnoj biologiji, farmaceutskoj industriji i

biotehnologiji.


Studenti će steći osnovna znanja o informatičkim alatima koji se koriste u računalnoj

biologiji. Cilj je predmeta upoznati studente s osnovnim računalnim platformama,

operacijskim sustavima, bazama podataka, formatima podataka i programima za analizu. U

praktičnom dijelu nastave poseban će naglask biti stavljen na upoznavanje i praktičan rad s

integriranim sustavom za analizu podataka Unipro UGENE.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje

na daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

115

Napomene: /

Obveze studenata:

Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

10. Hodgman TC, French A, Westhead DR. BIOS Instant Notes Bioinformatics. 2nd

edition, Taylor & Francis, Abingdon, 2009.

11. Unipro UGENE Manual Version 1.20.0 (http://ugene.net/)


3. Claverie J-M, Notredame C. Bioinformatics for Dummies. 2nd edition, Wiley,

Hoboken, 2007.

4. Haddock S, Dunn C. Practical Computing For Biologists. Sinauer Associates, 2010.

5. Wünschiers R. Computational Biology. 2nd edition, Springer-Verlag, Berlin, 2013.

6. Flower DR. Bioinformatics for vaccinology, Wiley-Blackwell, Hoboken, 2007.





116


Naziv predmeta: MODELIRANJE BIOLOŠKI VAŽNIH MOLEKULA I

NJIHOVIH KOMPLEKSA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr. sc. Sanja Tomić, viši znanstveni suradnik

Ustanova nositelja predmeta: Instituta Ruđer Bošković

Suradnici – izvoditelji: Branimir Bertoša



Cilj predmeta:

Razumijevanje metoda i tehnika koje se koriste u modeliranju molekula i njihovih kompleksa.

Mogućnost procjene značaja molekulskog modeliranja za rješavanje konkretnih problema u

bioznanostima, te kao pomoć u planiranju i izvođenju eksperimenata.

Stjecanje praktičnog znanja u korištenju nekih od programa za molekulsko modeliranje, te u

interpretaciji rezultata molekulskog modeliranja.

Sadržaj predmeta:

Razvojem računala i računalnih programa, te padom njihove cijene, molekulsko modeliranje

našlo je svoju široku primjenu u gotovo svim bioznanostima. Ta relativno nova znanstvena

disciplina naglo se razvila u posljednjem desetljeću i postala popularna među biofizičarima,

biokemičarima, biolozima i medicinarima.

Tijekom kolegija studenti će se upoznati s osnovnim pretpostavkama i metodama

molekulskog modeliranja. Počevši s upoznavanjem baza podataka koje koristimo u

modeliranju biomakromolekula, preko uvida u tehnike modeliranja i polja sila koja se koriste

u modeliranju biomakromolekula i njihovih kompleksa, polaznici će naučiti kako dizajnirati

virtualni (in silico) eksperiment koji će im služiti kao predožak stvarnom. Teme predavanja

prilagoditi će se znanju i potrebama studenata, a svakako će obuhvatiti: dizajn mutanata

proteina, gradnju kompleksa proteina i nukleinskih kiselina s malim molekulama, te samih

makro.molekula, pronalaženje aktivnog mjesta i smještanje supstrata u to mjesto,

parametrizaciju i optimizaciju struktura (sustava), moguće promjene oblika (receptora,

liganda, kompleksa) koje nastaju tijekom vezanja i kako ih modelirati.

Polaznici će se upoznati s osnovnim obilježjima kvantnomehaničkih i empirijskih metoda i

njihovim značajem u modeliranju bioloških molekula i procesa. Naučiti će kako korištenjem

hibridnih qvantno mehaničkih i iempiriskih metoda (QM/MM i QM/MD) modelirati

enzimatske reakcije na realnim sustavima (bez korištenja aproksimativnih, malih modela).

Kroz pregled praktičnih pristupa problemima obraditi će se metode molekulske mehanike i

dinamike, Monte Carlo, te analiza normalnih modova. Objasniti će se značaj otapala i

periodičnosti kod bioloških molekula, te procjena rotacijske/konformacijske entropije. Na

konkretnim primjerima studenti će se upoznati s tehnikama koje se koriste u iznalaženje

kvantitativnog odnosa o strukturi ovisnih veličina s biološkom aktivnošću.

Posebna pozornost posvetiti će se interpretaciji modela, tj kako iz dobivenih rezultata

modeliranja povući relevantne zaključke i na temelju njih postaviti (odnosno objasniti) stvarni

eksperiment.


117

Razumijevanje metoda i tehnika koje se koriste u modeliranju biološki važnih malih i

makromolekula, te njihovih kompleksa. Praktično znanje korištenja postojećih programa za

molekulsko modeliranje, te pronalaženje veze između strukturnih parametara molekula i

njihove biološke aktivnosti.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje

na daljinu

Konzultacije Rad u


i rad

Terenska

nastava

Napomene:

Provoditi ćemo provjeru sposobnosti korištenja postojećih programa za molekulsko

modeliranje.

Obveze studenata:

redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 5 sati nastave i 3 sata vježbi



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

Andrew R. Leach ‘Molecular Modelling: Principles and Applications’,

Van Gunsteren W. F. , Weiner P. K., and Wilkinson A. J. (Eds) ’Computer Simulation of

Biomolecular Systems’

Tomić S., Nilsson L. and Wade R. C., Nuclear receptor-DNA binding Specificity: A Combine

and Free-Wilson QSAR Ananlysis, J. Med. Chem. 43 (2000), 1780-1792.

Tomić S., Nilsson L. and Wade R. C., Combine and Free-Wilson QSAR analysis of

nuclear receptor-DNA binding in ´Molecular Modeling and Prediction of Bioactivity´ (2000),

Eds. Gudertofte K. and Jorgensen F. S., publisher: Kluwer Academic/Plenum Publishers,

New York.

Tomić S., and Kojić-Prodić B., A Quantitative Model for Predicting Enzyme

Enantioselectivity: Application to Burkholderia cepacia lipase and 3-(Aryloxy)-1,2-

propanediol Derivatives, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 21 (2002), 3; 241-

252.

Tomić S., Bertoša B., Kojić-Prodić B. and Kolosvary I., Stereoselectivity of Burkholderia

cepacia lipase towards secondary alcohols: molecular modelling and 3D QSAR approach,

Tetrahedron: Asymmetry 15 (2004), 1163-1172.

Wang T., Tomić S., Gabdouline R. R., Wade C. R., How optimal are the binding energetics of

barnase and barstar?, Biophysical J. 87 (2004), 1618-1630.

118


Van Gunsteren W. F., Klebe G. and Kubinyi H. ’3D QSAR Methods in Drug Design’,

’Molecular Modeling and Prediction of Bioactivity’, Eds. Gundertofte K. and Jorgensen F. S.

Plenum (2000), Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York.

’From Molecular Structure towards Biology’, ed. Quinkert Wiley-, J. Med. Chem. 43 (2000),

1780-1792.


Upitnici prije i nakon održane nastave, razgovor sa studentima i kolegama o mogućim novim

temama i o opširnosti pristupa različitim nastavnim jedinicama.



119


Naziv predmeta: STRUKTURNA BIOINFORMATIKA PROTEINA I

BIOAKTIVNIH MOLEKULA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: dr. sc. Bono Lučić, znanstveni suradnik



Status predmeta: □ obvezni izborni

Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I godina, 2. semestar

Cilj predmeta:

Upoznavanje s općim načelima modeliranja svojstava i aktivnosti proteina i bioaktivnih

molekula. Usvajanje znanja potrebnoga za praćenje i kritičku analizu znanstvenih rezultata u

tom području. Razumijevanje postupka modeliranja do razine samostalne provedbe

modeliranja svojstva ili aktivnosti izabranoga skupa bioaktivnih molekula ili proteina.

Sadržaj predmeta:

Pregled metoda za modeliranje svojstava i stukture proteina i bioaktivnih molekula. Algoritmi

za izbor modela. Izbor reprezentativnog skupa poteina i bioaktivnih molekula za analizu, i

uključivanje sličnosti. Opisivanje strukturnih posebnosti skupa proteina i bioaktivnih

molekula s pomoću molekularnih strukturnih deskriptora. Parametri kvalitete modela s

obzirom na provedbu postupka učenja i provjeru točnosti predviđanja modela. Parametri

točnosti modela u postupku prilagodbe, križne provjere, i vanjske provjere. Pregled točnosti

postojećih metoda u predviđanju farmakoloških svojstava bioaktivnih molekula i svojstava i

stukture proteina. Modeliranje sekundarne strukture, konstanti savijanja i razmotavanja

proteina, stukturalne klase, udjela sekundarne strukture, položaja proteina u stanici, i drugih

globalnih svojstava proteina. Modeliranje 3D strukture na temelju sličnosti. Modeliranje

strukture i topologije membranskih proteina. Pregled baza podataka i poslužitelja za

modeliranje u strukturnoj bioinformatici, i njihovo korištenje. Modeliranje fizikalno-

kemijskih svojstava (topljivost, lipofilnost, transport, apsorpcija), biološke aktivnosti i

toksičnosti bioaktivnih molekula.


Razumijevanje načela modeliranja svojstava i aktivnosti proteina i bioaktivnih molekula.

Ovladavanje metodologijom koja je potrebna za ispravnu provedbu modeliranja skupa

podataka koji će tijekom rada biti dobiven u laboratoriju, kao i podataka iz literature.

Stjecanje znanja za kritičku prosudbu kvalitete i ograničenja teorijskih bioinformatičkih

metoda i modela (u obliku računalnih programa ili poslužitelja dostupnih putem interneta)

koje će koristiti u svome radu.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30

120



Multimedija i

internet

Obrazovanje na



i rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 3 sata

nastave. Student je obvezan održati manji seminar temeljen na pregledu literature. Na koncu

predavanja student treba provesti analizu odabranoga skupa proteina ili bioaktivnih molekula,

i pripremiti rad za obavljivanje, zajedno s nositeljem predmeta.



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. C. Gibas; P. Jambeck: “Developing Bioinformatics Computer Skills” O'Reilly and Assoc.

Inc., Sebastopol, CA, USA, 2001.

2. D. Juretić: “Bioenergetika – rad membranskih proteina” Informator. Zagreb, 1997.

3. D. J. Livingstone: “Data Analysis for Chemists – Application to QSAR and Chemical

Product Design” Oxford Univerity Press, UK, 1995.

Najvažniji znanstveni i radovi iz područja stukturne bioinformatike i modeliranja svojstava

proteina i bioaktivnih molekula:

4. S. F. Altschul; W. Gish; W. Miller; E. W. Myers; D. J. Lipman, Basic local alignment

search tool, J. Mol. Biol. 215 (1990) 403-410.

5. J. Kyte; R. F. Doolittle, A simple method for displaying the hydropathic character of a

protein. J. Mol. Biol. 157 (1982) 105-132.

6. B. Rost; C. Sander, Prediction of protein secondary structure at better than 70-percent

accuracy, J. Mol. Biol. 232 (1993) 584-599.

7. A. Šali; T. L. Blundell, Comparative protein modeling by satisfaction of spatial restrains, J

Mol Biol. 234 (1993) 779-815.


1. K. P. Burnham; D. R. Anderson: “Model Selection and Multi-Model Inference : A Practical

Information-Theoretic Approach (2Rev ed)” Springer, Berlin, 2004.

2. W. Kabsch; C. Sander, Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of

hydrogen-bonded and geometrical features, Biopolymers 22 (1983) 2577-2637.

3. P. Y. Chou; G. D. Fasman, Prediction of the secondary structure of proteins from their

amino acid sequence, Adv. Enzymol. 47 (1978) 45-148.

4. C. Sander; R. Schneider, Database of homology-derived protein structures and the

structural meaning of sequence alignment. Proteins 9 (1991) 56-68.

5. G. von Heijne, Membrane-protein structure prediction – hydrophobicity analysis and the

positive-inside rule. J. Mol. Biol. 225 (1992) 487-494.

6. B. Rost; R. Casadio; P. Fariselli; C. Sander, Transmembrane helices predicted at 95-percent

accuracy. Protein Sci. 4 (1995) 521-533.

7. A. R. Katritzky; V. S. Lobanov; M. Karelson, QSPR: The Correlation and quantitative

http://www.amazon.com/exec/obidos/search-handle-url/index=books&field-author=Cynthia%20Gibas/103-1826874-1956647

http://www.amazon.com/exec/obidos/search-handle-url/index=books&field-author=Per%20Jambeck/103-1826874-1956647

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&term=%22Gish+W%22%5BAuthor%5D

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&term=%22Miller+W%22%5BAuthor%5D

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&term=%22Myers+EW%22%5BAuthor%5D

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&term=%22Lipman+DJ%22%5BAuthor%5D

121

prediction of chemical and physical properties from structure, Chem. Soc. Rev. 24 (1995)

279-287.

8. C. A. Lipinski; F. Lombardo; B. W. Doming; P. J. Feeney, Experimental and

computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and

development settings, Adv. Drug. Deliv. 23 (1997) 3-25.

9. C. Hansch; T. J. Fujita, ρ-σ-π Analysis, A method for the correlation of biological activity

and chemical structure, J. Am. Soc. 86 (1964) 1616-1626.

10. S. M. Free Jr.; J. W. Wilson, A mathematical contribution to structure activity studies, J.

Med. Chem. 7 (1964) 395-399.


1. D. Juretić; B. Lučić; N. Trinajstić, Why focusing on bioinformatics?. Period. Biologorum

107 (2005) , 4; 379-383.

2. F. Supek; T. Šmuc; B. Lučić, A prototype structure-activity relationship model based on

National Cancer Institute cell line screening data, Period. Biologorum 107 (2005) 451-455.

3. T. Piližota; B. Lučić; N. Trinajstić, Use of variable selection in modeling the secondary

structural content of proteins from their composition of amino acid residue, J. Chem. Inf.

Comput. Sci. 44 (2004) 113-121.

4. B. Lučić; D. Nadramija; I. Bašic; N. Trinajstić, Toward generating simpler QSAR models:

Nonlinear multivariate regression versus several neural network ensembles and some related

methods, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 43 (2003) 1094-1102.

5. B. Lučić; D. Amić; N. Trinajstić, Nonlinear multivariate regression outperforms several

concisely designed neural networks on three QSPR data sets, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 40

(2000) 403-413.

6. B. Lučić; N. Trinajstić, Multivariate Regression Outperforms Several Robust Architectures

of Neural Networks in QSAR Modeling, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 39 (1999) 121-132.

7. B. Lučić; N. Trinajstić; S. Sild; M. Karelson; A. R. Katritzky, A new efficient approach for

variable selection based on multiregression: Prediction of gas chromatographic retention

times and response factors, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 39 (1999) 610-621.

8. A. R. Katritzky; K. Chen; Z. L. Wang; M. Karelson; B. Lučić; N. Trinajstić; T. Suzuki; G.

Schüürmann, Prediction of liquid viscosity for organic compounds by a quantitative

structure-property relationship, J. Phys. Org. Chem. 13 (2000) 80-86.

9. S. C. Basak; B. D. Gute; B. Lučić; S. Nikolić; N. Trinajstić, A comparative QSAR study of

benzamidines complement-inhibitory activity and benzene derivatives acute toxicity,

Comput. Chem. 24 (2000) 181-191.

10. D. Juretić; D. Zucić; B. Lučić; N. Trinajstić, Preference functions for prediction of

membrane-buried helices in integral membrane proteins, Comput. Chem. 22 (1998) 279-

294.

11. B. Lučić; N. Trinajstić; D. Juretić, Recognition of membrane protein structure from amino

acid sequence, in From Chemical Topology to Three-Dimensional Geometry (A.T.

Balaban, Ed.) Plenum Publishing Corporation, New York, pp 117-158, 1997.

12. D. Juretić; D. Zucić; B. Lučić; N. Trinajstić, Protein transmembrane structure:

Recognition and prediction by using hydrophobicity scales through preference functions,

in Theoretical and Computational Chemistry, Volume 5. Theoretical Organic Chemistry

(C. Parkanyi and W.C. Herndon Eds.) Elsevier Science B. V., Amsterdam, 1998.


Upitnici nakon održanih 10 sati i na kraju predavanja/vježbi. Rasprava sa studentima i

kolegama. Praćenje napredovajna svakoga studenta. Uspješnost kolegija evaluirat će svake

godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta "Ruđer Bošković", Sveučilišta u Dubrovniku

i Sveučilišta u Osijeku.

122


Naziv predmeta: RAČUNALNE I NAPREDNE STATISTIČKE METODE U

BIOZNANOSTIMA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Izv. prof. dr. sc. Domagoj Matijević

Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku, Odjel za

matematiku

Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Slobodan Jelić



Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznavanje studente sa suvremenim računalnim i statistički metodama u

bioznanostima te njihovom primjenom u konkretnim problemima. Pored teorijskog znanja,

naglasak se stavlja na uporabu suvremenih računalnih rješenja za dohvat i analizu podataka.

Nakon odslušanog kolegija od studenata se očekuje samostalna primjena usvojenih znanja na

rješavanje konkretnih znanstvenih problema.

Sadržaj predmeta:

1. Motivacijski problemi u molekularnim bioznanostima

2. Statističke metode

a. Medline/PubMED baze podataka: dohvat i deskriptivna statistika

b. Regresijski modeli:

i. Jednostavni model logističke regresije

ii. Složeni model logističke regresije

iii. Primjer: Utjecaj TGF-b1 genetskog polimorfizma na disfunkciju

bubrega nakon transplantacije jetre kod djece

3. Problem odabira svojstava (eng. Feature selection problem)

a. Odabira svojstava pomoću statističkih testova

b. Metode odabira podskupova svojstava (eng. Feature Subset selection)

i. Sekvencijalni odabir unazad (eng. Sequential Backward Selection)

ii. Sekvencijalni odabir unaprijed (eng. Sequential Forward Selection)

c. Metode kombinatorne optimizacije: k-Feature Set problem

d. Primjer: Detekcija markera za rak prostate (podaci: Kent Ridge Biomedical

Data Set Repository, NCBI Data Set Record)

4. Računalne metode

a. Modeliranje grafovima u genetici

b. DNA sekvenciranje

c. Problem najkraćeg superniza

d. Metode sekvencijra hibridizacijom: problem Hamiltonovog i Eulerovog puta

e. Sekvenciranje proteina i peptida

f. Identifikacija proteina pretragom baze podataka

g. Primjer: Rad na bazama podataka: GenBank, RefSeq, TPA, SwissProt, PIR,

PRF i PDB


123

Dohvat i analiza podataka iz baza podataka u bioznanostima

Poznavanje statistički i računalnih metoda u bioznanostima

Samostalna primjena statističkih i računalnih metoda u bioznanostima


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

Redovito praćenje nastave

Sudjelovanje u nastavi




rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

29. Sergios Theodoridis: Pattern Recognition, Fourth Edition. Academic Press, 2008.

30. Walter T. Ambrosius: Topics in Biostatistics (Methods in Molecular Biology),

Humana Press, 2007.

31. Neil C. Jones & Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms,

MIT Press, 2004.


24. Arthur M. Lesk: Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press, 2005.

25. Jonathan Pevsner: Bioinformatics and Functional Genomics (second edition), Wiley –

Blackwell, 2009.

26. Oleg Okun: Feature Selection and Ensemble Methods for Bioinformatics: Algorithmic

Classification and Implementations, IGI Global, 2011.

27. Peter Flach: Machine Learning: The Art and Science of Algorithms That Make Sense

of Dana, Cambridge University Press, 2012.

28. Christopher M. Bishop: Pattern Recognition and Machine Learning, Springer, 2006.





124


Naziv predmeta: BIOLOGIJA TUMORSKIH I NORMALNIH STANICA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Prof.dr. sc.Sonja Levanat, znanstvena savjetnica





Cilj predmeta:

Upoznati polaznike s najnovijim saznanjima o normalnom funkcioniranju stanica

višestaničnih organizama, regulaciji staničnog ciklusa, prijenosa signala u stanici i među

stanicama te poremetnjama tih procesa. Težište je na molekulsko genetičkim i biokemijskim

aspektima funkcioniranja stanica te modelima istraživanja in vitro i in vivo.

Sadržaj predmeta:

Sadržaj kolegija: građa stanica i stanični ciklus, ispoljavanje proteina u regulaciji staničnog

ciklusa, faktori rasta i protoonkogeni, prijenos signala, aktivacija i inaktivacija gena, genska

mapa, recesivno i dominanto nasljedne bolesti. Apoptoza i blokatori apoptoze. Fosforilacija i

defosforilacija - fosfataze i kinaze te njihovi inhibitori.

Metode molekulske biologije: izolacija proteina i nukleinskih kiselina, metode detekcije

(kromatografske, imunokemijske, elektroforetske), radioaktivno i fluorescentno obilježavanje

fragmenata i/ili stanica, lančana reakcija polimeraze, razni tipovi hibridizacija (northern,

western, dot blot, southern, in situ, substraktna i diferencijalna); modeli istraživanja: stanične

linije, parafinski rezovi, primarne stanične kulture, laboratorijske životinje, svježe tkivo.


Povezivanje bioloških mehanizama s mogućnostima molekularne medicine i dostupnim

analizama najnovijim tehnologijama


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:prisustvovanje nastavi i vježbama, kritična analiza znanstvenog članka



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study


125



publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Lodish H et al Molecular Cell Biology, Sci Am Books2000;

SambrookJ,Fritisch FF, Maniatis T Molecular cloning, 1,2,3.Lab.Manual,2001.

Cooper G.M. The Cell:Molecular approach, 2000, ASM press


Locker J. Transcription Factors.2001. BIOS Scientific Publ Lim Oxford,OX4 1RE, UK

Hesketh R The Oncogene and Tumour Suppressor Gene, 1997, 2nd ed, Acad PressLondon,

UK

Freshney RI, Freshney MG. Nulture of Immortalized Cells.1996, Willey-Liss ,J Willey &

sons, Inc Public.

Huff J, Boyd J, Barrett JC. Cellular and Molecular Mechanisms of Hormonal Carcinogenesis.

Progress in Clinical and Biological Research Vol 394, 1996. Willey-Liss ,J Willey & sons,

Inc Public.


- anketa među studentima

126


Naziv predmeta: IMUNOGENETIKA TRANSPLANTACIJE

OPĆI PODACI:

Studijski program: MOLEKULARNE BIOZNANOSTI

Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Izv.prof. dr. sc. Zorana Grubić, znanstvena savjetnica

Ustanova nositelja predmeta: KBC-Zagreb

Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Renata Žunec

Status predmeta: □ obvezni X□ izborni


Cilj predmeta:

Upoznati studente sa sustavom HLA i njegovom ulogom u transplantaciji tkiva i organa.

Iznijeti najnovije znanstvene spoznaje i njohove primjene u imunogenetici transplantacije.

Sadržaj predmeta:

Glavni sustav tkivne podudarnosti u čovjeka – Human Leukocyte Antigens (HLA): povijesni

pregled otkrića, istraživanja, nazivlje, smještaj i ustroj. Biološka uloga sustava HLA: prerada i

predočavanje peptida. Građa gena i molekula HLA razreda I i razreda II.

Osnovne genetske osobitosti sustava HLA: polimorfizam, fenotip, haplotip, genotip,

neravnoteža udruživanja – linkage disequilibrium, rekombinacija-crossing over.

Laboratorijski testovi određivanja gena, antigena i antitijela HLA: MLCT, PCR-SSP, PCR-

SSO, sekvencioniranje. Odabir primatelja organa za kadaveričnu transplantaciju organa.

Odabir davatelja za transplantaciju hematopoetskih stanica. Uloga podudarnosti gena HLA i

izbor tipizacijskih metoda u transplantaciji tkiva i organa. Uloga antitijela HLA (PRA)u

transplantaciji tkiva i organa.


razumijevanje genetike sustava HLA, analiza genotipa HLA u obitelji, razumijevanje

imunogenetskog pristupa u kadaveričnoj transplantaciji organa i u transplantaciji koštane srži,

kompetentno praćanje literature o ulozi sustava HLA u transplantaciji tkiva i organa


ECTS bodovi 4


Seminari 10

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:



rad

Vježba ili case

study

127



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1)Andreis I, Batinić D, Čulo F, Grčević D, Marušić M, Taradi M, Višnjić D. Imunologija.

Zagreb: Medicinska naklada, 2004.; 2)Apperley J.F., Gluckman E., Gratwohl A. Blood and

marrow transplantation. Paris: European School of Haematology, 2000. 3)Blair GE, Pringle

CR, Maudesley DJ. Modulation of MHC antigen expression and disease. Cambridge:

University Press, 2005. 4)Cecka J.M., Terasaki P.I. Clinical Transplants 2003.. Los Angeles:

UCLA Tissue typing Laboratory, 2004. 5)Janeway C.A., Travers P., Walport M., Shlomchik

M.J. Immunobiology 5, The Immune system in health and disease. New York: Garland

Publishing, 2001. 6)Marsh S.G.E., Parham P., Barber L.D. The HLA facts book. London:

Academic Press, 2000.


Časopisi; Human Immunology, Clinical Transplantation, Tissue Antigens, Transplantation

Proceedings,





128


Naziv predmeta: SUPRAMOLEKULARNE STRUKTURE I OKSIDACIJSKI

STRES

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Izv.prof.dr. sc. Marina Ilakovac Kveder1, znanstvena savjetnica

Prof.dr.sc. Hrvoje Lepeduš2

Ustanova nositelja predmeta: 1Institut Ruđer Bošković 2Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja




Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina. II. semestar

Cilj predmeta:

Upoznati studente sa staničnim membranama kao supramolekularnom strukturom, te s

njihovim ulogama u lipidnoj peroksidaciji i stvaranju ateroskleroze i zloćudnih bolesti.

Studenti će isto tako biti upoznati sa spektroskopskim i magnetsko-rezonansnim metodama u

izučavanju oksidacijkog stresa.

Sadržaj predmeta:

Stanična membrana kao supramolekulska struktura: organizacija gradbenih elemenata

(asimetrija lipidnog dvosloja, lipid-protein međudjelovanje, raftovi) i dinamička svojstva

(fluidnost, tekuće-kristalno stanje). Transport kroz membranu. Uloga membrane u

oksidacijskom procesu. Ateroskleroza i zloćudne bolesti. Liposomi i njihova primjena u

onkologiji. Osnovne spektroskopske metode u istraživanju oksidacijskih procesa in-vitro (Uv-

Vis, infracrvena spektroskopija, fluorescencija). Primjena metoda magnetske rezonancije

(NMR i EPR) u detektiranju slobodnih radikala i oksigenacije tkiva in-vivo i ex-vivo.

Kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

Teorijsko upoznavanje magnetsko-rezonantskih i spektroskopskih metoda u izučavanju

oksidacijskog stresa. Razumijevanje uloge staničnih membrane i njihova uloga u zločudnim

bolestima i oksidacijskom stresu.


ECTS bodovi 4


Seminari

Vježbe 5

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

129



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. T. McKee and J.R. McKee: Biochemistry,Wm. C. Brown publishers, 1996.

2. H. Esterbauer, J. Gebicki, H. Puhl, G. Juergens: The role of lipid peroxidation and

antioxidants in oxidative modification of LDL, Free radic. Biol. Med. 13 (1992) 341-390.

3. 3. A.Giessauf, E. Steiner, H. Esterbauer: Early destruction of tryptophan residues of

apolipoprotein B is a vitamin E-ependent process during copper-mediated oxidation of

LDL, Biochem. Biophys. Acta 1256 (1995) 221-232.


S. Banuelos, J.L. Arrondo, F.M. Goni, G. Pifat: Surface-core relationship in human low

density lipoproteins as studied by infrared spectroscopy, J. Biol. Chem. 270 (1995) 9192-

9196.

Bioradicals detected by ESR spectroscopy, (H. Ohya-Nishiguchi, L. Packer eds.), Birkaeuser

Verlag, 1995

G.K.E. van Holde, W.C. Johnson, P.S. Ho: Principles of physical biochemistry, Prentice Hall,

Upper Saddle River, USA, 1998









130


Naziv predmeta: PEROKSIDACIJA LIPIDA U OSNOVAMA OKSIDACIJSKOG

STRESA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Neven Žarković, znanstveni savjetnik-trajno zvanje


Suradnici – izvoditelji: Branka Mihaljević, Werner Siems


Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina II. semestar

Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznati polaznike studija s osnovama oksidacijskog stresa i mehanizmima

procesa peroksidacije lipida povezanih uzročno-posljedičnim vezama s patofiziologijom

različitih bolesti i organskih poremećaja.

Sadržaj predmeta:

- slobodni radikali i oksidacijski stres – definicije i primjeri

- reaktivni kisikovi spojevi (ROS) – stvaranje i svojstva u biološkim sustavima

- peroksidacija lipida, lipoproteini i reaktivni aldehidi

- oksidacijski stres i peroksidacija lipida u metaboličkim, upalnim i degenerativnim

bolestima (diabetes, ateroskleroza, neurodegeneracija, kronično zatajenje bubrega, itd.)

- starenje, oksidacijski stres i tumori

- oksidacijski stres kao veza između nasljednog i ijatrogeniog tumora

- oksidacijski stres u karcinogenezi i terapiji tumora

- metode za stvaranje i mjerenje brzine reakcije slobodnih radikala

- detekcija slobodnih radikala i drugih medijatora oksidacijskog stresa u biološkim sustavima

- kemijska svojstva ROS – reakcijski mehanizmi i kinetika kemijskih reakcija

- oksidacijski stres i prijelazni metali

- željezo: paradoks u području kisikovih radikala u biologiji

- metabolizam željeza – značaj u onkologiji

- zloćudne bolesti kao sustavni poremećaji, metaboličke promjene uzrokovane tumorima

- upale i tumori, moguća uloga granulocita u karcinogenezi i obrani od tumora

- antioksidansi

- produkti raspadanja karotenoida i tumori

- strategije antioksidacijske terapije u bolestima ljudi – činjenice i vizije

- oksidacijski stres u lymphedema kirurški tretiranih bolesnika s tumorima – produkti

peroksidacije lipida u fibrosklerozi bolesnika s lymphedema

- oksidacijski stres u kliničkim pokusima

- nove dijagnostičke i terapijske mogućnosti vezane uz oksidacijski stres


- poznavanje svojstava i reakcija slobodnih radikala u osnovama oksidacijskog stresa

- prepoznavanje specifičnih mehanizama inicijacije peroksidacije lipida i povezivanje s

potencijalnim organskim poremećajem

- osnove metodologije procesa peroksidacije lipida s posebnom pažnjom na pronalaženju što

direktnije kvantitativne metode mjerenja oksidacijskog stanja

- poznavanje antioksidacijskih mehanizama i primjena antioksidansa u prevenciji ili terapiji

131


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:




rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura: 1. Halliwell, B.; Gutteridge, J.M.C. FREE RADICALS IN BIOLOGY AND MEDICINE. Oxford University Press, New York, 1999; pp. 246-350. 2. Mihaljevic, B., Katusin-Razem, B., Razem, D. THE REEVALUATION OF THE FERRIC THIOCYANATE ASSAY FOR LIPID HYDROPEROXIDES WITH SPECIAL CONSIDERATIONS OF THE MECHANISTIC ASPECTS OF THE RESPONSE. Free Radical Biol. Med., 21: 53-63; 1996 3. Žarković, N. MECHANISMUS DER TUMORENTSTEHUNG. Pharmazeutishe Zeitung, 145: 239-245; 2000 4. Žarković, N. ANTIOXIDATIEN IN DER PRÄVENTION UND CHEMOTHERAPIE VON TUMOREN. Pharmazeutishe Zeitung, 145: 391-395: 2000 .


132

1. Toyokuni, S.; Okamoto, K.; Yodoi, J.; Hiai, H.; PERSISTANT OXIDATIVE STRESS IN

CANCER. FEBS Lett. 358: 1-3; 1995. 2. Huang, X. IRON OVERLOAD AND ITS ASSOCIATION WITH CANCER RISK IN HUMANS: EVIDENCE FOR IRON AS A CARCINOGENIC METAL. Mutation Research, 533: 153-171: 2003. 3. Alija, A.J.; Bresgen, N.; Sommerburg, O.; Siems, W.; Eckl, P.M. GENOTOXIC EFFECTS OF BETA-CAROTENE BREAKDOWN PRODUCTS ON PRIMARY RAT HEPATOCYTES. Carcinogenesis 25, 827-831; 2004. 4. Schumacher M.; Eber B.; Tatzber F.; Kaufmann P.; Halwachs G.; Fruhwald F.M.; Zweiker R.; Esterbauer H.; Klein W. TRANSIENT REDUCTION OF AUTOANTIBODIES AGAINST OXIDIZED LDL IN PATIENTS WITH ACUTE MYOCARDIAL INFARCTION. Free Radic Biol Med 18:1087-1091; 1995 5. Tatzber, F.; Griebenow, S.; Wonisch, W.; Winkler R. DUAL METHOD FOR THE DETERMINATION OF PEROXIDASE ACTIVITY AND TOTAL PEROXIDES – IODIDE LEADS TO A SIGNIFICANT INCREASE OF PEROXIDASE ACTIVITY IN HUMAN SERA. Anal Biochem 316(2):147-153; 2003


Popis radova je dostupan na web stranici:

http://www.irb.hr/en/str/zmm/LABS/LabOS/Neven/PublikacijeN , te:

1. Katušin-Ražem, B.; Mihaljević, B.; Ražem, D. Lipid Test. Nature, 345: 584; 1990 2. Mihaljević, B.; Katušin-Ražem, B.; Ražem, D. The Reevaluation Of The Ferric

Thiocyanate Assay For Lipid Hydroperoxides With Special Considerations Of The Mechanistic Aspects Of The Response. Free Radical Biol Med., 21: 53-63; 1996

3. Mihaljević, B.; Ražem, D. Oxidation Kinetics Of Iron(Ii) Ion With The T-Butoxyl

Radical. Radiat. Phys. Chem., 67: 269-274; 2003.

4. Andrea Sovic, Suzana Borović, Iva Lončarić, Thomas Kreuzer, Kamelija Žarković, Tea

Vuković, Georg Wäg, Reno Hraščan, Reinhold Wintersteiger, Rainer Klinger, Niko

Zurak, Rudolf Jörg Schaur and Neven Žarković (2001) The carcinostatic and proapoptotic

potential of 4-Hydroxynonenal in HeLa cells is associated with its conjugation to cellular

proteins. Anticancer Res, 21:1997-2004

5. Neven Žarković , Iva Lončarić, Ana Čipak, Gordana Jurić, Willibald Wonisch , Suzana Borović , Georg

Waeg, Tea Vuković, Kamelija Žarković. (2001) Patofiziološke značajke sekundarnih glasnika

slobodnih radikala i oksidativni stres. U: Oksidativni stres i djelotvornost antioksidansa.

(Bradamante V., Lacković Z., ur.), Medicinska naklada, Zagreb, pp. 13-32

6. Marija Poljak-Blaži M, Maša Katić, Marijeta Kralj, Neven Žarković, Tanja Marotti,

Berislav Bošnjak, Višnja Šverko, Tihomir Balog, Krešimir Pavelić (2001) In vitro and in

vivo effect of natural clinoptiolote on malignant tumors. In: Zeolites and mesoporous

materials at the dawn of 21st century (Galarneau A., Di Renzo F., Fajula F., Vedrine J,

Eds.), Stud. Surf. Sci. Catal, Vol. 135, 5309-5316

7. Fiorella Biasi, Luciana Tessitore, Danialla Zanetti, J.C. Citrin, B. Zingaro, Ellena

Chiarpotto, Neven Žarković, G. Serviddio and Giuseppe Poli (2002) Associated changes

of lipid peroxidation and TGF1 levels in human cancer during tumor progression. Gut,

50: 361-367

8. Thomas Semlitsch, Hilmar M. Tillian, Neven Žarković, Suzana Borović, Martin

Purtscher, Otmar Hohenwarter and Rudolf J. Schaur (2002) Differential Influence of the

Lipid Peroxidation Product 4-Hydroxynonenal on the Growth of Human Lymphatic

Leukaemia Cells and Human Peripheral Blood Lymphocytes. Anticancer Res, 22:1689-

1697

9. Neven Žarković , Suzana Borović , Igor Stipančić, Marija Poljak Blaži, Iva Lončarić, Ana

Čipak, Gordana Jurić, Tea Vuković, Willibald Wonisch , Georg Waeg i Kamelija

http://www.irb.hr/en/str/zmm/LABS/LabOS/Neven/PublikacijeN

133

Žarković. (2002) Fiziološke i patološke značajke lipidne peroksidacije U: Oksidativni

stres i djelotvornost antioksidansa. (Bradamante V., Lacković Z., ur.), Medicinska

naklada, Zagreb, pp. 10-29

10. Neven Žarković, Kamelija Žarković, Marijeta Kralj, Suzana Borović, Senka Sabolović,

Marija Poljak Blaži, Ana Čipak and Krešimir Pavelić (2003) Anticancer and antioxidative

effects of micronized zeolite clinoptilolite, Anticancer Res, 23:1589-1596

11. Mircea Cazacu, Traian Oniu, Cornel Lungoci, Anca Mihailov, Ana Čipak, Rainer Klinger,

Thomas Weiss and Neven Žarković (2003) The influence of Isorel on the advanced

colorectal cancer. Cancer Bioth & Radipharm, 18:27-34

12. P. Sikiric, S. Seiwerth, S. Mise, M. Staresinic, D. Mikus, G. Aralica, D. Perovic, M.

Gjurasin, A. Boban-Blagaic, T. Ziger, L. Batelja, N. Žarković, S. Borović, S. Zutekovic,

D. Rabic, S. Babic, S. Suknaic, N. Kolombo, D. Blagojevic, N. Kokic, I. Fattorini, M.

Kopljar, A. Marovic, A. Tonkic, G. Buljat, T. Anic, M. Petek, R. Rucman (2003)

Corticosteroids-impairment healing and gastric pentadecapeptide BPC 157 creams in

burned mice. Burns, 29: 323-334

13. Neven Žarković (2003) 4-Hydroxynonenal as a bioactive marker of pathopysiological

processes. Mol Asp Med, 24:281-291

14. Staresinic M, Sebecic B, Patrlj L, Jadrijevic S, Suknaic S, Perovic D, Aralica G, Žarković

N, Borović S, Srdjak M, Hajdarevic K, Kopljar M, Batelja L, Boban-Blagaic A, Turcic I,

Anic T, Seiwerth S, Sikiric P (2003) Gastric pentadecapeptide BPC 157 accelerates

healing of transected rat Achilles tendon and in vitro stimulates tendocytes growth. J

Orthop Res 21: 976-983

15. Renate Wildburger, Neven Žarković, Suzana Borović, Kamelija Žarković, Walter Petek,

Andreas Meinitzer (2003) Die hypertrophe Kallusbildung bei Patienten mit schwerem

Schädel-Hirn-Trauma. In: Höhepunkte, Fehler und Komplikationen in der

Unfallchirurgie. (Rudolf Szyszkowitz, ed.), Leykam Nfg. & Co. KG, Graz, 529-553

16. Greta Pifat Mrzljak, Neven Žarković (Eds.) (2003): Towards the European University

Networks: Trends and Challenges in Higher Education. Hrvatsko-austrijsko Društvo,

Zagreb

17. Branka Mazul-Sunko, Neven Žarković, Nada Vrkić, Nataša Antoljak, Miroslav Bekavac

Bešin, Vjeran Nikolić Heitzler, Mladen Širanović, Ankica Krizmanić-Dekanić, Rainer

Klinger (2004) Proatrial natriuretic peptide (1-98), but not cystatin C, is predictive for

occurrence of acute renal insufficiency in critically ill septic patients. Nephron Clinical

Practice. 97(3):103-107

18. Neven Žarković, Darija Mahović , Marija Poljak-Blaži, Iva Lončarić, Franz Tatzber,

Kamelija Žarković, Damir Petravić, Willibald Wonisch, Niko Zurak (2004) Changes of

plasma peroxides in patients with stroke: Indices of differential systemic response to

oxidative stress in patients with ischemic stroke or with intracerebral hemorrhage.

Neurologia Croatica, 53:79-86

19. Živković Morana, Žarković Kamelija, Škrinjar Ljubomir, Georg Waeg, Poljak-Blaži

Marija, Borović Suzana, Schaur Rudolf Jörg, Žarković Neven (2005) A new method for

detection of HNE-histidine conjugates in rat inflammatory cells. Croatica Chemica Acta,

78: 91-98

20. Igor Stipančić, Neven Žarković, Dražen Servis, Senka Sabolović, Franz Tatzber, Željko

Busić (2005) Oxidative stress markers after laparoscopic and open cholecystectomy,

134

Journal of Laparoendoscopic & Advanced Surgical Techniques,Part A, 15: 347-352

21. Neven Žarković (2005) Mechanismen der Tumorentstehung. In: Oxidativer Stress und

Pharmaka (Siems Werner, Krämer Klaus, Grune Tilman, Eds.). Govi-Verlag, Eschborn,

145-158

22. Neven Žarković (2005) Antioxidatien in der Prävention und Chemotherapie von Tumoren.

In: Oxidativer Stress und Pharmaka (Siems Werner, Krämer Klaus, Grune Tilman, Eds.).

Govi-Verlag, Eschborn, 159-174

23. Mircea Bogdan Enesel, Iurie Acalovschi, Vasile Grosu, Adriana Sbarcea, Catrinel Rusu,

Adrian Dobre, Thomas Weiss and Neven Žarković (2005) Perioperative Application of

the Viscum Album Extract Isorel in Digestive Cancer Patients. Anticancer Research, 25:

4583-4590

24. Kamelija Žarković, Gordana Juric, Georg Waeg, Danijela Kolenc and Neven Žarković

(2005) Immunohistochemical appearance of HNE-protein conjugates in human

astrocytomas. Biofactors, 24: 33-40

25. Suzana Borović Šunjić, Ana Čipak, Filip Rabuzin, Renate Wildburger and Neven

Žarković (2005) The Influence of 4-Hydroxy-2-nonenal on Proliferation, Differentiation

and Apoptosis of Human Osteosarcoma Cells. Biofactors, 24: 141-148

26. Ana Čipak, Suzana Borović, Mira Scukanec-Spoljar, Iva Kirac, Neven Žarković (2005)

Possible Involvement of 4-Hydroxynonenal in Splenocyte Regulated Liver Regeneration.

Biofactors, 24: 217-226

27. Morana Živković, Marija Poljak-Blaži, Gerd Egger, Suzana Borović Šunjić, Rudolf Jörg

Schaur, Neven Žarković (2005) Oxidative Burst and Anticancer Activities of Rat

Neutrophils. Biofactors,24: 305-312

28. Ana Čipak, Meinhard Hasslacher, Oksana Tehlivets, Emma J Collinson, Morana

Živković, Tanja Matijevic, Willibald Wonisch, Georg Waeg, Ian W. Dawes, Neven

Žarković, and Sepp D Kohlwein (2006) Saccharomyces cerevisiae strain expressing a

plant fatty acid desaturase produces polyunsaturated fatty acids and is susceptible to

oxidative stress induced by lipid peroxidation. Free Radical Biology and Medicine,

40:897-906

29. Suzana Borović, Gunars Tirzitis, Dace Tirzite, Ana Čipak, Gholam A. Khoschsorur,

Georg Waeg, Franz Tatzber, Mira Scukanec-Spoljar, Neven Žarković (2006) Bioactive

1,4-dihydroisonicotinic acid derivatives prevent oxidative damage of liver cells. European

Journal of Pharmacology, 537: 12-19

30. Maja Prutki, Marija Poljak-Blaži, Marko Jakopovic, Davor Tomas, Igor Stipancic and

Neven Žarković (2006) Altered Iron Metabolism, Transferrin Receptor 1 and Ferritin in

Patients with Colon Cancer. Cancer Letters,238: 188-196

31. Kamelija Žarković, Koji Uchida, Danijela Kolenc, Ljiljana Hlupic, Neven Žarković

(2006) Tissue distribution of lipid peroxidation product acrolein in human colon

carcinogenesis. Free Radical Resarch., 40: 543-552

32. Fiorella Biasi, Barbara Vizio, Cinzia Mascia, Ezio Gaia, Neven Žarković, Elena

Chiarpotto, Gabriella Leonarduzzi, Giuseppe Poli (2006) JNK up-regulation as a key

event in the pro-apoptotic interaction between TGF-ß1 and 4-hydroxynonenal in colon

mucosa. Free Radical Biology and Medicine, 40: 443-454

33. Suzana Borović, Filip Rabuzin, Georg Waeg, Neven Žarković (2006) Enzyme-linked

immunosorbent assay for 4-hydroxynonenal-histidine conjugates. Free Radical

135

Research,40:809-820

34. Vjeran Nikolic-Heitzler, Filip Rabuzin, Franz Tatzber, Nada Vrkic, Nikola Bulj, Suzana

Borović, Willibald Wonisch, Branka Mazul Sunko, Neven Žarković (2006) Persistent

oxidative stress after myocardial infarction treated by percutaneous coronary intervention.

Tohoku Journal of Experimental Medicine, 210: 247-255

35. Maja Prutki, Marija Poljak-Blaži, Branka Mihaljevic, Visnja Orescanin, Neven Žarković

(2006) Uptake of anti-anemic substance ferric-sorbitol-citrate by normal and malignant

cells and its effects on expression of transferrin receptor 1 and ferritin. Cancer Bioth &

Radipharm,21:636-644

36. Morana Živković, Marija Poljak-Blaži, Kamelija Žarković, Danijela Mihaljevic, Rudolf

Joerg Schaur and Neven Žarković (2007) Oxidative burst of neutrophils against melanoma

B16-F10. Cancer Letters, 246:100-108

37. Suzana Borović, Ana Čipak, Andreas Meinitzer, Zvonko Kejla, Darko Perovic, Georg

Waeg, Neven Žarković (2007) Differential effect of 4-hydroxynonenal on normal and

malignant mesenchimal cells. Redox Report, 207:50-54









136


Naziv predmeta: SLOBODNI RADIKALI, LIPIDNA PEROKSIDACIJA I

KONTROLA RASTA STANICA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Izv.prof.dr.sc. Neven Žarković, znanstveni savjetnik-trajno zvanje





Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznati polaznike studija s ulogom slobodnih radikala i produkata lipidne

peroksidacije u kontroli rasta normalnih i malignih stanica.

Sadržaj predmeta:

Patofiziologija oksidacijskog stresa – genotoksičnost

Lipidna peroksidacija i bioaktivni reaktivni aldehidi kao drugi glasnici slobodnih radikala

Stvaranje DNA adukata s produktima lipidne peroksidacije

Inicijacija lipidne peroksidacije pomoću elektromagnetskog zračenja i fotodinamičkog stresa

Metodologija lipidne peroksidacije – direktne i indirektne metode za određivanje lipidnih

hidroperoksida i reaktivnih aldehida

Oksidacija proteina, proteosomi i adukti 4-hidroksinonenala i proteina – biokemijske i

medicinske posljedice

4-hidroksinonenal (HNE) – signalni putevi i eliminacija

Metabolizam HNE u subcelularnim frakcijama, stanicama, organima i ljudskom tijelu

Molekularne osnove maligne transformacije, uloga (proto)onkogena, supresorskih gena i

regulacijskih citokina – sličnosti i razlike u prijenosu signala između normalne i maligne

stanice

Modulacija rasta produktima lipidne peroksidacije sa posebnim naglaskom na hne

Medijatori oksidacijskog stresa u nekrozi i apoptozi, stanična prilagodba na oksidacijski stres

Kvasci kao model za kontrolu rasta stanica pod oksidacijskim stresom


Kolegij razvija znanje o ulozi slobodnih radikala i produkata lipidne peroksidacije u kontroli

rasta normalnih i malignih stanica. Ovo područje istraživanja postaje sve značajnije u

svjetskim razmjerima, a u Hrvatskoj je još uvijek zapostavljeno. Stoga bi ovaj kolegij trebao

uvesti novi pogled na izučavanje oksidacijskog stresa.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

137

Napomene:

Obveze studenata:




rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Eckl, P.M., Ortner, A. and Esterbauer, H. (1993) GENOTOXIC PROPERTIES OF 4-

HYDROXYALKENALS AND ANALOGOUS ALDEHYDES. Mutation Res. 290, 183-192.

Chung et al., LIPID PEROXIDATION AS A POTENTIAL SOURCE FOR THE

FORMATION OF EXOCYCLIC DNA ADDUCTS, Carcinogenesis, 1996, 17, 2105-2111

Žarković N. Žarković K. Schaur RJ. Štolc S. Schlag G. Redl H. Waeg G. Lončarić I. Jurić G.

Hlavka V. 4-HYDROXYNONENAL AS A SECOND MESSENGER OF FREE

RADICALS AND GROWTH MODIFYING FACTOR. Life Sci, 1999;65: 1901-1904

Aust S.D. LIPID PEROXIDATION. In: (Greenwald R.A. ed) Handbook of Methods for

Oxygen Radical Research. CRC Press, Boca Raton, FL , 1985; pp. 203-207.


Girotti A.W. PHOTOSENSITIZED OXIDATION OF MEMBRANE LIPIDS: REACTION

PATHWAYS, CYTOTOXIC EFFECTS, AND CYTOPROTECTIVE MECHANISMS. J.

Photochem. Photobiol. B: Biology, 63 (2001) 103-113.

Wonisch W., Kohlwein S.D., Schaur J., Tatzber F., Guttenberger H., Zarkovic N., Winkler R.,

Esterbauer H. TREATMENT OF THE BUDDING YEAST SACCHAROMYCES

CEREVISIAE WITH THE LIPID PEROXIDATION PRODUCT 4-HNE PROVOKES A

TEMPORARY CELL CYCLE ARREST IN G1 PHASE. Free Radic Biol Med 1998; 25:682-

687

Biasi F., Tessitore L., Zanetti D., Citrin J.C., Zingaro B., Chiarpotto E., Žarković N.,

Serviddio G., Poli G. ASSOCIATED CHANGES OF LIPID PEROXIDATION AND

N CANCER DURING TUMOR PROGRESSION. Gut, 50: 361-

367, 2002









138


Naziv predmeta: KONTROLA STANIČNOG CIKLUSA,

ODRŽAVANJE GENOMSKOG INTEGRITETA I

KANCEROGENEZA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Doc.dr.sc.Vjekoslav Dulić1

Dr. sc. Neda Slade2

Ustanova nositelja predmeta: 1CRBM-CNRS FRE2593, Montpellier, Francuska 2Institut Ruđer Bošković




Cilj predmeta:

Upoznavanje elementarnih zakona kojima stanica modulira aparat kontrole stanične diobe u

cilju sačuvanja integriteta genoma. Upoznavanje s ulogom pozitivnih i negativnih regulatora

staničnog ciklusa u diobi. Poseban naglasak na negativnoj kontroli proliferacije koja nastaje

uslijed ostećenja genoma i starenja stanice.

Veza izmedju poremećaja sustava «checkpoint – kontrola staničnog ciklusa» i kancerogeneze.

Sadržaj predmeta:

Uvod u stanični ciklus – otkriće glavnih regulatora stanične diobe kod nižih i viših eukariota

(zašto su Hartwell, Nurse i Hunt dobili Nobelovu nagradu 2001 godine?).

Kinaze ovisne o ciklinima (cyclin dependent kinase - Cdk) i njihova uloga u kontoli diobe

DNA i mitoze– pozitivna i negativna regulacija stanične proliferacije. Inhibitori Cdk (CKI:

p16Ink4a, p21Waf1, p27Kip1) i supresori tumora (pRb i p53) – kritična uloga u procesu

zaustavljanja diobe stanice.

Negativna kontrola proliferacije u cilju održavanja integriteta genoma – funkcionalni odnosi

između kinaza/fosfataza (ATM/ATR, Chk1/2, Cdc25) uključenih u mrežu detektora

ostećenja DNA (signalizacija) i regulatora staničnog ciklusa (Cdk, CKI, p53, pRb).

Stanično starenje (senescence) kao protu-tumorska barijera: uzroci i molekularni mehanizmi

(uloga telomeraze, « checkpoint » regulatora i tumorskih supresora, p53 i pRb).


Razumijevanje osnovnih mehanizama koji stoje iza kontrole stanične diobe koji uključuju i

signalizacijsku mrežu putem koje stanica «odlučuje» kako će reagirati na ostećenje genoma

kao i na ostale negativne signale. Upoznavanje metoda korištenih u izučavanju kontrole

staničnog ciklusa i stanične biologije (s naglaskom na fluorescentnu mikroskopiju te imuno-

biokemijske tehnike).


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija Obrazovanje Konzultacije Rad u Mentorski Terenska

139

i internet na daljinu laboratoriju rad nastava

Napomene:

Zbog udaljenosti, predlažem predavanja «u bloku». Mogućce kozultacije i slanje materijala

preko interneta.

Obveze studenata:

redovito pohađanje nastave, seminarski rad



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study




publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura: 1. Knjiga po izboru iz opće stanične biologije, npr. «Molecular Cell Biology» Darnell,

Lodish, Baltimore. (po mogućnosti novija izdanja, poslije 1990).

2. Hahn, W. C., and Weinberg, R. A. (2002). Modelling the molecular circuitry of cancer,

Nat Rev Cancer 2, 331-341.

3. Hartwell, L. H. and Weinert, T. A. (1989) Checkpoints: Controls that ensure the order

of cell cycle events. Science 246, 629-634.

4. Zhou, B. B., and Elledge, S. J. (2000). The DNA damage response: putting checkpoints

in perspective. Nature 408, 433-439.

5. Lundberg, A. S., Hahn, W. C., Gupta, P., and Weinberg, R. A. (2000). Genes

involved in senescence and immortalization, Curr Opin Cell Biol 12, 705-9.

6. Sherr, C. J. and Roberts, J. M. (1999) CDK inhibitors: positive and negative regulators

of G1-phase progression Genes and Dev. 13, 1501-1512.

7. Smith, J. R., and Pereira-Smith, O. M. (1996). Replicative senescence: implications for

in vivo aging and tumor suppression. Science 273, 63-67.

8. Stein, G. H., and Dulic, V. (1995). Origins of G1 arrest in senescent human fibroblasts.

BioEssays 17, 537-543.

9. Wright, W. E., and Shay, J. W. (2001). Cellular senescence as a tumor-protection

mechanism: the essential role of counting. Curr Opin Genet Dev 11, 98-103.

10. Baus, F., Gire, V., Fisher, D., Piette, J. & Dulic, V. (2003) Permanent cell cycle exit in

G2 phase after DNA damage in normal human fibroblasts. EMBO J. 22, 3992-4002.


1. Grana, X., Garriga, J., and Mayol, X. (1998). Role of the retinoblastoma protein

family (pRB, p107 and p130) in the negative control of cell growth. Oncogene 17, 3365-

3383.

2. Gire V., Roux, P., Wynford-Thomas, D., Brondello, J.M. & Dulic, V. (2004) DNA

damage checkpoint kinase Chk2 triggers replicative senescence. EMBO J. 23, 2554-

2563.

3. Dulic, V., G.-E. Beney, G. Frébourg, L.F. Drullinger, and G.H. Stein. (2000)

Uncoupling between phenotypic senescence and cell cycle arrest in aging p21-deficient

fibroblasts, Mol. Cell. Biol. 20, 6741-6754.

4. Nigg, E. A. (1995). Cyclin-dependent protein kinases: key regulators of the eukaryotic

cell cycle. Bioessays 17, 471-80

5. Dulic, V., W.K. Kaufmann, S.J. Wilson, T.D. Tlsty, E. Lees, J.W. Harper, S.J. Elledge

140

and S. I. Reed. (1994) p53-dependent inhibition of cyclin-dependent kinase activities in

human fibroblasts during radiation-induced G1 arrest. Cell 76, 1013-1023

6. Maser, R. S., and DePinho, R. A. (2002). Connecting chromosomes, crisis, and cancer.

Science 297, 565-9.

7. Dulic, V., E. Lees, and S.I. Reed. (1992) Association of human cyclin E with a

periodic G1 protein kinase. Science 257, 1958-1961.



Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku, a voditelji će putem

ankete od polaznika dobiti informacije o primjerenosti programa i uspješnosti od strane

voditeljstva.

141


Naziv predmeta: GENOMSKA DNA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Sonja Levanat


Suradnici – izvoditelji: Vesna Musani, Maja Čretnik



Cilj predmeta:

Upoznavanje sa svojstvima genomske DNA, metodama i svrhama izolacije

Sadržaj predmeta:

Upoznavanje sa svojstvima genomske DNA, metodama izolacije, metodama detekcije i

analize: od lančane reakcije polimerazom (PCR), gubitka heterozigotnosti, analize

jednolančanih slijedova (SSCP) i heterodupleks te sekvencioniranja.Korištenje genomskih

karti i baza podataka za analizu kodirajućih i nekodirajučih dijelova genoma.


Aktivno služenje bazama podataka, analizama gena, pretraživanje i analiza sekvenci,

dizajniranje početnica, postavljanje lančane reakcije polimerazom i analiza rezultata.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorsk

i rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: redovito pohađanje nastave u svim oblicima izvođenja nastave, aktivno

sudjelovanje, poznavanje korištenja interneta



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


142

Obvezna literatura:

Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T (1989) Isolation of high molecular weight DNA from

mammalian Cells. U: Cold Spring Harbor Laboratory Press (ed.) Molecular cloning - a

laboratory manual, 9.14-23.

HUGO consortium (2001) The human genome. Science 291: 1145-1434.

Human genome. (2001) Nature 409:745-964


1. Glavač D, Dean M (1993) Optimization of the Single Strand Conformation

Polymorphism (SSCP) Technique for detection of Point Mutations. Hum Mut 2:404-

414

2. Danaee T, Nelson HH, Karagas MR, Schned AR, Ashok TDS, Hirao T, Perry AE,

Kelsey KT (2002) Microsatellite instability at tetranucleotide repeats in skin and

bladder cancer. Oncogene21:4894-4899.

3. Phelan CM, Larsson C, Baird S, Futreal AP, Ruttledge MH, Morgan K, Tonin P,

Hung H, Korneluk RG, Pollak MN, Narod SA(1996) The human mammary-derived

growth inhibitor gene (MDGI):genomic structure and mutation analysis in human

breast cancer. Genomics 34:63-68.

4. Watson JD, Gilman M, Witkowski J, Zoller M.(1991) Recombinant DNA. Sci Am

books , W H Freeman and comp New York

5. Glavač D, Dean M (1995) Applications of heteroduplex Analysis for Mutation

Detection in Disease genes. Human Mut 6: 281-287.

6. Griffiths AJE, Miller JH, Suzuki DT, Lewontin RC (1992) An introduction to genetic

analysis, 5th edd. WH Freeman and comp New York

7. Johnson DR, Levanat S, Bale AE.(1995) Direct Molecular Analysis of Archival Tumor

Tissue

8. for Loss of Heterozygosity. BioTechniques 19(2):190 -192.

9. Shimkets R, Gailani M, Siu V, Yang-Feng T, Pressman C, Levanat S, Goldstein A, Dean

M, Bale

10. AE. (1996) Molecular Analysis of Chromosome 9q Deletions in Two Gorlin Syndrome

Patients.

11. Am J Hum Genet 59:417-422.

12. Levanat S, Chidambaram A,Wicking C, Bray-Ward P, Pressman C,Toftgard R, Gailani

MR, Wainwright B, Dean M, Bale AE.(1997) Pulsed-Field Gel Electrophoresis and

FISH Mapping of Chromosome 9q22: Placement of a Novel Zinc Finger Gene within

the NBCCS and ESS1 region. Cytogenet Cytogenet Cell Genet 76:208-213.


Anketa

143


Naziv predmeta: MEHANIZMI OŠTEĆENJA I POPRAVKA DNA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Dr. sc Davor Zahradka

Dr. sc. Ksenija Zahradka





Cilj predmeta:

Cilj predmeta je stjecanje znanja o različitim oblicima oštećenja molekule DNA te o

molekularnim mehanizmima njihova popravka. Mehanizmi popravka DNA osiguravaju

očuvanje genetičkog integriteta i vijabilnost svake stanice i organizma.

Sadržaj predmeta:

Predmet će dati pregled različitih vrsta oštećenja u molekuli DNA, čimbenika koji ih izazivaju

te molekularnih mehanizama koji sudjeluju u njihovom popravku. Uspoređivat će se

mehanizmi popravka DNA kod prokariota i eukariota. Poseban naglasak bit će na genima,

enzimima i molekularnim procesima vezanim uz rekombinacijski popravak DNA. Tematske

cjeline bit će slijedeće:

1) čimbenici koji oštećuju DNA: vanjski (ionizirajuće zračenje, UV zračenje, kemijski

agensi) i unutarnji (oštećenja nastala tijekom replikacije DNA, oksidativna oštećenja

DNA, spontani gubitak baza);

2) tipovi oštećenja DNA: krivo sparene baze, apurinska i apirimidinska (AP) mjesta,

promijenjene baze, jednolančani lomovi, dvolančani lomovi, unakrsno povezivanje

lanaca;

3) mehanizmi popravka DNA: reverzija oštećenja (npr. fotoreaktivacija), ekscizijski

popravak, rekombinacijski popravak (homolognom i nehomolognom

rekombinacijom), popravak krivo sparenih baza;

4) stanični dogovor na oštećenje DNA (pr. SOS odgovor kod bakterija);

5) molekularni mehanizmi bolesti uzrokovanih poremećajima u popravku DNA.


Predmet razvija specifično znanje o oštećenjima molekule DNA i molekularnim

mehanizmima popravka tih oštećenja. Također ukazuje na veliki značaj popravka DNA u

održanju vijabilnosti stanica i izbjegavanju razvoja bolesti.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija i Obrazovanje na Konzultacije Rad u Mentorski Terenska

144

internet daljinu laboratoriju rad nastava

Napomene: Ukoliko budu postojale materijalne mogućnosti, spremni smo organizirati

praktičan rad u laboratoriju.

Obveze studenata: redovito pohađanje nastave, seminarski rad



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Friedberg, E.C., Walker, G. C., Siede, W. 1995. DNA Repair and Mutagenesis, American

Society for Microbiology, Washington, D.C. (odabrana poglavlja)

Kowalczykowski, S.C. 2000. Initiation of genetic recombination and recombination-

dependent replication. Trends Biochem Sci. 25:156-65.

Modrich, P., Lahue, R. 1996. Mismatch repair in replication fidelity, genetic recombination,

and cancer biology. Annu. Rev. Biochem. 65: 101-133.

Petranović, M., Zahradka, K., Zahradka, D., Petranović, D., Nagy, B., Salaj-Šmic, E.,

Petranović, D. 2001. Genetic evidence that the elevated levels of Escherichia coli helicase II

antagonize recombinational DNA repair. Biochimie 83: 1041-1047.

Sancar, A. 1996. DNA excision repair. Annu. Rev. Biochem. 65: 43-81.

Vlahović, K., Petranović, M., Zahradka, D., Petranović, D. 2000. Progressive loss of

prophage recombinogenicity in UV-irradiated Escherichia coli: the role of RecBCD enzyme.

Res. Microbiol. 151: 727-738.

Zahradka, D., Vlahović, K., Petranović, M., Petranović, D. 1999. Chromosome segregation

and cell division defects in recBC sbcBC ruvC mutants of Escherichia coli. J. Bacteriol. 181:

6179-6183.

Zahradka, D., Zahradka, K., Petranović, M., Đermić, D., Brčić-Kostić, K. 2002. The RuvABC

resolvase is indispensable for recombinational repair in sbcB15 mutants of Escherichia coli. J.

Bacteriol. 184: 4141-4147.


Defais, M., Devoret, R. 2001. SOS response. In Encyclopedia of Life Sciences, Nature

Publishing Group, London, http://www.els.net

Game, J.C. 2001. Recombinational DNA repair in eukaryotes. In Encyclopedia of Life

Sciences, Nature Publishing Group, London, http://www.els.net

Haber, J.E. 2000. Partners and pathways repairing a double-strand break. Trends Genet. 16:

259-264.

Kuzminov, A. 1999. Recombinational repair of DNA damage in Escherichia coli and

bacteriophage lambda. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 63: 751-813.

http://www.els.net/

http://www.els.net/

145

Lees-Miller, S.P., Meek, K. 2003. Repair of DNA double strand breaks by non-homologous

end joining. Biochimie 85: 1161-1173.

Michel, B., Grompone, G., Flores, M.-J., Bidnenko, V. 2004. Multiple pathways process

stalled replication forks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101: 12783-12788.

Petit, C. Sancar, A. 1999. Nucleotide excision repair: from E. coli to man. Biochimie 81: 15-

25.

Rice, K.P., Cox, M.M. 2001. Recombinational DNA repair in bacteria: postreplication. In

Encyclopedia of Life Sciences, Nature Publishing Group, London, http://www.els.net

Sancar, A., Lindsey-Boltz, L.A., Unsal-Kacmaz, K., Linn, S. 2004. Molecular mechanisms of

mammalian DNA repair and the DNA damage checkpoints. Annu. Rev. Biochem. 73: 39-85.


- provjera razumijevanja informacija za pojedina predavanja

- rasprave sa studentima

- upitnik o uspješnosti izvedbe predmeta

- uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo

Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku

http://www.els.net/

146


Naziv predmeta: RNA I GENSKA REGULACIJA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Đurđica Ugarković

Ustanova nositelja predmeta: Institut Ruđer Bošković, Zavod za molekularnu

biologiju

Suradnici – izvoditelji: Željka Pezer



Cilj predmeta:

Samo mali dio informacije pohranjene u eukariotskoj DNA se translatira u proteine (~ 1,4% u

čovjeka). Znatno veći dio od preko 50% genoma se transkribira, pri čemu izuzev mRNA sve

ostale transkripte svrstavamo u protein-nekodirajuće RNA ili ncRNA. Najnoviji podaci

otkrivaju ncRNA kao ključne molekule u u programiranoj regulaciji genske aktivnosti. Ovim

kolegijom predviđen je pregled različitih klasa ncRNA molekula i njihovih raznorodnih

funkcija u eukariotskom genomu.

Sadržaj predmeta:

1. Osnove transkripcije kod eukariota: RNA polimeraze I, II, III i IV. 2. Sazrijevanje

transkripata u eukariota, uloga snRNA («small nuclear RNA») i mehanizam alternativnog

nadovezivanja («alternative splicing»). 3. Pregled najvažnijih klasa ncRNA i njihovih uloga:

a) ribosomska (rRNA) i transfer (tRNA) RNA u biosintezi proteina. b) male nukleolarne RNA

ili snoRNA («small nucleolar RNA»): mehanizam modifikacije rRNA, tRNA i snRNA. c)

mikro RNA (miRNA): mehanizam nastanka iz dvolančanih prekursora i inhibicija translacije

ciljane mRNA – RNA interferencija (RNAi). d) male interferirajuće RNA (siRNA od «small

interfering» RNA), porijeklo, nastanak i mehanizam djelovanja u kompleksu s proteinima:

struktura RISC («RNA induced silencing «) kompleksa i RITS («RNA induced transcription

silencing») kompleksa. Umnažanje siRNA djelovanjem RDRC («RNA directed RNA

polymerase») kompleksa 4. siRNA kao signal za epigenetske modifikacije DNA i DNA

vezujućih proteina – mehanizam nastanka i tipovi epigenetskih modifikacija. Epigenetska

regulacija genske aktivnosti: «uspavljivanje» gena i dijelova genoma. 5. Poremećaji u

epigenetskim modifikacijama i nastanak bolesti. Važnost epigenetskih modifikacija u

nastanku raka i nove terapeutske strategije zasnovane na reverziji epigenetskih modifikacija.

6. Inaktivacija X kromosoma: uloga Xist RNA («X-inactive specific transcript») i Tsix RNA

(antisens na Xist). Uloga antisens RNA u regulaciji genske aktivnosti. Funkcionalni transkripti

pseudogena i njihova uloga u translaciji. Ribookidači («Riboswitches») koji vezanjem

specifičnih liganada utječu na gensku aktivnost. 7. Epigenetski fenomen genomskog

«imprinting-a» koji dovodi do diferencijalne ekspresije alela i njegova moguća povezanost s

malim RNA (siRNA, miRNA i snoRNA).


Predmet omogućuje sustavni pregled različitih klasa ncRNA molekula i njihovih uloga u

programiranoj i vrlo složenoj regulaciji genske aktivnosti u eukariota. Raspravljat će se o

značenju ovih molekula za evoluciju složenih eukariotskih sistema, kao i njihov utjecaj na

embriogenezu, razvoj i funkcioniranje živog sistema.

147


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene: Za praćenje kolegija su potrebna osnovna predznanja o prijenosu genetičke

informacije koja se mogu steći u kolegiju «Biokemija» ili «Osnove molekularne biologije».

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave i obavezan seminarski rad.



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Revijalni članci:

1. Mattick, J.S. RNA regulation: a new genetics? (2004) Nature Reviews Genetics 5:

316-323

2. Jenuwein, T. An RNA-Guide Pathway for the Epigenome. (2002) Science 297: 2215-

2218

3. Novina, C.D., Sharp, P.A. The RNAi Revolution. (2004). Nature 430: 161-164

4. Grewal, S.I., Moazed, D. Heterochromatin and Epigenetic Control of Gene

Expression. (2003) Science 301: 798-802

5. Bickmore, W.A., van der Maarel, S.M. Perturbations of chromatin structure in human

genetic disease: recent advances.(2004). Hum. Mol. Genet. 12:207-213

6. Hajkova, P., Surani, M.A. Programming the X Chromosome. (2004) Science 303:

633-634

7. Matzke, M.A., Birchler, J.A. RNAi-mediated pathways in the nucleus. (2005) Nature

Reviews Genetics 6: 24-35

8. Seitz, H. et al. Imprinted small RNA genes. (2004) Biol. Chem. 385:905-911

Knjige:

Berg, J. M., Tymoczko, J. L., Stryer, L. Biochemistry, W. H. Freeman, New York 2002.;

Voet, D. & Voet, J. G. Biochemistry, John Wiley and Sons, 2004.


Originalni radovi:

1. Herr, A.J. et al. RNA Polymerase IV directs silencing of Endogenous DNA. (2005)

Science 308: 118-120

2. Motamedi, M.R. et al. Two RNAi Complexes, RITS and RDRC, Physically Interact

and localize to noncoding centromeric RNAs. (2005) Cell 119: 789-802

3. Lagos-Quitana, M. et al. Identification of Tissue-Specific MicroRNAs from mouse.

148

(2002) Curr. Biol. 12: 735-739

4. Lee, Y. et al. MicroRNA genes are transcribed by RNA polymerase II. (2004) EMBO

J. 23: 4051-4600

5. Volpe, T.A. et al. Regulation of Heterochromatinc Silencing and Histone H3 Lysine-9

Methylation by RNAi. (2002) Science 297: 1833-1837

6. Noma K. et al. RITS acts in cis to promote RNA interference-mediated transcriptional

and post-transcriptional silencing. (2004) Nature Genet. 36: 1174-1180.

7. Mravinac, B., Plohl, M., Ugarković, Đ. (2005) Preservation and high sequence

conservation of satellite DNAs suggest functional constraints. J. Mol. Evol. u tisku.


Rasprave sa studentima na osnovu kojih se provjerava razumijevanje dobivenih informacija.

Obavezna prezentacija seminarskog rada zasnovanog na analizi originalnih znanstvenih

radova svjedoči o stupnju usvajanja i razumijevanja gradiva.



149


Naziv predmeta: MOLEKULARNA GENETIKA STARENJA I

KARCINOGENEZE

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Dr. sc. Ivica Rubelj


biologiju

Suradnici – izvoditelji: Mr. sc. Milena Ivanković, Dipl. inž. Nikolina Škrobot,

Dipl. inž. Andrea Ćukušić



Cilj predmeta:

Cilj predmeta je pružiti studentima potpuni uvid u najnovija saznanja iz područja

molekularnih mehanizama starenja i karcinogeneze te njihove uzajamne povezanosti. Predmet

obuhvaća početke istraživanja osnovnih mehanizama staničnog starenja, pregled suvremenih

ideja i metodoloških pristupa istraživanjima starenja od stanice do organizma, kao i proces

imortalizacije normalnih stanica.

Sadržaj predmeta:

Uvod u Molekularnu biologiju starenja. Počeci istraživanja osnovnih mehanizama staničnog

starenja, pregled suvremenih ideja i metodoloških pristupa istraživanjima starenja od stanice

do organizma. Stanično starenje. Model ljudskih i mišijih fibroblasta, endotelijalnih i

epitelnih stanica, M1/M2 mehanizam, ulazak u krizu i imortalizacija, efekt SV40 velikog T

antigena (Tg), uloga p53 i pRb. Molekularne osnove (pato)fiziologije staničnog starenja.

Mehanizmi genetičke kontrole staničnog starenja: uloga telomera i telomeraze (građa

telomera, proteini koji su u interakciji sa telomerama, uloga telomeraze i rekombinacijskih

mehanizama u kontroli duljine telomera u normalnim i imortalnim stanicama), ALT

mehanizam, uloga kontrole staničnog ciklusa u starenju i interakcija istog sa telomerama.

Oksidativni stres u staničnom starenju: hiper/hipooksija, telomere i oksidativni stres, uloga

mitohondrija u nastanku staničnih oštećenja i staničnom starenju, uloga antioksidansa i stres-

response mehanizama u staničnom starenju. Molekularne osnove (pato)fiziologije starenja

tkiva i organa. Koža kao modelni objekt: starenje fibroblasta, melanocita, keratinocita,

endotelijalnih stanica, kožnog matriksa i mikrovaskulature. Starenje inertnih organa i tkiva

(živčani sustav, miokard) i njihova otpornost na stres. Genetički i epigenetički mehanizmi

kontrole starenja kod laboratorijskih miševa (knock out eksperimenti, microarray analize,

oksidativni stres i kalorijska dijeta) i nematode C. elegans te njihove sličnosti i razlike sa

starenjem kod čovjeka. Molekularni mehanizmi nekih degenerativnih bolesti povezanih sa

starenjem. Alzheimer, Wernerov sindrom, Hutchinson-Gilfordov sindrom (Progeria).

Evolucijske teorije mehanizama starenja i njihova uzajamnost sa karcinogenezom.


150

Kolegij omogućava polaznicima stjecanje saznanja o molekularnim mehanizmima starenja i

povezanosti mehanizama koji kontroliraju normalan stanični rast i karcinogenezu. Kako je tek

nedavno postignut značajan napredak u ovom području istraživanja, na ovom kolegiju

studenti će dobiti cjelovit prikaz relevantnih spoznaja koje su sinteza velikog broja literaturnih

podataka.


ECTS bodovi 6


Seminari

Vježbe 25

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Prisustvovanje predavanjima i vježbama.



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Cell, vol. 120, (2005). 437–447. Skup preglednih članaka.

2. Oncogene, vol. 21, No. 4 (2002), 493-697. Skup preglednih članaka.

3. Kim, S., Jiang, J.C., Kirchman, P.A., Rubelj, I., Helm, E.G. and Jazwinski, S.M.: Cellular

and molecular aging. in Comprehensive Geriatric Oncology, second edition, (L. Balducci,

W.B. Ershler, G.H. Lyman, eds.) Harwood Academic Publishers, Amsterdam, 1998. pp. 123-

155.

4. Rubelj, I., Brdar, B. and Pereira-Smith, O. M.: Replicative senescence in vitro and in vivo,

Croatian Med. J. 1997; 38: 190-198.

5. Rubelj, I. and Vondraček, Z.: Stochastic mechanism of cellular aging – abrupt telomere

shortening as a model for stochastic nature of cellular aging, J. theor. Biol. 1999; 197: 425-

438.


1. Handbook of the Biology of Aging. Third edition. Editors: Schneider, E. L. and Rowe, J.

W., Academic Press, Inc. San Diego, California, 1990.

2. Nature, vol. 408, No. 9 (2000), 233-269. Skup preglednih članaka.

3. Science, vol. 273, No. 5271 (1996), 1-148. Skup preglednih članaka.

4. Dimri, G. P., Lee, X., Basile, G., Acosta, M., Scott, G., Roskelley, C., Medrano, E. E.,

Linskens, M., Rubelj, I., Pereira-Smith, O. M., Peacocke, M. and Campisi, J.: A biomarker

151

that identifies senescent human cells in culture and in aging skin in vivo, Proc. Natl. Acad.

Sci. USA, 1995; 92: 9363-9367.

5. Blasco M. A. mouse models to study the role of telomeres in cancer, aging and dna repair

[Review]. European Journal of Cancer.38(17):2222-2228, 2002 Nov.

6. Rubelj, I. and Pereira-Smith, O. M.: SV40-transformed human cells in crisis exhibit

changes that occur in normal cellular senescence. Exp. Cell Res. 1994; 211: 82-89.

Rubelj, I., Huzak, M., Brdar, B. and Pereira-Smith, O. M.: A single-stage mechanism controls

replicative senescence through sudden senescence syndrome, Biogerontology 2002; 3 (4):

213-222.


Rasprave sa studentima i kolegama, praćenje napredovanja svakoga studenta, evaluacija

uspješnosti od strane voditeljstva studija i zajedničkog stručnog povjerenstva nositelja

studija.Uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo

Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku

152


Naziv predmeta: MOLEKULARNA KONTROLA HEMATOPOEZE I

LEUKEMOGENEZE

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Dr. sc. Mariastefania Antica, znanstvena savjetnica




Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I., II.

Cilj predmeta:

Upoznavanje studenata s istrazivanjima diferencijacije i razvoja hematopoetskih maticnih

stanica do zrelih imnunokompetentnih limfocita te molekularnim mehanizmima i tockama

provjere tijekom tog procesa.

Sadržaj predmeta:

Molekularna kontrola diferencijacije stanica iz ishodišnih matičnih stanica na modelu

hematopoeze odnosno limfopoeze. Matične stanice kao jedinice odgovorne za razvoj,

obnavljanje i održavanje tkiva i organskih sustava. Genetski modificirani, transgenični,

miševi: tehnologija proučavanja funkcije gena; značaj u bazičnim i medicinskim

istraživanjima. Hematopoetske matične stanice i presadjivanje koštane srži na

eksperimentalnom mišjem modelu. Transkripcijska kontrola gena u limfocitima.

Molekularne osnove sazrijevanja limfocita, signali koji potiču preslaganje gena, i zastoj u

razvoju limfocita u leukemijama i limfomima. Apoptoza – život i smrt stanica.


Planiranje, izvodjenje i interpretacija eksperimenata.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:


153


rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Immunobiology. The immune system in health and disease, Janeway Travers

2. Molecular Cell Biology, by Lodish Berk, Matsudaira, Kaiser, Krieger, Scott, Zipursky,

Darnell,



1. L. Wu, M. Antica G. R. Johnson, R. Scollay and K. Shortman (1991) Developmental

potential of the earliest precursor cells from the adult mouse thymus. J. Exp. Med 174,

1617 - 1627

2. M. Antica B. Kusic, R. Spaventi, B. Jaksic and B. Vitale (1993) Functional differences

of T cells in B Chronic Lymphocytic Leukemia. Leukemia and Lymphoma 9, 133-140

3. M. Antica L. Wu, K. Shortman and R. Scollay (1993) Intrathymic lymphoid precursor

cells during fetal thymus development. J. Immunol. 151, 1-9

4. C. L. Li, L.Wu, M. Antica K. Shortman, and G. R. Johnson (1994) Purified murine

long-term in vivo hemopoietic repopulating cells are not pro-thymocytes. Exp.

Haematol 23, 21-25

5. M. Antica L. Wu, K. Shortman and R. Scollay (1994) Thymic stem cells in the mouse

bone marrow. Blood 84, 111-117

6. J. Ismaili, M. Antica and L. Wu (1996) CD4 and CD8 expression and T cell antigen

receptor gene rearrangement in early intrathymic precursor cells. Eur. J. Immunol. 26

731-737.

7. M. Antica L. Wu, K. Shortman and R. Scollay (1997) Stem cell antigen 2 (Sca-2)

expression in adult and developing mice. Immunol. Letters 55 47-51.

8. M. Antica, R. Scollay (1999) Development of T lymphocytes at extrathymic sites. J.

Immunol., 163 206-211.

9. Antica M. Kusic B. Hranilovic D. Dietz AB. Vuk-Pavlovic S. Cloning the cDNA for

murine U2 snRNP-A ' gene and its differential expression in lymphocyte development.

[Article] Immunology Letters. 82(3):217-223, 2002.

10. Vitale B. Martinis M. Antica M. Kusic B. Rabatic S. Gagro A. Kusec R. Jaksic B.

Prolegomenon for chronic lymphocytic leukaemia [Review]. [Review] Scandinavian

Journal of Immunology. 58(6):588-600, 2003c.

11. Kusic B. Dominis M. Dzebro S. Antica M. Molecular insight into the diagnosis of

lymphoma. [Article] International Journal of Molecular Medicine. 12(4):667-671,

2003.


Konzultacije i seminari

154


Naziv predmeta: STANIČNI PRIJENOS SIGNALA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Miroslav Lisjak1

Prof. dr. sc. John T. Hancock2

Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni fakultet u Osijeku, Sveučilište Josipa

Jurja Strossmayera 2University of the West of England, Bristol, UK -

Faculty of Applied Sciences



Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I godina, II semestar

Cilj predmeta:

Cilj kolegija je upoznati studente s poljem staničnog prijenosa signala koje je postalo bitan i

sastavni dio moderne biologije. Sveprisutnost ključnih signalnih mehanizama će biti

naglašena, omogućujući studentima da shvate na koji način se slični mehanizmi mogu

održavati i koristiti u različitim biološkim sustavima.

Sadržaj predmeta:

1. Pregled prijenosa signala: aspekti stanične signalizacije; Putevi prijenosa signala; Povijest i

tehnike ispitivanja stanične signalizacije. 2. Komponente signalnih puteva - hormoni,

citokinini i faktori rasta; Detekcija vanstaničnih signala - uloga receptora; Fosforilacija

proteina, kinaze i fosfataze; Ciklični nukleotidi, ciklaze i G proteini; Metabolizam inositol

fosfata i uloge membranskih lipida; Unutarstanični kalcij kao unutarstanični signal; ROS,

RNS i redoks signalizacija. 3. Primjeri signalnih puteva i manifestacija: Inzulin i kaskade

prijenosa signala koje pobuđuje; Percepcija okoline; Signalizacija tijekom razvoja i za

regulaciju ekspresije gena; Život, smrt i apoptoza. 4. Stanični prijenos signala: značaj,

kompleksnost i budućnost. 5. Seminar: pregled najnovije literature vezane za prijenos signala

u biljnim, životinjskim i ljudskim stanicama.


Studenti će steći temeljito znanje o glavnim principima i komponentama koji čine signalne

mehanizme, koji su u osnovi isti u širokom rasponu različitih organizama. Studenti bi trebali

moći pronaći, razumjeti i komentirati aktualnu znanstvenu literaturu iz problematike staničnog

prijenosa signala.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje

na daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

155

Napomene:


vježbama (praktikum) te pripremiti i izložiti seminarski rad.



rad

Vježba ili case

study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. Hancock, J. T. (2010): Cell signalling. 3rd edition, Oxford University Press. 352 p.

2. Hancock, J. T. (ed.) (2009): Redox-mediated signal transduction. Methods and

protocols. Series „Methods in molecular biology“; Humana press“, vol. 476. 234 p.

3. Neill, S., Hancock, J.T., Wilson, I.D. (2009): Oxygen Species, nitric oxide and signal

crosstalk. In: Yoshioka, K. and Shinozaki, K., (eds.) Signal crosstalk in plant stress

responses. Wiley-Blackwell, pp. 136-160.


1.Marks, F., Klingmuller, U., Muller-Decker, K. (2009) Cellular Signal Processing. Garland

Science. 634 p.

2.Alberts et al.(2008) 5th Ed. Molecular Biology of the Cell. Garland Publishing. 1392p.

3.Hancock, J.T. (2009): The role of redox mechanisms in cell signalling. Molecular

Biotechnology 43, 162-166.

4.Hancock, J.T. (2009): Cell signalling is the music of life. Brit. J. Biomed. Sci., 65, p. 205-

208.

5.Wilson, I., Neill, S.J., Hancock, J.T. (2008): Nitric oxide signalling in plants. Plant Cell

Environment 31, p. 622-631.

6.Simon Hiscock, S., Bright, J., McInnis, S.M., Desikan, R., Hancock, J.T. (2007): Signalling

on the Stigma: Potential New Roles for ROS and NO in Plant Cell Signaling. Plant

Signalling and Behaviour, 2(2), p. 23-24.


Razgovor sa studentima i kolegama – ispunjavanje upitnika nakon završetka predavalja

Evaluacija svakog studenta.




156


Naziv predmeta: ZAŠTITA DOBROBITI ŽIVOTINJA U ZNANSTVENIM

ISTRAŽIVANJIMA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija

Nositelj predmeta: Dr. sc. Ranko Stojković, viši znanstveni suradnik

Ustanova nositelja predmeta: Zavod za molekularnu medicinu

Institut Ruđer Bošković, Zagreb

Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Josipa Lazić, viši znanstveni suradnik



Cilj predmeta:

Upoznavanje polaznika s: osnovnim etičkim i znanstvenim postavkama provođenja pokusa na

životinjama, odgovornosti za provođenje pokusa, upravljanjem/kontrolom boli i stresa kod

pokusnih životinja kao i osnovnim postavkama smještaja i brige o pokusnim životinjama s

posebnim težištem na osiguranju dosljednog provođenja koncepta „3R“ i osiguranja dobrobiti

pokusnih životinja u svim fazama pokusa.

Sadržaj predmeta:

Etička i znanstvena pitanja uporabe pokusnih životinja, Alternative uporabi pokusnih

životinja, Odgovornost za izvođenje pokusa, Bol i patnja u pokusnih životinja, Uporaba

anestetika, analgetika, sredstava za umirenje i neuromuskularnih blokatora u osiguranju

dobrobiti pokusnih životinja. Izvođenje kirurških zahvata i pre i postoperativna briga o

pokusnim životinjama, Eutanazija pokusnih životinja, Smještaj i skrb o pokusnim

životinjama, Izbor animalnih modela, planiranje i provođenje pokusa, Zakonska regulativa

EU i RH vezana uz uporabu i zaštitu životinja u istraživanjima. Izrada pokusnog protokola za

rad s pokusnim životinjama; Alternative uporabi laboratorijskih životinja kroz kritičke analize

znanstvenog članka iz područja znanosti o laboratorijskim životinjama (Journal club).

Pronalaženje i uporaba WEB izvora u zaštiti dobrobiti životinja, Posjet animalnoj jedinici

Instituta „Ruđer Bošković“ i praktični prikaz pojedinih procedura.


Proširenje znanja u području znanosti o pokusnim životinjama te potrebi i načinima zaštite

njihove dobrobiti tijekom planiranja i provođenja pokusa koji se izvode na animalnim

modelima. Samostalno pripremanje seminara i izlaganje kolegama.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

157

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati nastavi, te pripremiti i izložiti

seminarski rad



nastavi

Obvezan seminarski


study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

Guide for the Care and Use of Laboratory Animals: Eighth Edition, 2011

W.M.S. Russell and R.L. Burch The Principles of Humane Experimental Technique

Zbirka zakona i pravilnika koji reguliraju korištenje pokusnih životinja I zaštitu njihove

dobrobiti u EU I RH.

The COST Manual of Laboratory Animal Care and Use – Refinement, Reduction, and

Research


Najnoviji znanstveni i pregledni radovi iz područja znanosti i zaštite pokusnih životinja.

Svu potrebnu obveznu i dodatnu literaturu polaznici će dobiti od voditelja predmeta na nastavi

na elektronskom nosaču (CD).





158


Naziv predmeta: MOLEKULARNA TOKSIKOLOGIJA MORA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija mora

Nositelj predmeta: Dr. sc. Nevenka Bihari, viša znanstvena suradnica

Ustanova nositelja predmeta: IRB - Centar za istraživanje mora, Rovinj

Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Maja Fafanđel

Status predmeta: obvezni X izborni


Cilj predmeta:

Upoznati studente s prirodnim i antropogenim utjecajem na more i život u moru kao životnom

činjenicom. Istaknuti povezanost fizikalnih, kemijskih i molekularno bioloških procesa u

nastanku, dijagnozi i prognozi učinaka toksina i genotoksina.

Sadržaj predmeta:

Ulaz i sudbina toksina i genotoksina u more. Učinak toksina i genotoksina na morske

organizme s posebnim naglaskom na učincima na razini makromolekula. Biomarkeri i

bioindikatori. Metodologija određivanja prisutnosti toksina i genotoksina u vodenom stupcu i

sedimentu, te praćenju promjena na razini makromolekula (proteina i DNA) u morskih

organizama. Interpretacija i statistička obrada rezultata. Procjena ugroženosti područja i rizika

izloženosti organizama na razini jedinke i populacije u svrhu prognoze posljedica na biološke

resurse, ekosustav i ljudsko zdravlje. Integriranje i implementiranje znanstveno utemeljenih

saznanja u politiku zaštite okoliša kroz upravljanje otpadom, «čistiju» proizvodnju i kontrolu

onečišćenja, a u svrhu održivog razvitka.


Studenti stiču znanstvenu i analitičku pripremu potrebnu za sustavno proučavanje i praćenje

učinka toksina i genotoksina na život u moru te kontrolu i zaštitu mora. Nadalje, stiču vještine

za primjenu molekularne biologije u zaštiti i iskorištavanju morskih resursa, poznavanje

primjene suvremene instrumentalne i analitičke metodologije za sakupljanje i analizu

podataka uz matematičku i informatičku podršku. Studenti se osbosobljavaju za samostalni

rad u javnim i privatnim institucijama na ciljanim projektima zaštite i iskorištavanja morskih

resursa, u toksikološkim laboratorijama, za savjetodavne funkcije vezane uz zaštitu okoliša i

poslove vezane za interese industrije posebno marikulture, te u javnim i privatnim znanstveno

- istraživačkim ustanovama.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

159

Napomene:

Obveze studenata:

Redovito pohađanje nastave, izrada i prezentacija seminarskog rada, prisustvovanje usmenom

i/ili pismenom ispitu



rad

Vježba ili case

study



objavljene

publikacije



Obvezna literatura:

1. Handbook of Ecotoxicology, Ur. Hoffman DJ, Rattner BA, Burton GA Jr., Cairns J

Jr., 1995, Lewis Publ., Boca Raton, Ann Arbor, London, Tokyo

2. Mutation Research – Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis: Use of

Aquatic Invertebrates in Genotoxicological Studies. 399, 1-2 (1998)

3. Mutation Research – Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis:

Genotoxicological Studies in Aquatic Organisms. 552, 1-2 (2004)

4. Bihari, N., Batel, R.: Procjena genotoksičnog rizika kojemu su izloženi organizmi u

moru. Priroda 857 (1998) 30-31.

5. Bihari, N., Hamer, B., Jakšić, Ž., Fafanđel, M., Mičić, M., Batel, R., Application of

alkaline elution, Fast Micromethod and flow cytometry in detection of marine

contamination. Cell. Mol. Biol. 48, 4 (2002) 373-377.

6. Bihari, N., Mićić, M., Batel, R., Zahn, R.K., Flow cytometric detection of DNA cell

cycle alterations in hemocytes of mussels Mytilus galloprovincialis off the Adriatic

coast, Croatia. Aquatic Toxicol. 64 (2003) 121-129

7. Bihari, N., Mičić, M., Fafanđel, M., Seawater quality along the Adriatic coast, Croatia

based on toxicity data. Environ. Toxicol. 19 (2004) 109-114


Obzirom na interdisciplinarnu problematiku i relativno nov molekularno biološki pristup

istraživanju prisutnosti utjecaja toksina i genotoksina u moru studenti će biti upučeni na

primarne publikacije i revijalne radove koji su dostupni akademskoj zajednici Hrvatske.


Rasprava sa studentima i kolegama, evaluacija uspješnosti od strane zajedničkog stručnog

povjerenstva Instituta «Ruđer Bošković», Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku

160


Naziv predmeta: METALNI IONI I ORGANSKA TVAR U PRIRODNIM

VODAMA

OPĆI PODACI:



Nositelji predmeta: Dr.sc. Marina Mlakar, viša znanstvena suradnica

Dr.sc. Vlado Cuculić, znanstveni suradnik





Cilj predmeta: Utvrditi oblike tragova metala u prirodnim vodama i moguće

interakcije s organskom tvari.

Određivanje specifičnih oblika metalnih spojeva koji su vrlo toksični u malim

koncentracijama, a akumuliraju se u morskim organizmima koji se konzumiraju kao ljudska

hrana.

Sadržaj predmeta:

Sastav prirodnih voda. Specijacija metalnih iona u prirodnim vodama, utjecaj organske tvari i

prisutnih čestica. Kapacitet kompleksiranja - vezanje iona metala i organske tvari. Primjena

elektrokemijskih metoda. Esencijalni i toksični ioni metala (As, Cd, Cr, Cu, Fe, Hg, Pb,

Zn); bioakumulacija, biokoncentracija i biomagnifikacija unutar prehrambenog lanca u

vodenom okolišu. Utjecaj specijacije iona metala na njihovu toksičnost, kao i njihove

poželjne učinke.


Razumijevanje značaja metalnih iona i organske tvari za okoliš i zdravlje organizama.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje

na daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:



rad

Vježba ili case

study

161



slučaja

Analiza objavljene

publikacije



Obvezna literatura:

Literatura za polaznike:

1. Riley, J.P. Chester, R., Introduction to Marine Chemistry, Acad. Press, London, 1971.

2. Buffle, J., Complexation Reactions in Aquatic Systems, Ellis Horwood, Chichester, 1988.

3. Stumm W, Morgan JJ, Aquatic Chemistry 3nd ed., J. Wiley&Sons, New York,1996.

4. Viličić, D., Fitoplankton u ekološkom sustavu mora, poglavlja 3 i 4, Šk. knjiga, Zagreb,

2003.



Anketa

162


Naziv predmeta: UTJECAJ STRESA NA AKVATIČNE ORGANIZME

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Davor Lučić

Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište u Dubrovniku




Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznavanje studenata sa čimbenicima stresa u vodenom okolišu i

promjenama u homeostazi morskih organizama koja se reflektira u hormonalnim

promjenama, promjenama u funkcijama ionskih kanala i crpki, te drugih proteinskih

molekula.

Sadržaj predmeta:

Dinamička ravnoteža i prilagodbe morskih i bočatih organizama na prirodne i antropogene

čimbenike u okolišu.

Promjene u aktivnosti ionskih kanala te aktivnosti enzima Na,K ATPaze u komercijalno

važnih morskih rakova u uvjetima hiposmotskog stresa.

Kortizol kao pokazatelj stresa u riba. Kateholamin kao pokazatelj stresa u riba. Ribe kao

modelni objekt istraživanja stresa.

Toplinom inducirani stres proteini i ranije prilagodbe vodenih organizama. Problemi stresa u

uvjetima uzgoja vodenih organizama.

Sezonske promjene temperature u okolišu i kontrola reprodukcije u riba.Učinci čimbenika u

okolišu i spolna diferencijacija u riba. Učinci estrogenih čimbenika na reprodukciju i rast.


Predmet omogućuje nove spoznaje o utjecaju stresa na ionske kanale i pumpe u modelnih

objekata morskih organizama. Nadalje, utjecaj stresa na hormone i posljedično rast i

reprodukciju morskih organizama. Istraživanje stresa u modelnih organizama -riba ima

praktičnu važnost za marikulturu, ali i temeljni zanačaj u biomedicinskim znanostima.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

163

Obveze studenata:

redovito pohađanje nastave



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Lucu,Č. and Towle D.W (2003) Na,K ATPase in gills of aquatic crustacea. Comp. Biochem.

Physiol. 135A; 195-214, (Review paper)

Adams S, Marshall (2002) Biological indicators of aquatic ecosystem stress, Cabi Publishing,

ISBN 085199-629-9

Biocriteria for assessment of the effects of environmental stress ecosystems and organisms

especially fish

Small stress proteins (2002) Springer-Verlag Berlin and Heidelberg

ISBN 3-540-42520-9

Reid, SG, Bernier NJ, Perry SF (1998) The adrenergic stress response in fish: contzrol of

catecholamine storage and release Comp. Biochem. Physiol. 120; 1-27

Lucu,Č. and Flik,G (1999) Na,K ATPase and Na/Ca exchange activities in gills of

hyperosmoregulating Carcinus maenas. Am. J. Physiol. 278; R490-R499.

Blasquez M, Bosma PT, Fraser EJ, Van Look KJW and Trudeau VL (1998) Fish as a model

of the neuroendocrine regulation of reproduction and growth. Comp. Biochem. Physiol. !!)C ,

345- 364.


Arends RJ, Mancera JM, Munos JL, Wendelar Bonga SE and Flik,G. (1999) The stress

response of the gilthead sea bream (Sparus aurata) to air exposure and confinement. J.

Endocrinol. 163, 149-157.

Arends RJ, Van der Gaag GJM, Martens, SE, Wendelar Bonga SE and Flik, G (1998)

Differential expression of two proopiomelanocortin mRNAs during temperature stress in

common carp (Cyprinus carpio L) J. Endocrinol. 159, 85-91









164


Naziv predmeta: GENOMSKA MANIPULACIJA U AKVAKULTURI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Branko Glamuzina





Cilj predmeta:

Upoznati studente s primjenom genomske manipulacije u akvakulturi u svrhu dobijanja

organizama s boljim značajkama od roditelja, te upotrebi ovih organizama u uzgojnoj praksi.

Sadržaj predmeta:

Uvod u genetske metode koje se koriste u modernoj akvakulturnoj proizvodnji. Prednosti i

nedostaci tradicionalnih i modernih metoda genomske i genske manipulacije. Hibridizacija i

poliploidija u akvakulturi. Načini dobijanja triploidnih i tetraploidnih riba i školjkaša. Pregled

uspješnih hibridnih kombinacija u uzgojnoj praksi. Tehnološke i ekonomske značajke

genomske manipulacije.

Genetski modificirani organizmi u akvakulturi, status i perspektive. Metode proizvodnje

GMO u akvakulturi. Opasnosti i prednosti uvođenja GMO riba u uzgojnu praksu.


Studenti stječu znanstvenu i metodološku osposobljenost za rad na genomskoj i genskoj

manipulaciji vodenih organizama, te tehnološkim i ekonomskim razlozima za primjenu ove

tehnike. Upoznaju se s najboljim primjerima uspješnih hibrida, triploida i tetraploida, i

njihovoj primjeni u uzgojnoj praksi. Upoznaju se sa trenutnim statusom GMO tehnologije u

akvakulturi, te prednostima i nedostatcima njezine primjene.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave, izrada i prezentacija seminarskog rada, prisustvovanje usmenom

i/ili pismenom ispitu

165



rad

Vježba ili case

study



objavljene

publikacije



Obvezna literatura:

1. Zanuy, S., Carrillo, M., Bla´zquez, M., Ramos, J., Piferrer, F., Donaldson, E.M.,

1994. Production of monosex and sterile sea bass by hormonal and genetic

approaches. Publ. Assoc. Dev. Aquacult. 119, 409–423.

2. Lee, C.-S., O’Bryen, P. (Eds.), 2001. Advanced Biotechnology in Hatchery

Production. Aquaculture, vol. 200, pp. 1 –250.

3. Felip, A., Zanuy, S., Carrillo, M., Piferrer, F., 2001. Induction of triploidy and

gynogenesis in teleost fish with emphasis on marine species. Genetica 111, 175–195.

4. Gendreau, S., Grizel, H., 1990. Induced triploidy and tetraploidy in the European flat

oyster, Ostrea edulis L. Aquaculture, 90: 229-238.

5. Beardmore, J.A.; Porter, J.S., 2003. Genetically modified organisms and aquaculture.

FAO Fisheries Circular. No. 989. Rome, FAO. 2003. 38p.


S obzirom na iskazane interese studenata za pojedinim grupama organizama, dopunska

literatura će se selektirati iz primarnih znanstvenih akvakulturnih časopisa («Aquaculture»,

«Aquaculture Research» i slično)


Rasprava sa studentima i kolegama, evaluacija uspješnosti od strane zajedničkog stručnog

povjerenstva Instituta «Ruđer Bošković», Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.

Ankete studenata nakon održane nastave.

166


Naziv predmeta: UZGOJ PLANKTONA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Boško Skaramuca

Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište u Dubrovniku, Institut za more i priobalje




Cilj predmeta:

Stjecanje teoretski i praktičnih znanja o uzgoju planktonskih organizama (fitoplankton i

zooplankton) u cilju ishrane ličinačkih faza uzgajanih riba, rakova i školjkaša.

Sadržaj predmeta:

Osnove sistematike fitoplanktonskih i zooplanktonskih vrsta koje se koriste kao hrana za

ličinke riba, rakova i školjkaša; ekologija i ekofiziologija fitoplanktona i zooplanktona.

Ovisnost veličine uzgajane planktonske hrane o veličini otvora usta ličinki riba i rakova.

Fizikalno-kemijski parametri uzgoja, metode uzgoja, osnove populacijske dinamike

planktonskih organizama. Izbor i pripravak hranjivih medija za uzgoj fitoplanktona. Vrijeme

početka hranjenja uzgajanih ličinki, i trajanje hranjenja planktonskim organizmima. Ovisnost

biokemijskog sastava hranjenih organizama o biokemijskom sastavu uzgojenog planktona


Izbor i uzgoj planktonskih vrsta prema potrebama ishrane ličinačkih faza riba, rakova i

školjkaša.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30


Predavanj

a +

Seminari + Vježbe + Radionice Samostalni zadaci

Multimedij

a i internet

Obrazovanje na

daljinu Konzultacije

+ Rad u

laboratoriju +

Mentorski

rad + Terenska

nastava +

Napomene:

Obveze studenata: studenti su obavezni prisustvovati predavanjima, vježbama, radu u

laboratoriju i terenskoj nastavi


167


nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

Glavić, N. Utjecaj temperature i slanosti na veličinu kolnjaka Brachionus plicatilis O. F.

Muller. Magistarski rad, Sveučilište u Zagrebu, 2003. 61 pp.

Laing, I and B. T. Hepper, 1983. A simple method for the production of marine algae in

polyethylene bags. Fish. Not., MAFF Direct. Fish. Res. Lowestoft, 73: 1-11.

Lucas, J. S., and Southgate, P., C. Aquaculture, Farming aquatic animals and plants. Fishing

news books, 2003.

Kožul, V, and Skaramuca, B., 1997. The effects of temperature stress on populations of the

rotifer Brachionus plicatilis Muller in culture. Natura Croatica, 6 (4): 437-446.

Skaramuca, B., 1994. Značenje rotatorija (Brachionus plicatilis Muller) za akvakulturu.

Ribarstvo, 52(2): 75-88.

Skaramuca B., and V. Kožul, 1998. Algae freezing and long term storage for use in

aquaculture. Periodicum biologorum, 100(1):119-122.


Aganovic, M. Salmonidne vrste riba i njihov uzgoj. Svjetlost, Sarajevo 1979. 320 pp.

Avault, J. W. Fundamentals of aquaculture. AVA publishing company, Baton Rouge, 1996.

889 pp.

Ercegović, A. Život u moru. JAZU, Zagreb, 1949. 412 pp.

Peres, J-M., Gamulin Brida, H. Biološka oceanografija. Školska Knjiga, Zagreb, 1973. 493

pp.

Treer, T., Safner, R., Aničić, I. I Lovrinov, M. Ribarstvo. Nakladni zavod Globus, Zagreb,

1995. 464 pp.


Anketa

168


Naziv predmeta: EKOLOGIJA MORA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Davor Lučić


Suradnici – izvoditelji: Ana Bratoš



Cilj predmeta:

Ekologijom mora obuhvaćaju se ukupni odnosi između organizama i okoliša u različitim pod-

sustavima. Svladavanjem ovog predmeta stječu se opća i posebna znanja o ekologiji,

teoretskim osnovama, terminologiji, funkcionalnosti ekosustava u morskom okolišu.

Ovladava se znanjima o primjeni ekoloških principa i načela u zaštiti prirodnih bogatstava i

važnosti održavanja biološke raznolikosti u moru. Posebna poglavlja daju uvid u praktične

pristupe studiju i iskorišćivanju obalnih ekosustava za akvakulturu i druge namjene, te

posebnih mjera za zaštitu pojedinih obalnih ekosustava.

Sadržaj predmeta:

Uvod - Ekologija općenito

Uvod- Ekologija mora (Oceani, zatvorena mora, obalni sustavi, estuariji)

Uvod- Ekologija mora (Jadransko more)

Značajke ekosustava I. (temperatura, slanost, kisik, dušik, fosfor, silicij)

Značajke ekosustava II. (valovi, struje, svjetlost, vertikalne migracije, prilagodbe živog svijeta

Značajke ekosustava III. (ponašanje, vertikalne migracije, DSL, prilagodbe živog svijeta)

Metode i alati istraživanja mora I. (Meteo, valovi, struje, temperatura, slanost, kisik,

nutrijenti)

Metode i alati istraživanja mora II. (kvalitativno, kvantitativno, nekton, plankton, bentos)

Općenite značajke živog svijeta – autohtone – alohtone vrste, plankton, bentos, nekton,

definicije, primjeri, jadranske specifičnosti

Plankton I- osnovna raspodjela; bakterioplankton, fitoplankton, zooplankton i predstavnici

skupina

Plankton II- meroplankton – holoplankton, predstavnici, karakteristične vrste, razdioba u

vertikalnom stupcu mora

Plankton III – biomasa planktona, međusobni odnos u hranidbenom lancu, neritički plankton,

oceanski plankton, prostorne migracije, odnos prema bentosu i nektonu

Bentos I - osnovna raspodjela, fitobentos, zoobentos, predstavnici skupina i karakteristične

vrste

Bentos II – predstavnici skupina na različitim dnima i dubinama (mulj, pijesak, hridinasto)

Bentoska bionomija Jadranskog mora- karakteristični facijesi (poseban osvrt na livade

morskih cvijetnica)

Karakteristični morski ekosustavi u oceanima- mangrove, koraljni grebeni, Sargaško more,

dubokomorske životne zajednice

Nekton I - osnovna raspodjela, glavonošci, kornjače, ribe, sisavci – horizontalne migracije

(sjeverna-južna mora, Florida – Sredozemno more, južni – sjeverni Jadran)

Nekton II – Srdela (Sardina pilchardus) mrijestilišta i ekološko tumačenje)

Obraštajne zajednice i akvakultura: obraštaj kaveza, kolektora i pergolara – ovisnost o

169

ekološkim uvjetima

Introdukcija vrsta I. – putevi unosa, uzroci, posljedice, Crveno more – sjeverni Jadran,

Atlantik – Crno more, Caulerpa spp. Mnemiopsis sp.

Introdukcija vrsta II. - balastne vode, Jadransko more, opasnosti u akvakulturi

Primjeri ekosustava I. Obalni ekosustavi, Limski zaljev, Riječki zaljev, Kaštelanski zaljev,

Rijeka dubrovačka, Bokokotorski zaljev.

Primjeri ekosustava II. Otvoreno more, Sredozemno more, sjeverni Jadran, južni Jadran

Specifični ekosustavi I - Mljetska jezera

Specifični ekosustavi II – Malostonski zaljev – delta Neretve

Specijacija i biogeografija- alopatričke i simpatričke populacije, uzroci divergencije

Iskorištavanje mora i posljedice- ribolov, onečišćavanje,

Bioraznolikost i zaštita prirode

Zaključak - rekapitulacija osnovnih ekoloških pojmova i njihova analiza u odnosu na

iskorištavanje mora


Ovladava se znanjima o primjeni ekoloških principa i načela u zaštiti prirodnih bogatstava i

važnosti održavanja biološke raznolikosti u moru. Posebna poglavlja daju uvid u praktične

pristupe studiju i iskorišćivanju obalnih ekosustava za akvakulturu i druge namjene, te

posebnih mjera za zaštitu pojedinih obalnih ekosustava.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene: Način izvođenja je kombinacija svih navedenih kategorija

Obveze studenata: Sudjelovanje na predavanjima i vježbama i izrada seminarskog rada

koji mora biti publiciran u nekom od znanstvenih časopisa.



rad

Vježba ili case

study




publikacije


nastave Prezentacij

a

Praktičan rad

Obvezna literatura:

1. Ercegović, A. 1949. Život u moru – biologijska bionomija Jadranskog mora, HAZU,

Zagreb, 412 pp.

2. Andrić, M. Hrvatsko podmorje. CarHerc d.o.o., 271 pp. 2001.

3. Barnes, R.S.K. & R.N. Huges, 1982. An introduction to Marine Ecology, Blackwell

Science, UK, London, pp. 351.

170

4. Internet: http://www.ecology.com/

5. Benović, A. 1977. Biomasa mrežnog zooplanktona Jadranskog mora, Doktorska

disertacija, Sveučilište u Zagrebu, 88 pp.

6. Benović, A., Kršinić, F., Lovrić, J., Lučić, D., Onofri, V., i D. Viličić, 1996. STUDIJA O

ISKORIŠĆAVANJU AKVATORIJA MALOSTONSKOG ZALJEVA ZA

MARIKULTURU. Veleučilište u Dubrovniku, pp. 51


Krebs, C.J, 2001. Ecology, the experimental analysis of distribution and abundances,Addison

Wesley Longman inc., pp. 695.

Ostalo - u dogovoru s nastavnikom


Anketa studenata.

http://www.ecology.com/

171


Naziv predmeta: RIBE U BIOMEDICINSKIM ISTRAŽIVANJIMA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr.sc. Rozelindra Čož-Rakovac


Suradnici – izvoditelji: Dr.sc.Mato Hacmanjek; Dr.sc. Ivančica Strunjak-

Perović; Dr.sc.Natalija Topić-Popović



Cilj predmeta:

Upoznavanje studenata sa mogućnostima koje pružaju istraživanja na ribama. U novije

vrijeme sve se češće sisavci kao test organizmi u biomedicinskim istraživanjima zamjenjuju

ribama Poznato je više od 20.000 različitih vrsta riba. Ribe su lako dostupan i jeftin biološki

materijal, jednostavne su za manipulaciju, imaju kratak životni ciklus, pa se u kratkom

razdoblju može raditi na više generacija i napose one su ektotermni organizmi koji nam

omogućavaju da mijenjanjem temperature tijela mijenjamo i brzinu metaboličkih reakcija

Sadržaj predmeta:

Osnove anatomije i fiziologije riba, te komparacija sa sisavcima.

Optimalni uvjeti u kojima riba živi. Utjecaj fizikalno-kemijske kakvoće vode na rast I razvoj ,

te pojavu bolesti.

Ihtiopatologija – pregled virusnih, bakterijskih, parazitarnih bolesti riba i bolesti nezarazne

etiologije, kontaktne zoonoze.

Vrste riba koje se koriste u različitim vrstama biomedicinskih istraživanja na specifičnim

organima, tkivima, sustavima koji su slični ili različiti u funkciji obzirom na sisavce.

Upotreba ribljih staničnih kultura u biomedicinskim istraživanjima.

Držanje riba u laboratorijskim uvjetima i njihova priprema za biomedicinska istraživanja.

Razudba riba i načini uzimanja uzoraka.


Znanje i dugogodišnje iskustvo nositelja predmeta i suradnika.

Znanja iz fiziologije i anatomije riba, te razlike u odnosu na sisavce. Upoznavanje studenata

sa načinom držanja, manipulacijom, razudbom riba, te uzimanje tkiva za pojedina

istraživanja.

Razvijanje interdisciplinarnog pristupa u biomedicinskim istraživanjima.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje

na daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorsk

i rad

Terenska

nastava

172

Napomene:

Obveze studenata: redovito pohađanje predavanja i vježbi, te aktivnost u nastavi



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave

Prezentacij

a

Praktičan rad

Obvezna literatura:

Stoskopf M.K. (1993): Fish medicine. WB Saunders Company. Philadelphia, pp.882

Nemetz T.G., Shoots E.B. Jr. (1993): Zoonotic Diseases. In: Fish medicine. (M.K. Stoskpf

ed.) WB Saunders Company. Philadelphia, pp 214-220.

Treer T. Safner R., Aničić I., Lovrinov M. (1995):Ribarstvo. Nakladni zavod Globus, Zagreb.

Branson E. (1993): Basic Anatomy and Physiology. In: Aquaculture for veterinarians: fish

husbandry and medicine (L. Brown ed.) Pergamon Press Ltd., England, pp 1-31.

Branson E. (1993): Environmental Aspects of Aquaculture. In: Aquaculture for veterinarians:

fish husbandry and medicine (L. Brown ed.) Pergamon Press Ltd., England, pp 57-89.

Southgate P. (1993): Aquaculture for veterinarians: fish husbandry and medicine (L. Brown

ed.) Pergamon Press Ltd., England. pp 447

Walter R.B. and Kazianis S. (2001): Xiphophorus Interspecies Hybrids as Genetic Models of

Induced Neoplasia http://dels.nationalacademies.org/ilar/jour_online/42_4/Hybrids.asp

Roberts R. J. (2001): Fish Pathology (2nd ed.), Bailliere Tindall, London, pp. 459.


Stoskopf M.K. (1993): Neoplasia of Freshwater Temperate Fishes. In: Fish medicine. (M.K.

Stoskpf ed.) WB Saunders Company. Philadelphia, pp 309-311.

Winn R.N. (2001): Transgenic Fish as Models in Environmental Toxicology

http://dels.nationalacademies.org/ilar/jour_online/42_4/Transg.asp

Bruno D.W. and Poppe T.T. (1996): Tumours. In: A Colour Atlas of Salmonid diseases.

(Bruno D.W. and Poppe T.T. eds.), Academic Press London, pp. 105-110.

Roberts R. J. (1989): Neoplasia of teleosts. In: Fish Pathology (2nd ed.), Bailliere Tindall,

London, pp 153-172.

Southgate P. (1993): Disease in Aquaculture. In: Aquaculture for veterinarians: fish

husbandry and medicine (L. Brown ed.) Pergamon Press Ltd., England. pp 91-129.


Provjera razumijevanja dobivenih informacija, načina prezentacije

Praćenje napredovanja svakog studenta

Rasprava sa studentima i kolegama

http://dels.nationalacademies.org/ilar/jour_online/42_4/Hybrids.asp

http://dels.nationalacademies.org/ilar/jour_online/42_4/Transg.asp

173


Naziv predmeta: PROCESI BIOMINERALIZACIJE

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr.sc. Davorin Medaković, znanstveni suradnik

Ustanova nositelja predmeta: IRB, Centar za istraživanje mora Rovinj


Status predmeta: □ obvezni □X izborni

Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I., II.

Cilj predmeta:

Stjecanje znanja iz osnovnih procesa i mehanizama biomineralizacije izabranih grupa morskih

organizama. Sposobnost uključivanja u temeljna znanstvena istraživanja, ekološki

biomonitoring, te domaće i međunarodne znanstvene i stručne projekte uz samostalno vođenje

dijela problematike iz područja zaštite okoliša.

Sadržaj predmeta:

Minerali i biominerali. Teorije biomineralizacije. Procesi biomineralizacije morskih

organizama - školjkaša, mekušaca, ježinaca, rakova i riba. Aktivnost enzima ugljične

anhidraze. Metode rendgenske difrakcije. Biomonitoring i procesi biomineralizacije kao

ekološki pokazatelji promjena stanja okoliša. Proizvodnja i korištenje biominerala u medicini

i farmaceutskoj industrji.


Primjenom i kombinacijom bioloških i instrumentalnih metoda proširuju se opća znanja

stečena tijekom dodiplomskog studija iz predmeta biologije, fizike, kemije, ekologije mora, i

biomonitoringa okoliša. Predmet pruža nova saznanja u procjeni stanja okoliša i ekološkoj

zaštiti.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad Terenska

nastava

174

Napomene:

Obveze studenata: Seminarski rad i uspješno završene vježbe su uvjet za polaganje ispita



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

IUCN-COE, 1993. Past and present Biomineralization Processes. Consideration about the

Carbonate Cycle. F Doumenge, D Allemand, A Toulemont Eds. Bulletin de l'Institut

oceanographique, Monaco, Num special 13.

Kirschvink J L, Hagadoron J W, 2000. A Grand unified theory of Biomineralization. In:

Bäuerlein E, (Ed.), Biomineralization. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim,

Germany, pp. 139-150

Lowenstam H A, 1981. Minerals formed by organisms. Science NY, 211: 1126-1131

Matoničkin I, Habdija I, Primc-Habdija B, 1988. Avertebrata. Biologija nižih

beskralježnjaka. Školska knjiga, Zagreb.

Medaković D, 2000. Carbonic anhydrase activity and biomineralization process in embryos,

larvae and adult blue mussels Mytilus edulis L. Helgoland Marine Research 54: 1-6

Medaković D, Popović S, Gržeta B, Plazonić M, Hrs-Brenko M, 1997. X-ray diffraction

study of calcification processes in embryos and larvae of the brooding oyster Ostrea edulis.

Marine Biology 129: 615-623

Medaković D, Popović S, Manahan DT, 2003. Biominerals in embryos, pluteus and adult

Antarctic sea urchins Sterechinus neumayseri. In: Huiskes AHL, Gieskes WWC, Rozema J,

Schorno RML, van der Vies SM & Wolf WJ (Eds.), Antarctic Biology in a Global Context,

pp 140-143. Backhuys Publishers, Leiden, The Netherlands.

Medaković D, Slapnik R, Popovic S, Gržeta B, 2003. Mineralogy of shells from two

freshwater snails Belgrandiella fontinalis and B.kuesteri. Comparative Biochemistry and

Physiology Part A 134; 121-127

Watabe N, 1988. Shell structure. In: Wilbur K M, (Ed.), The Mollusca. Form and Function.

Vol.11, Part 4. Academic Press, New York, pp. 69-10


Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2000. The influence of marine anoxia on precipitation of

Mytilus

galloprovincialis shell carbonate in the coastal zone of the Rovinj Bay (Notrthern Adriatic).

Annales,

Series Historia Naturalis 19(1) ; 55-60.

Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2000. Environmental Impact on Mytilus

Galloprovincialis Shells

in the Coastal Zone of the Northern Adriatic, Croatia. Proceedings of the papers of 2nd

Croatian

Geological Congress. Vlahović I, Biondić R, Eds. Inst. za geološka istraživanja, Zagreb,

pp.163-165.

175

Gržeta B, Medaković D, Popović S, 2004. New method for the estimation of magnesium

fraction in magnesian calcite. In: Andersson Y, Mittermeijer EJ, Welzel U (Eds). European

Powder Diffraction EPDIC 8. Materials Science Forum Vols. 443-444 pp.55-58. Trans Tech

Publications Inc., Uetikon-Zürich, Switzerland.

Kanduč T, Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2001. Mytilus galloprovincialis as an

Environmental Indicator of metal pollution in coastal areas of East Adriatic.

Rapp.Comm.int.Mer Médit, 36; 135.

Medaković D, Slapnik R, Gržeta B, Popović S, 1999. The shell mineralogy of subterranean

snails

Zospeum alpestre (Freyer 1855) and Zospeum isselianum (Pollonera 1886) (Mollusca:

Gastropoda:

Carychiidae). Periodicum Biologorum 101(2); 143-149.

Reis RL, Weiner S 2004. Learning from Nature How to Design New Implantable

Biomaterials: From Biomineralization Fundamentals to Biomimetic Materials and Processing

Routes. NATO Science Series. Series II: Matematics, Physics and Chemistry, Vol 171. p 1-

233, Kluwer Academic Publishers.


Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2000. The influence of marine anoxia on precipitation of

Mytilus

galloprovincialis shell carbonate in the coastal zone of the Rovinj Bay (Notrthern Adriatic).

Annales,

Series Historia Naturalis 19(1) ; 55-60.

Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2000. Environmental Impact on Mytilus

Galloprovincialis Shells

in the Coastal Zone of the Northern Adriatic, Croatia. Proceedings of the papers of 2nd

Croatian

Geological Congress. Vlahović I, Biondić R, Eds. Inst. za geološka istraživanja, Zagreb,

pp.163-165.

Gržeta B, Medaković D, Popović S, 2004. New method for the estimation of magnesium

fraction in magnesian calcite. In: Andersson Y, Mittermeijer EJ, Welzel U (Eds). European

Powder Diffraction EPDIC 8. Materials Science Forum Vols. 443-444 pp.55-58. Trans Tech

Publications Inc., Uetikon-Zürich, Switzerland.

Kanduč T, Dolenec T, Medaković D, Lojen S, 2001. Mytilus galloprovincialis as an

Environmental Indicator of metal pollution in coastal areas of East Adriatic.

Rapp.Comm.int.Mer Médit, 36; 135.

Medaković D, Slapnik R, Gržeta B, Popović S, 1999. The shell mineralogy of subterranean

snails

Zospeum alpestre (Freyer 1855) and Zospeum isselianum (Pollonera 1886) (Mollusca:

Gastropoda:

Carychiidae). Periodicum Biologorum 101(2); 143-149.

Medaković D, 2000. Carbonic anhydrase activity and biomineralization process in embryos,

larvae and adult blue mussels Mytilus edulis L. Helgoland Marine Research 54: 1-6

Medaković D, Popović S, Gržeta B, Plazonić M, Hrs-Brenko M, 1997. X-ray diffraction

study of calcification processes in embryos and larvae of the brooding oyster Ostrea edulis.

Marine Biology 129: 615-623

Medaković D, Popović S, Manahan DT, 2003. Biominerals in embryos, pluteus and adult

Antarctic sea urchins Sterechinus neumayseri. In: Huiskes AHL, Gieskes WWC, Rozema J,

176

Schorno RML, van der Vies SM & Wolf WJ (Eds.), Antarctic Biology in a Global Context,

pp 140-143. Backhuys Publishers, Leiden, The Netherlands.

Medaković D, Slapnik R, Popovic S, Gržeta B, 2003. Mineralogy of shells from two

freshwater snails Belgrandiella fontinalis and B.kuesteri. Comparative Biochemistry and

Physiology Part A 134; 121-127


- Rasprave sa studentima i kolegama

- Praćenje napredovanja svakog studenta

- Evaluacija uspješnosti od strane voditeljstva studija

177


Naziv predmeta: BIOLOGIJA VAŽNIH ŽIVOTINJSKIH VRSTA U JADRANU

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Jasna Vidaković

Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju


Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Anita Galir Balkić



Cilj predmeta:

Upoznati studente s važnošću oceana (abiotičkih i biotičkih čimbenika) u održivošću života

na kopnu, značaju morskih organizama u prehrani i liječenju raznih bolesti (leukemija,

tumori, cistična fibroza, artritis).

Sadržaj predmeta:

Oceani – abiotički i biotički čimbenici koji određuju prostornu i vremensku raspodjelu biota

(salinitet, temperatura, tlak, prozirnost, koncentracija otopljenih plinova, nutrijenti, morske

struje, morske mijene). Ekološki sustavi velike bioraznolikosti: koraljni grebeni, šume

mangrova, naselja i šume smeđih alga, polarna mora, dubokomorsko područje te zajednice

hridinastog dna. Biologija i ekologija morskih organizama koji se koriste u medicinskim

istraživanjima kao izvor kemijskih spojeva u svrhu pronalaženja lijekova za liječenje raka,

leukemije, artritisa, cistične fibroze: Algae, Porifera, Cnidaria, Echinodermata, Tunicata,

Chondrychthyes. Nekonvencionalni izvori hrane iz mora i zaštita morskih ekosustava

obzirom na sve veću eksploataciju ekoloških sustava poznatih po izuzetno velikom broju

vrsta.

Bioaktivne prirodne supstance iz morskih organizama (Algae, Porifera, Cnidaria,

Echinodermata, Tunicata, Chondrychthyes) koje se mogu/ili se primjenjuju u farmaceutskoj

industriji i medicini.


Spoznaja o sekundarnim metabolitima morskih organizama u farmaceutskoj industriji i

medicini.


ECTS bodovi 6


Seminari 10

Vježbe

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



i rad

Terenska

nastava

Napomene: predavanja i seminari – multimedija i internet

Obveze studenata:

Redovito prisustvovanje nastavi i seminarima.

178



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study

Način ocjenjivanja: usmeno


slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

32. From Monsoons to Microbes. Understanding the Oceans Role in Human Health

(1999). The National Academies Pres

33. Bioactive Marine Natural Products. D.S. Bhakuni and D.S. Rawat, (2005): Springer

Anamaya.


29. Znanstveni radovi





179


Naziv predmeta: ORGANIZACIJA I FUNKCIJA BILJNIH STANICA

OPĆI PODACI:


Modul: Biologija biljaka

Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Hrvoje Lepeduš

Ustanova nositelja predmeta: Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja





Cilj predmeta:

Zadaća kolegija je dati znanja o molekularnom ustroju biljne stanice, te povezati organizaciju

staničnih struktura i biomolekula s njihovom funkcijom. Posebno je važno da studenti usvoje

princip dinamičke povezanosti između struktura i njihovog funkcioniranja u stanici, te da

usvoje spoznaju o kontinuitetu staničnih procesa. Cilj praktikuma je samostalan rad studenata

u smjeru razumijevanja i vizualizacije događanja u stanici.

Sadržaj predmeta:

Značaj i funkcija kemijskih veza u interakcijama unutar bioloških sustava. Organizacija i

kemizam biomembrana. Transport kroz biomembranu. Stanični ciklus i citoskelet. Struktura i

funkcija interfazne jezgre: kromosomi, DNA i geni. Replikacija. Transkripcija. Mitoza i

mejoza. Endoplazmatski retikulum, ribosomi i biosinteza proteina. Golgijev sustav, lizosomi,

peroksisomi, glioksisomi, vakuole. Mitohondriji: ultrastruktura i funkcija. Plastidi i plastidni

pigmenti. Ultrastruktura kloroplasta. Molekularna organizacija tilakoidnih membrana:

fotosintetski pigmenti, fotosustavi, elektron-transportni lanac. Calvin-ov ciklus. Fotosinteza i

evolucija.

U praktikumu će se obraditi eksperimentalne tehnike u istraživanju fotosinteze:

kromatografska i spektrofotometrijska analiza fotosintetskih pigmenata, određivanje neto-

fotosinteze upotrebom kisikove elektrode, in vivo mjerenje fluorescencije klorofila metodom

saturacijskog pulsa.


Studenti će ovladati temeljnim i specifičnim znanjima o organizaciji i funkciji biljnih stanica

što je preduvjet za planiranje i izvođenje istraživanja iz tog područja.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima ili konzultacijama, svim

praktikumima i seminarima.

180



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

ALBERTS, B., JOHNSON, A., LEWIS, J., RAFF, M., ROBERTS, K., WALTER, P., 2002: Molecular

biology of the cell. 4th ed. Garland Science, New York.

RAGHAVENDRA, A. S., 2000: Photosynthesis: a comprehensive treatise. Cambridge University

Press, Cambridge.

HELDT, H.–W., 1999: Plant Biochemistry and Molecular Biology. Oxford University Press

Inc., New York, Oxford

BOWES, B.G., 1996: A colour atlas of plant structure. Manson Publishing, London.

DENIS, D.T., TURPIN, D.H., LEFEBVRE, D.D., LAYZELL, D.B., 1997: Plant metabolism. 2nd ed.

Longman, Edinburgh Gate, Hralow.

VOET, D., VOET J.G., 2004: Biochemistry, 3rd ed. John Wiley & Sons, Inc. New York.





LEPEDUŠ, H., VILJEVAC, M, CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Functioning of the

photosynthetic apparatus under low and high light conditions in chlorotic spruce needles as

evaluated by in vivo chlorophyll fluorescence. Russian J. Plant Physiol., 52, 165-170.





205-217.



(Bratislava), 58, 867-873.



Biol.,103, 61-65.

WILKINSON, D. G., 1998: In situ Hybridization. Practical Approach. Oxford University Press,

Oxford, New York, Tokyo.





181


Naziv predmeta: STRUKTURA I FUNKCIJA BILJNIH PROTEINA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Elizabeta Has-Schön

Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju Sveučilišta J.J. Strossmayer u Osijeku

Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Rosemary Vuković



Cilj predmeta:

Proučiti građu odabranih biljnih proteina, prvenstveno onih koji su potrebni za odvijanje

specifičnih biokemijskih procesa u biljkama. Ukazati na posebnosti u građi nekih biljnih

proteina, vezanih uz njihovu funkciju.

Sadržaj predmeta: Teoretski dio

Analizirat će se odabrani predstavnici slijedećih grupa proteinskih molekula:

enzimi uključeni u proces fotosinteze i asimilacije dušika, te oni integrirani u stanične

membrane pri prijenosu iona i metabolita (transferaze, crpke) kao i pri sintezi energije

(ATP-sintaza kloroplasta);

receptorni proteini, npr. oni koji raspoznaju signale (npr. svjetlost određene valne

dužine) ili kemijske sastojke poput fitohormona;

strukturni proteini koji grade stanični skelet (mikrotubuli, mikrofilamenti, intermedijarni

filamenti);

skladišni proteini u pojedinim biljnim vrstama, koji su važni i u ljudskoj prehrani.

Također će se obraditi neki aspekti izolacije i karakterizacije proteina, aloenzimi, izoenzimi, te

mogućnost korištenja proteina u analizi staničnih struktura i lokalizaciji molekula u stanicama.


Studenti će se upoznati s osnovnim principima izgradnje proteina, čimbenicima koji određuju

njihovu prostornu građu, mogućnostima njihova proučavanja i prikazivanja, specifičnostima

strukture nekih biljnih proteinskih molekula, te povezanosti njihove strukture s funkcijom.

Upoznat će se s relevantnim bazama podataka na web-u, kao i originalnim znanstvenim

publikacijama iz toga područja i steći samostalnost u izučavanju ove problematike.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave (maksimalni izostanak 2h predavanja); izrada

samostalnog seminarskog rada na odgovarajuću temu, te odgovarajuća prezentacija.

182



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. TAIZ L. AND ZEIGER E., 1998: Plant Physiology, 2nd ed. Sinauer Associates, Inc.,

Sunderland, USA.

2. HELDT H.-W., 1999: Plant biochemistry and molecular biology, Oxford University

Press, Oxford.

3. WHITFORD D., 2005: Proteins, Structure and Function, John Wiley & Sons, Chichester,

England.

4. BRANDEN C., TOOZE J., 1999: Introduction to Protein Structure, 2nd ed. Garland

Publishing New York, USA.

5. LEA P.J. AND LEEGOOD R.C., eds., 1993: Plant Biochemistry and Molecular Biology,

John Wiley & Sons, Chichester.

6. GARRETT, R.G., GRISHAM, C.M., 1995: Biochemistry, Saunders College Publishing,

Fort Worth.

7. BERG, J.M., TYMOCZKO, J.L., STRYER, L., 2002: Biochemistry, 5th ed. Freeman &

Comp., New York.

8. HAS-SCHÖN, E.: Struktura i funkcija proteina, elektronički udžbenik u pripremi.

9. web1: http://www.proteinstructure.com

web2: http://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do;jsessionid=bFK7Q9+C1FkKtHSp+NcwcA**

web3: http://www.bio.ic.ac.uk/research/barber/

web4: http://photoscience.la.asu.edu/photosyn/photoweb/default.html

web5: http://www.photosynthesisresearch.org/

web6: http://www.ks.uiuc.edu/

web7: http://www.ks.uiuc.edu/Research/psu/psu.html

web8: http://www.biologie.uni-hamburg.de/b-online/e00/contents.htm

web9: http://www.life.uiuc.edu/crofts/ahab/home.html


1. NELSON, D.L., COX, M.M., 2000: Lehninger Principles of Biochemistry, 3rd ed. Worth

Publishers, New York.

2. VOET , D., VOET, J.G., PRATT C.W., 1995: Biochemistry, 2nd ed. J. Wiley & Sons inc.,

New York.

3. MATHEWS, C.K., VAN HOLDE, K.E., 1996: Biochemistry, 2nd ed. Benjamin and

Cummings Publishing Company, California.

4. GARRETT, R.G., GRISHAM, C.M., 1995: Biochemistry, Saunders College Publishing, Fort

Worth.

5. DEVLIN, T.M. (ed.), 1997: Textbook of Biochemistry with Clinical Correlations, 4th ed.

Wiley-Liss, New York.

6. HAS-SCHÖN E., LEPEDUŠ, H., JERABEK LJ., CESAR, V., 2005: Influence of storage

temperature on Total Peroxidase Activity in Crude Extracts from Picea abies L. Karst.

Needles. Croatica Chemica Acta 78, 349-353.

7. HAUß, T., DANTE, S., HAINES, T. H., DENCHER, N. A., 2005: Localization of coenzyme

Q10 in the center of a deuterated lipid membrane by neutron diffraction. Biochimica et

Biophysica Acta 1710, 57-62.

http://www.proteinstructure.com/

http://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do;jsessionid=bFK7Q9+C1FkKtHSp+NcwcA**

http://www.bio.ic.ac.uk/research/barber/

http://photoscience.la.asu.edu/photosyn/photoweb/default.html

http://www.photosynthesisresearch.org/

http://www.ks.uiuc.edu/

http://www.ks.uiuc.edu/Research/psu/psu.html

http://www.biologie.uni-hamburg.de/b-online/e00/contents.htm

http://www.life.uiuc.edu/crofts/ahab/home.html

183

8. SYROSA, T., YUPSANISA, T., PETKOUB, D., ECONOMOU, A.S., 2005: Protein, leucine

aminopeptidase, esterase, acid phosphatase and photosynthetic responses of oleander

(Nerium oleander L.) during cold acclimation and freezing treatments. Journal of Plant

Physiology 162, 886-894.

9. HARRIS, G. C., ANTOINE, V., CHAN, M., NEVIDOMSKYTE, D., , KÖNIGER M., (2006):

Seasonal changes in photosynthesis, protein composition and mineral content in

Rhododendron leaves. Plant Science 170, 314-325.

10. FROMME, P., YU, H., DERUYTER, Y. S., JOLLEY, C., CHAUHAN, D. K., MELKOZERNOV,

A., GROTJOHANN I. (2005): Structure of photosystems I and II, C. R. Chimie Article in press






Strossmayera u Osijeku.

184


Naziv predmeta: KINETIKA ENZIMSKIH REAKCIJA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Elizabeta Has-Schön

Doc.dr.sc. Valentina Pavić

Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju Sveučilišta J.J. Strossmayer u Osijeku




Cilj predmeta:

Steći osnovne spoznaje o kinetici enzimskih reakcija, mogućnostima i tehnikama praćenja

brzine enzimskih reakcija, kinetičkim modelima, kinetičkim konstantama i njihovim

određivanjem te inhibitorima i tipovima inhibicije enzimskih reakcija, kao i primjeni ovih

spoznaja pri pojašnjavanju metaboličkih i molekularno bioloških procesa.

Sadržaj predmeta: Teoretski dio

Osnovni principi enzimske katalize

Termodinamičke promjene u enzimskim sustavima

Jedinice kojima se izražava aktivnost enzima

Promjene koncentracije sudionika tijekom enzimske reakcije

Michaelis-Menten model, kinetičke konstante KM i Vmax i njihovo značenje

Kinetika alosteričkih enzima

Načini mjerenja brzine enzimskih reakcija

Inhibicija enzimskih reakcija, tipovi inhibicije, promjene kinetičkih konstanti

inhibiranih enzimskih reakcija

Kinetika enzima u fiziološkim sustavima

Regulacija metaboličkih procesa kinetičkim osobinama nekih enzima


Studenti će biti osposobljeni da samostalno iz literaturnih podataka (originalni znanstveni

radovi) odaberu i primjene određeni enzimski esej, prilagode uvjete reakcije optimalno u

odnosu prema vlastitom analiziranom biološkom materijalu, provedu mjerenje brzine

enzimske reakcije u biološkom materijalu, izraze dobivene rezultate na odgovarajući,

uobičajen način, odrede osnovne kinetičke konstante i rasprave dobivene rezultate, te prate

učinak inhibitora na enzime u odabranim biološkim sustavima.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

185

Napomene:

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave (maksimalni izostanak 2h predavanja);

vježbe, tj. laboratorijski rad mora se odraditi u cjelosti.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study




publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. SEGEL, H.I., 1976: Biochemical Calculation, 2nd ed. J. Wiley & Sons inc., New York.

2. CORNISH-BOWDEN, A., 1995: Fundamentals of Enzyme Kinetics. Portland Press,

London.

3. HAS-SCHÖN, E.: Struktura i funkcija proteina, elektronički udžbenik u pripremi.

4. GARRETT, R.G., GRISHAM, C.M., 1995: Biochemistry, Saunders College Publishing,

Fort Worth.

5. CORNISH-BOWDEN, A., 1995: Analysis of Enzyme Kinetic Data, Oxford University

Press, New York.

6. FINKELSTEIN A.V., PTITSYN O.B., 2002: Protein Physics, Academic Press, London,

UK.


Comp., New York.


1. CORNISH-BOWDEN, A., 1995: Analysis of Enzyme Kinetic Data, Oxford University

Press, New York.


Comp., New York.

3. NELSON, D.L., COX, M.M., 2000: Lehninger Principles of Biochemistry, 3rd ed. Worth

Publishers, New York.

4. VOET , D., VOET, J.G., PRATT C.W., 1995: Biochemistry, 2nd ed. J. Wiley & Sons

inc., New York.

5. MATHEWS, C.K., VAN HOLDE, K.E., 1996: Biochemistry, 2nd ed. Benjamin and

Cummings Publishing Company, California.

6. DEVLIN, T.M. (ed.), 1997: Textbook of Biochemistry with Clinical Correlations, 4th

ed. Wiley-Liss, New York.

7. Mishra N.P., Mishra R.K., Singhal G.S., 1993: Changes in the Activities of Anti-

Oxidant Enzymes during Exposure of Intact Wheat Leaves to Strong Visible Light at

Different Temperatures in the Presence of Protein Synthesis Inhibitors. Plant

Physiology 102, 903-910.

8. KOREN, E., SCHÖN, E., LUKAČ, J., 1975: The coagulation of insoluble and basic

proteins from rat seminal vesicle secretion with vesiculase: influence of collagenase-

like peptidase from rat testis. Journal of Reproduction and Fertility 42, 491-495.

9. OŽEGOVIĆ, B., SCHÖN, E., MILKOVIĆ, S. 1979: The Effect of Triamterene upon the Rat

Kidney Plasma Membrane Na-K-ATP-ase Activity. Archives internationales de

Pharmacodynamie et de Therapie 241, 16-23.

186

10. HAS-SCHÖN E., LEPEDUŠ, H., JERABEK LJ., CESAR, V., 2005: Influence of storage

temperature on Total Peroxidase Activity in Crude Extracts from Picea abies L. Karst.

Needles. Croatica Chemica Acta 78, 349-353.

11. DEGARA L., DEPINTO M.C., MOLITERNI V.M.C., D'EGIDIO M.G., 2003: Redox

regulation and storage processes during maturation in kernels of Triticum durum.

Journal of Experimental Botany 54, 249-258.

12. HRISTOZOVA T., RASHEVA T., NEDEVA T., KUJUMDZIEVA A., 2002: Superoxide

Dismutase during Glucose Repression of Hansela polymorpha CBS 4732. Zeitschrift

für Neturforschung 57c, 313-318.

13. SHAH K., KUMAR R.G., VERMA S., DUBEY R.S., 2001: Effect of cadmium on lipid

peroxidation, superoxide anion generation and activities of antioxidant enzymes in

growing rice seedlings. Plant Science 161, 1135-1144.

14. BAILLY C., AUDIGIER C., LADONNE F., WAGNER M.H., COSTE F., CORBINEAU F., CÔME

D., 2001: Changes in oligosaccharide content and antioxidant enzyme activities in

developing bean seeds as related to acquisition of drying tolerance and seed quality.

Journal of Experimental Botany 52, 701-708.

15. BAILLY C., BENAMAR A., CORBINEAU F., CÔME D., 1996: Changes in

malondialdehyde and in superoxide dismutase, catalase and glutation reductase

activities in sunflower seeds as related to deterioration during accelerated aging.

Physiologia Plantarum 97, 104-110.






Strossmayera u Osijeku.

187


Naziv predmeta: RAZVOJNA BIOLOGIJA BILJAKA

OPĆI PODACI:




Ustanova nositelja predmeta: Odjel za biologiju


Suradnici – izvoditelji: Prof.dr.sc. Hrvoje Lepeduš



Cilj predmeta:

Zadaća kolegija jest dati znanja o procesima i mehanizmima diferencijacije tijekom razvoja

biljnog organizma. Tijekom seminara studenti će samostalno obraditi pojedine sadržaje.

Sadržaj predmeta:

Životni ciklus sjemenjača i gametogeneza: mikrosporogeneza i megasporogeneza. Oplodnja.

Embriogeneza. Postembrionalni razvoj. Klijanje. Diferencijacija stanica i tkiva tijekom

razvoja vegetativnih i generativnih organa. Molekularni mehanizmi djelovanja biljnih

regulatora rasta: auksini, citokinini, apscizinska kiselina, jasmonična kiselina, brasinolidi,

oligosaharidi, giberelini, etilen. Metode istraživanja i pristup razvojnim procesima biljnog

organizma: citološke i anatomske metode. molekularne analize: genski transkripti i proteini.

fiziološke metode.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima iz razvojne biologije biljaka što će im omogućiti

planiranje i izvođenje istraživanja iz tog područja.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene:


pripremiti i izložiti seminarski rad



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



publikacije

Projekt Kontinuirana provjera znanja u Prezentacija Praktičan rad

188

tijeku nastave

Obvezna literatura:

RAGHAVAN, V., 2000: Developmental Biology of Flowering Plants. Springer-Verlag, New

York, Berlin, Heidelberg.

PEVALEK-KOZLINA, B., 2003: Fiziologija bilja. Profil, Zagreb.

SMITH, C. J., GALLAN, J., CHIATANTE, D., ZOCCHI, G., 1994: Biochemical Mechanisms

Involved in Plant Growth Regulation. Clarendon Press, Oxford.

TAIZ, L., ZEIGER. E., 1998: Plant Physiology. Sinauer Associates, Inc., Publishers,

Sunderland, Massachusetts.







(Bratislava), 58, 867-873.



Biol.,103, 61-65.

LEPEDUŠ, H., CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2003: The appearance of vacuolar polyphenols in

vegetative buds and developing needles of Norway spruce (Picea abies L. Karst.). Period.

biol., 105, 295-300.

HAS-SCHÖN, E., LEPEDUŠ, H., CESAR, V., 2002: Trendline analysis in biological processes

during the proliferation of spruce vegetative buds into young needles. Period. biol. 104, 469-

474.

CESAR, V., LEPEDUŠ, H., HAS-SCHÖN, E., 2001: Total soluble proteins amount in vegetative

buds and needles of Norway spruce during the bursting time. Acta Bot. Hung., 43, 299-309.

LEPEDUŠ, H., LJUBEŠIĆ, N., CESAR, V., 2001: The effect of 2,4-D on the photosynthetic

apparatus in cotyledons of spruce (Picea abies L. Karst.) seedlings grown in the dark. Acta

Bot. Croat., 60, 211-218.

CESAR, V., PAPEŠ, D., BORNMAN, C.H., 1997: Nuclei distribution pattern in the tissue of

vegetative buds of spruce species (Picea abies, Picea pungens and Picea omorika) grown in

vivo and in vitro. Period. Biol. 99 (1), 107–116.

CESAR, V., BORNMAN, C.H., 1996: Anatomy of vegetative buds of Norway spruce (Picea

abies) with special reference to their exchange from winter to spring. Nat. Croat. 5 (2), 99-

108.





189


Naziv predmeta: MOLEKULARNI MEHANIZMI OKSIDATIVNOG STRESA U

BILJAKA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Tihana Teklić1

Prof. dr. sc. Hrvoje Lepeduš2

Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni fakultet 2Filozofski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja





Cilj predmeta:

Zadaća kolegija je dati znanja o mehanizmima nastanka oksidativnog stresa na molekularnoj,

subcelularnoj i celularnoj razini, te mehanizmima uklanjanja čimbenika koji ga uzrokuju, s

posebnim naglaskom na abiotske čimbenike okoliša (ekstremne temperature, nedostatak i

suvišak vode, solni i osmotski stres te poremećaji mineralne ishrane i toksičnost teških

metala). Tijekom seminara studenti će samostalno obraditi pojedine sadržaje.

Sadržaj predmeta:

Kisik i reaktivne kisikove jedinke. Oštećenja biomolekula i staničnih struktura u uvjetima

oksidativnog stresa. Oksidansi i provođenje signala u stanici. Neenzimski antioksidansi:

askorbinska kiselina, glutation, vitamin E, karotenoidi, fenoli. Antioksidativni enzimi:

katalaza, peroksidaze, superoksid dismutaza, glutation reduktaza i monodehidroaskorbat

reduktaza. Halliwell-Asada ciklus. Abiotski čimbenici oksidativnog stresa: sub- i

supraoptimalne temperature, pristupačnost vode, zaslanjenost tla, deficit i suficit hraniva,

kontaminacija tla teškim metalima.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima iz biologije oksidativnog stresa biljaka što će im

omogućiti planiranje i izvođenje istraživanja iz tog područja.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene:





190

nastavi rad study



publikacije



Obvezna literatura:

SCANDALIOS, J. G., 1997: Oxidative Stress and the Molecular Biology of Antioxidant

Defenses. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.

TAIZ, L., ZEIGER. E., 1998: Plant Physiology. Sinauer Associates, Inc., Publishers,

Sunderland, Massachusetts.

SCGEEL, D., WASTERNACK, C., 2003: Plant Signal Transduction. Oxford University Press,

New York.

LAMBERS, H., CHAPIN, F. S., PONS, T. L., 1998: Plant Physiological Ecology. Springer-

Verlag, New York Inc.

WOLFE, S. L., 1993: Molecular and Cellular Biology. Wadsworth Publishing Company, Inc.,

Belmont, California.

MARSCHNER, H., 1995: Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press Ltd.


LEPEDUŠ, H., CESAR, V., 2004: Guaiacol peroxidases and callose deposition in Norway

spruce needles affected with urban dust pollution. Ekologia (Bratislava), 23, 430-437.

LEPEDUŠ, H., VILJEVAC, M, CESAR, V., LJUBEŠIĆ, N., 2005: Functioning of the

photosynthetic apparatus under low and high light conditions in chlorotic spruce needles as

evaluated by in vivo chlorophyll fluorescence. Russian J. Plant Physiol., 52, 165-170.

LEPEDUŠ, H., JOZIĆ, M., ŠTOLFA, I., PAVIČIĆ, N., HACKENBERGER, B. K., CESAR, V., 2005:

Changes in guaiacol peroxidase activity in the peel of Unshiu mandarin (Citrus unshiu Marc.)

fruit with different storage treatments. Food Technol. Biotechnol., 43, 71-77.



SABO, M., TEKLIĆ, T. VIDOVIĆ, I. 2002: Photosynthetic productivity of two winter wheat

varieties (Triticum aestivum L.). Rostlinna Vyroba. 48(2), 80-86

TEKLIĆ, T., PARADJIKOVIĆ, N., VUKADINOVIĆ, V., 2003: The influence of temperature on

flower opening, vase life and transpiration of cut roses and carnations. Acta Hort. 624, 405-

505.

ALSCHER, R.G., DONAHUE, J.L., CRAMER, C.L., 1997: Reactive oxygen species and

antioxidants: Relationships in green cells. Physiologia Plantarum, 100, 224-233.

ARORA, A., SAIRAM, R.K., SRIVASTAVA, G.C., 2002: Oxidative stress and antioxidative

system in plants. Current Science, 82(10), 1227-1238.

DAT, J., VANDENABEELE, S., VRANOVA, E., VAN MONTAGU, M., INZE, D., VAN BREUSEGEM,

F., 2000: Dual action of the active oxygen species during plant stress responses. Cell. Mol.

Life Sci., 57, 779-795.

MATYSIK, J., ALIA, BHALU, B., MOHANTY, P., 2002: Molecular mechanisms of quenching of

reactive oxygen species by proline under stress in plants. Current Science, 82(5), 525-532.

MITTER, R., 2002: Oxidative stress, antioxidants and stress tolerance. Trends in Plant Science,

7(9), 405-410.

VRANOVA, E., INZE, D., VAN BREUSEGEM, F., 2002: signal trasduction during oxidative sterss.

Journal of Experimental Botany, 53(372), 1227-1236.


191




192


Naziv predmeta: BILJNI TESTOVI TOKSIČNOSTI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Izv.prof. dr.sc. Janja Horvatić






Cilj predmeta:

Zadaća kolegija je usvajanje znanja o djelovanju poznatog čimbenika na testni organizam u

laboratorijskim uvjetima, kao i njegov mogući utjecaj na živi svijet u okolišu. U laboratoriju

će studenti razvijati praktične vještine testirana utjecaja pojedinih toksikanata na biljke.

Sadržaj predmeta:

Vrste testova. Test organizmi. Način izvođenja testova u laboratoriju. Pojedinačan prikaz

toksičnosti metala i ksenobiotika na alge, koji po svojoj toksičnosti i/ili zastupljenosti u

industriji ili okolišu zaslužuju posebnu pažnju. Porijeklo i količina ksenobiotika u vodi.

Lemna test - kao pokazatelji toksičnosti najčešće se prate prirast biljaka (određivanjem svježe

i suhe tvari, određivanjem ukupne površine biljaka), koncentracija fotosintetskih pigmenata i

količina proteina. Utvrđivanje toksičnosti metala (olovo, kadmij, živa, mangan, krom, nikal,

kobalt, i aluminij) i ksenobiotika na alge kult. Chlorella kessleri, Pseudokirchneriella

subcapitata i Desmodesmus subspicatus metodom miniaturiziranog bioassay-a. Statistička

obrada podataka.


Osposobljavanje studenata za primjenu biljnih biotestova, odnosno odabir odgovarajućih

testnih organizama (alga ili makrofita) u laboratorijskim uvjetima. Predmet razvija znanje i

vještine izvođenja testova te interpretiranje dobivenih rezultata.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: redovito pohađanje predavanja uz mogući opravdani izostanak do 2 sata,

redovito pohađanje vježbi bez mogućnosti izostanaka.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study


193



publikacije


nastave


Obvezna literatura:

HORVATIĆ, J., LUKAVSKÝ, J., 1997: Algal growth potential (AGP) and toxicity of the waters

of the Stara Drava channels and the Sakadaš Lake (Kopački rit, Croatia). Arch. Hydrobiol.

Suppl., 120, Algological Studies 86:163 – 170.

PAVLIĆ, Ž., STJEPANOVIĆ, B., HORVATIĆ, J., PERŠIĆ, V., PUNTARIĆ, D., ČULIG, J., 2005:

Comparative sensitivity of Pseudokirchneriella subcapitata, Desmodesmus subspicatus and

Chlorella kessleri to herbicides using Erlenmeyer flask and microplate growth-inhibition

assays. Bull. Envirom. Toxic. and Chem. (u tisku).

HORVATIĆ, J., VIDAKOVIĆ-CIFREK, Ž., REGULA, I., 2000: Trophyc Level, Bioproduction and

Toxicity of the Water of Lake Sakadaš (Nature Park Kopački Rit, Croatia). In: Horvatić, J.

(ed): Limn. Reports, Internat. Assoc. Danube Res., Osijek, 33, 89-94.

Rai, L. C., Gaur, J.P. & Soeder, C.J., 1994: Algae and water polution. E. Schweizerbart,

Stuttgart.

CHEMICAL SAFETY - International Reference Manual, 1994: M. Richardson (ur.) VCH

Verlagsgesellschaft, Weinheim, Njemačka.

LEWIS, M. A. (1995) Use of freshwater plants for phytotoxycity testing: A review. Environ.

Poll. 87, 319-336.

WANG, W. (1992) Use of plants for the assessment of environmental contaminants. Rev.

Environ. Contam. Toxicol. 126, 87-127.


VIDAKOVIĆ-CIFREK, Ž., TKALEC, M., HORVATIĆ, J., REGULA, I., 1999: Effect of Oil Industry

High Density Brines in Miniaturized Algal Growth Bioassay and Lemna Test. Phyton

(Austria). – Ann. Rei Botanicae, 39(3),193-197.

M. TKALEC, Z. PERINČIĆ, Ž. VIDAKOVIĆ-CIFREK, B. PEVALEK-KOZLINA, I. REGULA, 2003:

Physiological response of duckweed (Lemna minor L.) to herbicide norflurazon. Period. biol.

105(3) 269-274.

HRN ISO 8692, 2000: Ispitivanje inhibicije slatkovodnih alga Scenedesmus subspicatus i

Selenastrum capricornutum.

PETERSON, H. G., BOUTIN, C., MARTIN, P. A., FREEMARK, K. E., RUECKER, N. J., MOODY, M.

J., 1994: Aquatic phytotoxicity of 23 pesticides applied at expected environmental

concentrations. Aquatic Toxicol. 28, 275-292.

SMITH, S., KWAN, K. H., 1989: Use of aquatic macrophytes as a bioassay method to assess

relative toxicity, uptake kinetics and accumulated forms of trace metals. Hydrobiologia

188/189, 345-351.

Finney, D.J., 1978: Statistical Methods in Biological Assay. Griffin, Weycombe, U.K.


- provjera razumijevanja dobivenih informacija, načina prezentacije

- rasprave sa studentima i kolegama.

- praćenje napredovanja svakoga studenta

- “uspješnost kolegija će evaluirati svake godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta

Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku”

194


Naziv predmeta: KVANTITATIVNA I POPULACIJSKA GENETIKA U

OPLEMENJIVANJU BILJA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Georg Drezner1

Doc.dr.sc. Sonja Petrović2



Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Dario Novoselović



Cilj predmeta:

Steći uvid u promjene frekvencije gena i genotipova u populaciji pod utjecajem migracije,

mutacije i selekcije, Hardy-Weinbergov zakon genetičke ravnoteže, genetsku varijabilnost,

tipove djelovanja gena, heterozis, heritabilnost, vezanost gena, razvoj QTL molekularnih

markera, eksperimentalne dizajne za otkrivanje i statističku analizu QTL, primjena marker

assisted selection u oplemenjivanju bilja.

Sadržaj predmeta:

Povijesni pregled razvoja kvantitativne i populacijske genetike. Alelna frekvencija. Hardy-

Weinbergov zakon genetičke ravnoteže. Promjene u frekvenciji gena.Tipovi i izvori varijacije

u populacijama. Heritabilnost. Načini djelovanja gena u kontroliranju nasljeđivanja

kvantitativnih svojstava. Epistaza i vezanost gena. Majčinski efekti. Tipovi dizajna za

proučavanje genetskih učinaka i komponenti genetske varijacije. Uzroci heterozisa. Uzroci i

priroda interakcije genotip x okolina. Oplemenjivačka vrijednost. Genetske korelacije. Dobit

od selekcije. Predviđanje odgovora na selekciju. Genetski markeri. Mapirajuće populacije.

Analiza genetske udaljenosti populacija. Što su QTL-ovi? Eksperimentalni dizajni za

otkrivanje QTL i linkage disekvilibrija. Statističke metode za otkrivanje QTL i procjene

parametara. Uvod u QTL mapiranje. Marker assisted selection (MAS) u oplemenjivanju bilja.


Stjecanje teorijskih osnova iz područja kvantitativne i populacijske genetike s posebnim

osvrtom na primjenu molekularnih markera u oplemenjivanju bilja. Na osnovi vježbi i

seminarskog rada student će biti osposobljen za samostalno rješavanje konkretnog problema

iz područja kolegija.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad Terenska

nastava

195

Napomene:

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave ( min. 80 % nastave i vježbi)



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

Katarina Borojević (1991): Geni i populacija, drugo prošireno izdanje, Forum, Novi Sad.

Manjit S. Kang (2002): Quantitative Genetics, Genomic and Plant Breeding. CABI

Publishing.

Michael J. Kearsey and Harpal S. Pooni (1996): The Genetical Analysis of Quantitative

Traits. Chapman and Hall.

Falconer, D.S., and T.F.C. Mackay (1996): Introduction to Quantitative Genetics (4.ed.)

Longman Group Ltd., Essex.

Michael Lynch and Bruce Walsh (1998):Genetics and Analysis of Quantitative Traits. Sinauer

Associates, Inc.


Hartl, D.L. and A.G. Clark (1997): Principles of Population Genetics (2.ed) Sinauer Ass., Inc.,

Sunderland.

Ben Hui Liu (1997): Statistical Genomics, Linkage Mapping and QTL Analysis. CRC Press,

Boca Raton.

Časopisi: Theoretical and Applied Genetics, Genetics, Nature, Euphytica, Crop Science, Plant

Breeding,


Anketni upitnik kojim studenti daju komentare i sugestije vezano uz ocjenu

kvalitete izvođenja nastave.



Strossmayera u Osijeku”.

196


Naziv predmeta: MOLEKULARNA BIOLOGIJA FOTOSINTETSKIH

ORGANIZAMA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Izv.prof. dr. sc. Hrvoje Fulgosi, znanstveni savjetnik





Cilj predmeta:

Zadaća kolegija je stjecanje znanja o molekularnom ustroju fotosintetskog aparata, te

povezivanje organizacije struktura i biomolekula s njihovom funkcijom. Tijekom praktikuma

studenti će naučiti nekoliko suvremenih metoda istraživanja fotosinteze.

Sadržaj predmeta:

Molekularna organizacija tilakoidnih membrana: fotosintetski pigmenti, fotosustavi, lanac

transporta elektrona;

Regulacije u procesu fotosinteze;

Regulacija transkripcije jezgrinih gena kloroplastnim signalima;

Unos proteina u kloroplast;

Fotosinteza u stresnim uvjetima: fotoinhibicija, utjecaj temperature, manjak vode, prisustvo

soli, teških metala i herbicida.

Evolucija fotosustava.

Vježbe:

Određivanje fotosintetskih pigmenata tekućinskom kromatografijom visoke djelotvornosti;

Određivanje neto-fotosinteze upotrebom kisikove elektrode;

Mjerenje fluorescencije klorofila in vivo metodom saturacijskog pulsa;

Izolacija intaktnih kloroplasta;

Lokalizacija kloroplastnih proteina konfokalnim mikroskopom.


Upoznavanje s najnovijim spoznajama o procesu fotosinteze u cjelini te upoznavanje i

izvođenje nekih od suvremenih laboratorijskih tehnika koje se koriste u istraživanju

fotosinteze.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorsk

i rad

Terenska

nastava

197

Napomene:

Obveze studenata: Redovito polaženje nastave te aktivno sudjelovanje – redovita izrada

izvješća o izvedenim vježbama i tumačenje rezultata na temelju znanja stečenih u teorijskoj i

praktičnoj nastavi.




study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Buchanan, B., Gruissem, W., Jones, R. L. 2002. Biochemistry and Molecular Biology of

Plants. John Wiley and Sons.

Taiz, L., Zeiger, E. 2002. Plant Physiology. Sinauer Associates, Inc., Sunderland,

Massachusetts.


Raghavendra, A., S., 2000. Photosynthesis: a comprehensive treatise. Cambridge University

Press, Cambridge.

Fulgosi, Hrvoje; Soll, Juergen; Inaba-Sulpice, Masami.

Protein translocation machinery in chloroplasts and mitochondria: Structure, function

and evolution. // Organelles, genomes and eukaryote phylogeny: an evolutionary synthesis in

the age of genomics / Hirt, Robert P. ; Horner, David S. (ur.).

Boca Raton : CRC Press, 2004.


Razgovorom sa studentima te anonimnim anketama. Uspješnost kolegija će evaluirati svake

godine zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i

Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i anketa.

198


Naziv predmeta: STRUKTURNA GENOMIKA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Miroslav Plohl, znanstveni savjetnik





Cilj predmeta:

Upoznati studente s općim načelima organizacije i funkcije eukariotskog genoma (kodirajuće

i nekodirajuće sekvence DNA, organizacija kromatina i genomski odjeljci te centromerna i

telomerna struktura i funkcija, projekti sekvenciranja genomske DNA). Upoznavanje s

arhitekturom interfazne jezgre. Poseban naglasak biti će na specifičnostima genomske

organizacije kod biljaka. S tim ciljem, studenti će se posebno upoznati s rezultatima

proučavanja genomske organizacije u biljnim modelnim organizmima. Biti će prikazane

osobitosni evolucije biljnog genoma.

Sadržaj predmeta:

1. Opća svojstva eukariotskog genoma. Strukturna genomika i projekti sekvenciranja

genomske DNA. 2. Klasifikacija sekvenci DNA prema funkciji (kodirajuće i nekodirajuće) i

zastupljenosti u genomu. Suvremeni koncepti razumijevanja uloge ponovljenih sekvenci

DNA i njihove genomske razdiobe s obzirom na globalnu organizaciju i funkciju

eukariotskog genoma. 3. Transponirajući elementi i njihove moguće uloge u funkcioniranju i

evoluciji genoma. 4. Struktura i organizacija sekvenci DNA u pojedinim genomskim

odjeljcima, eukromatinu i heterokromatinu. 5. Histonski kod i epigenetska razina

naslijeđivanja. Struktura centromernih i telomernih genomskih područja. 6. Prostorna

organizacija interfazne jezgre s obzirom na pojedine tipove sekvenci DNA i funkcioniranje

genoma kao cjeline. 7. Biljni modelni organizmi u genomskim studijama (na primjer,

Arabidopsis, riža, kukuruz). Organizacijske i evolucijske specifičnosti biljnih genoma

(također i s obzirom na veličinu genoma, razinu ploidije, međuvrsnu hibridizaciju,

introgresiju i slično). Usporedbe s životinjskim genomima.


Očekuje se da se studenti upoznaju s globalnim načelima strukturne organizacije eukariotskog

genoma te funkcionalnim posljedicama takve organizacije. Posebno će se upoznati s

osobitostima biljnog genoma. Stečeno će im znanje omogučiti bolje razumijevanje uloga koje

kod eukariota imaju različiti tipovi sekvenci DNA i epigenetski čimbenici, a koji su svi

zajedno odgovorni za usklađenu aktivnost tisuća gena u složenim višestaničnim organizmima.

Ovo će znanje studentima pomoći u planiranju rada i rješavanju problema s kojima se mogu

susresti u svojim istraživanjima, kao i u lakšem razumijevanju različitih drugih aspekata u

širokom području eukariotske molekularne genetike.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20

199



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u


rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: pohađanje nastave (opravdani izostanak do 2 sata), analiza objavljene

publikacije, seminarski rad



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study




publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

Ovo je primjer popisa obvezne literature koji će biti kontinuirano mijenjan i nadopunjavan s

novoobjavljenim preglednim radovima u najuglednijim svjetskim časopisima.

1. Grewal, S.I.S., Jia, S. (2007) Heterochromatin revisited. Nature Rev. Genet. 8, 35-46

(pregledni rad)

2. Carroll, C.W., Straight, A.F. (2006) Centromere formation: from epigenetics to self-

assembly. Trends Cell Biol. 16. doi: 10.1016/j.tcb.2005.12.008 (pregledni rad)

3. Talbert, P.B., Bryson, T.D. and Henikoff, S. (2004) Adaptive evolution of centromere

proteins in plants and animals. J. Biol. 3, 1-18 (pregledni rad)

4. Driel, R., Fransz, P. (2004) Nuclear architecture and genome functioning in plants and

animals: what can we learn from both? Exp. Cell res. 296, 86-90 (pregledni rad)

5. Ugarković, Đ. and Plohl, M. (2002) Variation in satellite DNA profiles-causes and effects.

EMBO J. 21, 5955-5959 (pregledni rad)

6. Heslop-Harrison, J.S. (2000) Comparative genome organization in plants: from sequence

and markers to chromatin and chromosomes. Plant Cell 12, 617-635 (pregledni rad)

7. R.J. Brooker (2005) Genetics, analysis and principles. McGraw-Hill Companies, Inc.

8. R.H. Tamarin (1999) Principles of genetics. 6. izdanje. McGraw-Hill Companies, Inc.

9. G.M. Cooper (2000) The cell: a molecular approach. 2. izdanje. ASM Press, Washington,

D.C. i Sinauer Associates, Inc. Sunderland, Massachusetts.


Dodatna literatura će se zasnivati popisu primarnih znanstvenih radova od interesa. Popis će

se neprestano obnavljati i nadopunjavati novoobjavljenim radovima. Radovi će se analizirati

tijekom nastave i koristiti kao materijal za prezentacije na seminarima. Naveden je primjer

takvog popisa:

1. Meštrović, N., Castagnone-Sereno, P., Plohl, M. (2006) Interplay of selective pressure and

stochastic events directs evolution of the MEL 172 satellite DNA library in root-knot

nematodes. Mol. Biol. Evol. 23, 2316-2325

2. Lee, H-R., Zhang, W., Langdon, T., Jin, W., Yan, H., Cheng, Z., Jiang, J. (2005) Chromatin

immunoprecipitation cloning reveals rapid evolutionary patterns of centromeric DNA in

Oryza species. PNAS 102, 11793-11798

3. Wu et al. (21 koautor) (2004) Composition and structure of the centromeric region of rice

chromosome 8. Plant Cell 16, 967-976

200

4. Talbert, P.B., Masuelli, R., Tyagi, A.P., Comai, L. and Henikoff, S. (2002) Centromeric

localization and adaptive evolution of an Arabidopsis histone H3 variant. Plant Cell 14, 1053-

1066

5. Durajlija Žinić, S., Ugarković, Đ., Cornudella, L. and Plohl, M. (2000) A novel,

interspersed type of organization of satellite DNAs in Tribolium madens heterochromatin.

Chromosome Res. 8, 201-212





201


Naziv predmeta: FITOPATOGENE GLJIVE U BILJNOJ PROIZVODNJI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Jasenka Ćosić

Ustanova nositelja predmeta: Poljoprivredni fakultet u Osijeku




Cilj predmeta:

Upoznati polaznike doktorskog studija s ulogom fitopatogenih gljiva u proizvodnji hrane od

polja do gotovih proizvoda.

Sadržaj predmeta:

Najvažniji rodovi fitopatogenih gljiva i njihove karakteristike. Utjecaj okolišnih čimbenika na

fitopatogene gljive. Utjecaj fitopatogenih gljiva na urod i kakvoću najznačajnijih ratarskih

kultura (pšenica, kukuruz, suncokret, soja). Fitopatogene gljive koje se prenose sjemenom.

Sekundarni metaboliti gljiva. Mogućnosti suzbijanja fitopatogenih gljiva.


Polaznici doktorskog studija stječu znanstvene spoznaje o fitopatogenim gljivama u procesu

proizvodnje hrane. Stečena znanja daju im uvid u specifične odnose između biljaka,

fitopatogenih gljiva i okoliša i kakvoće biljnih proizvoda. Pisanjem obveznih seminarskih

radova polaznici stječu vještinu pisanja i izlaganja stručnih i znanstvenih radova te pravilnog

odabira i korištenja literature.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: pohađanje nastave, aktivno sudjelovanje u predavanjima, izrada

seminarskog rada



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije

202



Obvezna literatura:

Agrios, G.N. (1997.): Plant pathology. General Aspects. Academic Press, New York.

Agrios, G.N. (1997.): Plant Pathology. Specific Plant Diseases. Academic Press, New York.

Leonard, K. J., Bushnell, W. R. (2003.): Fusarium Head Blight of Wheat and Barley. APS, St.

Paul, Minnesota.

Kozakiewicz, Z. (1994.): Aspergillus, p. 575-606. In Foodborne Diseases Handbook;

Diseases Caused by Viruses, Parasites and Fungi. Edited by Hui Y.H., Gorham R.J., Murrell

K.D., Cliver D.O., Marcel Dekker, Inc. New York.

Marasas, W. F. O., Nelson, P. E., Toussoun, T. A. (1984.): Toxigenic Fusarium Species.

Identity and Mycotoxicology. The Pennsylvania State University Press. University Park and

London.


1. Jurković, D., Culek, M., Ćosić, J. (1998.): Mycopopulation of the treated winter wheat

seed in Eastern Croatia. Cereal Research Communication, vol. 26, No. 1, 67-72.

2. Jurković, D., Ivezić, M., Pančić, S., Culek, M., Žugec, I. (1998.): Effect of reduced soil

tillage on diseases and pests incidence on winter wheat. 14th ISTRO Conference, Pulawy,

Poland, p. 335-338.

3. Jurković, D. (1998.): Mikroorganizmi sjemena i plodova. U knjizi: Skender A. i sur.

"Sjemenje i plodovi poljoprivrednih kultura i korova na području Hrvatske", str. 27-32.

Nakladnik "Grafika" d.o.o.

4. Vratarić, M., Sudarić, A., Duvnjak, T, Jurković, D., Culek, M. (2000.): The occurence

and attack intensity of diseases in soybean fields. Eurosoya 12:17-22.

5. Parađiković, N., Ćosić, J., Jurković, D. (2000.): Suzbijanje Fusarium oxysporum na

gerberama (Gerbera Jamesonii H. Bolus ex JD Hook) biološkim pripravkom.

Poljoprivreda, vol. 6, br. 2, 58-61.

6. Ledenčan, T, Jurković, D., Šimić, D., Palaveršić, B. (2001.): Comparison between two

methods of maize leaf infection with Exserohilum turcicum. Cereal Research

Communication 29(3-4):429-433.

7. Ćosić, J., Vrandečić, K. (2002.): Biološke karakteristike Fusarium graminearum Schw. i

F. culmorum (W.G. Smith) Sacc. Poljoprivreda, 8(2):16-20.

8. Jurković, D., Ćosić, J., Popović, R., Vrandečić, K. (2002.):Presence of some important

species on wheat seed. Sustainable Systems of Cereal Crop Protection against Fungal

Diseases as the Way of Reduction of Toxin Occurrence in Food Webs, Kromeriž, Czech

Republic. PETRIA Giornale di Patologia delle Piante, 12(1/2):229-233.

9. Vrandecic, K., Cosic, J, Riccioni, L., Duvnjak, T., Jurkovic, D. (2004.): Phomopsis

longicolla Hobbs. - new pathogen on Abutilon theophrasti Med. in Croatia. Plant

Pathology 53(2):251.

10. Jurković, D., Ćosić, J., Vrandečić, K. (2004.): Weeds as an inoculum source of parasitic

fungi for cultivated plants. VIII ESA Congres, Copenhagen, Denmark, Book of

Proceedings, 759-760.

11. Jurković, D., Ćosić, J. (2004.): Bolesti suncokreta. U knjizi Vratarić M. i sur. "Suncokret

Helianthus annuus L.", str. 283-328. Poljoprivredni institut Osijek.

12. Vrandečić, K., Ćosić, J., Riccioni, L., Duvnjak, T., Jurković, D. (2005): Isolation of Diaporthe phaseolorum var. caulivora from Abutilon theophrasti in Croatia. Plant Pathology 54 (4):576.

Časopisi (Plant Disease, Phytopathology, Plant Pathology i dr.)


203

Razgovori s polaznicima doktorskog studija o sadržaju predmeta i načinima prezentacije kao i

o načinu održavanja ispita.



204


Naziv predmeta: KULTURA TKIVA I GENETIČKA TRANSFORMACIJA

BILJAKA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr. sc. Snježana Mihaljević, znanstvena suradnica





Cilj predmeta:

Zadaća kolegija jest upoznati polaznike s osnovama i primjenama kulture biljnih stanica i

tkiva, te gentičkog inženjerstva komercijalno vaznih kultura. Studenti će dobiti uvid u

povezanost osnovnih i primjenjenih istraživanja u agronomiji i šumarstvu, te u prednosti i

nedostatke uzgoja genetički modificiranih biljnih vrsta. Tijekom praktikuma studenti će

upoznati neke od metoda kulture biljnog tkiva i pratiti horizontalni prijenos gena iz genetički

modificiranih biljaka u srodne biljne vrste ili bakterije.

Sadržaj predmeta:

Vegetativno razmnožavanje u uvjetima in vitro. Kultura stanica, protoplasta i kalusa. Kultura

antera. Biljni regulatori rasta. Transformacija biljnih stanica s posebnim osvrtom na

transformacju pomoću A. tumefaciens i A. rhizogenes. Genetički modificirane biljne vrste.

Otpornost na patogene, herbicide, itd. Biološka kontrola biljnih bolesti genetičkom

transformacijom patogena. Horizontalni transfer gena in vitro i in vivo.

Praktikum: vegetativno razmnožavanje izdanaka inficiranih biljnim patogenima, dokazivanje

transgena u biljnom tkivu ili dokazivanje patogena.


Studenti će ovladati temeljnim i specifičnim znanjima o kulturi biljnog tkiva, primjeni

genetičkog inženjerstva na biljkama i horizontalnom transferu gena.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Studenti su obavezni prisustvovati predavanjima, praktikumima i

seminarima.


205


nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

Ausubel F. M. et al. Current Protocols in Molecular Biology. John Wiley and Sons, New

York 1994.

Jelaska S. Kultura biljnih stanica i tkiva. Školska knjiga, Zagreb, 1994.

Sambrook J,Russell D. Molecular cloning: a laboratory manual 3rd ed. CSH Laboratory press,

Cold Spring Harbor 2001.


GM Science Rewiev website: http://www.gmsciencedebate.org.uk/default.htm

Nuss DL. Hypovirulence: Mycoviruses at the fungal-plant interface. Nature Reviews.

Microbiology. 3 (2005): 632-642.

Tepfer D, Garcia-Gonzales R, Mansouri H, Šeruga M, Message B, Leach F, Ćurković Perica

M Homology-dependent DNA transfer from plants to a soil bacterium under laboratory

conditions: implications in evolution and horizontal gene transfer. Transgenic Research 12

(2003): 425-437.





206


Naziv predmeta: BILJNI HORMONI: OD BIOSINTEZE DO AKTIVNOSTI

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Dr. sc. Branka Salopek Sondi, znanstvena savjetnica

Ustanova nositelja predmeta: Zavod za molekularnu biologiju

Institut Ruđer Bošković, Zagreb

Suradnici – izvoditelji: Dr.sc. Snježana Mihaljević, znanstvena suradnica

Dipl.ing. Ana Smolko, stručna suradnica



Cilj predmeta:

Informirati studente o biljnim hormonima, od njihove klasifikacije, biosinteze, mehanizma

djelovanja, molekularne regulacije aktivnosti, fiziološke uloge u biljnom rastu i razvitku do

primjene u poljoprivredi, voćarstvu i hortikulturi.

Sadržaj predmeta:

Klasifikacija biljnih hormona (auksini, citokinini, giberelini, abscisinska kiselina i dr). Osvrt

na biosintezu, metabolizam i regulaciju metabolizma pojedinih hormona. Djelovanje hormona

na staničnoj razini (auksini i izduživanje stanica, citokinini i regulacija diobe stanica,

giberelini i klijanje). Molekularni mehanizmi djelovanja hormona (prijenos signala, uloga

receptora, itd.). Međudjelovanje hormona («crosstalk»). Fiziološka uloga hormona u raznim

aspektima rasta i razvitka biljke (cvjetanje, razvoj sjemena i klijanje, starenje, itd.). Biljni

hormoni u biotehnologiji. Primjena biljnih hormona u poljoprivredi, voćarstvu, hortikulturi.

Analitika biljnih hormona. Biotestovi.


Proširivanje znanja o biljnim hormonima. Samostalno pripremanje seminara i izlaganje

kolegama.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 20

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:





nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study


207


publikacije



Obvezna literatura:

DAVIES P. J., 2004: Plant Hormones: Biosynthesis, Signal Transduction, Action. Kluwer

Academic Publisher, Dordrecht, Boston, London

HOOYKAAS, P.J.J., HALL, M.A., LIBBENGA, K.R. 1999: Biochemistry and molecular biology

of plant hormones. Elsevier, Amsterdam, Lausanne, New York, Oxford, Shannon, Singapore,

Tokyo


Najnoviji znanstveni i pregledni radovi iz područja biologije biljnih hormona.





http://www.amazon.com/exec/obidos/search-handle-url/002-7421165-5486468?%5Fencoding=UTF8&search-type=ss&index=books&field-author=Peter%20J.%20Davies

208


Naziv predmeta: ANALIZA GENETSKE RAZNOLIKOSTI BILJAKA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc.dr.sc. Sonja Petrović1

Doc. dr. sc. Domagoj Šimić, znanstveni savjetnik2

Doc. dr. sc. Sonja Grljušić, znanstveni savjetnik2

Ustanova nositelja predmeta: 1Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja

Strossmayera u Osijeku 2Poljoprivredni institut Osijek




Cilj predmeta:

Proširivanje postojećih i stjecanje novih znanja i vještina iz područja analize genetske

raznolikosti biljaka putem teoretskih predavanja i praktičnih vježbi na konkretnim podatcima.

Sadržaj predmeta:

Predmet obuhvaća sljedeća poglavlja: (1) Definicija i značaj genetske raznolikosti biljaka, (2)

Definicija polimorfizma, (3) Domestikacija i svojstva biljaka (vrsta, podvrsta,

divlji/udomaćeni ekotip, populacija, kultivar), (4) Gubitak genetske raznolikosti i posljedice,

(5) Banke biljnih gena, (6) Fenotip/Genotip, (7) Izbor i kriteriji izbora biljnih gena, (8)

Procjena genetske raznolikosti, (9) Metode procjene genetske raznolikosti (frekvencija alela,

genetske distance), (10) Mjere genetske raznolikosti (rata polimorfizma, proporcija

polimorfnih lokusa, broj alela, očekivana heterozigotnost/populacije, jedinke), (11) Upotreba

markera u procjeni raznolikosti (morfološki, molekularni/ kodominantni, dominantni), (12)

Analiza rezultata procjenjene divergentnosti (dendrogrami, PCoA), (13) Pregled računalnih

programa za procjenu raznolikosti, (14) Budući trendovi.


Predmetom se proširuju postojeća i stječu nova znanja iz područja analize genetske

raznolikosti biljaka. Studenti savladavaju osnovne korake u procjeni genetske raznolikosti i

glavne načine opisivanja genetske raznolikosti unutar i između populacija. Tijekom nastave i

vježbi osposobljavaju se za pravilan izbor izračuna distance za procjenu odnosa unutar uzorka

kojeg proučavaju, kao i za slikovito prikazivanje dobivenih rezultata. Dobivaju uvid u

postojeće raspoložive genetske izvore i računalne programe za procjenu raznolikosti.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 30



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

209

Napomene: Za izvođenje dijela nastave potrebna je dostupnost računalu/Internetu.

Obveze studenata: Studenti su obavezni redovito pohađati predavanja (ili doći na

konzultacije), aktivno sudjelovati u izvođenju vježbi, te pripremiti i izložiti seminarski rad.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study

Način ocjenjivanja: Seminarski rad, prezentacija i usmeni ispit koje dogovorno ocjenjuju

predavači.


publikacije



Obvezna literatura:

De Vicence MC, Fulton T (2000-2004) Volume 1, Using molecular marker technology in

studies on plant genetic diversity, Learning module. International Plant Genetic Resources

Institute, Rome, Italy, Institute for Genomic Diversity, Cornell University, Ithaca, NY,

USA

De Vicence MC, Lopez C, Fulton T (2000-2004) Volume 2, Genetic diversity analysis with

molecular marker data, Learning module. International Plant Genetic Resources Institute,

Rome, Italy, Universidad Nacional Agraria „La molina“, Peru, Institute for Genomic

Diversity, Cornell University, Ithaca, NY, USA

Engels JMM, Ramanatha Rao V, Brown AHD, Jackson MT (eds) (2002) Managing plant

genetic diversity. CABI Publishing, Oxford, UK.

Ford-Lloyd B, Painting K (1996) Measuring genetic variation using molecular markers.

International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy


Znanstveni časopisi: Euphytica, Genetics, Genetic Resources and Crop Evolution, Heredity,

Nature, Plant Genetic Resources, Plant Diversity and Evolution, Teoretical and Applied

Genetics


Uspješnost izvedbe predmeta procjenjivat će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo

Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u

Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i upitnika o primjerenosti sadržaja i uspješnosti

predavača koji popunjavaju studenti.

210


Naziv predmeta: MOLEKULARNA FIZIOLOGIJA ISHRANE BILJAKA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Tihana Teklić,

Prof. dr. sc. Zdenko Lončarić





Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I godina, II semestar

Cilj predmeta:

Stjecanje znanja o temeljnim principima ishrane biljaka na primjerima iz suvremene

znanstvene literature. Upoznavanje s ishranom biljaka u okvirima kruženja elemenata u

prirodi i stjecanje znanja o fiziološkim funkcijama esencijalnih elemenata u biljkama na

molekularnoj razini, kao i utjecaju toksičnih elemenata na biljke. Upoznavanje studenata sa

suvremenim analitičkim metodama vezanim za detekciju i mjerenje sadržaja elemenata u

biljnoj tvari kao i molekularnim metodama koje se primjenjuju u znanstvenim istraživanjima

iz ovog područja.

Sadržaj predmeta:

Kemijska svojstva i podjele esencijalnih i toksičnih elemenata za biljke. Mehanizmi usvajanja

i transporta hraniva u biljkama, svojstva propustljivosti i selektivnosti biomembrana, aktivni i

pasivni transport. Fiziološka uloga makro- i mikrohraniva, poremećaji ishrane biljaka,

povezanost sadržaja pojedinih elemenata u biljci s intenzitetom fizioloških procesa i

kvalitetom biljaka. Genetska osnova molekularnih komponenata biljaka koje sudjeluju u

staničnoj homeostazi makro- i mikroelemenata. Praktikum posvećen analitičkim metodama za

utvrđivanje elementarnog sastava biljne tvari. Samostalan rad (seminar) vezan za proučavanje

odgovarajuće literature, analitike, kompjutorskog modeliranja u području ishrane bilja i sl.


Studenti će ovladati temeljnim znanjima iz područja fiziologije ishrane biljaka, s naglaskom

na fiziološkim funkcijama kemijskih elemenata u biljkama, na molekularnoj razini. Također

će se upoznati s najvažnijim analitičkim metodama i tehnikama primjenjivim u elementarnoj

analizi biljne tvari.


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na



i rad

Terenska

nastava

211

Napomene:


vježbama (praktikum) te pripremiti i izložiti seminarski rad.

raćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne kategorije)


nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



publikacije



Obvezna literatura:

Vukadinović, V., Lončarić, Z. (1998): Ishrana bilja. Poljoprivredni fakultet Osijek

Pevalek-Kozlina, B. (2003.): Fiziologija bilja. Profil International. Zagreb.

Kastori, R., Maksimović, I. (2008): Ishrana biljaka. Vojvođanska akademija nauka i

umetnosti. Novi Sad.

Taiz, L., Zeiger, E. (2006): Plant Physiology. 4th Edition. Sinauer Associates, Inc.

Roger, M.J.R.(ed.) (2001): Handbook of plant ecophysiology techniques. Kluwer Academic

Publishers.

Marschner, H. (1986): Mineral Nutrition of Higher Plants. Academic Press, London.


Časopisi: Journal of Plant Nutrition, Plant Physiology i dr.

Rengel, Z. 2005, Breeding Crops for Adaptation to Environments with Low Nutrient

Availability; in Abiotic Stresses: Plant Resistance Through Breeding and Molecular

Approaches Food Products PressBinghamton, NY, USA

Rengel, Z. 1999, Physiological Mechanisms Underlying Differential Nutrient Efficiency of

Crop Genotypes; in Mineral Nutrition of Crops - Fundamental Mechanisms and Implications

Food Products PressNew York

Rengel, Z. 1999, Mineral Nutrition of Crops- Fundamental Mechanisms and Implications,

Crop Science, The Food Products Press, New York, USA





212


Naziv predmeta: UPOTREBA MEDITERANSKIH GENETSKIH

RESURSA BILJA

OPĆI PODACI:



Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Goran Zdunić, viši znanstveni suradnik

Doc. dr. sc. Irena Budić Leto, znanstveni savjetnik

Ustanova nositelja predmeta: Institut za jadranske kulture i melioraciju krša, Split

Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Katarina Hančević,znanstveni suradnik,

Institut za jadranske kulture i melioraciju krša;

Dr. sc. Tomislav Radić, viši znanstveni suradnik,

Institut za jadranske kulture i melioraciju krša


Godina i semestar u kojem se

predmet predaje:

I. godina, II. semestar

Cilj predmeta:

Cilj kolegija je dati nova znanja o vrijednosti, načinima upotrebe, tehnologiji i očuvanju

odabranih grupa mediteranskih biljaka u suvremenoj poljoprivrednoj proizvodnji. Tijekom

praktikuma studenti će naučiti nekoliko suvremenih metoda vezanim za procjenu genetske

raznolikosti promatranih biljaka, analizu terpena, norisoprenoida i pojedinih bioaktivnih

spojeva.

Sadržaj predmeta:

Kultivirane i divlje biljke u Mediteranskoj poljoprivredi. Fundamentalni principi biologije i

kultivacije pojedinih mediteranskih kultura uključujući taksonomiju, morfologiju,

fiziologiju, distribuciju, domestikaciju, razmnožavanje, upotrebu i proizvodne sisteme.

Molekularne metode na bazi polimorfizma DNA za procjenu genetske raznolikosti.

Genetski markeri. Upotrebna i oplemenjivačka vrijednost kulture. Analiza patogenih i

korisnih mikrorganizama na mediteranskim kulturama koji utječu na proizvodna svojstva.

Instrumentalne metode (HPLC, spektrofotometrija) bioaktivnih sekundarnih biljnih

metabolita uključujući flavonoide i ostale fenolne spojeve.

Ishodi učenja: kompetencije, znanje, vještine koje predmet razvija:

Studenti će se upoznati sa najnovijim spoznajama o upotrebi pojedinih mediteranskih

kultura i laboratorijskim tehnikama koje se koriste u istraživanju njihove vrijednosti i

održive eksploatacije. Stečeno znanje će im omogućiti razumjevanje uloge genotipa u

poljoprivrednoj proizvodnji Mediterana.


ECTS bodovi 4

Broj sati

Predavanja 5

Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20


213


Multimedija i

internet

Obrazovanje

na daljinu Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentor

ski rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: redovito pohađanje nastave.

Praćenje i ocjenjivanje studenata (označiti masnim tiskom samo relevantne

kategorije)

Pohađanje nastave Aktivnosti

u nastavi

Obvezan seminarski rad Vježba ili case

study



objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

1. Poljuha D., Sladonja B. (2013) The Mediteranean Gentic Code – Grapevine and

Olive, InTech

2. Roubelakis – Angelakis K. (2009) Grapevine Molecular Physiology &

Biotechnology, Springer

3. Haslam, E. (1989) Plant Polyphenols—Vegetable Tannins Revisited Cambridge

University Press, Cambridge

4. Jackson R. (2014) Wine Science, Principles and Applications, 4th Edition, Elsevier


1. Zdunić G., Hančević K., Butorac L., Mucalo A., Radić T., Budić-Leto I., Leko M.,

Beljo J., Mandić A., Šimon S., Maletić E. (2015) Divlja loza, predak plemenite

vinove loze, istraživanja uz Krku i Neretvu, Split, Institut za jadranske kulture i

melioraciju krša.

2. Zdunić G., Preece J.E., Dangl G.S., Koehmstedt A., Mucalo A., Maletić E., Pejić I.

(2013) Genetic characterization of grapevine cultivars collected throughout the

Dalmatian region. American journal of enology and viticulture. 64 (2): 285-290.

3. Budić-Leto I., Humar I., Zdunić G., Hribar J., Zlatić E. (2015) Volatile Compounds

in Prošek Dessert Wines Produced from White and Red Grapes. Czech journal of

food sciences. 33 (4): 354-360

4. Budić-Leto, I., Lovrić, T., Gajdoš-Kljusurić, J., Pezo, I., Vrhovšek, U. (2006)

Anthocyanin composition of the red wine Babić affected by maceration treatment.

214

European Food Research and Technology. 222 (3-4) 397-402.

5. Hančević K., Zdunić G., Vončina D., Radić T. (2015) Virus composition influences

virus elimination success and in vitro growth characteristics of the Grapevine cv.

Plavac mali. Journal of plant pathology. 97 (1): 199-202

6. Nikolau, B.J. Wurtele, E.S., 2007 Concept in Plant Metabolomics, Springer

7. Vrhovsek, U., Masauero, D., Franceschi, P., Caputi, R.V., Mattivi, F. (2012) A

Versatile targeted metabolomics method for rapid quantification of multiple classes

of phenolics in fruits and bevereges. J. Agric. Food. Chem. 60, 8831-8840.


Uspješnost izvedbe predmeta procjenjivat će svake godine zajedničko stručno povjerenstvo

Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera

u Osijeku na temelju uspjeha na ispitu i upitnika o primjerenosti sadržaja i uspješnosti

predavača koji popunjavaju studenti.

215


Naziv predmeta: PERSONALNA MEDICINA – PREDIKTIVNA MEDICINA I

FARMAKOGENETIKA

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr.sc. Sanja Kapitanović, znanstvena savjetnica


Suradnici – izvoditelji: Mr.sc. Tamara Čačev, znanstveni asistent

Doc.dr.sc. Vesna Eraković, dr.med



Cilj predmeta:

Prikazati najnovija dostignuća molekularne medicine vezano uz personalnu medicinu,

odnosno medicinu usmjerenu ka pojedincu, u cilju presimptomatske dijagnostike nasljednih

bolesti, predvidjanja tijeka bolesti te odgovora na terapiju u pojedinca

Sadržaj predmeta:

Uvod u osnovne pojmove vezane uz personalnu medicinu (prediktivna i preventivna medicina

te farmakogenetika i farmakogenomika).

Varijabilnost genoma, važnost SNP polimorfizama.

Moderne tehnike molekularne biologije koje nam omogućuju analizu SNP polimorfizama.

Prediktivna medicina u onkologiji, presimptomatska molekularna dijagnostika nasljednih

tumora te predikcija tijeka bolesti.

Uloga SNP polimorfizama gena za citokine u neoangiogenezi i metastaziranju.

Specifičnosti personalne medicine u pedijatriji.

Farmakogenetika, uloga SNP polimorfizama gena odgovornih za metabolizam lijekova

(TPMT, TS, MTHFR i dr.) (efikasnost terapije, toksičnost ili rezistencija na terapiju).

Farmakogenomika, kreiranje novih lijekova, kontolirana farmakogenetska ispitivanja.


Razumijevanje najnovijih spoznaja molekularne medicine te njihove moguće primjene u

svakodnevnoj kliničkoj praksi.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u


i rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

216



rad

Vježba ili case

study




publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Fierz W. Challenge of personalized health care: to what extent is medicine already

individualized and what are the future trends? Med Sci Monit 10:111-123, 2004.

2. Cancer Pharmacogenomics: SNPs, chips, and the individual patient. Cancer Invest

21:630-640, 2003.

3. Imyanitov EN i sur. Searching for cancer-associated gene polymorphisms: promises and

obstacles. Cancer Letters 204:3-14, 2004.

4. Loktionov A. Common gene polymorphisms, cancer progression and prognosis. Cancer

Letters 208:1-33, 2004.

5. Bian XW i sur. Angiogenesis as an immunopharmacologic target in inflammation and

cancer. Int Immunopathol 4:1537-1547, 2004.

6. Yamayoshi Y i sur. Cancer pharmacogenomics: international trends. Int J Clin Oncol

10:5-13, 2005.

7. Leeder JS. Developmental and pediatric pharmacogenomics. Pharmacogenomics 4:331-

341, 2003.

8. Sartor RB. Clinical applications of advances in the genetics of IBD. Rev Gastroenterol

Disord 3:S9, 2003.

9. Johnson JA i Evans WE. Molecular diagnostics as a predicitve tool: genetics of drug

efficacy and toxicity. TRENDS in Molecular Medicine 8:300-305, 2002.

10. Roses AD. Genome-based pharmacogenetics and the pharmaceutical industry. Nature

Rev/Drug Discovery 1:541-549, 2002.

11. Nebert DW i Vesell ES. Advances in pharmacogenomics and individualized drug therapy:

exciting challenges that lie ahead. Eur J Pharmacology 500:267-280, 2004.


1. Gurwitz D, Weizman A, Rehavi M. Education: Teaching pharmacogenomics to

prepare future physicians and researchers for personalized medicine. TREND in

Pharmacological Sciences 24(3):123-125, 2003.

2. Frueh FW i Gurwitz D. From pharmacogenetics to personalized medicine: a vital need

for educating health professionals and the community. Pharmacogenomics 5:571-579,

2004.


Upitnik za ispitivanje stavova korisnika programa prema programu i nastavnicima (sadržaj

programa, način prezentacije, nastavni materijal). Uspješnost kolegija će evaluirati svake



217


Naziv predmeta: GENETIKA NEURODEGENERATIVNIH BOLESTI

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr.sc. Silva Hećimović, znanstvena suradnica





Cilj predmeta:

Cilj predmeta je da polaznici steknu znanje o molekularno-genetičkoj osnovi

neurodegenerativnih bolesti te da se na primjerima nekoliko neurodegenerativnih oboljenja

upoznaju s različitim mehanizmima bolesti, animalnim modelima te mogućnostima razvoja

novih metoda liječenja. Stečeno znanje na ovom kolegiju bi predstavljalo osnovu za sve

polaznike koji se bave istraživanjem u području neuroznanosti.

Sadržaj predmeta:

Ovaj kolegij bi obrađivao slijedeće tematske cjeline: Pojam neurodegenerativnih bolesti,

njihove sličnosti i različitosti: ova tematska cjelina će na primjerima nekoliko

neurodegenerativnih oboljenja, kao što su Huntingtonova bolest, Alzheimerova bolest,

Parkinsonova bolest i ”prionova” bolest, razjasniti njihove sličnosti i različitosti vezano za

patologiju bolesti, morfološke promjene na mozgu te mehanizam nastanka bolesti; Genetika

neurodegenerativnih bolesti: ova tematska cjelina će obraditi nove spoznaje o genetici

neurodegenerativnih bolesti, pri tom će se koristiti primjeri gore navedenih bolesti te će se

razjasniti genetička osnova nasljednih i sporadičnih oblika neurodegenerativnih bolesti kao i

razlika između monogenskih i kompleksnih neurodegenerativnih oboljenja uključujući i

metode koje se koriste za njihovog genetičko otkrivanja kao i otkrivanje još nepoznatih gena;

Molekularna i stanična biologija neurodegenerativnih bolesti: ova tematska cjelina će dati

uvid u moguće mehanizme procesa neurodegeneracije te će na primjerima Huntingtonove,

Alzheimerove i prionove bolesti razjasniti pretpostavljene hipoteze molekularne osnove

nastanka bolesti, objasnit će patološke promjene na razini stanice neurona te dati uvid u

funkcije ključnih proteina; Animalni modeli neurodegenerativnih bolesti: ova tematska cjelina

će dati saznanja o postojećim animalnim modelima neurodegenerativnih bolesti te o tome

koliko pojedini životinjski modeli dobro ili loše repliciraju određenu bolest kao i o njihovoj

primjeni u istraživanju novih mogućnosti liječenja bolesti; Nove mogućnosti terapije

neurodegenerativnih bolesti: na primjerima Azheimerove bolesti, Parkinsonove bolesti i

Huntingtonove bolesti bit će opisane nove mogućnosti liječenja ovih bolesti te će se dati

saznanja o najnovijim rezultatima njihove primjene u kliničkim ispitivanjima.


Ovaj predmet će dati širok uvid u najnovija saznanja o molekularno-genetičkoj osnovi

neurodegenerativnih bolesti te o primjeni ovih znanja u dizajniranju novih mogućnosti

njihovog liječenja. Stečeno znanje na ovom predmetu će predstavljati osnovu za sve polaznike

koji imaju interes za neuroznanost.

218


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave uz mogući opravdani izostanak do 2 sata

nastave.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



publikacije



Obvezna literatura:

Knjiga:

1. Chesselet M-F: Molecular Mechanisms of Neurodegenerative Disorders (2000) Humana

Press.

2. Bear MF, Connors BW, Paradiso, MA: Neuroscience – Exploring the Brain, 2nd edition

(2001) lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia (PA).

3. Harper PS, Perutz M: Glutamine repeats and neurodegenerative diseases. molecular

aspects, 1st edition (2001) Oxford University Press Inc., New York, NY.

Originalni znanstveni radovi:

1. Kehoe P, Wavrant-De Vrieze F, Crook R, Wu WS, Holmans P, Fenton I, Spurlock G,

Norton N, Williams H, Williams N, Lovestone S, Perez-Tur J, Hutton M, Chartier-Harlin

MC, Shears S, Roehl K, Booth J, Van Voorst W, Ramic D, Williams J, Goate A, Hardy J,

Owen MJ (1999) A full genome scan for late onset Alzheimer's disease. Hum Mol Genet

8:237-245.

2. Hećimović S, Klepac N, Vlašić J, Vojta A, Janko D, Škarpa-Prpić I, Canki-Klain N,

Marković D, Božikov J, Relja M, Pavelić K. (2002) Genetic background of Huntington’s

disease in Croatia: molecular analysis of CAG, CCG and 2642 polymorphisms. Human

Mutation 20(3): 233.

3. Forman MS, Lee VM, Trojanowski JQ (2003) 'Unfolding' pathways in neurodegenerative

disease. Trends Neurosci 26:407-410.

4. Harris DA (2003) Trafficking, turnover and membrane topology of PrP.

Br Med Bull 66:71-85.

219

5. Harris DA, Chiesa R, Drisaldi B, Quaglio E, Migheli A, Piccardo P, Ghetti B (2003) A

murine model of a familial prion disease. Clin Lab Med 23:175-86.

6. Cam JA, Zerbinatti CV, Knisely JM, Hećimović S, Yonghe L, Bu G (2004) The LDL

receptor-related protein 1B retains APP at the cell surface and reduces amyloid- peptide

production. Journal of Biological Chemistry 279: 29639-46.

7. Hećimović S, Wang J, Martinez M, Goate A (2004) Mutations in APP have independent

effects on A and CTF generation. Neurobiology of Disease 17: 205-218.

8. Forman MS, Trojanowski JQ, Lee VM (2004) Neurodegenerative diseases: a decade of

discoveries paves the way for therapeutic breakthroughs. Nat Med 10:1055-1063.

9. Levine MS, Cepeda C, Hickey MA, Fleming SM, Chesselet MF (2004) Genetic mouse

models of Huntington's and Parkinson's diseases: illuminating but imperfect. Trends Neurosci

27:691-697.

10. Landles C, Bates GP (2004) Huntingtin and the molecular pathogenesis of Huntington's

disease. Fourth in molecular medicine review series. EMBO Rep 5:958-963.

11. Cookson MR (2005) The Biochemistry of Parkinson's Disease.

Annu Rev Biochem 74:29-52.

12. Andreasen N, Blennow K (2005) CSF biomarkers for mild cognitive impairment and early

Alzheimer's disease. Clin Neurol Neurosurg 107:165-173.



Praćenje kvalitete i uspješnosti izvedbe kolegija će se evaluirati za pojedina predavanja, tj.

tematske cjeline i za cjelokupni predmet, a ujedno će uspješnost kolegija evaluirati svake



220


Naziv predmeta: MOLEKULARNA BIOLOGIJA PSIHIČKIH POREMEĆAJA

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Izv.prof.dr. sc. Nela Pivac


Suradnici – izvoditelji: Miro Jakovljević, Marina Šagud, Maja Mustapić,

Martina Deželjin, Darko Marčinko



Cilj predmeta:

Upoznati studente s etiologijom i biokemijskim osnovama mentalnih poremećaja (depresija,

shizofrenija, Alzheimerova bolest, posttraumatski stresni poremećaj, poremećaji ponašanja i

ovisnosti). Objasniti osnove molekularne biologije u psihičkim poremećajima. Prikazati

najnovija dostignuća u povezanosti genetskih promjena s etiologijom i liječenjem psihičkih

poremećaja. Naglasit će se uloga proteina koji su uključeni u sintezu i razgradnju

neurotransmitora i njihovih receptora.

Sadržaj predmeta:

Etiopatogeneza i dijagnostika depresije (unipolarne i bipolarne), shizofrenije, Alzheimerove

bolesti, posttraumatskog stresnog poremećaja i poremećaja ponašanja i ovisnosti. Prijenos

živčanih podražaja. Neurotransmitori. Uloga neurotransmitora u etiologiji psihičkih

poremećaja. Periferni biokemijski pokazatelji. Temeljna načela molekularne dijagnostike.

Polimorfizmi promotora gena za proteine odgovorne za sintezu kateholamina (tirozin

hidroksilaza, dopamin-beta hidroksilaza), serotonina (triptofan hidroksilaza), aktivni unos

neurotransmitora (kateholaminergički i serotoninski transporter), razgradnju

neurotransmitora (monoaminooksidaza A i B, katehol-O-metiltransferaza), te receptora

(kateholaminergičkih i serotonergičkih). Psihofarmakogenetika. Genetska osnova i uspjeh

liječenja psihotropnim lijekovima.

Vježbe izolacija DNA iz pune krvi, umnažanje DNA (lančana reakcija polimerazom, PCR

reakcija), elektroforeza PCR produkata. Određivanje učestalosti pojedinog alela i genotipa.

Završni seminar: kritička analiza jednog znanstvenog članka iz područja predmeta («journal

club»)


Predmet razvija znanja o ulozi bioloških i posebice genetskih parametara u etiologiji psihičkih

poremećaja. Studenti će razviti znanje o mogućnostima primjene metoda molekularne

biologije u liječenju psihičkih bolesti i upoznati se s osnovnim tehnikama molekularne

genetike.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20


221


Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

Redovito pohađanje nastave, opravdani izostanak do 2 sata nastave.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study




publikacije


nastave


Obvezna literatura:

-Lacković Z. Neurotransmitori u zdravlju i bolesti. Medicinski fakultet Zagreb, 1994.

Bondy B Zill P. Pharmacogenetics and psychopharmacology. Current Opinion in

Pharmacology, 4:72-78, 2004.

-Stavljenić i suradnici. Neurokemija. Školska knjiga, Zagreb, 1988.

-Cubells JF, Zabetian CP. Human genetics of plasma dopamine beta-hydroxylase activity:

applications to research in psychiatry and neurology. Psychopharmacology, 174:463-476,

2004.

-Sourey D, Van Gestel S, Massat I, Blairy S, Adolfsson R, Blackwood D, Del-Favero J,

Dikeos D, Jakovljević M et al. Tryptophan hydroxylase polymorphism and suicidality in

unipolar and bipola affective disordres: A multicenter association study. Bilogical Psychiatry,

49:405-409,2001.

-Šerman D, Stavljenić-Rukavina A, Sertić J, Bulić-Jakušić F (Ed): Metode molekularne

biologije u medicini. Priručnik. Znanstveni poslijediplomski studij u području medicine i

zdravstva. Editor Lacković Z, Medicinska naklada, Zagreb, 2002.


-Ressler KJ, Nemeroff CB. Role of norepinephrine in the pathophysiology and treatment of

mood disorders. Biol. Psychiatry, 46:1219-1233, 1999.

-Azmitia EC. Serotonin neurons, neuroplasticity, and homeostasis of neural tissue.

Neuropsychopharmacology, 21:33S-45S, 1999.

-Williams RB, Marchuk DA, Gadde KM, Barefoot JC, Grichnik K, Helms MJ et al.

Serotonin-related gene polymorphism and central nervous system serotonin function.

Neuropsychopharmacology, 28:533-541, 2003.

-Dean B, Keriakous D, Thomas E, Scarr E. Understanding the pathology of schizophrenia: the

impact of high-throughput screening of the genome and proteome in postmortem CNS.

Current Psychiatry Reviews, 1:1-9, 2005.

-Bray NJ, Owen MJ. Seraching for schizophrenia genes. TRENDS in Molecular Medicine

7:169-174, 2001.

-Pickar D, Rubinow K. Pharmacogenomics of psychiatric disorders. TRENDS in

Pharmacological Sciences 22:75-83, 2001.

-Lesch KP. Gene-environment interaction and the genetics of depression. J Psychiatry

Neurosci, 29:174-184, 2004.

222

-Stein MB, Jang KL, Taylor S, Vernon PA, Livesley W.J. Genetics and environmental

influences on trauma exposure and posttraumatic stress disorder symptoms: a twin study. Am

J Psychiatry 159:1675-1681, 2002.

-Bertram L, Tanzi RE. The current status of Alzheimer's disease genetics: what do we tell the

patients? Pharmacological Research, 50:385-396, 2004.

-Serretti A, Lilli R, Smeraldi E. Pharmacogenetics in affective disorders. Eur J Pharmacology,

438:117-128, 2002.

-Rausch JR, Johnson ME, Fei Y-J, Li QJ, Shendarkar N, MacHobby H, Ganapathy V,

Leibach FH. Initial Conditions of serotonin transporter kinetics and genotype: influence on

SSRI treatment trial outcome.Biological Psychiatry, 51:723-732, 2002.

-Lemonde S, Du L, Bakish D, Hrdina P, Albert PR. Association of the C(-1019)G 5-HT1A

functional promoter polymorphism with antidepressant response. Int J

Neuropsychopharmacology 7:501-506, 2004.


Diskusija sa studentima i kolegama



223


Naziv predmeta: METABOLIČKE I GENETSKE PROMJENE U AKUTNIM,

KRONIČNIM I MALIGNIM OBOLJENJIMA GUŠTERAČE

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr. sc. Mirko Hadžija, znanstveni savjetnik


Suradnici – izvoditelji: Marijana Popović Hadžija, Marina Korolija



Cilj predmeta:

Osnovni je cilj ovog predmeta prikazati metaboličke i genetske promjene povezane s

nastankom i progresijom akutnih, kroničnih i malignih bolesti gušterače. Vezano uz to,

posebna pažnja biti će usmjerena na etiologiju, mehanizme nastanka i razvoja bolesti, s

posebnim osvrtom na moguće nove terapijske pristupe.

Sadržaj predmeta:

Metabolizam hranjivih tvari u fiziološkim uvjetima; Promjene metabolizma hranjivih tvari u

patološkim stanjima gušterače; Hiperkalcemija u apoptozi; Utjecaj stresa, alkohola i pušenja

na patološke promjene gušterače; Diabetes mellitus; Komplikacije (rane i kasne) u šećernoj

bolesti; Akutni i kronični pankreatitis; Maligne promjene gušterače; Molekularno-genetička

analiza 18q kromosoma u karcinomima pankreasa; Embrionalne matične stanice miša kao

eksperimentalni model; Teratokarcinomi; Retrovirusi kao inicijatori endokrinoloških

poremećaja gušterače; Ekeperimentalni animalni (miševi, štakori) model šećerne bolesti u

ljudi.


Dobivanje općeg uvida u promjene vezane uz akutna i kronična patološka stanja gušterače,

kao i uz maligne promjene tog organa. Predloženi predmet pružit će specifična znanja o do

sada poznatim mehanizmima nastanka dodatnih patoloških komplikacija koje prate bolesti

gušterače (tumor, apoptoza, neuropatija...), kao i o mogućnostima i ograničenjima novih

vidova terapije. U okviru predmeta polaznici bi trebali steći vještine rada na mišjem

eksperimentalnom modelu šećerne bolesti.


ECTS bodovi 4


Seminari

Vježbe 15

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave.



224

nastavi rad study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Forquet F, Hadžija M, Semple JW, Speck E, Delovitch T Proc Natl Acad Sci USA 1994; 91:

3936-3940.

Katić M, Hadžija M, Wrischer M, Pavelić K Carcinogenesis 1999; 20: 1521-1527.

Pavelić K, Hadžija M Handbook of zeolite science and technology Marcel Dekker (ed) 1141-

1172.

Textbook of diabetes, Blackwell scientific publications, Pickup J, Williams G (eds), 2001.

Emberyonic Stem cells, Humana Press, K. Turksen (ed), 2002.


Hruban RH, Goggins M, Parsons J, Kern SE. Clinical Cancer Resaerch 6; 2969-2972: 2000.

Hall PM, Wilentz RE, Klerk W, Bornman PPC. Pathology 34; 504-517: 2002.

Chen JM, Ferec C. European Journal of Human Genetics 8; 473-479: 2000.

Heinmoller E, Bockholt A, Werther M, Ziemer M, Muller A, Ghadami BM, Ruschoff J.

Pathology Research 199; 363-371: 2003.

Cavestro GM, Camparto G, Nouvenne A, Sereni SB, Frulloni L, Valle RD, Soliani P, Zanelli

PF, Franze A, Di Mario F. JOP 6; 53-59: 2005.

Berna G, Leon-Quinto T, Ensenat-Waser R, Montanya E, Martin F, Soria B. Biomed

Pharmacother 55; 206-212: 2001.

Servitja JM, Ferrer J. Diabetologia 47; 597-613: 2004.

Peck AB, Ramiya V. Transplant Immunology 12; 259-272: 2004.

Colman A. Seminars in Cell&developmental biology, xxx 2004.


Rasprave sa stedentima i kolegama.



225


Naziv predmeta: FUNKCIONALNA GENOMIKA

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr. sc. Marijeta Kralj, znastvena savjetnica

Ustanova nositelja predmeta: Institut "Rudjer Bošković", Zavod za molekularnu

medicinu

Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Koraljka Gall-Trošelj, znanstveni suradnik

Mr- sc. Mirela Sedić, Mr. sc. Sandra Kraljević, IRB

Status predmeta: obvezni x izborni


Cilj predmeta:

Stjecanje uvida u suvremenu tehnologiju korištenu u analizi ekspresije i funkcije gena i

proteina, važnosti kompjuterske obrade podataka (bioinformatike) te ogromnih mogućnosti

korištenja ovh metoda u osnovnom istraživanju, dijagnostici, prognostici i otkriću novih

lijekova.

Sadržaj predmeta:

Funkcionalna genomika temelji se na eksperimentima kojima se obuhvaća analiza širokog

raspona gena i/ili proteina te kompjuterskoj analizi dobivenih rezultata. Osnovna strategija

rada u području funkcionalne genomike jest širenje raspona istraživanja nekog biološkog

uzorka tako da se sa analize pojedinog gena (proteina), prelazi na sustavno proučavanje

aktivnosti mnoštva njih odjednom. Funkcionalna genomika za cilj ima objediniti i povezati

informaciju koju nam daju sekvence gena sa njegovom funkcijom a sve to kako bi se dobio

uvid u procese nekog biološkog sustava.

Teme: Uvod u funkcionalnu genomiku, tehnologija DNA čipova, snovni principi proteomike,

pregled tehnika koje se koriste u proteomici s posebnim naglaskom na "diferencijalno"

profiliranje, identifikaciju proteina i post-translacijskie modifikacije, otkriće gena u zdravim

organizmima i u bolesnim stanjima, određivanje funkcije gena, genska i ciljana terapija,

farmakogenomika i toksikogenomika, molekularni portreti raka, molekularni portreti

odgovora na terapiju raka, značaj bioinformatike.


Predmet razvija znanje o novim tehnologijama širokog raspona (teoretsko i praktično), daje

uvid u mogućnosti korištenja tih tehnologija u istraživanju funkcija stanica u zdravlju i bolesti

te uvid u potrebu interdisciplinarnih istraživanja i kompjuterske obrade podataka.


ECTS bodovi 3


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 15



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

226

Obveze studenata: redovito pohađanje nastave i obavezno pohađanje vježbi



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Koristiti će se recentne znanstvene publikacije (znanstveni i pregledni članci) koji pokrivaju

područje funkcionalne genomike.

1. Friend SH, Stoughton RB: The magic of microarrays. Sci. Am. February 34-41, 2002.

2. Snijders AM, Meijer GA, Brakenhoff RH, van den Brule AJC, van Diest PJ.

Microarray techniques in pathology: tool or toy. J. Clin. pathol: Mol. Pathol, 53:289-

294, 2000.

3. Debouck C, Metcalf B. The impact of genomics on drug discovery. Annu. Rev.

Pharmacol Toxicol. 40:193-208, 2000.

4. Young RA. Biomedical discovery with DNA arrays. Cell, 102:9-15, 2000.

5. Graves PR, Haystead AJT. Molecular biologist's guide to proteomics. Microbiol. Mol.

Biol. Rev. 66:39-63, 2002.

6. Pandey A, Mann M. Proteomics to study genes and genomes. Nature, 405:837-846,

2000.


7. Macgregor PF, Squire JA. Application of microarrays to the analysis of gene

expression in cancer. Clin. Chem. 48:1170-1177, 2002.

8. Mohr S, Leikauf GD, Keith G. Rihn BH. Microarrays as cancer keys: an array of

possibilities. J. Clin. Oncol. 20:3165-3175, 2002.

9. Wu W, Hu W, Kavanagh JJ. Proteomics in cancer research. Int. J. Gynecol. Cancer.

12:409-423, 2002.





227


Naziv predmeta: TUMOR SUPRESORSKI GEN P53 I NJEGOVI SRODNICI

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr. sc. Neda Slade, viša znanstvena suradnica

Dr. sc. Marijeta Kralj, znanstvena savjetnica


medicinu



Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I.godina, II. semestar

Cilj predmeta:

Stjecanje osnovnog znanja o tumor supresorskim genima i njihovom značenju u onkologiji s

naglaskom na obitelji gena p53/p63/p73. Mogućnost korištenja tumor supresorskih gena u

genskom liječenju tumora.

Sadržaj predmeta:

Tumor supersorski geni i njihov značaj u onkologiji. Ključna uloga gena p53 u sprečavanju

zloćudne transformacije. Obitelj p53/p63/p73 – strukturne i funkcionalne sličnosti i razlike.

p53/p63/p73 kao transkripcijski faktori. Uloga u kontroli staničnog ciklusa i staničnom

odgovoru na oštećenja DNA. Inaktivacija gena p53 kao jedinstven genetički događaj u

nastanku raka. Analiza mutacija gena p53 u humanim tumorima. Regulacija gena

p53/p63/p73u tumorima i apoptozi. Uloga p63/p73 u razvoju. p63 and p73 razvijaju svoj

vlastiti identitet. Gen p53 i terapija tumora. Gensko liječenje tumora tumor supresorskim

genima. Kombinirano liječenje kemoterapeuticima i genom p53.


Predmet omogućuje shvaćanje izuzetne važnosti tumor supresorskih gena u kontroli i

regulaciji normalnog funkcioniranja stanice te uvid u mogućnosti korištenja dosadašnjih

rezultata istraživanja u prognostici, dijagnostici i terapiji tumora.


ECTS bodovi 2


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 10



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: redovito pohađanje nastave, seminarski rad


Pohađanje nastave Aktivnosti u nastavi Obvezan seminarski Vježba ili case

228

rad study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Vogelstein B., Lane D., Levine A.J. (2000) Surfing the p53 network. Nature 408: 307-

310.

2. Bénard J., Douc-Rasy S., Ahomadegbe J.C. (2003) TP53 family members and human

cancers. Hum. Mutation 21: 182-191.

3. Moll U., Erster S., Zaika A. (2001) p53, p63 and p73 – solos, alliances and feuds

among family members. Biochim. Biophys. Acta 1552: 47-59.

4. Soussi T. (2003) Focus on the p53 gene and cancer: Advances in TP53 mutation

research. Hum. Mutation 21:173-175.

5. Nielsen L.L., Maneval D.C. (1998) p53 tumor suppressor gene therapy for cancer.

Cancer Gene Ther. 5: 52-63.


1. Slade N. (2004) Two faces of p73, a member of p53 family. Period. Biol. 106: 223-

231.

2. Schmale H., Bamberger C. (1997) A novel protein with strong homology to the tumor

suppressor p53. Oncogene 15: 1363-1367.

3. Yang A., Kaghad M., Wang Y., Gillet E., Fleming M.D., Dotsch V., Andrews N.C.,

Caput D., McKeon F. (1998) p63, a p53 homolog at 3q27-29, encodes multiple

products with transactivating death-inducing and dominant-negative activities. Mol.

Cell 2: 305-316.

4. Slade N., Moll U.M. (2003) Mutational analysis of p53 in human tumors:

immunocytochemistry. Methods Mol. Biol. 234: 231-243.

5. Erster S., Slade N., Moll U.M. (2003) Mutational analysis of p53 in human tumors:

direct DNA sequencing and SSCP. Methods Mol. Biol. 234: 219-230.

6. Moll U.M., Slade N. (2004) p63 and p73: Roles in Development and Tumor

Formation. Mol. Cancer Res. 2: 371-386.

7. Fang B., Roth J. A. (2003) Tumor-suppresing gene therapy. Cancer Biol. Ther.

2:S115-S121





229


Naziv predmeta: GENSKO LIJEČENJE: EKSPERIMENTALNI I KLINIČKI

ASPEKTI

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Prof. dr. sc. Jasminka Pavelić


medicinu

Suradnici – izvoditelji: Neda Slade, Marijeta Kralj, Jelena Knežević, Rajko

Kušec



Cilj predmeta:

Upoznavanje s najnovijim dostignućima istraživanja i kliničke primjene genskog,

molekularno usmjerenog, liječenja.

Sadržaj predmeta:

Opća načela genskog liječenja; Načela molekularno usmjerenog liječenja; Prijenosni sustavi

(neviralni, viralni, umjetno dizajnirani); Terapeutski agensi (ribozimi, aptameri, katalitička

DNA); Molekularna kemoterapija; Korekcija mutacija; Poticanje imunološke reakcije;

Poticanje/dokidanje rezistencije na lijekove; Uporaba matičnih hematopoetskih stanica za

gensko liječenje; Klinička primjena u liječenju oboljelih od tumora; Klinička primjena u

liječenju monogenskih i neurodegenerativnih bolesti; Kombinirana primjena kemoterapije i

genskog liječenja; Gensko liječenje mitohondrijskih bolesti; Primjena telomeraze u lijčenju

oboljelih od tumora; Etička načela


Opće – spoznaje o najnovijim dostignućima istraživanja i kliničke primjene genskog,

molekularno usmjerenog, liječenja.


ECTS bodovi 3


Seminari 5

Vježbe -

Ukupno 15



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: redovito pohađanje nastave, obavezan seminarski rad

230



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Pavelić J, Slade N, Galetić I, Pavelić K: Gensko liječenje: načela, dometi i perspektive.

Pharmaca, 36: 151-170, 1998.

Hicke BJ, Stephens AW: Escort aptamers: a delivery service for diagnosis and therapy. J Clin

Invest 106: 923-928, 2000.

Baum C, Fairbairn LJ, Hildinger M, et al.: New perspectives for cancer chemotherapy by

genetic protection of haematopoietic cells. Expert Reviews in Molecular Medicine,

http://www-ermm.cbcu.cam.ac.uk

Horig H, Medina FA, Conkright WA, et al.: Strategies for cancer therapy using

carcinoembryonic antigen vaccines. Expert Reviews in Molecular Medicine, http://www-

ermm.cbcu.cam.ac.uk

Mann M, Dzau VJ: Therapeutic application of transcription factor decoy oligonucleotides. J

Clin Invest, 106:1071-1075.

Kerr D. Clinical development of gene therapy for colorectal cancer. Nature Rev, 3:615, 2003.

Kohn DB i sur. Occurence of leukaemia following gene therapy of X-linked SCID. Nature

Rev, 3:477, 2003.

Kohn DB i sur. Occurence of leukaemia following gene therapy of X-linked SCID. Nature

Rev, 3:477, 2003.


WEB stranice


Za pojedina predavanja - Provjera razumijevanja dobivenih informacija i načina prezentacije.

Za predmet - Ispitivanje primjerenosti programa, načina prezentacije, nastavnih materijala.



ustanova nositelja studija.

Uspješnost kolegija će svake godine evaluirati zajedničko stručno povjerenstvo Instituta

«Ruđer Bošković», Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.

http://www-ermm.cbcu.cam.ac.uk/



231


Naziv predmeta: UVOD U NANOMEDICINU

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr. sc. Mile Ivanda





Cilj predmeta:

Upoznati studente sa dosadašnjim dostignućima molekularne nanotehnologije i

mogućnostima njezine primjene u medicini.

Sadržaj predmeta:

Uvod u nanosvijet, Nanosustavi. Molekularna mehanika, potencijalne plohe i formiranje

nanostruktura. Kontrola položaja atoma u nanostrukturi i toplinski šum. Krutost i elastičnost

nanostrukture. Molekularni roboti. Ideje i problemi samoreprodukcije. Molekularna

nanotehnologija danas i sutra. Vizualizacija nanostruktura, elektronski mikroskop i njegove

nadgradnje- SPM (Scaning Probe Microskopy), AFM (Atomic Force Microskopy) i MFM

(Magnetic Force Microskopy). Primjena nanotehnologija u medicini.


Studenti će ovladati osnovnim znanjima iz molekularne mehanike na nanoskali. Imati će uvid

u sadašnje stanje nanomedicine i mogućnostima njezina daljnjeg razvoja u svijetu. Uočiti

snažnu povezanost temeljnih znansvenih disciplina kao što su kemija, fizika i biologija sa

inženjerstvom na nano skali.


ECTS bodovi 2


Seminari 2

Vježbe 3

Ukupno 10



Multimedija i

internet

Obrazovanje na



i rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: Redovito pohađanje nastave, seminarski rad



rad

Vježba ili case

study




publikacije

232


nastave Prezentacij

a

Praktičan rad

Obvezna literatura:

K. Eric Drexler: Nanosystems: molecular machinery, manufacturing, and computation, Wiley

Interscience, 1992.

Gregory Timp: Nanotecnology, Springer, 1999.


http://www.zyvex.com/nanotech/


Upitnik korinicima za ispitivanje primjerenosti programa, načina prezentacije, korištenih

nastavnih materijala te razina usvojenog gradiva. Uspješnost kolegija će svake godine

evaluirati zajedničko stručno povjerenstvo Instituta Ruđer Bošković, Sveučilišta u

Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.

233


Naziv predmeta: STRUKTURNE ZNAČAJKE NUKLEINSKIH KISELINA I

ORGANSKE MOLEKULE KAO PROTUTUMORSKI

LIJEKOVI

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr.sc. Ivo Piantanida, znanstveni savjetnik


Suradnici – izvoditelji: Mr.sc. Lidija Tumir

Dr. sc. Biserka Kojić-Prodić, znastvena savjetnica

Dr. sc. Marija Luić, znanstvena savjetnica



Cilj predmeta:

Upoznati studenta sa strukturnim značajkama nukleinskih kiselina te molekulsko

prepoznavanje jedinica nukleinskih kiselina kao osnova pristupa pronalasku protutumorskih

ljekova. Sudentima će biti predstavljene metode koje se koriste za određivanje interakcija

malih organskih molekula sa nukleinskim kiselinama.

Sadržaj predmeta:

Osnovne strukturne značajke DNA i RNA; kovalentne i nekovalentne interakcije u

nukleinskim kiselinama. Sekundarne strukture višeg reda: trostruke i četverostruke uzvojnice.

Rentgenska strukturna analiza i kompjutorski modeli nukleinskih kiselina. Molekulsko

prepoznavanje jedinica nukleinskih kiselina – osnova racionalnog pristupa pronalasku

protutumorskih ljekova. Prepoznavanje posebnih strukturnih motiva nukleinskih kiselina

(ukosnice, izbočine), prepoznavanje jednolančanih i dvolančanih domena. Tipovi vezanja

organskih molekula na nukleinske kiseline, elektrostatske interakcije, vezanje u mali i veliki

utor dvostruke uzvojnice, interkaliranje. Primjeri molekula koje se vežu u utore dvostruke

uzvojnice (groove binders). Interkalatori, primjeri klasičnih, neklasičnih i bisinterkalatora.

Kratki pregled uobičajenih eksperimentalnih metoda u istraživanju interakcija malih

organskih molekula sa sintetskim i prirodnim DNA i RNA polinukleotidima: spektroskopske

metode (UV, fluorescencija, NMR), termička denaturacija dvostruke uzvojnice,

mikrokalorimetrija. Mogućnosti i primjeri racionalnog pristupa dizajnu novih lijekova

temeljem prepoznavanja strukturnih značajki i sekvencija nukleinskih kiselina: RNA meta u

dizajnu novih antiviralnih lijekova; bleomycini; dizajn organskih molekula za vezanje na

HIV RNA; inhibitori Tat-TAR interakcija; novi platinski antitumorski ljekovi; dikationski

antimikrobni agensi koji se vežu u DNA utor; interkaliranje i citotoksičnost; novi ljekovi na

bazi inhibicije DNA topoizomeraza.

Eksperimentalni rad: određivanje konstanti i načina vezanja izabranih molekula na

polinukleotide primjenom UV i fluorescencijske spektroskopije i termalne denaturacije.

Primjeri analiza kompleksnih sustava multivarijantnom regresijskom metodom (ligand, DNA

/ RNA i više njihovih različitih istovremeno prisutnih kompleksa).


234

Uz temeljna znanja iz biokemijskih znanosti vezana za ovu problematiku studenti će steći i

znanja neophodna za razumijevanje dizajna novih lijekova temeljem prepoznavanja

strukturnih značajki i sekvencija nukleinskih kiselina.


ECTS bodovi 5


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

Da bi uspješno savladao ciljeve ovog predmeta student treba redovito pohađati nastavu i

pratiti literaturu iz područja.



rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. D. S. Johnson, D. L. Boger, “DNA Binding Agents” in Comprehensive

Supramolecular Chemistry Series (Ed. J.-M. Lehn) vol. Ed. Y. Murakami,

Pergamon/Elsevier, Oxford, 1996, vol. 6 157-230.

2. W. D. Wilson in “Comprehensive Natural Product Chemistry” (Ed’s D. Barton and K.

Nakanishi) vol. Ed. E. Kool, vol. 7, 427-476.

3. Small Molecule DNA and RNA Binders, Vol. I and II; M. Demeunynck, C. Bailly and

W. D. Wilson ED.’s, Wiley-VHC, 2002.

4. H.-J. Schneider, A. Yatsimirsky,“Principles and Methods in Supramolecular

Chemistry, Wiley, 1999.

5. W. Saenger, “Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag, 1984.

6. W. D. Wilson, K. Li “Targeting RNA with Small Molecules” Current Medicinal

Chemistry , 2000, 7, 73-98.

7. P. B. Dervan “Molecular Recognition of DNA by Small Molecules, Bioorganic &

Medicinal Chemistry, 2001, 9, 2215-2235.

8. R. M. Wadkins, Targeting DNA Secondary Structures, Current Medicinal Chemistry ,

2000, 7, 1-15.

9. C. Bailly, Topoisomerase I Poisons and Supresors as Anticancer Drugs. Current

Medicinal Chemistry , 2000, 7, 39-58.


235

New permanently charged phenanthridinium-nucleo base conjugates.

Interactions with nucleotides and polynucleotides and recognition of ds- polyAH+ Tumir, Lidija-Marija; Piantanida, Ivo; Juranović Cindrić, Iva; Hrenar, Tomica; Meić, Zlatko;

Žinić Mladen.Journal of Physical Organic Chemistry 16, (2003), 891-899.

Interactions of novel phenanthridinium-nucleobase conjugates with

complementary and non- complementary nucleotides in aqueous media. Tumir, L.-M.; Piantanida, I.; Novak, P.; Žinić, M., J. Phys. Org. Chem. (2002), 15, 599-607.

New Porphyrin-Nucleobase Hybrid Compounds and Their Interaction

with Nucleosides And Nucleic Acids V. Malinovski, L. Tumir, I. Piantanida, M. Žinić, H.-J.

Schneider Eur. J. Org. Chem. (2002), 3785-3795.

Synthesis and antitumor activity of N-sulfonyl derivatives of nucleo bases

and sulfonamide nucleoside derivativesŽinić, Biserka; Krizmanić, Irena; Glavaš-Obrovac,

Ljubica; Karner, Ivan; Žinić, Mladen.Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. 22 (2003.) ;

1623-25.

Synthesis, structure and biological evaluation of C-2 sulfonamido

pyrimidine nucleosidesKrizmanić, Irena; Višnjevac, Aleksandar; Luić, Marija; Glavaš-

Obrovac, Ljubica; Žinić, Mladen; Žinić, Biserka. Tetrahedron. 59 (2003) , 23; 4047-4057.



korištenjem upitnika na kraju predavanja predmeta.



povjerenstvo ustanova nositelja studija.

236


Naziv predmeta: ULOGA ŽELJEZA U KRONIČNIM I MALIGNIM

BOLESTIMA

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr. sc. Suzana Kukulj, viša znanstvena suradnica




Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina, II semestar

Cilj predmeta:

Poremetnje u metabolizmu željeza su dvojake: željeza može biti u organizmu premalo ili

previše kada se govori o pretrpavanju organizma željezom. Studenti će naučiti koje posljedice

u organizmu nastaju kada željeza ima previše. Nagomilavanje željeza u pojedinom organu

pogoduje infekcijama, kardiomijopatijama, artropatijama, nastanku i progresiji malignih

bolesti, raznim endokrinim i neurodegenerativnim bolestima (Parkinsonova i Alzheimerova

bolest). Dakle, cilj predmeta je upoznati ulogu željeza u razvoju i progresiji kroničnih i

malignih bolest.

Sadržaj predmeta:

1. Mehanizam toksičnog djelovanja željeza. Slobodne ione željeza (neproteinski vezane

ione željeza) reducira superoksid, a nastali fero oblik željeza se reoksidira u

prisutnosti peroksida pri ćemu nastaju feri ioni i hidroksilni radikal, koji oštećuje sve

biološke makromolekule. Hidroksilni radikal može depolimerizirati polisaharide,

oštetiti DNK molekulu, inaktivirati enzime i izazvati lipidnu peroksidaciju.

2. Bolesti koje mogu biti izazvane viškom željeza. Posljedica povišene količine željeza u

određenom tkivu može biti: infekcija, aritmija-kardiomiopatija, artroza, dijabetes,

ciroza i karcinom jetre, tumori, te razne endokrine (impotencija) i neurodegenerativne

bolesti (npr. depresija, Parkinsonova i Alzheimerova bolest).

3. Načini za uklanjanje viška željeza. Organizam je razvio endogene sisteme za

uklanjanje viška željeza, ali postoje i tretmani kojima se može smanjiti nakupljanje

viška željeza u organizmu.

4. Profilaktične i terapeutske mogućnosti. Pokazati ćemo dva načina: 1. Posebni aspekti

sprječavanja nakupljanja viška željeza u organizmu, 2. Farmakološke metode za

pomoć bolesnicima s viškom željeza.

5. Eksperimentalni dokazi antitumorskog učinka nekih spojeva željeza. Željezo i spojevi

željeza mogu oštetiti i inhibirati rast normalne i maligne stanice. Željezo je esencijalni

nutritijent za tumorske stanice koje se nekontrolirano dijele. Međutim, previše

katalitičkog željeza (stvaranjem slobodnih kisikovih radikala) može razoriti tumorsku

stanicu.


Studenti će naučiti o poremećajima koji se javljaju zbog pretjeranog gomilanja željeza u

organizmu. Pretjerano gomilanje željeza može biti posljedica različitih genetičkih poremećaja,

nekih oblika anemije, slučajne ingestije, uzastopnih transfuzija krvi, udisanja duhanskog dima

ili azbesta ili pak posljedica predoziranja suplementom ili tabletama željeza propisanim od

strane liječnika. Ukoliko se pretjerano gomilanje željeza ne dijagnosticira na vrijeme i ne

provode odgovarajuće terapije može doći do razvoja tumora, infarkta miokarda, dijabetesa,

artritisa, depresije, porfirije, kronične anemije (ACD) i drugih ozbiljnih komplikacija.

237


ECTS bodovi 5


Seminari 5

Vježbe 15

Ukupno 25



Multimedija i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


tijeku nastave


Obvezna literatura:

Poljak-Blaži M. Uloga željeza u neoplazmi. Revijalni rad. Liječnički vjesnik 122: 234-238,

2000.

Poljak-Blaži M. Role of iron in carcinogenesis, and anticarcinogenic effect of iron

compounds. Trace elements in medicine. 1: 29-42. 2003.

Weiss G. Modification of iron regulation by the inflammatory response. Bast Practice Res

Clin Hematol. 18: 183-201. 2005.

Kukulj S. Uloga i promjene metabolizma željeza u oboljelih od raka pluća. Doktorska

Disertacija. Sveučilište u Zagrebu, Medicinski fakultet. 2004.


Poljak-Blaži M, Stančić-Rokotov D, Ferle-Vidović A. Inhibitory effect of iron on melanoma

B16 growth. Period. biol. 87: 17-22, 1985.

Flajsig I, Poljak-Blaži M. Influence of iron on proliferation and cell cycle kinetics on

cultured malignant and normal cells. Oncology, 47: 443-446, 1990.

Weinberg ED. Roles of iron in neoplasia: promotion, prevention and therapy. Biol Trace

Elem Res 1992;34:123-140.

Weinberg ED. Association of iron with respiratory tract neoplasia. J Trace Elem Exp Med

1993;6:117-23.

Stevens RG, Graubard BI, Micozzi MS, Neriishi K, Blumberg BS. Moderate elevation of

body iron level and increased risk of cancer occurrence and death. Int J Cancer 1994;56:364-

369.

deSousa M. The immunology of iron overload. U: de Sousa M, Brock Jh, ur. Iron in

immunity, cancer and inflamation. Chichester: Wiley; 1989, p. 247- 58.

Weinberg JB, Hibbs JB Jr. Endocytosis of red blood cells or hemoglobin by activated

macrophages inhibits their tumorocidal effect. Nature 1977;269:245-7.

238

Weinberg ED. Iron withloading. A defense against infection and neoplasia. Physiol Rev

1984;64:55-102.

Weinberg ED, Weinberg GA. The role of iron in infection. Current Opinion in Infectious

Diseases 1995;8:164-9.

Weinberg ED. The role of iron in cancer. Europ J of Cancer Prev 1996;5:19-36.

Herbert V. Dangers of iron and vitamin C supplements. J Am Diet Assoc 1993;93:526-7.


Anketa

239


Naziv predmeta: MOLEKULSKE OSNOVE METASTAZIRANJA

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Dr. sc. Maja Herak Bosnar, viša znanstvena suradnica

Ustanova nositelja predmeta: Institut Rudjer Bošković, Zavod za molekularnu

medicinu

Suradnici – izvoditelji: Dipl. inž. Ružica Bago, Institut Rudjer Bošković,

Mr.sc. dr. med. Nenad Nola, Kirurška onkologija,

Klinika za tumore, Zagreb


Godina i semestar u kojem se predmet predaje:

Cilj predmeta:

Cilj predmeta je upoznati polaznike s najnovijim znanstvenim dostignućima u vezi nastanka i

širenja metastaza kao osnovnog uzroka smrtnosti u oboljelih od tumorskih bolesti. Polaznici

bi bili upoznati s molekularnim mehanizmima koji do toga dovode, tehnikama koje se koriste

u istraživanjima, te najnovijim dostignućima u dijagnostici i liječenju metastaza te kako

povezati dostignuća bazičnih istraživanja s potrebama u dijagnostici i liječenju.

Sadržaj predmeta:

Teme: 1) Osnovni procesi metastaziranja (odvajanje od ishodišnog tkiva, prodor u krvotok,

naseljavanje udaljenih tkiva i organa), 2.) supresori metastaziranja, poglavito gen

nm23/NDPK, 3.) uloga adhezijskih molekula (katenina, kadherina, integrina) i Rho-GTP-aza

u metastaziranju, 4.) metaloproteinaze i njihovi inhibitori, 5.) neovaskularizacija, 6.) pregled

najnovijih tehnika u istraživanju molekularnih mehanizama nastajanja i širenja metastaza

(mikro i makročipovi) 7.) najnovije spoznaje u dijagnostici i liječenju metastaza. 8.) praktični

prikaz vizualizacije adhezijskih molekula i supresora metastaziranja uz pomoć fluorescentne

imunocitokemije i tehnologije koja rabi zeleni fluorescentni protein i fluorescentnu

mikroskopiju te praktični prikaz osnovnih tehnika detekcije invazivnosti stanica u kulturi.


Tijekom nastave i vježbi polaznici će moći prikupiti znanja o funkcioniranju i ulozi

adhezijskih i srodnih molekula, signalnim putovima u kojima sudjeluju u zdravim stanicama

te promjenama koje nastupaju u patološkim stanjima koje dovode do stvaranja metastaza.

Steći će, također, saznanja o najnovijim mogućnostima otkrivanja i liječenja metastaza te

praktičan prikaz nekih tehnika koje se koriste u istraživanjima, a koje se mogu primijeniti i u

drugim područjima bioloških znanosti, poglavito molekularnoj onkologiji te biomedicini i

molekularnoj biologiji, općenito.


ECTS bodovi 3


Seminari

Vježbe 10

Ukupno 15


240


Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

Pohađanje nastave.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Herak Bosnar M, de Gunzburg J, Bago R, Brečević L, Weber I, Pavelić J. Subcellular

localization of A and B NDPK subunits. Exp Cell Res 298, 275-284, 2004.

2. Liotta L. Cancer cell invasion and metastasis. Sci Am 266 (1992) 34-41.

3. Engers R, Gabbert HE. Mechanism of tumor metastasis: cell biological aspects and

clinical implications. J Cancer Clin Oncol 126 2002 ( 682-692).

4. Steeg PS. Metastasis suppressors alter the signal transduction of cancer cells. Nature

Rew 3 (2003) 55-63.

5. Nabeshima K, Inoue T, Shimao Y, Shameshima T. Matrix metalloproteinases in tumor

invasion: Role for cell migration. Pathol Int 52 (2002) 255-264.

6. Okegawa T, Li YM Pong RC, Hsieh JT. Cell adhesion proteins as tumor suppressors.

J Urol 167 (2002) 1836-1843.

7. Rho-family GTPases in cadherin-mediated cell-cell adhesion. Nat Rev Cell Biol 2

(2001) 887-897.


1. Jiang YF, Goldberg ID, Shi YE. Complex rols of tissue inhibitors of

metalloproteinases in cancer. Oncogene 21 (2002) 2245-2252.

2. Sledge GW, Miller KD. Angiogenesis and antiangiogenic therapy. Curr Probl Cancer

26 (2002) 6-59.

3. Sternlicht MD, Werb Z. How matrix metalloproteinases regulate cell behavior. Annu

Rev Cell Dev Biol 17 (2001) 463-516.

4. Lukaš Z, Dvorak K. Adhesion Molecules in Biology and Oncology. BRNO 73: (2004)

93-104.

5. Eliceiri BP. Integrin and Growth factor Receptor Crosstalk. Circ Res 89 (2001) 1104-

1110.


Kvaliteta i uspješnost izvedbe kolegija pratila bi se anonimnim upitnikom uz sugestije za

poboljšanje nastave. Uspješnost kolegija evaluirati će svake godine zajedničko stručno

povjerenstvo Instituta Rudjer Bošković, Sveučilišta u Dubrovniku i Sveučilišta u Osijeku.

241


Naziv predmeta: KOMBINACIJA TERAPIJA I MEHANIZMI U LIJEČENJU

MALIGNIH BOLESTI

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Prof.dr. sc. Sonja Levanat, znanstvena savjetnica


medicinu

Suradnici – izvoditelji: Dr. sc. Lidija Orešković



Cilj predmeta:

Povezati najnovija bazična istraživanja sa kliničkim istraživanjima i primjenom u liječenju

malignih bolesti.

Sadržaj predmeta:

Molekularna osnova maligne transformacije, uloga onkogena i tumor

supresorskih gena. In vitro modeli.Osnovni principi djelovanja radioterapije. Klinička

primjena radiobiologije. Vrste citostatika i mehanizmi kliničkog djelovanja. Mehanizmi

međudjelovanja radioterapije i kemoterapije. Kliničko značenje mehanizama otpornosti na

kemoterapiju i radioterapiju. Neželjeni učinci kombiniranog liječenja kemo-radioterapijom.

Najčešće primjenjivani klinički protokoli kombiniranog liječenja malignih bolesti.


Sveobuhvatno sagledavanje najnovijih dostignuća i moguća primjena u praksi


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 10

Ukupno 20



Multimedija i

internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata:

redovito pohađanje nastave



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije

242


nastave


Obvezna literatura:

1. Skeel RT and Khleif SN: Biological and pharmacological basis of cancer chemotherapy.

In: (Skeel RT ed.) Handbook of Cancer Chemotherapy. Lippincott Williams and

Wilkins, Philadelphia, 2003; pp.3-26.

2. Steel GG: Combination of radiotherapy and chemotherapy: principles. In: (Steel GG

ed.) Basic Clinical Radiobiology. Edward Arnold, 2002; 184-194.

3. Stewart FA, Saunders MI: Combined radiotherapy and chemotherapy: clinical

application and evaluation. In: (Steel GG ed.) Basic Clinical Radiobiology. Edward

Arnold, 2002; 184-194.


1. DiSaia PJ, Creasman WT: Basic principles of chemotherapy. In: (DiSaia PJ, Creasman

WT, eds.) Clinical Gynecologic Oncology. Mosby, Inc., London, 2002; pp.501-520.

2. Perez MD: Combination of radiotherapy and chemotherapy. In: (Carlos A, Perez MD.,

eds.) Principles and Practice of Radiation Oncology, Lippincott Williams and Wilkins,

Philadelphia, 2003; pp.230-249.

3. Sikic BI, Fisher GA, Lum BL, Halsey J, Beketic-Oreskovic L, Chen G:

Modulation and prevention of multidrug resistance by inhibitors of P-glycoprotein.

Cancer Chemother Pharmacol. 1997;40 Suppl:S13-9. Review.

4. Chen GK, Duran GE, Mangili A, Beketic-Oreskovic L, Sikic BI:

MDR1 acivation is the predominant resistance mehanism selected by vinblastine in

MES-SA cells.

Br J Cancer. 2000 Oct;83(7):892-8.

5. Beketic-Oreskovic L, Duran GE, Chen G, Dumontet C, Sikic BI:

Decreased mutation rate for cellular resistance to doxorubicin and suppression of

mdr1 gene activation by cyclosporine PSC 833.

J Natl Cancer Inst. 1995 Nov 1;87(21):1593-602.

6. Beketic-Oreskovic L, Osmak M:

Modulation of resistance to cisplatinum by amphotericin B and aphidicolin in human

larynx carcinoma cells.

Cancer Chemother Pharmacol 1995;35(4):327-33.









243


Naziv predmeta: PATOFIZIOLOGIJA PROCESA ZGRUŠAVANJA KRVI KOD

TUMORSKIH BOLESTI

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelji predmeta: Prof. dr. sc. Kata Šakić1

Doc.dr.sc. Slavica Kvolik, znanstvena savjetnica2

Ustanova nositelja predmeta: 1KBC Zagreb, MF Sveučilišta u Zagrebu i Osijeku 2Klinička bolnica Osijek, Medicinski fakultet

Sveučilišta u Osijeku

Suradnici – izvoditelji: Mr. sc. Bahrija Lenz, dr med



Cilj predmeta:

Upoznavanje poremećaja koagulacije kod tumora

Sadržaj predmeta:

Patofiziologija poremećaja zgrušavanja kod tumora, prokoagulacijski fatori kod tumorskih

bolesti, inhibitori zgrušavanja kod tumorskih bolesti, fibrinolitički sustav

Neovaskularizacija tumora, gustoća krvožilja u tumorima, mehanizmi angiogeneze, enzim

MMP, faktori rasta VEGF/VPF

Aktivacija endotela kod malignih bolesti, poremećaji trombocita kod malignih bolesti,

poremećaji zgrušavanja vezani za pojedine maligne bolesti

Eksperimentalni modeli istraživanja koagulacije kod tumora

Laboratorijski dijagnostika i pokazatelji poremećaja zgrušavanja kod tumora, indikacije

Poremećaji zgrušavanja nakon zračenja

Učinak kemoterapije tumorskih bolesti na procese zgrušavanja, neoadjuvantna kemoterapija,

hormonalna terapija, lokalna aplikacija citostatika i zgrušavanje, promjene trombocita nakon

kemotrapije

Učinak heparina na zgrušavanje, anti IIa/antiXa učinak; antagonisti viamina K,

Najčešće kliničke manifestacije poremećaja zgrušavanjakod tumora: plućna embolija, duboke

venske tromboze, diseminirana intravaskularna koagulacija

Preventivni postupci u sprečavanju nastanaka tromboembolijskih poremećaja kod bolesnika s

malignim bolestima

Liječenje poremećaja zgrušavanja kod tumora, postoperacijski poremećaji zgrušavanja


Upoznavanje patofiziologije zgrušavanja kod tumora, prepoznavanje učinka kemoterapije na

zgrušavanje

Pretraživanje literature iz područja faktora rasta i poremećaja zgrušavanja kod tumora

Analiza znanstvenog rada iz područja patofiziologije zgrušavanja kod tumora

Analiza koagulacijskog statusa na temelju laboratorijskih nalaza

Procjena učinka antikoagulacijskih lijekova kod oboljelih od karcinoma


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 20

244


Predavanja 5 Seminari 5 Vježbe 3 Radionice Samostalni zadaci 1

Multimedija i

internet 1

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: obvezno pohađanje 80 % nastave

Pretraživanje literature iz područja faktora rasta i poremećaja zgrušavanja kod tumora

Analiza jednog znanstvenog rada iz područja patofiziologije zgrušavanja kod tumora

Analiza koagulacijskog statusa na temelju laboratorijskih nalaza


Pohađanje nastave

Aktivnosti u

nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study




publikacije


nastave


Obvezna literatura:

1. Kvolik S, Šakić K. Skripta za predmet ''Poremećaji zgrušavanja krvi kod tumorskih

bolesti''

2. Šakić K., S. Kvolik, Lj Glavaš-Obrovac: Patophysiology of perioperative coagulation

disorders in cancer patients, rad na receziji u EJA

3. Kvolik S, Glavas-Obrovac L, Sakic K, Margaretic D, Karner I. Anaesthetic

implications of anticancer chemotherapy. Eur J Anaesthesiol. 2003 Nov;20(11):859-71.

4. Gamulin S. Patofiziologija, Medicinska naklada Zagreb

5. Šakić K i sur. Autotransfuzija i perioperacijsko krvarenje. Medicinska naklada,

Zagreb.2003., priručnik s tečaja kontinuirane medicinske edukacije


1 Kvolik S. Brozović G. Poremećaji zgrušavanja kod bolesnika na kemoterapiji. Acta

anaesthesiologica Croatica, 2004; 1(7):33-36.

2. Verheul HM, Hoekman K, Lupu F, et al. Platelet and coagulation activation with vascular

endothelial growth factor generation in soft tissue sarcomas. Clin Cancer Res 2000; 6: 166-

171.

3. Dvorak HF. Vascular permeability factor/vascular endothelial growth factor: a critical

cytokine in tumor angiogenesis and a potential target for diagnosis and therapy. J Clin

Oncol 2002; 20: 4368-4380.

4. Baluk P, Morikawa S, Haskell A, Mancuso M, McDonald DM. Abnormalities of basement

membrane on blood vessels and endothelial sprouts in tumors. Am J Pathol 2003; 163:

1801-1815.

5. Wojtukiewicz MZ, Sierko E, Zacharski LR, Zimnoch L, Kudryk B, Kisiel W. Tissue

factor-dependent coagulation activation and impaired fibrinolysis in situ in gastric cancer.

Semin Thromb Hemost 2003; 29: 291-300.

6. Di Micco P, Romano M, Niglio A, et al. Alteration of haemostasis in non-metastatic gastric

cancer. Dig Liver Dis 2001; 33: 546-550.

7. Ozturk M, Sengul N, Dagli M, Kosar A, Bavbek N. Global fibrinolytic capacity in

colorectal cancer: a new clue to occult fibrinolysis. Clin Appl Thromb Hemost 2003; 9: 151-

154.

245

8. Hurwitz HI, Fehrenbacher L, Hainsworth JD, et al. Bevacizumab in combination with

fluorouracil and leucovorin: an active regimen for first-line metastatic colorectal cancer. J

Clin Oncol 2005; 23: 3502-3508.

9. Douketis JD. Perioperative anticoagulation management in patients who are receiving oral

anticoagulant therapy: a practical guide for clinicians. Thromb Res. 2002; 108: 3-13.

10. Szende B, Paku S, Racz G, Kopper L. Effect of Fraxiparine and heparin on experimental

tumor metastasis in mice. Anticancer Res 2005; 25: 2869-2872.

11. Donat R, Mancey-Jones B. Incidence of thromboembolism after transurethral resection of

the prostate (TURP), a study on TED stocking prophylaxis and literature review. Scand J

Urol Nephrol 2002; 36: 119-123.


Upitnici za ispitivanje stavova polaznika programa prema programu i predavačima

(ispitivanje prethodnog znanja prije početka nastave i na kraju predavanja predmeta).




ustanova nositelja studija.

246


Naziv predmeta: MOLEKULSKI MEHANIZMI IMUNOPATOFIZIOLOŠKOG

ODGOVORA U SUSTAVNOM UPALNOM ODGOVORU I

SEPSI

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Jerko Barbić

Prof. dr.sc. Ines Drenjančević

Ustanova nositelja predmeta: Medicinski fakultet Sveučilište Josipa Jurja


Suradnici – izvoditelji: doc. dr. sc. Ljiljana Perić dr.med., mr. sc. Dubravka

Ivic, dr. med., Domagoj Drenjančević dr.med.

Status predmeta: □ obvezni X□ izborni


Cilj predmeta:

Upoznavanje studenata s molekulskim mehanizmima sustavnih reakcija organizma na

ošetećenje tkiva ili infekciju koja dovode do sindroma sustavnog upalnog odgovora i sepse.

Poznavanje ovih mehanizama temelj je novih terapijskih postupaka u liječenju ovog složenog

i u velikom broju slucajeva smrtonosnog stanja.

Sadržaj predmeta:

Definiranje pojmova: sindrom sustavnog upalnog odgovora (SIRS od engl. systemic

inflammatory response syndrome), sepsa, septički šok, sindrom višesustavnog zatajenja

organa (MOFS od engl. multiple organ failure syndrome).

Molekularne osobine najčešćih uzročnika sepse (virulentni čimbenici i adhezijske molekule) i

interakcija s imunološkim sustavom domaćina. PAMP (engl pathogen associated molecular

patterns) kao što su LPS, lipoteikoična kiselina, peptidoglikani i DNA klica i njhova uloga.

Molekulski mehanizmi prepoznavanja PAMP-ova i unutarnjih signala opasnosti u ošetećenju

tkiva (uloga TLR od engl toll like receptors, C-reaktivnog proteina i lektina kao molekula

koje prepoznaju PAMP).

Načela pobude nespecifične i specifične imunosti (uloga makrofaga, limfocita). Uloga

upalnih citokina (TNF-α, IL-1, IL-8) i protuupalnih citokina (IL-10, TGF-β). Prirođeni

nedostaci nespecifične imunosti (komplement, fagociti i prirodna protutijela) u nastanku

sepse. Molekulski mehanizmi kontrole upalnog odgovora u sepsi (uloga LBP, topljivog CD14

receptora, topljivog IL-1 i TNF-α receptora). Alelni polimorfizam gena za TNF-α i IFN-γ i

težina sepse.

Uloga mikrocirkulacije u patogenezi i patofiziologiji sepse: mehanizmi oštećenja i disfunkcije

endotela kao glavni mehanizam nastanka višeoorganskog zatajenja i šoka (uloga NO,

bradikinin, PAF). Sepsa i mehanizmi hemodinamskih promjena. Mehanizmi nastanka

diseminirane intravaskularne koagulacije (DIK).

Klinički pokazatelji SIRS, sepse i MOFS. Suvremeni terapijski postupci koji mogu djelovati

na obrazac imunosnog odgovora u sepsi.


247

Stjecanje vještine izrade pokusa na in vitro vaskularnom modelu sepse (vježba).

Sposobnost izvođenja in vitro pokusa aktivacije limfocita T i određivanja citokina u nadtalogu

tako stimuliranih stanica (vježba). PCR za alelni polimorfizam gena za citokine i TLR.

Praćenje hemodinamske stabilnosti bolesnika na odjelu intenzivnog liječenja (mjerenje

centralnog venskog tlaka, količine tjelesne vode i određivanje laboratorijskih parametara u

navedenim stanjima, klinička demonstracija i vježba)


ECTS bodovi 6


Seminari 5

Vježbe 5

Ukupno 30



Multimedija i

internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene:

Obveze studenata: redovito pohađanje i priprema za nastavu,



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

Cytokines in Severe Sepsis & Septic Shock (Progress in Inflammation Research) Urednici: H. Redl G Schlag. Izdavać: Birkhauser 1. izdanje 2003

Sepsis and Multiple Organ Dysfunction: A Multidisciplinary Approach Urednici: E Deitch, JL Vincent, A. Windsor. Izadavać: WB Saunders 2002

Zeni F et al. Crit Care Med. 1997;25:1095-100.

Wheeler AP et al. N Engl J Med. 1999;340:207-14.

Esmon CT. Immunologist. 1998;6:84-9.

Vervloet MG et al. Semin Thromb Hemost. 1998;24:33-44.


Immunobiology Urednici: CA Janeway, P Travers, M Walport, M Shlomchik. Garlad

publishing V izdanje 2001

Patofiziologija Urednici: S Gamulin, M Marušić, Z Kovač V izdanje Medicinska naklada

Zagreb 2002

Imunologija Andreis I, Batinić D, Čulo F, Grčević D, Marušić M, Taradi M, Višnjić D.

Imunololgija 6.izdanje. Medicinska naklada-Zagreb, 2004.




http://www.amazon.com/exec/obidos/search-handle-url/index=books&rank=relevancerank&field-author-exact=Edwin%20Deitch/104-5822446-9475952

http://www.amazon.com/exec/obidos/search-handle-url/index=books&rank=relevancerank&field-author-exact=Jean-Louis%20Vincent/104-5822446-9475952

http://www.amazon.com/exec/obidos/search-handle-url/index=books&rank=relevancerank&field-author-exact=Alistair%20Windsor/104-5822446-9475952

248


Naziv predmeta: OSNOVE NUTRIGENOMIKE

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Prof.dr.sc. Ljubica Glavaš-Obrovac

Ustanova nositelja predmeta: Medicinski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja


Suradnici – izvoditelji: Prof.dr.sc. Ivan Karner, dr.med.



Cilj predmeta:

1. Upoznati studente kako na molekularnoj razini sastojci hrane utječu na zdravlje

čovjeka direktno ili indirektno mijenjajući ekspresiju gena, metaboličke putove i

homeostatsku kontrolu.

2. Upoznati studente sa značajem razumijevanja i određivanja polimorfizama u genima i

njihove povezanosti s osjetljivošću pojedinih genotipova na tip prehrane, a time i na

promjene u genima važnim u tumorigenezi.

Sadržaj predmeta:

Što je nutrigenomika i uloga mikronutritijenata i makronutritijenata u metabolizmu;

Transkripcijski faktori i na koji način mogu posredovati u interakcijama hrane i gena;

Imunološki odgovor organizma u bolesti; Signalni putovi i prijenos signala u tumorskim

oboljenjima i upalnim reakcijama; Prehrana i geni udruženi s nastankom tumora. Alati za

analizu genoma i njihova primjena u nutrigenomici; Osnove bioinformatike i kako učiniti

podatke korisnim biolozima; Polimorfizam u genima i osjetljivost genotipova na tip prehrane;

Molekularni biomarkeri; Funkcionalna hrana i prilagodba ishrane osjetljivom genotipu.;

Uloga nutraceutika u unapređenju zdravlja i mehanizam njihova djelovanja; Prednosti i upitni

učinci nutraceutika.


Nakon odslušanog kolegija student će:

- razumijeti osnove genetike, genomike i regulacije gena u odnosu na prehranu

- biti sposoban čitati i razumijeti literaturu u polju molekularne prehrane i nutrigenomike

- razumijeti molekularne aspekte i regulaciju metabolizma hrane

- biti sposoban izdvojiti relevantne podatke i informacije s interneta u svrhu istraživanja

učinaka prehrane na razvoj bolesti


ECTS bodovi 5


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 25



Multimedija

i internet

Obrazovanje na

daljinu

Konzultacije Rad u

laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

249

Napomene:

Obveze studenata:

Da bi uspješno savladao ciljeve ovog predmeta student treba redovito pohađati nastavu,

aktivno sudjelovati u «problem-solving» seminarima (e-learning), pratiti literaturu iz

područja, koristiti se genomskim bazama podataka, raspravljati s drugim studentima o

temama predavanja i pripremiti prezentaciju.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave Prezentacij

a

Praktičan rad

Obvezna literatura:

1. S.S. Gropper, J.L. Smith, J.L. Groff: Advanced Nutrition and Human Metabolism,

4th Ed, 2005.

2. J.M. Ordovas, D. Corella: Nutritional genomics. Ann. Rev. Genomics Human

Genetics. 2004;5:71-118.

3. Mathers, JC: The biological revolution – towards a mechanistic understanding of the

impact of diet on cancer risk. Mutation Research/Fundamental and Molecular

Mechanisms of Mutagenesis, 2004;551(1-2):43-49.

4. Davis CD, Milner J: Frontiers in nutrigenomics, proteomics, metabolomics and cancer

prevention. Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of

Mutagenesis. 2004;551(1-2):51-64.


3. T. Brody: Nutritional Biochemistry, 1st Ed, Academic Press, San Diego, USA, 1999.

4. M.H. Stipanuka: Biochemical and Physiological Aspects of Human Nutrition, 1st Ed,

W.B. Sanders, 2000.

5. German J:. Genetic dietetics: Nutrigenomics and the future of dietetics practice

Journal of the American Dietetic Association, 2005;105(4):530-531.

6. Štefanić M, Karner I, Glavaš-Obrovac Lj, Papić S, Vrdoljak D, Levak G, Krstonošić

B: Association of vitamin D receptor gene polymorphisms with susceptibility to

Graves' disease in eastern Croatian population. Croatian Medical Journal

2005;46(4):571-578.

7. Siân B, Astley AB, Elliott RM: The European Nutrigenomics Organisation: linking

genomics, nutrition and health research (NuGO). Trends in Food Science &

Technology, 2005;16(4)155-161.

8. Bingham S. & Riboli E: Diet and cancer – the European Prospective Investigation into

Cancer and Nutrition. Nat. Rev. Cancer 2004;4: 206-215

9. Glavaš-Obrovac Lj, Jakas A, Marczi S, Horvat Š: The influence of cell growth media

on the stability and antitumour activity of methionine enkephalin. Journal of Peptide

Science 2005;11(8):506-511.

10. Marczi S, Glavaš-Obrovac Lj, Karner I: Induction of apoptosis of human tumor cells

by 4,9-diazapyrenium derivative (FDAP) and its affects on topoisomerase II action.

Chemotherapy 2005;51(4):217-222.

11. Baus-Loncar M, Al-azzeh E, Romanska H, Lalani EN, Stamp GWH, Blin N,

250

Kayademir T (2004) Transcriptional control of TFF3 (intestinal trefoil factor) via

promoter binding sites for the nuclear factor kappaB and C/EBPbeta. Peptides.

2004;25(5):849-54.

12. Klapec T, Mandić M, Grgić J, Primorac Lj, Perl A, Krstanović V: Selenium in

selected foods grown or purchased in eastern Croatia. Food Chemistry. 2004;85:445-

452.

13. Kornman, KS, Martha, PM, Duff, GW: Genetic variations and inflammation:: a

practical nutrigenomics opportunity. Nutrition.2004;20(1)44-49.

14. Hu, R, Kong Ah-Ng T. Activation of MAP kinases, apoptosis and nutrigenomics of

gene expression elicited by dietary cancer-prevention compounds. Nutrition.

2004;20:83-88.

15. Azarschab P, Stembalska A, Baus Loncar M, Pfister M, Sasiadek MM, Blin N.

Epigenetic control of E-cadherin (CDH1) by CpG methylation in metastasising

laryngeal cancer. Oncol Rep. 2003;10(2): 501-3.

16. Loncar MB , Al-azzeh E, Sommer PSM, Marinovic M, Schmel K, Kruschewski M,

Blin N, Stohwasser R, Gött P, Kayademir T. Tumour necrosis factor alpha and nuclear

factor kappaB inhibit transcription of human TFF3 encoding a gastrointestinal healing

peptide. Gut. 2003;52(9):1297-303.

17. Glavaš-Obrovac Lj, Klapec T, Mandić ML, Karner I: Anticancer effect of selenium

compounds on human colonic carcinoma cells. Acta Alimentaria 2000;29:295-306.

18. Glavaš-Obrovac Lj, Steiner-Biočić I, Delaš I, Popović M: Medium-chain triacylglycerols

effect fatty acid modification in rat's kidney. Croatica Chemica Acta 1996;69:353-362.



korištenjem upitnika na kraju predavanja predmeta

Rasprave sa studentima i kolegama


povjerenstvo ustanova nositelja studija

http://bib.irb.hr/prikazi-rad?&rad=122899

http://bib.irb.hr/prikazi-rad?&rad=122899

251


Naziv predmeta: INHALACIJSKI ANESTETICI U ZNANSTVENIM

ISTRAŽIVANJIMA

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Slavica Kvolik, znanstveni savjetnik

Ustanova nositelja predmeta: Katedra za anesteziologiju, reanimatologiju i

intenzivno liječenje

Medicinski fakultet, Sveučilište Josipa Jurja


Suradnici – izvoditelji: Mr. Blaženka Dobrošević, dipl. ing

Dr. Ozana Katarina Tot, asistent



Cilj predmeta:

Zadaća kolegija jest dati polaznicima znanja o mogućnostima istraživanja učinaka

inhalacijskih anestetika. Posebno će se obraditi načini primjene inhalacijskih anestetika za

anesteziju kod eksperimantalnih životinja, mjerenje koncentracije i ocjena anestezijskog

učinka. U eksperimentalnom dijelu predočiti će se mjerenja učinka inhalacijskih anestetika

etera, izoflurana ili sevoflurana kao dijela smjese anestezijskih plinova in vivo. Tijekom

seminara studenti će kritički analizirati publikaciju u kojoj se procjenjuje neanestezijski

učinak inhalacijskih anestetika, poput citotoksičnosti ili rasta malignih stanica.

Sadržaj predmeta:

Podjela inhalacijskih anestetika. Sustavi za doziranje inhalacijskih anestetika in vitro. Sustavi

za primjenu inhalacijskih anestetika in vivo i u medicini. Izvođenje inhalacijske anestezije kod

eksperimentalne životinje. Procjena dubine anestezije temeljem ocjene promjene ponašanja

eksperimentalne životinje; minimalna alveolarna koncentracija (MAK). Nuspojave

inhalacijskih anestetika. Ocjena citotoksičnog učinka in vitro i in vivo primjenjenog

inhalacijskog anestetika. Učinak inhalacijskih anestetika na stanični rast. Priprema i bojanje

stanica za protočnu citometriju nakon izlaganja inhalacijskim anesteticima. Tumačenje

rezultata učinka inhalacijskog anestetika, priprema podataka za statističku analizu. Primjena

inhalacijskih anestetika u istraživanjima neanestezijskih učinaka drugih lijekova i metoda.

Prezentacija rezultata.

Objavljene studije o učincima inhalacijskih anestetika. Seminarski rad: kritička analiza

publikacije iz područja primjene inhalacijskog anestetika.


Studenti će se upoznati s metodama primjene i procjene učinka inhalacijskih anestetika in vivo

i in vitro. Tijekom izvođenja vježbi student će izvesti inhalacijsku anesteziju kod

eksperimentalne životinje (miš ili štakor) te procijeniti dubinu i nuspojave anestezije.

Student će kritički procijeniti publikaciju u kojoj se opisuje učinak inhalacijskog anestetika.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

252

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na


laboratoriju

Mentorski

rad

Terenska

nastava

Napomene: Vježbe u trajanju od 5 sati održati će se u laboratoriju Medicinskog fakulteta u

Osijeku i Kliničkog bolničkog centra u Osijeku.


odraditi vježbe te samostalno izvesti jednu anesteziju i analizu jedne publikacije iz područja

uporabe inhalacijskih anestetika.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba


Pismeni ispit Usmeni ispit Seminar Prikaz slučaja Analiza objavljene

publikacije



Obvezna literatura:

KVOLIK, S., GLAVAŠ-OBROVAC, LJ., BAREŠ, V., KARNER, I. 2005: Effects of inhalation

anesthetics halothane, sevoflurane and isoflurane on human cell lines. Life Sci., 77(19): 2369-

2383.

KVOLIK, S., DOBROSEVIC, B., MARCZI, S., PRLIC, L., GLAVAS-OBROVAC, L., 2009: Different

apoptosis ratios and gene expressions in two human cell lines after sevoflurane anaesthesia.

Acta Anaesthesiol. Scand., 53(9):1192-9.

JUKIĆ, M., HUSEDŽINOVIĆ I., KVOLIK, S., MAJERIĆ KOGLER, V., PERIĆ, M., ŽUNIĆ, J., 2011:

KLINIČKA ANESTEZIOLOGIJA, Chapter 5. Inhaled anesthetics; Medicinska naklada

Zagreb


KVOLIK, S. 2008: FARMAKOKINETIKA I FARMAKODINAMIKA LIJEKOVA. U: JUKIĆ, M., I SUR.

Intenzivna medicina. Medicinska naklada, Zagreb. 392-405.

PAVIĆ R, PAVIĆ ML, TVRDEIĆ A, TOT OK, 2011: HEFFER M. Rat sciatic nerve crush injury and

recovery tracked by plantar test and immunohistochemistry analysis. Coll Antropol. ;35 Suppl

1:93-100.




na temelju uspjeha na ispitu i anketa polaznika.

253


Naziv predmeta: MULTIREZISTENTNE BAKTERIJE - IZVORIŠTE,

EVOLUCIJA I METODE DETEKCIJE

OPĆI PODACI:


Modul: Biomedicina

Nositelj predmeta: Doc. dr. sc. Domagoj Drenjančević

Ustanova nositelja predmeta: Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku, Medicinski

fakultet Osijek

Suradnici – izvoditelji: nastavnici Katedre za mikrobiologiju i parazitologiju,

MF Osijek


Godina i semestar u kojem se predmet predaje: I. godina , II. semestar

Cilj predmeta:

Upoznati studente s najčešćim multirezistentnim bakterijama uzročnicima infekcija povezanih

sa zdravstvenom skrbi kao i vanbolničkim multirezistentnim patogenima, s njihovim

habitatima, načinima prijenosa, te postupcima za sprečavanje njihovog širenja. Specifični

ciljevi su usmjereni prema stjecanju znanja o prevenciji multirezistentnih patogena i

metodama detekcije te razumijevanje epidemiologije. Cilj je da student steknu razumijevanje

uloge zdravstvenih postupaka, skrbi i postupaka liječenja i dijagnostike poput invazivnih

zahvata i rizika nastanka bolničkih infekcija kao i uloge bolničke okoline u širenju bolničkih

infekcija.

Sadržaj predmeta:

Defincija, evolucija i izvorište multirezistentnih bakterija. Potrošnja antibiotika, selektivni

pritisak antibiotika i razvoj rezistencije. Mehanizmi rezistencije bakterija na antibiotike.

Rezervoari i širenje multirezistentnih bakterija. Primjena antibiotika u agrarnoj industiriji i

proizvodnji hrane. ESCAPE bakterije. Multirezistentne Gram pozitivne bakterije uzročnici

bolničkih infekcija: meticilin rezistentni Staphylococcus aureus (MRSA), rezistencija na

vankomicin kod S. aureusa – vankomicin umjereno osjetljivi S. aureus (VISA) i vankomicin

rezistentni S. aureus (VRSA), vankomicin rezistentni enterokoki VRE, rezistentni

Streptocccus pneumoniae. Multirezistentne Gram negativne bakterije: enterobakterije koje

produciraju beta-laktamaze proširenog spektra Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae,

anterobakterije koje produciraju karbapenemaze (CRE), multirezistentni nonfermentori

Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophilia.

Rezistencija Gram negativnih bakterija na rezervne antibiotike – panrezistentne bakterije.

Laboratorijska detekcija multirezistentnih bakterija.

Razvoj rezistencije bakterija u vanbolničkoj sredini. Praćenje rezistencije bakterija na

antibiotike na razinama ustanove i države. Nacionalni program za kontrolu bakterija na

antibiotike. Interdisciplinarna sekcija za kontrolu rezistencije bakterija na antibiotike

(ISKRA). Rezistentne bakterije uzročnici izvanbolničkih infekcija: Streptococcus

pneumoniae, izvanbolnički meticilin rezistentni Staphylococcus aureus (CA-MRSA)

Salmonella, ESBL enterobakterije, Mycobacterium tuberculosis. Rezistencija bakterija na

antibiotike koji se propisuju vanbolničkoj populaciji – rezistencija streptokoka na makrolide.

Sprječavanje infekcija uzrokovanih s multirezistentnim bakterijama. Mjere prevencije i

nadzora nad infekcijama uzrokovanih rezistentnim bakterijama.


254

Student će steći znanja o patogenezi i detekciji multirezistentnih bakterija, njihvom izvorištu,

i evoluciji. Biti će osposobljen samostalno prepoznati i definirati najučestalije multirezistentne

bakterije MRSA,VRE, ESBL bakterije I nonfermentore. Također će steći znanja o načinima

sprečavanja bolničkih infekcija. Studenti će steći znanja o dijagnostici infekcija uzrokovanih

multirezistentnim bakterijama, prevenciji i nadzoru nad širenjem bakterijske rezistencije.

Studenti će proširiti postojeća znanja o laboratorijskim metodama detekcije multirezistentnih

bakterija i njihovoj primjeni u biomedicinskim istraživanjima u području mikrobiologije i

infektivnih bolesti.


ECTS bodovi 4


Seminari 5

Vježbe

Ukupno 20



Multimedija

i internet

Obrazovanje na



rad

Terenska

nastava

Napomene: /

Obveze studenata:

Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje na seminarima.



nastavi

Obvezan seminarski

rad

Vježba ili case

study



slučaja

Analiza objavljene

publikacije


nastave


Obvezna literatura:

12. Bacterial Resistance to Antimicrobials, 2nd edition. Lewis K, Salyers AA, Taber HW

Richard GW, editors. CRC Press, Taylor and Francis Group, Boca Raton: 2008.

13. Nikaido H. Multidrug resistance in bacteria. Annu Rev Biochem 2009;78:119-46.

14. Aminov RI, Mackie RI. Evolution and ecology of antibiotic resistance genes. FEMS

Microbiol Lett 2007;271:147-61.

15. Magiorakos AP1, Srinivasan A, Carey RB, Carmeli Y, Falagas ME, Giske CG et al.

Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an

international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance.

Clin Microbiol Infect 2012;18:268-81.

16. Boucher HW, Talbot GH, Bradley JS, Edwards JE, Gilbert D et al. Bad bugs, no

drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America. Clin

Infect Dis 2009;48:1-12.


7. Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ. Application of molecular

techniques to the study of hospital infection. Clin Microbiol Rev. 2006;19:512-30.

8. Antibiotic Resistance, Methods and Protocols. Stephen H. Gillespie, editor. Series:

Methods in Molecular Biology, Vol. 48. Humana Press; New Jersey: 2001.

255

9. Mayhall G. (urednik): Hospital Epidemiology and Infection Control, 3. izdanje;

Lippincott Williams&Wilkins, Philadelphia, 2004.

10. Management of Multiple Drug-Resistant Infections. Gillespie, SH editror. Humana

Press: New Jersey, 2004.



