Procjena uzgojnih vrijednosti - varazdinska-zupanija.hr · Koza A B C Mlijeko (kg) 2.50 1.85 1.65. Prezentacija za uzgajivače, 2009-02 Fenotip = ??? Fenotip Genotip Okolina. Prezentacija

Prezentacija za uzgajivače, 2009-02

Procjena uzgojnih vrijednosti

za svojstva mliječnosti u

kozarstvu


Biotehniška fakulteta– Gregor Gorjanc

– Drago Kompan

– Klemen Potočnik

– Jurij Krsnik

– Miran Štepec

Hrvatski stočarski centar– Zdravko Barać

– Darko Jurković

– Tatjana Sinković

– Marija Špehar

– i suradnici …

Projekt “Uvođenje BLUP-a u

uzgojno-selekcijski rad u

kozarstvu Republike Hrvatske”


Sadržaj

• Malo teorije

• Podaci i ograničenja

• Rezultati obrade podataka

• Uzgojne vrijednosti


Malo teorije


Zašto uzgojno-selekcijski rad?

• Što više proizvoda (mlijeko, sir, meso, …)

to više profita!

• Napredak možemo postići putem:

– tehnologije

– genetike

• pasmina (to izaberemo samo jednom)

• uvoz (skupo, mogućnost uvoza bolesti, …)

• vlastita selekcija


Selekcija

• Selekcija = odabir najboljih životinja, da bi

promijenili populaciju

Napredak


Selekcija

• Mjerimo fenotip – fenotipsku vrijednost

• Koja koza je genetski najbolja?

Koza A B C

Mlijeko (kg) 2.50 1.85 1.65


Fenotip = ???

Fenotip

Genotip Okolina


U praksi znamo samo …

Fenotip

Genotip

Izmerjena fenotipska vrednost

Procjena

genotipske

vrijednosti

Odstupanje

zbog okoline

Okolina


Uzgojna vrijednost?

Fenotipska

vrijednost

Genotipska vrijednost

Uzgojna

vrijednost

Odstupanje

zbog dominance

…


• Metoda BLUP

(najbolje linearno nepristrano predviđanje)

• Što trebamo:

– fenotipske vrijednosti (podaci)

– statistički model “korekcija” fenotipa

– porijeklo

– genetski parametri

Izračun uzgojne vrijednosti

} “izdvojimo” uzgojnu

vrijednost iz

korigiranih podataka


Podaci


Podaci – “test-day”D

ne

vn

a k

olič

ina

mlij

eka

Jarenje

Kontrole mliječnosti

"test-day"

Odbiće

Razdoblje

sisanja

Zasušenje

Razdoblje

mužnje


Fenotip (podaci) za mliječnost

• Osnova je kontrola mliječnosti (ICAR)

↑ Količina mlijeka

↑ Postotak mliječne masti ↑ količina

↑ Postotak mliječnih bjelančevina ↑ količina

↓ Broj somatskih stanica


Podaci iz HSC

• id koze

• id uzgajivača

• pasmina

• datum jarenja

• dob kod jarenja

• redni broj laktacije

• veličina legla

• datum kontrole

• tip kontrole

• dan laktacije

• količina mlijeka

• % masti

• % bjelančevina

• % laktoze

• # somatskih stanica


Podaci

Datum Broj kontrola

2008-06-16 143 422

2008-11-13 140 993

2008-11-27 154 864

2008-11-28 140 993

2008-12-19 154 864

2009-03-01 189 072


Podaci - porijeklo

Datum Broj životinja

2008-11-13 143 422

2008-11-28 140 993

2009-03-01 160 549


Ograničenja

(prikaz za set 2008-12-19)


Pasmina

Pasmina Broj kontrola %

1 Sanska 11 103 ~ 7

2 Fr. alpina 137 850 ~ 89

6 Srnasta 5 862 ~ 4

9, 10, 11 38, 9, 2 /


Datum jarenja - godinaGodina Broj kontrola

1997 53

1998 (1999) 1 746

1999 7 403

2000 11 233

2001 14 022

2002 6 946

2003 19 916

2004 14 735

2005 19 273

2006 24 258

2007 35 279


Datum jarenja - mjesecMjesec Broj kontrola %

1 (1) 41 378 27

2 (2) 72 802 47

3 (3) 29 083 19

4 (4) 6 350 4

5 (4) 2 119 1

6 (4) 622 …

7 (4) 174 …

8 (4) 20 …

9 (4) 3 …

10 (4) 9 …

11 (1) 100 …

12 (1) 2 204 1


Dob kod jarenja

• sezonska proizvodnja kod koza i ovaca

dob kod jarenja varira slično kao stadij

laktacije i kao sezona (ljeto, proljeće, …)

• nismo uzeli u obzir!


Redni broj laktacije

Red. laktacije Broj kontrola %

1 41 214 27

2 34 932 22

3 26 833 17

4 19 198 12

5 13 092 8

6 8 250 5

7 5 730 4

8 2 969 2

9+ 2 646 2


Redoslijed laktacije - zašto baš <7.?

• Manji broj podataka teško modelirati

• Kad koza završi 6. laktaciju, ima dovoljno

podataka o svojoj proizvodnji pa nije problem

ako joj izbacimo nekoliko podataka

• U 6. još je puno/dosta podataka


Veličina legla (broj živorođene jaradi)

Veličina Broj kontrola %

1 (1) 86 373 56

2 (2) 62 759 40

3 (3) 5 284 3

4 (3) 415 …

5 (3) 30 …

6 (3) 3 …


Dan laktacije

Dan laktacije

0 50 100 150 200 250 300 350

• Ograničenje

– min 5 dni

– max 305 dni


Mlijeko

• ICAR

– min = 0.3 kg

– max = 30.0 kg

• Podaci

– min = 0.1 kg

– max = 32.6 kg

• Ograničenje

– min = 0.3 kg

– max = 10.0 kg

Mlijeko (kg)

0 2 4 6 8 10


Pregled min/max!


Pregled min/max!


% masti

• ICAR

– min = 2 %

– max = 9 %

• Podaci

– min = 0.3 %

– max = 13.3 %

• Ograničenje

– min = 1 %

– max = 9 %

Mast (%)

0 2 4 6 8 10


% bjelančevina

• ICAR

– min = 1 %

– max = 7 %

• Podaci

– min = 0.02 %

– max = 90.3 %

• Ograničenje

– min = 1 %

– max = 7 %

Bjelančevine (%)

0 2 4 6 8


Broj somatskih stanica

Somatske stanice

0 2000 4000 6000 8000 10000


# somatskih stanica

• Transformacija log2

• Ograničenje

– min = 3

(20 ss)

– max = 20

(1 000 000 ss)

Somatske stanice (log2)

5 10 15 20


Porijeklo

• Logične kontrole

– životinja nije sama sebi otac ili majka

– otac i majka nemaju isti ID

– otac nije muškog spola

– majka nije ženskog spola

– otac nije mlađi od 8 mjeseci

– majka nije mlađa od 8 mjeseci


Ukupno smo izbacili

• Kontrole 11884 ~ 8 %

– redoslijed laktacije > 6 (11316)

– …

• Porijeklo 360

– otac nije mlađi od 8 mjeseci (219)

– majka nije mlađa od 8 mjeseci (125)


Rezultati obrade

podataka


• Metoda BLUP

(najbolje linearno nepristrano predviđanje)

• Što trebamo:

– fenotipske vrijednosti (podaci)

– statistički model “korekcija” fenotipa

– porijeklo

– genetski parametri } “izdvojimo” uzgojnu

vrijednost iz

korigiranih podataka

Izračun uzgojne vrijednosti


Izabrani modeli

• mlijeko, mast, belj.

– pasmina

– dan laktacije (dl)

– vel. legla dl

– red. laktacije dl

– godina jarenja

– mjesec jarenja

– uzgajivač

– uzgajivač dan kontrole (htd)

– uzgojna vrijednost

– permanentno okolje

• % masti, % belj., ss

– pasmina

– dan laktacije (dl)

– vel. legla

– red. laktacije

– godina jarenja

– mjesec jarenja

– uzgajivač

– uzgajivač dan kontrole (htd)

– uzgojna vrijednost

– permanentno okolje


Pasmina

Sanska Fr. alpina Srnasta

Mlijeko 2.48 2.12 1.86

Mast (kg) 0.083 0.074 0.065

Belj. (kg) 0.074 0.064 0.060

Mast (%) 3.47 3.60 3.63

Belj. (%) 3.06 3.13 3.33

SS (log10) 2.73 2.76 2.76


Dan laktacije

Mlijeko


Dan laktacije

Mlijeko

SS

Mast %

Belj. %


Dan laktacije

Belj., kg

Mast, kg


Dan laktacije i redni broj laktacije

Mlijeko


Dan laktacije – red. laktacija

Mlijeko Mast %

Belj. % SS


Dan laktacije – vel. legla

Mlijeko


Mjesec jarenja

11-1 2 3 4-10

Mlijeko 2.21 2.16 2.04 1.92

Mast (kg) 0.076 0.075 0.072 0.068

Belj. (kg) 0.067 0.066 0.063 0.060

Mast (%) 3.54 3.58 3.64 3.72

Belj. (%) 3.08 3.12 3.17 3.26

SS (log10) 2.70 2.75 2.81 2.91


Uzgojne vrijednosti


IDMlijeko

(g)

Mast

(%)

Mast

(g)

Belj.

(%)

Belj.

(g)

IBM

(g)

A +494 -0.30 +11.6 +0.04 +14.7 +41.0

B +8 +0.32 +8.2 +0.32 +2.3 +17.4

C -142 +0.16 -3.4 +0.15 -3.9 -19.0

D -419 -0.32 -16.1 +0.11 -13.2 -42.5

UV - primjer


Kako koristimo UV?

Očekivana UV potomaka:

UVpotomak = ½ UVotac + ½ UVmajka

UVpotomak = ½ 0.2 kg + ½ 0.3 kg = + 0.25 kg

Očekujemo da će potomak biti bolji od

prosjeka populacije za 0.25 kg


Indeks

• Kad imamo UV za više svojstava:

– količina mlijeka

– postotak mliječne masti

– postotak mliječnih bjelančevina

– …

možemo sve složiti u indeks – u jednu

vrijednost

Indeks = w1 UV1 + w2 UV2 + … + wn UVn


• U Sloveniji u kozarstvu koristi se tzv. IBM

IBM = 2 UVbeljg + 1 UVmastg

“Dva puta količina bjelančevina

+

količina masti”

Indeks

Prezentacija za uzgajivače, 2009-02Standardizirana uzgojna vrijednost

Ra

sp

od

jela

živ

otin

ja

40 60 80 100 120 140 160

5 %

Dobra

(+)

Slaba

(-)

• UV izračunamo kao odstupanje od prosjeka

• Standardizacija zbog lakše upotrebe

Standardizacija


IDMlijeko

(g)

Mast

(%)

Mast

(g)

Belj.

(%)

Belj.

(g)

IBM

(g)

A 121 87 116 101 123 121

B 103 112 106 119 106 106

C 97 105 99 108 98 98

D 87 86 84 106 85 84

UV – primjer (standardizirano)


Izvješće za uzgajivače

• Tablica sa UV i indeksom za sve životinje

• Za cijelo stado (a možemo i za svako

kozu) odaberemo najoptimalnijeg jarca

tako da:

– povećamo genetski napredak

– uz najmanji porast inbridinga

(parenja u srodstvu)



Dobro je znati

• Procijenjene uzgojne vrijednosti su samo

oruđe za selekciju još uvijek uzimajte u

obzir i vanjski izgled, zdravlje, …

• Praktični problemi

– životinja nije na spisku (izlučeni ili netočni podaci)

– uzgojna vrijednost se ne poklapa sa fenotipom

– uzgojna vrijednost se je promijenila

– …

Documents

Procjena uzgojnih vrijednosti - varazdinska-zupanija.hr · Koza A B C Mlijeko (kg) 2.50 1.85 1.65. Prezentacija za uzgajivače, 2009-02 Fenotip = ??? Fenotip Genotip Okolina. Prezentacija