PCR MÚLTIPLE PARA DETECCIÓN RÁPIDA DE INFECCIONES OCULARES

PCR EN TIEMPO REAL DETECCIÓN DE PATÓGENOS EN INFECCIONES OCULARES

Escuela de Optometría

Patricia Durán Ospina

Escuela de optometría

http://www.linkedin.com/pub/patricia-duran-ospina/39/90a/97a

Investigative Ophthalmology and Visual Science Scimago Factor H: 183

ObjetivoEvaluar un Nuevo test PCR multiple para detección simultánea de 24 patógenos eninfección ocular.



El problema…..


Queratitis micóticas

Queratitis micóticas

Fusarium Penicillium

Alternaria Aspergillus


Fuente. Queratitis por Pseudomona. Durán, P. et al. Revista Chilena de Infectología 2008

Signos característicos de la infección por Chlamydia trachomatis

Tracoma – Conjuntivitis de inclusión en el adulto


Signos característicos de la infección por Adenovirus FFC o QCE


Infecciones mixtasFusarium solani

Pseudomona aeruginosaAdenovirus

CMV

Diagnóstico Rápido: PCRPCR Múltiple: variante de la PCR tradicional dos o más loci se

amplifican simultáneamente en la misma reacción

Tradicional: Cultivos en medios de cultivo (más días, no especie, mas costosa).



Fast Track

http://www.fast-trackdiagnostics.com/


Técnica PCR empleada

PCR reacción en cadena de la Polimerasa (Microsporidia, Propionibacterium acnés, Toxoplasma

gondii)

Uniplex, Multiplex

Panfungal PCR usando ITS demostró ser más sensible para diagnosticar hongos.

Usando primers de diferentes hongos es mayor que 18 S rDNA, 28S rDNA primers.


ITS - internal transcription spacer

El espaciador transcrito interno (ITS) Espacio del ADN

situado entre el ARN ribosómico subunidad pequeña

(rARN) y los genes de rARN de la subunidad grande en el

cromosoma o la región transcrita correspondiente en el

transcodificador policistrónico del ARNr precursor.


ITS - internal transcription spacer

En bacterias, ITS 1 está localizado en los genes 16S y 23S en el rRNA.

rARN es un componente de subunidad 30S de ribosomas procariontes

(Shine-Dalgarno). Short-Chain Dehydrogenases/Reductases “SDRS”.

Los genes que codifican: genes del 16 rRNA, y se utilizan para la reconstrucción

de filogenias.

Mientras que en eucariotes: existen dos: ITS1 e ITS2, en plantas está en la

fracción 18S y 5,8 S y en animales 28S

Ancestros genéticos……


http://iovs.arvojournals.org/article.aspx?articleid=2611258

Multiplex solid-phase strip PCR assay (referred to as strip PCR)

Extracción del DNAQI Aamp MinElute Virus Spin kit (Qiagen, Hilden, Germany)Nanodrops 2000 (ThermoFisherScientific, USA).Primers: Bacterias: 16S rRNAFungal: 28SrRNA




Fuente: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822004000200006


http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822004000200006



Date of download: 9/5/2017 The Association for Research in Vision and Ophthalmology Copyright © 2017. All rights reserved.

From: Establishment of Multiplex Solid-Phase Strip PCR Test for Detection of 24 Ocular Infectious Disease Pathogens

Invest. Ophthalmol. Vis. Sci.. 2017;58(3):1553-1559. doi:10.1167/iovs.16-20556

Muestras positivas para (A) bacterial 16S rRNA (5/10 samples, 39.77 ± 0.51 cycles) and (B) fungal

28S rRNA (3/10 samples, 40.55 ± 0.96 cycles) present in the PCR amplification reagents, as well as

for (C) P. acnes (5/10 samples, 37.10 ± 1.52 cycles), a resident microorganism in ocular fluids and

tissues. The cut-off of Cq values (a dotted line in the graph) was set to avoid false-positive results as

follows: 35.00 for bacterial 16S and fungal 28S rRNA, and 33.00 for P. acnes.

Comparación: Strip PCR, qPCR (Cuantitativa) , y PCR Capilar

Sensibilidad: strip PCR con PCR capilar y qPCR.

Strip PCR detectó HSV1, HSV2, VZV, EBV, CMV, HHV6 ,

HHV7, HTLV-1, adenovirus,bacterial 16S rRNA , Candida sp. C.

glabrata, Aspergillus, 28S rRNA fúngico, T. gondii, C.

trachomatis, and Acanthamoeba.

Strip PCR, y qPCR, fueron más sensibles que la PCR capilar.

Nuevos patógenos detectados con strip PCR: adenovirus, P.

acnes, Candida sp., C. glabrata, Aspergillus, Fusarium, C.

trachomatis, and Acanthamoeba.


