Disusun Oleh : Agus Wahyudi, S.Si., Apt.A. Download Pdb (struktur 3D Protein target).Misalkan Protein target obat adalah enzim Cyclooxygenase-2 dengan PDB ID : 6COX. Buka http://www.rcsb.org/pdb lalu pada kolom search ketik 6COX sehingga muncul

Klik Download Files > klik PDB file (text).File PDB 6COX terdownload. B. Preparasi Protein (dengan Yasara 11.3.2 dan lanjut ke AutoDockTools 1.5.6) Menghapus residue yag tidak diperlukan dalam proses docking.Buka Yasara 11.3.2 File > Load > pdb file => cari lokasi penyimpanan 6COX.pdb lalu klik OK

Hapus file yg tidak dibutuhkan, hingga yang tersisa hanya asam amino dari molekul A.Cara menghapus : Klik kanan residu yang mau dihapus > pilih DeleteKini yang tersisa hanyalah Molekul A (asam-amino)

Simpan : File > Save as > pdb file

Lalu akan muncul

Klik 1 6COX dan klik juga 6COX lalu klik OKLalu akan muncul

Klik OKClose Yasara. Klik OKRename file tersebut menjadi Reseptor.pdb

Selanjutnya Buka AutoDockTools 1.5.6 (Klik Remind me Later) Buka file pdb reseptor : File > Read Molecule > Reseptor.pdb Tambahkan atom hidrogen : Edit > Hydrogens > Add

Hingga Muncul

Klik Polar Only (Seperti gambar) lalu Klik OK Klik Grid > Macromolecule > Choose

Lalu akan munculKlik Reseptor lalu Klik Select Molecule.Klik OK Simpan file di My Documen > vina tutorial dengan nama Reseptor.pdbqt Selanjutnya Pembuatan Grid Box Sebelum itu silahkan di undisplay semua asam amino yg bukan binding site. Sehingga yang tampak di layar hanya Binding Site.

Membuat Grid Box : Grid > Grid Box

Lalu muncul

Pada kolom Spacing (angstrom) => ubah hingga menjadi 1Atur Number of points in x-dimension (y dan z juga) sesuai dengan ukuran Binding Site.Atur Center Grid Box (x,y, dan z) sesuai dengan ukuran Binding siteGrid Box harus menutupi semua binding site, ukurannya sekecil mungkin.Lalu catat nilai x y z nya (number of point dan center nya )Contoh :Number of point (size) x = 22y = 20z = 24center x = 22.237y = 23.896z = 46.207

C. Preparasi Ligand (Native Ligand dan Ligand Sampel)Untuk Preparasi Native Ligand, digunakan software Yasara dan AutoDockTools Buka Yasara, File > Load > pdb file => cari lokasi penyimpanan 6COX.pdb lalu klik OK Hapus semua molekul hingga yang tersisa hanyalah native ligand (S58 701) pada molecule A Klik kanan molekul yang akan dihapus lalu klik Delete. Simpan => (sama seperti preparasi reseptor). Close Yasara. Klik Yes. Selanjutnya Buka AutoDockTools, Buka File 6COX yg sudah disimpan tadi (yg hanya tersisa native ligand) => Klik Ligand > Input > Open > pilih file yg akan dibuka (file pdb)

Pengecekan rotatable bond

Ligand > Torsion tree > Choose TorsionsLalu akan muncul

Jika ada rantai yg berwarna UNGU, klik Make amide bonds rotatable/Make guanidium bonds rotatable hingga rantai berubah menjadi hijau. Lalu Klik Done Output

Klik Ligand > output > save as pdbqt => simpan di my document/vina tutorialRename menjadi Ligand.pdbqt

Untuk ligand biasa (sampel) Misal : Paracetamol, dapat digambar secara manual dengan MarvinSketch dan dapat pula diunduh dari http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound/ (jika tersedia)Gambar Manual Gambar Manual ParacetamolBuka MarvinSketch 15.3.9

Cek Protonasi di pH 7.4 Calculations > Protonation > Major MicrospeciesLalu Muncul Major Microspecies Option => Klik OKLalu Muncul kotak dialog lagi => Klik OK Lalu Muncul Major Microspecies (Gambar struktur) => Klik kanan gambar struktur > Save as => Paracetamol.mrv . Simpan di dekstop saja.Close MarvinSketch. Buka Lagi MarvinSketch. Buka file yang tadi disimpanFile > Open > Paracetamol.mrv Pencarian Konformasi terbaikCalculations > Conformation > Conformer Muncul Conformers Options => klik OKMuncul Kotak Dialog => Klik OKMucul Conformers => Klik Conformer 1 (sebelah kiri atas) > klik Select SimpanFile > Save as > Paracetamol.pdb (simpan di My documents/vina tutorial)

Download dari http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound/ Buka http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound/

Di kolom search ketik Paracetamol lalu tekan enter.Muncul

Pilih sesuai dengan yg anda cari... berarti yg nomor 1. Klik Lalu Klik 3D Conformer > Klik Download > SDF : save

Konversi file .sdf ke file .pdbBuka file .sdf yang sudah didownload dengan Pymol Viewer.Lalu Klik File > Save Molecule > Paracetamol.pdb (simpan di my documen/vina tutorial)Close Pymol Viewer.Lanjutkan dengan Preparasi Paracetamol (Ligand Sampel) dengan AutoDockTools. Caranya sama dengan preparasi Native Ligand.D. DockingSebelum mendocking, kita mesti membuat Conf. TextBuka Text Document (Notepad)Lalu masukkan nilai dari Center x, y, z dan Size nya (seperti gambar berikut)

Simpan dengan nama confligand. Simpan di My document/Vina tutorialClose notepad.Proses Docking menggunakan Command PromptBuka Command prompt lalu ketik seperti ini

Jika sukses maka proses docking akan berjalan

Ketika selesai,

Yang diambil adalah yang No.1 11.4 kcal/molE. Validasi MetodeDilakukan dengan cara menghitung nilai RMSD antara native ligand yang sudah diisolasi dengan native ligand hasil docking (yg baru saja kita docking) Buka Yasara Buka File native ligand yg tadi kita isolasi dari PDB (lihat preparasi native ligand) (Ligand.pdb)File > Load > pdb file => Ligand.pdb Buka file Hasil Docking Native Ligand File > Load > pdb file => outligand.pdbqt Hapus outligand 2-5Klik kanan > Delete Pengukuran RMSD

Analyze > RMSD of > ObjectsLalu muncul

Klik 1 Ligand Klik Ligand Klik OKLalu muncul

Klik 2 outligand_1 Kik outligand_1 Klik OKLalu Muncul

Klik Seperti Gambar Di atas lalu Klil OKLalu Muncul

Didapatkan RMSD = 1.1187AngstromHasil RMSD ternyata < 2A. Hal ini membuktikan bahwa metode yang kita gunakan VALID. Software Docking yang kita pakai (AutoDockVina) mampu memposisikan Ligand pada Binding site. Selanjutnya bisa dilakukan docking Sampel lain (Ligan lain, misal paracetamol, celecoxib dll)