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ATELIER VIGIE-CHIRO Yves Bas, Jean-François Julien et nombreux autres collègues

ATELIER VIGIE-CHIRO

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Présentation PowerPointThèmes possibles
2) Matériels : pas mal de nouveautés
3) Résultats obtenus : petite synthèse
4) Identification automatique : pourquoi et comment ?
5) Interprétation/visualisation des données : référentiels, graphes, cartes
6) Des données sur d’autres taxons : sauterelles & co
7) The Future : perspectives d’évolution
Principe d’un suivi acoustique
• Enregistrements standardisés (=répétables)
Routier
6 minutes
10 x 2 km / 25 km/h 10 points / 2x2 km squares
Routier Pédestre
/ carrés 2x2 km
Scenarios
dévolution
du réseau :
Simulations sur la base des données Vigie-Chiro : - Activité moyenne (corrected by latitude/longitude)
- Variabilité spatiale (variance entre sites)
- Variabilité temporelle (variance entre passages d’un même site)
Comparaison des protocoles
0
5
10
15
20
25
représentativité (bord de route)
Espèce Routier Pédestre Point Fixe
Barbastella barbastellus O O X
Eptesicus serotinus X O O
Miniopterus schreibersii O O X
Myotis daubentonii O X X
Nyctalus leisleri X X O
Nyctalus noctula X O O
Pipistrellus kuhlii X X X
Pipistrellus nathusii X X X
Pipistrellus pipistrellus X X X
Pipistrellus pygmaeus X O X
Plecotus spp. O O X
Batlogger, mono,
7j ~1100 €
Petersson D500
Anabat Swift
SM3, stéréo
> 1kg, ~1600 €
SM4, mono
-0.25
-0.2
-0.15
-0.1
-0.05
0
0.05
Accroissement annuel(2006-2016)
Résultats toujours provisoires !! Mise à jour printemps 2018
Carte de prédiction des densité d’activité de chasse de la Sérotine commune
Carte de densité de colonie
Sérotine P. de Kuhl
P. communeN. de Leisler
Common bats are more
Biological Conservation 217 (2018) 66–74
Mise en évidence de
Résultats à une échelle locale. ~ attraction/ répulsion.
***
**
*
Effets fixes: Luminance moy. OU % surface imperméab. + % agricole
+ covariables météo + date. Effet aléatoire: Numéro de circuit.
Modèles calculés avec toutes les combinaisons de prédicteurs (Luminance vs. Imperméabilisé)
Multi-Model Averaging
light pollution,
.
• Validation systématique juste impossible…
L'identification auto : pour quoi ?
2006-2017 4.3 million bat
L'identification auto : pour quoi ?
• D’autres bonnes raisons moins bien connues:
1) La validations manuelles s’améliorent avec le temps (connaissance, compétence…)! Mais ça biaise les tendances… Solution: ré-analyser automatiquement les données
2) De très intéressantes données sur d’autres taxons, particulièrement les sauterelles !
Jeliazkov et al. (2016) GECCO Newson et al. (2017) MEE
Mais, est-ce que c’est dangereux ??
• C’est évidemment imparfait, donc il est INDISPENSABLE :
1) D’estimer le risque d’erreur par une validation partielle des données
2) D’en tenir compte dans les analyses et interprétations
=> C’est ce qu’on appelle l’identification semi-automatique
Example d'analyse semi-automatique
Example d'analyse semi-automatique
• Prédiction de l'erreur / indice de confiance
Example d'analyse semi-automatique
• Prédiction de l'erreur / indice de confiance
– 1) Regression logistique
Confidence score
– 1) Regression logistique
11% de faux positifs mais seulement avec des indices faibles
Barré et al. (in prep)
• Prédiction de l'erreur / indice de confiance
– 1) Regression logistique
Barré et al. (in prep)
• Prédiction de l'erreur / indice de confiance
– 1) Regression logistique
Seuil à risque d'erreur < 50% => Estimation la plus juste
Seuil à risque d'erreur < 10% => Sous-estimation de l'activité mais moins de faux positifs
Barré et al. (in prep)
• Prédiction de l'erreur / indice de confiance
– 1) Regression logistique
Example d'analyse semi-automatique
Seuil à risque d'erreur < 10% => Sous-estimation de l'activité mais moins de faux positifs
Seuil à risque d'erreur < 50% => Estimation la plus juste
Barré et al. (in prep)
• Prédiction de l'erreur / indice de confiance
– 1) Regression logistique
– 1) Regression logistique
Confidence score
ATTENTION le risque d’erreur est contexte- dépendant, notamment l’abondance relative entre espèces Travail en cours : intégrer le « contexte » dans l’identification auto
Comment ça marche ?
Extracting 271 numerical features per event, describing frequency / amplitude / time
User-friendly interface to quickly label sound events 1 115 909 to
date
End use freely available in a web portal: vigiechiro.herokuapp.com
Bas et al. (2017) Journal of Open Research Software
• L’exemple du logiciel Tadarida (open source)
Comment ça marche ?
Disponible gratuitement via notre portail : vigiechiro.herokuapp.com
Collecte de données
• Un premier bilan automatique via le portail
Vigie-Chiro : référentiels
Nb moyens de contacts / circuit routier :
25.1
Nb moyens de contacts / circuit routier :
25.1
Comparaison à un référentiel national (Haquart 2013) => enjeux de conservation
Eprouvé comme outil d’évaluation de la gestion sur la base de données Vigie-Chiro (Vandevelde et al. 2014, Kerbiriou et al. 2018)
Vigie-Chiro : référentiels
Vigie-Chiro : référentiels
2 espèces dont l’activité est toujours faible à modéré :
Comparaison des activités locales au référentiel :
Vigie-Chiro : référentiels
2 espèces dont l’activité est toujours faible à modéré :
Disproportion d’abondance forte à très forte : enjeu local ++
Comparaison des activités locales au référentiel :
Vigie-Chiro : référentiels
Peut également s’appliquer à des espèces plus rares (peu de données nécessaires) :
Vigie-Chiro : référentiels
Peut également s’appliquer à des espèces plus rares (peu de données nécessaires) :
Barbastelle
Un référentiel d’activité saisonnière (ici pour le Languedoc)
-0.2
-0.15
-0.1
-0.05
0
0.05
0.1
0.15
Estimated trends (2006-2016)
Un vrai outil de visualisation des données
Des infos de comportement (transit, chasse, social)
Des stations continues sur l’année
Un traitement de la bande audible
Des tendances sur les oiseaux nocturnes, les grillons ?
Thank you for your attention!
… and many thanks to all the participants of Vigie- Chiro: Alain Abba, Olivier Allenou, Karine Ancrenaz, Ronan Arhuro, Edith Armange, Jacqueline Armange, Arnaud Bak, Yves Bas, Franz Barth, Jean- Pierre Bavent , Paul Ballongue, Joël Bec, Yannick Bernicot, Elodie Bideau, Romain Bion, Laurent Bokhor, Yves Bolnot , Sandrine Bouligand, Annick Boutard, Pierre Boyer, Sandrine Bracco, Célia Bresson, Matthieu Buis, Nathalie Carnino, Bruno Cart, Livio Casella, Pascal Cavalin, Julien Cavallo, Frédéric Chapalain, Claude Chapalain ,Thomas Chatton, Dominique Chavy, Nicolas Chenaval, Pierre Chico-Sarro, Julie Coulhon, Denis Couvet, Flore Cambon, Cindy Da Costa, Thomas Darnis, David Yves, Leïla Debiesse, Louis De Redon, Guy Derivaz, Robin Dérozier, Nicolas Deguines, Michel Di Maggio, Romuald Dohogne, Samuel Dorange, Aggeleki Doxa, Grégory Duclaud, Léa Dufrêne, Cécile Edelist, Alexandre Emerit, Gilles Faggio, Anne Ferment, Grégory Fiquer, Cyrille Frey, Nicolas Fillol, Ondine Filipi- Codaccioni, Nicolas Flament, Benoît Fontaine, Jérôme Fouert-Pouret, Marie-Hélène Froger, Cécile Hignard, Anne-Sophie Gadot, Laurent Gager, Yann Gager, Miguel Gailledrat, Gilles Galbrun, Sébastien Galtier, Sébastien Gaultier, Amandine Gasc, Gérard Goujon, Anne-Laure Gourmand, Antoine Griboval, Jean Guinard, Benjamin Guyonnet, Mélanie Hinz, Clément Heroguel, Colette Huot-Daubremont, William Huin, Emmanuel Jacob, Frédéric Jiguet, Florie Johanot, Jean-François Julien, Christian Kerbiriou, Roman Landouzy , Sabrina Languin, Marion Laprun, Cécile Larivière, Marine Lauer, Virginie Ledez , Mathilde Lesur, Benoit Lecaplain, Thomas Le Campion, Isabelle Le Viol, Catherine Longuet, Romain Lorrillière, Jean Pierre Lair, Laura Lugris, Nathalie Machon, Olivia Magnoux, Sylvain Mahuzier, Louis Manche, Julie Maratrat, Alexandre Mari, Olivier Matton, Jean-François Magne, Charlie Mangin, François Martin, Julien Masquelier, Antoine Meirland, Sébastien Merle, Anne Métaireau, Robert Meunier Jean- Batiste Mihoud, Didier Montfort, Sylvain Montagner, Justine Mougnot, Jean Pierre Moussu, Romain Morvan, Bruno Munilla, Dominique Munilla, Gilles Naudet, Issa Nidal , Grégory Patek, Christophe Parisot, Roman Pavisse, Marie Pellé, M. Penpeny, Hérvé Picq, Yannick Pochon, Arthur Pommerais, Emmanuelle Porcher, Olivier Renault, Sylvain Richier, Gaétan Rizet, Loïc Robert, Magali Roche , Dominique Rombaut, Philippe Roy, Salaun Loic, Etienne Sarrazin, David Sautet, Maurevas Sempé, Silva Régina, Nathalie Sionneau, Bérengère Soye, Anne Thebault, Anne Tessedre, Celine Teplitsky, Vincent Ternois, Jean-Paul Urcun, Denis Vandromme, Pauline Van Laere, Fabien Verfaille, Alan Vergnes, Marie-Laure Villa , Sophie Wrobel, Maxime Zucca, Adeline Pichard, Berenger Remy, Elouan Meyniel, Erwan Guillon, Frederic Bichon, Florence Mattutini, Etienne Ouvrard, Jerome Fuselier, Julien Tranchard, Julien Penvern, Justine Przybilski, Laurene Trebucq, Margaux Charra, Matthieu Vaslin, Marie-Lilith Patou, Sebastien Devos, Vincent Prié, Clément Lemarchand, Clémentine Azam, Christophe Boulanger, Charlotte Roemer, Thierry Disca, Antoine Robiquet, Josselin Boireau, Benjamin Même-Lafond, Anaïs Madeleine, Guillaume Duthion, Rémi Jullian, Célia Colin, Perrine Lafargue, Peggy Fournial, Christian Bottau, Clelia Moussay, Pascal Gillet, Matthieu Lascève, Thomas Dubos, Nicolas Ampen, Laure Suteau, Pierre Lacosse, Carole Attié, Alain Texier, OPN Marais Poitevin, Clément Lemarchand, Olivier Pichard, Olivier Vinet, Sylvain Ducruet, Claire Moine, François Chiron, Arthur Vernet, Asso les Landes, Jérôme Adeline, Fabien Sane, Séverine Marly, Kevin Lhoyer, Sylvain Abdulhak, Sébastien Turpin, Florian Yvert, Julia Seitre, Etienne Cornieux, Florian Turpin, David Pinaud, Laurent Bourgoin, Avana Andriamboavonjy, Jean- François Holtoff, Jérémy Garin, Christophe Parisot, Guilhem Christophe, Guilhem Battistella, Julien Godon, Julie Marmet