struktūras

Mucas, plāksnes un pakavi

Kopīgās iezīmes

• Paralēlas virknes ir izkārtotas plāksnēs vai mucās

• Individuālas virknes ir savienotas ar spirālēm

• motīvs ir galvenā sastāvdaļa

TIM muca

Pirmo reizi novērots enzīmā Triozes fosfāta Izomerāzē

TIM mucas kodols

• Kodols ir piepakots ar hidrofobām aminoskābēm

• Sānu ķēdes izkārtotas 3 slāņos

Izņēmuma gadījums...

• Koenzīma A mutāzei ir hidrofila kabata mucas iekšpusē

• Koenzīms A (zaļš) piesaistās hidrofilajā kabatā

TIM muca kā domēns

• Daudzdomēnu proteīnos ar TIM mucu, enzimātiskā funkcija vienmēr lokalizējas TIM mucas domēnā

Aktīvā centra novietojums TIM mucas enzīmos

• Aktīvais centrs ir novietots mucas augšpusē starp cilpām virkņu C-galā

Dubultās TIM mucas

• Fosforibozilantranilāta (PRA) izomerāze un indoglicerolil fosfāta (IGP) sintāze E.coli

• Enzīms katalizē divas reakcijas triptofāna biosintēzē

1. mucas katalizētā reakcija

2. mucas katalizētā reakcija

Citiem miroorganismiem mēdz būt divi atsevišķi enzīmi, katrs sastāv no vienas TIM mucas

Vēl citiem mikroorganismiem līdzīgā enzīmā ir trīs TIM mucas; trešā katalizē nākošo reakciju triptofāna biosintēzē

TIM mucas: enzīmu evolūcijas piemērs

• Mutējot aminoskābes aktīvā centra cilpās evolūcijas gaitā var rasties enzīmi ar pilnīgi jaunu funkciju

• Varētu būt, ka visi TIM mucu saturošie enzīmi ir evolucionāri radniecīgi

Abas reakcijas katalizējošie enzīmi ir TIM mucas ar 26% identitāti

-pakava folds

Parastais zirga pakavs pakavs

pakava hidrofobais kodols

• Atrodas starp virknēm un spirālē, NEVIS pakava vidū

• Daudz leicīnu

Leicīna bagātie atkārtojumi (LRR, leucine rich repeats)

pakava proteīnos

• a- alifātiska aminoskābe• X- jebkura aminoskābe• LRR sekvence ir pietiekoši konservatīva, lai pakava

proteīnus varētu atpazīt tikai no aminoskābju sekvences

atvērtā savērptā (open twisted) plāksne

• Paralēla vai jaukta plāksne ar spirālēm abās pusēs

• virkņu skaits var būt no 4 līdz 10• Saukts arī par Rosmana foldu

Topoloģija• TIM mucu un LRR proteīnos topoloģija ir

fiksēta• atvērtajā savērptajā plāksnē topoloģija var

būt ļoti dažāda

TIM

piemēri atvērtajai savērptajai plāksnei

Aktīvā centra novietojums atvērtajā savērptajā plāksnē

• Aktīvais centrs atrodas to divu -virkņu C-galos, no kurām cilpas iet uz pretējām plāksnes pusēm

Parastie sendviči

Sendviči....

Proteīnu struktūru sendviči

Proteīnu struktūru senviči

• Daudzslāņainas molekulas, katrs slānis ir veidots no vai struktūras

• Visbiežāk sastopamie: • dubultais sendvičs• trīskāršais sendvičs• trīskāršais sendvičs• dubultais sendvičs• atvērtā savērptā plāksne ir ...• Pareizi, trīskāršais sendvičs

Kas tas?

• TATA boksa piesaistīšanās proteīns (TBP) ir ... sendvičs• Pareizi, dubultais

Vai ir arī citi proteīni?

• Pastāv vēl ļoti daudz proteīnu foldu• Lielākajai daļai to tiem ir ļoti maz pārstāvju,

tādēļ tie sīkāk netiks apskatīti