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Donat Agosti Plazihttp://plazi.org
OpenData.ch/20151. Juli, Uni Bern
Open Biodiversity Data:Auf der Suche nach den
verlorenen Arten
Lateinische Namen als Zugang zur Wissenschaft
Treatment
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RDF
Die wissenschaftliche Herausforderung
1 tnntttccca cgaataaata atataagatt ttgattatta cctccttctt taattttatt 61 attatcaaga agattagttt ataaaggagt aggaacagga tgaactgttt atcctccttt 121 atctaataat ttatatcata atggattttc aactgattta gcaatttttt ctttacatat 181 tgcaggaata tcatcaatta taggagcaat taattttatt tcaacaattt taaatataca 241 tcataaaaat ttatcattag ataaaattcc attgttagtt tgatcaattt taattacagc 301 tattttatta ttattatctt tacctgtatt agcaggtgca attactatat tattaactga 361 tcgaaatcta aatacaactt tttttgatcc ttcgggtgga ggagatccaa ttttatatca 421 acatttattt
Die wissenschaftliche Herausforderung
Die wissenschaftliche Herausforderung
Die wissenschaftliche Herausforderung
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HNS
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Die wissenschaftliche Herausforderung
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Die wissenschaftliche Herausforderung
Die Plazi Vision: Giant Global Biodiversity Graph
LegalSocialTechnicalOntologiesInfrastructure
500 M pages 5*
What does this mean?
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Plazi Arbeitsablauf
Plazi SRS
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Schwerpunkt auf Zugang zu Biodiversitätsdaten.
Text
<tax:treatment> <tax:nomenclature> <tax:name> <tax:xid source="HNS" identifier="193329"/> <tax:xmldata> <dc:Genus>Mystrium</dc:Genus> <dc:Species>leonie</dc:Species> </tax:xmldata> Mystrium leonie </tax:name> <tax:status>n. sp.</tax:status> Fig 1 D - F </tax:nomenclature> <tax:div type="description"> <tax:p>HOLOTYPE WORKER: TL 3.95, HL 1.02, HW 0.95, CI 93, SL 1.30, SI 137, PW 0.73, ML 0.38. Mandible outer margin strongly curving to a sharp apical tooth, the apex parallel to the anterior clypeal margin. (Holotype with material in mandibles, so mandibles and anterior clypeus $ described below from paratypes.) Median clypeus....</treatment>
Semantisch erweiterter Text(TaxonX)
… alternatives: From human to machine readable text
RDF
Treatment
Verlinkung der Daten mit externen Referenzen
5*2014
NCBI
Zugang zu wissenschaftlicher Literatur: DOI via Zenodo/CERN
Plazi Arbeitsablauf: wissenschaftliche Namen
Plazi Arbeitsablauf: Tabellen
«Treatment»Wissenschaftliche ArtnameVerbreitungsnachweisBibliographische RecordsExterne Links
ENVO?Namen
Cataglyphis tartessica workersVariable mean ± SDHead length 11.23 ± 0.12Head width 11.15 ± 0.12Scape length 11.47 ± 0.12Mesosoma length 11.94 ± 0.16Femur length 12.03 ± 0.14Cephalic index 0 93.60 ± 3.940Scape index 128.10 ± 7.660
Plazi Arbeitsablauf: Auffinden und “parsing” von Bibliographischen Referenzen
Plazi Arbeitsablauf: Datamining für Beobachtungsdaten
Plazi Arbeitsablauf: “Treatment”: eine Kombination von Werkzeugen
Status quo
• 50,000+ treatments life• RDF in Betaversion• GoldenGate Imagine (Text mining tool) in Betaversion• Provider für Daten für NCBI, GBIF, EOL, antweb• Biodiversity Literature Repository functional
Next steps
• 1 Million treatments life• RDF Version 1• GoldenGate Imagine (Text mining tool) Version 1• Provider für Daten für NCBI, GBIF, EOL, antweb• Biodiversity Literature Repository mit 100,000
Bibliographischen Referenzen und digitalen Versionen
