-
Supplementary Figure 1. Genome-wide profiles of DNA methylation
among different sample
groups. (A) Distribution of CpG methylation level at different
time points in CG, CHG and CHH
contexts, respectively. (B) Numbers of CGIs in different genomic
regions at 4 time points. (C)
Numbers of CGIs in different genomic regions at 4 tine points.
The numbers were adjusted by the
lengths of genomic regions they belong to.
Supplementary Figure 2. Comparative measurement of methylation
levels of genes and
different types of lncRNAs in three contexts. (A-B) Methylation
level of various regions of
genes in layers and broilers in CHG and CHH contexts. (C-D)
Measurement of methylation levels
of different types of lncRNAs for 4 time points. * P
-
Methylation levels(%)
Perc
enta
ge o
f tot
al m
CG
(%)
05
1015
2025
30
Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
Methylation levels(%)
010
2030
4050
Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
Methylation levels(%)
010
2030
4050 Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
E13 mCG E13 mCHG E13 mCHH
Fig S1
Methylation levels(%)
Perc
enta
ge o
f tot
al m
CG
(%)
05
1015
2025
3035 Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
Methylation levels(%)
010
2030
4050 Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
Methylation levels(%)
010
2030
40
Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
E19 mCG
Methylation levels(%)
Perc
enta
ge o
f tot
al m
CG
(%)
05
1015
2025
3035 Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
E19 mCHG
Methylation levels(%)
010
2030
4050
60
Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
E19 mCHH
Methylation levels(%)
010
2030
4050
60
Layer Broiler
0−10
10−2020−3030−4040−5050−6060−7070−8080−90
90−100
E16 mCG E16 mCHG E16 mCHH
Numbers of CGIs in Developmental Stages
Num
ber o
f CG
Is0
5010
015
020
025
0
layer10 layer13 layer16 layer19 broiler10 broiler13 broiler16
broiler19
Intergenicexonpromoter
BNumbers of CGIs in Developmental Stages
Rel
ativ
e nu
mbe
r of C
GIs
0.0
0.2
0.4
0.6
0.8
layer10 layer13 layer16 layer19 broiler10 broiler13 broiler16
broiler19
Intergenicexonpromoter
C
A
-
Met
hyla
tion
leve
ls (%
)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L
BE10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16
E19
Sense Intronic Antisense LincRNA
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L
BE10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16
E19
Sense Intronic Antisense LincRNA
Met
hyla
tion
leve
ls (%
)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L
BE10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16
E19
promoter exon intron downstream
mCHG
Fig S2
Met
hyla
tion
leve
ls (%
)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L
BE10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16
E19
promoter exon intron downstream
mCHHB
C DmCHG mCHH
A
-
Met
hyla
tion
leve
ls (%
)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B
L B L B L B L BL B L B L B L BE10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10
E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19
SINE LINE LTR DNA Satellite
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B
L B L B L B L BL B L B L B L BE10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10
E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19
SINE LINE LTR DNA Satellite
mCHG mCHH
Fig S3
B
Met
hyla
tion
leve
ls (%
)
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B L B
L B L B L B L B L B L B L B L BE10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10
E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19 E10 E13 E16 E19
mCG mCHG mCHH mCG mCHG mCHH
Gene TE
Layerbroiler0.2
0.4
0.6
0.8
1.0LINE
Layerbroiler
SINE
Layerbroiler
LTR
Layerbroiler
DNA
Layerbroiler
Satellite
mC
G
Layerbroiler
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0Layerbroiler
Layerbroiler
Layerbroiler
Layerbroiler
mC
HG
Layerbroiler
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
mC
HH
upstr
eam
body
down
strea
m
E10
Layerbroiler0.2
0.4
0.6
0.8
1.0LINE
Layerbroiler
SINE
Layerbroiler
LTR
Layerbroiler
DNA
Layerbroiler
Satellite
mC
G
Layerbroiler
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0Layerbroiler
Layerbroiler
Layerbroiler
Layerbroiler
mC
HG
Layerbroiler
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
mC
HH
upstr
eam
body
down
strea
m
E13
Layerbroiler0.2
0.4
0.6
0.8
1.0LINE
Layerbroiler
SINE
Layerbroiler
LTR
Layerbroiler
DNA
Layerbroiler
Satellite
mC
G
Layerbroiler
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0Layerbroiler
Layerbroiler
Layerbroiler
Layerbroiler
mC
HG
Layerbroiler
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
upstr
eam
body
down
strea
m
Layerbroiler
mC
HH
upstr
eam
body
down
strea
m
E16
D
E F
A
C
