Proizvodi Elucigene ®QST*R Uputstvo za upotrebu · 2019-01-22 · Skrining na Daunov sindrom na raspolaganju je trudnicama kao rutinsko ispitivanje u prvom tromesečju trudnoće

Proizvodi Elucigene® QST*R® Uputstvo za upotrebu

AN000BYSR 001 Aug-2014 Strana 1 od 37


Proizvod Veličina Kataloška šifra Elucigene QST*Rplusv2 50 analiza AN0PLB2

Elucigene QST*R 50 analiza AN003B2

Elucigene QST*R-XYv2 50 analiza AN0XYB2

Elucigene QST*R-13 10 analiza AN013BX



Za in vitro dijagnostičku upotrebu

Proizvođač: Elucigene Diagnostics Greenheys House Pencroft Way Manchester Science Park Manchester M15 6JJ

Kontakt podaci za prodaju, korisnički servis i tehničku podršku:

T: +44 (0) 161 669 8122 F: +44 (0) 161 669 8129 E: [email protected] E: [email protected] Elucigene Diagnostics is the trading name of Delta Diagnostics (UK) Limited., a company registered in England and Wales, registration number 8696299.

mailto:[email protected]

mailto:[email protected]

http://www.google.co.uk/url?sa=i&rct=j&q=manufacturer+symbol&source=images&cd=&cad=rja&docid=U3rWzPbRU_MhlM&tbnid=d2g2sAmvROYNkM:&ved=0CAUQjRw&url=http://fertipro.com/index.php?page=qc&sub=labels&ei=-dEsUaC2HeXP0QWPmICwCw&bvm=bv.42965579,d.d2k&psig=AFQjCNE3Pcqxmlq_UWpSP6GwfI-gXiiGyA&ust=1361978229710742

http://www.google.co.uk/url?sa=i&rct=j&q=ivd+symbol&source=images&cd=&cad=rja&docid=U3rWzPbRU_MhlM&tbnid=vpxmkhuKXLCeNM:&ved=0CAUQjRw&url=http://fertipro.com/index.php?page=qc&sub=labels&ei=KGwvUeT4FNCV0QX714D4AQ&bvm=bv.43148975,d.d2k&psig=AFQjCNEDI1EBh3YPTlA0XP-KsTwfpDQ1lw&ust=1362148745765908



Elucigene QST*R

Asortiman proizvoda Elucigene QST*R predstavlja multipleks analize na bazi DNA

namenjene za brzo, prenatalno određivanje statusa aneuploidije za tri najčešće održive

autozomne trizomije i polne hromozome X i Y. Kompleti Elucigene QST*R dostupni su u

oblicima navedenim ispod. Više informacija o kompletima iz asortimana QST*R potražite

na vebsajtu www.elucigene.com/products

Namena

QST*Rplusv2

Namenjen je za rutinsku in vitro kvantitativnu dijagnostiku tri najčešće održive autozomne

trizomije: trizomija 13 (Patauov sindrom), trizomija 18 (Edvardsov sindrom) i trizomija 21 (Daunov sindrom). Komplet sadrži i markere za X i Y hromozome, kao i marker TAF9L za određivanje pola. Komplet Elucigene QST*Rplusv2 kao metod koristi tehniku QF-PCR

(kvantitativna fluorescentna polimerazna lančana reakcija). Ovi uređaji su namenjeni da

se koriste na DNA izdvojenoj iz uzoraka plodove vode ili horionskih resica (CVS) uzetih

amniocentezom. Predviđena ciljna populacija podrazumeva žene kod kojih se ustanovi

da postoji „visok rizik“ za nošenje ploda sa anomalijom, bilo biohemijskom ili

ultrazvučnom dijagnostikom ili na osnovu pozitivne porodične anamneze ili godina starosti

majke. Ovaj uređaj je namenjen da se koristi zajedno sa drugim dijagnostičkim

postupcima radi potvrde ili isključenja predložene kliničke dijagnoze.

Uređaj je namenjen isključivo za stručnu upotrebu u molekularnoj ili citogenetskoj

laboratoriji. QST*R

Namenjen je za rutinsku in vitro kvantitativnu dijagnostiku tri najčešće održive autozomne

trizomije: trizomija 13 (Patauov sindrom), trizomija 18 (Edvardsov sindrom) i trizomija 21

(Daunov sindrom). Komplet Elucigene QST*R kao metod koristi tehniku QF-PCR

(kvantitativna fluorescentna polimerazna lančana reakcija). Ovi uređaji su namenjeni da

se koriste na DNA izdvojenoj iz uzoraka plodove vode ili horionskih resica (CVS) uzetih

amniocentezom. Predviđena ciljna populacija podrazumeva trudnice kod kojih se

ustanovi da postoji „visok rizik“ za nošenje ploda sa anomalijom, bilo biohemijskom ili





laboratoriji. QST*R-XYv2 Namenjen je za rutinsku in vitro kvantitativnu dijagnostiku statusa polnih hromozoma i

obuhvata česte aneuploidije. Komplet Elucigene QST*R-XYv2 kao metod koristi tehniku

QF-PCR (kvantitativna fluorescentna polimerazna lančana reakcija). Ovi uređaji su

namenjeni da se koriste na DNA izdvojenoj iz uzoraka plodove vode ili horionskih resica

(CVS) uzetih amniocentezom. Predviđena ciljna populacija podrazumeva trudnice kod

kojih se ustanovi da postoji „visok rizik“ za nošenje ploda sa anomalijom, bilo

biohemijskom ili ultrazvučnom dijagnostikom ili na osnovu pozitivne porodične anamneze

ili godina starosti majke. Ovaj uređaj je namenjen da se koristi zajedno sa drugim

dijagnostičkim postupcima radi potvrde ili isključenja predložene kliničke dijagnoze.


laboratoriji. QST*R-13, QST*R-18, QST*R-21

http://www.elucigene.com/products



Ovo su dopunski kompleti sa dodatnim autozomnim markerima namenjeni da se koriste u kombinaciji sa QST*R ili QST*Rplusv2 za rutinsku kvantitativnu in vitro dijagnostiku tri

najčešće održive autozomne trizomije, pri čemu je QST*R-13 namenjen za trizomiju 13

(Patauov sindrom), QST*R-18 za trizomiju 18 (Edvardsov sindrom), a QST*R-21 za trizomiju 21 (Daunov sindrom). Ovi kompleti služe za produženu analizu hromozoma, kada je potrebno, ili za potvrdu pozitivnih rezultata. Ovi kompleti kao metod koriste tehniku QF-PCR (kvantitativna fluorescentna polimerazna lančana reakcija). Ovi uređaji su namenjeni da se koriste na

DNA izdvojenoj iz uzoraka plodove vode ili horionskih resica (CVS) uzetih

amniocentezom. Predviđena ciljna populacija podrazumeva trudnice kod kojih se

ustanovi da postoji „visok rizik“ za nošenje ploda sa anomalijom, bilo biohemijskom ili





laboratoriji.

Kratak pregled i objašnjenje

Daunov, Edvardsov i Patauov sindrom su tri najčešće održive autozomne trizomije.

Učestalost živorođenosti iznosi redom 1 u 700, 1:3000 i 1:21700. Najčešće aneuploidije

polnih hromozoma su Tarnerov sindrom kod osoba ženskog pola i Klinefelterov sindrom

kod osoba muškog pola. Najčešći uzrok Tarnerovog sindroma jeste monozomija X

hromozoma (kariotip 45, X), a Klinefelterovog dodatna kopija X hromozoma (kariotip 47,

XXY). Učestalost živorođenosti iznosi između 1:2000 i 1:5000 za Tarnerov sindrom kod

ženske dece, a između 1:500 i 1:650 za Klinefelterov sindrom kod muške dece.

Rizik od rođenja deteta sa Daunovim sindromom značajno se povećava sa godinama

starosti majke i iznosi približno 1:1600 za 20-24 godine starosti, do 1:200 za 35 godina starosti i 1:19 za 45 i više godina starosti. Skrining na Daunov sindrom na raspolaganju je

trudnicama kao rutinsko ispitivanje u prvom tromesečju trudnoće. Standardni test je tzv.

„OSCAR“ test (One Stop Clinical Assessment of Risk – Klinička procena rizika pri samo

jednoj poseti) koji se radi u periodu između 10 i 13,5 nedelja trudnoće. On podrazumeva

dva biohemijska markera, slobodnog beta humanog horionskog gonadotropina (beta

hCG) i plazmatskog proteina trudnoće A (PAPP-A), i merenje debljine nuhalnog nabora

ploda (nuhalna translucencija) (1). Kombinovanjem rezultata ove tri analize dobija se ukupan rezultat rizika. Žene kojima se ustanovi povećan rizik za rađanje deteta sa

Daunovim sindromom imaju mogućnost da urade amniocentezu da bi se obavila direktna

analiza na anomaliju. Amniocenteza je invazivna analiza koja podrazumeva uvođenje

igle, pod ultrazvučnim navođenjem, u amnionsku kesu koja okružuje plod. Uzima se mali

uzorak, obično 10-20 ml, plodove vode koja sadrži ćelije ploda i podvrgava analizi.

Daunov sindrom je nazvan po doktoru Džonu Lengdonu Daunu 1866. godine, mada je opisan ranije. Izaziva ga trizomija celog ili dela hromozoma 21 (2). Pored umne zaostalosti koja može biti različitog stepena, osobe sa Daunovim sindromom često imaju

sledeće zajedničke odlike: hipotonija (smanjen mišični tonus), izbačen jezik, bademaste

oči zbog prisustva epikantusa, palpebralne fisure iskošene nagore, prisustvo jedne

brazde na dlanu i kraći udovi. Kod ovih osoba beleži se i povećan rizik od urođenih

srčanih mana i Alchajmerove bolesti u kasnijoj životnoj dobi.

Prvi opis Edvardsovog sindroma dao je doktor Džon Edvards 1960. godine. Njega izaziva trizomija celog ili dela hromozoma 18. Kao i kod Daunovog sindroma, i kod ovog

sindroma postoji veza između godina starosti majke i povećanog rizika za rađanje deteta

sa Edvardsovim sindromom. Kliničku sliku najćešće karakterišu niska težina na rođenju,



srčane mane, gastrointestinalne malformacije, urogenitalne malformacije, neurološki

problemi i kraniofacijalne anomalije. Medijan preživljavanja iznosi 4 dana. Patauov sindrom je nazvan po doktoru Klausu Patauu koji je opisao hromozomsku prirodu ovog sindroma. Njega izaziva trizomija celog ili dela hromozoma 13. Kod beba sa

Patauovim sindromom beleže se teške, višestruke anomalije. Kliničku sliku najčešće

karakterišu retardacija intrauterinog rasta, niska težina na rođenju, urođene srčane mane,

mikrocefalija, holoprozencefalija sa rascepom nepca i mikroftalmusom, centralna apneja, polidaktilija i vertikalni talus. Medijan preživljavanja iznosi 2,5 dana. Tarnerov sindrom kod osoba ženskog pola izaziva monozomija X hromozoma. Približno

98% trudnoća sa plodom pogođenim Tarnerovim sindromom završi se spontanim

pobačajem. Klinička slika kod dece koja prežive najčešće obuhvata nizak rast, primarnu

amenoreju, vratnu lepezu (uzrokovanu intrauterinim cističnim higromom [kesa ispunjena

tečnošću]). Deca sa ovim sindromom najčešće pate od urođenih srčanih bolesti i mogu

imati potkovičaste bubrege.

Klinefelterov sindrom kod osoba muškog pola izaziva dodatna kopija X hromozoma. Osobe muškog pola sa Klinefelterovim sindromom karakteriše neplodnost i blaga umna

retardacija. Kod ovih osoba često se javlja natprosečan rast, može se ispoljiti

ginekomastija koja zahteva redukciju operativnim putem i postoji povećan rizik od

osteoporoze zbog sniženih vrednosti testosterona. QST*Rplusv2 sadrži markere za sva tri autozoma i za hromozome X i Y. Namenjen je da u ovim hromozomima otkrije aneuploidije celog hromozoma, ali ne i da otkrije uravnotežene strukturne preraspodele niti da utvrdi da li je reč o aneuploidiji izazvanoj

nerazdvajanjem ili neuravnoteženoj preraspodeli.

Principi postupka

Kompleti Elucigene QST*R kao metod koriste tehniku QF-PCR (kvantitativna

fluorescentna polimerazna lančana reakcija) (3-7). Pomoću amplifikacije PCR-om

prajmeri obeleženi fluorescentnom bojom ciljaju visokopolimorfna područja sekvence

DNA pod nazivom kratka tandemska ponavljanja (STRs) koja se nalaze na ispitivanim

hromozomima. Svaki ciljani STR marker specifičan je za hromozom na kome se nalazi, te

broj kopija STR markera predstavlja broj kopija hromozoma. Radi lakšeg određivanja

broja kopija, izabrani su informativni STR markeri koji se odlikuju visokom heterogenošću.

Normalan diploidni uzorak ima normalan komplement od po dve kopije svakog

somatskog hromozoma, te se pomoću tehnike QF-PCR dva alela STR-a specifičnog za

hromozom određuju kao dva šiljka u odnosu 1:1. Uočavanje dodatnog STR alela bilo u

vidu tri šiljka u odnosu 1:1:1 ili dva šiljka u odnosu 2:1 ili 1:2 ukazuje na prisustvo dodatne

sekvence koja može predstavljati dodatni hromozom, kao što je slučaj kod trizomije.

Proizvodi amplifikovani tehnikom QF-PCR kvantitativno se analiziraju na genetskom

analizatoru koji koristi kapilarnu elektroforezu radi određivanja broja kopija analiziranih

STR markera.



Upozorenja i mere predostrožnosti

1. Normalna, kontrolna DNA koja se nalazi u ovim kompletima nezavisno je ispitana i pokazala se negativnom na virus hepatitisa B (HBV), virus hepatitisa C (HCV) i virus humane imunodeficijencije (HIV) 1 i 2.

2. Morate biti obazrivi pri rukovanju supstancama ljudskog porekla. Sve uzorke

treba smatrati potencijalno zaraznim. Nijedna analitička metoda ne pruža

stopostotnu garanciju da HBV, HCV, HIV ili drugi zarazni činioci nisu prisutni.

3. Prilikom rukovanja, upotrebe, skladištenja i odlaganja na otpad uzoraka i

analitičkih komponenata moraju se slediti postupci definisani važećim državnim

bezbednosnim smernicama ili propisima u pogledu biološki opasnih supstanci.

4. Aktuelna dobra laboratorijska praksa nalaže da laboratorija treba da obradi sopstvene uzorke kontrole kvaliteta poznatog tipa u svakoj analizi, kako bi se mogla proceniti valjanost postupka.

5. Ako je kutija kompleta oštećena može biti oštećen i sadržaj - nemojte koristiti

komplet, već se obratite Korisničkom servisu.



Simboli na nalepnicama

Simboli na svim nalepnicama i pakovanjima usklađeni su sa harmonizovanim standardom

ISO15223

Proizvođač

Broj analiza

Pogledajte uputstvo za upotrebu

Čuvajte na temperaturi nižoj od navedene

Upotrebite pre navedenog datuma

Kataloška šifra

Broj serije

Medicinski uređaj za in vitro dijagnostiku

X°C

http://www.google.co.uk/url?sa=i&rct=j&q=REF+symbol&source=images&cd=&cad=rja&docid=62O-eE9sW05AOM&tbnid=DLUxx3LB7fujSM:&ved=0CAUQjRw&url=http://www.cookmedical.com/help.do?id=452&ei=_WwvUY_eFuK80QXbmoCwCA&bvm=bv.43148975,d.d2k&psig=AFQjCNF3NJUEOa-tdE-rL7N1qIgX1JRBiw&ust=1362148986632826

http://www.google.co.uk/url?sa=i&rct=j&q=LOT+symbol&source=images&cd=&cad=rja&docid=62O-eE9sW05AOM&tbnid=ZDVfCSBll5ONyM:&ved=0CAUQjRw&url=http://www.cookmedical.com/help.do?id=452&ei=p2wvUdDfBenQ0QXu4IDIAw&bvm=bv.43148975,d.d2k&psig=AFQjCNF4yauw6bojoq3OD9AGuCtEfnLk4Q&ust=1362148901364130

http://www.google.co.uk/url?sa=i&rct=j&q=ivd+symbol&source=images&cd=&cad=rja&docid=U3rWzPbRU_MhlM&tbnid=vpxmkhuKXLCeNM:&ved=0CAUQjRw&url=http://fertipro.com/index.php?page=qc&sub=labels&ei=KGwvUeT4FNCV0QX714D4AQ&bvm=bv.43148975,d.d2k&psig=AFQjCNEDI1EBh3YPTlA0XP-KsTwfpDQ1lw&ust=1362148745765908



Isporučeni materijal

Sve komponente čuvajte na temperaturi nižoj od -20 °C.

Svaka kutija sadrži:

(TA): 2 x 250 µl (50 analiza) ili 1 x 100 µl (10 analiza) QST*R reakcione smeše, koja

sadrži prajmere za amplifikaciju broja STR (kratka tandemska ponavljanja) markera.

Pojedinosti o markerima koje sadrži svaki komplet potražite u prilogu 2. QST*R reakciona

smeša takođe sadrži DNA polimerazu i dezoksinukleotidne trifosfate u puferu.

Komplet Epruvete za PCR od 0,2 ml Br. dela

komponente Elucigene QST*Rplusv2 Providna 404454

Elucigene QST*R Narandžasta 404442

Elucigene QST*R-XYv2 Ružičasta 404457

Elucigene QST*R-13 Zelena 404445

Elucigene QST*R-18 Ljubičasta 404448

Elucigene QST*R-21 Žuta 404451

(DC): 1 epruveta sa 50 µl kontrolne DNA, diploidne za markere koje otkriva Elucigene

QST*R:

Komplet Br. dela komponente

Elucigene QST*Rplusv2 404485

Elucigene QST*R 404485

Elucigene QST*R-XYv2 404485

Elucigene QST*R-13 404485



50 (10) epruveta za PCR od 0,2 ml, obeležene bojama na goreopisani način.

Priprema i čuvanje kompleta

Nakon otvaranja kompleta preporučuje se da se reakciona smeša prebaci u priložene

epruvete za PCR od 0,2 ml (ili ekvivalentne epruvete) u količinama od 10 µl i zamrzne na

-20 °C. Vodite računa da se sadržaj epruvete dobro odmrzne i promeša pre prebacivanja.



Materijal koji je potreban ali se ne isporučuje

Opšti materijal Laboratorijski potrošni materijal – rukavice; vrhovi za pipetiranje. Laboratorijska oprema – precizne pipete (2 kompleta: jedan za rukovanje pre amplifikacije

i jedan za rukovanje posle amplifikacije, po mogućstvu pipete sa klipom bez vazduha);

zaštitna odeća; vorteks mešalica; mikrocentrifuga; centrifuga za mikrotitarsku ploču sa 96

otvora.

Izdvajanje DNA Priprema DNA – matrica InstaGene (Bio-Rad Laboratories, kat. br. 732-6030), sterilna dejonizovana voda.

Amplifikacija PCR-om Amplifikator DNA u koji staju mikrotitarske ploče sa 96 otvora ili epruvete od 0,2 ml sa

temperaturnom tačnošću +/-1 °C za temperaturu od 33 °C do 100 °C i statičnom

temperaturnom ravnomernošću od +/-1 °C.

Kapilarna elektroforeza Kapilarna elektroforeza – GeneScan 500, standard veličine LIZ (ABI, kat. br. 4322682),

GeneScan 600, LIZ (ABI, kat. br. 4366589) ili GeneScan 600v2, LIZ (ABI, kat. br. 4408399), standard matrice DS-33 (komplet boja G5) (ABI, kat. br. 4345833), polimer POP-7 (ABI, kat. br. 4352759), 10x Genetic Analyzer Buffer (pufer za genetski analizator) (ABI, kat. br. 402824) i formamid Hi-Di (ABI, kat. br. 4311320). Genetski analizatori Applied Biosystems ABI 3130 i 3500 (sa softverom GeneMapper), kapilarna kolekcija od 36 cm (za genetski analizator 3500 kapilarna kolekcija od 50 cm),

optičke ploče sa 96 otvora, pregradni poklopci za ploče sa 96 otvora, kasete za ploče sa

96 otvora.

Analiza podataka Potreban je jedan od sledećih softverskih paketa za analizu podataka: GeneMapper 3.7

(Applied Biosystems Inc.) ili njegova skorija verzija ili GeneMarker 1.65 (SoftGenetics LLC) ili njegova skorija verzija.

Dodatna dokumentacija za Elucigene QST*R Ovo Uputstvo za upotrebu sadrži osnovni odeljak o tumačenju dobijenih rezultata.

Dopunske dokumente Guide to Interpretation (Vodič za tumačenje) sa primerima i

rečnikom pojmova i Guide to Analysis (Vodič za analizu) potražite na vebsajtu kompanije

Elucigene Diagnostics: www.elucigene.com/products

Prikupljanje i skladištenje uzoraka Mogu da se koriste uzorci horionskih resica ili uzorci plodove vode. U izvesnim prilikama

zapaženo je da uređaji za prikupljanje uzoraka mogu da naruše integritet pojedinih

analita i da utiču na neke tehnologije metoda. Preporuka je da se svaki korisnik postara

da se izabrani uređaj koristi u skladu sa uputstvima proizvođača i da uređaji za

prikupljanje uzoraka i metodi za pripremu DNA budu kompatibilni sa ovom analizom.



Izdvajanje DNA Kompleti Elucigene QST*R odobreni su za izdvajanje DNA metodom matrice InstaGene, a postupak se može obaviti u jednoj epruveti, bez potrebe za prebacivanjem iz epruvete u epruvetu. Podjednako pouzdani rezultati zabeleženi su i sa drugim metodima izdvajanja, npr. sa kompletima Qiagen QIAamp.

U nastavku je opisan metod izdvajanja DNA pomoću matrice InstaGene.

Metod izdavajanja pomoću matrice InstaGene

Plodova voda Treba da se koristi približno 1-2 ml plodove vode. Horionske resice

Uzorke horionskih resica treba pažljivo očistiti kako bi se uklonili eventualni ostaci

endometrijuma. Važno je da se analiziraju ćelije koje potiču iz više delova uzorka i da se

obuhvate ćelije mezenhimalnog jezgra. Za QST*R analizu preporučuje se upotreba malog

alikvota ćelijske suspenzije, na način na koji se on priprema za klasičnu ćelijsku kulturu.

Time se osigurava dobijanje QST*R rezultata iz iste grupe ćelija koja se koristi u analizi

kariotipa. 1. Obavite resuspenziju matrice InstaGene na magnetnom mešaču podešenom na

srednju brzinu u trajanju od najmanje 5 minuta. 2. Centrifugirajte uzorak (plodova voda ili horionske resice) 1 minut pri 12000 g kako bi se

stvorio ćelijski sediment.

3. Izvadite uzorke iz centrifuge i vizuelno pregledajte sediment da biste uočili tragove krvi.

Zabeležite procenat eventualnih tragova krvi. 4. Pažljivo uklonite supernatant sa sedimenta i odložite ga, vodeći računa da ne narušite

sediment. Ostavite približno 10-20 µl supernatanta u uzorku radi resuspenzije sedimenta. 5. Temeljno promešajte uzorak u vorteks mešalici.

6. Ako prisustvo tragova krvi premašuje 50%, pređite na 7. korak. Ako prisustvo tragova

krvi ne premašuje 50%, pređite na 8. korak.

7. Dodajte 200 µl sterilne dejonizovane vode ćelijskom sedimentu. Temeljno promešajte u

vorteks mešalici. Centrifugirajte 1 minut pri 12000 g i potom uklonite supernatant, vodeći računa da ostavite 10-20 µl supernatanta radi resuspenzije sedimenta.

Napomena: ovaj dodatni korak pranja služi za lizu eritrocita i uklanjanje hema koji bi mogao da inhibiše PCR. 8. Vrhom za pipetiranje sa velikim otvorom, npr. od 1000 µl, uzorcima dodajte 200 µl matrice InstaGene iz 1. koraka.

Napomena: radi optimizacije protokola izdvajanja, količina matrice InstaGene (smole

Chelex-100) koja se dodaje može biti i drugačija – 100 µl matrice InstaGene za sitne

ćelijske sedimente uzoraka plodove vode (jedva vidljive), odnosno 300 µl za krupne

sedimente (koji prekrivaju dno epruvete), horionske resice i uzorke tkiva. Zabeležite

količinu matrice InstaGene koju ste dodali svakom uzorku.

9. Dobro promešajte uzorke u vorteks mešalici i inkubirajte 8 minuta na 100 °C u grejnom bloku ili vodenom kupatilu.



10. Ponovo dobro promešajte uzorke u vorteks mešalici pri velikoj brzini, u trajanju od 10 sekundi. 11. Centrifugirajte uzorke 3 minuta pri 12000 g. Dobijeni supernatant sadrži izdvojenu DNA.

12. Pređite na pripremu za PCR ili uskladištite izdvojenu DNA na -20 °C do upotrebe.

Koncentracija DNA

Preporučuje se temeljna procena upotrebe alternativnih metoda za izdvajanje DNA i vrsta

uzoraka sa analizom Elucigene QST*R pre nego što se rezultati iskoriste za postavljanje dijagnoze.

Pri optimalnim uslovima PCR-a i upotrebi preporučenih postavki za ubrizgavanje uzorka*

navedenih u modulu obrade kapilarnog stuba (13. strana), uz unetu količinu DNA od

1,25 ng do 10 ng, dosledno se dobijaju prihvatljivi rezultati.

*Napomena: postavke ubrizgavanja uzorka mogu se prilagoditi količini amplikona

proizvedenoj prilikom PCR reakcije, koja može biti različita i zavisi od količine unete

genomske DNA. Smanjenjem vremena ubrizgavanja može se primeniti manje amplikona u stub za analizu. Shodno tome, više amplikona može se primeniti u stub za analizu

povećanjem vremena ili napona ubrizgavanja. Prethodno amplifikovani uzorci mogu se

ubrizgavati više puta i ponovo analizirati.

Protokol analize

Postupak amplifikacije Kada su uzorci izdvojeni metodom InstaGene, preporučuje se direktna upotreba

nerazblaženog supernatanta u PCR reakciji.

Napomena: kako bi se rizik od kontaminacije sveo na najmanju moguću meru, koraci

3 - 5 moraju se izvesti u području u kome nema DNA. Potrebno je preduzeti i mere za

sprečavanje kontaminacije PCR proizvodom.

1. Programirajte amplifikator DNA na ciklus od jednog koraka u kome se DNA polimeraza aktivira 15 minuta na 95 °C, u kombinaciji sa 26 ciklusa programa amplifikacije, gde svaki ciklus obuhvata 30 sekundi na 95 °C (denaturacija), 1 minut i 30 sekundi na 59 °C (sparivanje) i 1 minut i 30 sekundi na 72 °C (elongacija). Programiranjem obuhvatite i vremenski program zadržavanja od 30 minuta na 72 °C (elongacija) u poslednjem ciklusu.



Aktivacija enzima Ponavljanje ciklusa Konačna elongacija

95 °C 95 °C

15 min. 30 sek. 72 °C 72 °C

1 min. i 30 sek. 30 min. 59 °C Temperatura okoline 1 min. i 30 sek.

26 ciklusa

2. Svaka PCR obrada mora da sadrži negativnu kontrolu (voda). Može biti prikladna i upotreba drugih kontrola, npr. normalne pozitivne kontrole (kontrolna DNA priložena u kompletu) i kontrole pozitivne na trizomiju (ova DNA nije priložena u kompletu). 3. Odmrznite dovoljan broj epruveta sa ranije alikvotiranom QST*R reakcionom smešom u skladu sa brojem uzoraka i kontrola koji se obrađuje (pogledajte napomenu u odeljku

„Isporučeni materijal“) i centrifugirajte epruvete 10 sekundi pri 12000 g.

4. Zasebnim vrhovima za pipetiranje dodajte 2,5 µl ispitivane DNA u epruvetu koja sadrži 10 µl QST*R reakcione smeše i promešajte tako što ćete pipetom izvlačiti i ponovo vraćati

sadržaj. Učinite to za sve uzorke koji se ispituju.

Nemojte dodavati DNA u epruvetu za PCR za negativnu kontrolu; umesto toga, dodajte 2,5 µl sterilne destilovane vode.

Napomena: mora se voditi računa da ne dođe do kontaminacije PCR reakcije smolom

InstaGene.

5. Obavite kratko centrifugiranje epruveta sve dok sva tečnost ne bude na dnu svake

epruvete.

6. Postavite sve bočice da stoje čvrsto u amplifikatoru DNA. Pokrenite aktivacioni

program na 95 °C i program amplifikacije posle aktivacionog programa (pogledajte 1. korak). 7. Po završetku programa amplifikacije, pre analize kapilarnom elektroforezom uzorci se mogu čuvati na sobnoj temperaturi do sledećeg dana ili 7 dana na temperaturi od 2 °C

do 8 °C.



Kapilarna elektroforeza Preporuka je da se svaki korisnik postara da se izabrana oprema koristi u skladu sa uputstvima proizvođača i da je kompatibilna sa ovom analizom. U ovom kontekstu

najznačajniji parametri su polimer i kapilarna kolekcija. Optimalni rezultati mogu se postići korišćenjem uslova za kapilarnu elektroforezu na genetskom analizatoru ABI3130 ili

ABI3500 koji su objašnjeni u nastavku.

1. Sjedinite 6,85 µl standarda veličine sa 250 µl formamida Hi-Di i dobro izmešajte

(smeša dovoljna za 16 otvora). Ubacite 15 µl smeše u potreban broj otvora optičke ploče

sa 96 otvora.

2. Dodajte 3 µl PCR proizvoda ispitivanog uzorka smeši standarda veličine (iz 1. koraka)

koju ste već ubacili u otvore na ploči i izmešajte pipetom. Poklopite ploču.

3. Obavite denaturaciju PCR proizvoda koji se nalazi na optičkoj ploči u amplifikatoru

DNA koristeći sledeće parametre: 3 minuta na 94 °C u kombinaciji sa 30 sekundi na 4 °C.

4. Centrifugirajte ploču 10 sekundi pri 1000 g kako biste uklonili mehuriće iz otvora i

stavite ploču u genetski analizator.



ABI3130 GENETIC ANALYZER (GENETSKI ANALIZATOR)

Napravite list uzoraka koristeći softver za prikupljanje podataka 3130 sa sledećim

postavkama: • Sample Name (Naziv uzorka): ovde se mora uneti isti naziv ili broj uzorka. • Run owner (Vlasnik obrade): izaberite podrazumevanog vlasnika laboratorije. • Run Protocol (Protokol obrade): QSTR (sadrži modul obrade QST*R 3130 – videti ispod)*. *Napomena: Morate da napravite modul obrade koji obuhvata postavke instrumenta i koji

ćete potom dodeliti protokolu obrade u kome ste izabrali komplet boja G5. Više

informacija o kreiranju modula obrade potražite u uputstvu za upotrebu instrumenta.

3130 RUN MODULE (MODUL OBRADE)

ZA POLIMER POP7

Modul kapilare od 36 cm: QSTR

# Parameter Name Value Range

1 Oven Temperature 60 int 18…65 Deg.C

2 Poly_fill_Vol. 6500 6500…38000 steps

3 Current Stability 5.0 int 0…2000 uAmps

4 PreRun_Voltage 15.0 0…15 kvolts

5 Pre_Run_Time 180 1…1000 sec.

6 Injection_Voltage 3.0 1…15 kvolts

7 Injection_Time 15 1…600 sec.

8 Voltage_Number_of_Steps 20 1…100 nk

9 Voltage_Step_Interval 15 1…60 sec.

10 Data_Delay_Time 60 1…3600 sec.

11 Run_Voltage 15.0 0…15 kvolts

12 Run_Time 1200 300…14000 sec.



ABI3500 GENETIC ANALYZER (GENETSKI ANALIZATOR)

Morate da napravite protokol instrumenta za QSTR koji ćete potom koristiti za svaku QSTR

obradu. Napravite protokol instrumenta za QSTR koristeći biblioteku protokola instrumenta

3500.

Vodite računa da izaberete sledeće:

• Run Module (Modul obrade): FragmentAnalysis50_POP7 • Unesite postavke prikazane na slici:

Da biste obradili uzorke, napravite ploču uzoraka tako što ćete pritisnuti „Create Plate

from Template“ (Napravi ploču koristeći predložak) na „Dashboard“ (Kontrolna tabla).

Uverite se da ste izabrali ispravan Instrument Protocol (Protokol instrumenta) za QSTR (videti iznad).



Analiza i tumačenje rezultata

Preporuka je da svaka laboratorija sačini sopstvene postupke i kriterijume za tumačenje i

prijavljivanje rezultata. Najbolje praktične smernice za QF-PCR sačinili su Udruženje za

kliničku Association for Clinical Genetic Science. Ove smernice mogu se pronaći na

vebsajtu: www.acgs.uk.com

PCR proizvodi predstavljeni su u vidu sistema obeleženog sa 5 boja koristeći komplet filtera

G5. Komplet filtera G5 detektuje fragmente obeležene sa 6-FAM (plava), VIC (zelena),

NED (žuta) i PET (crvena), kao i marker standarda veličine obeležen sa LIZ (narandžasta)

na elektroferogramu i u programu GeneMapper, odn. GeneMarker. Vodiči za analizu u programima GeneMarker i GeneMapper dostupni su na vebsajtu

kompanije Elucigene Diagnostics:

Vodič za analizu u programu GeneMapper sadrži pojedinosti o postavkama softvera i

uputstvo za uvoz analiziranih podataka u Excel predložak izveštaja. Softver GeneMarker ima aplikaciju za analizu trizomije koja je kompatibilna sa kompletima Elucigene QST*R.

Važna napomena: različite kombinacije instrumenta, polimera i veličine standarda mogu

dati neznatne razlike u identifikaciji veličine. Prilikom provere kompleta korisnici treba da

se uvere da podrazumevane postavke opsega dovode do tačnog obeležavanja šiljaka, te

da, ako je potrebno, izmene postavke. U slučaju bilo kakvih teškoća, posavetujte se sa

Službom za tehničku podršku.

Opšte smernice za analizu za sve komplete QST*R 1. Negativna kontrola ne sme da pokaže oštre šiljke u opsegu od 100 do 510 bp.

2. Pozitivna kontrola mora da pokaže očekivane rezultate, a svi šiljci pozitivne kontrole

moraju da ispune kriterijume navedene u nastavku. 3. Kod analize uzoraka DNA za svaki ispitivani marker mora da bude prisutan barem 1 šiljak. Prihvatljiv opseg za šiljke markera analizirane na genetskom analizatoru 3130 iznosi od 50 do 6000 relativnih jedinica fluorescencije (rfu), a za genetski analizator 3500 od 175 do 32000 rfu. Visine šiljaka van ovog opsega ne smeju se analizirati.

4. Ne smeju se tumačiti elektroferogrami slabog kvaliteta na kojima je prisutno mešanje

boja (pomeranje) ili „elektroforezne bodlje“ (oštri šiljci prisutni u više od jednoj boji). U tim

slučajevima treba ponoviti ubrizgavanje i analizu PCR proizvoda.

5. Analiza se obavlja tako što se procenjuju odnosi šiljaka (A1/A2), pri čemu je A1

površina šiljka kraćeg fragmenta, a A2 površina šiljka dužeg fragmenta. Odnos koji se

dobije predstavlja broj kopija na lokusu. Kod hromozoma sa dizomijom heterozigotni

markeri treba da prikažu dva šiljka slične visine. Kompletna analiza statusa broja kopija

hromozoma obavlja se poređenjem odnosa površine šiljaka.

6. Heterozigotni dvoalelni (sa dva alela) markeri treba da budu u opsegu odnosa od 0,8

do 1,4. Međutim, kod dva alela koja se po veličini razlikuju za više od 24 bp prihvatljiv je i

odnos do 1,5. Za sve vrednosti koje su unutar ovog područja kaže se da imaju odnos 1:1.

Ako bilans odnosa nije u tom okviru, činioci koji su tome doprineli mogu biti različiti, a neki

od njih su:



kompletna trizomija (ceo dodatni hromozom)

delimična trizomija (deo dodatnog hromozoma) (uključujući i submikroskopske

duplikacije)

mozaicizam

kontaminiranost drugim genotipom (npr. od majke ili blizanca, ili spoljna kontaminacija)

manji šiljci izazvani nedelotvornom amplifikacijom koji dovode do značajnog

odstupanja od normalnog odnosa alela

jača amplifikacija jednog alela koja dovodi do značajnog odstupanja od

normalnog odnosa alela

polimorfizmi na mestu prajmera

somatske mikrosatelitne mutacije

U dokumentu Guide to Interpretation (Vodič za tumačenje) dati su tipični primeri mnogih

od ovih razloga. Homozigotni markeri su neinformativni, jer se odnos ne može odrediti.

7. Da bi se rezultat protumačio kao abnormalan (tj. prisutna trizomija), potrebna su

najmanje dva informativna markera koja ukazuju na troalelni genotip, pri čemu svi drugi

markeri moraju da budu neinformativni. Ne preporučuje se da se rezultat protumači kao

abnormalan na osnovu informacija samo jednog markera. Ako je potrebno, dalja analiza

pomoću kompleta sa jednim hromozomom (tj. Elucigene QST*R-13, Elucigene QST*R-

18, Elucigene QST*R-21) može da pruži dovoljno podataka potrebnih za tumačenje.

Trizomija se određuje na osnovu jedne od sledeće dve situacije:

7.1. Dva šiljka čija je visina različita zbog toga što jedan od šiljaka predstavlja dva alela

koja ima jedan ili oba roditelja. U tom slučaju odnos između dva šiljka biće klasifikovan

kao 2:1 ili 1:2, pri čemu će A1/A2 dati rezultat u rasponu od 1,8 do 2,4 kada šiljak koji

predstavlja kraći alel ima veću površinu od šiljka koji predstavlja duži alel, odnosno

rezultat u rasponu od 0,45 do 0,65 kada šiljak koji predstavlja kraći alel ima manju

površinu od šiljka koji predstavlja duži alel.

7.2. Prisutna su tri šiljka slične visine. Odnos šiljaka biće klasifikovan kao 1:1:1, a njihove

vrednosti biće unutar normalnog opsega od 0,8 – 1,4 (mada je za alele koji se razlikuju za

više od 24 bp prihvatljiv i odnos alela do 1,5). Ako to nije slučaj, razlog može biti jedan od

činilaca pomenutih u 6. koraku.

8. Da bi se rezultat protumačio kao normalan, potrebna su najmanje dva informativna

markera koja ukazuju na dvoalelni genotip, pri čemu svi drugi markeri moraju da budu

neinformativni. Normalan rezultat ukazuje na normalan komplement od dve kopije za analizirane hromozome.

9. Odnosi površina šiljaka koji su između normalnog i abnormalnog raspona klasifikuju se

kao neodređeni. Neodređeni rezultati mogu se razrešiti upotrebom kompleta sa jednim

hromozomom. 10. Ako se za jedan hromozom dobiju i normalni i abnormalni obrasci alela, preporuka je

da se pre donošenja bilo kakvih zaključaka obavi dodatno ispitivanje radi utvrđivanja

razloga oprečnih rezultata.

11. U retkim slučajevima kod markera se može javiti preklapanje opsega veličine alela.

Ako smatrate da je to u pitanju, situaciju možete razrešiti analizom pomoću kompleta sa

jednim hromozomom.



Smernice za marker QST*R-XYv2 i markere polnih hromozoma QST*Rplusv2 1. Marker AMEL amplifikuje nepolimorfne sekvence na hromozomima X (104 bp) i Y

(110 bp) i može se koristiti za određivanje prisustva ili odsustva Y hromozoma; on

predstavlja relativnu količinu sekvence X do Y. Imajte u vidu da su zabeleženi retki

slučajevi neuspele amplifikacije usled mutacije sekvence AMEL-Y.

2. TAF9L je nepromenljiv paralogni marker sa sekvencama na hromozomima 3 i X. Stoga se šiljak hromozoma 3 (116 bp, predstavlja 2 kopije hromozoma 3) može koristiti kao

referentni šiljak za određivanje broja prisutnih X hromozoma (šiljak od 121 bp). Kada se

analizira u kombinaciji sa amelogeninom i drugim markerima polnih hromozoma, naročito

je koristan u dijagnostici aneuploidije polnih hromozoma. Kod osobe ženskog pola bez anomalija markeri treba da budu u opsegu odnosa od 0,8 do 1,4. Kod osobe muškog

pola ili monozomije X markeri će biti u odnosu ≥1,8. Više pojedinosti o tumačenju markera

TAF9L možete pronaći u dokumentu Guide to Interpretation (Vodič za tumačenje).

3. Polimorfni STR markeri DXYS267 i DXYS218 prisutni su i na X i na Y hromozomu i predstavljaju ukupan broj polnih hromozoma. Kod informativnih rezultata osobe muškog

pola nije moguće utvrditi koji alel predstavlja X a koji Y hromozom.

4. Informativni markeri X hromozoma DXS981, DXS1187, XHPRT, DXS6807, DXS7423, DXS6803 i DXS6809 predstavljaju broj X hromozoma.

5. Marker za Y hromozom SRY prikazaće jedan šiljak kod osoba muškog pola bez

anomalija, a neće se amplifikovati kod osoba ženskog pola bez anomalija.

6. Marker za Y hromozom DYS448 u većini slučajeva prikazaće jedan šiljak kod osoba

muškog pola bez anomalija, a neće se amplifikovati kod osoba ženskog pola bez anomalija.

U retkim slučajevima dešavalo se da ovaj marker prikaže dvoalelni obrazac

(submikroskopska duplikacija sa pogrešnom replikacijom [klizanje]) koji se može naslediti ili da ne prikaže amplifikaciju (nulti alel).

7. Kod rezultata koji pokazuje odsustvo amplifikacije za markere Y hromozoma i homozigotni obrazac za sve druge markere ne mora da znači da je u pitanju Tarnerov

sindrom. Na osnovu objavljenih podataka približno 1 od 170.000 osoba ženskog pola biće

homozigotna za svih 7 specifičnih polimorfnih markera. Prema Bajesovoj verovatnoći, to

znači da će približno 1 od 1400 profila homozigotnih za sve markere X hromozoma biti

pravi genotip sa monozomijom X, a ne homozigotna ženska osoba bez anomalija.



Karakteristike performanse

INTERNA PROVERA

QST*Rplusv2

Sprovedeno je maskirano ispitivanje u kome je 98 uzoraka analizirano pomoću Elucigene

QST*Rplusv2. Od tih uzoraka 22 su bila normalna sa XY, 17 normalna sa XX, 12 sa trizomijom 21 sa XY, 7 sa trizomijom 21 sa XX, 9 sa trizomijom 18 sa XY, 8 sa trizomijom 18 sa XX, 2 sa trizomijom 13 sa XY, 4 sa trizomijom 13 sa XX, 8 normalna sa X0, 1 normalan sa XYY, a 1 triploidan za sve ispitivane hromozome. Jedan uzorak je dao neinformativan rezultat. Šest uzoraka nije dalo rezultate koji bi se mogli analizirati zbog lošeg kvaliteta uzoraka. Svi rezultati koji su mogli da se analiziraju

prikazali su 100%-nu specifičnost i osetljivost u odnosu na rezultate dobijene ranije

pomoću druge, prihvaćene metode.

QST*R

Sprovedeno je maskirano ispitivanje u kome je 312 uzoraka analizirano pomoću

Elucigene QST*R. Od tih uzoraka 286 je bilo normalno, 2 su prikazala trizomiju 13, 7 trizomiju 18, 13 trizomiju 21, a 2 su bila triploidna za sva 3 ispitivana hromozoma. Kod

jednog uzorka analiza nije bila moguća zbog kontaminacije ćelijama majke, a jedan

uzorak nije dao rezultat koji bi se mogao tumačiti čak ni pri ponovljenoj amplifikaciji.

Ukupno je 310 uzoraka dalo rezultate koji se mogu analizirati. Svi uzorci koji su mogli da se analiziraju prikazali su 100%-nu specifičnost i osetljivost u odnosu na rezultate

dobijene ranije pomoću kariotipizacije.

QST*R-XYv2

Sprovedeno je maskirano ispitivanje u kome je 321 uzorak analiziran pomoću Elucigene

QST*R-XYv2. Od tih uzoraka 160 je dalo normalan rezultat za osobu muškog pola, 147 normalan rezultat za osobu ženskog pola, 3 su prikazala monozomiju X, 2 su prikazala XXY, 2 XYY, a 1 je prikazao XXX. Šest uzoraka nije dalo rezultat koji bi se mogao

tumačiti čak ni pri ponovljenoj amplifikaciji. Ukupno je 315 uzoraka dalo rezultate koji se

mogu analizirati. Svi uzorci koji su mogli da se analiziraju prikazali su 100%-nu

specifičnost i osetljivost u odnosu na rezultate dobijene ranije pomoću kariotipizacije.

QST*R-13

Sprovedeno je maskirano ispitivanje u kome su 152 uzorka analizirana pomoću Elucigene

QST*R-13. Od tih uzoraka 144 je bilo normalno, a 2 su prikazala trizomiju 13. Šest uzoraka nije dalo rezultat koji bi se mogao tumačiti čak ni pri ponovljenoj amplifikaciji. Svi

uzorci koji su mogli da se analiziraju prikazali su 100%-nu specifičnost i osetljivost u

odnosu na rezultate dobijene ranije pomoću kariotipizacije.

QST*R-18

Sprovedeno je maskirano ispitivanje u kome su 152 uzorka analizirana pomoću Elucigene

QST*R-18. Od tih uzoraka 143 je bilo normalno, a 4 su prikazala trizomiju 18. Pet

uzoraka nije dalo rezultat koji bi se mogao tumačiti čak ni pri ponovljenoj amplifikaciji. Svi

uzorci koji su mogli da se analiziraju prikazali su 100%-nu specifičnost i osetljivost u

odnosu na rezultate dobijene ranije pomoću kariotipizacije.



QST*R-21 Sprovedeno je maskirano ispitivanje u kome su 152 uzorka analizirana pomoću Elucigene

QST*R-21. Od tih uzoraka 148 je bilo normalno, a 2 su prikazala trizomiju 21. Dva uzorka

nisu dala rezultat koji bi se mogao tumačiti čak ni pri ponovljenoj amplifikaciji. Svi uzorci

koji su mogli da se analiziraju prikazali su 100%-nu specifičnost i osetljivost u odnosu na

rezultate dobijene ranije pomoću kariotipizacije.



PRILOG 1: PRIMERI Elucigene QST*Rplusv2

Markeri su obeleženi na sledeći način:

6-FAM VIC NED PET

DXS6803 DXS1187 AMEL D21S1409

D21S1435 D21S1446 TAF9L D13S252

D21S11 XHPRT D18S978 D21S1442

D21S1437 D18S386 SRY D18S819

D13S634 D13S305 D13S800

D18S535 D18S390

D13S628

Više pojedinosti o STR markerima i opsezima veličine potražite u Prilogu 2.



Elucigene QST*Rplusv2 - GENEMAPPER

Primer profila QST*Rplusv2 osobe muškog pola bez anomalija na kome je prikazan relativan položaj otkrivenih markera.



Elucigene QST*R Markeri su obeleženi na sledeći način:

6-FAM VIC NED PET

D21S1435 D18S391 D18S978 D21S1409

D21S11 D18S325 D21S1411 D13S252

D21S1437 D18S386 D18S390 D18S819

D13S634 D13S305 D13S628

D18S535




Elucigene QST*R - GENEMAPPER

Primer profila QST*R bez anomalija na kome je prikazan relativan položaj otkrivenih markera.



Elucigene QST*R-XYv2 Markeri su obeleženi na sledeći način:

6-FAM VIC NED PET

DXS6803 DXS1187 AMEL DXYS267

DXS981 XHPRT SRY DYS448

DXS6807 DXS7423 DXS6809

DXYS218




Elucigene QST*R-XYv2 - GENEMAPPER

Primer profila QST*R-XYv2 osobe muškog pola bez anomalija na kome je prikazan relativan položaj otkrivenih markera.



Elucigene QST*R-21 Markeri su obeleženi na sledeći način:

6-FAM VIC NED PET

D21S1435 D21S1446 D21S1411 D21S1409

D21S11 D21S1442

D21S1437




Elucigene QST*R-21 - GENEMAPPER

Primer profila QST*R-21 bez anomalija na kome je prikazan relativan položaj otkrivenih markera.




6-FAM VIC NED PET

D18S847 D18S391 D18S978 D18S977

D18S1002 D18S386 D18S390 D18S819

D18S535









6-FAM VIC NED PET

D13S797 D13S325 D13S800 D13S252

D13S762 D13S305 D13S628

D13S634








PRILOG 2: TABELA KORIŠĆENIH MARKERA

Napomena: Boja NED koja se koristi u ovim kompletima u spektru se identifikuje kao žuta boja. Da bi bilo jasnije, ona se po pravilu prikazuje kao crna.

Uočena heterozigotnost zasniva se na broju alela uočenom pomoću panela za proveru

kompanije Elucigene Diagnostics. Stoga se ove cifre mogu razlikovati od objavljenih

podataka, a moguće su i razlike u zavisnosti od ispitivane populacije.

Tabela 1. Markeri u kompletu Elucigene QST*Rplusv2

Marker Mesto Uočena heterozigotnost*

Opseg veličine alela

(bp)

Boja markera

D13S252 13q12.2 0,74 274-311 crvena

D13S305 13q13.3 0,79 424-466 zelena

D13S634 13q21.33 0,84 380-428 plava

D13S800 13q22.1 0,72 284-320 žuta

D13S628 13q31.1 0,75 426-465 žuta

D18S819 18q11.2 0,73 400-425 crvena

D18S535 18q12.3 0,77 466-498 plava

D18S978 18q12.3 0,71 207-223 žuta

D18S386 18q22.1 0,92 332-405 zelena

D18S390 18q22.3 0,69 356-394 žuta

D21S11 21q21.1 0,82 228-279 plava

D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 plava

D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 crvena

D21S1442 21q21.3 0,85 332-389 crvena

D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 plava

D21S1446 21q22.3 0,76 205-235 zelena

AMEL Xp22.22/Yp11.2 nije prim. 104/110 žuta

TAF9L 3p24.2/Xq21.1 nije prim. 116/121 žuta

DXS6803 Xq21.31 0,86 131-153 plava

XHPRT Xq26.2 0,72 266-298 zelena

DXS1187 Xq26.2 0,73 123-165 zelena

SRY Yp11.31 nije prim. 248 žuta



Tabela 2. Markeri u kompletu Elucigene QST*R


Opseg veličine alela

(bp)

Boja markera

D13S252 13q12.2 0,74 274-311 crvena

D13S305 13q13.3 0,79 424-466 zelena

D13S325 13q14.11 0,80 272-309 zelena

D13S634 13q21.33 0,84 380-428 plava

D13S628 13q31.1 0,75 426-465 žuta

D18S391 18p11.31 0,70 205-225 zelena

D18S819 18q11.2 0,73 400-425 crvena

D18S535 18q12.3 0,77 466-498 plava

D18S978 18q12.3 0,71 207-223 žuta

D18S386 18q22.1 0,92 332-405 zelena

D18S390 18q22.3 0,69 356-394 žuta

D21S11 21q21.1 0,82 228-279 plava

D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 plava

D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 crvena

D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 plava

D21S1411 21q22.3 0,83 283-344 žuta



Tabela 3. Markeri u kompletu Elucigene QST*R-XYv2


Opseg veličine

alela (bp)

Boja markera

DXYS218 Xp22.32/Yp11.3 0,74 376-392 plava

AMEL Xp22.22/Yp11.2 nije prim. 104-110 žuta

DXYS267 Xq21.31/Yp11.31 0,75 240-280 crvena

DXS6807 Xp22.3 0,66 326-351 plava

DXS981 Xq13.1 0,73 226-260 plava

DXS6803 Xq21.31 0,86 131-153 plava

DXS6809 Xq21.33 0,78 392-436 žuta

DXS1187 Xq26.2 0,73 123-165 zelena

XHPRT Xq26.2 0,72 266-298 zelena

DXS7423 Xq28 0,67 360-388 zelena

SRY Yp11.31 nije prim. 248 žuta

DYS448 Yq11.223 nije prim. 349-372 crvena

Tabela 4. Markeri u kompletu Elucigene QST*R-21


Opseg veličine

alela (bp)

Boja markera

D21S11 21q21.1 0,82 228-279 plava

D21S1437 21q21.1 0,76 307-347 plava

D21S1409 21q21.2 0,74 191-239 crvena D21S1442 21q21.3 0,85 290-349 zelena

D21S1435 21q21.3 0,74 167-204 plava

D21S1411 21q22.3 0,83 283-344 žuta

D21S1446 21q22.3 0,76 205-235 zelena





Opseg veličine

alela (bp)

Boja markera

D18S391 18p11.31 0,70 205-225 zelena

D18S1002 18q11.2 0,76 337-365 plava

D18S819 18q11.2 0,73 400-425 crvena

D18S847 18q12.1 0,71 204-232 plava

D18S535 18q12.3 0,77 466-498 plava

D18S978 18q12.3 0,71 207-223 žuta

D18S977 18q21.31 0,70 248-285 crvena

D18S386 18q22.1 0,92 332-405 zelena

D18S390 18q22.3 0,69 356-394 žuta



Opseg veličine

alela (bp)

Boja markera

D13S252 13q12.2 0,74 274-311 crvena

D13S305 13q13.3 0,79 424-466 zelena

D13S325 13q14.11 0,80 272-309 zelena

D13S634 13q21.33 0,84 380-428 plava

D13S800 13q22.1 0,72 284-320 žuta

D13S628 13q31.1 0,75 426-465 žuta

D13S762 13q31.3 0,75 302-331 plava

D13S797 13q33.2 0,77 178-250 plava



Ograničenja postupka

Ova analiza osmišljena je tako da otkrije specifične hromozomske trizomije i aneuploidije

polnih hromozoma, kao što je opisano u Uputstvu za upotrebu. Njome se ne mogu otkriti strukturne preraspodele ispitivanih hromozoma niti anomalije bilo kojih drugih hromozoma. Ne može se otkriti mozaicizam ispitivanih hromozoma. Rezultat dobijen

pomoću QST*R može se primeniti isključivo na ispitivano tkivo i ne predstavlja kariotip

ploda. Kontaminacija ćelijama majke i placentni mozaicizam mogu dovesti do

nepoklapanja QST*R rezultata sa rezultatom kariotipizacije.

Napomena: Heterozigotnost korišćenih markera dobijena je iz nasumičnog skupa

uzoraka koji su dati na rutinsku analizu i koji potiču prevashodno iz populacije

severnoevropskih belaca. Bilo kakvi proračuni na osnovu ove heterozigotnosti odnose se

isključivo na populaciju iz koje su uzorci uzeti. U sklopu provere može se sprovesti manje

ispitivanje lokalno uzetih uzoraka radi određivanja heterozigotnosti populacije koja će se

analizirati. Ne očekuje se da će različitosti među populacijama značajno uticati na ukupnu

informativnost analize.

Izjava o odricanju odgovornosti

Rezultate ove i drugih dijagnostičkih analiza treba tumačiti udruženo sa ostalim

laboratorijskim i kliničkim podacima koje kliničar ima.

Ovi Elucigene reagensi isporučuju se samo za in vitro dijagnostičku upotrebu.

Više detalja o proizvodima Elucigene QST*R možete pronaći na:

www.elucigene.com/products

http://www.gen-probe.com/global/products-services/



Reference

1. CG Antenatal Care: full guidelines (Corrected June 2008) UK National Institute for Health and Clinical Excellence

2. O’Connor, C. (2008) Trisomy 21 Causes Down syndrome. Nature Education 1(1). 3. Mansfield E S. Diagnosis of Down syndrome and other aneuploidies using quantitative

polymerase chain reaction and small tandem repeat polymorphisms. Human Molecular Genetics 1993 2(1): 43-50

4. Mann K, Fox SP, Abbs SJ, Yau SC, Scriven PN, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Development and implementation of a new rapid aneuploidy diagnostic service within the UK National Health Service and implications for the future of prenatal diagnosis. The Lancet 2001 358 (9287): 1057-1061

5. Mann K, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mackie Ogilvie C. Strategies for the rapid prenatal diagnosis of chromosome aneuploidy. European Journal of Human Genetics 2004 12: 907-915

6. Mackie Ogilvie C, Donaghue C, Fox SP, Docherty Z, Mann K. Rapid prenatal diagnosis of an aneuploidy using Quantitative Fluorescence-PCR (QF-PCR). Journal of Histochemistry and Cytochemistry 2005 53(3): 285-288

7. Deutsch S, Choudhury U, Merla G, Howald C, Sylvan A, Antonarakis SE. Detection of aneuploidies by paralogous sequence quantification. Journal of Medical Genetics 2004 41: 908-915

ELUCIGENE i QST*R su zaštitni znaci kompanije Delta Diagnostics (UK) Ltd.

GENEMAPPER, GENESCAN, VIC, PET, NED, POP-7 and HI-DI su zaštitni znaci kompanije Life Technologies Corporation. QIAAMP je zaštitni znak kompanije Qiagen Gmbh. GENEMARKER je zaštitni znak kompanije SoftGenetics Corporation. INSTAGENE je zaštitni znak kompanije Bio-Rad Laboratories Inc.

Napomena za kupca: Ograničena dozvola

Polinukleotidi obeleženi bojama VIC, NED i PET, odnosno njihova upotreba, su možda

zaštićeni jednim ili više patenata koje poseduje kompanija Applied Biosystems, LLC.

Prodajna cena ovog proizvoda obuhvata ograničena, neprenosiva prava zaštićena

određenim patentima u vlasništvu kompanije Applied Biosystems, LLC u kojima se navodi

da se data količina proizvoda sme koristiti isključivo za aktivnosti kupca u sklopu

otkrivanja mete ili meta u dijagnostici ljudskih uzoraka. Ne navode se nikakva druga prava. Više informacija o kupovini dozvola za pomenute boje može se dobiti kontaktiranjem [email protected].

Autorska prava 2014. Delta Diagnostics (UK) Ltd

Documents

Proizvodi Elucigene ®QST*R Uputstvo za upotrebu · 2019-01-22 · Skrining na Daunov sindrom na raspolaganju je trudnicama kao rutinsko ispitivanje u prvom tromesečju trudnoće