Jure Stojan7. predavanje

Primeri delovanja alosteričnih proteinov in encimov

Hb, PFK, PK, ATC

Stacionarno stanje

Alosterični pojavi

1 alosterija: v sistemu iz podenot poteka kontrola funkcije z drugega mesta

2 kooperativnost: sistem je sposoben vplivati sam nase

3 kinetika: sigmoidna krivulja v:[S]

4 matematična formulacija:

5 molekulski modeli: sočasni MWC

zaporedni AKNF

6 psevdo-kooperativnost: sistem ni iz podenot

[ ][ ] KS

SVv n

nMAX

+=

Hemoglobin - Hb

HeterotetramerTransportna beljakovina

Hb + 4 O2 Hb(O2)4

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

( )424321

32321

222121

424321

32321

22211

)()()()(14

)(4)(3)(2

OKKKKOKKKOKKOK

OKKKKOKKKOKKXKY

+++++++=

[ ][ ]

[ ][ ]n

n

n

nMAX

OB

OAy

KS

SVv

2

2 +

=+

=

K1

K2

K3

K4

Adair-ova enačba

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

Vpliv pH na vezavo kisika - Bohrov efekt

Hemoglobin - Hb

Hemoglobin - Hb

E6V

Srpasta anemija

Fosfofruktokinaza - PFK1

PDB koda 1MTO: homodimer dimerov

Fruktoza-6-P Fruktoza-1,6-biP

Fosfofruktokinaza - PFK1

Fruktoza-6-P Fruktoza-1,6-biP

ATP, PEP, Citrat

AMP, F-2,6 bi P

+++

---

Fosfofruktokinaza - PFK1

Aspartat transkarbamoilaza - ATC

Aspartat transkarbamoilaza - ATC

karbamoil-P karbamoil-aspartataspartat

Proteinska kinaza - PK

Regulatorna podenota

Katalitska podenota

Proteinska kinaza - PK

Regulatorna podenotaKatalitska podenota

cAMPATP

Laktat dehidrogenazaPiruvat Laktat

tetramer: M, H verigePDB koda: 1CET, P. malariae

chloroquine

Laktat dehidrogenaza

Aktivna oblika Neaktivna oblikaAktivna oblika

PDB koda: 3LDH, M tetramer PDB koda: 1LDH, M dimer + H dimer

Piruvat Laktat+++

Fruktoza 1,6 bi fosfat

Laktat dehidrogenaza

Matjaž Zorko8. predavanje

Klasifikacija encimov

Primeri delovanja predstavnikov različnih encimskih razredov