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Log (fitness) selezione ricombinazione mutazione

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Page 1: Log (fitness) selezione ricombinazione mutazione

Log (fitness)

selezione

ricombinazionemutazione

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• Inizio 1900 leggi fondamentali della genetica

•1914 MORGAN induzione di mutazioni in Drosophila (alcool etilico e etere)

•anni ‘40 proprietà alchilanti di ossido di etilene, mostarda azotata, epicloridrina etc...

•1948 RAPOPORT “supermutageni”

MUTAGENESI AMBIENTALE

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GLOSSARIO

Mutazione: qualsiasi alterazione ereditabile del DNA.Mutageno: agente o processo che aumenta la frequenza di mutazioni in una popolazione di cellule o di individui.Mutageni diretti: agenti chimici o fisici che interagiscono direttamente con il DNA modificandolo.Mutageni indiretti: agenti chimici che non interagiscono direttamente con il DNA, ma attraverso la produzione di radicali reattivi o la interazione con la sintesi, replicazione o mantenimento della sua struttura.Genotossico: agente o processo in grado di alterare la struttura, il contenuto informazionale o la segregazione del DNA, o che ne inibisce transitoriamente la replicazione. Include agenti mutageni e altri capaci di interagire in vario modo con il materiale genetico..

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GLOSSARIO

Mutazione: qualsiasi alterazione ereditabile del DNA.Mutageno: agente o processo che aumenta la frequenza di mutazioni in una popolazione di cellule o di individui.Mutageni diretti: agenti chimici o fisici che interagiscono direttamente con il DNA modificandolo.Mutageni indiretti: agenti chimici che non interagiscono direttamente con il DNA, ma attraverso la produzione di radicali reattivi o la interazione con la sintesi, replicazione o mantenimento della sua struttura.Genotossico: agente o processo in grado di alterare la struttura, il contenuto informazionale o la segregazione del DNA, o che ne inibisce transitoriamente la replicazione. Include agenti mutageni e altri capaci di interagire in vario modo con il materiale genetico..

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Cancerogeno: agente o processo che aumenta significativamente l’incidenza di neoplasie, indipendentemente dal meccanismo di azione.

I cancerogeni genotossici sono agenti che significativamente aumentano l’incidenza di tumori in una popolazione e hanno l’abilità di alterare l’informazione genetica.

I cancerogeni non-genotossici (ad azione epigenetica) sono agenti che aumentano significativamente la frequenza di tumori in una popolazione ma non hanno l’abilità di alterare l’informazione genetica.

Teratogeno: agente che interferisce con il normale sviluppo embrionale

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DANNO AL DNA

Livello informazionale

Livello strutturale

Modificazione della corretta sequenza di basi

Alterazione della conformazione fisica

della molecola

Mammiferi 10.000 eventi di modificazione del DNA per ora per cellula

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Azioni errate dell’apparato replicativo durante la replicazione del DNA in presenza di un templato intatto e dei comuni dNTPs;

Misinserzione di un nucleotide mutagenico, che possegga una specificità di appaiamento imprecisa (vaga, inesatta), durante la replicazione del DNA;

Reazioni chimiche con mutageni endogeni, come ad esempio le specie reattive dell’ossigeno, e la decomposizione spontanea di basi del DNA.

MUTAZIONE SPONTANEA

UMANI: 107 cellule si dividono ogni secondo, in 1/3 di queste insorge una mutazione spontanea

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Mutazioni per sostituzione di base

TRANSIZIONI: purina purina G A

pirimidina pirimidina C T

TRASVERSIONI: purina pirimidina

G T G C

A T A C

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Tautomeria e conseguenze

Nella sua forma rara una base puo’ formare legami diversi rispetto a quelli normali e causare appaiamenti errati.

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Effetto della mutazione

completa

• Mutazione con perdita di funzione

parziale

• Mutazione con guadagno di funzione

• Mutazione senza effetti rilevabili

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PERDITA DI BASI

Fattori : pH, T° C, tempo di replicazione, lunghezza genoma

Purine: Escherichia coli (1/genoma) x generazione Mammiferi (104/cellula) x generazione

Pirimidine: più stabili

Tasso di perdita C,T ~ 1/20 G,A

Siti AP 50.000-200.000 / genoma (uomo-roditori) 9.000/genoma/giorno x idrolisi del DNA

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DANNO OSSIDATIVO

Fonte di ROS (specie reattive dell’ossigeno): endogena, esogena

RH2 + OH RH +H2O reazione a catena (ad es. perossidazione dei lipidi insaturi)

(R=macromolecola organica)

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MECCANISMI CELLULARI DI DIFESA

Eliminazione di specie reattive superossido dismutasi : 2O2 + 2H+ H2O2+O2

catalasi: 2H2O2 2H2O+O2

Interruzioni delle reazioni a catenaTioli, vitamina C, α-tocoferoli , etc..Glutatione perossidasi: H2O2+2GSH 2H2O+GS-SG

Sequestro dei metalli di transizioneReazioni di tipo Fenton = sequestro Fe2+ sotto forma di ferritina

Regolazione cellulareInibizione della progressione del ciclo cellulareApoptosiAttivazione dei processi di degradazione delle macromolecole danneggiate

Compartimentazione delle molecole bersaglio sensibiliIstoni e poliamineStruttura ordinata della cromatina

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E mismatch = 2-3 Kcal/mole (equivale ad un singolo legame idrogeno; frequenza di errore per nucleotide: 1-10%

in Escherichia coli

Meccanismo frequenza di errore

Appaiamento delle basi 10-1 - 10-2

Azione DNA polimerasi 10-5 - 10-6

(incluso proofreading)

Proteine accessorie 10-7

Correzione postreplicativa 10-10

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Frequenza di mutanti: proporzione finale di mutanti rilevabile in una popolazione. Tale parametro non tiene conto di come e/o quando la mutazione sia insorta.

Tasso di mutazione: frequenza di mutazione per generazione e per entità biologica (virus, cellula, individuo) ad un determinato locus.

Es: tasso di mutazione in una cellula germinale

: numero di gameti in cui sia avvenuta la mutazione diviso il numero totale di gameti che danno origine alla generazione successiva.

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0

1

2

3

4

5

6

7

8

9

0 2 4 6 8

Numero di divisioni cellulari

Nu

mer

o d

i m

uta

nti

per

10

8 bat

teri

a

b

Aumento di una coltura della proporzione di mutanti per divisione.

La pendenza della retta (a/b) fornisce il tasso di mutazione: 1 x10-8.

a= 5-2/ 108=3/ 108 b=3 a/b= 3x10-8/3=1x10 -8

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Tasso di mutazione: frequenza di mutazione per generazione e per entità biologica (virus, cellula, individuo) ad un determinato locus.

a= m (numero di mutanti)/d (numero di divisioni cellulari)

Frequenza di mutanti: proporzione finale di mutanti rilevabile in una popolazione. Tale parametro non tiene conto di come e/o quando la mutazione è insorta.

n° generazioni n°totale di batteri N V T frequenza di mutazione

n 1x108 1 1 1x10-8

n+1 2x108 2 2 4 2x10-8

n+2 4x108 4 4 4 12 3x10-8

n+3 8x108 8 8 8 8 32 4x10-8

n+4 16x108 16 16 16 16 16 80 5x10-8