FILOGENIA DEL GENERO AMAZILIA

7/26/2019 FILOGENIA DEL GENERO AMAZILIA

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Introduccin: PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP +

Objetivos PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP E

Hiptesis PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP E

Metodologa: PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP D

Resultados: PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP ,U

Discusin: PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP ,V

Conclusin: PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP ,"

Referencia Bibliogrfica: PPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPP +!


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+

Introduccin:La filogenia se define como la historia o crnica evolutiva de las especies. Su

misin es conocer las relaciones evolutivas entre los grupos de especies.

La sistemtica es la encargada de estudiar la biodiversidad desde el punto de vista

de las relaciones jerrquicas de los linajes. Es por esto que la sistemtica y la

filogenia de los colibres son muy importantes, ya que esta familia (Trochilidae)

pertenece a uno de los grupos monofilticos ms diversos del continente

americano. Un grupo monofiltico es aquel que comprende una especie ancestral

y a todos sus descendientes.

Los colibres forman una de las familias de pjaros ms sorprendentes y mejor

adaptados de la Tierra. A partir de una nica especie aparecida hace

aproximadamente 22 millones de aos, estas pequeas y coloridas aves se han

diversificado en al menos 338 especies, en un proceso evolutivo que se mantiene

completamente abierto y acelerado. (McGuire et al 2014).

Los colibres poseen ciertas caractersticas nicas. Sin duda, una de las

caractersticas que convierte a los colibres en un grupo nico es su plumaje.

Debido a la variedad de sus ornamentos crestas, gargantas y colas largas de

varios colores y formas-. Los colibres forman un grupo que se presta a la

formulacin de preguntas sobre seleccin sexual y evolucin de formas y

caracteres, y su filogenia se vuelve ms importante debido a su diversidad.

Un estudio analiza el ritmo de diversificacin de las especies de colibres en

grandes clados (ramas del rbol filogentico), para determinar los mecanismosevolutivos que han operado a lo largo del tiempo y del espacio.

Se utiliz un anlisis filogentico molecular para generar un rbol genealgico de

los colibres. Tambin se emplearon anlisis de diversificacin para explorar los

patrones de especiacin a travs de todas las especies de colibres.

Los colibres se han ido reinventado a lo largo de su historia, tienen una gran

capacidad de adaptacin al medio ambiente, ya que a lo largo de los aos se han

propagado de forma continua en nuevas reas geogrficas. La investigacin

resalta que al depender del nctar de las flores para alimentarse y soportar un alto

gasto metablico en su vuelo, los cambios en dichas plantas han provocado, a su

vez, cambios en los picos de estas aves y a la inversa. Esto ha contribuido tanto a

la formacin de nuevos vegetales como de nuevas especies de colibres. Estos

cambios no suceden de manera biunvoca, pero algunas subespecies de colibres

tienen picos largos y se alimentan de flores con corolas largas, en cambio, otras


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W

tienen picos cortos y se alimentan de flores con corolas cortas, este proceso se

conoce como Coevolucin.

En cuanto a su filogenia se han realizado diferentes estudios para obtener

relaciones ms cercanas entre las especies.

El gen ND2 tambin conocido como MT-ND2 pertenece al genoma mitocondrial el

cual se utilizado para la realizacin de clasificaciones en distintos trabajos de

investigacin, esto se debe a que el gen mitocondrial es muy conservado ya que

no presenta herencia mendeliana.

Encontramos un artculo en donde queran comprobar si las poblaciones de

Amazilia violiceps y Amazilia viridifrons son genticamente y ecolgicamente

diferenciadas, examinando el papel de los cambios climticos y geolgicos en la

conduccin de su diversificacin en la zona de transicin de Mxico. Utilizaron

mtodos como el de mxima verosimilitud, delimitacin de especies bayesianas,

su demografa histrica y el nicho de divergencia, en base del DNA mitocondrial y

nuclear, para reconstruir la historia evolutiva de las especies de Amazilia. Tambin

utilizaron un modelo importante el cual se encargaba de evaluar el aislamiento con

respecto a la migracin para as determinar la divergencia gentica y si haba

presencia de flujo de genes.

Lo que obtuvieron como resultado fue que la divergencia gentica entre estas

especies era poco profunda, con la clasificacin de linaje incompleta y la

introgresin. Pero la delimitacin de especies apoy tres linajes independientes: A.

violiceps poblaciones al norte de la Faja Volcnica Trans-Mexicano; una mezcla

de A. violiceps sur del cinturn volcnico y poblaciones de A. viridifrons; y

poblaciones de A. villadai al este del Istmo de Tehuantepec. El flujo de genes y la

estimacin del tiempo de divergencia, y los patrones demogrficos apoyan el

modelo de diversificacin de las especies mediante el aislamiento con la migracin

y el hbitat de cambio en respuesta a las fluctuaciones climticas del Pleistoceno

(Gmez, R.F. y Ornelas, F.J., 2015).

La elaboracin de los rboles genealgicos representa un paso importante hacia

la comprensin de cmo se han adaptado estos pjaros a nuevos hbitats.

Es posible que haya algo intrnseco en los colibres que les permite adaptarse anuevos ambientes, pero tambin podra ser que a menudo han estado en el lugar

correcto en el momento adecuado. Sospecho que se trata de la primera opcin.

McGuire.


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E

Objetivos Conocer bajo qu criterios se diagnostica una filogenia en base a

caractersticas moleculares.

Comprobar que las filogenias del gnero Amazilia ya propuestas en

distintas investigaciones sean semejantes a los resultados obtenidos en

este proyecto.

Reconstruir la filogenia del generoAmaziliatomando como referencia a tres

grupos externos a ste.

Saber si los caracteres moleculares tomados en cuenta siguen presentes a

travs del tiempo.

Conocer qu relacin o distancia tiene el gnero Amazilia con respecto a

los grupos externos.

Aprender los criterios y los procedimientos que se llevan a cabo para la

realizacin de una evaluacin de modelos evolutivos.

Conocer el funcionamiento de los programas que se encargan de evaluar

mtodos filogenticos.

HiptesisSe intenta probar que las especies del gnero Amaziliaen relacin a los grupos

externos a ste gnero se encuentran separados por grandes distancias as como

se establece en investigaciones anteriores, por ejemplo, la distancia respecto al

gneroAmaziliaen la especie Chrysuronia oenonees de 12 millones de aos, y la

distancia filogentica en la especie Hylocharis grayi es de 5 millones de aos y

por ltimo la especie Thalurania furcatapor 2 millones de aos, se espera que los

tres grupos externos que se eligieron se presenten fuera o externos al linaje.


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D

Metodologa:Se obtuvieron las secuencias en GeneBank del gen ND2 de 18 especies del

gnero Amazilia, como grupos externos se utilizaron las especies Thalurania

furcata, Hylocharis grayi, Chrysuronia oenone, que fueron identificadas como

grupos hermanos en la plataforma One Zoom del gneroAmazilia.

Los cdigos de accesos obtenidos en GeneBank de las distintas especies fueron

los siguientes:

|683842428|gb|KJ602179.1| A_wagneri

|683842418|gb|KJ602174.1| A_handleyi

|683842416|gb|KJ602173.1| A_tobaci

|683842412|gb|KJ602171.1| A_saucerottei

|683842402|gb|KJ602166.1| A_brevirostris

|354463018|gb|JN036611.1| A_tzacatl

|683842392|gb|KJ602161.1| A_beryllina

|683842396|gb|KJ602163.1| A_candida

|683842406|gb|KJ602168.1| A_cyanura

|683842404|gb|KJ602167.1| A_cyanocephala

|683842426|gb|KJ602178.1| A_viridifrons

|683842430|gb|KJ602180.1| A_yucatanensis

|683842408|gb|KJ602169.1| A_edward

|683842400|gb|KJ602165.1| A_castaneiventris

|683842394|gb|KJ602162.1| A_brevirostris

|683842410|gb|KJ602170.1| A_leucogaster

|683842420|gb|KJ602175.1| A_versicolor

|683842422|gb|KJ602176.1| A_violiceps


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-

Cdigos de accesos de los grupos externos utilizados fueron:

|57639816|gb|AY830472.1| C_oenone

|164613232|gb|EU042563.1| H_grayi

|683842762|gb|KJ602346.1| T_furcata

Las secuencias obtenidas fueron guardadas en formato FASTA y se editaron en

un procesador de texto sin formato, en el caso de este trabajo se utiliz WordPad

y bloc de notas. Posteriormente el archivo se carg en el programa Clustal X para

realizar la alineacin utilizando la opcin de Do complete alignment. El archivo

obtenido con los datos de secuencias alineadas se guard con la extensin *.

ALN, que ser utilizado para realizar un segundo alineamiento en el programa

MEGA 6.

En el programa MEGA 6 se seleccion la opcin "Edit/Built Alignment" y se abrien la opcin "Retrive a sequence from file" en la que se arroj la ventana con las

secuencias ya alineadas con Clustal X. Se volvieron a alinear con la opcin

"Alignment" y seleccionando "Align by ClustalW", posterior a esto, apareci una

ventana con "Nothing selected....Select all?" y se seleccioni OK. De igual

manera se da OK en la ventana con los parmetros de ClustalW. Para el termino,

se guardaron los cambios realizados en la opcin "Data" y posteriormente la

opcin "Export Alignment" en donde se seleccion la opcin PAUP Format para

poder utilizar estas secuencias en PAUP

con el formato NEXUS.

Se utiliz el programa jModelTest el cual

nos permiti evaluar modelos evolutivos.

Se cargaron los datos de la secuencia

obtenida en la alineacin de MEGA 6

utilizando la opcin "File/Load DNA

Alignment". El archivo debi estar en

formato "NEXUS". Ya que los datos

fueron ledos, se seleccion la opcin

"Analysis/Compute Likelihood Scores".

En una nueva ventana que se despleg,se seleccionaron los parmetros

deseados, entre ellos se modificaron las

opciones de: "Number of substitutions

schemes", cambiando el valor 7 y "Base

tree for likelihood calculations", donde se


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U

seleccion la opcin BIONJ. Al terminar de modificar los parmetros se seleccion

"Compute Likelihoods" donde se realiz el anlisis de los modelos evolutivos.

Finalizando el anlisis, se opt estadsticamente por el modelo ms adecuado

para nuestros datos. Para ello en la opcin "Analysis" se seleccionaron los

criterios adecuados, dando click en la opcin "Do BIC calculations", en los ajustesde BIC los parmetros se mantuvieron como aparecieron por default, excepto que

se eligi la opcin "Write PAUP*block" para despus realizar los clculos BIC. El

modelo seleccionado fue el "TrN+G" mostrando los valores de probabilidad

obtenidos, as como los valores de los parmetros de dicho modelo.

Una vez terminado el anlisis del modelo evolutivo en jModelTest el archivo

NEXUS fue abierto en PAUP (sin cerrar an jModelTest) en el men "File

seleccionando la opcin "Open", una vez localizado el archivo, se abri con la

opcin Edit, para copiar los valores obtenidos en jModelTest y pegarlos al

termino del archivo NEXUS de nuestro anlisis filogentico. Una vez integradoslos datos de jModelTest se seleccion la opcin Execute dentro del men "File

de PAUP. Antes de que se realizara cualquier bsqueda se determinaron los

grupos externos en la opcin Data, seleccionando la opcin Define Outgroup.

Para este proyecto se realizaron bsquedas bajo criterios diferentes, siendo estosParsimonia; utilizando Branch & Bound,

Distancias y Mxima Verosimilitud.

La primera bsqueda se realiz

utilizando el algoritmo Branch and

Bound con el que se trat de encontrar


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V

el rbol ms parsimonioso, ste algoritmo slo analiza aquellos rboles que no

exceden un valor mximo establecido, dentro de la bsqueda los parmetros

quedaron como aparecen por default. En la ventana Output Display se

mostraron los parmetros bajo los cuales se realiz el anlisis, as como la

cantidad de rboles ms parsimoniosos encontrados y sus valores.

Finalizando la bsqueda se seleccion la opcin Show trees donde se observ

el rbol resultante. Para que el rbol fuera mostrado con la rama del grupo externo

en posicin basal, se seleccion la opcin Rooting y posteriormente Make

ingroup monophyletic. En la opcin Describe trees se observan las

caractersticas del rbol.

En la opcin Tree scores se calcularon algunos ndices asociados al rbol, como

el ndice de consistencia, de retencin, etc.

Finalmente en la opcin Save trees to file se guard el rbol para ser abierto en

TreeGraph y darle formato.

Para evaluar la solidez o que tanto estn apoyadas las relaciones obtenidas en los

rboles se debi de realizar un anlisis por medio de Boostrap/Jacknife, para elcual en el men Analysis, se seleccion la opcin Boostrap/Jacknife. En la

ventana que se despliega, se seleccion la opcin Bootstrap para despus

indicar el nmero de rplicas, en caso de parsimonia deba de ser al menos 1000.

Al trabajar con parsimonia y mxima probabilidad se debi seleccionar la opcin

Full Heuristic en el tipo de bsqueda.

Se seleccion Continue que abri una ventana de Bsqueda Heurstica, donde

se seleccion la opcin Stepwise-addition options, ah se indic que las

secuencias seran al azar y que el nmero de rplicas sera de 10. El anlisis se

inici seleccionando la opcin OK. Terminando el anlisis, se mostr un rbolcon los valores de boostrap para cada rama. (Se sugiere que solo las ramas con

valores arriba de 80% son confiables en trminos de agrupacin monofiltica).

Igualmente que con la bsqueda

anterior se debi de mostrar los puntajes

de rbol en Tree scores/ Parsimony y


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"

se observ en Print/View Bootstrap Consensus tree para despus guardar el

rbol resultante con la opcin Save trees to file.

El segundo criterio utilizado fue el de Distancias donde se busc utilizar la

distancia entre los taxa por medio de su similitud. Para este anlisis, en el men

Analysis se cambi el criterio a Distance. Se indic el tipo de distancias que seutilizaron en el anlisis, siendo en este caso distancias de DNA/RNA que fueron

determinadas en Distance settings, seleccionando la opcin DNA/RNA

distances. Para iniciar el anlisis primero se seleccion "Absolute", que nos

indicara el nmero de diferencias entre secuencias. Se selecciona OK. Una vez

calculadas en el men "Data / Show distance matrix", se mostraron las distancias

estimadas.

De nuevo en Distance settings / DNA/RNA distances" se seleccion "Uncorrected

("p")", que calcul las distancias sin corregir. Una vez calculadas se visualizaron

las distancias en el men "Data / Show distance matrix".


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,!

Finalmente se calcularon las distancias corregidas con el modelo seleccionado por

jModelTest. Para ello, seleccionamos la opcin "Maximum Likelihood" dentro del

men "Analysis / Distance settings / DNA/RNA distances". Nuevamente se

visualizaron las distancias en el men Data / Show distance matrix.


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,,

Para construir un rbol con las distancias obtenidas en el men Analysis /

Neighbor Joining / UPGMA, se abri una ventana donde se decidi utilizaralgoritmo Neighbor Joining, dentro de la misma ventana se seleccion Randomly,

initial seed en la opcin Break ties y se dio "OK".

El rbol generado se visualiz en el men "Trees", en la opcin "Print/View

Neighbor Joining/UPGMA tree". El rbol generado fue guardado usando la opcin

"Save Trees to File" en el men "Trees".


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,+

Igual que en el anlisis de parsimonia los valores deban ser corregidos por medio

de Boostrap/Jacknife, para el cual en el men Analysis, se seleccion la opcin

Boostrap/Jacknife. En la ventana que se despleg, se seleccion la opcin

Bootstrap para despus indicar el nmero de rplicas, en caso de distancias

debe de ser al menos 10000. Al trabajar con distancias se deba seleccionar la

opcin Neighbor-joining / UPGMA en el tipo de bsqueda.

Se seleccion Continue que abri una ventana de Bsqueda Heurstica, donde

se indic el mtodo de agrupamiento deseado, siendo este Neighbor-joining. El

anlisis se inici con la opcin OK. Terminando el anlisis, se mostr un rbol

con los valores de boostrap para cada rama.

Igual que con la bsqueda anterior se mostraron

los puntajes de rbol en Tree scores /

Distance y se observaron en Print/View

Bootstrap Consensus tree para despus guardarel rbol resultante con la opcin Save trees to

file.

El tercer criterio utilizado fue el de Mxima verosimilitud que evala la historia

evolutiva en trminos de la probabilidad. Para esto en el men Analysis se

cambi el criterio a Likelihood y se seleccion la opcin "Likelihood settings". En

la ventana que se despliega aparecieron los valores del modelo evolutivo que se

utilizaron para el anlisis. Se dio "OK".

Se realiz una bsqueda Heurstica para encontrar al rbol con el mayor valor de

probabilidad. En la opcin Stepwise-Addition se seleccion la casilla random,

activando el cuadro # reps donde se incluy un valor de 10. Se seleccion "OK".

El rbol ms probable se visualiz en el menu "Trees", con la opcin "Print/View

Trees". El rbol se guard usando la opcin "Save Trees to file"

Igual que con los criterios anteriores se realiz un anlisis por medio de

Boostrap/Jacknife, en el men Analysis, se seleccion la opcin


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,W

Boostrap/Jacknife. En la ventana que se despleg, se seleccion la opcin

Bootstrap para despus indicar el nmero de rplicas, en caso de 100 para

mxima probabilidad. Al trabajar con mxima probabilidad se debe seleccionar la

opcin Full Heuristic en el tipo de bsqueda.

Se seleccion Continue que abri una ventana de Bsqueda Heurstica, dondese seleccion la opcin Stepwise-addition options, ah se indic que las

secuencias seran al azar y que el nmero de rplicas seran de 10. El anlisis se

inici seleccionado la opcin OK. Terminando el anlisis, se mostr un rbol con

los valores de boostrap para cada rama.


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,E

A handleyi 18

A tzacat 18

A yucatanensis 30

A edward 08

A tobaci 16

A castaneiventris 00

A saucerottei 12

A cyanocephala 04

A beryllina 92

A cyanura 06

A wagneri 28

A viridifrons 26

A violiceps 22

Thalurania furcata 62

A candida 96

A versicolor 20

Chrysuronia oenone 16

A brevirostris 02

A brevirostris 94

A leucogaster 10

Hylocharis grayi 32

99

100

100

63

100

100

66

100

55

87 83

99

53

100

100

Bootstrap consensus tree

-.#)$ /,$)0'*1+,() 23Criterio Branch&Bound bajo la evaluacin de Bootstrap.


16/21

,D

-.#)$ /,$)0'*1+,() 43 Criterio Distancias bajo la evaluacin de Bootstrap.

A handleyi 18

A tzacat 18

A yucatanensis 30


A edward 08

A tobaci 16


A saucerottei 12

A beryllina 92

A cyanura 06

A cyanocephala 04

A wagneri 28

A viridifrons 26

A violiceps 22

A candida 96

A versicolor 20


A brevirostris 02

A brevirostris 94

A leucogaster 10

Hylocharis grayi 32

62

100

100

65

54

87

100

87

100

72

55

80

52

95

100

98



17/21

,-

53 /,$)0'*1+,() 63Criterio Max. Verosimilitud bajo la evaluacin de Bootstrap.

A handleyi 18

A tzacat 18

A candida 96

A yucatanensis 30


A edward 08

A tobaci 16


A saucerottei 12

A beryllina 92

A cyanura 06

A cyanocephala 04

A wagneri 28

A viridifrons 26

A violiceps 22

A versicolor 20


A brevirostris 02

A brevirostris 94

A leucogaster 10

Hylocharis grayi 32

91

99

99

60

80

100

87

94

100

66

73

79

66

100

100

97



18/21

,U

A edward 08

A tobaci 16


A saucerottei 12

87 83

Resultados:Los arboles filogenticos obtenidos nos muestran diferentes relaciones entre las

especies, siendo algunas especies colocadas casos como grupos monofilticos o

en otros casos como grupos polifilticos.

Un ejemplo de ello se observa en las comparaciones del rbol filogentico 1 y 2

donde se observa como las especiesA. edward yA. saucerottei forman un grupo

monofiltico en el rbol 1 y en el rbol 2 se esquematizan como grupos

polifilticos.

A. Filogentico 1 A. Filogentico 2

Otro ejemplo donde se muestran las diferentes relaciones entre arboles es donde

el grupo externo T. furcata pasa de ser una especie hermana de A. wagneri, A.

viridifrons, A. violeceps en el rbol filogentico numero 1 a desaparecer bajo elcriterio de mxima verosimilitud en el rbol 2, donde forma un grupo monofiltico

junto con la especieA. yucatanensis.

A. Filogentico 3

A Filogentico 1

A-

A edward 08

A tobaci 16


A saucerottei 12

72

55

80

A wagneri 28

A viridifrons 26

A violiceps 22

100

A yucatanensis 30


87

A wagneri 28

A viridifrons 26

A violiceps 22


53

100


19/21

,V

Con base a los valores de Bootstrap, ya que son diferentes, se toma en cuenta

que la relacin de estas especies en el rbol filogentico 3 ya que son ms

asertivos aquellos valore mayores de 80.

Dentro de los resultados se observ que no todos los grupos externos

seleccionados se esquematizaron como se esperara, observando cmo algunosformaron grupos monofilticos con especies deAmazilamientras que otros como

la especie Hylocharis grayise mantenan externos del linaje deAmazilia.

Discusin:

No se obtuvieron los resultados esperados que se plantearon en la hiptesisdebido a que los grupos externos que se eligieron no se presentaron fuera dellinaje del gnero Amazilia, se puede deducir que no ha pasado suficiente tiempo

para que ocurra una divergencia completa y que estos grupos an compartancaracteres. Otra deduccin sera que el gen utilizado se trate de un carcterancestral, y para esto se necesitara hacer una investigacin extensa en la familiaTrochilidae para saber en qu tiempo evolutivo pudo haber aparecido ydiversificado.

Es posible que su divergencia gentica sea poco profunda con una clasificacin delinajes incompleta y un movimiento de genes de una especie a otra (hibridacin).

En la investigacin que se realiz se pudo determinar (tomando en cuenta los

estudios anteriores), que todos los taxa seleccionados de Amazilia poseen

caractersticas muy similares entre ellos al formar grupos monofileticos yparafileticos con algunos de los grupos externos que se escogieron (Chrysuronia

oenone y Thalurania furcata), dependiendo de los criterios de evaluacin que se

utilizaron para determinar su parentesco, mientras que otros se comportaron como

una especie externa al linaje de Amazilia (Hylocharis grayi) como se esperaba.

Se encontr dos secuencias de la misma especiaA. brevirostris con el mismo gen,los cuales se alinearon para encontrar diferencias y se obtuvo que las secuenciasdifieren en algunos nucletidos, as que se tomaron en cuenta ambos para podervalorar las distancias entre las especies y si su ubicacin en la filogenia era muydistante.

Se encontr que ambas secuencias de A. brevirostris en los tres arbolesevaluados son muy cercanas a A. leucogaster considerndose como grupohermano. En base a la posicin de la rama de la secuencia A. leucogaster 94 sesupone que la distancia es un poco ms alejada al resto de los taxas que A.leucogaster 02 debido a que la secuencia de A. leucogaster 02 presenta mayorsimilitud.


20/21

,"

A partir de estos resultados se dedujeron 3 razones por la cual se presentaron dossecuencias diferentes de la misma especie:

1. Qu las muestras obtenidas de este gen hayan sido de diferentespoblaciones. Presencia de flujo de genes.

2. Se sabe que el gen ND2 al ser mitocondrial es susceptible a constantesmutaciones, pudiendo ser una mutacin puntual las cuales no afectan laexpresin y funcionalidad del gen.

3. Qu no fueron claros los resultados de las secuencias y fueron maldocumentadas.

Conclusin:

Se demostr que las filogenias ya descritas anteriormente fueron distintas a losresultados obtenidos en este proyecto, debido a que los criterios, que en su

mayora utilizan, son morfolgicos y ecolgicos. Se cree que para realizar unafilogenia hay que tomar el mayor nmero de criterios de clasificacin para que lasrelaciones entre especies sean mejor evaluadas y tengan mayor confiabilidad.

Se logr el objetivo de saber cmo elaborar rboles filogenticos, alineamientos,obtener distancias corregidas y el cmo evaluar si los resultados eran confiables,gracias a los programas utilizados.

Tambin que en la elaboracin de rboles filogenticos, los grupos externos nosiempre se encontrarn fuera de los taxas evaluado, para este caso el gnero

Amazilia.

Se logr construir 3 distintos arboles bajo diferentes algoritmos y de estosidentificar especies hermanas, grupos monofileticos y grupos parafileticos.Tambin si las especies hermanas encontradas se presentaban en los tres tiposde rboles.


21/21

+!

Referencia Bibliogrfica:

http://www.onezoom.org/OneZoom/static/OZLegacy/EDGE_birds.htm

McGuire et al., Molecular Phylogenetics and the Diversification of

Hummingbirds,Current Biology(2014),http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2014.03.016

National Center for Biotecnology Information. 2016. Amazilia Gen ND2. [En

lnea]. National Library of Medicine. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ [Consulta:

05 de Abril del 2016].

Ornelas, Rodrguez, J.F. 1995. Radiation in the genus Amazilia: A

comparative approach to understanding the diversification of hummingbirds.

The University of Arizona. University libraries. Arizona, E.U.A

Rodrguez, Gmez, F. y J. Francisco, Ornelas. 2015. At the passing gate:

past introgression in the process of species formation between Amaziliavioliceps and A. viridifrons hummingbirds along the Mexican Transition

Zone. Journal of Biogeography. 42 (7): 1187-1363.

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FILOGENIA DEL GENERO AMAZILIA