EndNote X4 Advanced For PC and Mac users

University of Otago Library

www.library.otago.ac.nz/endnote

January 2011

1

2

Contents  Contents .................................................................................................................................. 2 About this Guide ..................................................................................................................... 3 Introduction to EndNote ......................................................................................................... 3 

What is EndNote? ............................................................................................................... 3 Where can I use it? .............................................................................................................. 3 

Advanced Groups .................................................................................................................... 4 Smart Groups ...................................................................................................................... 4 Groups from Groups ........................................................................................................... 4 

Citation Style Management ..................................................................................................... 6 Selecting more Styles for Output ........................................................................................ 6 Editing/Creating a New Citation Style ............................................................................... 7 Adding or Updating a Citation Style ................................................................................ 10 

Editing your Bibliography .................................................................................................... 11 Setting Bibliography Preferences ..................................................................................... 11 Formatting and Unformatting a Bibliography .................................................................. 11 

Adding Connection Files and Filters .................................................................................... 13 To install additional Import Filters ................................................................................... 13 To install additional Connection Files .............................................................................. 14 

Editing Display Preferences .................................................................................................. 15 Find Full Text ....................................................................................................................... 16 Removing / Editing an Erroneous Citation ........................................................................... 17 

In an Formatted Document ............................................................................................... 17 In an Unformatted document ............................................................................................ 18 

Additional Tips & Hints........................................................................................................ 18 Printing a Bibliography sorted by type of reference ......................................................... 18 Changing fonts from pasted references ............................................................................. 18 Sections ............................................................................................................................. 19 Convert Word file to Plain Text ........................................................................................ 19 

Appendix 1: Adding a New Style to EndNote ...................................................................... 20 Instructions for a PC ......................................................................................................... 20 Instructions for a Mac ....................................................................................................... 21 

Appendix 2: Adding a New Filter to EndNote ..................................................................... 22 Instructions for a PC ......................................................................................................... 22 Instructions for a Mac ....................................................................................................... 23 

 

3

About this Guide This guide is intended to follow the “EndNote X4 Introduction for PC and Mac Users” guide. If you have not used EndNote X4, or another recent version of EndNote, it is suggested that you start with the introduction guide.  You do not need to be an expert in EndNote X4 to take advantage of the features discussed in this guide; these features should be understood by anyone who has a few hours experience using EndNote X4.  If this guide does not answer your query please contact a University of Otago Liaison Librarian for help. 

Introduction to EndNote This is the Advanced EndNote X4 user guide. Please refer to the Introduction user guide if this guide does not contain the information you want, or approach your Liaison Librarian for help. 

What is EndNote? Endnote X4 is a reference management tool which helps you to save and manage bibliographic references.   EndNote enables you to organise references into separate libraries, and into smaller groups within each library. It can store copies of files with your references (e.g. PDF, TIFF, HTML, XLSX, MP3 documents), so you can take all of your research with you in one easy package.  EndNote will display your references in the citation style of your choice (e.g. APA 6th), and will format your research papers for you, placing references and footnotes where necessary, compiling a bibliography as you reference. 

  

Where can I use it? EndNote X4 is loaded onto all student desktop computers, so you can access it on campus at any time. Save your EndNote X4 Library to the S: drive or bring it in with you on an external memory drive.  You can also purchase a copy of EndNote X4 for your computer / laptop (PC and Mac). Print a copy of the  ITS Student EndNote Licence Request Form , fill in your details and return it to the ITS office. A user licence costs $25 including GST per computer for the Student’s time at University of Otago. This entitles the Student to any upgrades released during their time here.  

All university staff should refer to the appropriate department personnel for information on EndNote licence purchases and upgrades. Refer to the ITS EndNote Software webpage for pricing and conditions.  

 

Advanced Groups Creating Groups and Group Sets was covered in the EndNote X4 Introduction guide. 

Smart Groups Smart groups are created to build subsets of references dynamically. The set is updated based on the search criteria you set up. Any reference added to your library will be added to the appropriate smart group if it satisfies the criteria you used to establish the group.   1. Select All References. Go to Groups > Create Smart Group. 2. Name the new Smart Group then enter search terms – click on <Create> 3. The results are automatically updated whenever you add a reference with the 

stipulated term(s) into your Library.   

Groups from Groups A new function to EndNote X4 adds another dimension to sorting your references into groups. The Groups from Groups function allows you to select several groups and create a new set of results from them. The image below shows a new ‘Group from Groups’ called ‘US Authors Interviewed by Begley’ formed from the intersection of the Groups ‘Begley’ and ‘US Authors’. 

This group (note the symbol) is the result of a Boolean ‘AND’ search on the groups ‘Begley’ and ‘US Authors’. 

 

4

5

o create a Group from Groups, do the following: 

1. Click Groups > Create From Groups. The following screen will appear: 

T 

  2. Give the new group a name 3. Select the first group you wish to include in the new group from the drop‐down box 

. Repeat steps 3 and 4 until you have the group content you want and click <Create>. 

‘US Authors Interviewed by Begley’, the ‘Create From Groups’ dialog box oked like this: 

4. Select the logical connector you wish to use (AND, OR or NOT are the options) 5 For the group of lo

You can click and drag the ‘US Authors Interviewed by Begley’ group so it sits within the main group ‘Interviewer’ or ‘Favourite Author’ without affecting the logic of the search.  

Citation Style Management You can Edit a citation style so that it displays non‐standard fields in your thesis or essay when you cite a reference. You can also create a new style to use. Any style selected in your Output Style library can be used to format your Library when exporting.   N.B. These changes can be made to styles on your personal computer version of EndNote only, not to the EndNote version on the student desktop. 

Selecting more Styles for Output Selecting a style will make it available to you as a member of your style library on the dropdown list in the main EndNote window. It will also make it available as an Export option if you wish to save your Library in a particular format.  To select multiple styles click on Edit > Output Styles > Output Style Manager... and select the style or styles you wish to add to your dropdown list. You can select as many as you want.  Once you have selected all the styles you want, simply close the Styles Library by clicking on the  . If you now look at the style library on the main EndNote window you will see the styles you have added in the list.   You can also select a single style to add by clicking on the style list and clicking on Select Another Style...Select the style you want to use and <Choose> it for your list.  

6

To export your Library and save it in a text file that can be imported into a Library by another EndNote user or another bibliographic software package it should be saved in RIS format, as a .txt file. To do this ensure you have selected RefMan (RIS) Export from your style list. Go to File > Export. Name the file and save it as type text (.txt). Select the output format as RefMan (RIS) Export. (See over). This is also useful if you wish to import your EndNote Library into the Web of Science database Researcher ID function. 

Editing/Creating a New Citation Style You may want to create a new citation style to suit your own reference keeping, to display fields you most like to see at a glance. You may want to modify a citation style to include additional fields, e.g. an article abstract field, in the bibliography so that your lecturer/supervisor has a little more information about the article you have been reading.  Note: Any changes you make to the output styles on your own computer can be saved permanently, but the changes will not be saved on the student desktop version of EndNote.  

Editing a Citation Style Click on Edit > Output Styles > Output Style Manager... 

7

Select the style you wish to edit, and click <Edit>. The following screen will appear: 

Select the feature of the citation style you would like to change from the list on the left hand side.

The citation style you have selected for editing will become the basis for your new style. Select the feature of the style you would like to change. For example, to add an abstract field to the references in your bibliography select Layout, click <Insert Field> in the ‘End each reference with’ section and select Abstract. 

When you close this window it can now be saved with a different style name, and selected as an output style like any other. To save the style click File > Save As..., name the style and click <Save>. Press on the   to close the edit style window. 

8

With this modification every time you cite an article in your thesis, or when you assemble a bibliography from your library, the article abstract will be added to the output. 

9

Creating a New Citation Style Click on the Edit menu, select Output Styles and then New Style... Use the options in the left hand pane to input the features you want in the style.  

Select the feature of the citation style you would like to change from the list on the left hand side 

Once you have the style as you want it to be simply save it and select it as an option in your style library. 

Adding or Updating a Citation Style Go to www.endnote.com  1. Click <What’s New> to check updates for your EndNote version, e.g. APA 6th edition 2. Follow the Download instructions on screen, saving the new style to your Desktop 3. Go to My Computer > Local Disk C: > Program Files > EndNote X4 4. Open the Styles folder.  Click and drag the APA 6th style into this folder* 5. Close your EndNote Style folder and return to your desktop 6. Restart EndNote then open your EndNote Library 7. Go to the top menu bar and <Select Another Style>, find and <Choose> APA 6th as 

part of your short list of styles *For Mac users the location of the Styles folder is MAC HARD DRIVE (HD) > Applications > EndNote X4 folder > EndNote X4 Styles.   See Appendix 1 for more detail on adding a new style to EndNote on a PC or Mac. 

10

Editing your Bibliography

Setting Bibliography Preferences Preferences can be set for your bibliography from within Microsoft Word by clicking on the Bibliography arrow in the EndNote X4 ribbon in Microsoft Word. This function allows you to change a few details in the bibliography, including the name of the bibliography, the font, line spacing and indentation.

Formatting and Unformatting a Bibliography For essays and reports forming the in‐text and bibliography simultaneously is recommended, known as Formatted mode.  For long works, e.g. a thesis, it is recommended that you leave the document unformatted until you are ready to print. This leaves the citations in a raw, working state, instead of looking complete, but it reduces possible corruption if information linking your EndNote Library to in‐text citations is incorrectly removed.   

To Unformat a Bibliography Select EndNote X4 tab   Convert Citations & Bibliography  Convert to Unformatted Citations. Citation and record number are displayed in curly braces in your Word document. There is no bibliography displaying at the end of the document. 

11

       Note: #8 refers to the 8th record from your EndNote Library. 

To Format a Bibliography 1. PC users select EndNote X4 tab  Bibliography 

Mac users select Tools EndNote X4   Format Bibliography  

2. Follow instructions for each tab to format your document  

3. Note: braces have changed to parentheses, the record number is hidden, and the reference appears in the bibliography at the end of the document. 

An alternative is to click <Update Citations & Bibliography> and the document will reformat according to your current EndNote Library output style.  

12

Adding Connection Files and Filters Otago Student Desktop access already includes all the Styles, Filters and Connection files needed to use EndNote effectively.  If you have installed EndNote on your home computer or laptop you may need to add some styles, filters or connections, depending on your subject needs.  The Library has customised some Filters and Connections for Otago users, e.g. Otago Library Catalogue, and recommends you add the zipped package, available at Library Homepage>Research>EndNote> Download Import Filters and Connection Files. 

To install additional Import Filters Go to  http://www.library.otago.ac.nz/endnote/connection.html for filters that Otago recommends for use with EndNote X4.  1. Click <All Import Filters (.zip file)>  2. <Save>  the OU_EndNoteFilters.zip file to your Desktop    3. If prompted, click <Open> from the ‘Download  

Complete’ window.  You will see available filters 4. Go to My Computer > Local Disk (C:) > 

Program Files >EndNote X4 ‐ click <Filters> and place this Filters window alongside the OU_EndNoteFilters.zip  

5. Compare the dates of Otago’s Filters with existing EndNote filters. Click and drag each Filter you wish to include, e.g. Otago Library Catalogue, Index New Zealand (INNZ), Te Puna, & Emerald.  Replace with the most recent version when prompted.  OR a) If using Vista, click <Extract all files> then select the destination folder (Program Files > EndNote X4 > Filters) and <Extract> the Import Filter files. If prompted click 

13

<Continue> to permit copying to this destination folder.  Replace with the most recent version if prompted.  OR b) If using XP or Windows 7, click <Extract>, click <All files> then select the destination folder (Program Files > EndNote X4 > Filters) and <Extract> the Import Filters.  Replace with the most recent version if prompted. 

6.  Close your EndNote Filters windows and return to your desktop  7. Restart EndNote X4 and continue working with your EndNote Library 

 

See Appendix 2 for more detail on adding a new filter to EndNote on a PC or Mac.  

To install additional Connection Files Go to  http://www.library.otago.ac.nz/endnote/connection.html for ones that Otago recommends for use with EndNote. 1. Click <All Connection Files (.zip file)>  2. <Save>  the OU_EndNoteConnections.zip file to 

your Desktop 3. If prompted, click <Open> from the Download  

complete Window.  You will see available  Connections 

4. Go to My Computer > Local Disk (C:) > Program Files > EndNote X4 ‐ click <Connections> and place this Connections window alongside the OU_EndNoteConnections.          

  5. Compare the dates of Otago’s Connections with existing EndNote Connections. Copy 

or drag each Connection you wish to include, e.g. Otago Library Catalogue, Medline (OVIDSP) & PubMed.  Replace with the most recent version if prompted.  OR a)   If using Vista, click <Extract all files> then select the destination folder (Program Files>EndNote X4> Connections) and <Extract> the Connection files. If prompted click <Continue> to permit copying to this destination folder. Replace with the most recent version if prompted. OR 

14

b) If using XP or Windows 7, click <Extract>, click <All files> then select the destination folder (Program Files>EndNote X4> Connections) and <Extract> the Connection Files.  Replace with the most recent version if prompted 

6. Close your EndNote Connections windows and return to your desktop 7. Restart EndNote X4 and continue working with your EndNote Library. 

Editing Display Preferences You can change the fields you have showing on your reference records, and the way they are ordered by using the Preferences option in the Edit menu. 

15

Select and name the fields in the order in which you want them to appear. This does not change the information in the references, it only changes the information you can see. If you don’t want to see the author name you can remove it from the display, but the author field will still appear in the citation.  To reorder the references in your Library, group or folder simply click in the relevant field in the EndNote X4 Library page. Click the field header to order the references in ascending or descending order. In the screenshot below the references are ordered in A‐Z Title order. 

Find Full Text You can ask EndNote X4 to look for full text versions of documents you have in your Library by selecting the articles you want to look for and clicking on References > Find Full Text > Find Full Text. You can also look for full text by selecting the appropriate 

reference and clicking on  , or right click on Find Full Text in the My Library column with the items you want to search for selected.  

16

The documents found in the full text search are automatically attached to the appropriate reference file. 

Under the Find Full Text heading on the left hand side of the EndNote programme you will see a progress report stating the number being looked for, the number found, and the number not found.

The Find Full Text feature is often unpredictable and sometimes unsuccessful. To find the correct full text PDF it has to be named the same way as the article title. Some databases give all downloaded PDF files the same name (for example “out.pdf”). EndNote will not find such files even if they are available in full text. To get the full text version of such files you will need to download them from a database and attach them to the record, as discussed in the EndNote Introduction user guide. 

Removing / Editing an Erroneous Citation

In an Formatted Document

Remove   Just deleting a citation will leave behind hidden field codes (those # symbols are what can corrupt a document!!). To remove a citation and field codes: 1. Select the in‐text citation. The citation it is now highlighted in dark grey 2. Go to the EndNote X4 tab   Edit & Manage Citation(s) 3. Click <Edit Reference> and select <Remove Citation> 4. Click <OK> 

 

Edit  Citations should be correct from EndNote as they are, but to add page numbers to an in‐text citation where quoting: 1. Select in‐text citation in document 2. Go to EndNote X4 tab   Edit & Manage Citation(s) 3. Under the ‘Edit Citation’ tab at the bottom of the EndNote X4 Edit & Manage 

Citations dialog box type the page number(s) you wish to insert in the ‘Pages:’ field. Do not type the word ‘page(s)’  

4. Click <OK> 

17

18

In an Unformatted document

Remove <Delete> the entire citation, curly brackets and all. This also removes the reference from the bibliography at the end of the document. 

Edit Citations should be correct from EndNote as they are, but to add page numbers to an in‐text citation you are quoting from: 

1. Find the citation you would like to edit 2. Go to the end of the citation, just before the closing curly bracket  3. Type @, followed by the page numbers, e.g. {Smith, 2006 #1@22‐23} 4. When you format the document it will automatically add the appropriate “pages” 

or “pp.” as appropriate for the style 5. If text is required before or after the reference add within the braces and resave the 

document changes, e.g. {as cited in Smith, 2006 #1@22‐23}.   

Additional Tips & Hints

Printing a Bibliography sorted by type of reference E.g. Journals then books then conference papers …  You need to change the sorting order by altering the Output Style preferences.   

1. Go to Edit > Output Styles – (e.g.)  Edit APA 6th.  2. Go to Bibliography > Sort Order – click <Other> – choose first sort by Reference 

Type, then Author, Year… 

Changing fonts from pasted references If you have pasted parts of a reference from another document in a different font to your EndNote Library they will look different in the Preview pane, and your bibliography later.  Return to the detailed record view and highlight each reference part, resetting the font to the default of Plain Size 12 point (or whatever you have for your Library).    If this has happened over many references you can reset your entire Library using these steps: 1. Open Your EndNote Library and change the Output Style to <Refer Export> 2. Select All References 3. Select File Export and save to your desktop as a text file AND change the output 

style to <Refer Export> 4. Open a New Library 5. Select File Import.  Choose your text file. Choose <Refer/BibIX> as the Import filter 

option 6. Click <Import> 7. Change your new Library back to your preferred output style 8. You should now have a Library without standard font settings 9. You will need to re‐save your PDFs and drag them to the new Library records.

Sections EndNote X4 allows you to add a bibliography after each section or chapter, and/or at the end of your work. Select options at Edit > Output Styles > Edit ‘APA 6th’ > Sections 

Convert Word file to Plain Text When you have written your Word document and added in‐text citations and bibliography you may want to do some final editing.  Disconnect from your EndNote Library using Word >EndNote X4 > Convert Citations and Bibliography > Convert to Plain Text.  Save the converted file and edit as required. This removes any connection to EndNote field codes (those #numbered references in text) so you cannot make EndNote related changes to this file anymore. 

 

19

20

Appendix 1: Adding a New Style to EndNote The EndNote team has developed over 4,000 different output styles. Because installing all of these styles can slow performance, a Typical EndNote installation includes only the 100 most popular styles. You can install sets of styles by discipline with the EndNote installer, or you can download individual styles from the EndNote website.  

Instructions for a PC

Using the EndNote installer to install additional output styles First, make sure EndNote is closed and not running. You can run the EndNote installation program again, choose the option to Modify the installation, and then select sets of output styles to install.   To install sets of output styles:  Log in to the machine with administrative rights or as a user with program installation privileges. Do one of these:  Start the EndNote installation program as you would for a new installation.  Or, from the Windows Start menu, select Control Panel, or choose Settings and then Control Panel. Then, choose Add or Remove Programs. In the list, click on EndNote X4 and then Change. On the “Application Maintenance” dialog, select the Modify option and click Next. On the “Select Features” dialog, click the plus sign (+) next to Additional Styles.  For each set of styles you would like to install, click the triangle and select either ʺWill be installed on local hard driveʺ or ʺEntire feature will be installed on local hard drive.ʺ Click Next to continue with the installation. The styles will be copied to the EndNote Styles folder, which is typically Program Files\EndNote X4\Styles, and the new files will be available for use the next time you start EndNote. 

Finding individual output styles on the EndNote website You can use the Style Manager in EndNote to find and download individual output styles.  To download individual output styles: 1. From the Edit menu in EndNote, choose Output Styles and then Open Style 

Manager. 2. Click Get More on the Web to start your default browser and go to the appropriate 

page on the EndNote website. 3. Browse through an alphabetical listing of the available output styles, and Download 

those files you want to install. 

21

4. Copy the downloaded files to your Styles folder, which is typically located at Program Files\EndNote X4\Styles, or to your personal Styles folder (see Folder Locations Preferences). 

5. If EndNote is still open, please Exit the program and then restart EndNote to read in the added output styles. 

The styles will now be available in EndNote to select for formatting. 

Instructions for a Mac

Using the EndNote Customizer to install additional output styles Before you begin, make sure no applications are running—including virus protection software and Microsoft Word.  To install sets of output styles:

1. Start the EndNote program. 

2. From the EndNote X4 menu, choose <Customizer>. 

3. On the “Component Selection” dialog, select the components you want to install (or keep installed). You can select the check box next to Output Styles to install all of the 4,000+ styles, or you can expand the Output Styles category in order to select groups of output styles by discipline. Any components that are not selected will be removed. 

4. Click Next to continue with the installation. 

The styles will be copied to the EndNote Styles folder, which is typically Applications: EndNote X4: Styles. 

You will need to Exit from the EndNote program and then restart EndNote to read in the added output styles. 

Finding individual output styles on the EndNote website You can use the Style Manager in EndNote to find and download individual output styles. To download individual output styles:

1. From the Edit menu in EndNote, choose Output Styles and then Open Style Manager. 

2. Click Get More on the Web to start your default browser and go to the appropriate page on the EndNote website. 

3. Note: Another way to direct your browser to this web page is to select Web Styles Finder from the Help menu. 

4. Click Accept to accept the Terms of Use. 

5. Browse through an alphabetical listing of the available output styles, and Download those files you want to install. 

22

6. Copy the downloaded files to your Styles folder, which is typically located in the Applications:EndNote X4 folder, or to your personal Styles folder (see Folder Locations Preferences). 

7. If EndNote is still open, please Exit the program and then restart EndNote to read in the added output styles. 

 The styles will now be available in EndNote to select for formatting.  

Appendix 2: Adding a New Filter to EndNote The EndNote team has developed hundreds of different filter files. Because installing all of these files may slow performance, a Typical EndNote installation includes only the 100 most popular filters. You can install sets of filters by provider with the EndNote installer, or you can download individual filters from the EndNote website.  

Instructions for a PC

Using the EndNote installer to install additional filters First, make sure EndNote is closed and not running. You can run the EndNote installation program again, choose the option to Modify the installation, and then select sets of filters to install.   To install sets of filters: 1. Log in to the machine with administrative rights or as a user with program 

installation privileges. 

2. Do one of these: Start the EndNote installation program as you would for a new installation.  Or, from the Windows Start menu, select Control Panel, or choose Settings and then Control Panel. Then, choose Add or Remove Programs. In the list, click on EndNote X4 and then Change. 

3. On the Application Maintenance dialog, select the Modify option and click Next. 

4. On the Select Features dialog, click the plus sign (+) next to Additional Filters. 

5. For each set of filters you would like to install, click the triangle and select either ʺWill be installed on local hard driveʺ or ʺEntire feature will be installed on local hard drive.ʺ 

6. Click Next to continue with the installation. 

 The filters will be copied to the EndNote Filters folder, which is typically Program Files\EndNote X4\Filters.  

23

Finding individual filters on the EndNote website You can use the Filter Manager in EndNote to find and download individual filter files.  To download individual filters:  1. From the Edit menu in EndNote, choose Import Filters and then Open Filter 

Manager. 

2. Click Get More on the Web to start your default browser and go to the appropriate page on the EndNote website. 

3. Click Accept to accept the Terms of Use. 

4. Browse through an alphabetical listing of the available filter files, and Download those files you want to install. 

5. Copy the downloaded files to your Filters folder, which is typically located at: Program Files\EndNote X4\Filters 

 

Instructions for a Mac The EndNote team has developed hundreds of different filter files. Because installing all of these files may slow performance, a typical EndNote installation includes only the 100 most popular filters. You can install sets of filters by provider with the EndNote Customizer, or you can download individual filters from the EndNote website. 

Using the EndNote Customizer to install additional filters Before you begin, make sure no applications are running—including virus protection software and Microsoft Word.  To install sets of filters:

1. Start the EndNote program. 

2. From the EndNote X4 menu, choose Customizer. 

3. On the Component Selection dialog, select the components you want to install (or keep installed).You can select the check box next to Import Filters to install all of the filters, or you can expand the Import Filters category in order to select groups of filters by provider.Any components that are not selected will be removed. 

4. Click Next to continue with the installation. 

 The import filters will be copied to the EndNote Filters folder, which is typically Applications:EndNote X4:Filters.  You will need to Quit from the EndNote program and then restart EndNote to read in the added import filters. 

24

Finding individual filters on the EndNote website You can use the Filter Manager in EndNote to find and download individual filter files.  To download individual filters:  1. From the Edit menu in EndNote, choose Import Filters and then Open Filter 

Manager. 

2. Click Get More on the Web to start your default browser and go to the appropriate page on the EndNote website. 

3. Click Accept to accept the Terms of Use. 

4. Browse through an alphabetical listing of the available filter files, and Download those files you want to install. 

 Copy the downloaded files to your Filters folder, which is typically located in the Applications:EndNote X4 folder.