Upload
alfonsius-lie
View
405
Download
1
Embed Size (px)
Citation preview
BAB I. COVER DAN JUDUL
BAB II. TUJUAN PRAKTIKUM
1. Memperkenalkan mahasiswa pada peralatan utama yang diperlukan dalam
penelitian biologi molekuler
2. Mahasiswa mengetahui dan memahami fungsi dan cara kerja alat-alat
tersebut.
3. Mempelajari dan memahami teknik dalam melakukan pipeting.
BAB III. ALAT DAN BAHAN
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum pengenalan alat adalah
mikropipet, tip, micro tube, gel doc, spektrofotometri, PCR, centrifuge
refrigerator, water bath sahker, micro centrifuge, microwave, vortex, oven,
freezer box, elektroforesis horizontal dan elektroforesis vertikal, mini micro
centrifuge, rak tip, wadah sumuran. Bahan-bahan yang digunakan dalam
praktikum pengenalan alat adalah green juice, aquabides, agarose, kertas film, dan
tissue.
BAB IV. CARA KERJA
Alat dan bahan diperkenalkan oleh asisten dan praktikan memperhatikan
serta mencatat deskripsi mengenai alat-alat. Proses melakukan pipeting dilakukan
oleh praktikan dengan pipet yang sudah diletakkan di meja masing-masing,
kemudian tip diambil oleh praktikan sesuai dengan ukuran dari mikropipet. White
tip digunakan untuk mikropipet dengan ukuran 0,1-10µl ; yellow tip digunakan
untuk mikropipet 10-100 µl , 2-20 µl , 20-200 µl ; blue tip digunakkan untuk
mikropipet ukuran 100-1000 µl. Tip tersebut dimasukkan ke dalam mikripipet,
lalu untuk mengambil loading dyes berupa green juice digunakan mikropipet yang
menggunakan white tip dan yellow tip, sedangkan mikropipet yang digunakan
untuk mengmbil aquabides adalah mikropipet yang menggunakan blue tip.
Setelah praktikan mengambil green juice kemudian diletakkan di kertas film
dan dicampur dengan aquabides dengan menggunakan mikropipet dan konsentrasi
10x, kemudian cairan antara green juice dan aquabides yang telah dicampur
tersebut dimasukkan ke dalam agarose.
BAB IV. PEMBAHASAN PROSES
Alat-alat yang diperkenalkan dalam praktikum teknologi molekuler adalah :
1. Mikropipet
Mikropipet merupakan alat yang digunakan untuk mengambil larutan dalam
jumlah yang sangat kecil. Setiap ukuran mikropipet memiliki ukuran tip yang
berbeda. Tip berfungsi sebagai wadah dari cairan yang akan diambil. Untuk
ukuran mikropipet 0,1-10 µl digunakan tip yang berwarna putih, untuk ukuran
mikropipet 10-100 µl, 2-20 µl, 20-200 µl digunakan tip yang berwarna kuning,
dan untuk ukuran pipet 100-1000 µl menggunakan tip yang berwarna biru. Pada
praktikum pengenalan alat praktikan menggunakan mikropipet dengan ukuran
0,1-10 µl, 10-100 µl, 2-20 µl, 20-200 µl, dan 100-1000 µl.
Bagian – bagian dari alat mikropipet antara lain :
1. Piston untuk memipet
2. Bagian untuk melepaskan tip dari pipet
3. Display yang menunjukkan volume cairan yang akan dipipet
4. Alat pengatur volume pipet
5. Badan pipet yang berisi tabung piston untuk memipet
6. Batang besi yang dipakai untuk melepaskan tip
7. Bagian pipet yang memegang tip
Mikropipet tidak boleh digunakan untuk memipet larutan dengan volume
yang berada diluar jangkauannya. Misalnya, menggunakan mikropipet dengan
skala volume 10 – 100 l untuk memipet larutan sebanyak 1 l (volume terlalu
kecil) dan 200 l (volume terlalu tinggi). Hal ini bisa menyebabkan
ketidakakuratan pengukuran serta bisa merusakkan mesin dalam mikropipet itu
sendiri. Masing-masing mikropipet dilengkapi pengaturan volume yang terletak di
bagian tengah (badan) pipet. Untuk setting, kita bisa memutar-mutar bagian
pengatur atau kepala pipet.
Cara penggunaan mikropipet yaitu mikropipet dipegang dengan genggaman
menyerupai petinju, dengan ibu jari berada di bagian pengatur volume. Tip
ditambahkan pada ujung pipet dengan cara menekan tip yang berada dalam kotak
tip. Untuk memipet larutan, pengaturan berada di tombol bagian atas. Tombol
bagian atas ditekan hingga setengah lalu ditahan, ujung tip dimasukkan ke dalam
larutan yang akan diambil, dan tekanan dilepas secara perlahan. Setelah itu,
larutan yang telah diambil diletakkan di kertas film atau wadah yang telah
disediakan. Tombol bagian atas ditekan penuh secara perlahan untuk
mengeluarkan larutan dari pipet. Setelah semua larutan keluar, tekanan dilepaskan
secara perlahan.
Pada praktikum dilakukan dengan mangambil sampel green juice dengan
menggunakan mikropipet dengan ukuran 0,1-10l karena akan dibuat
pengenceran 10x, dan aquabides diambil dengan menggunakan mikropipet dengan
ukuran 0,1-10 µl, 10-100 µl, 2-20 µl, 20-200 µl, kemudian kedua larutan tersebut
dicampurkan dan dimasukkan ke dalam sumuran yang terbuat dari agarose.
2. Tip
Tip merupakan suatu wadah berbahan polimer yang berfungsi sebagai
wadah cairan sampel yang diletakkan pada ujung mulut mikropipet. Ukuran dan
warna tip bisa bermacam-macam, tergantung dengan jenis mikropipet yang sesuai.
Penggunaan tip biasanya hanya sekali pakai tetapi ada juga beberapa jenis tip
yang bisa digunakan berulang-ulang karena mampu diautoklaf. Penyimpanan tip
diletakkan di dalam rak tip. Tip yang berbeda jenis disimpan di dalam rak yang
berbeda pula. Berikut jenis-jenis tip yang digunakan dalam praktikum
a. White tip : untuk mikropipet ukuran 0,1-10l
b. Yellow tip : untuk mikropipet ukuran 0,1-10 µl, 10-100 µl, 2-20 µl
c. Blue tip : untuk mikropipet ukuran 100-1000 µl
3. Tube
Tube merupakan suatu wadah berbahan polimer yang berfungsi sebagai
tempat sampel dalam jumlah kecil. Ukuran dan bentuk tube bisa bermacam-
macam, tergantung dengan volume dan fungsinya. Pada penggunaannya, biasanya
tube diberi tanda (marker) agar sampel tidak tertukar. Ukuran tube yang
digunakan dalam praktikum adalah .........
4. Spektrofotometer
Spektrofotometer merupakan alat yang digunakan untuk mengukur
intensitas sinar pada berbagai panjang gelombang setelah sinar itu diserap oleh
suatu cuplikan, biasanya langsung terbaca absorbans pada panjang gelombang itu.
Pada alat automatik diperoleh spektrum serapan dari zat yang diperiksa. Pada
bidang molekuler spektrofotometer digunakan untuk mengukur kadar DNA
dimana DNA mempunyai panjang gelombang 260-280 nm.
Beer dan Lambert menemukan hukum yang menerangkan interaksi bahan
kimia dengan gelombang cahaya (elektromagnetik), yang disimpulkan dalam
hukum Lambert-Beer menyebabkan berkembangnya analisis kimia dengan
menggunakan alat instrumentasi yakni spektrofotometer (Tipler, 1991). Suatu
spektrofotometer standar terdiri atas spektrofotometer untuk menghasilkan cahaya
dengan panjang gelombang terseleksi yaitu bersifat monokromatik serta suatu
fotometer yaitu suatu piranti untuk mengukur intensitas berkas monokromati,
penggabungan bersama dinamakan spektrofotometer. Penggabungan alat optik ini
merupakan elektronika sifat kimia dan fisiknya dan detektor yang digunakan
secara langsung mengukur intensitas dari cahaya yang dipancarkan (It) dan secara
tidak lansung cahaya yang diabsorbsi (Ia). Kemampuan ini bergantung pada
spektrum elektromagnetik yang diabsorb (serap) oleh benda. (Khopkar, 2007).
Fungsi alat spektrofotometer dalam laboratorium adalah mengukur
transmitans atau absorbans suatu contoh yang dinyatakan dalam fungsi panjang
gelombang. Prinsip kerja spektrofotometer adalah bila cahaya (monokromatik
maupun campuran) jatuh pada suatu medium homogen, sebagian dari sinar masuk
akan dipantulkan, sebagian di serap dalam medium itu, dan sisanya diteruskan.
Nilai yang keluar dari cahaya yang diteruskan dinyatakan dalam nilai absorbansi
karena memiliki hubungan dengan konsentrasi sampel. Studi spektrofotometri
dianggap sebagai perluasan suatu pemeriksaan visual yang lebih mendalam dari
absorbsi energi. Hukum Beer menyatakan absorbansi cahaya berbanding lurus
dengan dengan konsentrasi dan ketebalan bahan/medium (Miller, 2000).
5. PCR (Polymerase Chain Reaction)
Polymerase Chain Reaction (PCR) atau disebut juga thermocycler
merupakan alat yang berfungsi untuk amplifikasi fragmen DNA atau RNA
tertentu. PCR memiliki bagian berupa Peltier yang berfungsi untuk menaik
turunkan suhu secara cepat agar perhitungan dapat akurat. PCR juga memiliki
pelet yang digunakan untuk meletakkan mikrotube dan Hot lid dengan suhu 1050C
yang berfungsi untuk menyerap penguapan dan memberikan panas dari atas bagi
peltier. Prinsip kerja dari PCR adalah amplifikasi DNA pada suhu tinggi dengan
primer yang sesuai.
PCR dirancang pada tahun 1985 dan telah memberikan dampak besar pada
penelitian biologis dan bioteknologi. PCR telah digunakan untuk memperkuat
DNA dari berbagai macam sumber misalnya fragmen DNA kuno dari gajah purba
(mammoth) berbulu yang telah membeku selama 40.000 tahun; DNA dari sedikit
darah, jaringan atau air mani yang ditemukan di tempat kejadian perkara
kriminal; DNA dari sel embrionik tunggal untuk diagnosis kelainan genetik
sebelum kelahiran dan DNA gen virus dari sel yang diinfeksi oleh virus yang sulit
terdeteksi seperti HIV (Campbell dkk., 2004:395).
Menurut Darmo dan Ari (2000), teknik PCR dapat digunakan untuk
fasilitasi analisis gen. Selain itu telah dikembangkan banyak sekali aplikasi
praktis. Sebagai contoh teknik dan aplikasi PCR dapat disebutkan sebagai berikut:
kloning hasil PCR; sekuensing hasil PCR; kajian evolusi molekular; deteksi
mutasi penyakit genetik; determinasi seks pada sel prenatal; dan kajian forensik.
6. Centrifuge refrigerate
Centrifuge adalah suatu alat yang berfungsi untuk mengendapkan suatu
presipitasi atau memisahkan cairan dari cairan lainnya berdasarkan gradien
sentrifugasi. Prinsip kerja dari sentrifuge adalah bila mengalami perputaran
dengan kecepatan tertentu. Alat sentrifuge terdiri dari dua bagian besar. Bagian
pertama disebut rotor. Rotor adalah bagian tempat dimana tabung – tabung
ditempatkan dan merupakan bagian yang berputar. Bagian kedua adalah mesin.
Mesin terdiri alat pemutar, timer dan rem.
Prinsip sentrifugasi didasarkan atas fenomena bahwa partikel yang
tersuspensi di dalam suatu wadah (tabung atau bentuk-bentuk lain) akan
mengendap ke dasar wadah karena pengaruh gravitasi. Laju pengendapan tersebut
dapat ditingkatkan dengan cara meningkatkan pengaruh gravitasional terhadap
partikel. Hal ini dapat dilakukan dengan menempatkan tabung berisi suspensi ke
dalam rotor suatu mesin sentrifugasi kemudian diputar dengan kecepatan tinggi
(Yuwono, 2008).
Centriguge refrigerate merupakan alat yang digunakan untuk
mengendapkan suatu presipitasi atau memisahkan cairan dari cairan lainnya
berdasarkan gradien sentrifugasi pada sampel – sampel yang memerlukan suhu
dingin seperti protein dan RNA. Protein mudah terdenaturasi sedangkan RNA
mudah terdegradasi. Centriguge refrigerate memiliki 24 hole dan sampel yang
akan di sentrifugasi harus genap agar keseimbangan rotor terjaga. Pada
Centriguge refrigerate memiliki kecepatan maksimum hingga 13.000 rpm dan
temperatur yang digunakan untuk mengatur suhu (hingga -4oC) sehingga sampel
yang butuh suhu rendah dapat terjaga kondisinya. Pada pengenalan alat digunakan
juga Centriguge non refrigerate yang tidak menggunakan perlakuan dingin.
Penggunaan kedua centrifuge ini tergantung dari metode yang diterapkan.
Contohnya DNA yang tidak membutuhkan suhu dingin dan RNA yang
membutuhkan suhu dingin.
Gambar 8. Centrifuge refrigerate (dokumentasi pribadi, 204)
7. Gel Documentation System (Gel Doc)
Gel Doc merupakan alat yang digunakan untuk visualisasi fragmen DNA.
Sampel yang akan diamati diwarnai dengan ethidium bromide atau cyber safe,
sehingga dapat terlihat di UV Transiluminator. Fungsi UV Transiluminator sendiri
untuk memberi cahaya UV dengan panjang gelombang 300nm sehingga DNA
yang sudah diwarnai akan berpendar. Gel doc juga dilengkapi dengan kamera
polaroid maupun kamera digital yang langsung tersambung dengan sistem
komputer yang memiliki program khusus sehingga hasil gambar dari sampel dapat
langsung terlihat. Pada Gel Doc dilengkapi juga dengan safety door switch yang
menjaga keamanan praktikan saat menggunakan dimana pada waktu kita lupa
mematikan lampu UV, dan kita langsung membuka pintu alat, lampu UV akan
mati dengan otomatis dan tidak membahayakan praktikan, kemudian ada juga EPI
white yang berfungsi untuk mengoraksi sampel apakah ada gelembung atau tidak.
8. Water Bath Shaker
Water Bath Shaker merupakan alat yang digunakan untuk inkubasi melalui
media air. Prinsipnya adalah perantaraan panas secara konveksi dengan media air.
Keuntungan menggunakan inkubasi secara basah dibandingkan dengan inkubasi
kering adalah kontak permukaan yang lebih luas, dan adanya shaker berfungsi
untuk homogenisasi suhu. Pada bidang molekuler water bath shaker digunakan
untuk ekstraksi DNA.
Adapun hal yang harus diperhatikan dalam penggunaan waterbath adalah
1. Jumlah air dalam waterbath harus cukup untuk waktu pemanasan dan
selama inkubasi
2. Waterbath dinyalakan dan suhu yang ingin dicapai (SV) diatur. Suhu
dapat dikalibrasi dengan menggunakan termometer. Suhu sekarang
yang ada pada waterbath (PV) juga harus diperhatikan dalam
penggunaan.
3. Waterbath dibiarkan menyala sampai lampu tanda pemanasan
berkedip-kedip, artinya suhu yang diinginkan sudah tercapai. Bila
suhu sudah stabil, waterbath siap untuk digunakan.
4. Waterbath dilengkapi dengan shaker yang dapat diatur kecepatannya
sesuai dengan yang diinginkan. Shaker tersebut berfungsi untuk
menghomogenkan suhu karena ada sirkulasi panas.
5. Waterbath dimatikan setelah inkubasi untuk menghindari bahaya
kebakaran.
9. Micro sentrifuge
Sentrifuge adalah suatu alat yang berfungsi untuk mengendapkan suatu
presipitasi atau memisahkan cairan dari cairan lainnya berdasarkan berat jenisnya.
Alat ini digunakan untuk memisahkan material (dalam hal ini materi genetik) dari
sampel yang sedikit (anonim, 2008). Micro cntrifuge dilengkapi dengan kecepatan
yang dapat mencapai 13.000 rpm, timer, dan indikator rotor. Alat ini juga
dilengkapi dengan 24 hole dengan ukuran tube 1,5- 2 ml. Kelemahan micro
sentrifuge dibandingkan dengan macro sentrifuge antara lain suhu pada micro
sentrifuge tidak dapat diatur.
Gambar 9. Micro sentrifuge (dokumentasi pribadi, 2014)
10. Microwave
Microwave adalah alat yang digunakan untuk pemanasan dalam waktu cepat
dan suhu tinggi dengan gelombang elektromagnetik, dan digunakan untuk
mengurangi penguapan. Pada bidang molekuler microwave digunakan untuk
membuat agarose. Keuntungannya microwave dapat membuat tekstur agarose
tidak menggumpal.
Microwave adalah gelombang electromagnetic yang mempunyai frekunsi
sekitar 0,3 – 300 GHz dan panjang gelombang yang berkisar 1m sampai 1mm.
Microwave bersifat coherent dan terpolarisasi di contrast pada gelombang tampak
(terpisah dari laser). Hukup optik berlaku pada microwave dan dapat di
transmisikan, diserap dan dipantulkan tergantung pada materinya. Pada kehidupan
sehari-hari microwave biasanya digunakan untuk memanaskan makanan atau
memasak makanan dengan aturan waktu. Di amerika microwave hampir dimiliki
setiap rumah. Microwave bisa memanaskan dengan gelombang mikro yang
terdapat di dalam bilik lebih merata dariapada oven konvensional (Creighton,
1999).
11. Vortex
Vortex merupakan alat yang biasa digunakan dalam proses ekstraksi DNA.
Alat ini digunakan untuk menghomogenkan dan memisahkan larutan. Prinsip
kerja vortex adalah berputar secara tidak teratur untuk menimbulkan agitasi yang
mengakibatkan tercampurnya cairan dalam tabung.
12. Oven
Oven merupakan alat sterilisasi secara fisik dengan cara panas kering.
Oven digunakan sebagai alat untuk mengurangi kadar air, pengeringan dan dapat
digunakan untuk metode LAMP yang membutuhkan suhu 100-2000C.
Oven merupakan alat laboratorium yang fungsinya sebagai tempat sterilisasi
alat-alat mikrobiologi. Alat ini digunakan untuk mensterilkan alat- alat seperti
gelas dan dalam batas-batas tertentu dapat juga digunakan untuk mensterilkan
bahan-bahan seperti kapas, kertas, dan kain. Pada umumnya suhu yang digunakan
adalah 170-1800 C selama paling sedikit dua jam. Lamanya sterilisasi tergantung
pada jumlah dan ketahanan alat atau bahan yang akan disterilkan terhadap panas.
Suhu pada penggunaan oven juga dibagi menjadi dua, yaitu penggunaan suhu
1000 C untuk proses selama 6-8 jam, sedangkan suhu 1200 C untuk proses selama
2 jam.
13. Freezer box
Freezer box merupakan alat yang digunakan untuk menyimpan sampel
enzim, loading dyes, dan sampel-sampel yang memerlukan suhu dingin. Freezer
box dapat mencapai suhu -200C. Freezer bekerja dengan membuang panas dari
dalam kompartemen. Proses diawali dengan refrigeran dalam bentuk gas masuk
ke kompresor sehingga refrigeran menjadi sangat panas. Gas panas bergerak
melalui kumparan dan mulai didinginkan. Hal ini menyebabkan gas berubah
menjadi cair. Gas dipaksa menuju katup ekspansi dalam bentuk cair (Anonim,
2014)
Katup ekspansi memiliki bukaan yang sangat kecil yang ketika refrigeran
melalui bukaan itu akan berubah menjadi kabut yang sangat dingin. Saat melewati
kumparan bawah freezer, kabut refrigeran mulai menguap dan berubah kembali
menjadi gas. Suhu kabut bisa mencapai sekitar -27 derajat dan mengambil panas
dari kompartemen freezer (Anonim, 2014)
Sebagai akibatnya suhu refrigeran akan mulai naik lagi karena membawa
keluar panas. Refrigeran kemudian dikirim kembali ke kompresor untuk memulai
proses lagi dari awal. hermostat mendeteksi suhu di dalam kompartemen freezer
dan mengatur siklus di kompresor (Anonim, 2014)
Inilah sebabnya mengapa kadang-kadang freezer seperti mati dan tidak
melakukan siklusnya. Hal ini berarti suhu di kompartemen telah dingin. Freezer
merupakan sistem tertutup sehingga Anda tidak akan melihat refrigeran.
Refrigeran umumnya bersifat racun dan hanya boleh ditangani oleh orang yang
memiliki sertifikat (Anonim, 2014)
14. Elektroforesis
Elektroforesis merupakan alat yang digunakan untuk menganalisis asam
nukleat dan protein dengan memisahkan DNA, RNA, atau molekul protein
menggunakan medan listrik. Salah satu bahan yang juga penting dalam
penggunaan elektroforesis adalah gel (agarose gel). Pembuatan agarose gel
dilakukan dengan memasukkan gel pada gel tray. Kemudian comb diletakkan
pada gel sehingga akan terbentuk sumuran-sumuran tempat peletakan sampel
DNA. Sumuran yang berisi DNA template diletakkan pada kutub negatif (karena
DNA bermuatan negatif). Hal ini bertujuan untuk menghindari hilangnya atau
larinya DNA template tersebut. Setelah itu gel tray diangkat secara perlahan agar
agarose gel tidak terjatuh. DNA template yang dielektroforesis dapat hilang atau
larinya cepat jika DNA tersebut berantai pendek dan berat molekulnya kecil.
Pada praktikum diperkenalkan 2 macam elektroforesis yaitu elektroforesis
horizontal dan vertikal. Pada elektroforesis horizontal digunakan buffer TBE
sebagai larutan elektrolit yang berfungsi untuk menyangga DNA agar tidak rusak
oleh panas akibat tegangan listrik, sebagai pengencer, dan sebagai penghantar arus
listrik. Pada elektroforesis vertikal memiliki prinsip yang sama dengan
elektroforesis horizontal, namun media yang digunakan adalah poliakrilamid, dan
pada elektroforesis vertikal pori-porinya lebih kecil sehingga resolusi dan daya
seleksinya lebih ketat daripada elektroforesis horizontal.
Elektroforesis merupakan suatu cara analisis kimiawi yang didasarkan pada
pergerakan molekul-molekul protein bermuatan di dalam medan listrik atau titik
isoelektrik. Pergerakan molekul dalam medan listrik dipengaruhi oleh bentuk,
ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul (Titrawani, 1996).
Molekul terlarut dalam medan listrik bergerak atau migrasi dengan
kecepatan yang ditentukan oleh rasio muatan dan massa (David G. Watson, 2007).
Bila arus listrik dialirkan pada suatu medium penyangga yang telah berisi protein
plasma maka komponen-komponen protein tersebut akan mulai bermigrasi
(Ricardson dkk. 1986).
Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel
bermuatan negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub
positif (anode), sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan
bergerak menuju kutub negatif (anode) (Klug & Cummings, 1994: A 6).
Teknik elektroforesis dapat dibedakan menjadi dua cara, yaitu :
elektroforesis larutan (moving boundary electrophoresis) dan elektroforesis
daerah (zone electrophoresis). (Titrawani 1996). Media penunjang yang biasa
dipakai adalah gel agarose, gel pati, gel poliakrilamida dan kertas sellulose
poliasetat.
Menurut Sargent & George (1975) elektroforesis daerah disebut sebagai
elektroforesis gel dengan dua buah model yaitu horizontal dan vertikal. Metode
yang biasa digunakan adalah model horizontal, karena mempunyai beberapa
keuntungan yaitu peralatan yang digunakan sangat sederhana, relatif murah dan
pemisahan untuk enzim tertentu dapat menghasilkan pemisahan yang lebih baik.
Beberapa faktor mempengaruhi kecepatan migrasi dari molekul protein
yakni: (Sudarmadji, 1996)
1. Ukuran molekul protein, Migrasi molekul protein berukuran besar lebih
lambat daripada migrasi molekul berukuran kecil.
2. Konsentrasi gel, Migrasi molekul protein pada gel berkosentrasi rendah
lebih cepat daripada migrasi molekul protein yang sama pada gel
berkosentrasi tinggi.
3. Bufer (penyangga) dapat berperan sebagai penstabil medium pendukung
dan dapat mempengaruhi kecepatan gerak senyawa karena ion sebagai
pembawa protein yang bermuatan. Kekuatan ion yang tinggi dalam bufer
akan meningkatkan panas sehingga aliran listrik menjadi maksimal. Hal
ini dapat mempercepat gerakan molekul protein. Kekuatan ion rendah
dalam bufer akan menurunkan panas sehingga aliran listrik akan sangat
minimal dan migrasi molekul protein sangat lambat.
4. Medium penyangga, Medium pendukung ideal untuk elektroforesis adalah
bahan kimia inert yang bersifat relatif stabil, mudah ditangani dan
mempunyai daya serap yang baik, sebagai migrasi elektron atau
penyaringan berdasarkan ukuran molekul seperti gel poliakrilamid
(Sudarmadji, 1996).
5. Kekuatan voltase, Voltase yang dipakai rendah (100-500) V, kecepatan
migrasi molekul sebanding dengan tingginya voltase yang digunakan.
6. Temperatur medium disaat proses elektroforesis berlangsung. Jika
temperatur tinggi akan mempercepat proses bermigrasinya protein dan
sebaliknya jika temperatur rendah akan mengurangi kekuatan
bermigrasinya protein.
Elektroforesis melalui gel agarosa atau poliakrilamid merupakan Teknik
ini merupakan teknik yang sederhana, cepat, dan dapat memisahkan molekul yang
diinginkan dari matriksnya yang tidak dapat dilakukan oleh prosedur lainnya,
seperti sentrifugasi gradient. (David G. Watson, 2007).
Metode standar yang digunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi dan
memurnikan fragmen DNA adalah elektroforesis gel agarose. Teknik ini
sederhana, cepat terbentuk, dan mampu memisahkan campuran potongan DNA
sesuai dengan ukurannya secara akurat, dibanding dengan densitas gradient
sentrifugasi. (Maniatis T. et al, 1982)
15. Mini Micro Centrifuge
Mini micro sentrifuge merupakan salah satu jenis sentrifuge yang khusus
digunakan untuk tube dengan ukuran 1,5 ml dan memiliki 6 hole. Alat ini hanya
memiliki kecepatan maksimum 6500 rpm dan biasanya digunakan untuk
menurunkan larutan yang menempel pada dinding tube. Mini micro sentrifuge
sering juga disebut dengan qik spin sentrifuge. Alat ini lebih fleksibel dan efisien
dengan rotor yang bisa dirubah-rubah (Westlab, 2014).
Menurut Edwards (2002), Microcentrifuge QikSpin memiliki fleksibilitas
dan efisiensi dengan rotor yang memiliki desain dengan penggunaan kemudahan
dan dirancang secara ergonomis. Hal ini juga menyediakan operasi yang tenang
untuk 6500rpm, 2000xg dan dapat menyimpan hingga 8 x 0,5ml atau 1,5ml
tabung dan dengan rotor sampai dengan 16 x 0.2ml tabung. Microcentrifuge
QikSpin sangat ideal untuk ekstraksi DNA dan konsentrasi DNA alat ini akan
bekerja dengan turun berputar cepat, mikrofiltrasi dan pemisahan sel.
Menurut Edwards (2002), Microcentrifuge QikSpin memiliki fleksibilitas
dan efisiensi dengan rotor yang memiliki desain dengan penggunaan kemudahan
dan dirancang secara ergonomis. Hal ini juga menyediakan operasi yang tenang
untuk 6500rpm, 2000xg dan dapat menyimpan hingga 8 x 0,5ml atau 1,5ml
tabung dan dengan rotor sampai dengan 16 x 0.2ml tabung. Microcentrifuge
QikSpin sangat ideal untuk ekstraksi DNA dan konsentrasi DNA alat ini akan
bekerja dengan turun berputar cepat, mikrofiltrasi dan pemisahan sel.
Microcentrifuge QikSpin memiliki bentuk kecil dan ringan sehingga dapat
dengan mudah dipindahkan pada laboratorium dan akan menghemat ruang
laboratorium. Berikut merupakan gambar dan bagian-bagian dari Microcentrifuge
QikSpin.
Figure 2
Dalam mengoperasikan Microcentrifuge QikSpin langkah pertama yang
tidak boleh lalai adalah sebelum menghubungkan daya ke Microcentrifuge
QikSpin diharapkan menjamin sumber yang benar dari daya AC yang akan
digunakan. Selanjutnya adalah buka tutupnya dengan menekan tombol pembuka
dan dengan tepat menempatkan rotor yang dibutuhkan ke drive heksagonal.
Setelah itu tempatkan jumlah tabung yang akan berputar turun dalam rotor dalam
pengaturan yang ditunjukkan di figure 2 untuk memastikan QikSpin yang
seimbang. Jika tabung berputar 0.5ml kemudian tempatkan tabung dalam urutan
yang ditunjukkan A, B, C, D, E, F, G. Setelah itu tutup rapat QikSpin ketika akan
mempercepat kecepatan pada kecepatan 6500rpm.
Tutup QikSpin jangan dibuka sampai rotor berhenti. Setelah tabung telah
berputar kemudian tombol rilis ditekan. Rotor dengan cepat akan berhenti dan
disaat inilah baru aman untuk membuka tutupnya. Kemudian ambil semua tabung
dan jangan biarkan tutup menutup ketika rotor dan tabung belum benar
ditempatkan. Ketika Microcentrifuge QikSpin tidak berputar biasanya karena alat
ini tidak menerima daya yang cukup. Microcentrifuge QikSpin mungkin pada
bagian cap hexagonalnya telah longer maka kencangkan sekrup dengan kunci
allen bila tidak maka tutup tidak akan menutup.
Cara perawatan Microcentrifuge QikSpin adalah dengan cabut QikSpin
yang sebelumnya dibersihkan dulu. Ketika ada tumpahan terjadi maka hapus
tumpahan tersebut dengan hati-hati dengan menggunakan kain yang sedikit basah.
Jangan pernah dalam pengoperasian Microcentrifuge QikSpin menggunakan
pelarut yang keras atau melakukan pembersihan dengan pembersih abrasive kasar.
Penting untuk secara berkaa memeriksa kerusakan pada kabel listrik karena bila
daya yang diunakan kurang tepat maka akan membuat Microcentrifuge QikSpin
akan rusak.
Gambar 15. Mini Micro Sentrifuge (dokumentasi pribadi, 2014)
BAB VI. KESIMPULAN
1. Memperkenalkan mahasiswa pada peralatan utama yang diperlukan dalam
penelitian biologi molekuler
2. Mahasiswa mengetahui dan memahami fungsi dan cara kerja alat-alat
tersebut.
3. Mempelajari dan memahami teknik dalam melakukan pipeting.
DAFTAR PUSTAKA
Anonim. 2008. Microsentrifuge. https://www.wordnik.com/words/microcentrifuge. 12 Maret 2014
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.G. Mitchell. (2002). Biologi jilid 1. Jakarta:
Erlangga.
Darmo, H & Ari, R. (2000). Prinsip umum dan pelaksanaan Polymerase Chain
Reakction (PCR). Diakses pada tanggal 12 maret 2014 dari
http://repository.ubaya.ac.id/35/1/ART002.pdf
David G. Watson. 2009. Analisis Farmasi. Jakarta : EGC
Edwards Instrument Co.2002. Operating Instructions Manual for Qikspin Personal
Interchangeable Micro Centrifuge.
http://search.cosmobio.co.jp/cosmo_search_p/search_gate2/docs/EDW-/
QS7001.20060119.pdf. 11 Maret 2014.
Khopkar, S. 2007. Konsep Dasar kimia Analitik. UI-Press. Jakarta.
Klug, W. S. & M. R. Cummings. 1994. Concepts of genetics. 4th ed. Prentice
Hall, Englewood cliffs: xvi + 779 hlm.
Miller, J.N. 2000. Statistics and Chemometrics for Analytical Chemistry, 4th ed.
Pratiwi, R. 2001. Mengenal Metode Elektroforesis.
RICHARDSON, B. J, P. R. BAVERSTOCK and M. ADAMS 1986. Allozyme Electro-phoresis. A Handbook for Animal Sys-tematics and Population Studies. Aca- demic Press, Inc. San Diego : 410 pp
Sambrook, L., Fritsch, and Maniatis. 1990. Molecular Cloning. CSH. USA.
SARGENT, J. R. dan S. G. GEORGE 1975. Methods in Zone Electrophoresis BDH Chemical LTD. Poole England: 219 pp.
Sudarmadji, S., Haryono, B., Suhardi, 1996. Analisa Bahan Makanan dan
Pertanian. Penerbit Loberty : Yogyakarta
Tipler, P. 1991. Fisika untuk Sains dan Teknik Jilid . Penerbit Erlangga.
Bandung.
Titrawani.1996. Biodiversiti kodok genus Rana Ditinjau dari Morfologi,
Kariotip, dan Pola Protein di Kodya Sawahlunto. Program Pasca Sarjana.
IPB: 76 hal.
Westlab. 2014. Centrifuge, Microcentrifuge, Qikspin. http://www.westlab.com.au/centrifuge-microcentrifuge-qikspin-p-790.html. 12 Maret 2014
Yuwono, T. 2008. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta
Creighton, T.E. 1999. The Encyclopedia of Moleculer Biology. Library of
Congress Cataloging in Publication Data. Canada.
Anonim. Freezer box. http://www.argos-tech.com/c-3-p-48-id-3.html. 11 Maret
2014