Ejercicio Winclada y Nona

Apuntes: trabajando con Nona y Winclada

E. García-Barros (vers. 2011)

Depto. Biología, Univ. Autónoma de Madridhttp://www.uam.es/garcia.barros [2006-2011]

Aviso: Estas diapositivas se usan como demostraciónbásica sin software especializado además de Nona + Winclada, con ayuda de un instructor por lo que no van acompañadas de texto explicativo.O

bten

erlo

spr

ogra

mas

nona.exe

winclada.exeque estén en la misma carpeta, juntocon tu fichero de datos (matriz paraanalizar)

Tres referencias útiles:

General, principios metodología análisis filogenético:Lipscomb, D., 1998. Basics of cladistic analysis. D. Lipscomb, Department of Biological Sciences, George Washington University, 75 pp.http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf

Más en detalle sobre Winclada:Lipscomb, D. Winclada. A windows program for creating, editing, and analyzing systematic data sets. Basic Users Guide.http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Winclad.doc

Para manejo y análisis cladístico de secuencias de nucleotidos…Baldauf, S.L., 2003. Phylogeny for the faint of heart: a tutorial. TRENDS in Genetics, 19(8): 345-351http://cmbc.ucsd.edu/content/1/docs/Baldauf_345.pdf

Contenido

1- Unos datos para trabajar… diapositiva 6

2- Abrir archivo de datos, preparativos, análisis de parsimonia… diapositiva 12

3- Árbol de consenso… diapositiva 23

4- Información gráfica sobre los cambios en los caracteres… diapositiva 28

5- ¿Como guardar una imagen de este cladograma?... diapositiva 33

6- ¿Puedo modificar el aspecto del cladograma?... diapositiva 36

7- ¿Cómo podría citar estos programas?... diapositiva 37

Ahora pueden ocurrir dos cosas:

a)Tengo unos datos preparados, sean binarios o de cualquier otro tipo, categóricos (no numéricos), y puedo designar una de mis “especies” como grupo externo ……. Paso siguiente

b) No tengo eso. Entonces visito la página web de Enrique (http://www.uam.es@garcia.barros), pincho en “docencia”, “laboratorio de taxonomía”, y abajo del todo, puedo descargar un archivo con secuencias de nucleotidos. Me lo guardo en MS-Word, y lo uso para practicar.

Puedo usar mi procesador de textos habitual (Word, Wordpad).Pero me acordaré de: guardar el fichero usando el menú (no voy a darleal iconito del disquete ¡NO!)

Con Word:• acrhivo• guardar como• TEXTO SIN FORMATO

pon al archivo un nombre sencillo, de siete letras, sin espacios nipuntos ni tildes ni nada más que letras y números (ejemplo: “fichero”, “matriz1”)

Con Word Pad:• archivo• guardar como• Documento de texto – formato MS Dos

EGB-

2011

xread'a:pongidos‘10 3Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;

xread'a:pongidos‘10 3Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;

Me valen estos dos formatos.

EGB-

2011

xread'a:pongidos‘10 4Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;

xread'a:pongidos‘10 4Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;

Me valen estos dos formatos.

número de caracteres

número de taxones

ponesto

ponestootro

EGB-

2011

xread'a:pongidos‘10 3Hylobates 0000000000Pongo 1001001000Gorilla 1001001010Pan 1001011001; proc/;

xread'a:pongidos‘10 3Hylobates0000000000Pongo1001001000Gorilla1001001010Pan1001011001; proc/;

Me valen estos dos formatos.

Importante: Que tuGRUPO EXTERNO vaya en primer lugar

EGB-

2011

xread'a:ponpon‘361 2

Hylobates000000000000000-----?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????cttcaagcagtattggaacagaggagagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtccgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccaccccaaacccccctcctgtgtag

Pongo10101111010110111111atgctcgaaccatccgctacccagatcctctcatcaaggtgaacgatactgtgcagattgatttagggactggcaagataattaactttatcaaatttgatacagcttcaagcagtattggaacagaggcgagcccaacaacgttggggaggaagactgcgcggaatttagtggcaatggctggaatgatgacaaatgtaatcttgccaaattctggatctgcaaaaagtctgcagcctcctgctccagggatgaagaacagtttctttctccagcccctgccac cccaaacccccctcctgcgtag; proc/;

EGB-

2011

Si Nona y Winclada están en la misma carpeta(junto con tu fichero con la matriz para analizar), simplemente haz doble clik* en el icono de Winclada.exe

*: ciertos expertos opinan que en castellano no debe emplearse la expresión “doble clik” sino una onomatopeya mucho másdescriptiva de la acción a la que se refiere: “TIKITIKI”(G. San Martín, inéd.) EG

B-20

11

EGB-

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Abrir fichero de datos (matriz)

Ver opcionesde caracteres

Si tengo caracteres “multiestado” y quiero que sean desordenados:

1- selecciono todos los caracteres

CHARS - SELECT ALL CHARS, y

2- los hago “no aditivos”

CHARS - MAKE SEL CHARS NONADDITIVE (fitch)

1

2 Make sel chars NONADDITIVE (fitch)

EGB-

2011

Todas lasdemásopcionespor defecto

Tree 6 of 6

L= 428

Ci= 63

Ri= 60

¿Cuántos árboles obtuve? ¿Uno? ¿Más de uno? ¿Necesitaré un árbol de consenso?

Longitud del árbol (número de pasos, número de cambios a lo largo del árbol)

Índice de consistencia (apomorfías/nº pasos)

Índice de retención

Árbol de consenso

En la diapositiva anterior: ¿qué número de árboles se obtuvo?

¿Seeeeeis?

Necesitamos un árbol de consenso(Si no es tu caso, puedes pasar a la diapositiva 27)

Los estadísticos son diferentes para esteárbol, generalmentesu resolución esmenor…

Y hay algunapolitomía…

Información gráfica sobre los caracteres

¿Dónde hay apomorfías, cuáles son..?

¿Cambios en los caracteres?

homoplasia

no homoplasia

¿Número de loscaracteres en losque hubo cambios?

¿Estado de los caracteres en cada nudo o / internudo (rama)?

Pulsando UNA VEZ

¿Estado anterior y actual de loscaracteres? ¿Es decir, de qué estado a cuál otro pasó el carácter en esta rama?

Pulsar por segunda vez

¿Cómo guardo una imagen

de este cladograma?

Podrías guardarlo como metafichero de Windows. No ocupa espacio y conserva la máxima resolución (puedesinsertarlo directamente en archivos de Office)

EGB-

2011

EGB-

2011

¿Puedo modificar el aspecto gráficodel cladograma?

Prueba el efecto de todos estosbotones con símbolos de colorgris claro…

¿Cómo podría citar estos programas? Pues por ejemplo:

Nona:

Goloboff, P., 1999. NONA (NO NAME), vers. 2. Publicado por el autor. Tucumán, Argentina. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en febrero-2011].

Winclada:

Nixon, K.C., 2002. WinClada, vers. 1.00.08. Publicado por el autor. Ithaca, Nueva York. [Disponible en http://www.cladistics.com; descargado en octubre-2009].

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