Pipeline Pilot 8.5Collection Update 1Andrew LeBeauTim Moran

Agenda

• Pro Client: Protocol Comparison Demo• Documents and Text CollectionDocuments and Text Collection• Accelrys Query Service• Imaging• NGS• Wrap‐up

Pro Client: Protocol Comparison

• Allows protocol authors to compare two versions of a protocolp

• Use Protocol Comparison to...review current changes as you edit a protocol– review current changes as you edit a protocol

– check changes against a previous protocol versioncompare protocols across databases– compare protocols across databases

– compare protocol files

Protocol Comparison Demo

• Demo movie available

• Note: Pro Client 8.5 will work with CU1‐upgraded server (Pro Client does not need to beupgraded server (Pro Client does not need to be upgraded) 

Documents and Text Collection

• Documents and Text Collection combines:– Text Analytics CollectionText Analytics Collection– ChemMining Collection

Documents and Text Collection

• OpenEye Name‐to‐Structure converter is now included in the collection automaticallyy– Converts chemical names to structures

Documents and Text Collection

• New detailed “example” protocols, covering– website crawling– integrated structure search of documents– PubMed document analysis (aka Biblio Platform)See webinar from June 2011

• A new Tag Cloud visualization component• A new Search Bing component

– Replaces Yahoo Search• A new component for extracting content from 

t bl i ht l d t E t t T bl D t ftables in html documents ‐ Extract Table Data from HTML

• ChemMining components updated to use the latest version of Accelrys Directversion of Accelrys Direct– Simplifies building chemically‐intelligent document 

searching

Accelrys Query Services (Prototypes)

• Components for searching across disparate data sources

• Leverages Isentris IDS technology• Benefits• Benefits

– Unified query engine for Accelrys platformd l b ld– Rapid application building

– Data federation– Data abstraction

Use Cases

• Notebook project lead wants to create report by querying across Notebook documents and y q y gchemistry and biology databases

• Notebook administrator wants to report onNotebook administrator wants to report on Notebook usage patterns and post on SharePointSharePoint

• Query available chemicals in corporate DB andACD; deploy through Notebook DS and PPACD; deploy through Notebook, DS, and PP

Substructure Search over ACD

AQS Components

Status and Next Steps

• Released as prototype in CU1– Allow user input before finalizing “production”Allow user input before finalizing  production  versions

• Most useful to users with data integrationMost useful to users with data integration needs (Notebook and/or PP)

Imaging

Imaging (8.5 CU1) 

• Find Curvature component calculates the curvature of all pixels on lines or region boundaries. The output image at each location contains the curvature value of the corresponding pixel in the inputcontains the curvature value of the corresponding pixel in the input image. This component has a great deal of utility across domains and crystal detection, material science and life science applications.C l D l ti t t l i i t t f• Color Deconvolution component separates a color image into a set of monochromatic images. For histological images like H&E stained tissue, it can be helpful to use these separated images as input for 

i l isegmentation or learning component.

Next Generation S iSequencing

NGS (8.5 CU1) 

• Updates and enhancements to numerous third party tools used in the collection (too numerous to list)   (8.5 CU1)

• New third party viewers have been added including the Integrative• New third party viewers have been added including the Integrative Genomics Viewer (IGV) and Tablet components

• Numerous performance improvements– Repository‐based components now share an in‐memory copy of 

the repository.xml contents, greatly improving performance for repositories with large numbers of entities.p g

– Improved Add Features to Repository and Region Generator component performance when there are thousands of contigs ‐Depth calculations can now go over 8000xDepth calculations  can now go over 8000x.

– FASTQ Splitter and FASTQ Splitter for Parallel Processing components were included. These components assist with load‐b l i d d t fil h i t d l tbalancing unmapped data files when using compute node clusters

NGS (8.5 CU1) 

• Numerous enhancements in support of repository enterprise readinessreadiness. – Use Existing Files component 

to use existing reference i i disequence, mapping indices, 

mapped read, and feature files can be used to create or 

dif imodify a repository,

– The repository XML file now uses relative paths for files that are in th it di t hi h ll f l ti fthe repository directory, which allows for easy relocation of repository directories .

– The initial display names of the reference sequences are now b i d i t l f ID th t it fil bbeing used as internal reference IDs so that repository files can be used directly by third‐party programs .

NGS (8.5 CU1) 

• Protocol Example Updates– Contrast Two Mapping Programs: Added histogram of Bowtie and 

BWA mismatchesBWA mismatches.   – Strand‐specific Sequencing: Added strand‐specific RNA‐Seq

examples.– List NGS Third‐party Software Tools: Provides a summary table of 

third‐party tools used in the collection, including version numbers and release dates. demo

– Viral Population Analysis: Added Viral Population Analysis example   demo

– Trim reads based on quality score

– Calculate the frequency of each base across reads

– Correlate ≥2 mutations on a single readCorrelate ≥2 mutations on a single read

Additional Resources & Next StepsLearn more about the latest release:• Jan 10: What’s New in the NGS Collection for Pipeline Pilot?• Jan 24: Best Practices in Pipeline Pilot Protocol Development & DeploymentJan 24: Best Practices in Pipeline Pilot Protocol Development & Deployment• Datasheet: What’s New in Pipeline Pilot 8.5 (CU1)• Video: Protocol Comparison

Accelrys Services can help with the upgrade:• Datasheet: Pipeline Pilot Upgrade Assessment ServiceDatasheet: Pipeline Pilot Upgrade Assessment Service • Contact: consulting@accelrys.com

Questions?Andrew.LeBeau@Accelrys.com Tim.Moran@Accelrys.com