38
SVTH: Tuấn Dũng, Sầm Minh Hải, Cao Xuân Bách , Lê Khắc Thắng Tiến Hòa Ứng dụng sinh học phân tử trong xác định đa dạng sinh học quần thể vi sinh vật

Da dang vi sinh vat

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Da dang vi sinh vat

SVTH Lecirc Tuấn Dũng Sầm Minh Hải

Cao Xuacircn Baacutech Lecirc Khắc Thắng

Lecirc Tiến Hogravea

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định đa

dạng sinh học quần thể vi sinh vật

Đặt vấn đề

Vi sinh vật quanh ta Xử lyacute nƣớc thải

=gtCần phải coacute sự hiểu biết về đa dạng vi sinh vật

Nội dung

Caacutec phƣơng phaacutep

Phƣơng phaacutep enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep giải trigravenh tự đặc hiệu

DNA microarray

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Ứng dụng thực tiễn

Caacutec phương phaacutep

Phƣơng phaacutep truyền thống

Dựa vagraveo higravenh thaacutei nhuộm

nuocirci khuẩn lạc

Phản ứng sinh hoacutea

Thực khuẩn thể - vi khuẩn

Khaacuteng nguyecircn bề mặt

Hoạt chất khaacuteng khuẩn

Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử

Dựa trecircn sự khaacutec biệt về

cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc

trigravenh tự sắp xếp

Giải trigravenh tự DNA

Phacircn tiacutech plasmid DNA

Lai DNA trecircn magraveng

DNA(đaacutenh dấu bằng

huỳnh quangphoacuteng xạ)

So saacutenh đặc điểm

Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai

phƣơng phaacutep

Phương phaacutep truyền

thống

Phương phaacutep kỹ thuật

sinh học phacircn tử

bullThời gian lacircu

bullThiếu chiacutenh xaacutec

bullHạn chế với caacutec vi sinh vật

gần nhau

bullĐơn giản dễ tiến hagravenh

bullKết quả nhanh

bullChiacutenh xaacutec cao

bullĐộ phacircn biệt lớn

bullThiết bị maacutey moacutec phức

tạp hoacutea chất đắt tiền

bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh

trecircn caacutec vi sinh vật độc hại

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Nguyecircn tắc

Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec

enzyme cắt giới hạn

(restriction enzym-RE)

Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13

giống loagravei chủng

EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy

EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy

Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 2: Da dang vi sinh vat

Đặt vấn đề

Vi sinh vật quanh ta Xử lyacute nƣớc thải

=gtCần phải coacute sự hiểu biết về đa dạng vi sinh vật

Nội dung

Caacutec phƣơng phaacutep

Phƣơng phaacutep enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep giải trigravenh tự đặc hiệu

DNA microarray

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Ứng dụng thực tiễn

Caacutec phương phaacutep

Phƣơng phaacutep truyền thống

Dựa vagraveo higravenh thaacutei nhuộm

nuocirci khuẩn lạc

Phản ứng sinh hoacutea

Thực khuẩn thể - vi khuẩn

Khaacuteng nguyecircn bề mặt

Hoạt chất khaacuteng khuẩn

Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử

Dựa trecircn sự khaacutec biệt về

cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc

trigravenh tự sắp xếp

Giải trigravenh tự DNA

Phacircn tiacutech plasmid DNA

Lai DNA trecircn magraveng

DNA(đaacutenh dấu bằng

huỳnh quangphoacuteng xạ)

So saacutenh đặc điểm

Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai

phƣơng phaacutep

Phương phaacutep truyền

thống

Phương phaacutep kỹ thuật

sinh học phacircn tử

bullThời gian lacircu

bullThiếu chiacutenh xaacutec

bullHạn chế với caacutec vi sinh vật

gần nhau

bullĐơn giản dễ tiến hagravenh

bullKết quả nhanh

bullChiacutenh xaacutec cao

bullĐộ phacircn biệt lớn

bullThiết bị maacutey moacutec phức

tạp hoacutea chất đắt tiền

bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh

trecircn caacutec vi sinh vật độc hại

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Nguyecircn tắc

Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec

enzyme cắt giới hạn

(restriction enzym-RE)

Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13

giống loagravei chủng

EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy

EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy

Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 3: Da dang vi sinh vat

Nội dung

Caacutec phƣơng phaacutep

Phƣơng phaacutep enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep giải trigravenh tự đặc hiệu

DNA microarray

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Ứng dụng thực tiễn

Caacutec phương phaacutep

Phƣơng phaacutep truyền thống

Dựa vagraveo higravenh thaacutei nhuộm

nuocirci khuẩn lạc

Phản ứng sinh hoacutea

Thực khuẩn thể - vi khuẩn

Khaacuteng nguyecircn bề mặt

Hoạt chất khaacuteng khuẩn

Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử

Dựa trecircn sự khaacutec biệt về

cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc

trigravenh tự sắp xếp

Giải trigravenh tự DNA

Phacircn tiacutech plasmid DNA

Lai DNA trecircn magraveng

DNA(đaacutenh dấu bằng

huỳnh quangphoacuteng xạ)

So saacutenh đặc điểm

Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai

phƣơng phaacutep

Phương phaacutep truyền

thống

Phương phaacutep kỹ thuật

sinh học phacircn tử

bullThời gian lacircu

bullThiếu chiacutenh xaacutec

bullHạn chế với caacutec vi sinh vật

gần nhau

bullĐơn giản dễ tiến hagravenh

bullKết quả nhanh

bullChiacutenh xaacutec cao

bullĐộ phacircn biệt lớn

bullThiết bị maacutey moacutec phức

tạp hoacutea chất đắt tiền

bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh

trecircn caacutec vi sinh vật độc hại

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Nguyecircn tắc

Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec

enzyme cắt giới hạn

(restriction enzym-RE)

Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13

giống loagravei chủng

EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy

EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy

Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 4: Da dang vi sinh vat

Caacutec phương phaacutep

Phƣơng phaacutep truyền thống

Dựa vagraveo higravenh thaacutei nhuộm

nuocirci khuẩn lạc

Phản ứng sinh hoacutea

Thực khuẩn thể - vi khuẩn

Khaacuteng nguyecircn bề mặt

Hoạt chất khaacuteng khuẩn

Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử

Dựa trecircn sự khaacutec biệt về

cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc

trigravenh tự sắp xếp

Giải trigravenh tự DNA

Phacircn tiacutech plasmid DNA

Lai DNA trecircn magraveng

DNA(đaacutenh dấu bằng

huỳnh quangphoacuteng xạ)

So saacutenh đặc điểm

Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai

phƣơng phaacutep

Phương phaacutep truyền

thống

Phương phaacutep kỹ thuật

sinh học phacircn tử

bullThời gian lacircu

bullThiếu chiacutenh xaacutec

bullHạn chế với caacutec vi sinh vật

gần nhau

bullĐơn giản dễ tiến hagravenh

bullKết quả nhanh

bullChiacutenh xaacutec cao

bullĐộ phacircn biệt lớn

bullThiết bị maacutey moacutec phức

tạp hoacutea chất đắt tiền

bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh

trecircn caacutec vi sinh vật độc hại

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Nguyecircn tắc

Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec

enzyme cắt giới hạn

(restriction enzym-RE)

Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13

giống loagravei chủng

EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy

EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy

Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 5: Da dang vi sinh vat

Phương phaacutep kỹ thuật sinh học phacircn tử

Dựa trecircn sự khaacutec biệt về

cấu truacutec DNA kiacutech thƣớc

trigravenh tự sắp xếp

Giải trigravenh tự DNA

Phacircn tiacutech plasmid DNA

Lai DNA trecircn magraveng

DNA(đaacutenh dấu bằng

huỳnh quangphoacuteng xạ)

So saacutenh đặc điểm

Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai

phƣơng phaacutep

Phương phaacutep truyền

thống

Phương phaacutep kỹ thuật

sinh học phacircn tử

bullThời gian lacircu

bullThiếu chiacutenh xaacutec

bullHạn chế với caacutec vi sinh vật

gần nhau

bullĐơn giản dễ tiến hagravenh

bullKết quả nhanh

bullChiacutenh xaacutec cao

bullĐộ phacircn biệt lớn

bullThiết bị maacutey moacutec phức

tạp hoacutea chất đắt tiền

bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh

trecircn caacutec vi sinh vật độc hại

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Nguyecircn tắc

Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec

enzyme cắt giới hạn

(restriction enzym-RE)

Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13

giống loagravei chủng

EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy

EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy

Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 6: Da dang vi sinh vat

So saacutenh đặc điểm

Trong thực tế thƣờng kết hợp cả hai

phƣơng phaacutep

Phương phaacutep truyền

thống

Phương phaacutep kỹ thuật

sinh học phacircn tử

bullThời gian lacircu

bullThiếu chiacutenh xaacutec

bullHạn chế với caacutec vi sinh vật

gần nhau

bullĐơn giản dễ tiến hagravenh

bullKết quả nhanh

bullChiacutenh xaacutec cao

bullĐộ phacircn biệt lớn

bullThiết bị maacutey moacutec phức

tạp hoacutea chất đắt tiền

bullGiảm rủi ro khi tiến hagravenh

trecircn caacutec vi sinh vật độc hại

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Nguyecircn tắc

Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec

enzyme cắt giới hạn

(restriction enzym-RE)

Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13

giống loagravei chủng

EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy

EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy

Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 7: Da dang vi sinh vat

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Nguyecircn tắc

Dựa trecircn độ đặc hiệu của caacutec

enzyme cắt giới hạn

(restriction enzym-RE)

Tecircn gọi enzym EcoRI RcoRVVD Escherichia coli Ry13

giống loagravei chủng

EcoRI enzym đầu tiecircn tigravem thấy

EcoRV enzym thứ 5 tigravem thấy

Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 8: Da dang vi sinh vat

Caacutec kiểu cắt của enzyme giới hạn

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 9: Da dang vi sinh vat

Phƣơng phaacutep sử dụng enzym giới hạn

Caacutec bƣớc thực hiện

Triacutech AND

Cắt bằng caacutec enzym giới hạn

Taacutech ADN trecircn gel agarose

Southern blotting

Phacircn loại đa dạng vi sinh vật

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 10: Da dang vi sinh vat

Caacutec bƣớc

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 11: Da dang vi sinh vat

Caacutec ứng dụng

bull Xaacutec định quan hệ huyết

thống

bull Xaacutec định tigravenh trạng bệnh

bull Lập bản đồ gen

bull Phacircn tiacutech đa dạng di truyền

bull Xaacutec định đa dạng vi sinh vật

đatilde định danh(dựa trecircn dữ

liệu vạch điện di coacute sẵn)

hoặc nhận biết đa dạng vi

sinh vật trong mocirci trƣờng

dựa trecircn sự khaacutec biệt về caacutec

vạch điện di

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 12: Da dang vi sinh vat

Ƣu nhƣợc điểm

bull Coacute độ đặc hiệu vagrave độ nhậy cao cho pheacutep

xaacutec định nhanh choacuteng vagrave chiacutenh xaacutec coacute

mặt của khocircng chỉ một loagravei vi khuẩn magrave

cograven cho pheacutep xaacutec định vagrave phacircn biệt nhiều

loagravei vi khuẩn

bull Tốn thiết bị vagrave hoacutea chất khocircng thể hiện

kết quả tại chỗ

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 13: Da dang vi sinh vat

PHƢƠNG PHAacuteP GiẢI TRIgraveNH TỰ

bull Ứng dụng

ndash Xaacutec định caacutec chủng loagravei Vi khuẩn

bull Nguyecircn tắc

ndash Caacutec chủng vi khuẩn đều mang đoạn gen 16S

ndash Đoạn gen 16S coacute độ bảo thủ cao

ndash Khocircng coacute sự trao đổi giữa caacutec loagravei

ndash Mang tiacutenh đặc trƣng cho loagravei

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 14: Da dang vi sinh vat

Caacutec bƣớc thực hiện

1bull Lấy mẫu

2bull Taacutech chiết DNA

3bull PRC đoạn gen 16S

4bull Điện di kết quả pcr

Caacutec bƣớc thực hiện

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 15: Da dang vi sinh vat

DGGE

(Denaturing Gradient Gel Electrophorensis)

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 16: Da dang vi sinh vat

Giải trigravenh tự

bull Giải trigravenh tự mỗi sản phẩm thu đƣợc

sau điện di

bull So saacutenh với ngacircn hagraveng gen

(database) xaacutec định chiacutenh xaacutec loagravei

Giải trigravenh tự

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 17: Da dang vi sinh vat

Hạn chế của phƣơng phaacutep

bull Độ chiacutenh xaacutec của taq DNA

polymerase khocircng cao

bull Khocircng phacircn biệt đƣợc DNA của tế

bagraveo sống vagrave chết trong mẫu ban

đầu

Hạn chế của phƣơng phaacutep

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 18: Da dang vi sinh vat

Kết quả

bull Phacircn loại xaacutec

định loagravei chiacutenh

xaacutec hơn

bull Cơ sở phaacutet triển

nghiecircn cứu về sự

tiến hoacutea của

giống loagravei

Kết quả

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 19: Da dang vi sinh vat

DNA Microarray

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 20: Da dang vi sinh vat

DNA Microarray lagrave gigrave

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 21: Da dang vi sinh vat

Kỹ Thuật DNA array

Chuẩn

bịđiacutec

h

Chuẩn

bịm

ảng

Mẫu

Taacutech DNA

Đaacutenh dấu

Cơ sở dữ liệu trigravenh tự

Thiết kế tập hợp mẫu dograve

In lecircn mảng

Tiến hagravenh lai

Xaacutec định tiacuten hiệu lai

Giải thiacutech dữ liệuXaacutec

định

VSV Định lượng thagravenh phần quần xatilde vi

khuẩn

Xaacutec nhận lại mẫu dograve

đatilde thiết kế tiecircn

đoaacuten in silico

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 22: Da dang vi sinh vat

bull Về kỹ thuật

ndashĐiều kiện lai khocircng bao giờ tối ƣu

ndash Tiacutenh đa dạng rất lớn của mocirci trƣờng

bull Về vấn đề phacircn tiacutech

ndashGiải thiacutech dữ liệu khoacute

ndashCần coacute dữ liệu trƣớc đoacute về caacutec loagravei vi

sinh vật

Caacutec vấn đề khi aacutep dụng kỹ thuật DNA

microarray trong lĩnh vực mocirci trƣờng

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 23: Da dang vi sinh vat

Khả năng phaacutet triển kỹ thuật DNA

microarray trong quản lyacute mocirci trƣờng

bull DNA microarray thỏa matilden caacutec yecircu cầu

ndashXaacutec định đồng thời nhiều loại VSV

ndashSử dụng phƣơng phaacutep phacircn tiacutech coacute thể

tự động hoacutea

ndashGiaacutem saacutet RNA nhƣ chỉ thị định tiacutenh hoạt

tiacutenh VSV

ndashĐịnh lƣợng mức độ RNA hoặc hoạt tiacutenh

VSV

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 24: Da dang vi sinh vat

Caacutec kĩ thuật lai phacircn tử

bull Khaacutei niệm phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Caacutec yếu tố ảnh hƣởng

bull Caacutec phƣơng phaacutep lai phacircn tử

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 25: Da dang vi sinh vat

Cơ sở của phƣơng phaacutep lai phacircn tử

bull Biến tiacutenh vagrave hồi tiacutenh

DNA - RNA

bull Tm

bull Hạ từ từ to + điều kiện

thiacutech hợp -gt Bắt cặp

bull u tuyệt đối

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 26: Da dang vi sinh vat

Yếu tố ảnh hƣởng

bull Nồng độ vagrave thời gian phản ứng

bull Nhiệt độ

bull Độ dagravei của caacutec trigravenh tự

bull Lực ion

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 27: Da dang vi sinh vat

Caacutec phƣơng phaacutep lai

Lai trong mocirci trƣờng lỏng Lai trecircn pha rắn

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 28: Da dang vi sinh vat

Lai tại chỗ (in situ) FISH

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 29: Da dang vi sinh vat

Ứng dụng sinh học phacircn tử trong xaacutec định

sự đa dạng của vi sinh vật Nitrate hoacutea trong

ao nuocirci tocircm

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 30: Da dang vi sinh vat

Lấy mẫu

Đặc điểm ao

Lấy mẫu bugraven

Sau lấy mẫu

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 31: Da dang vi sinh vat

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

2 Xaacutec định mật số vi khuẩn Nitrobacter bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrobacter winogradskyi

bull Cặp mồi 5rsquo-GGCGTAGCAATACGTCAG -3rsquo 5rsquo-ATCCGGTATTAGCCCAAG -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (3rsquo) 95oC (45rsquo) 47oC (40rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di trong agarose gel 15

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 40chu kỳ95oC (3rsquo) 95oC (45rsquorsquo) 47oC (45rsquorsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (3rsquo)

bull Điện di agarose gel 15

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 32: Da dang vi sinh vat

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

1 Xaacutec định mật số VK Nitrosomonas bằng kỹ thuật

Real-time PCR

Qui trigravenh PCR

bull VKĐC Nitrosomonas europaea NCIMB 11849

bull Cặp mồi 5rsquo-GCCAATCTCAAAGCAC-3rsquo 5rsquo-TCTGGTGAAAACCACTCC -3rsquo

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Qui trigravenh RT-PCR

bull Qui trigravenh nhiệt 35 chu kỳ 95oC (10rsquo) 95oC (1rsquo) 55oC (1rsquo) 72oC (1rsquo) 72oC (10rsquo)

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 33: Da dang vi sinh vat

Bảng 1 Biến động mật số N europaea bằng phƣơng

phaacutep Real-time PCR

Bảng 2 mật số Nitrobacter bằng phƣơng phaacutep RT-PCR

Xaacutec định mật số vi khuẩn nitrate hoacutea

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 34: Da dang vi sinh vat

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ

thuật DGGE

Higravenh 1 Sản phảm PCR khuếch đại với mồi 984f-GC vagrave 1378R

Chu trigravenh nhiệt cho PCR

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 35: Da dang vi sinh vat

Higravenh 2 Cấu truacutec quần thể vi khuẩn trong

bugraven đaacutey ao nuocirci tocircm

Xaacutec định sự đa dạng quần thể vi khuẩn bằng kỹ thuật DGGE

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 36: Da dang vi sinh vat

Tagravei liệu tham khảo

bull TS Lecirc Thanh Hagrave Bagravei giảng Cocircng nghệ sinh học mocirci trƣờng

ĐHBKHN

bull PGSTS Khuất Hữu Thanh Kỹ thuật gen nguyecircn lyacute vagrave ứng

dụng 2006 NXBKHKTHNbull Poursafa P Kelishadi R Moattar F Rafiee L Amin MM Lahijanzadeh A Javanmard SH

Genetic variation in the association of air pollutants with

a biomarker of vascular injury in children and

adolescents in Isfahan Iran2011 PMID 22091301 [PubMed] PMCID PMC3214390

bull Bona MG Leal MJ Martins LM Silva RN Castro JA Monte SJ Restriction

enzyme analysis of the hsp65 gene in clinical isolates from patients

suspected of having pulmonary tuberculosis in Teresina Brazil 2011 PMID 22042395 [PubMed]

bull Tạp chiacute khoa học vagrave cocircng nghệ 2011

Page 37: Da dang vi sinh vat