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Departament de Genética, Microbiología y Estadística
Prácticas de Análisis Genética
José F. Sanchez Herrero -‐ [email protected] Joan Ferrer Obiol -‐ jfo@;net.cat
P1: Introducción
Estudiar la herencia de una caracterís;ca mutante en Drosophila. Determinar: -‐ Si el carácter es dominante o recesivo -‐ Autosómico o ligado al sexo -‐ Monogénico o Poligénico -‐ Si monogénico:
-‐ En qué cromosoma? -‐ En qué zona cromosómica? -‐ Estaba previamente descrito este gen?
Nuestro carácter de interés es: Feno;po su (“sense ulls”)
P2: Cruzamientos F1
Localización
1. ♀♀ esu x ♂♂ vg
2. ♀♀ vg x ♂♂ esu
Iden;ficación
1. ♀♀ esu x ♂♂ Del
Pseudodominancia
2. ♀♀ esu x ♂♂ su2
Complementación
cruzamiento recíproco
P2: Cruzamientos F1
P2: Cruzamientos F1
+ 10-‐14 días
P3: Eliminar progenitores
P3: Classic Genetics Simulator (CGS)
Objetivos: - Diseñar los cruzamientos necesarios para estudiar la herencia de una o varios caracteres - Interpretar los resultados de los cruzamientos - Sintetizar y exponer los experimentos realizados y las conclusiones
www.cgslab.com
P3: Classic Genetics Simulator (CGS)
• Launch CGS – ID: barcelona – Password: simulaciop3 – Modo: Individual
P3: Classic Genetics Simulator (CGS)
P3: Classic Genetics Simulator (CGS)
Población salvaje ratones: - Dos caracteres: Pelaje/Tamaño Objetivos: - Determinar modo de herencia - Determinar si se heredan de forma independiente
Línea salvaje
Línea salvaje
“n” cruces
Línea salvaje
Línea Pura: Carácter 1
“n” cruces
Línea salvaje
Línea Pura: Carácter 1
“n” cruces
“n” cruces
Línea Pura: Carácter 2
Línea salvaje
Línea Pura: Carácter 1
“n” cruces
“n” cruces
Línea Pura: Carácter 2
Análisis Independiente
Dominante/Recesivo Ligado a sexo o autosómico Monogénico/Poligénico Ligamiento
Línea salvaje
Línea Pura: Carácter 1
“n” cruces
“n” cruces
Línea Pura: Carácter 2
Análisis Independiente
Dominante/Recesivo Ligado a sexo o autosómico Monogénico/Poligénico Ligamiento
Dominante/Recesivo Ligado a sexo o autosómico Monogénico/Poligénico Ligamiento
Línea salvaje
Línea Pura: Carácter 1
“n” cruces
“n” cruces
Línea Pura: Carácter 2
Análisis Independiente
Dominante/Recesivo Ligado a sexo o autosómico Monogénico/Poligénico Ligamiento
Dominante/Recesivo Ligado a sexo o autosómico Monogénico/Poligénico Ligamiento
Análisis Ligamiento
Ejemplo
-‐ Modo herencia carácter: Tamaño del cuerpo
Análisis Estadís;co
H0: Los valores observados son iguales a los esperados H1: H0 es falsa.
Análisis Estadís;co
• Queremos saber si nuestra distribución propuesta es correcta.
Análisis Estadís;co
• Queremos saber si nuestra distribución propuesta es correcta.
• Dos opciones: – Distribución Chi2
Análisis Estadís;co
• Queremos saber si nuestra distribución propuesta es correcta.
• Dos opciones: – Distribución Chi2 – p-‐valor
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2 En estadís;ca, la distribución de Pearson, llamada también ji cuadrada(o) o chi cuadrado(a) (χ²), es una distribución de probabilidad con;nua con un parámetro “k” que representa los grados de libertad de la variable aleatoria
Grados libertad == Caracteres (color pelo; tamaño; etc…)
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2
Valor X2 tabla: 3,841
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2
Valor X2 tabla: 3,841
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2
Valor X2 tabla: 3,841 Valor X2 calculado: 0,14
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2
• Si: X2 calc. > X2 tabla :: Rechazamos H0; Aceptamos H1
Valor X2 tabla: 3,841 Valor X2 calculado: 0,14
Análisis Estadís;co
• Distribución Chi2
• Si: X2 calc. > X2 tabla :: Rechazamos H0; Aceptamos H1
X2 calc. < X2 tabla :: Rechazamos H1; Aceptamos H0
Valor X2 tabla: 3,841 Valor X2 calculado: 0,14
Análisis Estadís;co
Valor X2 tabla: 3,841 Valor X2 calculado: 0,14
H0: Los valores observados son iguales a los esperados H1: H0 es falsa.
<
Análisis Estadís;co
Valor X2 tabla: 3,841 Valor X2 calculado: 0,14
H0: Los valores observados son iguales a los esperados H1: H0 es falsa.
< à Aceptamos H0
Análisis Estadís;co
Valor X2 tabla: 3,841 Valor X2 calculado: 0,14
H0: Los valores observados son iguales a los esperados H1: H0 es falsa.
< à Aceptamos H0
Análisis Estadís;co
Valor X2 tabla: 3,841 Valor X2 calculado: 0,14
H0: Los valores observados son iguales a los esperados H1: H0 es falsa.
< à Aceptamos H0
Carácter Tamaño: Alelo Dominante: Grande Alelo Recesivo: Pequeño
Análisis Estadís;co
• P-‐valor Se define como la probabilidad de obtener un resultado al menos tan extremo como el que realmente se ha obtenido suponiendo que la hipótesis nula es cierta, en términos de probabilidad condicional. Rechazaremos la H0 si el valor p es igual o menor que el nivel de significación establecido. Convencionalmente 0,05 ó 0,01.
pvalor < nivel significación :: Rechazamos H0
pvalor > nivel significación :: Aceptamos H0
Análisis Estadís;co
• P-‐valor
pvalor obtenido: 0,7
Nivel significación: 0,05 – 0,01
Aceptamos H0
Carácter Tamaño: Alelo Dominante: Grande Alelo Recesivo: Pequeño
Análisis Estadís;co ¡¡ATENCIÓN!!
Análisis Estadís;co ¡¡ATENCIÓN!!
DOS FORMAS DE OBTENER LA MISMA INFORMACIÓN
¡¡NO COMBINAD!!
Análisis Estadís;co ¡¡ATENCIÓN!!
Análisis Estadís;co ¡¡ATENCIÓN!!
Análisis Estadís;co ¡¡ATENCIÓN!!
Análisis Estadís;co ¡¡ATENCIÓN!!
Ejercicio
• Determinar modo herencia: Color pelaje
Ejercicio
• Determinar modo herencia: Color pelaje
• Determinar si existe ligamiento AaBb x AaBb
H0: Los valores observados son iguales a los esperados. No hay ligamiento H1: H0 es falsa.
Análisis Ligamiento
Análisis Ligamiento
Valor X2 tabla: 11,07 Valor X2 calculado: 7,4 < Aceptamos H0
pvalor obtenido: 0,2 Nivel significación: 0,05 – 0,01 >
Análisis Ligamiento Cruzamiento Prueba: AaBb x aabb
Asignación Problemas
• Ejercicios 1-‐8 • Grupos 3-‐4 personas • 10 minutos: 9-‐10 diaposi;vas • Estructura:
– Introducción – Material y métodos – Resultados y discusión Mas información en el guión (Pág. 22-‐27)
Asignación Problemas
• Presentación: 10 Mayo 2017 (Aula 19) – Enviar diaposi;vas email: 8 Mayo – Dudas: contacto via email o en clase
• Launch CGS: – ID: barcelona – Password: grup_tc – Modo: Group
Asignación Problemas
Asignación Problemas
Asignación Problemas
P3: Eliminar progenitores