Yeast Collection - Microsoft...YKO は網羅的な機能解析が可能なため，得られた情報は，ヒトの遺伝子機能解明に大きく貢献すると期待できます。＊＊6,000

Yea

st Collectio

n

43http://www.funakoshi.co.jp/

Yeast Collection

Saccharomyces Genome Deletion Project により，既知酵母 ORF の 96 ％を網羅したノックアウト酵母（YeastKnock - Out strains : YKO）のコレクションが構築されました1。6,000 個＊＊を超える YKO を含んでおり，酵母ゲノムの機能解析に有用です。YKO には識別用タグ配列（molecular barcodes）を含むため，遺伝子レベルまたはゲノムレベルで表現型解析が行えます2。YKO は網羅的な機能解析が可能なため，得られた情報は，ヒトの遺伝子機能解明に大きく貢献すると期待できます。

＊＊6,000 個以上とは，破壊された遺伝子の数を示しています。4 種類の系統（1 倍体の a 型およびα型，ヘテロ接合の 2 倍体，およびホモ接合の 2 倍体）があり，複数の系統で重複して破壊された遺伝子があるため，酵母のノックアウトクローンは，20,000 種類以上構築されています。

各変異体の表現型をある条件下で解析することにより，遺伝子の機能を推測できます。従来は，遺伝的スクリーニングまたは，ランダムな変異導入により解析されていましたが，本コレクションを利用して，従来法よりもはるかに優位な研究が行えます。個々のノックアウト酵母についてシークエンシング解析もでき，また，molecularbarcodes 配列を利用したマイクロアレイ解析により，ゲノムレベルで遺伝子機能を並列解析できます（図. 2 参照）1, 2。遺伝子地図，物理地図，および塩基配列情報などの詳細な情報は，Stanford University の Saccharomyces

Genome Database（SGD）ホームページ（http://www.yeastgenome.org/）より入手できます。

Yeast Knock Out Strain Collection ［メーカー：OBS］

1. 1 回目の PCR で，タグ配列および薬剤耐性遺伝子配列が増幅します。

2.次の PCR で，相同組換え部位を含んだ配列を増幅し，KanMX カセットを作製します。

3. KanMX カセットを酵母に導入し，相同組換えを利用して目的遺伝子を破壊します。

図. 1 YKO の構築法

図. 2 ノックアウト酵母の解析法

ATG U1 U220bp Unique tagUptag

kanr

RND 1PCR

RND 2PCR

kanrATG TAAuptag downtag

ATG TAA

ATG TAA

uptag downtagkanr

ORF

D2 D1 TAA20bp Unique tagdowntag

45bp Upsteam primer

45bp Downsteam primer

Individual - Multiple Strains Whole Genome Parallel Analysis

Strain AStrain B

Strain C

Condition(s) of Interest Condition(s) of Interest

Pool

Phenotypic Analysis

Hybridize toOligonucleotide Array

Analyze Abundance

Collect Samples &Isolate DNA

Collection ofMutant Strains

・tolerance・lethality・morphology・etc...

親株の遺伝子型BY4730 MATa leu2⊿0 met15⊿0 ura3⊿0

Homozygous diploids are in the BY4743 background unless4730 / 4739 is indicated

BY4743 4741 / 4742

BY4739 MATalpha leu2⊿0 lys2⊿0 ura3⊿0

BY4741 MATa his3⊿1 leu2⊿0 met15⊿0 ura3⊿0

BY4742 MATalpha his3⊿1 leu2⊿0 lys2⊿0 ura3⊿0

1. Winzeler, E. A., et al.,“Functional characterization of the Saccharomyces cerevisiae genome by gene deletionand parallel analysis”, Science, 285, 901 ～ 906（1999）.

2. Giaever, G., et al.,“Functional profiling of the Saccharomyces cerevisiae genome”, Nature, 418, 387 ～ 391（2002）.

3. Wach, A., Brachat, A., Poehlmann, R. & Philippsen, P.,“New heterologous modules for classical or PCR basedgene disruptions in Saccharomyces cerevisiae.”, Yeast, 10（13）, 1793 ～ 1808（1994）.

参考文献

Yea

st Collectio

n

44 Open Biosystems 製品カタログ 2007

商品コード包　装

YSC1021-xxx＊ 1 vial

品　名価格（￥）

Yeast Knock Out Strain 10,000

＊各クローンの Catalog No. の末尾番号は，Open Biosystems 社ホームページ（http://www.openbiosystems.com/）でご確認下さい。ご注文方法は，p.64 をご参照下さい。

■クローン


YSC1059 1 vial


Yeast W303 Mat α Strain 10,000

※p.70 に掲載の専用注文書に Catalog No. および必要事項をご記入の上，販売店担当者にお渡し下さい。

YSC1058 Yeast W303 Mat a Strain 1 vial 10,000

YSC1061 Yeast Parental Strain, BY4730 1 vial 10,000





YSC1060 Yeast S288C 1 vial 10,000

YSC1071 Yeast W303 Heterozygous Diploid 1 vial 10,000

■酵母の親株または，対照株

商品コード保　存包　装

YSC1054 － 80 ℃ 1 set


Yeast Mat α Collection ご照会下さい

460,000


企業向け

研究機関向け

JX-9910-55

JX-9810-55

JX-9910-56

JX-9810-56

JX-9910-53

JX-9810-53

JX-9910-54

JX-9810-54

■コレクション

YSC1055 Yeast Heterozygous Diploid Collection － 80 ℃ 1 set 企業向けご照会下さい

研究機関向け 460,000

YSC1056 Yeast Homozygous Diploid Collection － 80 ℃ 1 set 企業向けご照会下さい


YSC1053 Yeast Mat a Collection － 80 ℃ 1 set 企業向けご照会下さい



YSC1057 － 80 ℃ 1 set


Yeast Heterozygous Essential Collection 160,000

121,000


企業向け

研究機関向け

JX-9910-57

JX-9810-57

■Essential コレクション

Yea

st Collectio

n


■追加プレート／プレートセット※追加プレート／プレートセットは旧バージョンのコレクションを補足する製品です。商品コード保　存包　装

YSC4507 － 80 ℃ 1 set


Yeast MAT α Supplemental Set（plates 174 - 175）

111,000

74,000


企業向け

研究機関向け

JX-9943-43

JX-8843-43

JX-9943-00

JX-8843-00

JX-9945-08

JX-8845-08

JX-9943-44

JX-8843-44

JX-9943-01

JX-8843-01

JX-9945-09

JX-8845-09

JX-9943-41

JX-8843-41

JX-9942-98

JX-8842-98

JX-9945-06

JX-8845-06

JX-9943-42

JX-8843-42

JX-9942-99

JX-8842-99

JX-9945-07

JX-8845-07

YSC4343 Yeast Heterozygous Plate 282 － 80 ℃ 1 set 企業向け 56,000


YSC4300 Yeast Heterozygous Supplemental Set（plates 281 - 282）

－ 80 ℃ 1 set 企業向け 111,000


YSC4508 Yeast Heterozygous Supplemental Set（plates 283 - 284）

－ 80 ℃ 1 set 企業向け 111,000


YSC4344 Yeast Homozygous Plate 70 － 80 ℃ 1 set 企業向け 56,000


YSC4301 Yeast Homozygous Supplemental Set（plates 69 - 70）

－ 80 ℃ 1 set 企業向け 111,000


YSC4509 Yeast Homozygous Supplemental Set（plates 71 - 72）

－ 80 ℃ 1 set 企業向け 111,000


YSC4341 Yeast MAT a Plate 73 － 80 ℃ 1 set 企業向け 56,000


YSC4298 Yeast MAT a Supplymental Set（plates 72 - 73）

－ 80 ℃ 1 set 企業向け 111,000


YSC4506 Yeast MAT a Supplymental Set（plates 74 - 75）

－ 80 ℃ 1 set 企業向け 111,000


YSC4342 Yeast MAT α Plate 173 － 80 ℃ 1 set 企業向け 56,000


YSC4299 Yeast MAT α Supplemental Set（plates 172 - 173）

－ 80 ℃ 1 set 企業向け 111,000


Yea

st Collectio

n


酵母ゲノム領域全体におよぶ Yeast Knock Out（YKO）変異体コレクションにより，酵母遺伝子の系統的な機能解明が進められています。並列的にノックアウト表現型を解析する効率的な方法として，分子バーコードでタグをしたノックアウト株プールとその条件培養におけるバーコードマイクロアレイ解析が行われています。しかし 1 倍体およびホモ 2 倍体 YKO は変異に脆弱で，遺伝的性質は経時的に損なわれて行きます。野生型アレルのヘテロ接合体ではノックアウト表現型が隠されるため遺伝的性質を保ちますが，表現系による検出が困難になります。ノックアウト 1 倍体は 4 分子分析によりヘテロ接合体から作出しますが，煩雑なためゲノムワイドな実験には適しません。

Yeast Magic Marker Strain はヘテロ 2 倍体 S. cerevisiae（RESGEN KanMx YKO Collection）の Magic Marker形質転換体に由来します。Boone らによって開発された SGA レポーター1 として知られている Magic Marker により，胞子形成のシングルセレクションでハイスループットにヘテロ 2 倍体から 1 倍体ノックアウト株を作出し2，数千の MATa 1 倍体 YKO プールを効率的に得ることができます。

Yeast Magic Marker Strain Collection ［メーカー：OBS］

1. Tong, et al., Science, 294, 2364（2001）2. Pan, et al., Molecular Cell, 16, 487 ～ 496（2004）

参考文献




Yeast Magic Marker Strain Clone 10,000



YSC4035 － 80 ℃ 1 set


Yeast Magic Marker Strain Collection ご照会下さい


■クローン


JX-2440-35

Yea

st Collectio

n


トランスポゾンの挿入による挿入変異酵母コレクションは，3,600 種類を超えるノックアウト酵母を含みます。表現型の解析に有用です＊＊。

酵母ゲノム DNA のプラスミドライブラリーに mini - transposon（mTn）を挿入し，これをヘテロ接合の 2 倍体酵母に導入し，相同組換えによりノックアウト酵母を構築しました。mTn は lox P 配列，β - ガラクトシダーゼ遺伝子，および 3 × HA タグ配列を含んだ 6 kb のトランスポゾンコンストラクトで，Cre - lox P 組換え反応により，3 × HA タグ配列を含む 93 コドンが挿入されます。ORF 内へ配列挿入されることにより典型的な遺伝子の機能破壊が生じるか，また，ORF の上流または下流へ配列が挿入されることにより遺伝子の発現に変化を生じさせることができます。詳細な情報は，Yale Genome Analysis Center ホームページ（http://ygac.med.yale.edu/）より入手できます。

＊＊多くの場合は配列の挿入によって遺伝子が破壊されていますが，まれに破壊されていないこともあります。目的の実験に使用される前に，必ず表現型の確認を行って下さい。

Yeast Insertional Mutant Strain Collection ［メーカー：OBS］

Yeast DNALibrary

mTn Transposon

Induce CreA B

C

Transform Diploid Yeast & IdentifyIn - Frame Fusions

A B C

Plasmid Preps

BA C

Localize HA -Tagged Proteins

1. P. Ross - Macdonald, et. al., Nature, 402, 413

（1999）.2. Kumar, A. et. al., Methods Enzymol. 328, 550 ～

574（2000）.3. Kumar, A., Cheung, K. H., Ross - Macdonald, P.,

Coelho, P. S. R., Miller, P., and Snyder, M., Nucleic

Acids Res., 28, 81（2000）.

参考文献




Yeast Insertional Mutant Strain 10,000



YSC1074 － 80 ℃ 1 set


Yeast Insertional Mutant Collection 481,000

368,000


企業向け

研究機関向け

JX-9910-74

JX-9810-74

■クローン


Yea

st Collectio

n


Yeast mTn（mini - transposon）Plasmid Collection は，3,600 種類以上のプラスミドのコレクションです。プラスミドは E. coliに導入されており，6 kb mTn が挿入された酵母ゲノム DNA 配列がクローニングされています。このプラスミドを酵母に適用し，相同組換えによりノックアウト酵母が構築されました（前項：YeastInsertional Mutant Collection 参照）。

mTn は lox P 配列，β - ガラクトシダーゼ（lacZ）遺伝子，および 3 × HA タグ配列を含んだ 6 kb のトランスポゾンコンストラクトです。lacZ 遺伝子は，プロモーターおよび開始コドンを含まないため，その発現はトランスポゾンが挿入されたリーディングフレームに依存します。Cre - lox P 組換え反応により，3 × HA タグ配列を含む 93 コドンが挿入されます。詳細な情報は，Yale Genome Analysis Center ホームページ（http://ygac.med.yale.edu/）より入手できます。

Yeast mTn Plasmid Collection ［メーカー：OBS］




Yeast mTn Individual Plasmid 10,000



YSC1201 － 80 ℃ 1 set


Yeast mTn Plasmid Library 481,000

368,000


企業向け

研究機関向け

JX-9912-01

JX-9812-01

■クローン

■ライブラリー

Yea

st Collectio

n


ゲノム全体に渡るノックアウト酵母の構築により，1,000 種類を超えるタンパク質をコードする遺伝子が酵母の生育に必須であることが明らかになりました。しかし，これらの必須遺伝子の多くは，ほとんど機能が解明されていません。その理由は，必須遺伝子であるために機能の分析が難しいことにあります。この困難を克服するために，University of Toronto の Hughes 氏により，約 800 種類の酵母クローンを含む Yeast Tet - PromotersHughes Collection（yTHC）が構築されました。各酵母クローンの必須遺伝子には，発現を抑制可能な変異が導入されています。必須遺伝子のプロモーターが Tet - titratable プロモーターに置換されているため，ドキシサイクリンの添加により発現を抑制できます。

yTHC の酵母クローンは，1 倍体で a 型の R1158 株1（遺伝子型：URA3::CMV - tTA MATa his3 - 1 leu2 - 0met15 - 0）より構築されました。kanR - tetO7 - TATA カセットを持ったプラスミドをゲノムに挿入し，内在性のプロモーターを Tet - titratable プロモーターに置換しています。プラスミドが正しく挿入されたことを PCR により確認した後，各酵母クローンはドキシサイクリンを 10 μg / ml 含む YPD 培地で生育が制限されるかを確認しています＊＊。ドキシサイクリンを含まない培地では Tet - titratable プロモーターが活性化され，ドキシサイクリンの添加により，目的遺伝子の発現が抑制されます。各酵母クローンの最適培養条件は，実験により決定する必要があります。＊＊10 μg / ml のドキシサイクリン存在下で生育が抑制されない酵母クローンもあります。目的の実験に使用される前に，必ず Open Biosystems 社ホームページのデータファイルで確認を行って下さい。

Yeast Tet - Promoters Hughes Strain Collection（yTHC）［メーカー：OBS］

1. Hughes et. al., Cell, 7;102（1）, 109 ～ 126（2000）.2. Winzeler, E. A., et. al.,“Functional characterization

of the Saccharomyces cerevisiae genome by gene

deletion and parallel analysis”, Science, 285, 901 ～906（1999）.

参考文献

Yeast Tet - PromotersHughes Strain Collection

ご購入時のご注意

●企業・営利団体にご所属のお客様が，YeastTet - Promoters Hughes Strain Collection を購入される場合，購入に際してライセンス契約を締結していただく必要があります。※詳細はお問い合わせ下さい。




Yeast Tet - Promoters Hughes Strain 10,000



YSC1181 － 80 ℃ 1 set


Yeast Tet - Promoters Hughes Collection, Update

49,000

37,000


企業向け

研究機関向け

JX-9911-82

JX-9811-82

JX-7911-81

JX-7811-81

■クローン

■コレクション／コレクションアップデート


YSC1210 1 vial


Yeast R1158 Tet - Promoters Hughes Strain Parent Strain 10,000


■酵母親株の単品

YSC1182 Yeast Tet - Promoters Hughes Collection － 80 ℃ 1 set 企業向け 266,000


Yea

st Collectio

n


Yeast ORF Collection は University of Rochester の Eric Phizicky 氏および Yale University の Mike Snyder 氏により構築され，これにより 5,500 種類以上の S. cerevisiae遺伝子のタンパク質発現および精製が可能になりました。

Yeast ORF Collection ［メーカー：OBS］

Yeast ORF Collection は Gateway destination vector（BG1805）にクローニングされ，全長のシークエンシング後，E. coli または酵母に形質転換されています。ORF は GAL1 プロモーターの制御下にあり，発現タンパク質の C 末端にはタンデムアフィニティタグ＊が付加されます。酵母形質転換体では，正しい長さのタンパク質が

発現しているかをウエスタンブロッティングにより確認しています＊＊。E. coli 形質転換体は異なる酵母株への形質転換に有用です。＊Protein A（ZZ domain），6 × His および HA から構成される 19 kDa のアフィニティタグ。

＊＊Yeast ORF Collection を構築した施設でタンパク質発現を確認したところ，発現が見られなかったクローンもあります。詳細は，参考文献をご参照下さい。

※Yeast ORF Collection はタンパク質過剰発現を目的としており，GAL1 プロモーター下流に ORF が挿入されています。酵母プロテオームの正確なプロファイリングには，オリジナルの染色体位置にある内在性プロモーターの制御下でタグ融合タンパク質を発現する Yeast TAP - Fusion Collection（p.51 参照）をご使用下さい。

1. Gelperin D. M., et. al., Genes and Development, 19, 2816 ～ 2826（2005）.

参考文献




ORF Clone, Yeast（Yeast） 10,000



YSC3868 － 80 ℃ 1 set


ORF Collection, Yeast（E. coli）ご照会下さい

ご照会下さい


企業向け

研究機関向け

JX-9938-70

JX-9838-70

JX-9938-68

JX-9838-68

■クローン



YSC3880 1 vial


Yeast ORF Host Strain（Y258） 10,000



YSC3870 ORF Collection, Yeast（Yeast）－ 80 ℃ 1 set 企業向けご照会下さい

研究機関向けご照会下さい

YSC3867-xxx＊ ORF Clone, Yeast（E. coli） 1 vial 10,000


YSC4476 1 set


ORF Collection, Yeast, Supplemental Set（plates 57, 59, 61, 70, 72）（Yeast）

221,000

148,000


企業向け

研究機関向け

JX-9944-75

JX-8844-75

JX-9944-76

JX-8844-76

■追加プレートセット※旧バージョンのコレクションを補足する製品です。

YSC4475 ORF Collection, Yeast, Supplemental Set（plates 57, 59, 61, 70, 72）（E. coli）

1 set 企業向け 221,000


Yea

st Collectio

n


University of California, San Francisco（UCSF）の Erin O' Shea 氏，および Jonathan Weissman 氏により，特異性の高いエピトープタグを ORF に融合させた，酵母変異体のライブラリーが構築されました。タグを融合させた ORF は，染色体地図上の位置が野生型と同一なため，広範囲に渡るタンパク質解析に有用です。タグは免疫学的手法により検出でき，対数増殖期に発現するタンパク質の検出や定量を行えます。

コレクションの構築には，まず，特殊なプライマーを合成します。このプライマーは，3' 末端に挿入カセットを増幅可能な共通配列を持ち，5' 末端には ORF に特異的な配列を持ちます。次に，PCR により挿入カセットを増幅し，酵母に導入します。相同組換えにより，正しいリーディングフレームで C 末端にタグ配列が挿入されます（図. 3）。

C 末端には，TAP（Tandem Affinity Purification）タグ配列（カルモジュリン結合ペプチド，TEV 切断部位，2つの IgG 結合領域（Staphylococcus aureus由来 Protein A）），および選択マーカーを含みます。最終的に Saccharomyces Genome Database に登録されているアノテーション済み ORF の 98 ％（2001 年 4 月

現在）を網羅し，半数体酵母に必須な ORF の 93 ％を含んだコレクションが構築されました。本ライブラリーの解析により，全タンパク質の約 80 ％は通常の生育条件下で発現していることが解明されま

した。更に，生育に必須なタンパク質や転写因子などの多くのタンパク質分子は，酵母細胞内で 50 個以下しか存在しないのものから 106 個以上も存在するものまで，幅広く存在することが明らかになりました（図. 1, 2）。mRNA 量やコドン使用頻度からの予測等，他のプロテオミクス解析法では測定できない発現レベルのタンパク質も解析できます。

Yeast TAP - Fusion Collection ［メーカー：OBS］

図. 1：Protein Detection 図. 2：Protein DetectionPer Cell

600

7 7 8 9 10 11 12 13Log2 (Molecules / Cell)

■TAP Western■LC / MS {MudPIT} Detection■LC / MS {MudPIT} Quantitation■2D Gels

Number of Proteins

14 15 16 17 18 19 19＞＜

400

200

0.2

7 7 8 9 10 11 12 13Log2 (Molecules / Cell)

TranscriptionFactors

■All■Essential

Normalized Number of Proteins

14 15 16 17 18 19 20 20＞＜

0.15

0.1

0.05

Individual

Average

Essential subset

mRNA molecules per cell

106

104

102

105

104

1030.5 5 50

0.1 1 10 100

106

104

102

0.1 1 10 100

図. 3：Insertion of C - terminal TAP cassette Protein DetectionPCR product

homologousrecombination

Chromosome

TAP HIS3MX6

NH3 COOH

ORFORF

Protein TAP

1. Ghaemmaghami, S., Huh, W., Bower, K., Howson,

R., Belle, A., Dephoure, N., O'Shea, E. and

Weissman, J.,“ Global Analysis of ProteinExpression in Yeast.”, Nature（2003）.

参考文献

Yea

st Collectio

n





Yeast TAP - Fusion ORF Strain 10,000



YSC1177 － 80 ℃ 1 set


Yeast TAP - Fusion Library ご照会下さい

ご照会下さい


企業向け

研究機関向け

JX-9911-77

JX-9811-77

■クローン

■ライブラリー


YSC1247 1 set


Yeast TAP - Fusion Membrane Protein Subset 437,000

146,000


企業向け

研究機関向け

JX-8912-47

JX-8812-47

■サブセット


CAB1001 100 μg


Anti - TAP, Epitope Tag, Rabbit - Poly 41,000JX-9710-02

■抗 TAP 抗体

Yea

st Collectio

n


ある 1 つのタンパク質を 3 × HA タグ（triple hemagglutinin epitope tag）融合タンパク質として発現する酵母変異体のコレクションです＊＊。2,400 種類を超える酵母変異体が構築されており，タンパク質の機能解析に有用です。

mini - transposon（mTn）を利用した方法により，既知および未知タンパク質のコード領域内のどこかに偏ることなくタグ配列が挿入された変異体が構築されました1。mTn は lox P 配列，β - ガラクトシダーゼ遺伝子，および 3 × HA タグ配列を含んだ 6 kb のトランスポゾンコンストラクトで，Cre - lox P 組換え反応により，3 ×HA タグ配列を含む 93 コドンが挿入されます。各酵母変異体は，ura3, leu2マーカーを持つ 2 倍体の酵母です。

HA タグを利用して，免疫染色によるタンパク質の細胞内局在の検出2，結合部位の検出，または免疫沈降法によるタンパク質の精製等が行えます。また，HA タグの挿入により，条件的な対立遺伝子または，低活性の変異となる可能性があるため，遺伝子機能の解析にも利用可能です。詳細な情報は，Yale Genome Analysis Center3ホームページ（http://ygac.med.yale.edu/）より入手できます。

＊＊各酵母変異体は，十分な機能を持った融合タンパク質が発現されることは，保証されていません。目的の実験に使用される前に，必ず表現型の確認を行って下さい。解析が行われた酵母変異体についての詳細情報は，Yale Genome Analysis Center3ホームページの TRIPLES database（http://ygac.med.yale.edu/triples/triples.htm）より入手できます。

HA - Tagged Yeast Strain Collection ［メーカー：OBS］

1. P. Ross - Macdonald, et. al., Nature, 402, 413（1999）.2. A. Kumar, et. al., Genes & Development, 16, 707（2002）.3. Kumar, A., Cheung, K. H., Ross - Macdonald, P., Coelho, P. S. R., Miller, P., and Snyder, M., Nucleic Acids Res.,

28, 81（2000）.

参考文献




Yeast HA - Tag Strain 10,000



YSC1068 － 80 ℃ 1 set


Yeast HA - Tag Collection 329,000

252,000


企業向け

研究機関向け

JX-9910-68

JX-9810-68

■クローン



YSC1764 1 vial


Yeast Y800 HA - Tag Strain Parent Strain 10,000



Documents

Yeast Collection - Microsoft...YKO は網羅的な機能解析が可能なため，得られた情報は，ヒトの遺伝 子機能解明に大きく貢献すると期待できます。＊＊6,000

Yeast Collection - Microsoft...YKO は網羅的な機能解析が可能なため，得られた情報は，ヒトの遺伝子機能解明に大きく貢献すると期待できます。＊＊6,000