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解析に依存する新たな免疫療法バイオマーカーである、tumor mutational burden TMB)やマイクロサテライト不安定性(MSIなどを評価することができます。 ライブラリー調製時に、濃縮ケミストリーは、ホルマリン固定パ ラフィン包埋(FFPE)組織から核酸ターゲットを捕捉するよう最 適化されています。DNA ライブラリー調製時に固有分子識別子 UMI7 を追加することにより、低アリル頻度(VAF)のバリアン ト検出を可能にしつつ、同時にエラーの発生を抑えることができ るため、高度な特異性を実現できます。アッセイ試薬と共に開発 されたバリアントコールソフトウェアはキットに付属されており、 外部ハードウェア上で稼働します(インストール用のハードウェア が必要となります)。 イルミナはいくつかの学術機関、製薬会社、および利益団体と 連携関係を結び、新たながんアプリケーションの設計、開発およ び評価を支援しています。このような試みを促進するために、 TruSight Oncology 500 はご利用中のラボワークフローに容易 に組み込むことができ(1)、自動化にも対応しています。実 績あるイルミナテクノロジーを利用した TruSight Oncology 500 は、多くの腫瘍タイプに関連する遺伝子コンテンツや新規バイオ マーカーなどを対象としており、将来のがん治療診断のソリュー ションを開発するための優れたベースとして位置づけることがで きます。 ワークフロー 1 つで複数の腫瘍タイプや 複数のバイオマーカーに対応可能 大規模コホートによる最近の研究で用いられた包括的ゲノムプロ ファイリングから、サンプルの 30 49% は有用な変異があるこ とが示されています 1-6 。結果を得るまでの時間や組織サンプル には限りがある中で、広範囲のバイオマーカーを評価する包括的 な単一アッセイにより、関連情報が得られる可能性が高まります。 この課題に対する研究者の取り組みを支援するために、イルミナ TruSight Oncology 500 を提供しています。これは次世代シー ケンス(NGS)アッセイの 1 つで、1 つの統合ワークフローで DNA および RNA* 双方からがん関連遺伝子 523 種を解析するこ とができます。TruSight Oncology 500 1 回のアッセイで複 数のバリアントタイプ(1)、すなわち、一塩基バリアント(SNV)、 indel、スプライスバリアント、融合および複数のゲノム座位の TruSight Oncology 500 腫瘍のみの同一 FFPE サンプルからの体細胞変異、TMB および MSI をターゲットとした 包括的な次世代シーケンスアッセイ 特長 • TMB および MSI によるがん免疫の解明 精度の高い解析で TMB および MSI を検出できる 1.94 Mb のコンテンツと最新のアルゴリズム マルチプレックスアッセイによる時間と サンプルの節約 主要ガイドラインに沿った、がん関連遺伝子 523 に及ぶ全がんコンテンツの包括的カバレッジ 結果に対する高い信頼性 UMI を含む濃縮ケミストリーと、高精度バリアント 検出のためのインフォマティクスパイプライン 現在および将来のがんコミュニティーの ニーズへの取り組み 新たな関連性が高いバイオマーカーによる、将来的 に有用な、新規ソリューション基盤のサポート 1 TruSight Oncology 500 ワークフロー TruSight Oncology 500 を最適化してご利用中のラボワークフローに統合し、核酸からバリアントレポートまでを 3 4 日で実行可能です。 1 TruSight Oncology 500 によって検出される バリアントタイプ バリアントタイプ TruSight Oncology 500 関連例 SNV および indel KRAS G12D, EGFR exon 19 欠失, BRAF V600E 融合 ALK, ROS1, NTRK1, NTRK2, NTRK3 スプライスバリアント MET exon 14 MSI MSI-High TMB TMB-High NextSeq® FFPE 検体 複数の組織タイプに対応 市販の DNA/RNA 抽出キット NextSeq™ システム TruSight Oncology 500 Local App TruSight Oncology UMI キット DNA プローブ(523 遺伝子) RNA プローブ(55 遺伝子) 自動化ワークフロー サンプル ライブラリー調製 および濃縮 シーケンス データ解析 * DNA および RNA バリアントを評価するため、TruSight Oncology 500 DNA パネルおよび TruSight Tumor 170 RNA パネルで構成されています。 Prepare Library | Sequence | Analyze Data 本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。 1170-2018-010-C | 1

TruSight Oncology 500...BCL10 CHD4 ERCC2 FLT1 HIST3H3 KMT2D MYOD1 PIK3CA RB1 SPOP XPO1 BCL2 CHEK1 ERCC3 FLT3 HLA-A KRAS NAB2 PIK3CB RBM10 SPTA1 XRCC2 BCL2L1 CHEK2 ERCC4 FLT4 HLA-B

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Page 1: TruSight Oncology 500...BCL10 CHD4 ERCC2 FLT1 HIST3H3 KMT2D MYOD1 PIK3CA RB1 SPOP XPO1 BCL2 CHEK1 ERCC3 FLT3 HLA-A KRAS NAB2 PIK3CB RBM10 SPTA1 XRCC2 BCL2L1 CHEK2 ERCC4 FLT4 HLA-B

解析に依存する新たな免疫療法バイオマーカーである、tumor mutational burden(TMB)やマイクロサテライト不安定性(MSI)などを評価することができます。

ライブラリー調製時に、濃縮ケミストリーは、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織から核酸ターゲットを捕捉するよう最適化されています。DNAライブラリー調製時に固有分子識別子(UMI)7を追加することにより、低アリル頻度(VAF)のバリアント検出を可能にしつつ、同時にエラーの発生を抑えることができるため、高度な特異性を実現できます。アッセイ試薬と共に開発されたバリアントコールソフトウェアはキットに付属されており、外部ハードウェア上で稼働します(インストール用のハードウェアが必要となります)。

イルミナはいくつかの学術機関、製薬会社、および利益団体と連携関係を結び、新たながんアプリケーションの設計、開発および評価を支援しています。このような試みを促進するために、TruSight Oncology 500はご利用中のラボワークフローに容易に組み込むことができ(図 1)、自動化にも対応しています。実績あるイルミナテクノロジーを利用した TruSight Oncology 500は、多くの腫瘍タイプに関連する遺伝子コンテンツや新規バイオマーカーなどを対象としており、将来のがん治療診断のソリューションを開発するための優れたベースとして位置づけることができます。

ワークフロー 1つで複数の腫瘍タイプや 複数のバイオマーカーに対応可能大規模コホートによる最近の研究で用いられた包括的ゲノムプロファイリングから、サンプルの 30~ 49%は有用な変異があることが示されています 1-6。結果を得るまでの時間や組織サンプルには限りがある中で、広範囲のバイオマーカーを評価する包括的な単一アッセイにより、関連情報が得られる可能性が高まります。この課題に対する研究者の取り組みを支援するために、イルミナはTruSight Oncology 500を提供しています。これは次世代シーケンス(NGS)アッセイの 1つで、1つの統合ワークフローでDNAおよびRNA*双方からがん関連遺伝子 523種を解析することができます。TruSight Oncology 500は 1回のアッセイで複数のバリアントタイプ(表 1)、すなわち、一塩基バリアント(SNV)、indel、スプライスバリアント、融合および複数のゲノム座位の

TruSight™ Oncology 500腫瘍のみの同一 FFPEサンプルからの体細胞変異、TMBおよびMSIをターゲットとした 包括的な次世代シーケンスアッセイ

特長

• TMBおよびMSIによるがん免疫の解明

精度の高い解析で TMBおよびMSIを検出できる1.94 Mbのコンテンツと最新のアルゴリズム

• マルチプレックスアッセイによる時間と サンプルの節約

主要ガイドラインに沿った、がん関連遺伝子 523種に及ぶ全がんコンテンツの包括的カバレッジ

• 結果に対する高い信頼性

UMIを含む濃縮ケミストリーと、高精度バリアント 検出のためのインフォマティクスパイプライン

• 現在および将来のがんコミュニティーの ニーズへの取り組み

新たな関連性が高いバイオマーカーによる、将来的に有用な、新規ソリューション基盤のサポート

図 1:TruSight Oncology 500ワークフロー TruSight Oncology 500を最適化してご利用中のラボワークフローに統合し、核酸からバリアントレポートまでを 3~ 4日で実行可能です。

表 1:TruSight Oncology 500によって検出される バリアントタイプ

バリアントタイプ TruSight Oncology 500

関連例

SNVおよび indel KRAS G12D, EGFR exon

19欠失, BRAF V600E

融合 ALK, ROS1, NTRK1,

NTRK2, NTRK3

スプライスバリアント MET exon 14

MSI MSI-High

TMB TMB-High

NextSeq®

FFPE検体

複数の組織タイプに対応 市販の DNA/RNA 抽出キット NextSeq™ システム TruSight Oncology 500

Local App

TruSight Oncology UMIキット DNAプローブ(523遺伝子) RNAプローブ(55遺伝子) 自動化ワークフロー

サンプルライブラリー調製 および濃縮

シーケンス データ解析

* DNAおよび RNAバリアントを評価するため、TruSight Oncology 500 DNAパネルおよび TruSight Tumor 170 RNAパネルで構成されています。

Prepare Library | Sequence | Analyze Data

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。 1170-2018-010-C | 1

Page 2: TruSight Oncology 500...BCL10 CHD4 ERCC2 FLT1 HIST3H3 KMT2D MYOD1 PIK3CA RB1 SPOP XPO1 BCL2 CHEK1 ERCC3 FLT3 HLA-A KRAS NAB2 PIK3CB RBM10 SPTA1 XRCC2 BCL2L1 CHEK2 ERCC4 FLT4 HLA-B

がんコミュニティー内の著名な研究者の専門知識を活用することで、コンテンツには最新のガイドラインと新しいバイオマーカーの双方が含まれるように設計されており、11種の腫瘍タイプ (図 3)8についてはNCCNの診断ガイドラインを 100%網羅し、1600件以上の臨床試験に関与した遺伝子を網羅しています。腫瘍発生の役割を担う可能性が高いバリアントを包括的に網羅することから、TruSight Oncology 500は、新たなコンパニオン診断を開発するためのアッセイ基盤として位置づけることができます。

表 2:TruSight Oncology 500は多くのがんタイプに共通に 関連する 523遺伝子をターゲットとします

DNAコンテンツ RNAコンテンツ *

バイオマーカー

TMB

MSI

バイオマーカー遺伝子 小さなバリアント 融合

AKT1

ALK

BRAF

DDR2

EGFR

ERBB2

FGFR1

FGFR3

KRAS

MAP2K1

MET

NRAS

NTRK1

NTRK2

NTRK3

PIK3CA

PTEN

RET

TP53

がん関連コンテンツの包括的設計TruSight Oncology 500パネルには、多くの腫瘍タイプで共通して変異が見られるバイオマーカーが包括的に含まれます(図2)。DNAとRNA*の両方を同時解析することで、与えられた腫瘍タイプに関連する種々のタイプのバイオマーカー(SNV、indel、融合、スプライスバリアント、TMB、MSI)を、1回のアッセイで同一サンプルから評価することができます(表 2)。このパネルは既知および新規の融合の両方を捕捉することができるプローブ設計を用いています。TruSight Oncology 500パネルには、SNVおよび Indel検出のための 523遺伝子、および融合とスプライスバリアント検出のための 55遺伝子が含まれます(表 3)。

PioM

PioM

肺 黒色腫 結腸 卵巣 乳房 胃 膀胱 骨髄 肉腫

AKT1ALKBRAFDDR2EGFRERBB2FGFR1FGFR3KRAS

MAP2K1METNRASPIK3CAPTENRETTP53TMB

BRAFCTNNB1GNA11GNAQKIT

MAP2K1NF1NRAS

PDGFRAPIK3CAPTENTP53

AKT1BRAFHRASKRASMETMLH1MSH2MSH6NRASPIK3CAPMS2PTENSMAD4TP53

BRAFBRCA1BRCA2KRAS

PDGFRAFOXL2TP53

AKT1AR

BRCA1BRCA2ERBB2FGFR1FGFR2PIK3CAPTEN

BRAFKIT

KRASMETMLH1

PDGFRATP53

MSH6PMS2TSC1

ABL1ASXL1CALRCEBPAETV6EZH2FLT3GATA2IDH1IDH2JAK2KITMPLNPM1RUNX1SF3B1SRSF2TP53

ALKAPCBRAFCDK4

CTNNB1ETV6EWSR1FOXO1GLI1KIT

MDM2MYOD1NAB2NF1PAX3PAX7

PDGFRAPDGFRBSDHBSDHC

SMARCB1TFE3WT1

NTRK1, NTRK2, NTRK3 (全がん) | MSI (全がん)

図 2:複数のがんタイプに対する腫瘍プロファイリングバイオマーカー TruSight Oncology 500パネルには複数のがんタイプに対する重要なバイオマーカー、および最新の組織横断的がんバイオマーカー(MSI、NTRK1、NTRK2、NTRK3など)が含まれます。

0 60 804020 100

乳がん

子宮頸がん

結腸がん

胃がん

黒色腫

骨髄増殖性腫瘍神経内分泌腫瘍

非小細胞肺がん

脾臓腺がん

直腸がん

子宮腫瘍

急性骨髄性白血病

骨髄異形性症候群

含まれる遺伝子マーカーの割合

図 3:米国がんネットワーク(NCCN)の診療ガイドラインに対応するTruSight Oncology 500コンテンツ それぞれのがんタイプについて、最新のNCCNガイドライン 3の遺伝子マーカーが TruSight Oncology 500パネルに含まれている割合を示しています。

* DNAおよび RNAバリアントを評価するため、TruSight Oncology 500 DNAパネルおよび TruSight Tumor 170 RNAパネルから構成されています。

Prepare Library | Sequence | Analyze Data

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表 3:肺腫瘍の包括的アッセイのために評価された複数種類の関連バイオマーカーDNAコンテンツ

ABL1 BRD4 CUX1 FAM175A GATA6 IGF1 MAP3K13 NOTCH4 POLE RPTOR TAF1

ABL2 BRIP1 CXCR4 FAM46C GEN1 IGF1R MAP3K14 NPM1 PPARG RUNX1 TBX3

ACVR1 BTG1 CYLD FANCA GID4 IGF2 MAP3K4 NRAS PPM1D RUNX1T1 TCEB1

ACVR1B BTK DAXX FANCC GLI1 IKBKE MAPK1 NRG1 PPP2R1A RYBP TCF3

AKT1 C11orf30 DCUN1D1 FANCD2 GNA11 IKZF1 MAPK3 NSD1 PPP2R2A SDHA TCF7L2

AKT2 CALR DDR2 FANCE GNA13 IL10 MAX NTRK1 PPP6C SDHAF2 TERC

AKT3 CARD11 DDX41 FANCF GNAQ IL7R MCL1 NTRK2 PRDM1 SDHB TERT

ALK CASP8 DHX15 FANCG GNAS INHA MDC1 NTRK3 PREX2 SDHC TET1

ALOX12B CBFB DICER1 FANCI GPR124 INHBA MDM2 NUP93 PRKAR1A SDHD TET2

ANKRD11 CBL DIS3 FANCL GPS2 INPP4A MDM4 NUTM1 PRKCI SETBP1 TFE3

ANKRD26 CCND1 DNAJB1 FAS GREM1 INPP4B MED12 PAK1 PRKDC SETD2 TFRC

APC CCND2 DNMT1 FAT1 GRIN2A INSR MEF2B PAK3 PRSS8 SF3B1 TGFBR1

AR CCND3 DNMT3A FBXW7 GRM3 IRF2 MEN1 PAK7 PTCH1 SH2B3 TGFBR2

ARAF CCNE1 DNMT3B FGF1 GSK3B IRF4 MET PALB2 PTEN SH2D1A TMEM127

ARFRP1 CD274 DOT1L FGF10 H3F3A IRS1 MGA PARK2 PTPN11 SHQ1 TMPRSS2

ARID1A CD276 E2F3 FGF14 H3F3B IRS2 MITF PARP1 PTPRD SLIT2 TNFAIP3

ARID1B CD74 EED FGF19 H3F3C JAK1 MLH1 PAX3 PTPRS SLX4 TNFRSF14

ARID2 CD79A EGFL7 FGF2 HGF JAK2 MLL PAX5 PTPRT SMAD2 TOP1

ARID5B CD79B EGFR FGF23 HIST1H1C JAK3 MLLT3 PAX7 QKI SMAD3 TOP2A

ASXL1 CDC73 EIF1AX FGF3 HIST1H2BD JUN MPL PAX8 RAB35 SMAD4 TP53

ASXL2 CDH1 EIF4A2 FGF4 HIST1H3A KAT6A MRE11A PBRM1 RAC1 SMARCA4 TP63

ATM CDK12 EIF4E FGF5 HIST1H3B KDM5A MSH2 PDCD1 RAD21 SMARCB1 TRAF2

ATR CDK4 EML4 FGF6 HIST1H3C KDM5C MSH3 PDCD1LG2 RAD50 SMARCD1 TRAF7

ATRX CDK6 EP300 FGF7 HIST1H3D KDM6A MSH6 PDGFRA RAD51 SMC1A TSC1

AURKA CDK8 EPCAM FGF8 HIST1H3E KDR MST1 PDGFRB RAD51B SMC3 TSC2

AURKB CDKN1A EPHA3 FGF9 HIST1H3F KEAP1 MST1R PDK1 RAD51C SMO TSHR

AXIN1 CDKN1B EPHA5 FGFR1 HIST1H3G KEL MTOR PDPK1 RAD51D SNCAIP U2AF1

AXIN2 CDKN2A EPHA7 FGFR2 HIST1H3H KIF5B MUTYH PGR RAD52 SOCS1 VEGFA

AXL CDKN2B EPHB1 FGFR3 HIST1H3I KIT MYB PHF6 RAD54L SOX10 VHL

B2M CDKN2C ERBB2 FGFR4 HIST1H3J KLF4 MYC PHOX2B RAF1 SOX17 VTCN1

BAP1 CEBPA ERBB3 FH HIST2H3A KLHL6 MYCL1 PIK3C2B RANBP2 SOX2 WISP3

BARD1 CENPA ERBB4 FLCN HIST2H3C KMT2B MYCN PIK3C2G RARA SOX9 WT1

BBC3 CHD2 ERCC1 FLI1 HIST2H3D KMT2C MYD88 PIK3C3 RASA1 SPEN XIAP

BCL10 CHD4 ERCC2 FLT1 HIST3H3 KMT2D MYOD1 PIK3CA RB1 SPOP XPO1

BCL2 CHEK1 ERCC3 FLT3 HLA-A KRAS NAB2 PIK3CB RBM10 SPTA1 XRCC2

BCL2L1 CHEK2 ERCC4 FLT4 HLA-B LAMP1 NBN PIK3CD RECQL4 SRC YAP1

BCL2L11 CIC ERCC5 FOXA1 HLA-C LATS1 NCOA3 PIK3CG REL SRSF2 YES1

BCL2L2 CREBBP ERG FOXL2 HNF1A LATS2 NCOR1 PIK3R1 RET STAG1 ZBTB2

BCL6 CRKL ERRFI1 FOXO1 HNRNPK LMO1 NEGR1 PIK3R2 RFWD2 STAG2 ZBTB7A

BCOR CRLF2 ESR1 FOXP1 HOXB13 LRP1B NF1 PIK3R3 RHEB STAT3 ZFHX3

BCORL1 CSF1R ETS1 FRS2 HRAS LYN NF2 PIM1 RHOA STAT4 ZNF217

BCR CSF3R ETV1 FUBP1 HSD3B1 LZTR1 NFE2L2 PLCG2 RICTOR STAT5A ZNF703

BIRC3 CSNK1A1 ETV4 FYN HSP90AA1 MAGI2 NFKBIA PLK2 RIT1 STAT5B ZRSR2

BLM CTCF ETV5 GABRA6 ICOSLG MALT1 NKX2-1 PMAIP1 RNF43 STK11

BMPR1A CTLA4 ETV6 GATA1 ID3 MAP2K1 NKX3-1 PMS1 ROS1 STK40

BRAF CTNNA1 EWSR1 GATA2 IDH1 MAP2K2 NOTCH1 PMS2 RPS6KA4 SUFU

BRCA1 CTNNB1 EZH2 GATA3 IDH2 MAP2K4 NOTCH2 PNRC1 RPS6KB1 SUZ12

BRCA2 CUL3 FAM123B GATA4 IFNGR1 MAP3K1 NOTCH3 POLD1 RPS6KB2 SYK

RNAコンテンツ *

ABL1 BCL2 CSF1R ESR1 EWSR1 FLI1 KIF5B MSH2 NRG1 PAX7 RAF1

AKT3 BRAF EGFR ETS1 FGFR1 FLT1 KIT MYC NTRK1 PDGFRA RET

ALK BRCA1 EML4 ETV1 FGFR2 FLT3 MET NOTCH1 NTRK2 PDGFRB ROS1

AR BRCA2 ERBB2 ETV4 FGFR3 JAK2 MLL NOTCH2 NTRK3 PIK3CA RPS6KB1

AXL CDK4 ERG ETV5 FGFR4 KDR MLLT3 NOTCH3 PAX3 PPARG TMPRSS2

* DNAおよび RNAバリアントを評価するため、TruSight Oncology 500 DNAパネルおよび TruSight Tumor 170 RNAパネルから構成されています。

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TMBおよびMSIの精確な評価TMBとMSIは免疫療法への応答に関連する新たなバイオマーカーです 9。TruSight Oncology 500は両タイプのアッセイに適しており、複数のゲノム座位の解析に依存します。

低い変異レベルで精度が高く再現性のある TMB値を得ることは小さなパネルでは困難な可能性があります。最近の研究で、大きなゲノムコンテンツ(1.5 Mb以上)のパネルが 30 mut/Mb未満を含むサンプルで有効であることが示されました 10, 11。ゲノムコンテンツが 1.94 Mbの TruSight Oncology 500はこの要件を上回っており、全エクソーム解析と高度に一致する精確なTMB評価が実証されました(図 4、表 4)12。独自のイルミナインフォマティクスと共に、ライブラリー調製時にUMIを追加することで、シーケンスエラー率を 10~ 20倍低減することができます 7。FFPEアーチファクト(例:脱アミノ反応、酸化)を取り除くことによって、低品質 DNAサンプルから 5% VAFと、同等の高感度の解析が可能になります。

TruSight Oncology 500では最新のアルゴリズムを用いて、TMB解析を行います。非同義的/同義的一塩基バリアント(SNV)および indelの両方を測定することで、多くのバリアントを用いる場合の解析感度を高めることができます。バリアントコールとエラー補正の後、生殖細胞系列バリアントおよび低信頼領域のバリアントはフィルタリングされ、精確な結果を得ることができます。生殖細胞系列バリアントをフィルタリングすることで、腫瘍のみを用いるワークフローで TMB評価(図 5)が可能になり、さらにハイスループットサンプル処理もサポートできます。

表 4:低値範囲(10 mut/Mb)でのWESと TruSight Oncology 500 TMB分類との一致指標値指標 値

陽性一致率 94.7%

陰性一致率 96.1%

全体一致率 95.4%

TMB値は 108の FFPE組織サンプルからプロットされました。WESとTruSight Oncology 500との一致率は TMB-H(高)または TMB-L(低)に分類され、閾値は 10 mut/Mbです(図 2中の赤いライン)。

MSIステータスもチェックポイント抑制治療への応答に関連しています。しかし、検証した多くの組織で TMB高値はMSI高値に一致しないことから、これまでに特徴が示されなかったがんタイプには、新しいMSIプロファイルを用いた独立したバイオマーカーの開発が必要になっています 13, 14。MSIステータスは従来PCR(MSI-PCR)および免疫組織化学により解析されてきました。他の手法では、サンプルがMSI安定性またはMSI-Hのいずれかを示す定性的結果が提供されますが、TruSight Oncology 500を用いた NGSベースの評価では、130のホモポリマーMSIマーカーサイトを統合し、MSIステータスについて精度の高い定量的なスコアを計算します(図 6)12。

TruSight Oncology 500は、マルチプレックスアッセイとして、1回のアッセイで TMBおよびMSIのステータスの両方の結果を提供することができ、反復解析のために貴重な組織サンプルを使う必要性をなくします。

図 5:腫瘍のみまたは腫瘍正常ワークフローを用いた再現可能な TMB評価 TruSight Oncology 500は生殖細胞系列バリアントをフィルタリングするアルゴリズムを使用して、腫瘍のみを用いるワークフローでの TMB解析を可能にします。腫瘍正常ワークフローとの一致を実証するために、異なる組織タイプ 6種から170の FFPEサンプルを解析し、両ワークフローからの TMB値をプロットして、高度な一致を示しました(R2 = 0.993)。

図 4:TruSight Oncology 500とWESからの TMB測定値との高度な一致 108の FFPE組織サンプルを、腫瘍のみを用いるワークフローでの TruSight Oncology 500(TSO500)と腫瘍正常ペアを用いるWESとで解析しました。両アッセイからの TMB値をプロットし、高度な一致(R2 = 0.931)を示しています。

WES TMB (mut/Mb)0 604020

TSO

500

TMB

(m

ut/M

b) 80

60

40

20

0

R2 = 0.931 腫瘍タイプ

結腸がん子宮内膜がん胃がん肺がん黒色腫子宮がん

TSO 500 での腫瘍/ 正常TMB(mut/Mb)0 15010050T

SO

50

0 での腫瘍のみ

TM

B(m

ut/M

b) 150

100

50

0

R2 = 0.993 腫瘍タイプ

結腸がん子宮内膜がん胃がん肺がん黒色腫子宮がん

Prepare Library | Sequence | Analyze Data

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。 1170-2018-010-C | 4

Page 5: TruSight Oncology 500...BCL10 CHD4 ERCC2 FLT1 HIST3H3 KMT2D MYOD1 PIK3CA RB1 SPOP XPO1 BCL2 CHEK1 ERCC3 FLT3 HLA-A KRAS NAB2 PIK3CB RBM10 SPTA1 XRCC2 BCL2L1 CHEK2 ERCC4 FLT4 HLA-B

FFPEサンプルからの低レベルバリアント検出を可能にする濃縮ケミストリーTruSight Oncology 500ライブラリー調製の濃縮ステージは、ビオチン標識プローブおよびストレプトアビジンのコーティングされた磁気ビーズを用いた、実績あるターゲット濃縮ケミストリーに基づき、DNAおよび RNA*のライブラリーから選択されたターゲットを精製します。ターゲット濃縮ケミストリーの利点は、高度に結合する特異性を与えるためにデザインされた、十分に大きなプローブを使用できるだけでなく、小さな変異を含むターゲットに対するハイブリダイゼーションを行えることです。この機序により、FFPE組織サンプルから導入された自然なアリルバリエーションおよびシーケンスアーチファクトの、両方の存在下でのサンプルの脱落を低減することができます。TruSight Oncology 500により、わずか 5% VAFの FFPEサンプル内のバリアントを高い再現性で検出することができます(図 7)。

DNAとRNA*で共通のワークフローTruSight Oncology 500のライブラリー調製では、同一サンプルから抽出した DNAとRNAに、同時に適用可能な濃縮手法が用いられます。最初の手順で、ゲノム DNAは断片化され、RNA*は cDNAに変換されます。その後、ライブラリー調製は共通のワークフローとなります。断片化された DNA、cDNAは同時に、シーケンス可能なライブラリーに変換されます。対象領域がビオチン標識プローブにハイブリダイズされ、ストレプトアビジンビーズで磁気的にプルダウンされ、ライブラリーのプールを濃縮するため溶出されます。最後に、ライブラリーは簡単なビーズベースプロトコールでノーマライズされ、その後、プールおよびシーケンスします。

表 5:TruSight Oncology 500製品仕様パラメーター 詳細

システム NextSeq 550DxまたはNextSeqシステム

パネルサイズ1.94 Mb DNA358 kb RNA*

DNAインプット必要量 合計 40 ng

RNA*インプット必要量 合計 40 ng

FFPEインプット必要量FFPE組織サンプルから 0.65mm3以上を推奨(10ミクロンの厚さで 5スライドカット)

合計アッセイ時間 核酸からバリアントレポートまで 3~ 4日間

シーケンスラン時間 24時間(NextSeqシステム)

シーケンスラン 2 × 101サイクル

キットサイズ 24または 48サンプル

検出限界5% VAF融合:RNAインプット ngあたり5コピー

解析感度>96%(5% VAFでのすべてのバリアントタイプに対して)

解析特異性 >99.99%

まとめTruSight Oncology 500は、NGSベースのマルチプレックスアッセイで、1回のアッセイでがん関連バイオマーカー数百種を解析することができます。同一ワークフローを用いて DNAとRNAを評価することで、種々の腫瘍タイプに関与する、広範囲のバリアントを同定することができます。広範囲なゲノムコンテンツを活用して、TruSight Oncology 500は免疫療法バイオマーカー(TMBとMSI)の評価も提供するため、反復解析のための多くのサンプルは必要ありません。ターゲット濃縮ケミストリーおよびエラー低減のための最新のツールを用いることで、FFPEサンプルから高品質なデータが得られます。TruSight Oncology 500を、研究目標達成の加速化にお役立てください。

詳細はこちらTruSight Oncology 500についての詳細は、 jp.illumina.com/tso500をご覧ください。

MSI-PCR高(H) 安定性

TSO

500

MS

I スコア

0.6

0.4

0.2

0.0

図 6:MSIステータスの定量的評価 TruSight Oncology 500の腫瘍のみを用いるワークフローを用いて、FFPEサンプルを解析しました。定量的MSIスコア(Y軸)は、MSI-PCR(Promega MSI解析システム)を用いた同じサンプルの解析から得られた定性的スコア(Hまたは安定性)に対してプロットされます。

図 7:低バリアントアリル頻度での小さなバリアント検出 各バリアントの VAFが既知の FFPE細胞株サンプルを希釈して、1.30~ 5.00% VAFの範囲にしました。各サンプルの 6つのレプリケートは 40 ngの DNAインプットを用いて、TruSight Oncology 500で解析しました。

EGFR KRAS NRAS

L858R T790M∆E746-A750

L861Q G12D G13D Q61H A146T G12V Q61K

検出率

100%

80%

60%

40%

20%

0%

5.00% 3.80% 2.50% 1.30%

* DNAおよび RNAバリアントを評価するため、TruSight Oncology 500 DNAパネルおよび TruSight Tumor 170 RNAパネルから構成されています。

Prepare Library | Sequence | Analyze Data

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。 1170-2018-010-C | 5

Page 6: TruSight Oncology 500...BCL10 CHD4 ERCC2 FLT1 HIST3H3 KMT2D MYOD1 PIK3CA RB1 SPOP XPO1 BCL2 CHEK1 ERCC3 FLT3 HLA-A KRAS NAB2 PIK3CB RBM10 SPTA1 XRCC2 BCL2L1 CHEK2 ERCC4 FLT4 HLA-B

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表 6:製品情報

ライブラリー調製キットインデックス数 / サンプル数

カタログ番号

TruSight Oncology 500 DNA Kit(DNAライブラリー調製試薬および濃縮試薬を含み、NextSeqシステムの試薬を含みません)

16インデックス 48サンプル

20028213

TruSight Oncology 500 DNA Kit, for Use with NextSeq(DNAライブラリー調製試薬と濃縮試薬、およびNextSeqシステムの試薬を含みます)

16インデックス 48サンプル

20028214

TruSight Oncology 500 DNA/RNA* Bundle a

(DNA/RNAライブラリー調製試薬および濃縮試薬を含み、NextSeqシステムの試薬を含みません)16インデックス

24サンプル20028215

TruSight Oncology 500 DNA/RNA* Bundle,a for Use with NextSeq(DNA/RNAライブラリー調製試薬と濃縮試薬、およびNextSeqシステムの試薬を含みます)

16インデックス 24サンプル

20028216

a. 本製品(カタログ番号:20028215/20028216)は DNAおよび RNAバリアントを評価するためのものであり、TruSight Oncology 500 DNAパネルおよび TruSight Tumor 170 RNAパネルで構成されています。

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Pub. No. 1170-2018-010-C-JPN QB 6687 13FEB2019

販売店イルミナ株式会社

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。© 2019 Illumina, Inc. All rights reserved.

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