TECNICHE DELLA RICERCA NELLE

BANCHE DATI ONLINE

Gaetano Grillo

Biblioteca “Rosmini” dei Corsi di Laurea Professioni Sanitarie <gaetano.grillo@unito.it>

Corso di formazione Tutoriale – 1° ed. Torino, 6 marzo 2008

• Breve introduzione

• Medline (OVID)

• Cinahl (OVID)

• Embase (OVID)

• The Cochrane Library (OVID)

• Reperire la letteratura trovata

Il Programma di oggi

Le esigenze informative di partenza

- Tenermi aggiornato su un argomento?- Tesi di laurea o altro lavoro scientifico?- Relazione per un esame?- Descrizione o gestione di casi clinici?- Relazione sulla propria attività o su quella del reparto?- altro… ?

I tipi di documento:-libri monografici (trattati, manuali, raccolte di saggi)- periodici- linee guida- atti di congressi- immagini (fisse e in movimento)- documenti multimedialialtro...?

I formati possono essere:-Cartacei- elettronici con accesso locale (CD-ROM, Floppy disk, …)- elettronici con accesso remoto (CD-ROM in rete, siti Internet, fulltext online)

Strumenti di ricerca

- Database bibliografici- Cataloghi- Subject gateways- Motori di ricerca- Mailing list e rispettivi archivi- Forum di discussione- Siti di associazioni professionali

Le fonti per la ricerca bibliografica online in ambito biomedico:<http://www.lib.unito.it/web/tutorial/fonti.html>

I database: definizione

La gestione dell’informazione è lo scopo principale di un databaseEsso è un insieme di descrizioni standard, strutturate e organizzate, accessibile all'utenza attraverso interfacce che ne permettano l'interrogazione e il recupero di dati

Una tabella di database

Sono visibili i campi (colonne) in verticale e i record (righe) in orizzontale

Relazione tra tabelleEsempio di database relazionale, in cui le

tabelle sono collegate tra loro

Ricercare in un database bibliografico

Vanno distinti:- la struttura del database- il software di IR (= information retrieval, recupero dell’informazione)

Cosa sono i database bibliografici?

In un database bibliografico i dati sono divisi in campi e record.I record rappresentano le citazioni bibliografiche (che derivano dallo spoglio di articoli di riviste prese in considerazione dal database)Per ogni articolo viene prodotta una citazione bibliografica che comprende una serie di elementi (metadati). Questi riferimenti bibliografici sono relativi alla letteratura biomedica (prevalentemente periodici)Le singole citazioni bibliografiche sono organizzate in campi (Autore, titolo, rivista …)

MEDLINE: La NLMMEDLINE: La NLM

• MEDLINE è la più importante banca dati bibliografica MEDLINE è la più importante banca dati bibliografica mondiale di argomento biomedico e contiene citazioni e abstract mondiale di argomento biomedico e contiene citazioni e abstract di più di di più di 5000 riviste biomediche (in 37 lingue) pubblicate negli 5000 riviste biomediche (in 37 lingue) pubblicate negli Stati Uniti e in altri 80 paesi Stati Uniti e in altri 80 paesi

• Prodotto dalla National Library of Medicine in Prodotto dalla National Library of Medicine in lingua ingleselingua inglese

• Argomenti: Medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina Argomenti: Medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina veterinaria …veterinaria …

• Contiene oltre 17.000.000 di riferimenti bibliografici Contiene oltre 17.000.000 di riferimenti bibliografici di articoli di articoli pubblicati su riviste dal 1950 a oggi pubblicati su riviste dal 1950 a oggi • Aggiornamento quotidianoAggiornamento quotidiano

E‘ gratuita tramite l‘interfaccia di Pubmed dal 1997E‘ gratuita tramite l‘interfaccia di Pubmed dal 1997

MEDLINEMEDLINE

Caratteristiche di Caratteristiche di MEDLINEMEDLINE

• Tipo di documenti indicizzati: articoli di Tipo di documenti indicizzati: articoli di rivista (gli atti di congresso compaiono rivista (gli atti di congresso compaiono solo se pubblicati su riviste).solo se pubblicati su riviste).

• Copertura geografica: circa il 50% degli Copertura geografica: circa il 50% degli

articoli appartiene a riviste pubblicate articoli appartiene a riviste pubblicate negli Stati Uniti, il restante 50% a riviste negli Stati Uniti, il restante 50% a riviste pubblicate in 80 altri Paesipubblicate in 80 altri Paesi

• Copertura linguistica: il 78% degli articoli Copertura linguistica: il 78% degli articoli indicizzati in MEDLINE è scritto in lingua indicizzati in MEDLINE è scritto in lingua inglese, ma questa percentuale sale inglese, ma questa percentuale sale all’89% per gli articoli inseriti tra 2000 e all’89% per gli articoli inseriti tra 2000 e 20032003

Caratteristiche di MEDLINE• Lingua d’interrogazione è l’inglese, anche per reperire riferimenti ad articoli pubblicati in lingue diverse (il titolo dell’articolo, in questi casi, è tradotto in inglese)•Presenza di abstract: tutti i riassunti presenti sono in inglese, indipendentemente dalla lingua in cui è scritto l’articolo•Frequenza di aggiornamento? Quotidiana; ogni giorno vengono aggiunti 2000 – 4000 nuovi record. Nel 2006, sono stati aggiunti 623.000 nuovi record

Caratteristiche di MEDLINEQuali tipi di studio si trovano? Tendenzialmente tutti quelli pubblicati sulle riviste:

• lettere che esprimono opinioni• report di casi singoli o di più casi• studi qualitativi• sperimentazioni non controllate • studi di eziologia, studi prospettici• sperimentazioni precliniche e cliniche controllate:studi caso-controllo, sperimentazioni randomizzate controllate, ecc.• Revisioni narrative e sistematiche• Linee guida

MEDLINE IN OVID

Esistono diverse piattaforme per interrogare il database MEDLINE:Gratuite : Entrez PUBMED

A pagamento: OVID In OVID e in PUBMED sono interrogabili anche altre banche dati.

OVID è accessibile da tutti i PC aziendali e universitari

Da casa: tramite il proxy (Nome utente e password sono gli stessi

usati per l'accesso al servizo di posta elettronica dell'Ateneo)

Struttura di una citazione / 1I record (le singole citazioni bibliografiche) sono organizzati in campi. Ecco i principali:• autore (fino a 25 cognomi);• titolo dell'articolo (e parole del titolo);• descrittori di soggetto (sono detti

MeSH, ovvero "Medical Subject Headings") e rappresentano l'argomento di ogni singolo articolo;• abstract (riassunto);

Struttura di una citazione / 2• fonte bibliografica (titolo della rivista in forma abbreviata, anno, volume, fascicolo, pagine);• ente di appartenenza e indirizzo del primo degli autori dell'articolo;• lingua originale in cui l'articolo è stato pubblicato;• tipo di pubblicazione (ad es. lettera, editoriale, rassegna).

I descrittori di soggetto: I MeSH, ("Medical Subject Headings")

MESH è l'acronimo di Medical Subject Headings, ovvero intestazioni di soggetto per la medicina e servono ad identificare i termini più appropriati per la ricerca. Ne esistono circa 24,767 (ott. 2007) e sono scelti da specialisti di ogni area della biomedicina.

I descrittori di soggetto: I MeSH, ("Medical Subject Headings")

Si tratta di un tesauro… (Thesaurus = vocabolario controllato). I suoi descrittori fanno parte di una struttura gerarchica che permette di ricercare a vari livelli di specificità.Gli articoli sono indicizzati utilizzando questo tesauro e quindi:

i termini sono in forma normalizzata (tutti i sinonimi sono ricondotti ad un unico termine accettato. Es: tumor, neoplasm, cancer, cancers… “Neoplasms”)

i termini sono collegati con una rete di rinvii. In particolare:

“vedi”: rinvio da voce non accettata a voce accettata: es.: “cancer” vedi Neoplasms

“Vedi anche”: per i termini, entrambi accettati, che hanno una relazione importante. es.: Surgery, operative vedi anche intraoperative complications operating rooms

i termini sono disposti in una gerarchia “ad albero”, in cui i “broader terms” (termini più generali) contengono i “narrower terms”, termini più ristretti)

Conoscere la struttura dei MeSH può essere molto utile per elaborare una ricerca efficace

Le 16 categorie principali del MeSH :1. Anatomy [A]2. Organisms [B]3. Diseases [C]4. Chemicals and Drugs [D]5. Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment [E]6. Psychiatry and Psychology [F]7. Biological Sciences [G]8. Natural Sciences [H]9. Anthropology, Education, Sociology and Social Phenomena [I]10. Technology, Industry, Agriculture [J]11. Humanities [K]12. Information Science [L]13. Named Group [M]14. Health Care [N]15. Publication Characteristics [V]16. Geographicals [Z]

I MeSH : accorgimenti

I MeSH non sono disponibili su: • premedline• “record as supplied by publisher”

I MeSH non vengono creati per argomenti che ricorrono raramenteI MeSH non esistono ancora per i termini “nuovi”N.B. In tutti questi casi usare la ricerca libera con operatori logici.

I MeSH

RIASSUMENDO:Ogni articolo indicizzato riceve un certo numero di descrittori MeSH che definiscono il suo intero contenuto semantico

Alcune voci di soggetto hanno una particolare rilevanza (indicate, nei record bibliografici, con l'asterisco (*)).Queste voci si ricercano specificando come qualificatore [MAJR].

PRIMA DI INIZIARE LA RICERCA FORMULARE IL QUESITO USANDO IL PICOPatient group(s) (paziente)

Il quesito riguarda chi o che cosa (problema)?Intervention (intervento)

Che cosa è stato fatto o succede ai pazienti?Comparison(s) (comparazione)

Che cosa potrebbe essere fatto in alternativa?Outcome(s) (esito)

Come influisce l’intervento sulla popolazione/pazienti?

Ricerca di base

Ricerca avanzata

Inserisco un nuovo termine per la ricerca

decubitus

il DB suggerisce a quali termini MeSH si lega,e seleziono il termine che mi interessa

Termine libero

L’albero MeSH

I SUBHEADINGS

Le "sotto-intestazioni" rappresentano un aspetto particolare del singolo descrittore MeSH a cui si applicano. Sono utili per rendere efficace una strategia di ricerca.Se cerchiamo, ad esempio, una sostanza farmacologica, potremmo essere interessati a circoscrivere i risultati della ricerca all'aspetto tossicologico, oppure agli effetti collaterali, al suo uso diagnostico o terapeutico, al suo assorbimento e metabolizzazione da parte dell'organismo, agli avvelenamenti, alla posologia, e via dicendo.Non tutti i subheadings sono applicabili a tutti i MESH

Subheading: visualizzazione

dettagliata

Come limitare una ricerca: i “Limits”

Conviene partire sempre da una ricerca più ampia e restringerla, ad es. per:

• gruppi d’età (attenzione alle definizioni!)• data di pubblicazione dell’articolo• data d’inserimento del record nel database (Entrez date, per le novità)

I limiti metodologici

Indicano il tipo di pubblicazione, es.:• Clinical Trial • Editorial• Randomized Controlled Trial

Servono a individuare il livello di evidenza presentato in uno studioLista rapida: sotto “limits”

L’uso degli operatori boleani: AND, OR, NOT

• Per una buona strategia di ricerca utilizzando i MeSH è necessario l’uso metodico degli operatori logici boleani.• La combinazione di AND, OR e NOT per associare più termini nella stessa ricerca, permette di risolvere il problema dei risultati con troppi record (è sbagliata l’idea che tanti articoli recuperati equivalgano ad una buona ricerca)

Come si impiegano gli operatori boleani?

Per comprendere l'"algebra" booleana (AND, OR e NOT) si tengano presenti le seguenti relazioni grafiche:

L'AND "restringe" l'insieme ai risultati comuni ad un secondo insieme

a AND b

l'OR lo "allarga" sommandovi il secondo insieme

a OR b

il NOT elimina dal primo quanto appartiene anche al secondo. a NOT b

In pratica:

• l’AND equivale ad un'intersezione;

• l'OR ad una sommatoria;• il NOT ad una sottrazione.

CINAHL : che cosa contiene?

CINAHL

http://www.cinahl.com/prodsvcs/cinahldb.htm

Il Cumulative Index to Nursing & Allied Health è un database comprendente riferimenti bibliografici da pubblicazioni

appartenenti alle discipline infermieristiche e alle scienze alleate

Le varie specialità dell’infermieristica:

ChirurgiaChirurgia plasticaFisioterapia e riabilitazioneGastroenterologiaGinecologiaNutrizione e dieteticaOncologia

Discipline collaterali:

Assistenza medicaOptometriaPediatria Pronto soccorsoServizio socialenella cura della saluteTecnica radiologicaTerapia occupazionaleTecnica chirurgica

• E’ tra i più vecchi e completi repertori

bibliografici delle scienze infermieristiche

• Prodotto dall’American Nurses

Association e dalla National League for

nursing

• Nato nel 1961 (indicizzando 35 periodici) con il nome di CINL vede la sua veste definitiva nel 1977, integrato con la letteratura di discipline collaterali

CINAHL: un po’ di storia

CINAHL: contenutiCopertura temporale: dal 1982 in poiCopertura geografica: Africa, Asia, Australia, Canada, Europa, Sud America, Regno Unito e Irlanda, Stati Uniti

Indicizza 2,593 riviste, di cui 1,798 includono il riassunto dell’autore;

inoltre: tesi, linee guida (a volte in testo completo), atti di congressi, materiali audiovisivi, software e libri

Sono presenti 1,328,745 record (dato dic. 2006)

Il database è indicizzato con un tesauro. Il 70% del CINAHL subject headings (12,414 ) corrisponde ai MeSH del MEDLINE; gli altri termini sono specifici per l’infermieristica e le scienze alleate

Embase: che cosa contiene? http://www.info.embase.com/embase_suite/about/

EMBASE •Banca Dati bibliografica che copre i settori della medicina, con particolare riguardo alla farmacologia e alla tossicologia

•Piú di 11.000.000 records a partire dal 1974 (nella versione OVID dal 1988)

•5000 riviste, di prevalenza europea•aggiornamenti giornalieri•Europa•Thesauro: EMTREE (52,500 termini)•A pagamento

Paragone tra EMTREE e MeSH

The Cochrane Library La Cochrane Library é una pubblicazione elettronica finalizzata a rendere disponibile la migliore evidenza per le domande terapeutiche E’ il principale prodotto della Cochrane Collaboration e raccoglie tutte le sue revisioni sistematiche (RS) prodotte ed i protocolli delle revisioni in corso.“Si tratta di un'efficiente e valida fonte di informazione per professionisti impegnati in scelte di governo clinico, utili nell'orientare le attività mediche ed infermieristiche,

nell'educazione continua e nell'organizzazione dei servizi” http://cochrane.it/it/clib.html

Le revisioni Cochrane sono esclusivamente revisioni di studi clinici randomizzati, identificati su tutte le più importanti riviste mediche pubblicate nelle diverse lingue. L’inclusione o l’esclusione degli studi è basata su espliciti criteri di qualità in modo da ridurre gli errori sistematici.

Spesso i dati vengono combinati statisticamente (con le meta-analisi) per raggiungere risultati più affidabili ( a volte i singoli studi includono casistiche troppo piccole).

Nuove revisioni sono rese disponibili ad ogni edizione della Cochrane Library con l'obiettivo finale di coprire tutte le aree della assistenza sanitaria.

Cochrane Database of Systematic Reviews (Cochrane Reviews)

Database of Abstracts of Reviews of Effectiveness (DARE)

Il DARE contiene 5758 abstract strutturati di revisioni sistematiche pubblicate sulle maggiori riviste mediche e analizzate qualitativamente da esperti del NHS Centre for Reviews and Dissemination della University of York, Inghilterra.

The Cochrane Centre Register of Controlled Trials (CENTRAL)E’ una bibliografia di 479.462 trial clinici identificati dai membri della Cochrane Collaboration tramite la ricerca manuale delle riviste biomediche internazionali. Lo scopo finale è creare una banca dati esaustiva degli studi clinici controllati. CENTRAL si basa sull'esame sistematico di atti dei congressi e su molte altre fonti non incluse in MEDLINE o in altre banche bibliografiche.

NHS Economic Evaluation Database (NHS EDD)L’ NHS Centre for Reviews and Dissemination della University of York produce questa banca dati di 19.722 riassunti sulla valutazione economica degli interventi sanitari.

Health Technology Assessment Database (HTA)Questa banca dati, prodotta dal NHS Centre for Reviews and Dissemination della University of York, raccoglie informazioni in merito a studi internazionali di health technology assessment. Contiene 4733 record riferibili a studi già completati o in corso. I riassunti provengono dall’International Network of Agencies for Health Technology Assessment (INAHTA) ed hanno un carattere più descrittivo che analitico. Non riportano valutazioni critiche del contenuto.

I DB della Cochrane LibraryRecord Counts

Database Total Records

Cochrane Database of Systematic Reviews (CDSR; Cochrane Reviews) *

5171

Database of Abstracts of Reviews of Effects (DARE; Other Reviews)

7048

Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL; Clinical Trials)

527,885

Cochrane Methodology Register (CMR; Methods Studies)

10,191

Health Technology Assessment Database (HTA; Technology Assessments)

7177

NHS Economic Evaluation Database (NHSEED; Economic Evaluations)

22,978

About The Cochrane Collaboration (About; Cochrane Groups) †

92

Un po‘ di storia1972 Archie Cochrane (Epidemiologo) sosteneva l‘importanza di creare un registro centrale internazionale di studi clinici in particolare quelli Randomizzati, i soli che erano il più possibile esenti da “bias”. Egli scriveva:“E' davvero una critica giusta quella che viene fatta alla nostra professione, di non aver organizzato un sommario critico, specialità per specialità, aggiornato periodicamente, di tutti gli Studi Randomizzati Controllati rilevanti”.

Alcuni anni dopo la sua morte questa riflessione portò alla creazione della Cochrane Collaboration

La „Cochrane Collaboration“

La Cochrane Collaboration é una rete internazionale di scienziati e medici. Il fine di questa istituzione é di produrre revisioni sistematiche per poter valutare terapie, tenerle aggiornate e diffonderle

Le revisioni vengono prodotte da diversi gruppi di revisione

La Cochrane Collaboration è un organizzazione senza scopo di lucro

Esempi di gruppi di revisioneAnaesthesia Group Back Group Bone, Joint and Muscle Trauma GroupBreast Cancer Group Childhood Cancer GroupColorectal Cancer Group Consumers and Communication GroupCystic Fibrosis and Genetic Disorders GroupDementia and Cognitive Improvement GroupDepression, Anxiety and Neurosis GroupDevelopmental, Psychosocial and Learning Problems GroupDrugs and Alcohol Group

Riassumendo :

La Ricerca avviene in modo tematico

Ad ogni articolo viene assegnato un certo numero di soggetti, che descrivono il suo contenuto

Esistono Major und Minor Subjects

Major subject: si riferiscono al tema centrale dell‘articolo

Minor Subjects: il tema viene solo accennato

Le "sotto-intestazioni“ (subheadings) rappresentano un aspetto particolare del singolo descrittore

Medline

(in OVID)

CINAHL

(in OVID)

EMBASE

(in OVID)

CHOCHRANE

LIBRARY

(in OVID)17.000.000

dal 1950

1.328.000

dal 1982

11.000.000

dal 1988

594.559

5.000 riviste 2.600 riviste 5.000 riviste Fonti diverse

angloamericana internazionale europea internazionale

MeSH CINAHL headings EMTREE keywords

Parola libera

Articoli di riviste Articoli di riviste, libri, tesi,

audiovisivi

Articoli di riviste

Revisioni sistematiche, studi

clinici

Biomedicina, infermieristica,

odontoiatria, medicina

veterinaria

Infermieristica e scienze affini

Biomedicina, farmaci e

farmacologia

Terapie

Linee Guida per la pratica clinica

NGC - National Guideline Clearinghhouse

• E’ un database di linee guida americane• Tutte hanno un abstract strutturato• Di alcune esiste anche il full text• Una certa quantità *non* si trova in PubMed (non sono pubblicate su riviste)• Navigabili per:

Disease/ConditionTreatment/InterventionOrganization Usare la “detailed search” Altre risorse: NELH's Guidelinesfinder (FT gratuito)Programma Nazionale Linee Guida

Linee Guida per la pratica clinica

Guidelines.gov• E’ un database di linee guida americane• Tutte hanno un abstract strutturato• Di alcune esiste anche il full text• Una certa quantità *non* si trova in PubMed (non sono pubblicate su riviste• Navigabili per:

Disease/ConditionTreatment/InterventionOrganization

Usare la “detailed search”

OVID: manuali online

•In OVID ho la possibilità di accedere a 41 libri in versione elettronica, di cui 22 hanno pertinenza infermieristiche

I cataloghi delle biblioteche Come recuperare la documentazione scientifica selezionata?

Nei cataloghi cartacei e in linea delle biblioteche biomediche trovo principalmente i riferimenti bibliografici a libri, periodici cartacei ed elettronici

Attraverso il sito: <http://www.lsmolinette.unito.it/biblioteca/biblioteca.htm/> accesso a: Catalogo periodici e dei libri della Biblioteca del Rosmini, al Catalogo periodici Biblioteche biomediche Università di Torino (OCAP) e TROVA@unito (per le riviste disponibili in formato elettronico dell‘Ateneo di Torino)

I cataloghi delle biblioteche

Ulteriori strumenti di recupero dell’informazione:CATALOGO ITALIANO DEI PERIODICI (ACNP) <http://acnp.cib.unibo.it/cgi-ser/start/it/cnr/fp.html>LibrinLinea (SBN - Catalogo collettivo delle biblioteche della Regione Piemonte) <http://www.regione.piemonte.it/opac/index.htm>SBN-ONLINE nazionale <http://sbnonline.sbn.it/zgw/homeit.html>

I Periodici elettroniciIl periodico elettronico, in alternativa al formato cartaceo, fornisce il testo completo di un documento (solitamente per leggere a video un articolo è preferibile usare il formato HTML e per la stampa il formato PDF) Strumento utile per reperire i loro siti è la lista alfabetica del PEB (Periodici Elettronici Biomedici) creata da bibliotecari biomedici http://www.aib.it/aib/commiss/cnur/peb/peb.htm3

I Periodici elettroniciPossibilità d’accesso al full-text (testo integrale):Free - es.BMJ (Vedi lista dei periodici elettronici biomedici ad accesso gratuito Free Medical Journal <http://www.freemedicaljournals.com/htm/index.htm>)

A pagamento con licenza o abbonamento* Nella nostra realtà è disponibili la lista:

delle riviste elettroniche biomediche disponibili attraverso licenze con gli editori e della condivisione dei periodici elettronici in abbonamento <http://biblio.med.unito.it/periodici.shtml> [link presente nel sito della Biblioteca del Rosmini alla voce “Riviste online”]

* Per accedere ai FT dei periodici elettronici occorre andare in biblioteca, oppure consultarli dai computer dell’Università e

dell’Azienda Molinette o utilizzare la piattaforma e-learning (accesso

al testo integrale solo di OVID FULL TEXT) o tramite l’ impostazioni del proxy per consultazione Banche Dati

RISORSE INTERNET SELEZIONATE

ELISIR :Electronic Library of International Selected Internet Resources <http://www.lib.unito.it/database/elisir.html> (Catalogo italiano di risorse Internet biomediche, creato da bibliotecari, con copertura anche dei siti infermieristici (70 c.a.), selezionati dalla biblioteca del Rosmini).Queste risorse sono state riversate nel nuovo catalogo di Ateneo PREFERITO