Upload
cut-safira
View
172
Download
2
Embed Size (px)
Citation preview
STRUKTUR GENETIK DAN FILOGENETIK IKAN TUNA
(Thunnus spp.) DI TPI TANJUNG LUAR, LOMBOK
BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA
GEDE SUASTIKA JOKA WIJAYA
DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2013
ii
iii
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Struktur Genetik dan
Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan
Penanda Genetik Mitokondria adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi
mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan
maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan
dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Mei 2013
Gede Suastika Joka Wijaya
NIM C54090011
iv
ABSTRAK
GEDE SUASTIKA JOKA WIJAYA. Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna
(Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan DNA Mitokondria.
Dibimbing oleh HAWIS MADDUPPA dan BEGINER SUBHAN.
Ikan tuna merupakan komoditi perikanan terbesar ketiga di Indonesia
setelah udang dan ikan dasar. Identifikasi tuna cukup sulit karena spesies ini
memiliki hubungan genetik yang erat dan beberapa karakter morfologi telah
hilang atau rusak setelah ikan didaratkan. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi spesies, mengetahui struktur genetik, dan filogenetik ikan tuna
yang terdapat di TPI Tanjung Luar, Lombok. Penelitian ini menggunakan
pengolahan data berbasis PCR (Polymerize Chain Reaction) untuk
mengamplifikasi gen mitokondria control region pada setiap sampel. Sejumlah 43
sampel sirip tuna yang dianalis dan diketahui spesiesnya terdiri dari 34 individu
Thunus albacares dan 9 individu Thunus obesus dengan nilai homologi analisis
BLAST berkisar antara 98-100%. Panjang sekuen yang terbentuk rata-rata 533 bp
dengan 30 basa nukleotida yang berbeda. Pohon filogenetik yang terbentuk
terbagi menjadi dua clade besar dengan jarak genetik berkisar antara 0-0,145.
Clade yang terbentuk memiliki nilai bootstrap dan hubungan yang baik.
Metodologi ini sangat berguna untuk menegakkan peraturan yang mengatur
industri perikanan tuna sirip biru di Indonesia.
Kata kunci: biodiversitas, DNA barcoding , filogenetik, konservasi, tuna
ABSTRACT
GEDE SUASTIKA JOKA WIJAYA. Genetic and Phylogenetic Structure of Tuna
(Thunnus spp.) in TPI Tanjung Luar, Lombok Based on Mitochondrial DNA.
Supervised by HAWIS MADDUPPA and BEGINER SUBHAN.
Tuna is the third largest fishery commodities in Indonesia after shrimp and
demersal fish. Identification of tuna has been difficult because of the close genetic
relationships among these species and the ease with which morphological
characters may be removed once a fish has been landed. This research aims to
identify species, investigate the genetic and phylogenetic structure of tuna that
landed and traded in Tanjung Luar fish market, Lombok. The polymerase chain
reaction was used to amplify segment of the mitochondrial control region gene
from members of these species. 43 samples fins tuna were collected consists of 34
Thunus albacares and 9 Thunus obesus, with homology analysis of BLAST
ranged between 98-100%. The average of sequence was 533 bp and there were 30
nucleotides different. Phylogenetic trees forming two clades, Thunus albacares
and Thunus obesus, with genetic distance ranged from 0 to 0,145. The clades
revealed after bootstrapping generally corresponded well with expectations. This
methodology should prove very useful for enforcing the regulations governing
Indonesia's bluefin tuna fishing industry.
Keywords: biodiversity, conservation, DNA barcoding, phylogenetic, tuna
v
STRUKTUR GENETIK DAN FILOGENETIK IKAN TUNA
(Thunnus spp.) DI TPI TANJUNG LUAR, LOMBOK
BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA
GEDE SUASTIKA JOKA WIJAYA
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Sarjana Ilmu Kelautan
pada
Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan
DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2013
vi
vii
Judul Skripsi : Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di
TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan DNA Mitokondria
Nama : Gede Suastika Joka Wijaya
NIM : C54090011
Disetujui oleh
Diketahui oleh
Dr Ir I Wayan Nurjaya, MSc
Ketua Departemen
Tanggal Lulus: 23 Mei 2013
Dr Hawis Madduppa, SPi MSi
Pembimbing I
Beginer Subhan, SPi MSi
Pembimbing II
viii
PRAKATA
Puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala limpahan karunia,
yang diberikan, sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian yang berjudul
Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok Berdasarkan DNA Mitokondria. Penelitian ini merupakan salah satu syarat untuk untuk memperoleh gelar Sarjana Ilmu Kelautan pada Departemen
Ilmu dan Teknologi Kelautan.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Hawis Madduppa, SPi MSi
dan Bapak Beginer Subhan, SPi MSi selaku komisi pembimbing. Penghargaan
penulis sampaikan kepada Laboratorium Indonesia Biodiversity Research Center
(IBRC) beserta seluruh staff IBRC telah membantu selama pengumpulan data dan
analisis laboratorium. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada orang tua
serta seluruh keluarga atas segala doa dan kasih sayangnya, Made Ayu Pratiwi,
teman-teman Ilmu dan Teknologi Kelautan, Crazier 46, anggota Fisheries Diving
Club (FDC) Diklat 28, teman-teman MSP 46, sahabat Wisma Kosovo, KMHD
IPB, serta semua pihak yang telah mendukung demi terselesaikannya karya ilmiah
ini.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.
Bogor, Juni 2013
Gede Suastika Joka
ix
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL vii
DAFTAR GAMBAR vii
DAFTAR LAMPIRAN vii
PENDAHULUAN 1
Latar Belakang 1
Tujuan Penelitian 2
METODE 2
Waktu dan Lokasi Penelitian 2
Proses Pengambilan Sampel 2
Ekstraksi dan Amplifikasi DNA Mitokondria 3
Elektroforesis 3
Siklus Pengurutan Nukleotida 3
Analisis Data 3
HASIL DAN PEMBAHASAN 4
Hasil Pengurutan Basa Nukleotida dan Identifikasi Spesies 4
Struktur Genetik Tuna 7
Jarak Genetik dan Hubungan Filogenetik 8
Implikasi Manajemen dan Perdagangan Perikanan Tuna 10
KESIMPULAN DAN SARAN 10
Kesimpulan 10
Saran 11
DAFTAR PUSTAKA 11
LAMPIRAN 14
x
DAFTAR TABEL
1. Komposisi basa nukleotida spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok 8
2. Matriks probabilitas substitusi nukleotida spesies tuna 8
3. Matriks jarak genetik spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok 9
DAFTAR GAMBAR
1. Komposisi spesies tuna yang teridentifikasi di TPI Tanjung Luar, Lombok 5
2. T. albacares (atas) dan T. obesus (bawah) (FAO Species Catalogue) 7
3. Pohon filogenetik spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok 10
DAFTAR LAMPIRAN
1. Protokol standar komposisi master mix pada PCR 15
2. Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST 15
3. Hasil pengurutan basa nukleotida spesies tuna 16
4. Matriks jarak genetik antara spesies tuna 25
1
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Ikan tuna merupakan komoditi perikanan terbesar ketiga di Indonesia
setelah udang dan ikan demersal (Habibi et al. 2011). Potensi sumberdaya tuna di
wilayah Samudera Hindia termasuk 200 mil wilayah ZEEI sebesar 216.275
ton/tahun atau 39,4% dari total potensi tuna Indonesia yaitu sebesar 548.387
ton/tahun (Uktolseja et al. 1997). Ikan tuna dari genus Thunnus merupakan jenis
yang menguasai lebih dari 80% komoditas tuna di pasar internasional. Beberapa
spesies tuna dari genus Thunnus yang menjadi komoditas utama adalah tuna
albakora (T. alalunga), tuna mata besar (T. obesus), tuna sirip biru Atlantik (T.
thynnus), tuna sirip biru Pasifik (T. orientalis), tuna sirip biru selatan (T.
maccoyii) dan tuna sirip kuning (T. albacares) (Majkowski 2007; FAO 2010).
Ikan tuna yang termasuk dalam Famili Scombridae dapat diklasifikasikan
dalam 4 genus, yaitu Thunnus, Euthynnus, Katsuwonus, dan Auxis (Majkowski
2007). Ikan tuna dari genus Thunnus memiliki karakteristik eksternal yang
berbeda-beda teksturnya pada tubuh, kepala, mata, sirip dada, sirip ekor, serta
pewarnaan sisipnya (Itano dan Fukofuka 2007). Beberapa spesies ikan tuna seperti
tuna sirip kuning (Thunnus albacares) dan tuna mata besar (Thunnus obesus) pada
ukuran kurang dari 40 cm memiliki kemiripan morfologi yang dapat
menimbulkan kesalahan identifikasi dan salah estimasi hasil tangkapan (Gerasmio
2012). Hal tersebut akan menjadi kendala pada identifikasi dan pemisahan tuna
secara visual, sehingga perlu adanya kajian molekuler dengan menggunakan
teknik DNA Barcoding guna mendukung pengkajian stok dan pengelolaan ikan
tuna.
Teknik DNA barcoding merupakan teknik yang banyak dikembangkan
untuk mengidentifikasi spesies, karena relatif mudah dilakukan dibandingkan
teknik lainnya (Wong dan Hanner 2008). Penggunaan DNA mitokondria banyak
dilakukan untuk identifikasi karena memiliki beberapa kelebihan diantaranya
ialah berevolusi lebih cepat dibandingkan DNA inti, berukuran lebih kecil
dibandingkan DNA inti, terdapat beberapa salinan di dalam sel dan sekuens DNA
mitokondria beberapa organisme perairan telah diketahui spesiesnya (Kyle dan
Wilson 2007). Lokus control region pada DNA mitokondria memiliki tingkat
polimorfisme tinggi dan mempunyai laju mutasi yang lebih cepat dibandingkan
dengan ruas lainnya, sehingga menyebabkan urutan nukleotida control region
sangat bervariasi antar individu (Meadows 2005). Analisis pada daerah control
region dapat digunakan untuk melihat keragaman genetik antar subspesies
ataupun antar populasi.
Struktur genetik pada suatu spesies berbeda dengan spesies lainnya.
Struktur genetik DNA pada suatu organisme dibentuk oleh basa nukleotida DNA
yaitu adenin, guanin, tinin dan sitosin. Pada DNA mitokondria basa adenin dan
tinin memiliki frekuensi yang besar dibandingkan dengan basa lainnya. Penelitian
Chiang et al. (2006), mengemukakan bahwa struktur basa nukleotida tuna mata
besar yaitu, A= 38.2%, T = 27.7%, C= 20.2%, G= 13.9%. Filogenetik merupakan
suatu metode yang digunakan untuk melihat dan memodelkan kedekatan suatu
spesies dengan spesies lainnya. Analisis filogenetik ini digunakan untuk
2
mengkontruksi dengan tepat hubungan antara organisme dan mengestimasi
perbedaan yang terjadi dari satu nenek moyang kepada keturunannya (Li et al.
1999). Penelitian Wijana dan Mahardika (2010), mengkonstruksi pohon
filogenetik spesies tuna sirip kuning dengan nilai bootstrap kurang dari 50% dan
memiliki keragaman genetik yang relatif tinggi serta membentuk nilai bootstrap
sebesar 86 % dengan spesies outgroup tuna mata besar.
Kabupaten Lombok Timur merupakan wilayah yang mempunyai potensi
perikanan tangkap tinggi mencapai 15.683,52 ton pada tahun 2010 (DKP 2011).
Berdasarkan data statistik Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Lombok
Timur (2011), terdapat tiga jenis ikan yang nilai tangkapannya di atas 1000 ton
yaitu, ikan tongkol (2000 ton), ikan cakalang (1666,5 ton), dan ikan tuna (1163
ton) (DKP 2011). Oleh karena itu, penelitian ini difokuskan untuk mengetahui
jenis ikan tuna di Tempat Pelelangan Ikan Tanjung Luar, Lombok melalui metode
identifikasi molekular menggunakan DNA mitokondria.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk: mengidentifikasi spesies ikan tuna;
mengetahui struktur genetik ikan tuna; dan mengetahui hubungan filogenetik tuna
yang didaratkan di TPI Tanjung Luar, Lombok.
METODE
Waktu dan Lokasi Penelitian
Sampel ikan tuna diambil pada bulan Juli 2012 di Tempat Pelelangan Ikan
Tanjung Luar, Lombok. Sampel Ikan tuna disimpan di Laboratorium Indonesian
Biodiversity Research Center. Analisis laboratorium dilaksanakan pada bulan
Januari-Maret 2013 di Laboratorium Indonesian Biodiversity Research Center
(IBRC) Bali dan Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan,
Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, FPIK IPB.
Proses Pengambilan Sampel
Pengambilan sampel dilakukan secara langsung di lokasi penelitian.
Sampel ikan tuna didapatkan dari TPI Tanjung Luar, Lombok. Sampel diambil
dari bagian sirip pektoral (sirip dada) dan disimpan dalam larutan ethanol 96%,
serta diberi label pada masing-masing botol sampelnya.
Ekstraksi dan Amplifikasi DNA Mitokondria
Ekstraksi DNA bertujuan untuk menghancurkan sel dan memisahkan
DNA pada sampel. Ekstraksi DNA ini menggunakan metode chelex (Walsh et al.
1991). Tahap ekstraksi harus dalam keadaan steril untuk mencegah kontaminasi.
Proses amplifikasi DNA menggunakan metode Polymerize Chain
Reaction (PCR) Hotstart yang telah dimodifikasi. Primer yang digunakan yaitu
CRK (5-agc tca gcg cca gag cgc cgg tct tgt aaa-3) dan primer CRE (5-cct gaa
3
gta gga acc aga tg-3) (Lee et al. 1995). Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan mesin PCR (thermo cycler). Pada dasarnya metode dengan mesin
PCR terdiri dari beberapa proses yaitu pemisahan DNA utas ganda (denaturasi)
pada suhu 94 oC selama 5 menit (satu siklus), denaturasi pada suhu 94
oC selama
15 detik, penempelan primer (annealing) pada suhu 50 oC selama 30 detik dan
pemanjangan segmen DNA (extention) pada suhu 72 oC selama 45 detik. Proses
tersebut dilangsungkan sebanyak 38 siklus dan tahap akhir extention pada suhu 72 oC selama 5 menit (satu siklus) (Martnez dan Zardoya 2005).
Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik untuk memisahkan molekul bermuatan,
bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya hasil amplifikasi DNA dalam produk
PCR. Tahap awal elektroforesis adalah pembuatan gel agarosa 1% dengan
pewarna Etidium Bromida (4 L) yang digunakan sebagai media elektroforesis.
Hasil PCR diambil sebanyak 4 L dan dicampurkan dengan loading dye (1
L), kemudian disisipkan dalam sumuran agarosa. Elektroforesis menggunakan
mesin elektroforesis pada tegangan 200 V dan arus 400 mA. Hasil elektroforesis
tersebut dilihat dan difoto pada mesin ultraviolet pada panjang gelombang
ultraviolet 254 nm.
Siklus Pengurutan Nukleotida
Siklus pengurutan nukleotida (DNA Sequencing) adalah metode untuk
menentukan urutan nukleotida yang terdapat dalam DNA. DNA sequencing
menggunakan metode PCR sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan
urutan basa ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan untuk kemudian diamplifikasi
menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi PCR, namun ada
penambahan beberapa pereaksi tertentu. Produk PCR yang posotif teramplifikasi
selanjutnya dibaca urutan nukleotidanya menggunakan DNA sequencer.
Penentuan urutan nukleotida dilakukan di Sequencing Facility UC Berkeley,
California dengan mengirim hasil PCR yang telah dipindahkan dalam plate
pengirimin produk PCR.
Analisis Data
Identifikasi Spesies
Hasil pembacaan urutan basa nukleotida tersebut kemudian diolah
menggunakan program MEGA 5.05 (Molecular Evolutionary Genetic Analysis).
Data tersebut disejajarkan (alignment) menggunakan CustalW pada program
MEGA 5.05 untuk melihat keragaman basa nukleotidanya. Untuk menentukan
spesies dilakukan proses BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) yaitu
membandingkan dengan database sekuen DNA pada genbank yang terhubung
dengan genbank (http://blast.ncbi.nlm.nih.-gov).
Struktur Genetik
Sekuen DNA yang telah analisis dan diketahui spesiesnya kemudian
diolah dengan program MEGA 5.05. Pembuatan model komposisi dan perbedaaan
basa nukleotida spesies tuna menggunakan metode maximum likehihood.
4
Substitusi transisi dan tranversi basa nukleotida dihutung dengan metode model
dua parameter Kimura (1980).
Analisis Filogenetik
Analisis filogenetik merupakan metode untuk mengetahui kekerabatan dan
jarak genetik suatu spesies. Jarak genetik merupakan ukuran perbedaaan genetik
antar populasi karena mutasi, seleksi, persilangan acak dan penghanyutan gen
yang akan menyebabkan terjadinya evolusi. Pembuatan pohon filogenetik pada
penelitian ini menggunakan metode bootstrap neigbor joining tree dengan nilai
bootstrap 100. Jarak genetik spesies dihitung dan dimodelkan menggunakan
model Kimura dua parameter. Data sekuen spesies outgroup yang digunakan
diunduh dari genbank pada website www.ncbi.com.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil Pengurutan Basa Nukleotida dan Identifikasi Spesies
Diperoleh 43 sampel DNA tuna yang dianalisis DNA mitokondrianya dari
TPI Tanjung Luar, Lombok. Hasil identifikasi 43 sekuen DNA terbagi menjadi 34
individu Thunnus albacares (tuna sirip kuning) dan 9 individu Thunnus obesus
(tuna mata besar) (Gambar 1). Tingkat kesamaan (homologi) yang diperoleh dari
analisis BLAST sebesar 98-100%, yang menunjukkan bahwa identifikasi spesies
tuna dari TPI Tanjung Luar, Lombok memliki kesamaan yang tinggi dengan data
pada genbank (Lampiran 3).
Gambar 1. Komposisi spesies tuna yang teridentifikasi di TPI Tanjung Luar,
Lombok
Spesies Thunnus albacares (tuna sirip kuning) lebih banyak yang
teridentifikasi daripada Thunnus obesus (tuna mata besar). Hal tersebut sesuai
dengan penetitian Soraya (2012), yang menyebutkan bahwa Thunnus albacares
merupakan jenis ikan yang produksinya cukup tinggi di Daerah Lombok Timur
selain ikan cakalang dan tongkol abu-abu. Spesies Thunnus obesus bukan
merupakan komoditas perikanan yang biasanya tertangkap di Kabupaten Lombok
Timur sehingga jumlah yang teridentifikasi lebih sedikit. Produksi ikan tuna sirip
kuning di Kabupaten Lombok Timur mengalami peningkatan sebesar 739,10 ton
Tahun 2006 dan Tahun 2010 produksinya mencapai 2.596,80 ton (DKP 2011).
Thunnus albacares
79%
Thunnus obesus21%
5
Thunnus albacares memiliki kedalaman renang rata-rata yang lebih
dangkal daripada Thunnus obesus. Mayoritas jalur ruaya Thunnus albacares,
mengarungi lapisan kolom perairan yang tidak lebih dari 100 m dan relatif jarang
menembus lapisan termoklin. Termoklin adalah suatu lapisan pada perairan di
mana dapat terjadi perubahan suhu secara drastis terhadap kedalaman. Thunnus
albacares di Samudera Hindia menghabiskan 85% waktunya di kedalaman kurang
dari 75 m (Sumadhiharga 2009). Laju tangkap Thunnus obesus di Samudera
Hindia sangat rendah pada kedalaman kurang dari 100 m dan lebih tinggi pada
kedalaman lebih dari 200 m (Mohri dan Nishida 1999). Daerah penangkapan jenis
ikan ukuran besar seperti hiu, cakalang dan tuna, berada di perairan Nusa
Tenggara Barat, perairan Nusa Tenggara Timur dan perairan Sulawesi (Ardi
2002).
Faktor lain yang menyebabkan komposisi jenis Thunnus albacares lebih
banyak daripada Thunnus obesus adalah penggunaan alat tangkap. Jenis alat
tangkap yang digunakan untuk menangkap ikan tuna di Lombok adalah pancing
tonda dan jaring insang (Ardi 2002). Alat tangkap jenis tersebut lebihh sedikit
mencapai kedalaman renang Thunnus obesus, sehingga mengindikasikan ikan
tuna jenis ini sedikit yang tertangkap. Pancing tonda merupakan alat tangkap ikan
yang digunakan untuk menangkap ikan tongkol, tuna dan cakalang. Pancing tonda
terdiri dari seutas tali pancing, mata pancing, dan umpan dan ditarik di belakang
perahu motor atau kapal yang sedang bergerak. Terdiri dari tali utama yang
terbuat dari nilon tunggal dengan panjang 7-60 m (Wiratama 2011).
Jaring insang merupakan alat tangkap jaring yang berbentuk persegi
panjang yang berfungsi untuk menjerat ikan. Salah satu jenis jaring insang yaitu
jaring insang hanyut yang digunakan untuk menangkap ikan-ikan pelagis besar
seperti tuna sirip kuning, cakalang dan tongkol. Jaring insang hanyut adalah jaring
insang yang cara pengoperasiaannya dibiarkan hanyut di perairan, baik itu
dihanyutkan di permukaan perairan, kolom perairan atau dihanyutkan di dasar
perairan (Martasuganda 2008). Ikan tuna merupakan ikan pelagis yang dapat
ditangkap dengan jaring insang yang dihanyutkan pada kolom perairan.
Ikan tuna merupakan ikan perenang cepat yang memiliki kebiasaan untuk
bermigrasi sepanjang hidupnya sehingga dapat ditemukan di beberapa perairan,
bahkan spesies tertentu ditemukan hampir di seluruh perairan dunia. Kebiasaan
ikan tuna untuk bermigrasi didukung oleh sistem metabolisme tuna yang dapat
mengatur jumlah panas yang ada di dalam tubuh untuk mencapai kondisi biologis
yang efektif (FAO 2009). Perairan Indonesia merupakan jalur migrasi ikan tuna
karena terletak di antara Samudera Pasifik dan Hindia sehingga beberapa wilayah
perairan pantai dan laut teritorial di Indonesia memiliki sumberdaya perikanan
tuna yang melimpah.
Tuna sirip kuning merupakan jenis ikan yang berukuran besar dan
memiliki ciri-ciri: badan memanjang, bulat seperti cerutu, panjang tubuhnya
mencapai 195 cm, namun umumnya 50-150 cm, memiliki dua sirip punggung,
sirip depan biasanya pendek dan terpisah dari sirip belakang, pada bagian
punggung berwarna biru kehitaman dan berwarna keputih-putihan pada bagian
perut. Spesies ini termasuk jenis ikan buas, bersifat predator, hidup bergerombol
kecil pada waktu mencari makan (Miazwir 2012). Tuna sirip kuning biasanya
membentuk schooling (gerombolan) di bawah permukaan air pada kedalaman
kurang dari 100 meter (Collette dan Nauen 1983).
6
Tuna mata besar merupakan speseis tuna yang mimiliki mata relatif besar
dibandingkan tuna lainnya, mempunyai lekukan yang dangkal pada pusat celah
sirip ekor. Profil badan seluruh bagian dorsal dan ventral melengkung secara
merata. Ikan tuna mata besar dengan ukuran kurang dari 75 cm (10 kg)
mempunyai sirip dada yang lebih panjang dari pada ikan tuna sirip kuning dari
ukuran ukuran yang sebanding (Itano dan Fukofuka 2007). Spesies tuna mata
besar menyebar pada perairan tropis ke subtropis yang biasanya berada pada
kedalaman hingaa 250 meter (Collette dan Nauen 1983).
Berdasarkan IUCN (2012), Thunnus obesus termasuk dalam kategori
vulnerable (rentan) yang sedang menghadapi risiko kepunahan di alam liar,
sedangkan Thunnus albacares termasuk dalam ketegori near threatened.
Penurunan jumlah populasi tuna dikarenakan penangkapan yang berlebihan
terhadap ikan tersebut. Penangkapan ikan tuna yang berlebihan akan mengurangi
jumlah populasi dari tahun ke tahun. Hal tersebut seharusnya ditanggapi dan
diatasi dengan manajemen penangkapan yang efisien.
Gambar 2. T. albacares (atas) dan T. obesus (bawah) (FAO Species Catalogue)
Struktur Genetik Tuna
Proses aligment menghasilkan urutan nukleotida dengan panjang
bervariasi yaitu rata-rata 533 bp pada spesies Thunnus albacares dan Thunnus
obesus. Hasil analisis komposisi nukleotida DNA mitokondria diperoleh rata-rata
frekuensi basa nukleotida tuna sirip kuning (Thunnus albacares) yaitu A=34,5%;
T/U=29,1%; C=21,5% dan G=14,8%, sedangkan komposisi nukleotida spesies
Thunus obesus yaitu A=34,3%; T/U=28%; C=22,5% dan G=15,2% (Tabel 1).
7
Tabel 1. Komposisi basa nukleotida spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok
Sampel
Komposisi nukleotida
(%) Jumlah
Nukleotida T(U) C A G
Thunnus albacares 29,1 21,5 34,5 14,8 533
Thunnus obesus 28,0 22,5 34,3 15,2 533
Penelitian Wijana dan Mahardika (2010), mendapatkan hasil yang relatif
sama dengan frekuensi basa DNA mitokondria tuna mata besar (Thunnus obesus)
yaitu A=38,7%; T/U=29,2%; C=20,1% dan G=12,0%. Basa adenin dan tinin pada
kedua spesies yang ditemukan di TPI Tanjung Luar Lombok memilki frekuensi
lebih besar dari basa guanin dan sitosin. Penelitian Anggriawan (2008),
mengemukakan hal yang sama yaitu, basa A dan T pada mtDNA memiliki
frekuensi yang sangat tinggi yaitu 88,9%. Berdasarkan hasil analisis rantai DNA,
diperoleh komposisi basa nukleotida spesises Thunus albacares dan Thunus
obesus tidak memililiki perbedaan yang besar.
Tabel 2. Matriks probabilitas substitusi nukleotida spesies tuna
A T C G
A - 1.50* 1.13* 11.97^
T 1.86* - 20.74^ 0.75*
C 1.86* 27.4^ - 0.75*
G 29.42^ 1.50* 1.13* -
Keterangan : ^ Transisi
* Tranversi
Mutasi gen merupakan faktor yang menyebabkan timbulnya
keanekaragaman genetik yang berakibat pada timbulnya keanekaragaman dalam
kehidupan. Dilihat dari sudut penyebabnya, mutasi dikelompokkan menjadi dua
jenis yaitu mutasi spontan dan mutasi terimbas. Mutasi spontan merupakan mutasi
yang terjadi pasa kondisi alami selama proses replikasi, perbaikan, dan
rekombinasi DNA. Mutasi terimbas adalah mutasi yang disebabkan oleh agen-
agen lingkungan spesifik (Sofro 1994). Mutasi substitusi merupakan jenis mutasi
gen dimana basa nukleotida berubah menjadi bentuk basa lain dalam urutan DNA
yang dapat menyebabkan terjadinya evolusi. Mutasi substitusi dibagi ke dalam
dua jenis yaitu transisi dan tranversi. Transisi adalah pengubahan antara A dan G
(purin) atau antara C dan T (pirimidin). Tranversi adalah pengubahan antara purin
dengan pirimidin. Substitusi transisi ditunjukkan oleh angka yang bercetak tebal
sedangkan substitusi tranversi ditunjukkan oleh angka yang bercetak miring.
Mutasi inilah yang menyebabkan variasi genetik pada suatu organisme.
Nilai mutasi substitusi paling tinggi ditemukan pada basa A, diikuti oleh
basa T, C, dan G. Hal ini berkaitan erat dengan frekuensi masing-masing
nukleotida. Semakin tinggi frekuensi nukleotida bersangkutan maka kemungkinan
untuk terjadinya substitusi semakin besar (Wijana dan Mahardika 2010). Mutasi
substitusi transversi lebih kecil dan lebih jarang terjadi dibandingkan substitusi
transisi. Substitusi tranversi yang terjadi antara purin dengan pirimidin akan lebih
sulit daripada substitusi transisi yang terjadi antara purin dengan purin dan
8
pirimidin dengan pirimidin. Hal tersebut dipengaruhi struktur molekul basa
nukleotida antara purin dan pirimidin memiliki struktur molekul yang berbeda
(Wijana dan Mahardika 2010). Oleh karena itu, substitusi transisi akan lebih besar
daripada tranversi.
Substitusi transisi umumnya terjadi selama replikasi DNA karena proses
tautomerisma (penyusunan kembali senyawa keton menjadi aldehida). Pada
peristiwa ini terjadi pergeseran yang menyebabkan bentuk molekul sedikit
berubah. Sedangkan penyebab transversi umumnya berbeda dengan penyebab
transisi karena transversi tidak terjadi selama replikasi DNA melainkan terkait
dengan sistem replikasi DNA yang rentan terhadap kesalahan. Akibat dari mutasi
transisi dan tranversi dapat terjadi mutasi misens atau nonmisens. Pada mutasi
misens, asam amino pada rantai polipeptid yang disintesis digantikan oleh asam
amino lain. Pada mutasi nonmisens, kodon yang menyandi suatu asam amino
berubah menjadi kodon henti sehingga sintesis rantai polipeptid berhenti sebelum
waktunya (Sofro 1994).
Jarak Genetik dan Hubungan Filogenetik
Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan spesies tuna
di Lombok dan spesies tuna outgroup pada genbank. Matriks perbedaan jarak
genetik dari 43 individu tuna dari TPI Tanjung Luar, Lombok dan dua spesies
outgroup dari genbank dapat dilihat pada Tabel 3.
Tabel 3. Matriks jarak genetik spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok
T.albacares T.obesus T.maccoyii T.thymus
T.albacares
T.obesus 0,096
T.maccoyii 0,109 0,105
T.thymus 0,113 0,121 0,083
Matriks jarak genetik pada Tabel 3 menunjukkan bahwa spesies yang
memiliki jarak tejauh yaitu Thunus obesus dan outgroup Thunnus thynus sebesar
0,121. Thunnus obesus memiliki jarak yang sangat dekat dengan Thunnus
albacares yaitu sebesar 0,096. Thunnus obesus memiliki jarak yang lebih dekat
dengan outgroup Thunnus maccoyii sedangkan Thunnus albacares memilki jarak
yang lebih dekat dengan Thunus thymus. Jarak genetik rata-rata secara
keseluruhan sebesar 0,058. Hal ini menunjukkan bahwa pada panjang sekuen 533
bp terdapat 30 basa nukleotida yang berbeda. Jarak genetik gen control region
mitokondria berkisar antara 0-0,145. Penelitian Wijaya dan Mahardika (2010)
menyebutkan hasil serupa, dimana jarak genetik antara Thunnus albacares dan
Thunnus obesus berkisar antara 0,078-0,098.
Pohon filogenetik merupakan suatu metode untuk mngetahui tingkat
evolusi dan kekerabatan suatu spesies. Spesies tuna yang memiliki rantai DNA
yang mirip akan membentuk suatu cabang yang berdekatan dan akan membentuk
satu kelompok yang besar (clade). Hasil analisis pohon filogenetik terbagi
menjadi dua kelas besar yaitu 34 individu Thunus albacares dan 9 individu
Thunnus obesus. Dua spesies tuna diunduh dari genbank diantaranya satu individu
Thunnus thynnus dan Thunnus maccoyii yang digunakan sebagai spesies outgroup
9
(Gambar 4). Spesies outgroup yang digunakan merupakan spesies yang
mempunyai perbedaan rantai DNA yang signifikan tetapi masih terdapat korelasi
taksonomi dengan spesies yang akan diuji. Pohon filogenetik (Gambar 4)
menunjukkan bahwa hasil analisis BLAST sesuai dengan karakteristik cabang
yang dibentuk oleh pohon filogenetik.
Gambar 3. Pohon filogenetik spesies tuna di TPI Tanjung Luar, Lombok
Uji bootstrap merupakan suatu metode yang digunakan untuk menguji
reabilitas pohon filogenetik. Nilai bootstrap terletak pada cabang-cabang pohon
filogenetik. Hasil percabangan Thunnus albacares dan Thunnus obesus
menunjukkan nilai bootstrap 100%. Hal tersebut menunjukkan bahwa posisi
filogentik tersebut telah maksimal dari tidak akan ada percabangan baru di antara
cabang tersebut. Pada percabangan spesies outgroup Thunnus thynnus dan
Thunnus maccoyii juga menunjukkan nilai bootstrap yang besar yaitu sebesar
98%, sehingga terdapat kemungkinan membentuk cabang baru ataupun berpindah
posisinya. Pohon filogenetik yang terbentuk pada clade Thunnus albacares
Clade 1
Clade 2
10
memiliki nilai bootstrap kurang dari 50%, yang menunjukkan bahwa spesies
tersebut memilki keanekaragaman yang tinggi (Wijana dan Mahardika 2010).
Pada clade Thunnus albacares membentuk beberapa kelompok
percabangan yang mengindikasikan bahwa terdapat populasi yang berbeda pada
clade Thunnus albacares. T. albacares IBRC0201035 terlihat berada di luar
percabangan yang mengindikasikan individu ini berasaal dari populasi yang
berbeda dengan yang lainnya. T. albacares IBRC0201024, IBRC0201047,
IBRC0201019 berada pada satu cabang yang sama dan berdekatan, yang
menunnjukkan ketiga individu ini memiliki kekerabatan yang sangat dekat. Pada
clade Thunnus albacares terlihat membentuk beberapa sub kelompok besar yang
menunjukkan bahwa clade ini terdiri dari populasi yang berbeda. T.obesus
IBRC0201016 terlihat berada pada percabangan berbeda pada clade T.obeus yang
menunjukkan individu ini memiliki jarak genetik terjauh dengan yang lainnya.
Panjang suatu cabang yang berbeda-beda antar spesies menunjukkan
perbedaan basa nukleotida dan laju evolusinya. Semakin panjang cabang yang
terbentuk menunjukkan spesies tersebut memiliki perbedaan basa DNA yang lebih
besar daripada spesies lainnya. Sebaliknya, semakin pendek suatu cabang
menunjukkan perbedaan basa nukleotida dan laju evolusi yang lebih sedikit.
Implikasi Manajemen dan Perdagangan Perikanan Tuna
Jenis tuna yang terdapat di Indonesia dan diperdagangkan yaitu Thunnus
tonggol (tongkol abu-abu), Thunnus albacares (tuna sirip kuning), Thunnus
alalunga (tuna albakora), Thunnus obetus (tuna mata besar) dan Thunnus
maccoyii (tuna sirip biru selatan). Terdapat beberapa spesies tuna yang terancam
kepunahan yaitu tuna sirip biru atlantik, tuna sirip biru pasifik dan tuna mata besar
(Collette 2011). Keberadaan spesies tuna yang jumlahnya terancam memerlukan
manajemen penangkapan yang efektif. Manajemen perikanan tuna sebaiknya
mencakup tujuan jangka panjang dalam segi konservasi sehingga kelangsungan
sumberdaya dengan hasil tangkapan yang optimal dapat tercapai. Penggunaan
genetika konservsi dapat dijadikan acuan untuk melestarikan biota tersebut di
alam. Suatu populasi yang memilki keragaman genetik tinggi akan
mengindikasikan populasi tersebut masih belum banyak mengalami gangguan di
alam. Sebaliknya, jika keragaman genetik suatu populasi rendah menunjukkan
populasinya di alam juga rendah (Nugraha 2009).
Teknik DNA barcoding dapat mengidentifikasi secara akurat suatu
organisme sampai tingkat spesies. Sehingga, dapat melindungi hak konsumen
terhadap industri produk olahan yang menggunakan ikan tuna sebagai bahan
bakunya. Pengujian terhadap ikan tuna segar maupun produk olahan tuna dengan
teknik DNA barcoding ini dapat digunakan untuk memperkecil penipuan dan
pemalsuan produk perikanan ternasuk produk olahan tuna maupun tuna segar
(Hadi 2011).
11
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
Hasil analisis genetik mitokondria 43 sampel yang diperoleh dari TPI
Tanjung Luar Lombok terdiri dari 34 individu Thunus albacares dan 9 individu
Thunus obesus yang terbagi menjadi dua clade besar. Tingkat kesamaan analisis
BLAST berkisar antara 98-100%. Panjang rata-rata sekuen DNA yaitu 533 bp.
Komposisi basa nukleotida spesies Thunus albacares dan Thunus obesus tidak
memililiki perbedaan yang besar. Jarak genetik yang terbentuk berkisar antara 0-
0,145. Nilai Bootstrap yang terbentuk pada pohon filogenetik antara Thunnus
albacares dan Thunnus obesus sebesar 100, yang menunjukkan bahwa posisi
filogentik tersebut telah maksimal dan tidak akan ada percabangan baru di antara
cabang tersebut.
Saran
Penanda lokus mitokondria selain control region, sebaiknya digunakan
dalam identifikasi molekuler untuk mendapatkan perbedaan antara spesies yang
memiliki sekuen DNA yang mirip serta perlu dilakukan penelitian mengenai
genetika populasi ikan tuna untuk mengetahui persebaran ikan tuna sehingga
dapat dijadikan referensi dalam penangkapan dan perdagangan ikan tuna.
DAFTAR PUSTAKA
Anggriawan. 2008. Variasi Gen lrRNA Lebah Madu Apis cerana di Lombok,
Sumbawa, dan Flores. [Skripsi]. Bogor (ID). Institut Pertanian Bogor. 21
hal.
Ardi I. 2002. Analisis Sistem Pelabuhan Perikanan di Kabupaten Lombok Timur,
Nusa Tenggara Barat. [Thesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. 95 hal.
Collette BB, CE Nauen.1983. FAO species catalogue. Vol. 2. Scombrids of the
world. An annotated and illustrated catalogue of tunas, mackerels, bonitos
and related species known to date. FAO Fish.Synop. 125(2). Rome (IT) :
Food and Agriculture Organization.
Collette BB, KE Carpenter, BA Polidoro, MJJ Jord, A Boustany, DJ Die, C
Elfes, W Fox, J Graves, LR Harrison, R McManus, CVM Vera, R Nelson V
Restrepo, J Schratwieser, CL Sun, A Amorim, MB Peres, C Canales, G
Cardenas, SK Chang, WC Chiang, NdO Leite, JrH Harwell, R. Lessa, FL
Fredou, HA Oxenford, R Serra, KT Shao, R Sumaila, SP Wang, R Watson,
E Yez. 2011. High Value and Long Life Double Jeopardy for Tunas and
Billfi shes. www.sciencemag.org Science. 333.
[DKP] Dinas Kelautan dan Perikanan. 2011. Sumber daya perikanan dan kelautan
Pulau Lombok. [internet]. (diacu 5 Maret 2012); Tersedia dari:
http://lomboktimurkab.go.id/?pilih=hal&id=51.
12
[DKP NTB] Dinas Kelautan dan Perikanan Nusa Tenggara Barat. 2011. Statistik
Perikanan Tangkap Nusa Tenggara Barat Tahun 2007 2011. Mataram: Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi NTB. Hal 1 92.
[FAO] Food and Agriculture Organization. 2009. FAO yearbook 2007: Fishery
and Aquaculture Statistics. Rome (IT): FAO. 73 pp.
Gerasmio IRP, RP Babaran, MD Santos. 2012. Discrimination of Juvenile
Yellowfin (Thunnus albacares) and Bigeye (T. obesus) Tunas using
Mitochondrial DNA Control Region and Liver Morphology. PLoS ONE
7(4).
Habibi A, D Anyogagautama, Sugiyanta. 2011. Perikanan Tuna-Panduan
Penangkapan dan Penanganan. Jakarta (ID): WWF-Indonesia. 27 hal.
Hadi FR. 2011. Autentikasi Aneka Produk Tuna (Thunnus sp.) dengan Metode
DNA Barcoding. [Thesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. 38 hal.
Itano DG, S Fukofuka. 2007. Handbooks For The Identification Of Yellowfin
And Bigeye Tunas In (1) Fresh, (2) Frozen And (3) Fresh But Less Than
Ideal Condition. Pelagic Fisheries Research Program. Amerika Serikat
(US): University of Hawaii. 27 pp.
[IUCN] International Union for Conservation of Nature. 2012. IUCN Red List of
Threatened Species. Version 2012.2 [internet]. (diacu 9 Mei 2013); tersedia
dari : www.iucnredlist.org.
Kyle CJ, CC Wilson. 2007. Mitochondrial DNA identification of game and
harvested freshwater fish spesies. Forensic Sciece Internasional 166(1): 68-
76.
Lee WJ, J Conroy, WH Howell, TD Kocher. 1994. Structure and Evolution of
Teleost Mitochondrial Control Regions. J Mol E. 41: 54-66.
Li S, Pearl DK, Doss H. 1999. Phylogenetic tree construction using Markov
ChainMonte Carlo.Fred Huntchinson Cancer Research Center Washington.
Fred Hutchinson Cancer Research Center Washington. 29 pp.
Majkowski J. 2007. Global Fishery Resources of Tuna and Tuna-Like Species.
FAO Fisheries Technical Paper. Rome (IT): FAO. 483 : 54 pp.
Martasuganda. 2008. Jaring Insang (Gillnet). Bogor (ID): Institut Pertanian
Bogor. 143 hal.
Meadows, K Li, J Kantanen, M Tapio, W Sipos, V Pardeshi, V Gupta, JH Calvo,
V Whan, B Norris, JW Kijas. 2005. Mitochondrial Sequence Reveals High
Levels of Gene Flow Between Breeds of Domestic Sheep from Asia and
Europe. Journal of Heredity 96(5):494501. Martnez P dan R Zardoya. 2005. Genetic Structure Of Bigeye Tuna (Thunnus
Obesus) In The Atlantic Ocean. Col. Vol. Sci. Pap. ICCAT, 57(1): 195-205.
Miazwir. 2012. Analisis Aspek Biologi Reproduksi Ikan Tuna Sirip Kuning
(Thunnus albacares) yang Tertangkap di Samudera Hindia. [Thesis]. Depok
(ID): Universitas Indonesia. 68 hal.
Mohri M, T Nishida. 1999. Seasonal Changes In Bigeye Tuna Fishing Areas In
Relation To The Oceanographic Parameters In The Indian Ocean. IOTC
Proceedings. 2: 207-220.
Nugraha B. 2009. Studi Tentang Genetika Populasi Ikan Tuna Mata Besar
(Thunus obesus) Hasil Tangkapan Tuna Longline Yang Didaratkan di
Benoa. [Thesis]. Bogor (ID): Institut pertanian bogor. 62 hal.
Sofro ASM. 1994 Keanekaragaman Genetik. Yogyakarta: Andi Offset. 127 hal
13
Soraya. 2012. Optimasi Pengembangan Perikanan Cakalang di Kabupaten
Lombok Timur provinsi Nusa Tenggara Barat. [Thesis]. Bogor (ID): Institut
Pertanian Bogor. 110 hal.
Sumadiharga OK. 2009. Ikan Tuna Pusat Penelitian Oseonegrafi. Jakarta (ID):
Lembaga Ilmu Penelitian Indonesia. 129 hal.
Uktolseja JCB, B Gafa, R Purwasasmita, B Iskandar. 1997. Sumberdaya ikan
Pelagis Besar: Potensi dan Penyebaran Sumberdaya Ikan Laut di Perairan
Indonesia. Jakarta (ID): Departemen Pertanian.
Walsh PS, DA Metzger, R Higuchi. 1991. Chelex-100 as a medium for simple
extraction of DNA for PCR-Based Typing from Forensic Material.
Biotechniques 10: 506-513.
Wijana IMS, IGN Mahardika. 2010. Struktur Genetik Dan Filogeni Tuna Sirip
Kuning (Thunnus albacares) Berdasarkan Sekuen DNA Mitkondria Control
Region Sitokrom Oksidase I Pada Diversitas Zone Biogeografi. Jurnal Bumi
Lestar. 10(2): 270 274. Wiratama. 2011. Kelayakan Ikan Tuna untuk Tujuan Ekspor pada Kegiatan
Penangkapan Menggunakan Pancing Tonda di Sadeng Yogyakarta.
[Thesis]. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor. 85 hal.
Wong EH, RH Hanner. 2008. DNA Barcoding Detects Market Substitution in
NoNorth American Seafood. Food Research International 41(8): 828-837.
14
LAMPIRAN
15
Lampiran 1. Protokol standar komposisi master mix pada PCR
Lampiran 2. Hasil identifikasi spesies menggunakan analisis BLAST
no Kode lokasi spesies max identifikasi
1 IBRC0201016 Lombok Thunnus obesus 98%
2 IBRC0201017 Lombok Thunnus albacares 98%
3 IBRC0201018 Lombok Thunnus obesus 99%
4 IBRC0201019 Lombok Thunnus albacares 98%
5 IBRC0201020 Lombok Thunnus albacares 99%
6 IBRC0201021 Lombok Thunnus albacares 98%
7 IBRC0201022 Lombok Thunnus albacares 98%
8 IBRC0201023 Lombok Thunnus obesus 100%
9 IBRC0201024 Lombok Thunnus albacares 98%
10 IBRC0201025 Lombok Thunnus albacares 98%
11 IBRC0201027 Lombok Thunnus albacares 98%
12 IBRC0201028 Lombok Thunnus albacares 99%
13 IBRC0201029 Lombok Thunnus albacares 98%
14 IBRC0201030 Lombok Thunnus albacares 98%
15 IBRC0201031 Lombok Thunnus albacares 98%
16 IBRC0201032 Lombok Thunnus albacares 98%
17 IBRC0201033 Lombok Thunnus albacares 99%
18 IBRC0201034 Lombok Thunnus albacares 99%
19 IBRC0201035 Lombok Thunnus albacares 98%
20 IBRC0201036 Lombok Thunnus albacares 98%
21 IBRC0201037 Lombok Thunnus albacares 99%
22 IBRC0201038 Lombok Thunnus obesus 98%
23 IBRC0201039 Lombok Thunnus albacares 98%
24 IBRC0201040 Lombok Thunnus albacares 98%
25 IBRC0201041 Lombok Thunnus albacares 99%
26 IBRC0201042 Lombok Thunnus albacares 98%
27 IBRC0201043 Lombok Thunnus obesus 98%
28 IBRC0201044 Lombok Thunnus albacares 98%
29 IBRC0201045 Lombok Thunnus albacares 99%
30 IBRC0201046 Lombok Thunnus albacares 98%
31 IBRC0201047 Lombok Thunnus albacares 98%
32 IBRC0201048 Lombok Thunnus albacares 98%
33 IBRC0201049 Lombok Thunnus obesus 98%
34 IBRC0201050 Lombok Thunnus albacares 98%
35 IBRC0201051 Lombok Thunnus obesus 99%
36 IBRC0201052 Lombok Thunnus albacares 99%
37 IBRC0201053 Lombok Thunnus albacares 99%
(1 l of template) MM1 MM2
ddH20 14.5 5.5 9
10 X PCR Buffer (PE-II) 2.5 1.5 1
dNTPs (8 M) 2.5 2.5 --
MgCl2 (25 mM) 2.0 2.0 --
Primer 1 (10 mM) 1.25 1.25 --
Primer 2 (10 mM) 1.25 1.25 --
PE Amplitaq (5 units/L) 0.125 -- 0.125
Total 24 14 10.125
16
38 IBRC0201054 Lombok Thunnus albacares 98%
39 IBRC0201055 Lombok Thunnus albacares 98%
40 IBRC0201056 Lombok Thunnus obesus 99%
41 IBRC0201057 Lombok Thunnus albacares 99%
42 IBRC0201059 Lombok Thunnus albacares 98%
43 IBRC0201060 Lombok Thunnus obesus 100%
44 HQ630710 Spanyol Thunnus thynnus -
45 HQ630707 Spanyol Thunnus maccoyii -
Lampiran 3. Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) pada spesies tuna
1. Thunnus obesus IBRC0201016 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATTTATATATGGACCATATACAATAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGAGTTACATAAACCATACAAATATATTCCAACATTCAAATTAAGTCAGGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCT
CATTCCTGAAGTCGAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACCTGGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGG
2. Thunnus albacares IBRC0201017
AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCAT
ATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATTTTAACATTCAGCCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAACTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
3. Thunnus obesus IBRC0201018 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGA
GATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGTGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGGACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATTCCAACATTCAAGTTAAGTCAGGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCTCATCCCTAAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
4. Thunnus albacares IBRC0201019
AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATACCTCAATATTCGATCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTC
ATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGG
5. Thunnus albacares IBRC0201020 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATG
TCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAGCCTAAGTCAAG
17
TAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAGCTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCGGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCA
TACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTA
6. Thunnus albacares IBRC0201021 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATACAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAGACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAACCTAAGTCAAG
TAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCACACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGAGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
7. Thunnus albacares IBRC0201022 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATG
CGCACATATTTCAATATGTCTGCGCATGTACATATATGTAATTACACCATATTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAGCCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
8. Thunnus obesus IBRC0201023 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATACTTATATATGCACCATATACAATAATGTTCCAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAACGAAGACTTACATAAACCATACGAATATACTCCAACACTCAAATTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCCCATTCCTGAAATGAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCA
TACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAACAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
9. Thunnus albacares IBRC0201024 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATACCTCAATATTCGATCTAAGTC
AAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
10. Thunnus albacares IBRC0201025 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACATCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATG
CGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAAACTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
18
11. Thunnus albacares IBRC0201027 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGA
TTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATACATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
12. Thunnus albacares IBRC0201028
AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATACAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAGTCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGTCATACCAAGTATCCCC
ATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
13. Thunnus albacares IBRC02010129 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCG
ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATAAAGATATATCTCAATATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATCCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
14. Thunnus albacares IBRC0201030 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATAATCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTACCCCCATCCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
15. Thunnus albacares IBRC0201031
CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAAATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTA
TCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
16. Thunnus albacares IBRC0201032 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCG
ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATGTATATCTTAATATTTAATCTAAGTCAGGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGC
19
ATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTGGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
17. Thunnus albacares IBRC0201033
CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACCCATATATGGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAAGTATATCTTAATATTCAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTA
TCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
18. Thunnus albacares IBRC0201034 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACC
ATATATAATAATGCTTTAGGACATGTATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATCCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAGCACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
19. Thunnus albacares IBRC0201035 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGGTTTACATAAACCATACAGATATATCTCAATATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCACACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACCTGGTGAATTATTCCTGGCAT
CTGGTTCCTACTTCAGG
20. Thunnus albacares IBRC0201036 CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATGTCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCCACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTA
TCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
21. Thunnus albacares IBRC0201037 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCG
ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAAATATATCTTAATATTCAATCTAAGTCGAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAATCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAGCACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
22. Thunnus obesus IBRC0201038 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATTTATATATGAACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTGCTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATCCCAACACTCAAACTAAGTCAA
20
GTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCTATACCAAGTCTCCTCATCCCTGAAATCGAGTAAACTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGC
ATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
23. Thunnus albacares IBRC0201039 GCCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATT
CATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAACTCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAATGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
24. Thunnus albacares IBRC0201040 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGA
GATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATATTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATCCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
25. Thunnus albacares IBRC0201041
TCAGCGCCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAGTCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACC
AAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGG
26. Thunnus albacares IBRC0201042 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCAT
ATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCGAGTAAATTTGAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
27. Thunnus obesus IBRC0201043 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGA
TTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCACACATATTTCAATATGTCTGCGCACAATACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGAACCATATACAATAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACGAATATATTCCAACATTCAGATTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCCCATCCCTGAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAACAATTGTGGGGGTAGCTCTTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
28. Thunnus albacares IBRC0201044
AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCG
21
ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAAATATATCTTAACATTCAACCTAAGTC
AAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAACTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTAACTTCAGGA
29. Thunnus albacares IBRC0201045 CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCA
CCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAATAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAACTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
30. Thunnus albacares IBRC0201046 GAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATTGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAACCTAAGTCGAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAATCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGC
ATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
31. Thunnus albacares IBRC0201047 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTTCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATA
TGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATACCTCAATATTCGATCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
32. Thunnus albacares IBRC0201048 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATG
CGCACATATTTCAATATGTCTGCGCATGTACATATATGTAATTACACCATATTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAGCCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
33. Thunnus obesus IBRC0201049 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGTGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATCCATATATGGACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATTCCAACATTCAAATTAAGTCAAGTAATTAAACGAGACTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCTCATCCCTGAAATCGAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGC
ATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
22
34. Thunnus albacares IBRC0201050 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGA
GATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGGTATATCTCAATATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGGTTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
35. Thunnus obesus IBRC0201051
NGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTGCGCACGTACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGAACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATTCCAACATTCAACCTAAGTCAGGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCT
CATCCCTGAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGAA
36. Thunnus albacares IBRC0201052 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCG
ACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAGGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAGCACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
37. Thunnus albacares IBRC0201053 AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCCACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCGAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
38. Thunnus albacares IBRC0201054
AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAACCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATC
CTCATTCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
39. Thunnus albacares IBRC0201055 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACC
ATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAATATTCAATTTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGTCATACCAAGTATCCCCATTCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCA
23
TACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTC
40. Thunnus obesus IBRC0201056
AGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTGCGCACATATTTCAATATGTCTGCACACGTACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGGACCATATACAGTAATGTTCTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACAGATATATTCCAACATTCAAACTAAACCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTC
CTCATCCCTGAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTT
41. Thunnus albacares IBRC0201057 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACCATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACC
ATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATGTCAACAAACAATGAAGACTTACATAAACCATACATATATATCTTAACATTTAATCTAAGTCAAGTAATTAAACGAGATTTAAGACCTACCATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGCAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTT
42. Thunnus albacares IBRC0201059 AGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTACCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGTTCCACTATGCGCACATATTTCAATATGTCTACGCATGTACATATATGTAATTACACCATACTCATATATCGACCATATATAATAATGCTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAGATATATCTTAACATTCAACCTAAGTCAAGTAATTAGACGAGATTTAAGACCTACCAATAACAACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTATCCTCATTCCTAAAGTCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAGCCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATGATTGTGGGGGTAGCACCTAGTGAATTATTCCTGGCA
TCTGG
43. Thunnus obesus IBRC0201060 CCAGAGCGCCGGTCTTGTAAACCGGACGTCGGAGGTTAAAATCCTCCCTTTTGCTCAAAGAAAGGAGATTTTAACTCCTGCCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAAATTAAACTATTCTTTGCTCCACCGTACGCACATATTTCAATATGTCTGTGCACGTACATATATGTAATTACACCATATCTATATATGGACCATATACAGTAATGTTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTACTAAACCATTCATATATCAACAAACAATGAAGATTTACATAAACCATACAAATATATTCCAACATTCAAGCTAAGTCGGGTGATTAAACGAGATTTAAGACCTACCACAAACACTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTC
TCCTCATCCCTGAAATCAAGTAAATTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATATCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTTAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCTACTTCAGGA
44. Thunnus thynnus HQ630710 Spanyol TGTACATATATGTAATTACACCATATTCATATATAGACCATATATAATAATGTTTTAGGACATATATGTATTAAAACCATTACTAGTATTAAACCATTCATATGCCAATAAATAATGAAGATTTACATAAACCATACAAATAAACCTCAACATTCATCTTGAATTCAGGTGATTAAACGAGATTTAAGACCTA
ACATAAATCTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCTCATCTCTGACATCTCGTAAACTTAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATTTCTTAATGCATACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAACACCTAGTGAATTATTCCTGGCATTGGTTCCTACTTCAGGGCCATAGCTTGGTAACACTCCCCATTCTTTCATCGACGCTTGCATAAGTTATTGGTGGAGTACATGAGATTCATTAAGCCACATGCCGGGCGTTCTCTCTAGGGGGTCAGGTTATTTTTTTCTCTCCTTCCTTTCACTTGACATCTCACAGTGCAAATGCAACAATGATCAACAAGGTAGAACATTTTCTTGCTTGCAGGGTAAATAGTCTGCATGGCTTAATTCCTATTACCTAAATAACCACATAAGAGGATATCACGAGCATAATGATAATATTACCCGTAAAATATCTAAGACACCCCCTCTCGGCTTTTGCGCGTTAAACCCCCCTACCC
CCCTAAACTCGTGATATCATTAACACTCCTGTAAACCCCCCGTAAACAGGAAAATCTCGAGTGGGGTATTTTATGGCCCA
24
45. Thunnus maccoyii HQ630707 Spanyol TGTACATATATGTAATTACACCATATTTATATATCGACCATACATAATAATGCTTTAGGACATAT
ATGTATTAAAACCATTACTAGTATTAAACCATTCATATGTCAACAAACAACGAAGATTTACATAAACCATACAGATAAACTCCAACATTCTCTTAAATTCAAGTAACTAAACGAGATTTAAGACCTAACACAAATCTAAATCGTCTAAGCCATACCAAGTCTCCTCATCCCTGAGGTCTGGTAAATTCAAGCGCAGTAAGAACCTACCATCCAGTCCATTTCTTAATGCACACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAATAATTGTGGGGGTAGCACTCAGTGAATTATTCCTGGCATCTGGTTCCNACTTCAGGGCCATGACTTGGTAACATTCCCCACTCTTTCATCGACGCTTGCATAAGTTGTTGGTGGAGTACATGAAATTCATTAAGCCACATGCCGGGCGTTCTCTNTAGGGGGTCAGGTTATTTTTTTCTCTCCTTCCTTTCATTTGGCATCTCACAGTGCAAATGCAACAATGATCAACAAGGTAGAACATTTTCTTGCTTGCAAGTAAAT
AGTCTGCATGGCTTAATTCCTATTACCTAAATAACCACATAGAGGGATATCACGAGCATAATGATAATATTACCCGTAAAATATCTAAGACTCCCCCTCTCGGCTTTTGCGCGTTAAACCCCCCTACCCCCCTAAACTCGTGATATCATTAACACTCCTGTAAACCCCCCGTAAACAGGAAAATCTCGAGTGGGGTATTTTATGGCCCA
1
Lampiran 5. Matriks jarak genetik antara spesies tuna
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44
IBRC0201017
IBRC0201019 0,030
IBRC0201020 0,021 0,027
IBRC0201021 0,033 0,040 0,037
IBRC0201022 0,018 0,030 0,027 0,040
IBRC0201024 0,030 0,000 0,027 0,040 0,030
IBRC0201025 0,012 0,024 0,021 0,033 0,024 0,024
IBRC0201027 0,021 0,015 0,024 0,037 0,021 0,015 0,015
IBRC0201028 0,027 0,021 0,024 0,043 0,021 0,021 0,027 0,018
IBRC0201029 0,027 0,015 0,024 0,043 0,027 0,015 0,021 0,018 0,024
IBRC0201030 0,030 0,030 0,033 0,046 0,027 0,030 0,024 0,021 0,027 0,027
IBRC0201031 0,015 0,027 0,018 0,027 0,027 0,027 0,009 0,018 0,030 0,024 0,027
IBRC0201032 0,033 0,027 0,043 0,030 0,033 0,027 0,033 0,024 0,037 0,037 0,040 0,033
IBRC0201033 0,030 0,024 0,033 0,043 0,030 0,024 0,024 0,015 0,027 0,027 0,030 0,021 0,024
IBRC0201034 0,030 0,037 0,040 0,027 0,037 0,037 0,030 0,033 0,046 0,033 0,037 0,030 0,027 0,040
IBRC0201035 0,034 0,034 0,037 0,043 0,027 0,034 0,034 0,030 0,043 0,030 0,046 0,030 0,037 0,040 0,040
IBRC0201036 0,021 0,027 0,018 0,030 0,027 0,027 0,021 0,024 0,030 0,024 0,033 0,018 0,037 0,033 0,033 0,030
IBRC0201037 0,030 0,024 0,034 0,043 0,030 0,024 0,024 0,015 0,027 0,027 0,030 0,021 0,030 0,018 0,033 0,034 0,034
IBRC0201039 0,021 0,015 0,030 0,030 0,021 0,015 0,021 0,012 0,024 0,024 0,027 0,024 0,018 0,021 0,027 0,030 0,024 0,021
IBRC0201040 0,018 0,030 0,027 0,033 0,012 0,030 0,018 0,021 0,027 0,021 0,015 0,021 0,033 0,030 0,024 0,034 0,021 0,030 0,021
IBRC0201041 0,027 0,015 0,018 0,037 0,021 0,015 0,027 0,018 0,012 0,024 0,027 0,024 0,030 0,027 0,040 0,037 0,024 0,027 0,018 0,027
IBRC0201042 0,024 0,024 0,015 0,027 0,030 0,024 0,024 0,027 0,034 0,027 0,037 0,021 0,033 0,037 0,030 0,034 0,015 0,037 0,021 0,024 0,021
IBRC0201044 0,018 0,024 0,027 0,030 0,030 0,024 0,012 0,021 0,034 0,027 0,030 0,009 0,030 0,024 0,027 0,040 0,027 0,024 0,021 0,024 0,027 0,024
IBRC0201045 0,027 0,027 0,037 0,024 0,027 0,027 0,027 0,024 0,030 0,037 0,027 0,027 0,018 0,030 0,015 0,043 0,030 0,030 0,018 0,021 0,024 0,027 0,024
IBRC0201046 0,027 0,021 0,030 0,037 0,027 0,021 0,021 0,018 0,030 0,024 0,033 0,024 0,030 0,024 0,033 0,037 0,030 0,015 0,018 0,027 0,024 0,027 0,021 0,030
IBRC0201047 0,030 0,000 0,027 0,040 0,030 0,000 0,024 0,015 0,021 0,015 0,030 0,027 0,027 0,024 0,037 0,034 0,027 0,024 0,015 0,030 0,015 0,024 0,024 0,027 0,021
IBRC0201048 0,015 0,027 0,024 0,037 0,003 0,027 0,021 0,018 0,024 0,024 0,030 0,024 0,030 0,027 0,033 0,024 0,024 0,027 0,018 0,015 0,024 0,027 0,027 0,030 0,024 0,027
IBRC0201050 0,024 0,018 0,027 0,040 0,024 0,018 0,018 0,015 0,027 0,015 0,030 0,021 0,027 0,018 0,037 0,027 0,027 0,024 0,021 0,024 0,027 0,030 0,024 0,033 0,021 0,018 0,021
IBRC0201052 0,021 0,015 0,024 0,030 0,021 0,015 0,015 0,012 0,024 0,018 0,027 0,018 0,024 0,021 0,021 0,024 0,024 0,015 0,012 0,021 0,018 0,021 0,015 0,024 0,012 0,015 0,018 0,015
IBRC0201053 0,018 0,030 0,015 0,033 0,030 0,030 0,018 0,027 0,034 0,027 0,037 0,015 0,040 0,037 0,037 0,034 0,009 0,037 0,027 0,024 0,027 0,012 0,024 0,033 0,034 0,030 0,027 0,030 0,027
IBRC0201054 0,021 0,027 0,030 0,018 0,027 0,027 0,021 0,024 0,037 0,030 0,033 0,021 0,018 0,030 0,009 0,037 0,024 0,030 0,018 0,021 0,030 0,021 0,018 0,006 0,024 0,027 0,024 0,027 0,018 0,027
IBRC0201055 0,024 0,024 0,034 0,040 0,024 0,024 0,024 0,015 0,021 0,027 0,030 0,027 0,027 0,024 0,030 0,034 0,027 0,024 0,015 0,024 0,027 0,030 0,030 0,021 0,027 0,024 0,021 0,024 0,021 0,030 0,021
IBRC0201057 0,024 0,030 0,040 0,027 0,030 0,030 0,024 0,027 0,040 0,040 0,037 0,024 0,021 0,033 0,018 0,040 0,033 0,033 0,021 0,030 0,033 0,030 0,021 0,009 0,033 0,030 0,027 0,037 0,027 0,030 0,009 0,024
IBRC0201059 0,021 0,021 0,024 0,030 0,027 0,021 0,021 0,024 0,030 0,024 0,027 0,024 0,030 0,033 0,021 0,030 0,018 0,027 0,018 0,021 0,024 0,015 0,021 0,024 0,024 0,021 0,024 0,027 0,012 0,021 0,018 0,027 0,027
IBRC0201016 0,079 0,085 0,092 0,089 0,079 0,085 0,085 0,089 0,092 0,092 0,085 0,082 0,078 0,086 0,085 0,079 0,092 0,085 0,082 0,079 0,092 0,082 0,079 0,082 0,089 0,085 0,079 0,089 0,079 0,085 0,082 0,085 0,078 0,072
IBRC0201018 0,086 0,096 0,103 0,096 0,089 0,096 0,092 0,100 0,103 0,096 0,089 0,089 0,099 0,096 0,092 0,089 0,096 0,096 0,092 0,082 0,096 0,092 0,092 0,096 0,092 0,096 0,089 0,100 0,089 0,092 0,096 0,096 0,089 0,082 0,040
IBRC0201023 0,099 0,103 0,110 0,121 0,110 0,103 0,106 0,114 0,110 0,110 0,113 0,103 0,124 0,110 0,117 0,110 0,110 0,103 0,113 0,110 0,117 0,106 0,106 0,113 0,114 0,103 0,110 0,114 0,110 0,099 0,113 0,110 0,106 0,096 0,049 0,059
IBRC0201038 0,092 0,096 0,103 0,103 0,089 0,096 0,092 0,100 0,103 0,096 0,096 0,096 0,106 0,103 0,092 0,096 0,103 0,096 0,092 0,082 0,103 0,092 0,086 0,096 0,092 0,096 0,089 0,100 0,089 0,092 0,096 0,103 0,089 0,089 0,049 0,046 0,059
IBRC0201043 0,089 0,114 0,106 0,110 0,092 0,114 0,103 0,110 0,106 0,106 0,106 0,092 0,121 0,100 0,106 0,099 0,106 0,099 0,110 0,092 0,106 0,110 0,103 0,110 0,110 0,114 0,092 0,110 0,106 0,103 0,110 0,106 0,103 0,106 0,053 0,043 0,049 0,053
IBRC0201049 0,082 0,092 0,100 0,099 0,086 0,092 0,089 0,096 0,100 0,092 0,092 0,092 0,103 0,093 0,089 0,092 0,100 0,092 0,089 0,079 0,100 0,089 0,089 0,092 0,089 0,092 0,086 0,096 0,086 0,089 0,092 0,092 0,085 0,086 0,040 0,024 0,053 0,034 0,043
IBRC0201051 0,089 0,096 0,100 0,092 0,086 0,096 0,096 0,100 0,103 0,092 0,089 0,093 0,100 0,097 0,089 0,086 0,093 0,096 0,092 0,079 0,096 0,089 0,096 0,096 0,089 0,096 0,086 0,096 0,086 0,096 0,092 0,103 0,096 0,079 0,043 0,015 0,062 0,040 0,043 0,030
IBRC0201056 0,089 0,100 0,107 0,099 0,092 0,100 0,096 0,103 0,107 0,099 0,092 0,092 0,110 0,100 0,096 0,092 0,100 0,100 0,096 0,086 0,100 0,096 0,096 0,099 0,096 0,100 0,092 0,103 0,092 0,096 0,099 0,107 0,092 0,086 0,046 0,018 0,059 0,040 0,043 0,024 0,018
IBRC0201060 0,092 0,096 0,103 0,092 0,089 0,096 0,100 0,100 0,103 0,096 0,089 0,089 0,096 0,089 0,089 0,089 0,096 0,082 0,092 0,082 0,096 0,092 0,092 0,092 0,086 0,096 0,089 0,100 0,089 0,100 0,092 0,103 0,092 0,082 0,043 0,024 0,073 0,053 0,049 0,043 0,021 0,030
HQ630707 0,106 0,102 0,102 0,113 0,102 0,102 0,109 0,113 0,120 0,105 0,109 0,106 0,127 0,123 0,109 0,106 0,113 0,116 0,113 0,099 0,106 0,106 0,109 0,116 0,113 0,102 0,102 0,109 0,099 0,113 0,113 0,116 0,116 0,106 0,105 0,098 0,116 0,116 0,112 0,098 0,095 0,095 0,105
HQ630710 0,116 0,109 0,109 0,119 0,105 0,109 0,116 0,119 0,127 0,112 0,116 0,105 0,119 0,120 0,116 0,116 0,116 0,116 0,116 0,102 0,112 0,109 0,102 0,116 0,109 0,109 0,105 0,116 0,112 0,116 0,112 0,119 0,116 0,116 0,112 0,120 0,145 0,123 0,127 0,120 0,116 0,123 0,105 0,083
25
1
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Bali pada tanggal 13 Januari
1991 dari ayah I Wayan Joka dan ibu Ni Made Rentet.
Penulis adalah putra pertama dari tiga bersaudara. Tahun 2009
penulis lulus dari SMA Negeri 1 Denpasar dan pada tahun
yang sama penulis lulus seleksi masuk Institut Pertanian
Bogor (IPB) melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB dan
diterima di Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan.
Selama mengikuti perkuliahan penulis menjadi asisten
mata kuliah Biologi Laut pada Tahun ajaran 2012/2013 dan Asisten
Keanekaragaman Hayati Laut pada tahun ajaran 2012/2013. Penulis aktif sebagai
pengurus HIMITEKA bagian Keilmuan Pengindraan Jauh Kelautan Tahun
2011/2012. Bulan Juli-Agustus 2012 penulis melaksanakan Praktek Kerja Lapang
di Pelabuuhan Perikanan Pantai (PPP) Rembang, Jawa tengah dengan judul
Pendugaan Hasil Tangkapan Lestari Ikan Pelagis Di Perairan Sekitar Tasik
Agung, Rembang, Jawa Tengah
Penulis aktif sebagai anggota Keluarga Mahasiswa Hindu Dharma
(KMHD) IPB Tahun 2009/2010 dan sebgai pengurus bidang Kewirausahaan
KMHD IPB Tahun 2010/2011. Penulis aktif sebagai anggota Fisheries Diving
Club (FDC) IPB Pada Tahun 2009/2010. Penulis mengikuti pendidikan dan
pelatihan selam sertifikasi A1 Tahun 2009/2010 dan sertifikasi A2 Tahun
2011/2012. Penulis aktif menjadi pengurus FDC bagian Pendidikan dan Latihan
periode 2010/2011 dan 2011/2012. Penulis mengikuti Jambore selam II Forum
Penyelam Mahasiswa di Makassar Tahun 2011 dan Jambore selam III Forum
Penyelam Mahasiswa di Bali Tahun 2012. Penulis juga mengikuti Ekspedisi
Zooxanthellae 12 di Daerah Perbatasan Indonesia-Malaysia Desa Temajuk,
Kalimantan Barat pada Tahun 2012.
Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar sarjana pada program
studi Ilmu dan Teknologi Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan,
Institut Pertanian Bogor, penulis menyusun skripsi dengan judul Struktur Genetik dan Filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp.) di TPI Tanjung Luar, Lombok
Berdasarkan DNA Mitokondria.
26