SOP – Demanding and receiving data

Année de travail 2013 version avril 2013 1

Recommandations pour le codage en SNOMED 3.5VF

&

Correspondance avec les codes CERVIBASE 2011 pour les échantillons cervicaux


INDEX

1. Introduction

2. SNOMED 3.5VF

3. Codage des échantillons cervicaux 3.1. Dataset pour les échantillons cervicaux 3.2. Modifications du codage des échantillons cervicaux 3.3. Table de conversion pour les codes lésions CERVIBASE 2011 versus

codes morphologiques SNOMED 3.5VF 3.4. Critères de sélection pour la variable ‘organ’ pour l’extraction des

données cervicales 3.4.1. Pour les utilisateurs SNOMED 3.5VF 3.4.2. Pour les utilisateurs ICD-O-3

3.5. Quelques points d’attention pour le codage des autres variables

3.5.1. ‘Quality of specimen’ 3.5.2. ‘Degree of certainty’ 3.5.3. ‘HPV high risk test result’ en ‘HPV high risk types detected’

4. Codage des données du cancer classique


1 Introduction

Depuis le 2 juin 2010, les compétences du Registre du Cancer sont élargies.

Outre la tâche d’enregistrement et d’analyse des diagnostics de cancer, le

législateur a confié au Registre une mission supplémentaire. Celle-ci consiste

en la collecte des résultats de tests anatomopathologiques dans le cadre de la

détection précoce des cancers du col de l’utérus, du sein et du côlon ainsi qu’en

la création d’un registre cyto-histopathologique central.

Ceci revient à ce que chaque échantillon prélevé à partir de 2011 soit codé et

enregistré, quel que soit le diagnostic. Ainsi, les échantillons négatifs ou

présentant de légères anomalies cellulaires doivent désormais être codés. Les

codes CERVIBASE 2011 ont été créés dans un souci de codage uniforme et de

traitement efficace pour les échantillons du col de l’utérus. Pour diverses

raisons, pour un grand nombre de laboratoires, il est très difficile voire

impossible en pratique de réaliser cet encodage en code CERVIBASE 2011.

Pour répondre à ce problème, nous acceptons aussi les échantillons cervicaux

codés en SNOMED (‘Systematized Nomenclature of Medicine’).

Actuellement, les laboratoires appliquant le système de codage SNOMED

utilisent différentes versions du SNOMED. Cette grande variété de versions du

SNOMED complique malheureusement le traitement des données codées.

Cependant, il est important que tous les laboratoires codent les données d’une

manière uniforme pour réaliser un enregistrement de bonne qualité et fiable.

Pour néanmoins tendre vers un objectif d’uniformité dans le codage, tant pour

les échantillons cervicaux que pour l’enregistrement du cancer classique, nous

aimerions vous donner quelques recommandations. Un respect minutieux de

ces recommandations est un des critères qui sera pris en compte pour

déterminer l’indemnisation que vous recevrez pour la transmission de vos

données.

Nous voudrions attirer votre attention sur le fait qu’il y a un certain nombre de

modifications dans ce document, pour l’année de travail 2013 par rapport à

l’année de travail 2012. Toutes les modifications sont indiquées en jaune.


2 SNOMED 3.5VF

Pour arriver à un codage uniforme, nous tenons à vous informer qu’une

version SNOMED 3.5VF est disponible gratuitement et que vous pourrez en

obtenir une licence gratuite. Via le lien ci-dessous, après inscription et

acceptation des conditions d’utilisation, vous pourrez télécharger cette version

du SNOMED 3.5VF.

http://www.esante.gouv.fr/snomed/snomed/index.php?module=compte&acti

on=inscription1.

Ceci est une version francophone proposée et mise à disposition par les

autorités françaises. Pour parvenir à un codage uniforme, nous recommandons

d’implémenter cette version du SNOMED 3.5VF.

Dans le futur, il est possible que les autorités fédérales belges achètent une

licence officielle du SNOMED-CT et la mettent à disposition gratuitement pour

tous les utilisateurs en Belgique. Ce SNOMED-CT sera en langue anglaise. Dès

que cette version est disponible, nous vous en informerons.

http://www.esante.gouv.fr/snomed/snomed/index.php?module=compte&action=inscription1

http://www.esante.gouv.fr/snomed/snomed/index.php?module=compte&action=inscription1


3 Codage des échantillons cervicaux

3.1 Dataset pour les échantillons cervicaux

Depuis le 1/1/2011, il est demandé d’enregistrer tous les échantillons

cervicaux, quel que soit le diagnostic, selon le dataset ci-dessous. Vous

trouverez plus d’information détaillée sur ce dataset dans notre manuel

“Protocol for an integrated data request of test results from the laboratories of

pathological anatomy”. Ce manuel peut être téléchargé sur notre site internet

http://www.kankerregister.org/ dans la rubrique ‘downloads’. Le nom de ce

téléchargement est ‘BCR protocol for an integrated data request SNOMED-

work year 2013 version april’.

La composition du dataset n’est pas modifiée au regard de l’année de travail

2012.

Si vous souhaitez coder les échantillons cervicaux avec le SNOMED, nous

acceptons seulement les codes de la version 3.5VF du SNOMED pour les

lésions non malignes. Dans la section 3.3. de ce document, vous trouverez une

liste avec les codes que nous recommandons et qui correspondent aux codes

‘lésion’ CERVIBASE 2011.

http://www.kankerregister.org/


Table 1: Dataset pour les résultats des tests de frottis cervicaux et

biopsies, tests HPV inclus.

Field Compulsory Format Comment

or optional 1 National number

(INSZ / NISS) C 11 characters,

text format without space Leading zero's should be conserved !

2 Last name O/C free text field Compulso ry if INSZ/NISS unknown

3 First Name O/C free text field Compulsory if INSZ/NISS unknown

4 Sex C FEMALE

5 Date of birth C yyyymmdd

6 Date of death O yyyymmdd Only if applicable

7 Zip code C free text field

Country code C Code of the legal residence of the person:

9 Specimen number C free text field Should match the specimen number in the protocol.

10 Date specimen was taken C yyyymmdd For more i nformation see below

Requesting hospital Name of the hospital that requests the pathological examination

For more information see below

RIZIV/INAMI number of the demander of the test

13 Quality of the specimen

C SUF+, SUF-, INSU (2012)

SUF, INSU (from 2013 on) Only for pap smears For more information see below

14 Diagnostic procedure HR free text field : P-code may be used

Please provide the significance of your codes in a separate file

15 Organ C free text field : T-code or ICD-O-3 topo code

Range to select: Equivalent for ICDO C52.X, C53.X

free text field : M-code All test results including negative tests, benign and premalignant lesions Please provide the significance of your codes in a separate file

17 Degree of certainty O 1=uncertain 2=differential diagnosis 3=certain

Applies to morphology For more information see below

18 HPV high risk test results

C if HPV test performed

HPV - , HPV+, HPVi For more information see below

HP16,HP18, ,,, free text field

Several answers possible For more information see below Diffe rent HPV types to be entered separated by commas ","

Nomenclature number(s) Several answers possible For more information see below

Different numbers to be entered separated by commas ","

For more information see below

free text field

20 C text format without space

19 HPV high risk types detected

O

C

12

8

In grey the administrative block which is similar for all types of registration

C = compulsory - O= optional - HR : highly recommended

2 characters, text format

Morphology 16

11 O

C 11 numbers text format without space


3.2 Modifications du codage des échantillons cervicaux

Bien que la composition du dataset pour les échantillons cervicaux ne soit pas

modifiée, il y a néanmoins trois importants changements dans le codage des

échantillons cervicaux.

1. Pour les enregistrements de frottis prélevés à partir du 01/01/2013, les

codes ‘SUF+’ en ‘SUF-’ ne seront plus utilisés pour le codage de la qualité

de l’échantillon. Ces deux codes sont fusionnés en un seul code ‘SUF’

qui indique que l’échantillon est de qualité suffisante et qu’un diagnostic

fiable peut dès lors être posé.

2. Pour les échantillons prélevés à partir du 01/01/2013, le code ‘INSU’ sera

accepté comme code morphologie si la qualité de l’échantillon est

insuffisante et qu’aucun diagnostic cytologique fiable ne peut être posé.

3. Si vous réalisez un test HPV sur demande d’un autre laboratoire,

son résultat doit être enregistré et livré aussi bien par votre laboratoire que

par le laboratoire ‘demandeur’. Si vous réalisez de tels tests HPV, vous

devez compléter ‘#NA’ (= not applicable) comme code

morphologie.

Pour plus d’information détaillée à propos du codage et de l’enregistrement

des échantillons cervicaux, le mieux est de consulter notre manuel

“Protocol for an integrated data request of test results from the laboratories

of pathological anatomy”. Ce manuel peut être téléchargé sur notre site web

http://www.kankerregister.org/ dans la rubrique ‘downloads’. Le nom de

ce téléchargement est ‘BCR protocol for an integrated data request

SNOMED - work year 2013 version april’.



3.3 Table de conversion pour les codes lésions CERVIBASE 2011 versus codes morphologiques SNOMED 3.5VF

Dans la table de conversion ci-dessous, vous trouverez les codes lésions

CERVIBASE 2011 pour le codage des lésions non malignes ou des lésions sans

anomalies des échantillons cervicaux, avec, en vis-à-vis les codes

morphologiques correspondants SNOMED 3.5VF. Les lésions tumorales

(tumeurs in situ ou invasives) peuvent être codées comme habituellement.

Il est cependant conseillé ici aussi, pour ces codages, de passer à la version

SNOMED 3.5VF des codes morphologiques.


Table 2: Table de conversion codes lésions CERVIBASE 2011 versus

codes morphologie SNOMED 3.5VF

CERVIBASE2011 SNOMED 3.5VF

Code lésion Signification Code

morphologique

Signification

CYTOLOGIE

NILM Négatif pour les anomalies

cellulaires épithéliales ou

malignité

M-09410 - Aucun indice de néoplasme

- Aucun indice de tumeur

- Pas de néoplasme

- Absence de tumeur

- Absence de néoplasie

ASCU Cellules squameuses atypiques,

de signification indéterminée

M-67014 - Altérations de cellules

pavimenteuses, de signification

indéterminée

- Cellules malpighiennes anormales

d'origine indéterminée

- ASCUS

ASCH Cellules squameuses atypiques,

HSIL ne peut être exclu

M-67019 - Altérations de cellules

pavimenteuses, de signification

indéterminée, probablement

malignes

- Cellules malpighiennes anormales

d'origine indéterminée,

probablement malignes

- ASCUS, malignité probable

LSIL Lésion squameuse intra-

épithéliale de bas grade

M-67016 Lésion intraépithéliale pavimenteuse à

faible potentiel malin

HSIL Lésion squameuse de haut

grade, incl. in situ

M-67017 Lésion intraépithéliale pavimenteuse à

potentiel malin élevé

AGLC Cellules atypiques glandulaires

(origine non déterminée)

M-67034 Atypie des cellules glandulaires, de

signification indéterminée

HISTOLOGIE

ABST Pas de dysplasie, ni de tumeur

(absent)

M-09410 - Aucun indice de néoplasme

- Aucun indice de tumeur

- Pas de néoplasme

- Absence de tumeur

CIN1 Dysplasie légère M-74001 Dysplasie légère

CIN2 Dysplasie modérée M-74002 Dysplasie modérée

CIN3 Dysplasie sévère M-80772 - CIN III, de signification

indéterminée

- CIN III avec dysplasie sévère

- Néoplasie intraépithéliale, grade

III, du col utérin

CGIN Dysplasie glandulaire

endocervicale

M-67034 Atypie des cellules glandulaires, de

signification indéterminée


Pour le codage des lésions au moyen de ce tableau, nous avons quelques

remarques importantes.

1. Dans les codes CERVIBASE 2011, il y a une différence claire entre,

d’une part, les codes spécifiquement utilisés pour les échantillons

cytologiques et d’autre part, ceux uniquement utilisés pour les

échantillons histologiques. Dans les codes SNOMED 3.5VF, cette

distinction est malheureusement absente pour un certain nombre de

codes. Par conséquent, nous devons indiquer cette distinction d’une

autre manière.

Les possibilités sont:

a. La variable ‘diagnostic procedure’: au moyen de cette

variable, vous pouvez indiquer s’il s’agit d’une cytologie ou

d’une histologie. Il n'y a aucune obligation de fournir cette

variable mais il est fortement recommandé de le faire.

b. La variable ‘organ’: pour les échantillons cytologiques, les

codes suivants sont attribués.

Table 3: codes organes pour les échantillons cytologiques

T-EA557 Frottis vaginal

T-EA559 Frottis cervical

T-EA561 Frottis endocervical

L'utilisation de ces codes est fortement conseillée

pour le codage des échantillons cytologiques.

c. Sur base du numéro de protocole : si l’attribution des

numéros de protocole au sein de votre laboratoire permet de

faire la différence entre les échantillons cytologiques et

histologiques, nous souhaiterions en être informé, ainsi que

sur la manière de pouvoir les distinguer.


d. Codes nomenclatures : certains codes nomenclatures sont

spécifiques pour la cytologie et d’autres pour l’histologie.

2. Il est d’une grande importance de coder une lésion aussi

spécifiquement que possible. Par exemple, il est important de faire

la différence entre une lésion squameuse et glandulaire.

3. Pour coder une dysplasie sévère, le code M-80772 doit être utilisé et

non plus le code M-74003.

3.4 Critères de sélection pour la variable ‘Organ’ pour l’extraction des données cervicales

3.4.1 Pour les utilisateurs du SNOMED 3.5VF

Dans la table 4, vous trouverez les codes organe/topographie SNOMED 3.5VF

pertinents pour le col de l’utérus / vagin. Ce sont donc les codes à sélectionner

lors de l’extraction des fichiers du col de l’utérus à partir de votre base de

données. En bref, cela signifie que vous faites une sélection de tous

les codes :

- T-82xxx [à l'exclusion de T-82050 (secrétions vaginales), T-82400

(hymen, hymen intact) T-82410 (caroncules hyménales, caroncules

myrtiformes)]

- T832xx,

- T-EA557, T-EA559, T-EA561 et T-EA563.

La signification et les codes ICD-O-3 correspondants sont indiqués. La

classification ICD-O-3 (International Classification of Diseases for Oncology-

troisième version) est à deux axes et représente un système de codage aussi

bien pour la topographie que la morphologie des tumeurs. Cette classification

a également été mise au point par l’OMS.

Pour le codage de la topographie au moyen de la table 4, nous avons encore

certaines remarques importantes:

1. Pour les échantillons cytologiques cervicaux, le code SNOMED 3.5VF

T-EA563 (frottis cervico-vaginal) est à éviter. Les codes T-


EA559 (frottis cervical) ou T-EA561 (frottis endocervical) sont

préférables.

2. L’organe ou la topographie sont à coder aussi spécifiquement que

possible, en particulier pour les biopsies.

3. Dans le cas d’un examen de suivi du dôme vaginal après une amputation du

col, veuillez utiliser le code le plus spécifique possible, comme par exemple

le code : T-82110 (dôme vaginal, cul de sac vaginal).


Table 4: codes topographie SNOMED 3.5VF pertinents pour le col de

l’utérus /vagin.


3.4.2 Pour les utilisateurs ICD-O-3

Pour l’extraction des échantillons cervicaux, tous les échantillons avec les

codes ICD-O-3 ci-dessous sont à sélectionner (table 5).

Table 5: codes ICD-O-3 pour l’éventail des échantillons cervicaux

CODES ICD-O-3 SIGNIFICATION REMARQUES

C52.9 Vagin, hymen, Canal de Gartner, dôme vaginal, cul de sac vaginal

C53.X Col utérin C57.8 Autres régions spécifiées des

organes génitaux féminins

Evitez ce code. Utilisez de préférence C52.9 ou C53.x

C57.9 Organes génitaux féminins, sans autre indications

Evitez ce code. Utilisez de préférence C52.9 ou C53.x


3.5 Quelques points d’attention pour le codage des autres variables

3.5.1 ‘Quality of specimen’ La variable ‘quality of specimen’ est une variable obligatoire pour les

échantillons de cytologie cervicale. Dans le tableau ci-dessous, vous trouverez

un aperçu des codes CERVIBASE 2011 possibles pour la variable ‘quality of

specimen’. Nous préférons que cette variable soit codée comme variable

séparée avec les codes CERVIBASE 2011. Si vous préférez coder la variable

‘quality of specimen’ avec le SNOMED 3.5VF, veuillez-vous limiter aux deux

codes mentionnés dans la table 6 ci-dessous.

Table 6: Table de conversion codes CERVIBASE 2011 pour le codage de la qualité de l’échantillon versus codes morphologie du SNOMED 3.5VF

CERVIBASE 2011 SNOMED 3.5VF

CODE SIGNIFICATION CODE SIGNIFICATION

SUF Echantillon de qualité suffisante si bien qu’un diagnostic fiable est possible

M-09000 spécimen/échantillon permettant un diagnostic ou une interprétation

INSU Insuffisante (pas d’évaluation et/ou de conclusion fiable possible)

M-09010 - spécimen/échantillon dont la qualité ne permet pas de diagnostic - spécimen/échantillon dont la quantité ne permet pas de diagnostic -spécimen/échantillon impropre à des fins diagnostiques

3.5.2 ‘Degree of certainty’

Nous conseillons de NE PAS CODER CETTE VARIABLE EN SNOMED

3.5VF ! Il n’y a en effet pas de codes SNOMED 3.5VF correspondants pour

compléter la variable demandée d’une manière spécifique et sans ambiguïté.

Cette variable doit être codée avec les codes ci-dessous (table 7).


Table 7: Codes pour le codage du ‘Degree of certainty’

CODES POSSIBLES SIGNIFICATION 1 Incertain 2 Diagnostic différentiel 3 Certain

3.5.3 ‘HPV high risk test result’ et ‘HPV high risk types detected’

Nous conseillons de NE PAS CODER CES VARIABLES EN SNOMED

3.5VF ! Il n’y a en effet pas de codes SNOMED 3.5VF correspondants pour

compléter les variables demandées d’une manière spécifique et sans

ambiguïté. Cette variable ‘HPV high risk test result’ doit être codée comme

variable séparée avec les codes ci-dessous (table 8).

Table 8: Codes pour le codage de ‘HPV high risk test result’

CODES POSSIBLES HPV high risk test result

SIGNIFICATION

HPV- Négatif HPV+ Positif HPVi Pas de conclusion

Si un typage de HPV a lieu, les types détectés doivent être codés comme

variable séparée dans le tableau ci-dessous (table 9). Si plusieurs types sont

détectés, ceux-ci doivent être indiqués dans le même champ de texte, séparés

par une virgule.

Table 9: Codes pour le codage de ‘HPV high risk types detected’

CODES POSSIBLES HPV high risk types detected

SIGNIFICATION

HP16 HPV type 16 détecté HP18 HPV type 18 détecté HPxx HPV type xx détecté HP16,HP18 HPV type 16 et 18 détectés


4 Codage des données de cancer classique

L’ICD-O-3 de l’OMS (International Classification of Diseases for Oncology -

troisième version) est une classification à deux axes et un système de codage

aussi bien pour la topographie que pour la morphologie des tumeurs. Les

codes ICD-O-3 8000/3 à 9999/9 pour la morphologie des tumeurs ont été

repris dans l’axe morphologique du SNOMED (M-80000 à M-99999 + M-

74003, M-74009, M-74413). Nous conseillons fortement aux utilisateurs

SNOMED d’utiliser uniquement la version SNOMED 3.5VF pour le codage de

la morphologie et de la topographie des diagnostics de cancer classique. Vous

trouverez plus de détails sur le dataset pour l’enregistrement des diagnostics

de cancer classique dans notre manuel “Protocol for an integrated data request

of test results from the laboratories of pathological anatomy”.

Ce manuel peut être téléchargé sur notre site internet

http://www.kankerregister.org/ dans la rubrique ‘download’. Le nom de ce

téléchargement est ‘BCR protocol for an integrated data request SNOMED-

work year 2013 version april’.


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SOP – Demanding and receiving data