Separation av kopior i en sekvens innehållande polymorfism med hjälp

av en ARMS-primer

Separation av kopior i en sekvens innehållande polymorfism med hjälp

av en ARMS-primer

Institutionen för växt- och miljövetenskap på Göteborgs universitet jobbar dels med att släktskapsbestämma stora delar av Sydamerikas fauna. Detta genomförs genom att jämföra de genetiska skillnaderna mellan arter/underarter. För att skapa fylogenetiska träd, vilka illustrerar den evolutionära utvecklingen, används främst PCR-metoden och sekvenseringsmetoden.

I sekvenseringskurvan för en del av en individs genom kan polymorfismer uppenbara sig. Detta fenomen uppkommer pågrund utav att det finns tvåvarianter av samma gen i genomet, eller också vid mutationer. Vid sekvensering ”plockas” båda kopior upp i kurvan, dock önskade vi att endast få ut en av dessa sekvenser. Genom att endast plocka upp en kopia av dem kan individens ursprung spåras till en annan individ. På så sätt kan en släktskapsbestämning genomföras.

Här illustreras en polymorfism

- Effektivisering av ny metod genom tillämpning av en mismatch i primer

T G C C T G A

T G C G T G A

(Bilderna illustrerar två resultat vid sekvensering ARMS-primers innehållande mismatch med olika stark Repulsionskraft)

ARMS-primer (Amplification-RefractoryMutation System) är en primer vars komplement till DNA-sekvensen inte är helt korrekt, pågrund av en tillämpad ”mismatch” i primern. Detta för att plocka upp endast en kopia av flera i en mix.

(PCR-maskin)

Idag används en metod kallad kloning för att sära på kopior i en DNA-sekvens. Den är dyr, komplicerad och tidsödande. Vi har arbetat med att utveckla ARMS-primers, vilka ska ersätta kloning. Detta skulle resultera i en effektivare metod, som är billig, snabb och enkel.

- Mismatchen i en ARMS-primerska ha den effekten att primernendast fäster på en av DNA-strängarna och detta genom repulsionskraften som bildas mellan kvävbaserna.

Projektarbete 2009/2010, Sofie Tressing och Josefine Mlakar, Polhemsgymnasiet

För att få fram en del av en organisms genom amplifieras DNA-sekvensen genom PCR-metoden. Vid denna metod används primers, en konstgjord produkt som fungerar som start-och stopenzym, vilket verkar vid celldelning.