des gènes de résistance et des facteurs de virulence. Elle facilite l’analyse de la double dissémination des souches et/ou des gènes de résistance. Elle a été d’un grand apport pour comprendre l’émergence de nouveaux clones de bactéries multi-résistantes en méde- cine humaine, qu’il s’agisse des MRSA, de Neisseria gonorrhoeae ou des entérobactéries productrices de car- bapénémases.

ConclusionL’alerte est lancée, au niveau mondial,pour une mobilisation générale contrela diffusion de bactéries multi-résis- tantes, dont certaines sont déjà ultra- résistantes (XDR: extensively-drug-re-sistant). A chaque acteur ses moyens et ses objectifs: au laboratoire, un diag- nostic de qualité et la production de données fiables; aux cliniciens, une uti- lisation rationnelle des antibiotiques et l’élaboration et le suivi des recomman-dations de prescription; pour tous, prévention et contrôle de l’infection !

IntroductionLa résistance aux antibiotiques est un problème de santé publique mondial. C’est aussi un problème écologique (Ecologie (in Petit Robert): 1 sc. Etude des milieux où vivent les êtres vivants et des rapports de ces êtres avec le milieu. 2 cour. Doctrine visant à un meilleur équilibre entre l’homme et l’environnement).Dans cette perspective, il est illusoire de penser qu’il est possible de lutter contre les résistances aux antibiotiques en médecine humaine en faisant fi de ce qui se passe en médecine vétérinaire et en milieu agricole, ces milieux étant des consommateurs massifs d’antibiotiques. Cette ap-proche holistique (« one health », et on pourrait rajouter « one planet ») est appliquée en Suisse avec la mise en place, depuis 2016, d’une stratégie nationale et glo- bale de lutte contre l’antibioré-sistance (StAR), associant les offices fédéraux de la santé publique (OFSP), de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV), de l’agriculture (OFAG) et de l’environne-ment (OFEV)1.La même stratégie est promue en Europe et par l’OMS, qui se mobilise contre ce fléau par un plan d’action mondial adopté en 2015. Cela nécessite d’importants moyens (financiers, mais aussi scientifiques et organisationnels)et une volonté d’agir au niveau politique.

Les laboratoires de microbiologie sont les fournisseurs des données de base; ils jouent un rôle crucial en isolant

les microorganismes et en testant leur sensibilité aux antibiotiques. Les donnéesde sensibilité sont immédiatement utiles aux cliniciens pour la prise en charge de leurs patients; agrégées, elles constituent la base de l’épidé-miologie locale des résistances aux antibiotiques. Les laboratoires jouent aussi un rôle proactif en alertant précocement sur l’émergence de résistances inhabituelles ou sur des cas groupés d’infections à germes multi-résistants. D’un point de vue méthodologique, il faut souligner le rôle majeur, à l’échelon européen, de l’European Committee on Anti- microbial Susceptibility Testing (EU-CAST)2 qui a permis, dès 2011, une standardisation des techniques de laboratoire en Europe, facilitant ainsi le diagnostic des résistances et les com-paraisons inter-laboratoires. En Suisse depuis 2004, le centre suisse pour le contrôle de l’antibiorésistance an- resis.ch, recueille les données sur la sensibilité aux antibiotiques des labo- ratoires nationaux en médecine hu-maine et vétérinaire3. De plus, l’année 2017 a vu la création d’un laboratoirenational de référence pour la détec-tion précoce et la surveillance de la résistance aux antibiotiques (le NARA).Grâce aux récents outils d’analyse moléculaire, dont le séquençage rapide des génomes bactériens, l’épi- démiologie moléculaire s’est considé-rablement développée. Elle permet la caractérisation des clones bactériens, l’étude de leur épidémiologie et de leur phylogénie, tout comme l’étude

Sensibilité des bactéries aux antibiotiques (année 2016)

Nous vous présentons les données de sensibilité aux antibiotiques des principales bactéries pathogènes isolées de prélèvements cliniques durant l’année 2016 dans les laboratoires Medisupport de Suisse romande. Les doublons ont été exclus des statistiques. Les données chiffrées sont présentées en différenciant les bactéries à Gram négatif des bactéries à Gram positif.

Aurigen - BBV - Dianalabs - Dianalabs romandie - Dianalabs Valais - Dianapath - Fertas Genesupport - Polyanalytic - Proxilab

12 / 2017

Figure: Antibiogramme d’une souche d’Escherichia coli multi-résistante. Cette souche, isolée au laboratoire Dianalabs, présente, entre autres résistances, une carbapénémase de type VIM-1 et une résistance plasmidique à la colistine de type MCR-16. Elle n’est sensible qu’à la fosfomycine, les furanes, l’amikacine et la tigecycline.

Bactéries à Gram négatifEntérobactériesEscherichia coli est le microorganisme le plus fréquemment isolé dans les infections urinaires et les bactériémies. Il demeure très sensible à la fosfomy- cine et aux furanes (> 90% de sen-sibilité, données Medisupport), anti- biotiques recommandés en 1ère in-tention dans le traitement des infections urinaires basses non com-pliquées. La résistance des entéro- bactries aux céphalosporines de 3ème et 4ème générations est principale-ment due aux Béta-Lactamases à Spectre Elargi (BLSE), la résistance liée à une hyperproduction de cépha-losporinase (AmpC) ou d’autres mé-canismes étant plus rare. Bien que le taux de résistance aux céphalos-porines de 3ème génération reste bas en Suisse (≤10%, données Anresis), en comparaison avec d’autres pays limitrophes4, il est en augmentation y compris en milieu communautaire. Des études en milieu animal montrent une prévalence élevée de souches productrices de BLSE en Suisse (volailles: E.coli producteurs de BLSE dans plus de 70% des spécimens), à l’image de ce qui est décrit dans d’autres pays européens.

La nouveauté de ces dernières années est l’apparition des Entéro-bactéries Productrices de Carbapé-némases (EPC ou ECP pour l’acro-nyme anglophone). Méconnues il y a encore une dizaine d’années, elles sont aujourd’hui décrites sur l’ensemble des continents et sont même en-démiques dans certains pays (p.ex. Italie, Grèce, Bulgarie, Israël), ce qui démontre leur fort potentiel de dissé-mination. Il est donc nécessaire d’agir tôt, dès leur isolement chez un pa-tient, afin d’éviter les transmissions secondaires. En Suisse, depuis 2016,les laboratoires et les médecins sont tenus de déclarer tous les isolements d’EPC.

Il s’agit de la première déclaration obligatoire en Suisse ayant pour ob-jet un phénomène de résistance aux antibiotiques (hors mycobactéries). Si, à ce jour, la prévalence en Suisse reste faible, l’épidémiologie au niveau national démontre une augmenta-tion des cas d’ECP entre 2013 (n=72) et 2015 (n=130), avec une prédomi-nance des carbapénémases de type OXA-48 (48 %) en 2015. En 2016, 3 souches d’ECP ont été détectées dans nos laboratoires en médecine de ville : 2 E.coli producteurs respectivement d’OXA-48 et de KPC et 1 K.pneu-moniae productrice de NDM-5. Si la notion d’hospitalisation à l’étranger dans des zones endémiques est un facteur de risque majeur d’acquisition d’ECP, il faut savoir qu’une circulation autochtone existe.

Certaines souches d’ECP sont ultra- résistantes et seuls quelques anti-biotiques restent actifs, comme la colistine, antibiotique de dernier recours pour le traitement d’infec-tions invasives.Mais en novembre 2015, un nouveau mécanisme de résistance à la colistine, de type plasmidique avec un fort potentiel de dissémination (gène mcr), a été rapporté en Chine5. En Suisse, 1 souche d’ECP résistante à la colis-tine (gène mcr), isolée au laboratoire Dianalabs, a été décrite quelques mois après6, faisant craindre une prévalence élevée de cette résistance dont le réservoir est animal et environnemen- tal. En 2016, des études de préva- lence chez des souches d’origine humaine et chez des élevages de porcs et de bovins en Suisse ont heu-reusement montré un très faible taux de cette résistance7,8.

Neisseria gonorrhoeaeCes 10 dernières années, l’incidence des infections à N.gonorrhoeae a plus que doublé en Suisse.La résistance aux fluoroquinolones

dépasse 50% (62%, données Medi- support) et des souches résistantes au céfixime, céphalosporine orale de 3ème génération, sont désormais décrites.En revanche, aucune souche résistante à la ceftriaxone n’a été isolée dans nos laboratoires, résultats comparables à ceux trouvés à Zürich où la résistance à la ceftriaxone demeure exception-nelle9. L’étude moléculaire des souches de N.gonorrhoeae en Suisse révèle la circulation de différents clones de répartition mondiale dont certains (p.ex. G1407) ont un potentiel d’évo-lution vers la pan-résistance9.En Europe, les données du pro-gramme de surveillance Euro_GASP montrent une stabilisation (bonne nouvelle !) des niveaux de résistance au céfixime, la rareté de la résistance à la ceftriaxone et l’émergence de la résistance à l’azithromycine10. Selon les guidelines européennes et amé-ricaines, la bithérapie ceftriaxone / azithromycine est désormais devenue le traitement standard dans de nom-breux pays. Rappel: Pour établir les données de sensibilité aux anti-biotiques de N.gonorrhoeae, il est nécessaire d’isoler la souche ; aussi il est recommandé, quand la situation clinique le permet, de demander la recherche de N. gonorrhoeae par culture et pas seulement par PCR.

Campylobacter spp.Plus de 50% des souches de C.je-juni isolées sont résistantes aux fluoroquinolones; ce taux dépasse les 70% pour C. coli. L’augmentation préoccupante des résistances chez les Campylobacters en médecine hu-maine, particulièrement vis-à-vis desfluoroquinolones, a conduit à la mise en place de surveillances dans les filières animales de plusieurs pays. En Suisse, le taux de résistance aux fluoroquinolones chez le poulet est passé de 15% en 2006 à 46% en 20148. Le rapport 2016 du centre européen de prévention et de contrôle

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des maladies4 met en évidence de hautes à très hautes proportions d’isolats résistants aux fluoroquino- lones contrairement aux résistances aux macrolides qui restent basses à modérées, résultats corroborés par nos données. A noter que les salmonelles, autres germes entéropathogènes, pré- sentent un taux moindre de résis-tance aux fluoroquinolones (20%, données Medisupport).

Bactéries à Gram positifStaphylococcus aureusMRSALa résistance à l’oxacilline (ou méti-cilline) concerne 6% des souches iso-lées en 2016 (données Medisupport). Ces souches de MRSA sont davantage résistantes aux macrolides et aux fluoroquinolones que les souches sensibles à l’oxacilline. Le cotrimo- xazole conserve une excellente ac-tivité sur S. aureus (MSSA et MRSA) (97% de souches sensibles, données Medisupport). Parmi les MRSA iso-lés au laboratoire en 2016, 30% sont d’acquisition communautaire. Ces rares souches communautaires, mises en évidence dans différents cantons romands, sont le plus souvent à l‘origine d’infections cutanéo- muqueuses superficielles. Dans le canton de Genève, une attention particulière leur est accordée; des recommandations pour la prise en charge des patients sont disponibles sur le site de la Direction Générale de la Santé11. En Suisse, depuis leur 1ère des-cription en 200412, aucun phénomène épidémique majeur n’a été décrit et leur isolement reste heureusementsporadique. En milieu hospitalier, en Suisse comme dans d’autres pays d’Europe et d’Amérique du Nord, l’incidence des MRSA diminue ces dernières années13,14.Coté MRSA, les nouveautés viennent du monde animal: 1) des souches de MRSA d’origine ani- male (« Livestock-Associated » MRSA = LA-MRSA), en particulier d’élevages

d’animaux de rente, sont à l’origine d’infections humaines. Il s’agit de nouveaux clones de MRSA et les personnes en lien avec les animaux y sont particulièrement exposées (éleveurs, vétérinaires, personnel des abattoirs). Chez les animaux (élevages ou de compagnie), ces souches sont associées le plus souvent à une colo-nisation asymptomatique. Aux Pays-Bas, 20% des infections humaines à MRSA sont dues à un clone MRSA d’origine animale15; 2) un nouveau variant du gène de résistance à la méticilline, le gène mecC, a été identifié chez des souches de MRSA d’origine bovine et pouvant être à l’origine d’infections humaines. Pour les microbiologistes, l’émergence de ce nouveau gène de résistance a fait l’objet de recommandations tech-niques en raison de sa non-détection par certaines méthodes de labo- ratoire15.

Entérocoques résistantsà la vancomycine (VRE)En 2016, un seul cas de VRE, un E. faecium de type Van A (haut niveau de résistance aux glycopeptides), a été diagnostiqué dans nos laboratoires. Il s’agissait d’un cas isolé, sans trans- mission secondaire, chez un patient séjournant en EMS. En Suisse, les VRE n’ont longtemps représenté que des isolements sporadiques. Plusieurs épi-démies à VRE ont cependant frappé les hôpitaux suisses (Payerne, Lau-sanne, Zürich) ces dernières années, nécessitant des mesures de contrôle importantes16.

Streptococcus pneumoniaeNos données 2016, essentiellement des souches non-invasives, montrent une sensibilité diminuée aux amino-pénicillines de 10% (bas niveau de résistance exclusivement) et l’absence de souches résistantes à la ceftria- xone, tout comme à la lévofloxacine. Depuis 2004, l’augmentation con- tinue de la résistance du pneu-

mocoque aux antibiotiques (bé-talactamines, macrolides, fluoro- quinolones) est maitrisée et une inversion de la courbe des résis- tances est observée, en Suisse comme dans de nombreux autres pays européens17,18.La vaccination a permis directement (au sein de la population vaccinée) et indirectement (chez le reste de la population) la diminution des infec- tions invasives, en particulier des méningites19. Elle a aussi modifié l’épi- démiologie des sérotypes de pneumo-coques en circulation. Les sérotypes vaccinaux, dont certains étaient peu sensibles aux bétalatamines, dimi- nuent significativement17.

Géraldine Jost, Nadia LiassineLaboratoire Dianalabs,membre du réseau Medisupport

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Littérature

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Suisse romande Gram positif

Sensibilité (%) des bactéries aux antibiotiques (année 2016)

Suisse romande Gram négatif

Sensibilité (%) des bactéries aux antibiotiques (année 2016)