Upload
others
View
14
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Status – spredning av virussjukdommer
Peder A. Jansen
Vil snakke om:
n Datan Sykdommer/smitte
● ILA/ILAV● PD/SAV
n Konklusjoner og fremtidige muligheter
Data fisk
n Havbruksregisteret● geo-referanser● eierskap/konsesjoner
nHavbruksdata● Bestander av
oppdrettslaks knyttet til lokalitet 2003-
Sjølokaliteterfor laksefisk
Havbruksdata: laks og regnbueørret i sjø
Trend: mer fisk på færre lokaliteter
+ Enestående tidsserie data+ Avgjørende å vite hvor det står fisk
til enhver tid- Flytting av fisk er vanskelig å spore
03 04 05 06 07 08 09 10
# fis
h ho
ldin
g si
tes
500
600
700
03 04 05 06 07 08 09 10
# fis
h (1
06 )
150
200
250
300
350
400
Year03 04 05 06 07 08 09 10
Biom
ass
(tonn
es5 )
3
4
5
6
7
Data sykdom
nPrøvejournal systemet VI:● sykdomsdiagnoser knyttet
til lokalitet og tid
nVI referanselaboratorium for fiskesykdommer ->
● dekker alt for meldepliktige sykdommer som ILA og etter hvert PD
Data opparbeidet med GIS: sjøavstander
ILA:Horisontal smittespredning vs. vertikal smittespredning?
nHorisontal smitte● passiv drift i vann● smittekontakt
driftsopperasjoner● brønnbåter
Øsmittebekjempelse ved utslakting av syk/smittet fisk
nVertikal smitte● stamfisk● smolt
Øscreening for smittestoff
0
20
40
60
80
100
1984 1986 1988 1990 1992 1994 1996 1998 2000 2002 2004 2006 2008
Year
Num
ber
of IS
A o
utbr
eaks
0
100
200
300
400
500
600
700
800
Salm
onid
pro
duct
ion
(100
0 to
nnes
)
Kyst.no 10.06.05
n ” landets fremste ekspert på Infeksiøs lakseanemi går kraftig ut mot statens måte å håndtere denne sykdommen på.”
n ” påvist at ILA ikke smitter horisontalt. Det vil si at det ikke er smittefare mellom anleggene.”
n ”Derfor må regelverket endres.”
Enlarged area
Enlarged area
•ILA-utbrudd fordeltlangs det meste avkysten
Fordeling av ILA-utbrudd
Tendens til klumping av utbrudd?
Modell for spredning av ILA i norsklakseoppdrett (2002-2005)
Antar at et gitt ILA-utbruddble infisert fra:
● infiserte nabolokaliteter
● driftskontakt med infiserte lokaliteter
● ukjente kildernModellerer smitteintensitet fra gitte variable for alle lokaliteter samtidignBeregner effekter ut fra forholdet mellom smittet lokalitet og øvrige i alle smittetidspunkt
Andel av total risiko for ILA utbrudd
nLiten avstand og lokale kontaktnettverk forklarer omtrent 30% av utbruddene
● horisontal smitte
n70% av utbruddene smittet fra ukjente kilder
ØDe fleste utbruddene isolert I tid og rom ØMen, også mindre ansamlinger av utbrudd som tyder på lokal smittespredning
Kyst.no 07.03.07
n ”Kritisk til analysen”n ”Dette studiet er i likhet med tidligere studier mer
eller mindre ubrukelig.” n ”Man har ikke gått inn på analyser av ILA-virus fra de
enkelte utbrudd.”n ”Studiet sier med andre ord svært lite om spredning
av ILA virus, men også lite om hvilke faktorer som kan utløse ILA i en smittet populasjon. På denne bakgrunn føyer dette studiet seg inn i en rekke av tilsvarende studier som ikke er særlig informative.”
Genotyping
Gruppering ILAV segment 6
G1
G3
G2
Resultater ILA utbrudd 2003 – 2005Lyngstad et al. (2007)
Par av ILA lokaliteter med mulig smittekontakt:
-nærhet-drift-smoltopphav
0.160.0110.002P
4.82.02.8Expected S
757Observed S
1257N
Summary statistics binomial test
FG3, G13200305 – 200303
FG1, G25200306 - 200302
SSG1&G3, G14200403 - 200306
SG3, G37200404 - 200305
SG3, G31200405 - 200404
SG1, G18200408 - 200403
FG2, G39200409 - 200305
FG1, G33200410 - 200406
SG3, G33200412 - 200405
FG2, G3<1200415 - 200414
SSSG2, G23200502 - 200415
SSSG2, G21200503 - 200502
SG2, G21200504 - 200502
SSG2, G2<1200504 - 200503
SSG1, G11200505 - 200501
SG1, G111200507 - 200407
SG3, G39200509 - 200412
Smolt SupplierContactProximityGenogroup
Months apart
Matched Outbreaks
Konklusjoner
n Lokal smittespredning ● horisontal smitte
n Ikke grunnlag for å hevde at deling av smoltopphav er av betydning
ILA 2007 – 2009
Prosjekt ILA sporing
ResultaterAstafjorden
n 17 ILA utbrudd
n ILAV påvist på 9 av 19 risiko-lokaliteter
n Antatt lavvirulent HPR0 virus på 7 av disse
Slektskapsvariabel (Avhengig variabel)
n Binær variabel (1/0) er konstruert på grunnlag av genetisk avstand He genet, og gyldig HPR delesjon
He genet
Analyse - Logistisk regresjon
n Assosiasjon mellom slektskap og forklaringsvariablene ble analysert ved hjelp av en logistisk regresjons modell:
pi ~ sannsynlighet for likhetβ0 ~ konstantleddβj ~ stigningstall Xij ~ forklaringsvariabel
( ) ijj
ji Xp ⋅+= ∑ββ0logit
Univariat analyse
Risikofaktorer (Forklarings-
variabler)Nivå
Ulike n=571
Liken=209
p –verdi AIC
Sjøavstand (km) Gjennomsnitt 403 26 <0.001 448
(5%, 95%) (20, 844) (5, 52)
σ 291 15
Dager mellom postitive prøver
Gjennomsnitt 229 260 0.05 907
(5%, 95%) (9, 542) (7, 678)
σ 191 199
Deler driftsoperasjoner
0 228 45 <0.001 802*
1 282 148
Deler settefiskleverandør
0 463 146 <0.001 805*
1 47 47
Sensitivitet for slektskapskriteriet
Hva med alle utbrudd (>50%) av ILA som ikke kan forklares med lokal smitte?
ILAV HE- & F- genet2007-2009
ILAV HPR0 svært utbredt i sjøOgså utbredt i ferskvannStørre genetisk variasjon enn HPR
a
Ct-values
10 15 20 25 30 35 40
Sam
ples
(#)
0
10
20
30
40
50
c
Ct-values
10 15 20 25 30 35 40
Sam
ples
(#)
0
10
20
30
40
50
Gill samplesKidney samplesOrgan mix samplesHeart samples
b
Ct-values
10 15 20 25 30 35 40
Sam
ples
(#)
0
10
20
30
40
50
Ct – verdier for ILA-lokaliteter (a) risikolokaliteter med virulente stammer ILAV (b) og risikolokaliteter med HPR0 ILAV(c).
•HPR0 subtype høyere verdier => mindre virulent
Konklusjoner ILA
n ILA sprer seg lokalt mellom lokalitetern Lavvirulent HPR0 ILAV svært utbredtn HPR0 ILAV kan mutere til høy-virulent HPR ILAV.
Fører til sykdomsutbrudd og potensielt videre lokal spredning.● HPR0 => HPR sannsynligvis sjeldne hendelser
Vertikal smittespredning?n ILAV også utbredt i settefiskn Slektskap mellom chilensk og norsk ILAV
PD - SAV
Analysert med variabel: Smittepress
n Utarbeidet ulike varianter:● For xi:§ 1§ antall fisk§ biomasse
● For sjøavstand:§ avstand§ avstand kvadrert
a1
a3
a2
∑=i
i
)sjøavstandxssmittepres
f(
Sannsynlighet for PD utbrudd i fiskeutsett
nBeste scenario● ikke høstsmolt● ikke PD i andre lokaliteter
innen samme konsesjon
nVerste scenario● høstsmolt● PD innen samme
konsesjon (kontaktsmitte?)
Lokaliteter i Florø-områdetStudie periode: 2005 – Juli 2008Utbrudd av PD i 13 fiskeutsett
2x
Mål: n Bidrar strømmodeller
til å forklare spredning av PD?
To steg:1. Utvikling av
strømmodell for området (ROMS)
2. Integrere strømmodellen inn i en modell for spredning av PD
Dag 3 0:00
Spredning fra Kvitskjer
Hesteneset
Klavelandet
Øyasundet Sveholmane
Ålvora
Veidesund
Oddane
Vågsøya
Marøytåa
Austneståa
Skorva
Storevik Kvitskjer
Konturlinje for konsentrasjoner på 0.2 ml/l
80 120 160 200
160
200
240
280
1 dag2 dager3 dager
0
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
5x 10
-3
24 48 72 96 120 144 1680
0.2
0.4
0.6
0.8
1
Spredning fra Kvitskjer
Kon
sent
rasj
on (m
l/l)
Timer
StorevikAustneståa
Estimering av vannkontakt, P, fra lokalitet itil lokalitet j
24 48 72 96 120 144 1680
0.2
0.4
0.6
0.8
1K
onse
ntra
sjon
(ml/l
)
Timer
TA
P = C1 + C2 ln (T/A)
Nettverk som representerer vannkontakt mellom alle lokaliteter i området
site i
site
j
Forklaringskraft, passiv drift
André Staalstrøm, NIVA
Konklusjon:Vannstrøm forklarer
spredning av PD bedre enn fysiske avstander => smitte ved passiv drift av smittestoff
Konklusjoner og fremtidige muligheter
n Våre studier peker på avstand til smitte som viktig risikofaktor● passiv drift med mer.
n Fremover vil vi se utviklingen av simuleringsmodeller som kan teste effekten av tiltak på hyppighet av sykdomsutbrudd eller forekomst av lakselus● sonebrakklegging● vaksinebeskyttelse
n Jo bedre data jo bedre modeller. Her har norsk lakseoppdrett et stort konkurransefortrinn!
Takk for oppmerksomheten!