25. Yıl Etkinliği

www.btec.metu.edu.tr

Etkinlik ProgramıKayıt Açılıș Konușmaları

Panel 1 – ODTÜ Biyoteknoloji EABD’de 25 Yıl

Horizon 2020 Biyoteknoloji 2015 Çağrıları

Panel 2 – Türkiye’de Biyoteknolojinin Gelișmesine Doktora Mezunlarımızın Katkısı

Panel 3 – Türkiye’de Biyoteknolojinin Gelișmesine ÖYP Mezunlarımızın Katkısı

Kapanıș Kokteyli

ODTÜ Biyoteknoloji

14 Kasım 2014Kültür Kongre Merkezi09:00-16:30

POSTER LİSTESİ

1. Polietilen Glikol Kaplı Manyetik Nanoparçacıkların Sentezi, Karakterizasyonu ve Anti-

Kanser İlaç Taşınmasında Kullanımı

Murat Erdem, Serap Yalçın, Ufuk Gündüz

2. Anti-kanser İlacı Gemsitabin’in Taşınmasında Kitosan Kaplı Manyetik

Nanoparçacıkların Kullanılması

Maryam Parsian, Gözde Ünsoy, Pelin Mutlu , Serap Yalçın, Negar Taghavi Pourianazar,

Ufuk Gündüz

3. İlaç Hedeflemesinde Gemsitabin Yüklü PAMAM Dendrimer Kaplı Manyetik

Nanoparçacıkların Kullanılması

Maryam Parsian, Negar Taghavi Pourianazar, Serap Yalçın, Pelin Mutlu, Ufuk Gündüz

4. ODTÜ Merkez Laboratuvar Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi

Kromatografi ve Fermentasyon Laboratuvari (KFL)

Tamay Şeker, Ceren Biler, Erdem Boy, Tuğba Doğan, Meral Yücel

5. ODTÜ Merkez Laboratuvar Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi

Kütle Spektroskopi Laboratuvari (KSL)

Tamay Şeker, Ceren Biler , Tuğba Doğan, Ürün Duru, Meral Yücel

6. Bortezomib Yüklü Kitosan Manyetik Nanoparçacıkların pH’a Duyarlı İlaç Salımı

Gözde Ünsoy, Serap Yalçın, Rouhollah Khodadust, Pelin Mutlu, Ufuk Gündüz

7. Doksorubisin Yüklü Kitosan Manyetik Nanoparçacıkların Hücre İçerisine Girmesi ve

Hücre Çoğalmasını Önlemesi

Gözde Ünsoy, Rouhollah Khodadust, Serap Yalçın, Pelin Mutlu, Ufuk Gündüz

8. Doksorubisin dirençli ve duyarlı MCF-7 hücre hatlarında Serbest Doksorubisin ve

Doksorubisin yülü PHB-Magnetik nanoparçacıkların sitotoksik analizleri

Serap Yalçın, Gözde Ünsoy, Pelin Mutlu, Rouhollah Khodadust, Negar Taghavi

Pourianazar, Maryam Parsian, Ufuk Gündüz

9. Yüzey Sularının Vankomisin Dirençli Bakterilerin ve Vankomisin Direnç Genlerinin

Yayılımındaki Rolü

Mustafa Nakipoğlu, Fadime Yılmaz, Bulent İçgen

10. TLR9 Aktivasyonu için CpG-ODN Taşıyıcısı Olarak PAMAM-Kaplı Manyetik

Manoparçacığın Sentezlenmesi

Negar Taghavi Pourianazar, Ufuk Gündüz

11. CpG-ODN taşıyıcıları olarak kitosan- ve poli(amidoamin) dendrimer-kaplı manyetik

nanoparçacıkların karşılaştırılması

Negar Taghavi Pourianazar, Maryam Parsian, Gozde Ünsoy, Serap Yalçın, Ufuk

Gündüz

12. Lignoselülozik Yan Ürünlerden Biyoetanol Üretimi

Abduvali Valiev, Zümrüt B.Ögel, Deniz Çekmecelioğlu

13. Plazmit Referans Malzeme Kullanarak Roundup Ready® Soya ve Lektin Genleri İçin

Miktar Tayini Analizlerinde Ölçüm Belirsizliği Hesaplama

Ceren Tuğrul, Remziye Yılmaz, MeralYücel, HüseyinAvniÖktem

Polietilen Glikol Kaplı Manyetik Nanoparçacıkların Sentezi, Karakterizasyonu ve Anti-

Kanser İlaç Taşınmasında Kullanımı Murat Erdem

1, Serap Yalçın

2, Ufuk Gündüz

1,3

1Biyoloji Bölümü, ODTÜ, Ankara

2Gıda Mühendisliği,Ahi Evran Üniversitesi, Kırşehir

3Biyoteknoloji Bölümü, ODTÜ, Ankara

Geleneksel kemoterapi kanserle baş etmede en geçerli metot olmasına rağmen kemoterapinin

kan hücresi üretiminde azalma, sindirim sistemi zarının inflamasyonu gibi bir çok yan etkisi

bulunmaktadır. Bu yan etkilerin nedeni kemoterapide kullanılan ilaçların hastanın bedeninde eşit

şeklide dağılmasıdır. Bu nedenle, şimdiye kadar birçok ilaç taşıma sistemi geliştirilmiştir.

Manyetik nanoparçacıklar kanser tedavisi için önemli bir potansiyele sahiptir. Manyetik

nanoparçacıkların en önemli özelliği, harici bir manyetik alanın uygulanmasıyla tümör bölgesine

hedeflenebilmesidir. Ayrıca, manyetik nanoparçacıkların küçük boyutlu olmaları ve yüzey

modifikasyonu ile ilaç taşıma kapasitesi kazanabilmeleri, ilaç taşımacalığı için gerekli diğer

önemli özellikleridir. Bu çalışmada, manyetik nanoparçacıklar (MNP’ler), PEG kaplanmış

MNP’ler (PEG-MNP’ler) ve hücrelerine folik asit bağlı, polietilen glikol kaplı manyetik

nanoparçacıklar (FA-MNP’ler) başarılı bir şekilde sentezlenmiş ve TEM, FTIR ve TGA

analizlerinden biri ya da birkaçı ile karakterize edilmiştir. FA-MNP’lerin doksorubisin (Dox)

yükleme kapasitesi spektrometre ile incelenmiştir. FA-MNP’lerin biyouyumluluğu ve Dox-FA-

MNP’lerin hücre çoğalmasına karşı etkileri HeLa hücreleri üzerinde, XTT-hücre proliferasyon

deneyi ile analiz edilmiştir. Sonuçlar bütün parçacıkların başarılı bir şekilde sentezlendiğini

göstermektedir. Hücre çoğalma analizi sonuçları, FA-MNP’ler ile karşılaştırıldığında Dox-FA-

MNP’lerin HeLa hücrelerinin çoğalmasını önemli ölçüde azalttığını göstermiştir. Sonuç olarak,

FA-MNP’lerin Dox taşıması için önemli olduğu bulunmuştur.

Anahtar kelimeler: HeLa, delivery system, magnetic nanoparticles

Anti-kanser İlacı Gemsitabin’in Taşınmasında Kitosan Kaplı Manyetik Nanoparçacıkların

Kullanılması Maryam Parsian

1, Gözde Ünsoy

1, Pelin Mutlu

2, Serap Yalçın

3, Negar Taghavi Pourianazar

1, Ufuk

Gündüz1

1Biyoteknoloji, Orat Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara

2Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi, Merkez Laboratuvarı, Orta Doğu Teknik

Üniversitesi, Ankara 3Gıda Mühendisliği, Ahi Evran Üniversitesi, Ankara

Bir nükleosit analoğu olan Gemsitabin’in meme kanserindeki anti-tümör aktivitesi deneysel ve

klinik çalışmalarda gösterilmiştir. Gemsitabin’in biyolojik yarılanma ömrü kısa olduğu için bu

ilacın plazma seviyesi kısa sürede etkin eşik seviyesinin altına düşebilmektedir. Anti-kanser

ilaçlarının tümöre hedeflenerek taşınması ilaç etkisini oldukça arttırdığı gibi yan etkilerini ve

sistemik toksisiteyi azaltmaktadır. Bu çalışmanın amacı, dışarıdan uygulanan manyetik alanla

tümör bölgesine hedeflenebilen Gemsitabin yüklü kitosan kaplı manyetik nanoparçacıkların (Cs-

MNP) sentezlenmesidir. Gemsitabin yüklü CsMNP’lerin ve serbest ilacın sitotoksisiteleri meme

kanseri hücre hatları üzerinde XTT yöntemi ile test edilmiştir. Bu çalışmada, meme kanseri

hücre hatları üzerinde etkili olduğu gösterilen yeni bir Gemsitabin nanotaşıma sistemi

oluşturulmuştur. Kitosan nanoparçacıklara Gemsitabin’in bağlanması, ilacın kanser hücreleri

içindeki birikimini ve etkinliğini arttırarak apoptoza neden olmaktadır.

Anahtar kelimeler: Anti-tümör terapi, Kitosan, Gemsitabin

İlaç Hedeflemesinde Gemsitabin Yüklü PAMAM Dendrimer Kaplı Manyetik

Nanoparçacıkların Kullanılması Maryam Parsian

1, Negar Taghavi Pourianazar

1, Serap Yalçın

2, Pelin Mutlu

3, Ufuk Gündüz

1

1Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Bölümü, Ankara

2Ahi Evran Üniversitesi, Gıda Mühendisliği Bölümü, Kırşehir

3Orta doğu Teknik üniversitesi, Merkez Laboratuvarı, Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge, Ankara

Bir deoksisistidin analoğu olarak Gemsitabin (2’,2’-diflorodeoksisistidin), meme kanseri

tedavisinde kullanılan etkili bir kemoterapötikdir. Poliamidoamin (PAMAM) dendrimer kaplı

manyetik nanoparçacıklar kemoterapinin yan etkilerini ortadan kaldırabilir. Ancak, terminal NH2

grupları ve katyonik yüklerinden meydana gelen toksisite nedeni ile dendrimerlerin biyomedikal

uygulamaları sınırlıdır. Değişik fonksiyonel gruplar eklenerek yapılan yüzey mpdifikasyonları ile

toksisitesi daha az olan PAMAM dendrimerlerin üretilmesi mümkündür. Bu çalışmanın amacı,

Gemsitabin için etkili bir hedefleme sistemi oluşturmaktır. Gemsitabin farklı DcMNP

jenerasyonlarına bağlanmış ve en iyi yüklenme kapasitesinin jenerasyon 5.5’de olduğu

bulunmuştur. FTIR ve XPS analizleri Gemsitabin’in DcMNP’lerin yüzeyine bağlandığını

göstermiştir. TEM görüntüleri, nanoparçacıkların ilaç bağlanmadan önce ve bağlandıktan sonra

boyutlarının nanoskalada olduğunu göstermiştir. Yapılan in vitro çalışmalar ise, ilaç bağlı

nanoparçacıkların meme kanseri hücre hatlarında serbest ilaca göre daha sitotoksik olduğunu

göstermiştir.

Anahtar kelimeler: Gemsitabin, manyetik nanoparçacıklar, PAMAM dendrimer

ODTÜ Merkez Laboratuvar Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi

Kromatografi ve Fermentasyon Laboratuvari (KFL) Dr. Tamay Şeker

1, Ceren Biler

1 Ms, Erdem Boy

1 Ms, Tuğba Doğan

1 Ms, Prof. Dr. Meral Yücel

1,2

1ODTÜ Merkez Laboratuvar, Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi, 06800, ODTÜ, Ankara

2ODTÜ, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 06800, ODTÜ, Ankara

ODTÜ Merkez Laboratuvar, Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi bünyesindeki

Kromatografi ve Fermentasyon Laboratuvarı (KFL), Yüksek Performanslı Sıvı Kromatografisi

Cihazı (HPLC), Hızlı Performanslı Sıvı Kromatografisi Cihazı (FPLC) ve farklı kapasitelerde

fermentör cihazları ile kromatografik ayırım, miktarlama, saflaştırma ve farklı kapasitelerde

biyokütle üretimi üzerine faaliyet göstermektedir. Yüksek Basınçlı Sıvı Kromatografisi cihazı

(HPLC) ile laboratuvarımızda gıda- içecek endüstrisi, çevre mühendisliği, tıp, endüstriyel kimya,

ziraat, farmakoloji vb. f farklı alanlardan gelebilen örneklerde kimyasal ayırım, saflaştırma,

tespit ve miktar belirleme amacıyla sakkarit/polisakkaritler, organik asitler, ilaç hammaddeleri,

vitaminler, höcre içi-dışı metabolitler ve peptitler vb. çok geniş aralıkta analiz veya metot

optimizasyonu yapılabilmektedir. Hızlı Performanslı Sıvı Kromatografisi Cihazı (FPLC) mikro

düzeyde veya düşük basınçta saflaştırma, FLCP, preparative HPLC analizleri ile protein, peptid

ve nükleik asit ayırımları için kullanılabilmektedir. Fermentasyon ünitesi 2 adet 1L’lik, 1 adet 5

L’lik ve 1 adet 20 L’lik fermentörleri içerir ve kontrol üniteleri, gaz karıştırıcı, termal gaz akış

kontrol üniteleri, pompa, güç ve seviye kontrol üniteleri, ısıtıcı üniteler, pH ve dO2 problarından

oluşan, bağımsız da çalışılabilen, entegre sistemler olup hücre içi-dışı metabolit takibi vb. farklı

amaçlar için büyük ve küçük ölçekte biyokütle üretimi sağlamaktadır. ODTÜ MBB KFL “TS

EN ISO/IEC 17025 kapsamında TS EN 12630 Meyve ve Sebze Suları Glikoz, Fruktoz, Sorbitol

ve Sakaroz Muhtevası Tayini – Yüksek Performans Sıvı Kromatografisi Metodu” standartından

31 Aralık 2013 tarihi itibariyle TÜRKAK’tan akreditedir. Laboratuvarımız ODTÜ ve diğer

üniversitelerle beraber kamu ve endüstriye analiz desteği sağlamakta, cihaz kapasitesi ve yetkin

personeli ile ODTÜ ve Türkiye için referans laboratuvar olma yolunda çalışmalarını

sürdürmektedir.

ODTÜ Merkez Laboratuvar Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi

Kütle Spektroskopi Laboratuvari (KSL) Dr. Tamay Şeker

1, Ceren Biler

1 Ms, Tuğba Doğan

1 Ms, Ürün Duru

2, Prof. Dr. Meral Yücel

1,2

1ODTÜ Merkez Laboratuvar, Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi, 06800, ODTÜ, Ankara

2ODTÜ, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 06800, ODTÜ, Ankara

Kütle spektroskopi son yıllarda yoğun olarak çalışılan metabolomik, genomik, proteomik,

transkriptomik gibi disiplinlerde etkin olarak kullanılmaktadır. ODTÜ Merkez Laboratuvar,

Moleküler Biyoloji-Biyoteknoloji Ar-Ge Merkezi bünyesindeki Kütle Spektroskopi Laboratuvarı

(KSL), yüksek hassasiyet ve seçicilikte analiz edilmesi gereken, gıda endüstrisi, çevre

araştırmaları, farmakoloji, moleküler biyoloji vb. farklı alanlardan gelen analiz taleplerini

karşılamakta, proje ortaklığı ve metot geliştirme hizmeti vermektedir. Laboratuvarımızdaki Sıvı

Kromatografi-Kütle Spektrometre (LCMSMS) cihazında yüksek hassasiyette metabolit analizi

yanında pestisit, forensik-farmakalojik bilgi bankalarından tarama yapılabilmektedir. Yüksek

duyarlıklı nanosprey LCMS sistemleri olan NanoLC-ÇipMS cihazı biyomarkör analizi, protein

fosforilasyonu tespiti, glikomiks-glikozaminglikanlar, proteoliz, lipidomik vb. düşük örnek

hacimli nano sistemlere ihtiyaç duyan analizleriçin kullanılabilmekte, elektroforezin yüksek

ayırım gücünü, HPLC’nin hızı ve otomasyonu ile birleştiren güncel bir ayırma tekniği olan

Kapiler Elektroforez (CE) cihazı ile peptid haritalama, amino asit, karbonhidrat, kiral madde,

flavonoid ve oligonükleotitler için tespit ve miktarlama yapılabilmektedir. ODTÜ MBB KSL,

ODTÜ ve diğer üniversitelerle beraber kamu ve endüstriye farklı alanlarda analiz desteği

sağlamakta, cihaz kapasitesi ve yetkin personeli ile ODTÜ ve Türkiye için nitelikli bir

laboratuvar olma yolunda çalışmalarını sürdürmektedir.

Bortezomib Yüklü Kitosan Manyetik Nanoparçacıkların pH’a Duyarlı İlaç Salımı Gozde Unsoy

1, Serap Yalcin

2, Rouhollah Khodadust

1, Pelin Mutlu

3, Ufuk Gündüz

1

1 Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye

2 Gıda Mühendisliği Bölümü, Ahi Evran Üniversitesi, Kırşehir, Türkiye

3 Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge, Orta Doğu Teknik Üniversitesi,

Ankara, Türkiye

Kitosan kaplı manyetik nanoparçacıklar kanser tedavisinde kullanılmak üzere, hedeflenen

bölgede pH’a duyarlı ilaç salımı yapılması için sentezlendi (Unsoy et al., 2012).

Nanoparçacıklara bir proteozom inhibitörü olan Bortezomib yüklenerek, ilacın çeşitli pH’lardaki

salım özellikleri ve stabilitesi belirlendi.

Bortezomib yüklü kitosan manyetik nanoparçacıkların ihtiva ettikleri ilacın fizyolojik koşullarda

(pH 7.4, 37C, PBS) % 85’ini muhafaza ettikleri tespit edildi. Nanoparçacıkların neutral pH’da

oldukça dayanıklı oldukları anlaşıldı. İlaç yüklü nanoparçacıkların stabilitesi, hem ilacın raf

ömrü boyunca aktif durumda saklanabilmesi, hem de kanda (pH 7.4) salınmayarak, sağlıklı

dokuların ilacın yan etkilerinden korunması açısından kritik önem taşımaktadır. Aksi takdirde,

stabil olmayan nanoparçacıklar, ihtiva ettikleri ilaç yükünü daha hedefe ulaşmadan, kan

dolaşımına salabilirler ki bu da yan etkiler ve hedeflenen bölgede gerekli ilaç yoğunluğunun

sağlanamaması açısından istenilmeyen bir durumdur.

Sentezlenen nanoparçacıkların ilaç salım özellikleri endosomal pH değerlerinde (pH 4.2 ve 6.0)

çalışıldığında, yüklenen Bortezomib’in yaklaşık % 28’inin pH 6’da, % 51’inin ise pH 4.2 de ilk

15 saat içerisinde salındığı ölçüldü. Salınan Bortezomib miktarının pH 4.2’de pH 6’ya göre

oldukça fazla olduğu bulundu. Kitosan nanoparçacıkların ilaç salımında pH’ın önemli bir etkisi

olduğu tespit edildi.

Sonuç olarak sentezlenen nanoparçacıkların, hücre endosomlarında ve sağlıklı dokulara göre

daha asidik olan tümör dokusunda, pH’a duyarlı Bortezomib salımı yapabileceği öngörüldü.

Doksorubisin Yüklü Kitosan Manyetik Nanoparçacıkların Hücre İçerisine Girmesi ve

Hücre Çoğalmasını Önlemesi Gozde Unsoy

1, Rouhollah Khodadust

1, Serap Yalcin

2, Pelin Mutlu

3, Ufuk Gündüz

1

1 Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye

2 Gıda Mühendisliği Bölümü, Ahi Evran Üniversitesi, Kırşehir, Türkiye

3 Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge, Orta Doğu Teknik Üniversitesi,

Ankara, Türkiye

Meme kanseri tedavisinde kullanılmak üzere hedefe ilaç salımı için kitosan kaplı manyetik

nanoparçacıklar sentezlendi (Unsoy et al., 2012). Sentezlenen nanoparçacıklara bir kanser ilacı

olan Doksorubisin yüklenerek, hücre içine alımları MCF-7 ve Doksorubisin dirençli MCF-7

meme kanseri hücre hatlarında florasan mikroskobu ile gözlemlendi. Doksorubisin yüklü

nanoparçacıkların sitotoksisite analizleri XTT reaktifi hücre çoğalma testi ile incelendi.

Meme kanserinin tedavisinde kullanılan bir ilaç olan Doksorubisin, kitosan kaplı manyetik

nanoparçacıklara yüklenerek hücrelere verildiği zaman, ilacın tesirinin önemli ölçüde arttığı ve

IC50 değerlerinin kayda değer ölçüde düştüğü in vitro sitotoksisite analizleri ile tespit edildi.

İlaçlar kitosan kaplı manyetik nanoparçacıklara yüklendiğinde, ilaç dirençliliğinin üstesinden

gelindiği ve ilacın hücre çoğalmasını önleme etkinliğinin arttığı belirlendi. Aynı XTT analizi ile

incelendiğinde, ilaç yüklenmeyen kitosan kaplı manyetik nanoparçacıkların sitotoksik bir etki

göstermedikleri saptandı.

Sonuçlar, sentezlenen Doksorubisin yüklü, kitosan kaplı manyetik nanoparçacıkların kanser

tedavisinde ilacın hedefli salımı uygulamalarında kullanılabilecek ve ilaç dirençliliğinin

üstesinden gelebilecek özellikte olduklarını gösterdi.

Doksorubisin dirençli ve duyarlı MCF-7 hücre hatlarında Serbest Doksorubisin ve

Doksorubisin yülü PHB-Magnetik nanoparçacıkların sitotoksik analizleri Serap Yalcin

1, Gozde Unsoy

2, Pelin Mutlu

3, Rouhollah Khodadust

2, Negar Taghavi Pourianazar

2,

Maryam Parsian2, Ufuk Gunduz

2

1Gıda Mühendisliği, Ahi Evran Üniversitesi, Kırşehir,

2Biyoteknoloji, ODTÜ, Ankara, Türkiye

3Merkezi Laboratuvar Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge, Orta Doğu Teknik Üniversitesi,

Ankara, Türkiye

Doksorubisin antrasiklin bir antibiyotiktir. Birçok kanser tiplerinde antikanser ajan olarak

kullanılmakla birlikte kalp üzerinde çok ciddi yan etkileri mevcuttur. Bu yan etkilerin azaltılması

veya yok edilmesi için bu kemoterapötik ajanların uygun nanotaşıyıcılar ile hedeflenmesi

önemlidir. Bu çalışmadaki amacımız Doksorubisin dirençli ve duyarlı MCF-7 hücre hatlarında

derbest Doksorubisin ve Doksorubisin yüklü poli-hidroksibütirat (PHB) kaplı manyetik

nanoparçacıkların sitotoksik etkisinin belirlenmesidir. Çalışmada PHB kaplı manyetik

nanoparçacıklar in situ kaplama metodu ile sentezlenmiş ve bu nanoparçacıklara Doksorubisin

ilacı yüklenmiştir. Serbest Doksorubisin ve Doksorubisin yüklü nanoparçacıkların sitotoksik

analizleri MCF-7 hücreleri üzerinde çalışılmıştır. Doksorubisin ve Doksorubisin yüklü PHB

kaplı nanoparçacıkların sitotoksisite düzeyi XTT hücre çoğalma kiti ile test edilmiştir. Dirençli

MCF-7 hücreleri (1μM Doksorubisin) üzerinde, Doksorubisin yüklü PHB kaplı manyetik

nanoparçacıkların sitotoksik etkisi serbest ilaca göre 2.5 kat daha fazla bulunmuştur. Sonuçlara

göre Doksorubisin yüklü manyetik nanoparçacıklar ilaç dirençliliğini üstesinden gelmek için

kullanılabilir.

Anahtar kelimeler: Doksorubisin, ilaç dirençliliği, sitotoksisite, meme kanseri

Yüzey Sularının Vankomisin Dirençli Bakterilerin ve Vankomisin Direnç Genlerinin

Yayılımındaki Rolü Mustafa Nakipoğlu

1, Fadime Yılmaz

2, Bulent İçgen

1,2

1Biyoteknoloji ABD, ODTÜ, Ankara, Türkiye

2Çevre Mühendisliği Bölümü, ODTÜ, Ankara, Türkiye

Vankomisin gram-pozitif bakterilere karşı diğer antibiyotiklerin yetersiz kaldığı veya alerji

oluşturduğu durumlarda kullanılan glikopeptit yapılı antibiyotiklerden biridir. Özellikle

Enterococcus cinsi bakterilerde vankomisin ve teikoplanin direncinin ortaya çıkmaya başlaması

dünya çapında ciddi bir antimikrobiyal direnç tehlikesi olarak görülmektedir. Geçtiğimiz on yıl

boyunca vankomisin dirençli enterococci (VRE) ciddi bir hastane patojeni olarak kendini

göstermiştir. Bu duruma arıtımı yeterince yapılmamış atık suların tekrar kullanılmasının,

antibiyotiklere karşı direnç gösteren bakterilerin ve antibiyotik direnç genlerinin içme sularına

karışmasının neden olduğu düşünülmektedir. Toplum sağlığı açısından önemli olan direnç

genlerinden vanA, vanB ve vanC genleri bakterilerde farklı derecelerde vankomisin ve

teikoplanin dirençliliğine neden olmaktadırlar. Bu nedenle bu çalışmada, önemli su

kaynaklarımızdan olan Kızılırmak nehir suyundan alınan su örneklerinde VRE ve VRE olmayan

ve van genlerini içeren bakteriler araştırılmıştır. Yapılan ön çalışmalar sonucu 18 vankomisin-

dirençli bakteri belirlenmiş olup 16S rRNA analizi ile tanımlanmıştır: Vankomisin dirençlilik

dereceleri belirlenen bakterilerin van genleri analizleri PZR ile yapılmıştır. SDS-PAGE ile de

vanA geni tarafından kodlanan D-alanin-D-laktat ligaz enzimi varlığı gösterilmiştir. Çalışmanın

bundan sonraki aşamasında ise VRE ve VRE olamayan bakteriler arasında varlığı gösterilen van

genlerinin tranfer edilme durumları belirlenecektir.

TLR9 Aktivasyonu için CpG-ODN Taşıyıcısı Olarak PAMAM-Kaplı Manyetik

Manoparçacığın Sentezlenmesi Negar Taghavi Pourianazar

1, Ufuk Gündüz

1

1Biyoteknoloji ABD, ODTÜ, Ankara, Türkiye

Gen taşınımı alanı, son on yılda, kanser gibi ölümcül hastalıkların tedavisi ve işlevsiz genlerin

değiştirilmesi konusundaki olası uygulamaları nedeniyle hızlı büyüyen bir alan olmuştur. Ancak,

etkili gen-bazlı terapötik ajanlar geliştirebilmek için hücresel bariyerler, enzimatik degradasyon

ve uygulamadan sonra hızlıca ortamdan uzaklaştırılma gibi çeşitli problemler aşılmalıdır.

Metillenmemiş sitozin-fosfat-guanozin desen (CpG-ODN) barındıran, sentetik 24mer tek dizili

Toll benzeri reseptörler 9 (TLR9) agonisti olan CpG-oligodeoksinükleotitler potansiyel

antitümör etkiye sahiptir. Bu çalışmada, biyolojik ortamda gen düzenlemesini kontrol

edebilecek, maksimum terapötik yarar sağlayacak ve toksisiteyi en aza indirecek, verimli bir

nanotaşıyıcı kullanılarak, CpG-ODN moleküllerinin başarıyla meme kanseri hücrelerine

gönderilmesine çalışılacaktır. Kullanılacak taşıyıcı system manyetik çekirdek, aminosilan ara

katmanı ve farklı jenerasyonlarda PAMAM dendrimer ile hazırlanacaktır.

CpG-ODN’llerin PAMAM kaplı manyetik nanoparçacıklara yüklenmesi agaroz jel elektroforezi

ile görüntülenmiştir. CpG-ODN yüklü nanoparçackların karakterizasyonu nanoDrop

spektrofotometresi, X-ışını fotoelektron spektroskopisi, and ZETA potansiyel analizi ile

yapılmıştır. CpG-ODN yüklü nanoparçacıkların hücre içine alınımı farklı meme kanseri hücre

hatları kullanılarak incelenmiştir ve bu parçacıkların sitotoksisitesi takip edilmiştir.

Sonuçlar nanoparçacıkların başarıyla sentezlendiğini, CpG-ODN bağlandığını ve tümör

hücrelerini inhibe edilmesini göstermiştir.

Bütün bunlar göz önüne alındığında, geliştirilen bu system kanser immunoterapisi ve antitümör

uygulamalar için basit ve invaziv olmayan bir yöntem sunarak, meme kanseri hücre hatlarında

CpG-ODN moleküllerinin yüksek verimle hücrelere gönderilmesi ve TLR9’un verimli bir

şekilde hedeflenmesi için kullanılabilir.

Anahtar kelimeler:PAMAM dendrimer, ilaç taşınımı, CpG-ODN

CpG-ODN taşıyıcıları olarak kitosan- ve poli(amidoamin) dendrimer-kaplı manyetik

nanoparçacıkların karşılaştırılması Negar Taghavi Pourianazar

1, Maryam Parsian

1, Gozde Ünsoy

1, Serap Yalçın

2, Ufuk Gündüz

1,3

1Biyoteknoloji ABD, ODTÜ, Ankara, Türkiye

2Gıda Mühendisliği Bölümü, Ahi Evran Üniversitesi, Kırșehir, Türkiye

3Biyolojik Bilimler Bölümü, ODTÜ, Ankara, Türkiye

Kanser kontrolsüz hücre çoğalması ve bu esnada hücrelerin özdeşlerinden farklılaşması ve

giderek vücudun çeşitli bölgelerine yayılması şeklinde tarif edilir.

Metilenmemiş sitozin-fosfat-guanin oligodeoksinükleotitler (CpG-ODN), toll benzeri reseptörler

9 ile etkileşim aracılığı ile anti-tümör aktivitesine sahiptir. CpG-ODN 'lerin başarılı bir şekilde

tümör bölgesine transfer edilmesi için ve serum nükleazlardan korumak için uygun bir

nanotaşıyıcı kullanmak gerekmektedir.

Poli (amidoamin) (PAMAM) dendrimerler ve kitosan polimeri, CpG-ODN taşıyıcıları olarak

önerilmiştir. Nanparçacıkları özellikle kanserli dokuya yönlendirebilmek için,

süperparamanyetik demir oksit molekülleri nanoparçacıkların çekirdeğine yerleştirilmiştir.

Bu araştırmada, amaç, kanser terapisinde kullanılmak üzere kitosan- ve PAMAM dendrimer-

kaplı manyetik nanoparçacıklar (CsMNP ve DcMNP) sentezlemektir. Nanoparçacıklar

sentezlendikten sonra, CpG-ODN’lerin hücrelere gönderimini artırmak için CpG-ODN’ler

nanoparçacıklara bağlanıp ve bu nanoparçacıkların karakterizasyonu yapılmıştır. Daha sonra

bağlanma verimliliği, hücre içi salımı, nanoparçacıkların stabilitesi ve kanser hücrelerindeki

sitotoksisiteleri incelenmiştir. Son olarak, bu nanoparçacıkların özellikleri, boyutları ve

sitotoksisiteleri karşılaştırılmıştır.

DcMNP yeterli yüzey amin grupları nedeniyle, CpG-ODN ile bir kompleks meydana getirmek

üzere daha iyi bir özellik göstermiştir. Bu yüzeydeki amin grupları nedeniyle, CsMNP’e göre

daha toksiktir ki bu toksisite, yüzey modifikasyonu ile azaltılabilir. Bu sonuçlar, DcMNP’nin,

CpG-ODN aktarımı için daha iyi bir aday olduğunu göstermektedir.

Anahtar kelimeler: CpG- oligodeoksinükleotitler, manyetik nanoparçacıklar, kitosan

Lignoselülozik Yan Ürünlerden Biyoetanol Üretimi Abduvali Valiev

1, Zümrüt B.Ögel

1,2, Deniz Çekmecelioğlu

1,2

1 Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye

2 Gıda Mühendisliği Bölümü, Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Ankara, Türkiye

Lignoselüloz dünyada en çok bulunan yenilenebilir biyokütledir. Lignoselülozik yapıdakı bitki

ve ziraat yan ürünlerinin biyolojik olarak etanol’a dönüştürülmesi birçok fayda sağlayacaktır.

Lignoselüloz’ik hammaddenin yapısı ve bileşimi çok karmaşık olduğu için fermente edilebilir

monosakkaritlere hidroliz olması zor bir işlemdir. Bunun için ön işlem uygulanır. Ön işlemin

asıl amacı lignin’i parçalamak ve kristal haldeki selüloz’ün yapısını bozarak enzimin kolayca

ulaşabilmesini sağlamak. Bu çalışmada fındık kabuğ’u karbon kaynağı olarak kullanılmış ve iki

farklı maya (Saccharomyces cerevisiae ve Kluyveromyces marxianus) ile fermente edilerek

etanol üretilmiştir.

Plazmit Referans Malzeme Kullanarak Roundup Ready® Soya ve Lektin Genleri İçin

Miktar Tayini Analizlerinde Ölçüm Belirsizliği Hesaplama Ceren Tuğrul

1,Remziye Yılmaz

2, MeralYücel

1,2,3, HüseyinAvniÖktem

1,2,3

1Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Bölümü

2 Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Merkez Laboratuvar, Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji Ar-Ge

Merkezi 3Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Biyoloji Bölümü,06800, Ankara, TURKEY

Genetiği değiştirilmiş (GD) gıda, yem ve tohumların miktar tayini analizleri DNA’ya dayalı

Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) ile yapılmaktadır. Miktar tayini

analizlerinde kullanılan kuru toz halde bulunan Sertifikalı Referans Malzemeler (SRM), Joint

research Center Institute for Reference Materials and Measurements (JRM-IRMM) tarafından

geliştirilmekte ve üretilmektedirler. Son olarak yapılan yasal düzenlemelerle genetiği

değiştirilmiş organizmalar (GDO) için etiketleme eşik değerleri belirlenmiştir. Bu yasal

düzenlemelerle birlikte gıda kontrol laboratuvarlarında rutin hale gelen miktar tayini analizleri

için SRM’ler önemli hale gelmiştir. Miktar tayini analizleri için yasal olarak belirlenen hassas

eşik değerleri moleküler biyoloji metotlarında kullanılan ölçüm belirsizliğinin hesaplanmasını

gerekli hale getirmiştir. Ölçüm belirsizliği analiz edilen miktar ile bağıntılı olarak

karşılaşılabilecek değer aralığı olup yapılan analizin kalitesini, güvenirliğini ve analizin

değerinin sınırlarını gösteren önemli parametredir. Bu çalışmada SRM’ler yerine plazmit

referans malzeme kullanılmıştır. Soyada yapılan genetik değişiklik için Roundup Ready®’e ve

bu genetik değişiklik için referans alınan -endojen gen- Lektin’e özgü tasarlanmış plazmit

referans malzemelere ait ölçüm belirsizlikleri hesaplanmıştır. Bu iki gen bölgesine ait plazmit

kopya sayısı üzerinden kalibrasyon eğrileri çizilmiş ve bu eğriler ile içeriği bilinmeyen

örneklerde Roundup Ready® gen bölgesine ait kopya sayısı üzerinden miktar tayini yapılmıştır.

Sonuçlar plazmit referans malzemenin SRM’lere alternatif olarak kullanılabileceği yöndedir.

Anahtar kelimeler: Genetiği değiştirilmiş organizma, miktar tayini, plaszmit referans malzeme,

Sertifikalı Referans Malzeme (SRM), Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR)