Molekularbiologie, Genetik, Bioinformatik –

Neue Serviceangebote in medizinischen Bibliotheken am

Beispiel „Helix Helper“

BioTools.infoThe Bioscientific Information Service 

Dr. Nicola Gaedeke

• „Bioinformatics User Support“ an der Spencer S. Eccles Health Sciences Library, Utah University (Salt Lake City)

• „Bioinformatics User Support“: Warum?

• Das National Center for Biotechnology Information (NCBI) unterstützt „Bioinformatics Information Specialists“

• Die Entwicklung eines Informations-Service für Molekularbiologie und (klinische) Genetik

• Literatur

• Diskussion

Reference/ Information Services

• Kollektion an Referenz-Material • Beantwortung von Referenz- Fragen

• in-person, Telefon und email • Freier Zugang zu elektronischen Zeitschriften und Datenbanken • Datenbank-Recherche (gebührenpflichtig) • Schulungen in Datenbank- Recherche und anderer Software

http://medlib.med.utah.edu/

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„Bioinformatics User Support“- Das Angebot -

• Workshops, Seminare – Themen von generell bis speziell – Vor Ort und über Web-Konferenz-Software

• Beratung und Zu-Arbeit für Wissenschaftler– Individuell – Arbeitsgruppen

• Konsultationen und Zusammenarbeit mit Arbeitsgruppen der Forschungseinrichtung

• Zusammenarbeit mit Bioinformatik-Gruppen• Aktualisierung/ Evaluierung der Buch- und online-

Ressourcen• Bibliothek als Treffpunkt auf „neutralem Boden“• Im Studium integrierte Lehrveranstaltungen

„Bioinformatics user support“: Warum I.?

Die Datenmengen, die aus Sequenzierungsprojekten akkumulieren, wachsen aufgrund von High-Throughput-Methoden exponentiell.

GenBank, das Sequenzdepot aller öffentlich zur Verfügung stehenden Nukleotid und Protein Sequenzen des Natl. Center for Biotechnology Information (NCBI), enthält z.Z. über 37,3 Millionen Sequenzeinträge (Aug 2004). GenBank verdoppelt sich ca. jährlich.

Also 1: Bei Datenbanken dieser Größe ist es schwierig, die

gewünschten Informationen herauszufiltern, wenn der Benutzer die Suchanfrage nicht präzise formuliert (kein kontrolliertes Vokabular in biowiss. Db etc.).

„Bioinformatics user support“: Warum II. ?

Für die Recherche in Datenbanken stehen viele verschiedene und komplexe Suchoberflächen wie z.B. Entrez (NCBI) und SRS (EMBL-EBI), zur Verfügung.

Also 2:Detailkenntnisse über die Suchmasken sowie über die

Datenbank-Inhalte sind daher für das effiziente Arbeiten mit diesen Tools unerlässlich.

„Bioinformatics user support“: Warum III. ?

• Die Liste an biologischen Datenbanken in „Nucleic Acids Research“ (2004: Vol 32 (1)) umfasst 548 Einträge.

• Im Softwarekatalog für den Bereich Molekular Biologie und Genetik, BioCatalog, gibt es z.Z. 578 Einträge (Stand: 22. Feb.2003).

Also 3:Oft bleibt es dem Zufall überlassen, ob die richtige

Datenbank und das richtige Anwendungs-Programm für die wissenschaftliche Fragestellung gefunden und benutzt wird.

NCBI

National Center for Biotechnology Informationhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/

1988 NCBI gegründet

• Literature Databases

• Molecular Databases

• Genomic Biology

• Tools

Demo:Glyceraldehyde 3 phosphate dehydrogenase(titl, excl. all above), Preview/Index

• Does your library provide user services support for non-bibliographic

molecular biology databases and tools?   Yes ___ No ___

• Does your library provide training to users in molecular biology databases and tools?  Yes ___ No ___

• Has your library developed training materials for molecular biology information resources?  Yes ___ No ___

• Does your library have staff whose time is officially dedicated to these services?  Yes ___ No ___If yes, how many staff and what percent of their time is allocatedto molecular biology services?

• What plans, if any, does your library have to begin or increase molecular biology user support services?

• Does your library have an active collaboration with a bioinformatics center in your institution?  Yes ___ No ___If yes, please describe. Fragebogen vom NCBI an

Medizinische Bibliotheken in den USA: ca. März 2001

s. Poster

NCBI Advanced Workshop for Bioinformatics Information Specialists:

An Educational Collaboration.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/

Nicola Gaedeke1, Kristine M. Alpi2, Jennifer Lyon3, Donna Messersmith4, Mark Minie5, Janet A. Ohles6, David L. Osterbur7,

Michele R. Tennant8, Renata Geer9

1Spencer S. Eccles Health Sciences Library (Salt Lake City, UT), 2Weill Medical College (Cornell University, NY),3Eskind Biomedical Library (Nashville,TN),4The KEVRIC Company, 5Health Sciences Libraries (University of Washington, WA), 6Western Connecticut State University (Danbury, CT),7Biological Labs Library at Harvard University (Boston, MA),8Health Science Center Libraries (University of

Florida,Gainesville, FL),

9National Center for Biotechnology Information (Bethesda, MD)

Das Ziel:A Bioinformatics Support Network

Course developer of NAWBIS First-course participant

Einschätzung für die Service-Notwendigkeit

- Needs Assessment -

• Welche Abteilungen könnten von einem „Bioinformatics user support“ profitieren?

• Welche Ressourcen kennen die Angehörigen dieser Abteilungen?

• Welche Ressourcen werden bevorzugt verwendet?

• Welche Unterstützung/Service gibt es bereits für die Abteilungen?

• Wie würde sich der „neue“ Service von den anderen unterscheiden?

Die Entwicklung eines Informations-Service für

Molekularbiologie und (klinische) Genetik

• Webseite erstellen – Bioinformatik Support Homepage/ HelixHelpers– http://medstat.med.utah.edu/library/helixhelper/

• Consultationen, Laborbesuche • Aktive Beteiligung am Help-Desk/ Service Point• Workshops entwickeln und anbieten • Team-Teaching in Studentenkursen

– Eigenständige Veranstaltung im Lehrplan

Kommunikation

Teamwork

Cross-Training unter Kollegen

Literatur: Bioinformatik „user support“ in Bibliotheken

• Planning Bioinformatics Education and Information Services in an Academic Health Sciences Library. W. John MacMullen, K.T.L. Vaughan, Margaret E. Moore College & Research Libraries, July 2004, 65(4): 320-33.

• Alpi K. Bioinformatics Training by Librarians and for Librarians: Developing the Skills Needed to Support Molecular Biology and Clinical Genetics Information Instruction. Issues in Science & Technology Librarianship. Spring 2003, 37.

• Yarfitz S, Ketchell DS. A library-based bioinformatics services program. Bull Med Libr Assoc 2000 Jan; 88(1): 36-48.

Pro und … Contra

Im Deutschen Humangenomprojekt (DHGP) wurden anfänglich 35 Forschungsvorhaben (Fv) mit insgesamt 63 Teilprojekten (Tp) mit 17,4 Mio € /Jahr gefördert, ab 2000 dann 52 Fv mit 123 Tp mit 20 Mio € /Jahr

Viele Bioinformatische Anwendungen wurden programmiert • Wer hat den Überblick? • Welches Programm eignet sich auch für meine Fragestellung,

und muss mir nicht mehr programmiert werden?• Warum sollte ein Wissenschaftler sich über Wochen über

Datenbanken und Analyse-Programme informieren, wenn dies nur einen kleinen aber wesentlichen Teil seiner Forschung ausmacht, und er die Tools danach nicht mehr benötigt?

• Abboniert doch die Datenbank xy an der Bibliothek!(teuer, oft nur für eine Fragestellung gewollt,…)