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METABOLISMO DE COMPUESTOS NITROGENADOS. Profesor: Dra. Aurora Lara Nuñez 3 sesiones - PowerPoint PPT Presentation
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METABOLISMO DE COMPUESTOS NITROGENADOS. Profesor: Dra. Aurora Lara Nuñez 3 sesiones
Objetivo particular: Este capítulo tiene como propósito familiarizar a los estudiantes con las estrategias generales para obtener y asimilar el nitrógeno y los mecanismos generales para desechar nitrógeno de compuestos nitrogenados. Se buscará enfatizar la estrecha interrelación que guardan las vías de asimilación y degradación de nitrógeno orgánico con el metabolismo de carbono. El estudio de todas las vías metabólicas se enfocará a aspectos generales, como su función dentro del metabolismo general, el tipo de reacciones químicas de relevancia, el balance de masa y energía, la regulación y la localización intracelular. Se evitará el análisis detallado de todas las reacciones parciales de la ruta metabólica.
Asimilación y fijación del Nitrógeno.
Formas de eliminación del Nitrógeno.
Relación entre el metabolismo del Nitrógeno y el del Carbono.
Bibliografía:
• Buchanan, Gruissem, Jones. Biochemistry and Molecular Biology of Plants. American Society of Plant Physiologists.
• Capítulos 8 - Amino ácidos16 - Nitrógeno
Artículos:
• Stitt M, Müller C, et al. Steps towards an integrated view of nitrogen metabolism. 2002. J. Exp. Bot. 53(370):959-970 (5 personas)
• Comparot S, Lingiah G, Martin T. Function and specificity of 14-3-3- proteins in the regulation of carbohydrate and nitrogen metabolism. 2003. J. Exp. Bot. 54(382): 595-604 (2 personas)
• Freshi L, Rodrigues MA, et al. 2010. Correlation Between citric acid and nitrate metabolism during CAM cycle in the atmospheric bromeliad Tillandsia pohliana. J. Plant Physiol. 167:1577-1583 (3 personas)
• Oldroyd GED, Downie JA. Coordinating Nodule Morphogenesis with Rhizobial Infection in Legumes. 2008. Annu. Rev. Plant Biol. 59:219-46 (5 personas)
• Provan F, Aksland L-M, Meyer C, Lillo C. Deletion of the nitrate reductase N-terminal domain still allows binding of 14-3-3 proteins but affects their inhibitory properties. 2000. Plant Physiol. 123:757-764. (2 personas)
• Schachtman DP, Shin R. Nutrient sensing and Signaling: NPKS. 2007. Annu. Rev. Plant. Biol. 58:47-69. (2 personas)
Fijación de Nitrógeno Ciclo de transformación de nitrógeno mineral a orgánico
El fuego y los rayos; combustión interna de motores y fertilizantes químicos
El mayor suministro de nitrógeno inorgánico a orgánico (N2 a NH3) es a través de la fijación del carbono, sólo por procariontes.
El NH3 producido puede ser asimilado en aminoácidos y otros compuestos nitrogenados ó se puede convertir en nitratos y nitritos por bacterias nitrificantes.
El NO3- puede entrar al organismo a través de su reducción a NH4+ o puede ser un aceptor de electrones
N es el 4to elemento más abundante en los organismos vivos; 0.1 % de la corteza terrestre, 80 % de la atmósfera (N2).
Ciclo del nitrógeno
Panorama general de asimilación de nitrógeno en plantas
Reducción enzimática de N2Filogenias de eubacterias y algunas arqueas metanogénicas
Nitrogenasa
Única reacción bioquímica que consume compuestos ricos en energía y requiere al mismo tiempo reductores biológicos fuertes → nitrogenasa sensible a O2 → anaerobiosis
Enzimología de la fijación del nitrógeno
Fijación de nitrógeno
Costos: 12-17 g de carbohidratos por g de N fijado: Formación de nódulo, fijación, transporte de amonio.
Eventos que conducen a la formación de la simbiosis Rhizobium-leguminosa
1) Bact. gram negativas (Rizhobia). Asociaciones con leguminosas.
2) Bact. gram positivas. (actinomicetos: Frankia) y dicotiledóneas. Árboles o arbustos leñosos.
3) Cianobacterias y dicotiledóneas. Ej. Anabaena en arroz.
Formación de nódulos fijadores de nitrógeno
Invasión de pelos radiculares
Nódulo indeterminado
Meristemo nodular
Nódulo determinado (esférico)
Liberación de bacterias de un hilo de infección en una célula blanco
Genes que se expresan sólo durante la formación del nódulo
Genes Nod
Elicitores que segrega la planta para inducir genes
nod
Factores Nod
Mecanismo de producción de ATP en un ambiente bajo de oxígeno
Rutas de asimilación primaria de nitrógeno en nódulos I
Síntesis de aminoácidos
Rutas de asimilación primaria de nitrógeno en nódulos II
Transporte de nitrato y su asimilación
Transportadores de AmonioAMT
SAT
Km 10-70 µM
Km 5 mM
Cinética de entrada de nitrato a la planta
Alta afinidad Baja afinidad
Familia NTR2 Familia NTR1
HATS o mecanismo IKm 10-100 µM
LATS o mecanismo IINo saturación
Nitrato reductasa
Regulación de la expresión del gen de NR
Modelo de regulación de la actividad de NR
Los aminoacidos no pueden excretarse directamente, en consecuencia se utilizan como combustible metabólico
Los grupos alfa-amino (de los aminoacidos) se convierten en urea mientras que sus esqueletos carbonados se transforman en acetil-CoA, acetoacetil-CoA, piruvato o algun intermediario del ciclo de Krebs
En vertebrados terrestres:
Esqueleto de carbono de aa que queda -ceto ácido son degradados
Aminotransferasas o transaminasas
Reacción catalizada por la glutamato deshidrogenasa: desaminación oxidativa (Matriz mitocondrial)
L-glutamato + NAD(P)+ +H2O ↔ -Cetoglutarato + NH4+ + NAD(P)H + H+
Enzima de seis subunidades identicas, grupo prostético llamado pirodoxal fosfato
Activadores de la enzima: GDP y ADP
Inhibidores alostéricos: GTP y ATP
Transferencia del grupo amino. Dependientes de NAD+ o de NADP+
Ejemplo: aspartato aminotransferasa, alanina aminotransferasa.
Procedente de la pirimidina (vitamina B6)
Aminotransferasas
Aspartato aminotransferasa
L-aspartato + -Cetoglutarato ↔ Oxalacetato + L-glutamato
Alanina aminotransferasa
L-alanina + -cetoglutarato ↔ Piruvato + L-glutamato
Ciclo de la UREA
Ecuación balanceada del ciclo de la urea
HCO3- + 2ATP + NH4 → carbamilfosfato + 2 ADP + Pi
Carbamilfosfato + ornitina → citrulina + PiCitrulina + ATP + Aspartato → PPi + AMP + argininosuccinato
Argininosuccinato + H2O → Arginina + fumarato
Arginina + H2O → Urea + Ornitina
HCO3- +NH4
++3ATP+Aspartato+2H2O →
→ Urea+2ADP+AMP+2Pi+PPi+fumarato
La estrategia de la degradación de aminoácidos es transformar los esqueletos carbonados en intermediarios metabólicos que pueden convertirse en glucosa o en intermediarios del ciclo de Krebs
Amino ácidos cetogénicos1.- acetil-CoA2.- Acetoacetil-CoA(leucina y lisina)
Amino ácidos glucogénicos3.- piruvato4.- alfa cetoglutarato5.- succinil-CoA6.- fumarato7.- oxalacetato(14 amino ácidos restantes)
Animoactidos ceto y glucogénicosPueden dar cualquiera de los siete intermediarios del ciclo de
Krebs(isoleucina, fenilalanina, triptófano y tirosina)
Destino de la degradación de amino ácidos
Vómito neonatal, retraso mental
Fenilalanina hidroxilasa
Conversión de fenilalanina a tirosina
Fenilcetonuria
Vómito, convulsiones, retraso mental, muerte
temprana
Metilmalonil-CoA mutasa
Conversión de propionil-CoA a succinil-CoA
Acidemia metilmalonica
Vómito, convulsiones, retraso mental, muerte
temprana
Complejo deshidrogenasa de alfa-ceto ácidos de cadena ramificada
Isoleucina, leucina y valina
Enfermedad de orina de jarabe
de maple
Letargo *, convulsiones, muerte temprana
Carbamilfosfato sintetasa I
Síntesis de ureaDeficiencia de la CPSI
Vómito y convulsionesArginosuccinato liasaSíntesis de ureaAcidemia arginosuccinica
Retraso mentalArginasaSíntesis de ureaArgininemia
Pigmentación obscura de la orina; desarrollo
tardío de artritis
homogenistato 1,2-dioxigenasa
Degradación de tirosinaAlcaptonuria
Falta de pigmentación; pelo blanco, piel rosa
Tirosina 3-monooxigenasa
(tirosinasa)
síntesis de melanina a partir de tirosina
Albinismo
síntomas y fenotipoenzima defectuosaDefectoCondición Médica
10/8/13
Biosíntesis de nucleótidos
10/8/13
Piridiminas y purinas
10/8/13
Procesos metabólicos en los que participan los nucleótidos
Precursores activados de ADN y ARN• Intermediarios activados: UDP-glucosa, CDP-
diacilglicerol, S-adenosilmetionina• El ATP es un acarreador de energía, el GTP
participa en la síntesis de proteínas.• Los nucleótidos de la adenina son componentes de
NAD+, FAD+ y coenzima A.• Son reguladores metabólicos: AMPc, adenilación
de la glutamina sintetasa.
10/8/13
Diferencias entre nucleósido y nucleótido
10/8/13
Piridiminas
Purinas
10/8/13
Origen de cada uno de los átomos de una purina
10/8/13
Formación de ribonucleótidos y desoxirribonucleótidos
10/8/13
Ribosa 5 fosfato 5 fosforribosil 1 pirofosfato
Ribosa fosfato pirofosfocinasa
ATP AMP
¿Qué molécula dona la ribosa fosfato en la síntesis de purinas?
10/8/13
10 pasos formación del anillo de purinas 1. Gln (grupo amida): N9 2. Gli: C4, C5 y N7 3. N10 formiltetrahidrofolato: C8 4.Gln (grupo amida): N3 5. Formación del primer anillo 6. CO2: C6 7. Asp: N1 8. Eliminación de fumarato 9. N10 formiltetrahidrofolato: C2 10. Formación del segundo anillo
10/8/13
Síntesis del AMP y GMP
10/8/13
PURINA PURINAPPi
PRPP Purina ribonucleótido
Vía de salvamento (reutilización) de purinas
Adenina fosforribosil transferasaAdenina + PRPP Adenilato + PPi
Hipoxantina guanina fosforribosil transferasaHipoxantina + PRPP Inosinato + PPiGuanina + PRPP Guanilato + PPi
10/8/13
Diferencias entre la síntesis de novo y la vía de salvamento
10/8/13
10/8/13
Origen de cada uno de los átomos de una piridimina
10/8/13
Carbamoilfosfato sintetasa II Glutamina + 2 ATP + HCO3
- Carbamoilfosfato + 2 ADP + Pi + Glu
Diferencias con la carbamoilfosfato sintetasa I.
El donador de N es Gln y no NH4+.
Reacción citosólica. El N-acetilglutamato no es un activador
alostérico.
10/8/13
Paso regulatorio
10/8/13
Ribonucleósido difosfato
Deoxiribonucleósido difosfato
NADPH + H+ NADP+ +H2O
Precursores de la síntesis de ADN
10/8/13
Timidilato sintasa
10/8/13
10/8/13
Regeneración de N5, N10 - metilen H4folato: Aplicaciones clínicas
10/8/13