Upload
vevy-ajaa
View
337
Download
32
Embed Size (px)
Citation preview
I. TUJUAN PERCOBAAN
I.1 Mahasiswa memahami prinsip pemisahan dengan metode elektroforesis
I.2 Mahasiswa dapat melaksanakan pemisahan dengan metode elektroforesis
II. DASAR TEORI
Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan
dan memurnikan suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat
berdasarkan perbedaan ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang
paling banyak dipakai saat ini dalam percobaan biokimia dan biologi
molekuler (Magdeldin, 2012).
Prinsip kerja elektroforesis gel dimulai saat makromolekul yang
bermuatan listrik ditempatkan pada medium berisi tenaga listrik. Molekul-
molekul tersebut akan bermigrasi menuju kutub positif atau kutub negatif
berdasarkan muatan yang terkandung di dalamnya (Magdeldin, 2012).
Molekul-molekul yang bermuatan negatif (anion) akan bergerak menuju
kutub positif (anoda), sedangkan molekul-molekul yang bermuatan positif
(kation) akan bergerak menuju kutub negatif (katoda) (Klug, 1994).
Lintasan yang ditempuh oleh suatu partikel bermuatan sesuai dengan:
d=U t e
q k=
U t V
L
Keterangan: d = lintasan yang ditempuh
Ut = mobilitas ion pada saat t
e = arus listrik
q = luas penampang
k = konduktivitas
V = tegangan
L = panjang saluran
Elektroforesis digunakan untuk menyediakan informasi mengenai
ukuran, konfirmasi dan muatan dari protein dan asam nukleat.
Elektroforesis dalam skala besar memungkinkan untuk digunakan sebagai
1
metode pemisahan yang dapat digunakan untuk menentukan komponen
dari protein atau asam nukleat setiap individu (Fairbanks, 1999) .
Elektroforesis gel memisahkan makromolekul berdasaran laju
perpindahannya melewati suatu gel di bawah pengaruh medan listrik.
Elektroforesis gel memisahkan suatu campuran molekul DNA menjadi
pita-pita yang masing-masing terdiri atas molekul DNA dengan panjang
yang sama (Campbell, 2002). Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan
dalam elektroforesis DNA, yaitu:
a. Gel poliakrilamida denaturasi, berfungsi untuk memurnikan penanda
oligonukleotida dan menganalisis hasil ekstensi primer.
b. Gel alkalin agarosa, berfungsi untuk memisahkan rantai DNA yang
berukuran besar.
c. Gel agarosa formaldehid denaturasi, berfungsi untuk menyediakan
sistem elektroforesis yang digunakan untuk fraksi RNA pada ukuran
standar.
(Davis, 1994).
Dalam proses elektoforesis terdapat beberapa faktor yang
mempengaruhi laju pergerakan dari molekul DNA, yaitu:
a. Ukuran Molekul DNA
Molekul yang berukuran lebih kecil akan cepat bergerak melewati gel
karena hambatan yang akan dihadapi tidak lebih banyak dibandingkan
molekul berukuran besar.
b. Konsentrasi gel
Semakin tinggi konsentrasi agarosa, semakin kaku gel yang dibuat
sehingga sukar untuk dilewati molekul-molekul DNA. Konsentrasi
agarosa yang lebih tinggi memudahkan pemisahan DNA yang berukuran
kecil, konsentasi agarosa yang lebih rendah memudahkan pemisahan DNA
dengan ukuran yang lebih besar.
c. Bentuk molekul
Molekul yang memiliki bentuk elips atau fibril akan lebih cepat bergerak
dibandingkan dengan yang berbentuk bulat.
2
d. Densitas muatan yaitu muatan per unit volume molekul
Molekul dengan densitas muatan tinggi akan bergerak lebih cepat
dibandingkan molekul dengan densitas muatan yang rendah.
e. Pori-pori gel
Semakin kecil pori-pori gel yang digunakan, semakin lambat pergerakan
molekul DNA.
f. Voltase
Semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan, semakin cepat pergerakan
molekul DNA.
g. Larutan buffer elektroforesis
Buffer dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik
sehingga mempercepat migrasi DNA.
(Wolfe, 1995).
Elektroforesis gel memiliki beberapa komponen yang terdiri dari:
1. Comb: digunakan untuk membentuk well pada gel agarose.
2. Tray: digunakan untuk sebagai cetakan gel agarose.
3. Chamber: digunakan sebagai wadah gel agarose.
4. Sumber listrik: digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis
(Birren, 1993).
3
III. DAFTAR PUSTAKA
Birren, B., E. Lai. 1993. Pulsed field ge electrophoresis: a practical guide. San
Diego: Academic Press, Inc.
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.G. Mitchell. 2002. BIOLOGI. Ed ke-5. Jakarta:
Erlangga
Davis, L., M. Kuehl, J. Battey. 1994. Basic methods: Molecular biology 2nd ed.
Norwola: Appleton & Lange
Fairbanks, D.J., W.R. Andersen. 1999. Genetics: The continuity of life. New
York: Brooks/Cole Publishing Company.
Klug, W.S., M.R. Cummings. 1994. Concept of genetics 4th ed. Columbus: Merrill
Publishing Co.
Magdeldin, S.. 2012. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. Croatia: InTech
Publisher
Wolfe, S. L. 1995. Introduction to cell and molecular biology. Belmont:
Wardworth Publishing Company
4