6/27/11  

1  

QIIME  virtual  machine  download  and  installa;on  

Alexander  V.  Alekseyenko  

Download  QIIME  Virtual  Machine  

Click  the  download  link  

1  

Put  the  downloaded  file  on  Desktop  in  directory  QIIME  

Click  to  unpack  

2  

Wait  for  Archive  U;lity  to  finish  

3  

QIIME  directory  aKer  unpacking  

4  

Installing  QIIME  virtual  machine  

5  

Click  New  to  add  virtual  machine  

Click  Con;nue  

6/27/11  

2  

Virtual  Machine  configura;on  

6  

1.  Type  in  name  ‘QIIME’  

2.  Select  ‘Linux’  3.  Select  ‘Ubuntu  (64  bit)’  

4.  Click  

Selec;ng  memory  for  the  virtual  machine  

7  

Select  at  least  1024MB  memory  (select  more  if  your  machine  has  more  physical  

memory)  

Click  

Select  QIIME  virtual  machine  hard  disk  

8  

1.  Put  check  mark  

2.  Select  

3.  Click  icon  

Locate  unpacked  QIIME  image  file  

9  

1.  Select  image  

Click  ‘Open’  

Select  QIIME  virtual  machine  hard  disk  

10  

Click  ‘Con;nue’  

QIIME  virtual  machine  summary  

11  

Click  to  finish  

6/27/11  

3  

QIIME  virtual  machine  in  VirtualBox  

12  

Install  VB  Guest  Addi;ons  

13  

Click  on  Devices  -­‐>  Install  Guest  Addi;ons…    

Execute  installa;on  autorun  

14  

Click  to  ok  

Execute  autorun  

15  

Click  to  Run  

Alterna;vely  run  from  the  command  line  

16  

When  Guest  Addi;ons  installa;on  is  complete,  Re-­‐start  the  QIIME  virtual  machine  

17  

6/27/11  

4  

Downloading  reference  sequences  

18  

In  terminal  type:  �wget  hfp://greengenes.lbl.gov/Download/Sequence_Data/Fasta_data_files/core_set_aligned.fasta.imputed  

Downloading  reference  sequences  

19  

In  terminal  type:  �wget  hfp://greengenes.lbl.gov/Download/Sequence_Data/lanemask_in_1s_and_0s