Laporan perjalanan dinas ke sydney romi novriadi

LAPORAN PERJALANAN DINASControl of nodaviral disease in tropical marine finfish hatcheries: enhanced biosecurity

through the application of contemporary biotechnology, epidemiology and pathobiologySydney, Australia, 4 – 14 September 2009

ROMI NOVRIADI (Departemen Kelautan dan Perikanan)E-mail : [email protected]

LAPORAN PERJALANAN DINAS

Keterangan Umum

1. Keterangan Personal yang melakukan Perjalanan Dinas Luar Negeri

a) Nama : Romi Novriadib) Tempat/Tgl lahir : Medan / 11 November 1981c) NIP : 19811111 200502 1 002d) Unit Kerja : Balai Budidaya Laut Batam

Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya Departemen Kelautan dan Perikanan

e) Negara Tujuan : Sydney - Australia

2. Nama KegiatanControl of nodaviral disease in tropical marine finfish hatcheries: enhanced biosecurity through the application of contemporary biotechnology, epidemiology and pathobiology( Pengendalian penyakit Nodavirus pada panti benih ikan laut tropis : Peningkatan biosekurity melalui penerapan bioteknologi termutakhir, epidemiologi dan patobiologi )

3. Penyelenggara Kegiatan3.1 Penyelenggara Utama ( ACIAR = Australian Centre For International

Agricultural Research )

3.2. Penyelenggara Pendamping ( Faculty of Veterinary Science, University of Sydney )

Kegiatan Training dan Workshop ini secara keseluruhan dilakukan di Laboratorium Fakultas Veteriner Universitas Sydney yang berlokasi di Camden dan dibimbing langsung oleh para akademisi yang ada di Fakultas Veteriner Universitas Sydney.

11




4. Tujuan dari kegiatan Training ini meliputi :

a) Metoda analisa untuk diagnosa penyakit dengan tepatb) Tekhnik analisa Viral Nervous Necrosis (VNN)c) Mengetahui arti sebenarnya dari sebuah hasil analisa laboratoriumd) Metoda analisa terperinci untuk diagnosa molekuler VNNe) Biosekuritif) Tekhnik sampling ikan yang baik untuk keperluan sertifikasi dan

diagnosa VNNg) Metoda Investigasi penyakit ikan

5. Lokasi dan Durasi KegiatanKegiatan Training ini dilaksanakan di Fakultas Ilmu Veteriner, Universitas Sydney di Camden-Sydney, Australia dimulai dari Tanggal 4 - 14 September 2009.

6. Tabel Kegiatan

No Tanggal Kegiatan1 4 September 2009 Berangkat Ke Sydney

Batam-Jakarta-Singapura-Sydney2 5 September 2009 Tiba di Sydney

Bermalam di Sydney3 6 September 2009 Berangkat ke Fakultas Ilmu Veteriner

Universitas Sydney di Camden4 7 September 2009 Kuliah dan Diskusi sesi 1

Investigation of Disease outbreak- the diagnostic pathway including epidemiology and pathologyPraktikum Sesi 1Tekhnik analisa dan Investigasi PenyakitKuliah dan Diskusi 2Interpreting the sensitivity and specificity of diagnostic testPraktikum Sesi 1 (lanjutan)Tekhnik Necropsy

5 8 September 2009 Kuliah dan Diskusi sesi 3Introduction to VNN disease and diagnosisPraktikum Sesi 2Introduction to tissue homogenization and disruptionPraktikum Sesi 3 (lanjutan)Introduction to purification of nucleic acids

11




Kuliah dan Diskusi sesi 4Conventional Vs Real Time PCR to detection of VNN

6 9 September 2009 Praktikum Sesi 4Conventional RT-PCR for NodavirusPraktikum Sesi 4 (Lanjutan)Perform PCR ThermocyclingPraktikum Sesi 4 (Lanjutan)Load and Run GelsKuliah dan Diskusi Sesi 5Biosecurity

7 10 September 2009 Kuliah dan Diskusi Sesi 6Sampling strategies to detect NNV for certification or diagnosisPraktikum Sesi 5Real Time RT-PCRKuliah dan Diskusi Sesi 7Epidemiology approach to outbreak investigationPraktikum Sesi 5 (Lanjutan)Real Time RT-PCR result analysisPraktikum Sesi 6Blind test of a panel of samplesKuliah dan Diskusi Sesi 8Outbreak investigation-pathology, epidemiology, surveillance of pilchard herpesvirus

8 11 September 2009 Kuliah dan Diskusi Sesi 9The diagnostic process-infection compared to diseasePraktikum sesi 6 (Lanjutan)Perform PCR ThermocyclingPraktikum sesi 6 (Lanjutan)Load and Run agarose gelsDiskusi dan Evaluasi Kursus

9 12 September 2009 Berangkat Ke SydneyBermalam di Sydney

10 13 September 2009 Berangkat Ke JakartaBermalam di Jakarta

11 14 September 2009 Berangkat ke Batam

11




DESKRIPSI KEGIATAN HARIAN

Hari Pertama, 7 Agustus 2009

Kuliah dan Diskusi sesi 1Investigation of Disease outbreak- the diagnostic pathway including epidemiology and pathology( Investigasi Kemunculan Penyakit – Metoda analisa termasuk epidemiologi dan pathologi)

Pemateri : Dr. John Humphrey

Prinsip diagnosa :Pada dasarnya prinsip analisa pada ikan sama dengan yang dilakukan untuk analisa penyakit hewan lainnya, burung dan manusia. Namun pada hal ini disertai dengan penekanan terhadap lingkungan dan kualitas air.

Praktikum Sesi 1Tekhnik analisa dan Investigasi Penyakit

Pembimbing : Paul Hick dan Alison Tweedie

Deteksi Betanodavirus pada jaringan ikan merupakan bagian dari prosedur diagnosa penyakit Viral Nervous Necrosis. Metoda analisa yang sangat sensitif dibutuhkan untuk mendeteksi gejala klinis infeksi Betanodavirus untuk tujuan pengendalian dan pengaturan penyakit.

Kuliah dan Diskusi 2Interpreting the sensitivity and specificity of diagnostic test Pemateri : Dr. Navneet Dhand

Setelah mendapatkan materi ini, peserta diharapkan :1. Dapat menentukan sebaik apa sebuah uji dapat mendeteksi kebenaran

penyakit ikan serta dapat mengklasifikasikan ikan yang tidak terserang penyakit.

2. Dapat menghitung kemungkinan ikan yang memiliki hasil analisa positif benar-benar terserang penyakit dan hasil negatif benar-benar menerangkan ikan yang bebas penyakit.

3. Menentukan pengaruh prevalensi dari berbagai kemungkinan4. Memilih uji diagnosa yang cocok untuk situasi tertentu

11

Pagi Hari

Siang Hari




Hari Kedua, 8 Agustus 2009

Kuliah dan Diskusi sesi 3Introduction to VNN disease and diagnosisPemateri : Paul Hick

Materi ini menekankan kepada keunggulan metoda analisa VNN dengan mesin Real Time bila dibandingkan dengan metoda Konvensional. Keuntungan tersebut diantaranya :1. Diagnosa penyakit Viral Nervous Necrosis (VNN) membutuhkan

pengamatan secara menyeluruh yang meliputi : gejala klinis, histopatologi, dan Identifikasi Nodavirus

2. Uji RT-PCR merupakan metoda analisa yang lebih cepat, sederhana, dan memiliki sensitivitas yang tinggi dalam melakukan analisa VNN

3. Metoda analisa RT-PCR hanya membutuhkan sejumlah kecil dari templat asam nukleat yang telah dipurifikasi.

Kuliah dan Diskusi sesi 4Conventional Vs Real Time PCR to detection of VNNPemateri : Paul Hick

Meteri ini merupakan kelanjutan dari materi sebelumnya dan lebih menekankan keuntungan dalam menggunakan mesin Real Time PCR untuk melakukan analisa Viral Nervous Necrosis bila dibandingkan dengan metoda analisa PCR yang konvensional.

11

Pagi Hari

Siang Hari




Hari Ketiga, 9 Agustus 2009

Praktikum Sesi 4Conventional RT-PCR for NodavirusPembimbing : Paul Hick dan Alison Tweedie

Pada kegiatan praktikum ini, seluruh peserta melakukan analisa PCR secara konvensional terlebih dahulu terhadap sampel ikan yang telah diambil pada hari Pertama.Kegiatan ini meliputi : Ekstraksi sampel, Homogenisasi Sampel, Amplifikasi yang didahului dengan pembuatan Master Mix, Elektroforesis menggunakan gel dan diakhiri dengan dokumentasi hasil analisa

Materi dan DiskusiJudul : Biosecurity For Aquaculture FacilitiesPemateri : Dr. Joy Becker

Banyak penyakit ikan diketahui terdapat pada industri budidaya perikanan dan kemudian berlanjut menjadi salah satu penyebab terbesar kematian ikan, berkurangnya produksi dan kehilangan ekonomi. Pada sebuah pola yang sederhana, Biosekuriti dapat diterapkan untuk melindungi organisme dari beberapa jenis mikroorganisme yang bersifat infeksius. Biosekuriti pada budidaya ikan adalah untuk melindungi hewan laut (ikan, kerang, udang, dll) dari organisme pathogen infeksius, seperti parasit, bakteri, virus dan jamur. Satu dari cara terbaik untuk melindungi ikan dan mempertahankan operasional budidaya adalah dengan mencegah penyakit melalui program biosekuriti yang baik.

Sebuah program biosekuriti yang baik sebaiknya memiliki prosedur dan peraturan yang memiliki keterkaitan kepada :

11

Pagi Hari

Siang Hari




1. Pencegahan penyakit – menghentikan seluruh mikroorganisme pathogen masuk kedalam fasilitas budidaya.

2. Monitoring penyakit – untuk memastikan mikroorganisme pathogen tidak masuk ke dalam fasilitas budidaya

3. Pengobatan dan Pemberantasan Penyakit 4. Sterilisasi dan Desinfeksi – untuk mencegah penyebaran penyakit di

sekitar fasilitas budidaya5. Peraturan pencegahan penyakit secara umum – diaplikasikan kepada

seluruh fasilitas operasional budidaya perikanan.

Pengembangan Program BiosekuritiBiosekuriti merupakan rangkaian kegiatan untuk menstimulasi dan mempertahankan kesehatan ikan. Program Biosekuriti termasuk didalamnya berbagai prosedur dan peraturan yang digunakan pada fasilitas budidaya. Tujuan dari program Biosekuriti adalah :1. Mengurangi resiko masuknya organisme pathogen kedalam fasilitas

budidaya2. Mengurangi resiko menyebarnya mikroorganisme pathogen melalui

fasilitas yang merupakan tempat mereka hidup.3. Mengurangi kondisi stress pada ikan dimana dapat membuat ikan lebih

peka terhadap penyakit apabila mereka melakukan kontak dengan mikroorganisme pathogen.

11




Hari Keempat, 10 Agustus 2009

Kuliah dan Diskusi Sesi 6Sampling strategies to detect NNV for certification or diagnosisPemateri : Prof. R. Whittington

Dr. Navneet Dhand

Pembudidaya ikan dan pengusaha ekspor perikanan biasanya membutuhkan sertifikasi terhadap kehadiran penyakit tertentu pada tambak atau areal budidaya yang mereka miliki. Meskipun sangat sulit untuk menggaransi secara pasti apakah areal budidaya tersebut bebas dari penyakit, pengambil kebijakan dapat melakukan tindakan pendekatan secara ilmiah untuk membuktikan apakah penyakit pada areal budidaya berada di bawah level tertentu. Materi ini memberikan kepada peserta pemahaman dan bagaimana melakukan tekhnik sampling ikan untuk keperluan sertifikasi produk budidaya perikanan.

PraktikumReal Time RT-PCRPembimbing : Paul Hick dan Alison Tweedie

Kuliah dan Diskusi Sesi 8Epidemiology approach to outbreak investigationPemateri : Dr. Navneet Dhand

Tidak sama dengan pendekatan melalui gejala klinis dan patologi, pendekatan secara epidemiologi untuk investigasi kemunculan penyakit lebih terfokus kepada identifikasi factor yang bertanggung jawab terhadap munculnya penyakit dibandingkan identifikasi mikroorganisme penyebab. Epidemiologi membandingkan beberapa factor pada penyakit dan tambak non-penyakit serta mencari jawaban atas pertanyaan : Mengapa penyakit ini timbul di satu kolam/tambak sementara kolam/tambak yang lainnya tidak? Factor apa yang membedakan antara kolam/tambak yang terinfeksi penyakit dengan kolam/tambak yang bebas penyakit?

Pada dasarnya, tujuan secara keseluruhan baik secara epidemiologi maupun secara patologi adalah untuk mengendalikan penyakit dan meminimalisasi penyebarannya. Di dalam kehidupan sebenarnya, baik pendekatan secara Epidemiologi maupun patologi bersifat saling mendukung.

Praktikum Sesi 5 (Lanjutan)Real Time RT-PCR result analysis

11

Pagi Hari

Siang Hari




Pembimbing : Paul Hick dan Alison Tweedie

Pada sesi praktikum ini kita mempelajari bagaimana membaca dan menginterpretasi hasil analisa dengan menggunakan mesin real Time PCR.

Praktikum Sesi 6Blind test of a panel of samples

11

Cycles

Amplification Plots

Starting template(plasmid DNA) 108 copies, 107 copies, 106 copies, ... 1 copy

Flu

ore

scen

ce (

dR

n)




Kuliah dan Diskusi Sesi 8Outbreak investigation-pathology, epidemiology, surveillance of pilchard herpesvirusPemateri : Prof. Richard Whittington

Hari Ke Lima, 11 Agustus 2009

Kuliah dan Diskusi Sesi 9The diagnostic process-infection compared to diseasePemateri : Dr. John Humphrey

Praktikum sesi 6 (Lanjutan)Perform PCR ThermocyclingPembimbing : Paul Hick dan Alison Tweedie

Praktikum sesi 6 (Lanjutan)Load and Run agarose gelsPembimbing : Paul Hick dan Alison Tweedie

Keseluruhan praktikum yang dilakukan pada hari ke-lima merupakan praktikum test untuk menguji sejauhmana penyerapan pengetahuan yang diterima selama Training. Seluruh peserta mendapatkan sampel yang berbeda dan melakukan analisa secara masing-masing tanpa disertai bimbingan secara langsung.

Praktikum dimulai dari proses Homogenisasi hingga melakukan proses analisa menggunakan mesin real Time PCR serta membaca hasil analisa tersebut.

Hasil analisa kemudian didokumentasikan untuk kemudian dibahas dan disesuaikan dengan kondisi sampel ikan yang sebenarnya. Bila sampel ikan positif namun terbaca negatif maka kita melakukan penelusuran kira-kira dimana letak permasalahan sehingga ikan yang non-infeksi bisa terdeteksi positif demikian juga sebaliknya.

Diskusi dan Evaluasi KursusDiskusi dilakukan dengan menghadirkan seluruh peserta dan pemateri serta pembimbing praktikum untuk melakukan evaluasi secara bersama tentang tingkat pemahaman peserta terhadap berbagai materi yang diberikan selama Trainin dan Workshop ini.

12 September 2009 : Berangkat Ke Sydney

11

Pagi Hari




13 September 2009 : Berangkat Ke Jakarta

14 September 2009 : Berangkat kembali ke Batam

Kesimpulan Tambahan

Salah satu virus yang telah diketahui menyerang ikan laut dan tersebar luas di dunia adalah Nervous Necrosis Virus (NNV) yang menyebabkan Viral Nervous Necrosis (VNN). Virus ini mempunyai genom RNA dan tergolong Nodaviridae. Nodaviridae banyak menyerang dan menyebabkan kematian yang tinggi pada larva dan benih. Berdasarkan genomnya, nodaviridae dibagi empat genotipe yaitu tiger puffer nervous necrosis virus (TPNNV), striped jack nervous necrosis virus (SJNNV), barfin flounder nervous necrosis virus (BFNNV) dan re grouper nervous necrosis virus (RGNNV). Nodaviridal yang menyerang ikan laut tersebut telah diteliti baik di Amerika, Eropa, Jepang maupun di Taiwan (Chi, Lo dan Lin, 2001). Di Taiwan, budidaya ikan kerapu merupakan industri penting dalam sektor perikanan. Penyakit VNN termasuk masalah serius terutama di perbenihan baik untuk larva maupun juwana. Uji laboratorium menunjukkan bahwa virus ini dapat menyebabkan kematian 100 % dalam waktu 3 hari (Che et al., 1999). Ada indikasi kuat, bahwa di perbenihan cara penularan utama adalah secara vertikal yaitu dari induk ke benih. Target organ utama serangan adalah otak, oleh sebab itu gejala yang terlihat jelas adalah berenang tidak normal, malas dan nafsu makan berkurang.

Saat ini untuk analisa penyakit tersebut masih menggunakan metoda analisa PCR secara konvensional. Kelemahan metoda ini adalah membutuhkan banyak reagen dan waktu analisa yang cukup lama. Sementara para pembudidaya membutuhkan hasil analisa yang cepat, sederhana namun cukup sensitif untuk mendeteksi keberadaan Virus ini baik pada komoditas Ikan maupun di lingkungan budidaya ikan itu sendiri. Keinginan ini terjawab dengan hadirnya metoda analisa PCR yang lebih cepat, sederhana dan sensitif dengan menggunakan metoda analisa Real Time PCR.

Di Indonesia sendiri saat ini banyak Laboratorium yang belum memiliki alat metoda analisa PCR dengan sistem real Time. Namun untuk mempersiapkan Sumber Daya Manusia khususnya di Indonesia untuk mengoperasikan mesin real Time PCR ini, maka pihak ACIAR melaksanakan training dan Workshop ini serta diharapkan peserta Training dapat langsung mengaplikasikan seluruh pengetahuan dan pengalaman yang didapat.

11

Documents

Laporan perjalanan dinas ke sydney romi novriadi