Upload
others
View
6
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
KINETIKA ENZIMSKI KATALISANIH REAKCIJA
V.Dondur, 2012/13Predavanje 14.
Jednostavna enzimska reakcija
E + S ES EP E + PE: Enzim
S: Substrat
P: Produkt
ES: enzim-substrat kompleks
EP: enzim-produkt kompleks
Michaelis i Menten mehanizam delovanja enzima (1913)
Primer za
raskidanje
proteina na
manje delove
E0
1 0
ES
dt
d
ESP
2kdt
dv
2
ES E E 0
3
T-total
1,2,3, osnovne pretpostavke pri izvodjenju MM kinetike
Oblast vazenja
stacionarnosti
ESk k SES-Ek 21-01
SEk Sk k kES 01121-
S K
SE ES 0
M 1
21-
k
k k K
M
0ESESSE
ES211 kkk
dt
d
SK
SEES
P 022
M
kk
dt
dv
02max Ek V
SK
SVmax
M
v
• Ako se uzme da je d[P]/dt
= k [E]0 gde je k
efektivna (prividna)
konstanta brzine
• k = k2 [S]/([S] + KM)
• Kriva k vs. [S]
pokazuje da će se za
velike vrednosti [S], k
priblizavati k2
SK
SEES
PP 022
M
kk
dt
d
dt
d
SK
SEES
P 022
M
kk
dt
d 0E
Pk
dt
d
SK
S2
M
kk
SK
S2
M
kk
k/k2
Pred stacionarni i stacionarni režim
• Predstacionarni deo zavisi od k1, k-1, k2
– Tipično (5 millisekundi)
• Mihaelis & Menton jednačina važi u stacionarnom delu
– Pre nego što se proizvod akumulira, i reverzna reakcija postane značajna
Vreme
conc.
[ES]
[E] [E] + [ES] = [E0] = const.
[P]
[S] (>>>[ES])
Ustaljeno stanje
Stacionarni deo aproksimira se sa v0.
Pred stacionarna kinetika: nelinerni deo, [ES] se menja u okolini t = 0...
(vreme koje prethodi uspostavljanju stacionarnosti)
Eksperiment u stacionarnom stanju
Meri se v0 dok je [ES] konstantno tj u ustaljenom stanju
v0
Vmax
[S]0
Meri se početna brzina nastajanja produkta
(ili nestajanja supstrta) za različito [S]0 I crta
grafik v0 = f([S]0 )
[S] [P]
time
Pri različitim početnim
koncentracijama
supstrata menjaće se
svakako brzina nastajanja
proizvoda
Početne brzine se
standardno
odrdjuju iz nagiba
tengente u t0 za
razne [S i]0
SK
SEES
P 022
0
Mt
o
kk
dt
dv
vo je početna brzina
maksimalna brzina
02max Ek V
SK
SVmax
M
ov
Km je koncentracija supstrata
kada je vo jednako polovini
Vmax
Interpretacija osnovnih parametra MM kinetike:
Prvi red reakcije u odnosu na S Nulti red reakcije u odnosu na S
SK
SVmax
M
ov
KM = S V0 = ½ Vmax
If V0 = 1/2Vmax then
½ Vmax = Vmax[S] / (KM + [S])
½ = [S] / (KM + [S])
½ KM + ½ [S] = [S]
½ KM = ½ [S]
KM = [S]
maxmax
M
V
1
S
1
V
K1
ov
Linearizacija MM jednačine da bi se lakse odredili parametri enzimske
kinetike
KM -Mihaelisova konstanta
Turnover broj,broj ponavljanja, kcat
• broj reakcija koje se dese na svakom aktivnom
centru u jedinici vremena, ili broj molekula produkta
koji se stvori po jednom aktivnom centru u jedinici
vremena
•Turn over broj predstavlja formiranje produkta pri
visokoj koncentraciji substrata.
• kcat = Vmax/E0
• kcat = k2 za Mihaelis-Menten ovu kinetiku
• biće znatno kompleksnije za složenije
mehanizme
max 2 0( )V k E
Turnover broj, kcat
Za Mihaelis –Mentonovu kinetiku k2= kcat
Kada je [S] << KM , (nema puno produkta)
cat200
M M
kkE S [ ] S
K Kov E
kcat/KM je konstanta brzine reakcije drugog
reda i približno je mera katalitičke efikasnosti
Katalitička efikasnost: kcat/KM
kcat/KM = k2/KM = k1k2/(k-1 + k2)
za k2>> k-1 maksimalna vrednost ε= kcat/KM = k1
Katalitička efikasnost: ε=kcat/KM
Ukoliko je k1 brzo, brzina reakcije je odredjena difuzijom S i E
Šta je katalitička perfekcija?
Kada je k2>>k-1 ili odnos21
21
kk
kk
maksimalan
Tada je1
MKk
kcat Svaki supstrat koji se našao na
enzimu je reagovao.
Reakcija je samo difuziono kontrolisana, brzina
difuzije je 108 to 109 M-1s-1. Enzim toliko snižava
energiju aktivacije za reakciju da svaki susret
supstrata sa aktivnim centrom dovodi do
reakcije.
INHIBICIJA
EI
IEK I
Inhibitor je supstanca koja se vezuje za enzim I
smanjuje konverziju u produkat. Jačina ove
veze se definiše konstantom stabilnosti, koja u
slučaju direktne veze sa aktivnim centrom
enzima može da se prikaže na sledeći način:
u prisustvu inhibitora I dalje važi MM kinetika. Merene
konstante KM i Vmax su sada prividne (složene)
konstante.
Kinetika inhibicije• Inhibitori- substance koje utiču na aktivnost enzima
– Utiču na vezivanje supstrata
– Menjaju turnover broj, brzinu katalitičke reakcije
• reverzibilni inhibitori interaguju sa nekovalentnim vezama
• Ireverzibilni inhibitori se vezuju jakim kovalentnim vezama za enzim
Konkurentska inhibicija, inhibitor se vezuje na isti centar kao
supstrat, onemogućava supstrat da reaguje, smanjuje broj
mesta na kojima se supstrat vezuje.
Konkurentska inhibicija
I se vezuje na istim mestima ali se uticaj može smanjiti viškom S
– Ne utiče na Vmax
– prividna KM (aKM) će rasti sa porastom koncentracije inhibitora.
EI
IEK I
SK
SV
M
max
a
ov
IK
I1a
EI
IEK I
maxmax
111
vSv
K
v
M
o
a
Konkurentska inhibicija
Nekonkurentska inhibicija (uncompetitive ihibition)
Inhibitor se vezuje nakon vezivanja supstrata na centar koji nije
aktivni centar
Inhibitor se vezuje samo na ES
kompleks
I sprečava formiranje produkta,
•Vmax opada i
•KM opada u istom iznosu
max max
M
V S ( / )[ ]
K S / [ ]o
M
V Sv
K S
a
a a
'
I' 1
K I
a
Nekonkurentska inhibicija
maxmax
'11
vSv
K
v
M
o
a
Mešovita inhibicija
Inhibitor se vezuje
blokirajući i E i ES;
• utiče na oba faktora
Vmax i KM ali ne uvek.
max max
0
[ ] ( / ) [ ]
[ ] / [ ]M M
V S V S
K S K S
va
a a a a
EI
IEK I
ESI
IESK I
'
max max
1 1M
o
K
v v S v
a a
a
•Sa porastom [I] opada Vmax i
raste KM.
IK
I1a
IK
I1a
Ne-kompetitivna inhibicija - drugi tipovi inhibicije,
(non-competive)
Nekonkurentska inhibicija, slučaj u kome se inhibitor
vezuje potpuno nezavisno od supstrata. U tom slučaju
njegovo vezivanje ne utiče na KM, ali moze da smanjuje
Vmax,
Supstrat može da se veže
direktno na E ali i na EI.
Inhibitor može da se veže i
na E in ES.
Iz ESI ne dolazi do
gradjenja produkta zbog
konformacionih promena
izazvanih inhibitorom
Types of inhibition - Summary
1/v0Slope = KM/Vmax
1/Vmax-1/KM1/[S]
1/v0
1/Vmax-1/KM1/[S]
1/v0
1/Vmax-1/KM1/[S]
1/v0
1/Vmax-1/KM1/[S]
Uticaj inhibicije na parametre Mihelis
Mentenove jednačine
Tip inhibicije
Bez inhibicije
konkurentska
nekonkurentska
mešovita
privVmaxpriv
MK
MK
MKa
'/aa MK
'/aMK
maxV
maxV
'/max aV
'/max aV
Aktivnost enzima zavisi od
pH sredine, za svaki
enzim postoji specifična
zavisnost od pH sredine.
pH koji odgovara maksimalnoj
brzini reakcije je poznat kao
optimalni pH.
Uticaj pH je prvi vrlo malim ili pri vrlo
velikim vrednostima ireverzibilan jer u
tim uslovima dolazi do narušavanja
tercijerne strukture proteina.
Reverzibilne promene će se
dogadjati u oblastima gde se pH ne
razlikuje mnogo od optimalnog pH.
UTICAJ pH
Uticaj pH na kinetičke parametre
2
[ ][ ]
[ ];b a
EH HK
EH
E HK
EH
2
[ ] [ ][ ];
[ ]bx ax
ESH H ES HK K
ESH ESH
Protonovanje i deprotonovanje EH i ESH ne pogoduje stvaranju P. Zato za
svaki enzim postoji optimalni pH u zavisnoti od odgovarajućih kiselinskih K
22 ESHESESHEHEEHEo
1 1a aXo
b bX
H HK KE EH ESH
K KH H
0
d ESH
dt
1 2 1k k ESH k EH S
Koncentracija odredjene forme enzima će zavisiti od pH sredine
(E-, EH2+, se izraze preko Ka i Kb a ES- i ESH2
+ preko Kax i Kbx u izrazu za E0)
Stacionarno stanje
Po ESH
Slično kao kod obične MM kinetike, koncentracija preostalog
enzima EH se izrazi preko EH0 i EHS. Izračunata EHS (iz
stacionarnog stanja) se uvrsti u izraz za brzinu procesa:
2 0[ ][ ]
(1 / [ ] [ ] / ) [ ](1 / [ ] [ ] / )m a b ax bx
k E Sv
K K H H K S K H H K
Za veliko S2 0[ ][ ]
[ ](1 / [ ] [ ] / )ax bx
k E Sv
S K H H K
Za malo S 2 0[ ][ ]
(1 / [ ] [ ] / )m a b
k E Sv
K K H H K
Primer : Merenje brzine pri malim [S] na raznim pH
može da objasni yavisnost brzine od pH:
Visoka [H+] odnosno malo
pH
2 0[ ][ ]; log log[ ]
[ ] /m b
k E Sv v const H
K H K
const pH
Srednje kiselosti2 0[ ][ ]
; logm
k E Sv v ne zavisi od pH
K
Niska [H+] odnosdno
visko pH2 0[ ][ ]
; log( / [ ] )m a
k E Sv v const pH
K K H
'
1
1
a
b
M M
ax
bX
H K
K HK K
H K X
K H
'
max max
1
1 ax
bX
V VH K X
K H
SK'
SV'max
M
v
Vmax i KM su konstante aktivne forme enzima
Delenjem sa izrazom pored S u
imeniocu mogu se definisati
prividna K` m i V`max koje takodje
imaju pH zavisnost
Izraz za brzinu se može svesti na
Standardni oblik MM kinetike:
SK
SVmax
M
v1
21-
k
k k K
M
oEkV 2max
Ako je S malo
21
12
kk
SEkkv o
1
12
k
kkSlučaj 1. k2>>k-1
1
12
k
SEkkv o
SEkv o1
Energija aktivacije
odredjena sa k1
formiranja kompleksa ES
Slučaj 2. k-1>>k2
Energija aktivacije
E= E1+ E2 –E-1
Temperaturska zavisnost enzimski katalisanih reakcija
(odredjena je T zavisnošću k’1, k 1 i k2
1
2
1
1 22
1
E S ES E P
Briggs-Haldane: ;
k
k
k
cat M
k kk k K
k
Mehanizmi na koje se može primeniti Mihaelis-Menten
kinetika:
• Mnoge reakcije se mogu redukovati na ovu osnovnu
formu.
• Jednostavna kinetika ne može razdvojiti k1, k2, …
•Složene i prividne konstante su ono što se može
dobiti analizom ovih sistema kcat, KM
Mehanizmi na koje se može primeniti Mihaelis-Menten kinetika
1 2
1 2
0 0
1 2 1 22 2
1 2
0
0
E S ES E P (reversibilno)
E S E P (opsta jednacina)
1 S P
; ; ; ;
E Sako P 0 : (Mihaelis Menton)
S
k k
k k
S P
mS mP
mS S mS mP p mP
cat
mS
k kv
K K
k k k kK k k K K k k K
k k
kv
K
E + S D ES D E + P ES E E 0
S P S 0
0PEES)(SE
ES2211 kkkk
dt
d
ESkSEk
dt
Pd
dt
Sd11
2121
2121 )(
kkPkSk
EPkkSkk
dt
Pd
dt
Sd o
2121
2121 )(
kkPkSk
EPkkSkk
dt
Pd
dt
Sd o
max max/ /
1 / /
M P MP
M MP
d S V K S V K P
dt S K P K
SK
SEk
dt
Sd
M
o
2
Kada je P=0
oEkV 2max oP EkV 1max
1
21-
k
k k K
M
2-
21-
k
k k K
MP
Mehanizmi na koje se može primeniti Mihaelis-Menten kinetika
forma generalna ista ali slozenije, (znatno
;; ;
jednacina) generalna (ista PS1
PESE
)(multistep P E EP ES S E
323121
321
3221
323121
00
3
3
2
2
1
1
mPSmS
mPmS
PS
k
k
k
k
k
k
Kkkkkkk
kkkk
kkkk
kkkkkkK
KK
kkv
(ne treba izvodjenje ovo je samo ilustracija kako se složeni mehanizmi
mogu svesti na formalno slične izraze)
King-Altman:mehanizam
E
ES
EP
k1[S]
k-1k2k-2
k-3[P]
k3
2
11
max
21
0
22133221323121
321321
0
0
;; :showed Cleland
)expected! (asequation Menton -Michaelis reversible theasearlier
shown wasform this;PS
PS :constants group
PS
PS
E
N
NK
C
cK
C
NV
CCc
NNv
kkkkkkkkkkkkkk
kkkkkkv
eq
S
M
S
PS
REAKCIJE KATALISANE ENZIMIMA
Hidroliza saharoze
Označavanje Mechanizama ER
A: Sekvencijalne reakcije
• Svi supstrati se vezuju za enzim pre
nego što se dogodi reakcija
Uredjeni sekvencijalni mehanizam
A B P Q
E EA (EAB EAP) EQ E
A B P Q
E EA EA E
*Prvo se transformiše B ostavljajući EA koji naknadno prelazi u Q.
example: liver alcohol dehydrogenase.
Cleland Schematics
• Moguća konfuzija u šemi:
– Da li je supstanca reaktant ili produkt?
• Cleland schema definiše
– Po konvenciji:
• ABC... substrates
• PQR… products
• E = enzyme
E
A B P Q C R
Strelice na dole označava
vezivanje supstrata a
strelica nagore
oslobadjanje produkta
Iustracija: Enzimi mogu biti veoma komplikovani ogranski molekuli u kojima
voda (Wat) može znatno uticati na reakcije na aktivnom centru: