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HOLOTYPEHLA™96/7KONFIGURATION
A&CEGEBRAUCHSANWEISUNG
VERSION805.08.2016
ZurAnwendunginderInvitro-Diagnostik
VorbereitungderDNAzurSequenzanalysemittelsIlluminaMiSeq
0086
OmixonHolotypeHLA-96/7KonfigurationA&CEAnleitungzurBenutzungvonV8.ZurBenutzungvonInvitro-Diagnostik.Copyright©2015,OmixonBiocomputingLtd.Confidential&Proprietary Seite2│47
InhaltsverzeichnisHERSTELLERINFORMATIONEN........................................................................................................................................7
SYMBOLSCHLÜSSEL........................................................................................................................................................7
INHALTDESHOLOTYPEHLA-96/7KONFIGURATIONA&CEKITS.....................................................................................8PRIMERCOMPONENTBOX(PRIMERKOMPONENTENBOX)..............................................................................................................................................8LIBRARYPREPARATIONREAGENTSCOMPONENTBOX......................................................................................................................................................896-WELLADAPTERPLATTE.................................................................................................................................................................................................8EXCELWORKBOOK.............................................................................................................................................................................................................9SOFTWARE–OMIXONHLATWIN.......................................................................................................................................................................................9
TRANSPORTUNDLAGERUNG.........................................................................................................................................9
WARNHINWEISEUNDVORSICHTSMASSNAHMEN..........................................................................................................9
SICHERHEITSINFORMATIONEN.....................................................................................................................................10
LEISTUNGSPARAMETER................................................................................................................................................10
TECHNISCHEBETREUUNG.............................................................................................................................................10TELEFONISCHEBETREUUNG:........................................................................................................................................10
EQUIPMENT,REAGENZIENUNDZUBEHÖR...................................................................................................................11TECHNISCHEUNDGERÄTEEMPFEHLUNG.........................................................................................................................................................................11ZUGEHÖRIGEREAGENZEMPFEHLUNGEN.........................................................................................................................................................................11
MISEQREAGENTKITKAPAZITÄT..................................................................................................................................11EMPFOHLENESZUBEHÖR.................................................................................................................................................................................................11
IMPRESSUM.................................................................................................................................................................12
VERWENDUNGSZWECK................................................................................................................................................12
WICHTIGEHINWEISEVORBEGINN................................................................................................................................13EMPFOHLENEGENOMISCHEDNAISOLIERUNG...............................................................................................................................................................13
PRINZIPDERMETHODE................................................................................................................................................13
ZUSAMMENFASSUNGDERSCHRITTE............................................................................................................................15
GLOSSAR/DEFINITIONEN..............................................................................................................................................16
SCHRITT1–HLAAMPLIFIKATIONMASTERMIXVORBEREITUNG..................................................................................17LISTEDERREAGENZIEN.....................................................................................................................................................................................................17PROTOKOLL.......................................................................................................................................................................................................................17
MASTERMIX:HLA-DQB1SET1(OPTIONAL)ANDDQB1SET2(EMPFOHLEN).............................................................18
SCHRITT2–HLAKLASSEIUNDIIAMPLIFIKATION........................................................................................................19LISTEDERREAGENZIEN.....................................................................................................................................................................................................19PROTOKOLL.......................................................................................................................................................................................................................19
ENZYMBELADENERMASTERMIX:HLA-A,B,C,DRB1,DPB1UNDDQA1.....................................................................19ENZYMBELADENERMASTERMIX:HLA-DQB1SET1(OPTIONAL)UNDHLA-DQB1SET2(EMPFOHLEN).....................19AMPLIFIKATIONDERKLASSEI(HLA-A,BUNDC)..........................................................................................................20AMPLIFIKATIONDERKLASSEII(HLA-DRB1,DQB1SET1,DQB1SET2,DPB1UNDDQA1)...........................................20GESCHÄTZTEAMPLIFIKATSGRÖSSEN............................................................................................................................20
SCHRITT3-AMPLIFIKATSBEWERTUNGUND-NORMALISIERUNG(MITTELSPLATTEN-FLUOROMETER)..........................22LISTEDERREAGENZIEN.....................................................................................................................................................................................................22PROTOKOLL.......................................................................................................................................................................................................................22
EXOSAP-ITPCR-REINIGUNG..........................................................................................................................................24
SCHRITT4–LIBRARYVORBEREITUNG...........................................................................................................................25LISTEDERREAGENZIEN.....................................................................................................................................................................................................25PROTOKOLL.......................................................................................................................................................................................................................25
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FRAGMENTATIONMASTERMIX...................................................................................................................................25FRAGMENTIERUNGSPROGRAMM................................................................................................................................26ENDREPAIRMASTERMIX.............................................................................................................................................27ENDREPAIRPROGRAMM.............................................................................................................................................27LIGATIONMASTERMIX.................................................................................................................................................28LIGATIONSPROGRAMM................................................................................................................................................28
SCHRITT5–LIBRARY-GRÖSSENAUSWAHL....................................................................................................................31LISTEDERREAGENZIEN.....................................................................................................................................................................................................31PROTOKOLL.......................................................................................................................................................................................................................31
SCHRITT6–LIBRARYBEWERTUNG................................................................................................................................32LISTEDERREAGENZIEN.....................................................................................................................................................................................................32PROTOKOLL.......................................................................................................................................................................................................................32
QPCRPRIMERMIX........................................................................................................................................................32QPCRMASTERMIX.......................................................................................................................................................33
SCHRITT7–SEQUENZIERUNGAMILLUMINAMISEQ.....................................................................................................34LISTEDERREAGENZIEN.....................................................................................................................................................................................................34
MISEQREAGENTKITKAPAZITÄT..................................................................................................................................34PROTOKOLL.......................................................................................................................................................................................................................34
SCHRITT8–ANALYSEDERHLASEQUENZDATEN...........................................................................................................36AUTOMATISCHESPROTOKOLL.........................................................................................................................................................................................36
ITSETUPUNDKONFIGURATION...................................................................................................................................36PROTOKOLLPERANALYSE............................................................................................................................................36
MANUELLESSERVERPROTOKOLL.....................................................................................................................................................................................36ITSETUPUNDKONFIGURATION...................................................................................................................................36PROTOKOLLPERANALYSE............................................................................................................................................36
MANUELLESDESKTOPPROTOKOLL..................................................................................................................................................................................36ITSETUPUNDKONFIGURATION...................................................................................................................................36PROTOKOLLPERANALYSE............................................................................................................................................37
ERGÄNZENDEABBILDUNGEN.......................................................................................................................................38PLATTENBEISPIELEFÜREINEAMPLIFIKATE-PLATTE,AMPLIFIKATIONSPLATTE,VERDÜNNUNGSPLATTE,AMPLIFIKATE-BEWERTUNGSPLATTE(FÜREINENINDIVIDUELLENORT)&REAKTIONSPLATTE...........................................................................................................................................................38BEISPIELEINERSTANDARD-BERWERTUNGSPLATTE.........................................................................................................................................................39QPCR-PLATTENBEISPIEL....................................................................................................................................................................................................39
ANHANG1:PIPPINPREP...............................................................................................................................................40PROGRAMIERUNGVONPIPPINPREP...............................................................................................................................................................................40LAUFDERPIPPINPREP.....................................................................................................................................................................................................40
ANHANG2:PROBENBLATT...........................................................................................................................................43
ANHANG 3:AMPLIFIKATBEWERTUNGMITTELSEINESQPCR-GERÄTS.......................................................................46LISTEDERREAGENZIEN.....................................................................................................................................................................................................46
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Dokumentenhistorie–WichtigeAnmerkungenundUpdates
Version Datum Autor SummederÄnderungen Authorisiertvon
V1 5/12/2015 RobertPollock Entwurfderersten
VersionGergelyTölgyesi
V2 18/01/2016 RobertPollock ZweiterEntwurf,geringfügigeKorrekturen
GergelyTölgyesi
V3 10/02/2016 RobertPollock DritterEntwurf,aktualisierteSymbolerklärung,aktualisierteGefrier/Tau-Zyklusempfehlungen,aktualisierte zweckmäßigeAnwendung
GergelyTölgyesi
V4 26/02/2016 RobertPollock Vierter Entwurf,Aktualisierung desAbschnitts"Sicherheitsinformationen"
GergelyTolgyesi
V5 05/04/2016 RobertPollock FünfteVersion,alternativeEmpfehlungzurAmplifikats-bewertung
EfiMelista
V6 05/05/2016 FruzsinaFelegyhazi
SechsteVersion,KleinwörtlichWeschselaufQiagenProtokolhin
EfiMelista
V7 05/06/2016 FruzsinaFelegyhazi
SiebenteVersion,DQB1Set1&Set2Aktualisierung
EfiMelista
V8 05/8/2016 FruzsinaFélegyházi
AchteVersion,AktualisierungvondemLibraryReagenzienvorbereitungKomponentenBox
EfiMelista
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Haftungsausschluss
Omixon hat nach größtem Bemühen dafür gesorgt, dass diese Gebrauchsanweisung (IFU)korrekt ist. Omixon haftet nicht für jegliche Ungenauigkeit oder Versäumnisse, die eventuellvorkommen können. Informationen in dieser IFU können ohneMitteilung geändert werden.Omixon übernimmt keine Verantwortung für jegliche Ungenauigkeit, die in dieserGebrauchsanweisung(IFU)enthaltenseinkönnen.
OmixonbehältsichzujederZeitdasRechtvor,dieseIFUund/oderdieProdukte,dieindieserIFUbeschriebensindohneweitereMitteilungenzuverbessern.
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Wenn Sie fehlerhafte, irreführende oder unvollständige Informationen in dieserGebrauchsanweisungfinden,begrüßenwirIhreAnmerkungenundVorschlä[email protected].
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HerstellerinformationenFirmenname:OmixonBiocomputingLtd
Standortadresse:Fehérváriút50-52/6
Stadt:Budapest
PostleitzahlH-1117
Land:Ungarn
Symbolschlüssel
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InhaltdesHolotypeHLA-96/7KonfigurationA&CEKits
PrimerComponentBox(PrimerKomponentenBox)Die Primerkomponenten ermöglichen spezifische ready-to-use Lösungen zur gezieltenLongRange PCR Amplifikation der HLA Gene A, B, DPB1, DQA1, DQB1 und DRB1. ZudembeinhaltetsiezweiTypenvonPrimer-Additiven(Enhancer1undEnhancer2).
PrimerMix REF# Rxns Menge/Gefäß #Gefäße
FarbenkodeHLA-A P012 96 220μL 1 Gelb
HLA-B P022 96 220μL 1 RotHLA-C P032 96 220μL 1 OrangeHLA-DRB1 P042 96 220μL 1 GrünHLA-DQB1(Set1) P052 96 220μL 1 BlauHLA-DQB1(Set2) P062 96 220μL 1 Schwar
zHLA-DQA1 P072 96 220μL 1 BraunHLA-DPB1 P082 96 220μL 1 LilaEnhancer1 E01 96 1100μL 1 Transp
arentEnhancer2 E02 96 300μL 1 Transparent
LibraryPreparationReagentsComponentBox(LibraryReagenzienvorbereitungKomponentenBox)
Die Library Preparation Component Box beinhaltet Reagenzien zur Vorbereitung der Library(Fragmentierung,Blunt-endundPolyadenylierungderEndendesAmplifikatsunddie LigationderindiziertenAdaptersequenzdaran)desHLAAmplifikats.
Reagenz REF# Rxns Menge/Gefäß #Gefäße
FarbenkodeFragmentierungsenzym(A) R11 96 278μL 1 Gelb
Fragmentierungspuffer(B) R21 96 278μL 1 RotEndRepair-Enzym(C) R31 96 162μL 1 GrünEndRepair-Puffer(D) R41 96 324μL 1 OrangeLigationsenzym(E) R51 96 324μL 1 BlauLigationspuffer(F) R61 96 1800μL 2 Schwar
z
96- WellAdapterPlatteDie 96-Well indizierte Adapterplatte beinhaltet ready-to-use induzierte NGS-Adapter(doppelsträngigeDNAOligonukleotide)ineiner5μLLösungzurGenerierungindividuellerNGSLibraries. Die 96-Well indizierte Adapterplatte beinhaltet eine ausreichende Menge anindizierten Adaptern für die Generierung von 96 individuelle NGS-Libraries und für dieIdentifizierungvonDownstream-Proben.
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Reagenz REF# Rxns Menge/Gefäß #
Platte
AdapterplatteA(i1-96) N1 96 5μL 1
ExcelWorkbookDas Excel Workbook wurde mitgeliefert, um das Protokoll des Holotype HLA 96/7 mitKalkulationen, Plattenanordnungen, Bestandsführung, Erstellung eines MiSeq-Probenblattesund vieles mehr, zu unterstützen. Wenn Sie keine Kopie besitzen, kontaktieren Sie [email protected].
Software–[email protected]üreinOmixonHLADoppelguthabenverbundenmitihremErwerbdesHolotypeHLA96/7Kits.
WichtigerHinweis:BenutzenSiealledreiOmixonHolotypeHLA96/7KitKomponentenunddieOmixonHLATwinSoftwareindemgleichenArbeitsablauf,umeinenArbeitsablaufesfürdieInvitro-Diagnostikzukonstituieren!BittebeachtensiedenAbschnittWarnhinweiseundVorsichtsmaßnahmenfürdieAnwendungsbeschränkungendesProdukts.AustauschkomponentesindnachspeziellerAnfrageerhältlich.BittebeachtenSie,dassOmixonnur denAustausch von "Komponent Boxen" ermöglicht, nicht von einzelnen Fläschchen. [email protected]ürweitereInformationen.
TransportundLagerung• TransportaufTrockeneis-PackungeninStyropor-Transportboxen,kannnachAnkunftbei
-20° gelagert werden. Bitte validieren Sie ihre Temperaturkontrolle und denÜberwachungsprozessihresGefriergerätsundhaltenSieihnkonstant.
• Ungeöffnete Kits sind bis zum Ablaufdatum des Kits haltbar (siehe Kit-Aufschrift) beieinerLagerungbei-20°C.
• NachÖffnendesProdukteswirddieProduktstabilität fürmaximalvier (4)Gefrier/Tau-Zyklengewährleistet.DieKitssindnachdemÖffnen,beieinerLagerungbei-20°,biszu3Monatehaltbar.
WarnhinweiseundVorsichtsmaßnahmenProduktbenutzungseinschränkungen
• FürbesteLeistungenbenutzenSiebittedieArbeitsanweisungendesHolotypeHLA96/7Kits und die Omixon HLA Twin Software für die HLA-Typisierungmittels NGSmit denMaterialien,ReagenzienunddemEquipmentempfohlen imAbschnitt "EquipmentundReagenzien".
• Die Benutzung anderer Materialien als im Abschnitt "Equipment und Reagenzien"beschrieben,müssenumfassendvomBenutzerüberprüftundvalidiertwerden!
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• BittestellenSiedieReagenziennichterneutheroderverdünnenSiesienichtandersalsinderIFUbeschrieben.BittebenutzenSienichtwenigerMengenanReagenzals inderIFUaufgeführt.DieseHandlungenkönnenzuLeistungsfehlernführen!
• Omixon kann keine Unterstützung bei jeglichem Problem bieten, die aus Tätigkeitenresultieren,dievondenProtokollschritteninderIFUabweichen.
• Bitte benutzen Sie das Produkt nicht im Falle von nachweisbaren Schäden derKomponente(gebrocheneGefäße,Platten,lockereVerschlüsse)!
Sicherheitsinformationen• LesenSiedenAbschnitt"Sicherheitsinformationen"und"WichtigeHinweise"vonjedem
ReagenzoderKit,geschildert imAbschnitt"Equipment,ReagenzienundLieferung",vordemBeginngründlichdurch.
• WennSiemitChemikalienarbeiten,tragenSiebitteimmereinengeeignetenLaborkittel,EinweghandschuheundeineSchutzbrille.FürweitereInformationenziehenSiebittedieentsprechendenSicherheitsdatenblätter(SDSs)desjeweiligenMaterialshinzu,erhältlichbeidemProdukthersteller.
• EinÜberblicküberdiechemischenZusammensetzungenderProdukt-ReagenzienfindenSieindenSDSsdesHolotypeHLA96/7KitsundsindnachAnfrageerhältlich.
• ProduktkomponentesollenalsgenerellmedizischerAbfallentsorgtwerden.
LeistungsparameterGängigeHaupt-LeistungsparametergemäßderProduktvalidierung.
HLA-A HLA-B HLA-DRB1 HLA-C HLA-DPB1 HLA-DQA1 HLA-DQB1
Sensitivity99.054% 99.171% 98.335% 96.310% 98.818% 98.927% 95.724%
Specificity99.966% 99.982% 99.956% 99.863% 99.946% 99.881% 99.775%
Precision99.054% 99.171% 98.335% 96.310% 98.818% 98.927% 95.724%
Accuracy99.935% 99.965% 99.915% 99.736% 99.897% 99.785% 99.572%
Reproducibility 100.00% 100.00% 99.28% 100.00% 99.28% 100.00% 99.28%
Repeatability 100.00% 100.00% 100.00% 100.00% 100.00% 100.00% 100.00%
TechnischeBetreuungZurgenerellenBetreuungdiesesProtokollskontaktierenSiebittesupport@omixon.com
TelefonischeBetreuung:
US|+1(617)500-0790Europa|+36705748001RestderWelt|+1(617)500-0790
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Equipment,ReagenzienundZubehör
TechnischeundGeräteempfehlung§ ThermalCyclermit96-Well-Plattenformat§ Platten-Fluorometer(oderjedesandereGerätzumFluoreszenz-Nachweisim96-Well-
PlattenformatzurBenutzungmittelsPromegaQuantiFluordsDNASystem)§ PippinPrep(Cat#PIP0001)oderBluePippin(Cat#BLU0001)vonSAGEScience§ qPCR-Gerätmit96-Well-oder384-Well-Plattenformat§ IlluminaMiSeq(Cat#SY-410-1003)§ 64-bitComputermitmin.4Coresund16GBRAM§ LangfristigeDatenspeicherung(ca.2TBDatenproMiSeqproJahr)
ZugehörigeReagenzempfehlungen§ LongRangePCRKitsvonQiagen(Cat#206401,206402or206403)
§ JedeProbebenötigt4μLLongRangeTaqPolymerase§ Cat#206401LongRangePCRkit(20)beinhaltet8μLTaqPolymerase§ Cat#206402LongRangePCRkit(100)beinhaltet40μLTaqPolymerase§ Cat#206403LongRangePCRkit(250)beinhaltet100μLTaqPolymerase
§ ExoSAP-ITvonAffymetrix(Cat#78200,78201,78202oder78205)§ JedeMischprobebenötigt4μLExoSAP-ITEnzym§ Cat#78200beinhaltet200μLExoSAP-ITEnzym§ Cat#78201beinhaltet1mLExoSAP-ITEnzym§ Cat#78202beinhaltet4mLExoSAP-ITEnzym§ Cat#78205beinhaltet10mLExoSAP-ITEnzym
§ LibraryQuantificationKit–Illumina/UniversalvonKAPABiosystems(Cat#KK4824)§ QuantiFluordsDNASystemvonPromega(Cat#E2670)§ AgencourtAMPureXPbeadsvonBeckmanCoulter(Cat#A63880,A63881,oderA63882)
§ JederHolotypeHLA-Laufbenötigtmaximal900μLAMpureXPbeads§ Cat#A63880beinhaltet5mLAMPureXPbeads§ Cat#A63881beinhaltet60mLAMPureXPbeads§ Cat#A63882450mLAMPureXPbeads
§ GelApparatur,1,5%Agarose,gefärbtnachinternemStandard(MarkerK/R2),fürPippinPrep/BluePippin(Cat#CDF1510fürPippinPrepundBDF1510fürBluePippin)
§ MolekulareingestuftesEthanol(AnhydrischerAlkohol)§ MolekulareingestuftesWasser(DNaseundRNasefrei)§ Natriumhydroxid§ 1XTEPuffer(pH8,0)§ MiSeqReagentKitvonIllumina
o MiSeqreagentkitvonIlluminav2(500-Zyklus)Cat#MS-102-2003o MiSeqreagentkitvonIlluminav2(500-Zyklus)Cat#MS-103-1003o MiSeqreagentkitvonIlluminav2(300-Zyklus)Cat#MS-102-2002o MiSeqreagentkitvonIlluminav2(300-Zyklus)Cat#MS-103-1002o MiSeqreagentkitvonIlluminav2(300-Zyklus)Cat#MS-103-1001
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MiSeqReagentKitKapazität
IlluminaMiSeqReagentKit
ZeitStunden
X2-96/7Proben
Std500Zyklus(MS-102-2003)
~39 96
Std300Zyklus(MS-102-2002)
~24 80
Micro300Zyklus(MS-103-1002)
~19 28
Nano500Zyklus(MS-103-1003)
~28 12
Nano300Zyklus(MS-103-1001)
~17 6
EmpfohlenesZubehör§ 1,5mLMikrozentrifugenröhrchen§ 1,5mLlow-bindMikrozentrifugenröhrchen§ 2,0mLlow-bindMikrozentrifugenröhrchen(EppendorfDNALoBindCat#
022431048empfohlen)§ justierbarePipetten(1,0–1000μL)§ 8-Kanal-Pipetten,justierbar(2,0-500μL)§ 96-Well-PCR-PlattenpassendzumThermalCycler§ 96-Well-PCR-PlattenpassendzumPlatten-Fluorometer§ 96-Well-PCR-PlattenpassendzumqPCR-Gerät§ 96-WellDeep-WellPlatten(>1000μL)§ PlattenabdichtungzurgenerellenBenutzung§ PlattenabdichtungenkompatibelzumThermalCycler(getestetfürLongRange-PCR)§ OptischePlattenabdichtungenkompatibelzumqPCR-Gerät§ MagnetischerStänder(MagneticStand)kompatibelmit2mlMikrozentifugenröhrchen§ 96-wellCoolerRacks(2Stück)§ 50mLFalkonröhrchen§ 50mLReservoire
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ImpressumDieHolotypeHLA96/7IFUundderenInhaltsindEigentumvonOmixonBiocomputingLimited("Omixon"), und sind ausschließlich für die vertragliche Benutzung dessen Käufer unterBeachtung der nachstehend beschriebenen Produkte vorgesehen und für keinen anderenZweck.DiesesDokumentunddessenInhaltdarf,ohnedasvorherigeschriftlicheEinverständnisvon Omixon, nicht für andere Zwecke benutzt oder verteilt und/oder übertagen, verbreitetoder reproduziert werden. Omixon überträgt mit diesem Dokument keine Patentlizenzen,Markenrechte, Copyright oderRechtedesRechtssystems, noch ähnlicheRechte einer drittenPartei.Omixon HLA Twin (“Software”) ist für den Käufer lizensiert unter den Bedingungen undKonditionenvonOmixonHLATwinEULA(www.omixon.com/hla-twin-eula/).WennSiemitdendarin stehenden Bedingungen und Konditionen nicht einverstanden sind, überträgt OmixonIhnenkeineSoftware-LizenzundSiedürfendieSoftwarewederbenutzennochinstallieren.Der Anleitung in diesemDokumentmuss von qualifiziertem und genau trainiertem Personalgenau und explizit gefolgt werden, um die sichere Benutzung des beschriebenen Produktessicherzustellen. Der gesamte Inhalt dieses Dokumentsmuss vor der Benutzung des Produktsvollständiggelesenundverstandenwerden.VERSÄUMNISSE BEIM VOLLSTÄNDIGEN LESEN UND EXPLIZITEM BEFOLGEN DER GESAMTENDARIN BEINAHLTENDEN INSTRUKTIONEN KANN ZU EINEM SCHADEN DES PRODUKTS,VERLETZUNG VON PERSONEN, DEM BENUTZER UND ANDEREN PERSONEN, UND ANDERENSCHÄDENFÜHREN.OMIXON ÜBERNIMMT KEINE VERANTWORTUNG RESULTIEREND AUS DER UNSACHGEMÄßENHANDHABUNG DER DARIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE (ENTHALTENE BESTANDTEILE ODERSOFTWARE)ODERDERBENUTZUNGVONDIESENPRODUKTENAUßERHALBDESBEREICHESDERVERTRAGLICH GESCHRIEBENEN LIZENZ ODER GENEHMIGUNG, GEWÄHRLEISTET DURCHOMIXONINVERBINDUNGMITDEMKAUFDIESESPRODUKTES.ZURBENUTZUNGFÜRDIEINVITRODIAGNOSE©2015OmixonBiocomputingLtd.AlleRechtevorbehalten.
VerwendungszweckDasHolotypeHLA 96/7 –Konfiguration A& CE Produkt (benannt als “HolotypeHLA) ist eineKombination von in-vitro Diagnostik-Test-Reagenzien und einer Datenanalyse-Software(OmixonHLATwin™)undistzurIdentifizierungundDefinitiondesHumanLeukocyteAntigens(HLA)derKlasseIundKlasseIIundzurAnwendungderHLATypisierungunterAnwendungderIllumina® MiSeq Next Generation Sequencing Plattform gedacht. Das Holotype HLA bietethumane histokompatible Informationen des HLA Klasse I (A, B, und C) und Klasse II (DPB1,DQA1,DQB1undDRB1)unterVerwendunghumanergenomischerDNA.
OmixonHolotypeHLA-96/7KonfigurationA&CEAnleitungzurBenutzungvonV8.ZurBenutzungvonInvitro-Diagnostik.Copyright©2015,OmixonBiocomputingLtd.Confidential&Proprietary
Seite13│47
DieOmixonHLATwin™Software,beinhaltetimHolotypeHLAProdukt,istdafürgedacht,dieimIllumina®MiSeqSystemgeneriertenDatenzuinterpretierenundzuvergleichen,umeinehoheGenauigkeit,Single-passAlleleLevelHLATypisierungmitsehrgeringerUngenauigkeitsratebeidem2fieldLevelzuerreichen.
Das Holotype HLA Produkt wurde für die In vitro-Diagnostik entwickelt, benutzt vonprofessionellem Personal im Gesundheitswesen, sowie Labortechnikern und Laborphysikern,trainiert in der HLA-Typisierung in Diagnostiklaboren, sowie EFI- oder ASHI-Akkordierte oderPersonendieinderLagesind,nachdenVorgabenderEFIoderASHIzuarbeiten.
WichtigeHinweisevorBeginn
EmpfohleneGenomischeDNAIsolierungHumanegenomischeDNA(gDNA)solltemitHilfevongutgetesteten,kommerziellerhältlichenDNAPräparationKits vorbereitetwerden,umeineKonstanzderPräparierung sicherzustellenUngeachtetdemAnsatz, ist eineakkurateBestimmungderKonzentrationenundReinheit füreinestabileProbenleistungerforderlich.
Die DNA muss frei sein von Kontaminationen, die die spätere Amplifikation, LibraryVorbereitungundSequenzierungsschritte(z.B.Alkohol,Salze,Detergenzien,FormaldehydeundHeparin) beeinflussen können. Das Blut sollte nicht in heparinisierten Gefäßen verwendetwerden und Blutproben von Patienten, die sich einer Heparintherapie unterziehen, undlipämischeoderhämolysischeProbensolltennichtverwendetwerden.
Präparierte genomische DNA kann sofort verwendet werden, wenn sie in Nuklease-freiemWasser oder über längere Zeit bei -20oC oder weniger in TE-Puffer gelagert wurde.WiederholtesGefrierenundTauensolltevermiedenwerden,umdieZersetzungzureduzieren.
EineKonzentrationvon20-30ng/µDNAwirdempfohlen,um100-150ngInputgenomischeDNAproPCR-Amplifikationzugewährleisten.
Absorptionsgradbei260nm/280nmund260nm/230nmvomWert1,7–2wirdsehrempfohlen.
PrinzipderMethodeÜbervieleJahrehatdieHLAGemeinschaftaneinerMethodegearbeitet,diedenumfassendenPolymorphismusdesHLA-GensunddessenGenproduktegenauidentifiziert.DieEinführungderPCRverbundenmitanderenTechnologien(Sangersequencing,SSOP,SSP,Luminex),stellteeineFormelzursignifikantenVerbesserungdesNachweisesdesHLA-Polymorphismusbereit,jedochmit etlichen Einschränkungen, die bis dahin führe, dass unsere Fähigkeit, eine umfassendeKarakterisierungdesHLA-Gensdurchzuführen,gehemmtwurde.DieTechnik,dieindenletztenJahrenentwickeltwurdeund zunehmendbenannt ist alsNextGeneration Sequencing (NGS),hatneueMöglichkeitenbereitgestellt,dieeinevollständigeKarakterisierungvonHLA-Geneninhaploider Form ermöglichen. NGS besitzt zwei individuelle Eigenschaften, 1) klonaleSequenzierung von DNA-Fragmenten und 2) gewaltig hoher Datendurchlauf. NGS bietet dieFähigkeit, den Polymorphismus aufeinander abzustimmen und dadurch die Beseitigung von
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Zweideutigkeiten, und bietet HLA-Typisierung auf der drei-zu-vier Feldniveau ohnereflektierende Tests und dadurch die Einführung einer potenziellen Gesamtlösung des HLA-Typisierungsproblems. Das hier beschriebene Protokoll nutzt diese Technologie aus undkombiniertdieLongRangePCR-AmplifikationvonHLA-GenenmitderSequenzierungaufeinerIlluminaMiSeq-Plattform. Noch speziellerwerden die HLA-Gene A, B, C, DQA1 und DQB1 inihrer gesamtenKodierungslängeamplifiziert, Elementeder5’ und3’endUntranslatedRegioneingeschlossen,währenddessenDRB1vomIntron1biszumIntron4undDPB1vomIntron1biszur3’UntranslatedRegionamplifiziertwird.DieAmplifikatewerdendanndurcheineSerieanSchrittenbearbeitet:
1. Fragmentierung der Amplifikate auf eine Größe, geeignet zum Sequenzieren auf einerIlluminaPlattform,
2. Blunt-endundAdenylierungderEndenderfragmentiertenAmplifikate.
3. Binden der Adapter-Sequenzen, die durchgehend im Prozess im MiSeq zur Erfassung,AmplifizierungundSequenzierungderDNAbenutztwerden.DieAdapterbeinhaltenaucheinenIndexauseinemkurzemSequenzabschnitt,gleicheinemAdapter,derdenUrsprungderLibraryidentifiziert(Probe/Ort).
Nach der Vereinigung der indizierten Libraries, Größenselektion und Bewertung, werden dieProbenimMiSeqsequenziert.DergesamteProzessdauert3-5Tage,abhängigvonderWahlderFlowCellaufder IlluminaPlattformDieZusammenfassungderSchritte imProtokollwurde indernachstehendenAbbildungdargestellt.
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ZusammenfassungderSchritte
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Glossar/Definitionen§ Amplifikate-Verdünnungsplatte – Eine 96-Well Deep-Well Platte zur Verdünnung der
AmplifikatefürdieBewertung§ Amplifikate-Platte - Alternativer Name für die Amplifikationsplatte; im Fall von DQB1
wirdderInhaltvonbeidenAmplifikationsplatten(Set1undSet2)kombiniert.§ Amplifikate-Bewertungsplatte-96-Well-PlattekompatibelzumPlatten-Fluorometer,wo
dieverdünntenAmplifikatebewertetwerden.§ Amplifikationsplatte–96-WellPCR-PlattezurAmplifizierungderHLA-Orte.§ End-Library – Library, die alle Proben Libraries beinhaltet, fertig zur Sequenzierung in
einemeinzelnenMiSeq-Lauf.§ Reaktionsplatte – Platte, wo die Sequenzreaktion, wie Fragmentierung, End Repair,
LigationdesIndex-AdapterszudenProben-Librariesdurchgeführtwird.§ Reagenzplatte–PlattezumAliquotierenderverschiedenenReagenzien,umdieLibraries
vorzubereiten.§ Proben-Library–LibraryvorbereitetdurchKombination(Pooling)allerHLA-Ortefüreine
vorgegebeneProbe.§ Proben-Libraries-Platte:PlattebeinhalteteineProben-Library(alleOrtekombiniert)pro
Well.§ Standards-Bewertungsplatte–96-Well-PlattekompatibelzumPlatten-Fluorometer,wo
DNAStandardsfürdieAmplifikate-Bewertungplaziertwerden.
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Schritt1–HLAAmplifikationMasterMixVorbereitungDauer:~2Stunden10MinutenDer Zweck dieses Schrittes ist es, den Ort-spezifischen Master Mix, zur individuellenAmplifizierung jedes gezielten HLA-Ortes, vorzubereiten. Die amplifizierten Orte in diesemProtokollsindHLA-A,HLA-B,HLA-C,HLA-DRB1,HLA-DQB1,HLA-DPB1undHLA-DQA1.FürHLADQB1sind2PrimerSetsbeigeliefert:Set1amplifiziertExons1-4undSet2amplifiziertExons2-5.Set2istnötigundausreichendzurErlangungakkuraterErgebnissederGentypisierung,sowiederenAmplifikatevomIntron1biszur3’UTR.Set1,welchesvonder5’UTRbiszumIntron4amplifiziert, hat eine Amplifikationsfehlerrate höher als empfohlen für eine verlässlicheklinischeGenotypisierung.DasHLA-DQB1Set1istfakultativzurVerwendunginApplikationen,woderkompletteUmfangdesDQB1Gensnichtnötigist.
Notiz:Die vorbereitetenMasterMix indiesemSchrittbeinhaltenalleReagenzien,die fürdieAmplifikationbenötigtwerden,mitAusnahmedesTaqPolymerase.
ListederReagenzien
Artikel Lagerung
GeliefertdurchHLA-APrimerMix -20°C Omixon
HLA-BPrimerMix -20°C OmixonHLA-CPrimerMix -20°C OmixonHLA-DRB1PrimerMix -20°C OmixonHLA-DQB1(Set1)PrimerMix(Optional) -20°C OmixonHLA-DQB1(Set2)PrimerMix(Empfohlen) -20°C OmixonHLA-DPB1PrimerMix -20°C OmixonHLA-DQA1PrimerMix -20°C OmixonDQBEnhancer1 -20°C OmixonDQBEnhancer2 -20°C OmixonLongRangePCRPuffer(10×) -20°C QiagendNTPs(10mMjeweils) -20°C QiagenH2O(bidest.) -20°C Qiagen
Protokoll1.1 -EntnehmenSieallePrimer-Mix,DQBEnhancer1und2,diedNTPsunddenLongRangePCR
Puffer(10×),ausderLagerung,AuftauenbeiRaumtemperatur.1.2 -VorbereitungderkombiniertenDQBEnhancer:gebenSie132μLDQBEnhancer2 indas
DQB Enhancer 1-Gefäß. Umbeschriften Sie das DQB Enhancer 1-Gefäßes in kombinierterDQBEnhancer.
1.3 -BereitenSieeinenMasterMixvorfürjedenPrimerMixanhanddernachstehendenTabelle:
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MasterMix:HLA-A,B,C,DRB1,DPB1undDQA1
Reagenz Volumen/Probe/locus Volumen/96Proben/locusPrimerMix 2μL 204μLLongRangePCRPuffer(10×) 2,5μL 255μLdNTPMix(10mMjeweils) 1,25μL 127,5μLH2O(bidest.) 13,85μL 1412,7μLGesamtvolumen 19,6μL 1999,2μL
MasterMix:HLA-DQB1Set1(Optional)undDQB1Set2(Empfohlen)
Reagenz Volumen/Probe/locus Volumen/96Proben/locusPrimerMix 2μL 204μLLongRangePCRPuffer(10×) 2,5μL 255μLdNTPMix(10mMjeweils) 1,25μL 127,5μLKombinierterDQBEnhancer 5,6μL 571,2μLH2O(bidest.) 7,85μL 800,7μLGesamtvolumen 19,2μL 1958,4μL
1.4 - jedenMasterMix vortexen und für 1 Sekunde runterzentrifugieren.MasterMix auf Eisplazieren.
1.5 - alle gDNAs auf eine Konzentration zwischen 20-30ng/μL (minimum Volumen ist 45 μL)
verdünnen.
Notiz: HolotypeHLA beinhaltet genügendReagenzien für 96 Reaktionen plus einezusätzlicheMengezumPipettierenverlorenerundmisslungenerAmplifikationen.
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Schritt2–HLAKlasseIundIIAmplifikationDauer:~8Stunden10MinutenDer Zweck von Schritt 2 ist die Amplifizierung der HLA-Orte. HLA Klasse I und Klasse IIAmplifikationen wurden unter Verwendung von zwei separaten Sets von PCR-Bedingungenoptimiert. Sind die PCR-Reaktionen vollständig, wird die Amplifikation mittels Agarose-Gelelektrophoreseverifiziert.
ListederReagenzien
Artikel Lagerung
GeliefertdurchHLA-AMasterMix -20°C Schritt1HLA-BMasterMix -20°C Schritt1HLA-CMasterMix -20°C Schritt1HLA-DRB1MasterMix -20°C Schritt1HLA-DQB1(Set1)MasterMix -20°C Schritt1HLA-DQB1(Set2)MasterMix -20°C Schritt1HLA-DPB1MasterMix -20°C Schritt1HLA-DQA1MasterMix -20°C Schritt1TaqPolymerase -20°C Qiagen
gDNA 4°C BenutzerH2O(bidest.) 20°C Benutzer
Protokoll2.1 -DasgelagerteTaqPolymeraserunterzentrifugierenundzumMasterMixgemäßdernachstehendenTabellezugebenunddurchgründlichesSpülenderPipettenmischen:
TaqPolymerasebeladenerMasterMix:HLA-A,B,C,DRB1,DPB1undDQA1
Reagenz Volumen/Probe/locus Volumen/96Proben/locusMasterMixvonSchritt1 19,6μL 1999,2μLTaqPolymerase 0,4μL 40,8μLGesamt 20μL 2040μL
TaqPolymerasebeladenerMasterMix:HLA-DQB1Set1 (optional)undHLA-DQB1Set2(Empfohlen)
Reagenz Volumen/Probe/locus Volumen/96Proben/locusMasterMixvonSchritt1 19,2μL 1958,4μLTaqPolymerase 0,8μL 81,6μLGesamt 20μL 2040μL
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2.2 - Kurz vortexen und runterzentrifugieren aller Taq Polymerase-beladener Master Mixe.Aliquotevon20μLvonjedemEnzym-beladenenMasterMixindieseparatenWellsder96-WellPCRPlatten
Notiz: Amplifikation der Klasse I und Klasse II wurde unter Verwendung zweiverschiedenerPCR-Konditionenoptimiert,dahersolltendieMasterMixederKlasse IundKlasseIInichtindergleichenPlattesein.
2.3 - 5 μL von jeder verdünnten gDNA in das entsprechendeWell auf der Platte geben,wievorangegangenbeschrieben.MixendurchPipettieren.VersiegelnmittelsthermalenVerschlussund visuelle Überprüfung jedes Wells. Alle Amplifikationsplatten in der Zentrifugerunterzentrifugieren.
2.4 - Die Amplifikationsplatten in den Thermal Cycler plazieren und das Programm für dieKlasseIundKlasseIIAmplifikationanhandderuntenstehendenTabellelaufenlassen:
AmplifikationderKlasseI(HLA-A,BundC)
AnzahlderZyklen Temperatur Zeit1 95
°C3Minuten
35
95°C
15Sekunden65
°C30
Sekunden68°C
5Minuten1 68
°C10Minuten
1 4°C ∞
AmplifikationderKlasseII(HLA-DRB1,DQB1Set1,DQB1Set2,DPB1undDQA1)
AnzahlderZyklen Temperatur Zeit1 95
°C3Minuten
35
93°C
15Sekunden60
°C30
Sekunden68°C
9Minuten1 68
°C10Minuten
1 4°C ∞
2.5 - Verifizierung des Amplifikationserfolgs durch Lauf von 2 μL jedes Amplifikats in einemStandard2%AgaroseGelbei250Vfür30Minuten.
GeschätzteAmplifikatsgrößenHLAOrt Geschätzte
Amplifikatsgröße(kb)HLA-A,BundC ~3kbHLA-DRB1 ~4,3kb
HLA-DQB1(Set1) ~4,7kbHLA-DQB1(Set2) ~5,8kb
HLA-DPB1 ~4,5kbHLA-DQA1 ~4,5kb
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SichereHaltestelle.Amplifikatekönnenbei4°CüberNachtoderbei-20°Cfürlängergelagertwerden.
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Schritt 3 - Amplifikatsbewertung und -normalisierung(mittelsPlatten-Fluorometer)Dauer:~1StundeDieAmplifikationsbewertungund-normalisierungwirdzurAbsicherungdesgenauenInputsimLibrary-Vorbereitungsschrittempfohlen(Optional).AmplifikatskonzentrationwirdmittelseinesQuantiFluor dsDNASystems gemessen,was einen fluoreszierendenDNA-bindenden Farbstoffund einen DNA Standard beinhaltet, für eine sensitive Bewertung von kleinen Mengen vondoppelsträngiger DNA (dsDNA). Siehe Anhang 3 "Anweisungen zur Durchführung derAmplifikatsbewertungmittelsqPCR-Gerät“.
ListederReagenzien
Artikel Lagerung GeliefertdurchKlasseI-Amplifikationplatte(n) 4°C Schritt2
KlasseII-Amplifikationplatte(n) 4°C Schritt2LambdaDNAStandard(100ng/μL) 4°C PromegaQuantiFluordsDNADye(200×) 4°C Promega20×TEPuffer(pH7.5) 4°C PromegaH2O(bidest.) 20°Cbis25
°CBenutzer
ExoSAP-iT -20°C Affymetrix
Protokoll3.1. Vorbereitung vonDNA-Standards durch serielleVerdünnung von LambdaDNA Standards
(100 ng/μL) mitgeliefert im QuantiFluor Kit anhand der nachstehendenVerdünnungstabelle:
LabelaufdemGefäß
InputDNA VolumenDNA(μL)
Volumen1xTE(μL)
EndKonz.(ng/μL)
Standard1 LambdaDNA 7,5μL 492,5μL 1,5ng/μLStandard2 Standard1 250μL 250μL 0,75ng/μLStandard3 Standard2 250μL 250μL 0,38ng/μLStandard4 Standard3 250μL 250μL 0,19ng/μLStandard5 Standard4 250μL 250μL 0,09ng/μLStandard6 Standard5 250μL 250μL 0,05ng/μLBlank Blank 0μL 250μL 0 ng/μL
3.2. –VorbereitungeinerAmplifikate-Verdünnungsplattefür jedenOrt: in96-WellDeep-Well-PlattenAliquotevon498μ1×TEPufferund2μLdesentsprechendenAmplifikatsvonderAmplifikate-Platte in jedes Well geben. Spülen der Pipettenspitzen durch Pipettieren.VersiegelnderPlattenundgründlichvortexen.IneinerZentrifugerunterzentrifugieren.
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3.3. - Vorbereitung einer 1×QuantiFluor gefärbten Arbeitslösung nach der nachstehendenFormel: 0,5 μL QuantiFluor Dye (200X) + 99,5 μL 1×TE Puffer. Vorbereitung einerausreichend1×QuantiFluorgefärbtenArbeitslösung,sodassjedeProbe(gesamteProbeninderAmplifikatPlatte)undeinStandard(gesamt14)einAliquotvon100μLerreicht.
3.4. - Vorbereitung einer Standards-Bewertungsplatte und Amplifikate-Bewertungsplatte.
Aliquote von100μL1×QuantiFluor gefärbterArbeitslösung indieWells einer frischen96-Well optischen Platten, unter Beibehaltung des Formats der Standards-BewertungsplatteundderAmplifikate-Bewertunsplatte(sieheergänzendeAbbildung)
3.5. -VerwendungderzuvorvorbereitetenStandards,100μLeinesjedenStandardsalsKopiein
die jeweiligenWells auf der Standards-Bewertungsplatte füllen (gesamt 14Wells).MixendurchPipettieren.
3.6. - Zugeben von 100 μL verdünntem Amplifikat aus den entsprechenden Wells in der
Amplfikate-VerdünnungplatteindieAmplifikate-Bewertungsplatte.MixendurchPipettieren.3.7. - Lauf der Standards-Bewertungsplatte im Platten Fluorometer sowie der Amplifikate-
Bewertungsplatte.3.8. – Kalkulation der DNA-Konzentration in den Amplifikate-Bewertungsplatten mittels RFU-
Daten. Siehe Verdünnungstabelle im bereitgestellten Workbook zur Hilfestellung vonKalkulationen.
3.9. - Verdünnung der DNA in den Amplifikateplatten mit H2O bidest., so dass die DNA-
Endkonzentrationetwa67ng/μLbeträgt.§ ImFalleinerDNA-Konzentrationvon150ng/μLodermehr:Zugabevon25μLof
H2O§ ImFalleinerDNA-Konzentrationzwischen100-150ng/μL:Zugabevon10μLH2O§ ImFalleinerDNA-Konzentrationwenigerals100ng/μL:keineZugabevonH2O
3.10 -MischenjederProbemit15μLDQB1(Set1)undDQB1(Set2)ineinemneuenWell(wennbeideDQB1Setsbenutztwerden).
Notiz:DQB1Set1undSet2amplifizierenbeideExons2,3and4.FallseinederDQB1Reaktionen misslingt oder ist signifikant weniger als bei den anderen Reaktionen,solltesienichtmiteinererfolgreichenReaktionvermischtwerden.DasverhindertdieVerdünnungeinergutenAmplifikation.
3.11 -VereinigealleOrteeinerProbe ineinereinzelnenAmplifikateplatte5μLvon jedemOrteinerProbeineinerneuen96-WellPCR-Plattezusammenfügen.JedeProbesollteeineinzelnesWellbesetzenmiteinemVolumenvon35μL.WenndasEndvolumen jederProbeaufgetragenwurde,gutdurchPipettierenmischen.
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3.12 - Zugabe von 4 μL ExoSAP-iT in ein zusammengefügtes Amplifikat. Spülen derPipettenspitzendurchPipettieren.VersiegelnderPlattemit einer thermalenVersiegelungundrunterzentrifugieren.3.13 - Die Amplifikateplatte in dem Thermal Cycler plazieren und das folgende Programm
durchführen:ExoSAP-ITPCR-Reinigung
AnzahlderZyklen Temperatur Zeit1 37°C 45Minuten1 80°C 15Minuten1 4°C ∞
Sichere Haltestelle. Amplifikat kann bei 4 °C über Nacht oder bei -20 °C für längergelagertwerden.
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Schritt4–LibraryVorbereitungDauer:~3Stunden15MinutenWährenddiesesSchritteswerdendiezusammengefügtenAmplifikatefürdieSequenzierungamIllumina MiSeq vorbereitet. Die Amplifikate sind enzymatisch fragmentiert, die Enden sindrepariertundadenylisiertundindizierteAdaptersindandieEndenligiert.DieLibrarieswerdennundurcheineneinfachenAufreinigungs-undKonzentrationsschrittmitHilfevonAMPureXPbeadsgepoolt.
Notiz: Omixon empfiehlt größere Volumen, als die, die für 96 Proben notwendig sind,weil viele der Enzyme und Puffer dickflüssig sind,was zu einemübermäßigenVerlustbeimPipettierenführenkann.
ListederReagenzien
Artikel Lagerung GeliefertdurchAmplifikate-Platte 4°C Schritt1
Adapterplatte -20°C OmixonFragmentierungsenzym(A) -20°C OmixonFragmentierungspuffer(B) -20°C OmixonEndRepair-Enzym(C) -20°C OmixonEndRepair-Puffer(D) -20°C OmixonLigationsenzym(E) -20°C OmixonLigationspuffer(F) -20°C OmixonAMPureXPbeads 4°C BeckmanCoulter80%Ethanol(frischzubereitet) 20°Cbis25
°CBenutzer
H2O(bidest.) 20°Cbis25°C
Benutzer
Protokoll4.1 -AnschaltendesThermalCyclers.Überprüfung,obdieHeizdeckelsichaufwärmen.
Notiz: Vor der Benutzung das Fragmentation Enzyms (A) gründlich durch vortexenaufmischen.
4.2 -VorbereitungdesFragmentationMasterMixanhanddernachstehendenTabelle:
FragmentationMasterMix
Reagenz VolumenproLibrary(μL)
EmpfohlenesVolumenfür96Libraries(μL)
Farbenkode
Fragmentierungsenzym(A) 2μL 220,8μL GelbFragmentierungspuffer(B) 2μL 220,8μL RotGesamtvolumen 4μL 441,6μL
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4.3 - VorbereitungeinerReagenz-Platte: eineneue96-Well PCR-Platte auf einPCRKühl-RackplazierenundgleicheMengendesFragmentationMasterMixes in jedesWelleinereinzelnenSäulealiquotieren.
Notiz: Die Fragmentierungsreaktion wurde designt, um ideal große DNA zurSequenzierungimIlluminaMiSeqbereitzustellen.Esistwichtig,dieReagenzienbiszumStart der Reaktion im Thermal Cycler, kalt zu stellen, um einer exzessivenFragmentierungvorzubeugen.BenutzungvonMehrkanal-Pipettenwerdenempfohlen,umderMöglichkeiteinerexzessivenFragmentierungvorzubeugen.
4.4 -ZentrifugierenderAmplifikate-Plattefür10SekundenundkühlenaufEisoderaufeinemKühlblock
4.5 -VorbereitungderReaktionsplatte:Plaziereneinerneuen96-WellPCRPlatteaufeinenPCR-
Kühlblock.4.6 - Zugabevon4μLFragmentationMasterMix vonderReagenzplatte indieWells aufderReaktionsplatte entsprechend der Proben in der Amplifikate-Platte. Die Benutzung einerMehrkanal-Pipettewirdempfohlen.
4.7 -Übertragung von jeweils 4 μL FragmentationMasterMix von jedemAmplifikat vonderAmplifikate-Platte in das entsprechende Well auf der Reaktionsplatte mittels Mehrkanal-PipetteMixendurchPipettieren.
4.8 - Abdecken der Reaktionsplatte mit einer thermalen Versiegelung und 10 Sekunden
runterzentrifugieren.4.9 -InkubationderReaktionsplatteimThermalCyclermitfolgendemProgramm:
Fragmentierungsprogramm
AnzahlderZyklen Temperatur Zeit1 37°C 10
Minuten1 70°C 15Minuten1 4°C ∞
SichereHaltestelle.LagerungderLibrariesbei4°CüberNachtoderbei-20°Cfürlänger
4.10 -VorbereitungdesEndRepairMasterMixanhanddernachstehendenTabelle.
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EndRepairMasterMix
Reagenz VolumenproLibrary(μL)
EmpfohlenesVolumenfür96Libraries(μL)
Farbenkode
H2O(bidest.) 1,25μL 139,2μL
EndRepair-Enzym(C) 1,25μL 139,2μL GrünEndRepair-Puffer(D) 2,5μL 278,4μL OrangeGesamtvolumen 5μL 556,8μL
4.11 - Aliquotieren gleicher Mengen des End Repair Master Mixes in einzelne unbenutzteSäulenderReagenzplatte.
4.12 - Zentrifugieren der Reaktionsplatte (beinhaltet die fragmentierten Proben) für 10Sekunden. Zugabe von 5 μL EndRepairMasterMix von der Reagenzplatte in jedesWell derReaktionslatte. Die Benutzung einer Mehrkanal-Pipette wird empfohlen. Mixen durchPipettieren.
4.13 - Abdecken der Reaktionsplatte mit einer thermalen Versiegelung und 10 Sekunden
runterzentrifugieren.4.14 -InkubationderReaktionsplatteimThermalCyclermitfolgendemProgramm:
EndRepairProgramm
AnzahlderZyklen Temperatur Zeit1 20°C 30
Minuten1 65°C 30Minuten1 4°C ∞
SichereHaltestelle.LagerungderLibrariesbei4°CüberNachtoderbei-20°Cfürlänger
4.15 -DiemitgelieferteAdapterplattebeiRaumtemperaturauftauen,nachdemdasEndRepair-Programm im Thermal Cycler gestartetwurde.Wenn die Adapterplatte bei Raumtemperaturist,für3Minutenbei3000rpmzentrifugieren.
4.16 - Vorsichtiges Abziehen der Versiegelung der Adapterplatte Nicht die Adapterplatteschütteln, nachdem die Versiegelung entfernt wurde, um eventuellen Kreuzkontaminationenvorzubeugen.
4.17 -ÜbertragendesgesamtenVolumensjedesWellsvonderReaktionsplatte(25μL)indasentsprechendeWellaufderAdapterplatte.
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Notiz:WirdNICHTdiegesamteAdapterplatteverwendet,esistmöglichnurdie benötigteAnzahlanAdapternzuverwenden.DiePlattenversiegelungzwischenden
Wells, die verwendet werden und den Wells, die vebleiben, zerschneiden.Vorsichtiges Abziehen zwischen der Versiegelung der Adapterplatte lässt dasVersiegelungüberdenWells,dienichtbenutztwerden,anseinemPlatz.
a. Übertragungvon25μLjederEndrepair-ProbeinderReaktionsplatteineinWell
inderAdapterplatte,gründlichesMischendurchpipettieren.
b. ÜbertragungderGesamtmengeeinerjedenProbevonderAdapterplatteindasoriginalWellaufderReaktionsplatte.
c. Wiederversiegeln der Adapter-Platte und Rückkühlen auf -20 °C. Benutzen derReaktionsplatte anstelle der Adapter-Platte für die übrigen Schritte imHandbuch.
4.18 - Vorbereitung des LigationMasterMix. Vorbereitung von ausreichend LigationMasterMixfürjedeProbe.
LigationMasterMix
Reagenz Volumen(μL)
EmpfohlenesVolumenfür96Libraries(μL)
Farbenkode
Ligationsenzym(E) 2,5μL 252,5μL BlauLigationspuffer(F) 30μL 3030μL Schw
arzGesamtvolumen 32,5 3282,5μL 4.19 -DenLigationMasterMix indreiunbenutzteSäulenaufderReagenzplattealiquotieren.DieBenutzungeinerMehrkanal-Pipettewirdempfohlen.
4.20 - Zugabe von 32,5 μL Ligation Master Mix in jedes Well auf der Reaktionsplatte. DieBenutzungeinerMehrkanal-Pipettewirdempfohlen.MixendurchPipettieren.
4.21 - Abdecken der Reaktionsplatte mit einer thermalen Versiegelung und 10 Sekunden
runterzentrifugieren.4.22 -InkubationderReaktionsplatteimThermalCyclermitfolgendemProgramm:
Ligationsprogramm
AnzahlderZyklen Temperatur Zeit1 25°C 10
Minuten1 65°C 20Minuten1 4°C ∞
SichereHaltestelle.LagerungderLibrariesbei4°CüberNachtoderbei-20°Cfürlänger.
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4.23-AufwärmenderAMPureXPbeads(Magnetpartikel)aufRaumtemperatur.Sicherstellung,dasssiehomogensind (keineKlumpenoderPellets)Vorbereitendes frischhergestellten80%Ethanols(4mlEthanol+1mlH2O).4.24 -ErstellungderLibrarydurchKombinationeinesAliquotsvon jedenzusammengefügtemAmplifikat, jetzt eine Proben-spezifische Library, in eine 2,0 ml low-bindingMikrozentrifugenröhrchen
a. Für16odermehrProben-KalkulieredieMengeeinerjedenProben-Library,umsie zu einer einzelnen Library mit einem Gesamtvolumen von 900 μLzusammenzufügen.900μLaufdieAnzahlderProben-Librariesverteilen.Diesistdas Volumen eines Aliquots, was von jeder Proben-Library besetzt und in dieLibrarypipettiertwerdenkann.
b. Fürwenigerals 16Proben -Übertragenvon60μL jederProben-Library indieLibrary.
4.25 -Zugabevon900μLAMPureXPbeadsindasLibrary-Röhrchen.GründlichMischendurchvortexen und kurzes runterzentrifugieren Magnetpartikel dürfen sich nicht separieren.InkubationderLibraryfür10MinutenbeiRaumtemperatur.
Notiz: Fallswenigerals900μLLibrary imEnd-Pool sind,ZugabeeinerequivalentenMengeanAMPureXPBeads.EssollteeinVerhältnisvon1:1zwischenEnd-PoolundAMPureXPBeadsvorliegen.
4.26 - Platzierungdes Library-RöhrchenaufdenMagnetischenStänderund Inkubation für10Minuten.
4.27 - Das Röhrchen auf dem Magnetischen Ständer halten. Vorsichtiges Entfernen undVerwerfendesÜberstandesausdemLibrary-Röhrchen,ohnedieMagnetpartikelzuberühren.4.28 - Das Röhrchen auf dem Magnetischen Ständer halten. Zugabe von ~1,5 mL frischhergestelltem 80% Ethanol in das Library-Röhrchen. Das Volumen des zugefügten Ethanolssollteausreichen,umdieMagnetpartikelzubedecken.
Notiz:VerwendungdesEthanolsaufderSeitedesRöhrchensohneMagnetpartikel.
4.29 - Inkubationdes Library-Röhrchens bei Raumtemperatur für 30 Sekunden, anschließendvorsichtgesEntfernenundVerwerfdesÜberstandes.4.30 -WiederholugvonSchritt4.28und4.29.4.31 -SchnellesrunterdrehendesLibrary-RöhrchensundRückplazierungindenMagnetischenStänder mit offenem Deckel. Entfernen von Rest-Ethanol mit einer Pipette. Nicht dieMagnetpartikelberühren
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Notiz:Sicherstellen,dassdasMagnetpartikel-PelletkeinenRest-Ethanolenthält.DieskönnteeineRotationdesGefäßesaufdemMagnetischenStänderbenötigen,umdasEthanolzuentfernenohnedasPelletaufzuwühlen.
4.32 - Das Pellet für 5-8 Minuten auf dem Magnetischen Ständer lufttrocken bis dasMagnetpartikel-Pellettrockenist.4.33 - Entfernen des Library-Röhrchens vomMagnetischen Ständer und Eluieren der Librarymit 31μLH2Obidest.Nichtmit der PipettenspitzedieMagnetpartikel berühren, solange sieanhaften.4.34 - Vortexen der Library bis zur vollständigen Auslösung der Magnetpartikel. KurzesZentrifugieren, falls einige Tröpfchen an der Seitenwand verharren. Sicherstellen, dass dieBeadsinderSuspensionvorhandensind.4.35 -InkubationderLibrarybeiRaumtemperaturfür2Minuten.4.36 -DasLibrary-Röhrchenfür2MinutenaufdemMagnetischenStänderplazieren.4.37 -SammelnderLibrary:DasEnd-Library-RöhrchenindenMagnetischenStänderstellen,31μLvomÜberstandineinem1,5mllow-bindingMikrozentrifugenröhrchensammeln.
SichereHaltestelle.LagerungderLibrariesbei4°CüberNachtoderbei-20°Cfürlänger.
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Schritt5–Library-GrößenauswahlDauer:~1StundeSchritt5benutztdie LibraryausSchritt4und führteineGrößenselektionmittelsPippinPrepdurch.Das Pippin Prep kann automatisch einenBereich anDNA Fragmentgrößen selektierenund in eine Sammelkammer eluieren. Notiz: Blue Pippin kann anstelle von Pippin Prepverwendetwerden.BezogenaufAnhang1füreineAnleitungzurBenutzungvonPippinPrep
ListederReagenzien
Artikel Lagerung Geliefertdurch1,5%AgaroseGelKassette,Farbstoff
frei20°Cbis25
°CSageScience
PippinLoadingSolution/MarkerMix(LabelK)
4°C SageScience
VereinigteLibrary 4°C Schritt4
Notiz: Marker K wird zusammenmit dem Pippin Prep verwendet Das Blaue PippinbenutztMarkerR2.
Protokoll5.1 -DieMarkerKLoadingLösungaufRaumtemperaturbringen.
5.2 -Kombiniere31μLderVereinigungmit10μLMarkerKLoadingLösung.
5.3 -MixendurchvortexenundanschließendesZentrifugieren.
5.4 -AufbauderPippinPrepzumSammelnvonDNAFragmentenzwischen650und1300bps.40μLProbeindieProbenöffnungladenundlaufenlassen.Laufzeitbeträgt45-50Minuten.
5.5 - Sammeln des gesamten Inhalts (ca. 40 μL aus der Elutionsöffnung des Pippin prep undÜbertragung in ein neues 1,5 ml low-binding Mikrozentrifugenröhrchen. Dies ist dieGrößenselektions-Library.
Sichere Haltestelle. Lagerung der Libraries bei 4 °C über Nacht oder bei -20 °C fürlänger.
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Schritt6–LibraryBewertungDauer:~1StundeFür einen optimalen Gebrauch des Outputs des Illumina MiSeq Sequencers ist es nötig dieGrößenselektions-Library zu quantifizieren. Die Konzentration der Größenselektions-LibrarykannmittelsqPCRakkuratgemessenwerden.
ListederReagenzien
Artikel Lagerung Geliefertdurch10×IlluminaPrimerPremix -20°C KAPABiosystems
2×KAPASYBRFASTqPCRMasterMix -20°C KAPABiosystemsStd1(20,00pM) -20°C KAPABiosystemsStd2(2,00pM) -20°C KAPABiosystemsStd3(0.20pM) -20°C KAPABiosystemsStd4(0,02pM) -20°C KAPABiosystemsIlluminaDNAStandards -20°C KAPABiosystemsH2O(bidest.) Benutzer1×TEPuffer(pH8.0) BenutzerGrößenselektions-Library 4
°CSchritt5
Protokoll6.1 -VorbereitungdesqPCRPrimerMixmittels10×IlluminaPrimerPremixund2×KAPASYBRFASTqPCRMasterMix:
Notiz: Die KAPA SYBR FAST qPCR Kit Reagenzien (qPCRMasterMix, Primer Premixund ROX Lösung) werden bei der ersten Benutzung des Kits kombiniert. DiekombinieteLösung ist für30Gefrier/Tau-Schrittestabil.ZurBestimmungderKAPA-Dokumentationfolgen,fallsROXfürihrqPCRGerätempfohlenwird.
qPCRPrimerMix
Reagenz Volumen(ml)10×IlluminaPrimerPremix 1mL
2×KAPASYBRFASTqPCRMasterMix 5mLGesamtvolumen 6mL
6.2 -VorbereitendesqPCRMasterMix.
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qPCRMasterMix
Reagenz Volumen(μL)qPCRPrimerMix 228μL
H2O(bidest.) 76μLGesamtvolumen 304μL
6.3 -VorbereitungeinerReihenverdünnungderGrößenselektions-Library.
a. Vorbereitungeiner1:1000VerdünnungdurchZugabevon1μLderGrößenselektions-Libraryzu999μL1xTEPuffer(pH8.0),gründlichesSpülenderPipettenspitze.Vortexenundrunterzentrifugieren.
b. Vorbereitung einer 1 :2000 Verdünnung durch Zugabe von 100 μL der 1:1000Verdünnungzu100μL1xTEPuffer(pH8.0).Vortexenundrunterzentrifugieren.
6.4 -VorbereitungderqPCR-BewertungsplatteineinerneuenPCR-PlattekompatibelzumPCR-System.
6.5 - 16 μL qPCR Master Mix in dreifacher Ausfertigung für die Standards 1-4 aliquotieren,
Verdünnung1:1000undVerdünnung1:2000(sieheergänzendeAbbildung).6.6 - 4 μL des Standards 1-4, Verdünnung 1:1000 und Verdünnung 1:2000 in die
entsprechendenWellsaliquotieren.6.7 -VersiegelungderqPCR-Bewertungsplatteundfür10Sekundenzentrifugieren.
Notiz: Die Bildung von Blasen sollten auf der PCR-Bewertungsplatte vermiedenwerden.DasZentrifugierenwirdzumBeseitigenderBlasenbenötigt.
6.8 -DNA-KonzentrationderGrößen-selektiertenLibrarymittelsqPCRGerätbestimmen.
6.9 - Mit Hilfe der Ergebnisse der qPCR, 10 μL der Größen-selektierten Library zu einer
Konzentration von 2 nM mit sterilem H2O in frischen 1,5 mL low-bindingMikrozentrifugenröhrchenverdünnen.DieverbliebeneGrößen-selektiertenLibrarykannbei-20°Cgelagertwerden.
SichererHaltestelle. Lagerungder Libraries bei 4 °CüberNachtoderbei -20 °C fürlänger. Im Falle einer Lagerung über einen längeren Zeitraum, wird eine Re-Quantifizierung der Library dringend empfohlen, bevor sie in derMiSeq eingesetztwird.
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Schritt7–SequenzierungamIlluminaMiSeqDauer:~40Stunden45MinutenDer Illumina MiSeq ist ein automatisiertes NGS Gerät, dass die im vorherigen Schnittvorbereitete Größenselektions-Library sequenziert. De-Multiplexing der indizierten ProbenerfolgtautomatischdurchdieBeendigungdesSequenzierungslaufs.
Kurzhinweis–mankanneinen1%PhiXspike-inalszusätzlicheKontrolleverwenden,um die Sequenzreaktion zu überwachen. Für weitere Informationen zur Phix-KontrollewendenSiesichbitteandieDokumentationvonIllumina
ListederReagenzien
Artikel Lagerung GeliefertdurchReagenzpatrone -20°C Illumina
HT1 -20°C IlluminaPR2 4°C IlluminaMiSeqFlowCell 4°C IlluminaLibrarybei2nM 4°C Schritt6NaOH1Noder2N 20°Cbis25
°CBenutze
rH2O(bidest.) 20°Cbis25°C
Benutzer
MiSeqReagentKitKapazität
IlluminaMiSeqReagentKit
ZeitStunden
X2-96/7Proben
Std500Zyklus(MS-102-2003)
~39 96
Std300Zyklus(MS-102-2002)
~24 80
Micro300Zyklus(MS-103-1002)
~19 28
Nano500Zyklus(MS-103-1003)
~28 12
Nano300Zyklus(MS-103-1001)
~17 6
Protokoll7.1-VorbereitungderMiseqanhandderStandardIlluminaProtokolle.
7.2 -Vorbereitungeiner1nMdenaturiertenLibrary:Kombiniere10μLfrischzubereitetem0,2NNaOH und 10 μL 2 nM verdünntes Größen-selektierter Library in einem neuen 1,5 mL low-bindingMikrozentrifugenröhrchen.
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Vortexen und runterzentrifugieren. Inkubation dieser 1 nM denaturierten Library beiRaumtemperaturfür5Minuten.7.3 - Vorbereitung einer 20 nM denaturierten Library: 980 μL gekühlte HT1 zu 20 μL 1 nMdenaturierterLibraryhinzugeben.Vortexenundrunterzentrifugieren.7.4 - Vorbereitung einer 9 nM denaturierten Library: 550 μL gekühlte HT1 zu 450 μL 20 nMdenaturierter Library ineinneuen1,5mL low-bindingMikrozentrifugenröhrchenpippetieren.Vortexenundrunterzentrifugieren.7.5 - Übertragung von 9 pM denaturierter Library in das Proben Ladebehälter der MiSeqReagenzpatrone.
Kurzhinweis – Es ist empfehlenswert das empfohleneWorkbook zu benutzen, dasvonMiseqbenötigtwird,umdasProbenblattzuerstellen.
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Schritt8–AnalysederHLASequenzdatenDasIlluminaMiSeqarbeitetdie9pMLibraryaufundgeneriertdieSequenzdatenalsfastqFile.BittebeziehenSiesichaufdesHLATwinHandbuchzurUnterstützungderkorrektenInstallationvon HLA Twin und zu Informationen zur Interpretation der Genotyp-Analyse ihrerSequenzdaten. Für die Inbetriebnahme des Automatisierte Protokolls und Fragen zurInstallationoderDatenanalysekontaktierenSiebittesupport@omixon.com.
AutomatischesProtokoll
ITSetupundKonfiguration1. InstallationdesHLATwinServersaufdenServer.2. InstallationdesHLATwinClientaufdenClientComputer -multipleHLATwinClienten
könntensichzumSerververbinden3. Kontaktieren Sie Omixon Support ([email protected]) für die Installations-
GebrauchsanleitungfürdieAutomatisierung
ProtokollperAnalyse
1. StartendesHLATwinClientundEinloggen.2. Daten sind bereits bearbeitet oder werden bearbeitet. Überprüfung der Ergebnisse
mittelsTrafficLightSysteminHLATwin.3. Die Ergebnisse der Genotypen und/oder Konsensus-Sequenzen können wie folgt
exportiertwerden.
ManuellesServerProtokollITSetupundKonfiguration1. InstallationdesHLATwinServersaufdenServer.2. InstallationdesHLATwinClientaufdemClientComputer.
ProtokollperAnalyse1. StartendesHLATwinClientundEinloggen.2. Die MiSeq Datei im .fastq oder .fastq.gz Format auswählen und den Holotype HLA
Typisierungslaufsstarten.3. Nachdem die Holotype HLA Typisierung beendet ist, können die Ergebnisse mittels
TrafficLightSystemimHLATwinüberprüftwerden4. Die Ergebnisse der Genotypen und/oder Konsensus-Sequenzen können wie folgt
exportiertwerden.
ManuellesDesktopProtokollITSetupundKonfiguration1. HLATwinDesktopinstallieren.
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ProtokollperAnalyse1. StartendesHLATwinClientundEinloggen.2. Die MiSeq Datei im .fastq oder .fastq.gz Format auswählen und den Holotype HLA
Typisierungslaufsstarten.3. Nachdem die Holotype HLA Typisierung beendet ist, können die Ergebnisse mittels
TrafficLightSystemimHLATwinüberprüftwerden4. Die Ergebnisse der Genotypen und/oder Konsensus-Sequenzen können wie folgt
exportiertwerden.
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ErgänzendeAbbildungen
Plattenbeispiele für eine Amplifikate-Platte, Amplifikationsplatte,Verdünnungsplatte, Amplifikate-Bewertungsplatte (für einenindividuellenOrt)&Reaktionsplatte
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BeispieleinerStandard-Berwertungsplatte
qPCR-Plattenbeispiel
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Anhang1:PippinPrep
ProgramierungvonPippinPrep1. DasProtocolEditor-VerzeichnisanklickenunddenKnopf“New”anklicken.
2. Das"Folder"-Symbolnebendem"Cassette"-Feldanklickenund“1.5%DFMarkerK”fürdiePippinPrepoder“1.5%DFMarkerR2”fürdieBluePippinauswählen.
3. InderSpur,dieprogrammiertwird:
a. Das“Range”-Feldhervorheben.b. Setzten einer “Ref Spur”, um die Anzahl der Spuren, die benutzt werden,
anzugleichen.c. Das“Start*”-Feldaud650stellen.d. Das“End*”-Feldauf1300stellen.
4. Indem"ReferenceLane"-Feld,dieSpurauswählen,indergearbeitetwird.5. AufdenKnopf"Saveas"drückenunddemProgrammeinenNamengeben.
LaufderPippinPrep1. MitHilfedesAnschaltknopfesaufderHinterseitedesPippinPrepdasGerätanschalten.2. VisuelleÜberprüfungdesPippinPrep.Sicherstellen,dassalle5LEDsleuchtenunddass
dasGerätimInnenraumsauberundtrockenist.3. RechtsaufdemBildschirmaufden"SageSciencelogo"-Knopfklicken.Eskannjetztein
Passworteingegebenwerden.DasBetriebsstandard-Passwortist“pips”.4. Auf das "Factory-Setup"-Verzeichnis klicken und sicherstellen, dass das der "Base-to-
Threshold"-Wertauf0,02gesetztist.5. Den Kalibrierungsaufsatz in das Pippin Prep platzieren. Sicherstellen, dass der dunkle
StreifenmitderSchriftseitenachuntenundüberdenLED-Lichternplatziertwurde.6. Im"Main"-VerzeichnisaufdenKnopf“Calibration”klicken.7. Im "Calibration"-Fenster überprüfen, ob das “Target I pHmA”-Feld auf 0,80 (0,06 für
BluePippin)gesetztistunddannden"Calibrate"-Knopfdrücken.8. Ins "Protocol"-Verzeichnis gehen. Den “Load”-Knopf anklicken und das Programm für
den Holotype HLA und die spezielle Spur, die verwendet werden soll, anklickenSicherstellen,dass:a. DiekorrekteSpurangeschaltetistb. DerBreitspektrum-Selektionsindikatoranist.c. DieReferenzspurindergleichenSpurist,dieverwendetwird.
9. Zum"Main"-Verzeichnisgehen.Sicherstellen,dass:a. DasgeladeneProgrammdasist,dasausgewähltwordenist.b. Die entsprechendeReferenz-Spur ausgewähltwurde und das es auch die Spur
ist,inderdieProbenlaufen.10. Überprüfen der Kassette. Bevor das Band zur Versiegelung entfernt wird, sollte
sichergestelltwerden,dasssichkeineBlasenhinterderElutionsöffnungbefinden.Wenn
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man hinter der Elutionsöffnung Blasen erkennt, die Kassette behutsam in der HandnehmenunddieBasenrausklopfenund-rollen.
11. DieKassettemitdemnochüberdenWellsbefindlichenBandindasPippinPrepstellen.12. VorsichtigdasBandablösenunddaraufachten,dassdasBandvondersauberenSeite
der Kassette (Spur 5) aus zur benutzten Seite der Kassette (Spur 1) abgelöst wird.Aufpassen, dass die Flüssigkeit beim Entfernen des Bandes nicht spritzt, um eineKontaminationzuvermeiden.
13. Das ganze Volumen des Puffers in der Elutionöffnung der Spur, die verwendet wird,entfernen und durch 40 μL frisch hergestellten Elektrophoresepuffer in derElutionsöffnungersetzen.
14. EinendünnenStreifendesBandesüberdieElutionsöffnunggeben.15. Alle Gefäße, die weniger als ein 3/4 voll sind, sollten mit Elektrophoresepuffer
aufgestocktwerden.NichtdieWellsüberfüllen!DerRanddesPufferssolltenichthöherals das Plastik sein, umeinemVerschleppen vorzubeugen, falls derDeckel verrutscht.PufferausdensauberenWells(Spur5)indiebenutztenWells(Spur1)füllen.
16. Sicherstellen, dass die beladenen Wells (Well mit Agarose) mit Elektrophoresepufferbefüllt sind. Der Puffer sollte 'gerade so' über der Agarose sein und komplett flacherscheinen
17. Die Pippin Prep langsam schließenund schauen, dass beim SchließendesGeräts keinPufferdenDeckelberührt.
18. DenKontinuitätstestdurchführen.WenndieSensorenleichtausgetrocknetsind,schlägtderKontinuitätstestüblicherweisefehl.FallsderKontinuitätstestfehlschlägt,denTestnocheinmaldurchführen. IstderKontinuitätstestbeendet,dasPippin langsamöffnen.Sicherstellen,dassdurchdenDeckelderPippinPrepkeineFlüssigkeitdurchdieKassettedurchgezogenwurde.
19. KurzdieMarkerKLoadingSolutionvortexenundrunterzentrifugieren.10μLMarkerKLoadingSolutionzuden~30μLLibraryhinzugeben.
20. KurzesvortexenderLibraryundrunterzentrifugieren21. 40μLPufferausdemProben-Well,dasbenutztwird,entfernen.22. ~40μLderLibrary,beladenmitdemwithMarkerK,zudemProben-Well,dasverwendet
wird,hinzugeben.23. DieverwendeteSpurmitdenInitialiendesTechnikersunddemDatummarkieren.24. Das Pippin Prep schließen und den "Start"-Knopf anklicken. Sicherstellen, dass die
entsprechendeSpurangeschaltetwurde.DieProbesollte45Minutenlaufen.25. NachdemderLaufbeendetist,dasPippinPrepvorsichtigöffnen.Nachschauen,obder
DeckelFlüssigkeitdurchdieKassettegeschleppthat.26. Vorsichtiges entfernen des Bandes über den Elutionsöffnungen, ohne dabei die
Flüssigkeitzustreifen.27. ÜberführungdesVolumensderElutionsöffnungineinneues1,5mllow-bindingGefäß28. Alle offenen Wells mit zwei Stück des Plattenversiegelungsbandes abdecken. Daran
erinnern,einBandaufdersauberenSeitezulassen.Daswirdesvereinfachen,dasBandvomSauberenzumBenutztenzuentfernen.
29. DieversiegelteKassetteinseineTascheplazierenundbeiseitelegen.30. DiegewascheneKassettenehmenundmitMiliQWasserbefüllen.BehutsamdenDeckel
der Pippin Prep schließen und gucken, um zu sehen, ob Flüssigkeit durch diegewascheneKassettegezogenwird.
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32. DiePippinPrepfüreinpaarSekundengeschlossenlassen.33. ÖffnenderPippinPrepundgucken,umzusehen,obFlüssigkeitdurchdiegewaschene
Kassettegezogenwird.34. DiegewascheneKassetteentfernen,vomWasserentlehrenundtrocknenlassen.35. AllesWasserausderPippinPrepentfernenundbehutsamschließen.36. Den"ShutDown"KnopfimPippinPrepMenüwählen.
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Anhang2:Probenblatt[Header],,,,,,,IEMFileVersion,4,,,,,,InvestigatorName,RHP,,,,,,ExperimentName,030315S_RHP,,,,,,Date,3/3/15,,,,,,Workflow,GenerateFASTQ,,,,,,Application,FASTQOnly,,,,,,Assay,CHOPPCRFree,,,,,,Description,030315L_RHP,,,,,,Chemistry,Default,,,,,,,,,,,,,[Reads],,,,,,,251,,,,,,,251,,,,,,,,,,,,,,[Settings],,,,,,,Adapter,AGATCGGAAGAGCACACGTC,,,,,,AdapterRead2,AGATCGGAAGAGCGTCGTGT,,,,,,,,,,,,,[Data],,,,,,,Sample_ID,Sample_Name,Sample_Plate,Sample_Well,I7_Index_ID,index,Sample_Project,Description001030315S_RHP_1,001030315S_RHP_1,030315P_RHP,A1,1,TAAGTGATC,030315S_RHP,002030315S_RHP_2,002030315S_RHP_2,030315P_RHP,B1,2,GTGGTATTC,030315S_RHP,003030315S_RHP_3,003030315S_RHP_3,030315P_RHP,C1,3,ATAAGTACT,030315S_RHP,004030315S_RHP_4,004030315S_RHP_4,030315P_RHP,D1,4,TAGGATTCA,030315S_RHP,005030315S_RHP_5,005030315S_RHP_5,030315P_RHP,E1,5,AAGTGCATA,030315S_RHP,006030315S_RHP_6,006030315S_RHP_6,030315P_RHP,F1,6,TACACACAA,030315S_RHP,007030315S_RHP_7,007030315S_RHP_7,030315P_RHP,G1,7,TCTCCGAGC,030315S_RHP,008030315S_RHP_8,008030315S_RHP_8,030315P_RHP,H1,8,AGTAACCGC,030315S_RHP,009030315S_RHP_9,009030315S_RHP_9,030315P_RHP,A2,9,AGGCAAGTT,030315S_RHP,010030315S_RHP_10,010030315S_RHP_10,030315P_RHP,B2,10,CCGTACTAT,030315S_RHP,011030315S_RHP_11,011030315S_RHP_11,030315P_RHP,C2,11,GCCAGGTGC,030315S_RHP,012030315S_RHP_12,012030315S_RHP_12,030315P_RHP,D2,12,CAACATCAC,030315S_RHP,013030315S_RHP_13,013030315S_RHP_13,030315P_RHP,E2,13,GTCAGCACC,030315S_RHP,014030315S_RHP_14,014030315S_RHP_14,030315P_RHP,F2,14,CTTGGCTGT,030315S_RHP,015030315S_RHP_15,015030315S_RHP_15,030315P_RHP,G2,15,GTAGTACTA,030315S_RHP,016030315S_RHP_16,016030315S_RHP_16,030315P_RHP,H2,16,GCAAGTCAA,030315S_RHP,017030315S_RHP_17,017030315S_RHP_17,030315P_RHP,A3,17,ATTACTACC,030315S_RHP,018030315S_RHP_18,018030315S_RHP_18,030315P_RHP,B3,18,CGCTCTAAT,030315S_RHP,019030315S_RHP_19,019030315S_RHP_19,030315P_RHP,C3,19,ACTTCGGTC,030315S_RHP,020030315S_RHP_20,020030315S_RHP_20,030315P_RHP,D3,20,TGGTACGAC,030315S_RHP,021030315S_RHP_21,021030315S_RHP_21,030315P_RHP,E3,21,TGCATAATG,030315S_RHP,022030315S_RHP_22,022030315S_RHP_22,030315P_RHP,F3,22,CTGGTTGGC,030315S_RHP,023030315S_RHP_23,023030315S_RHP_23,030315P_RHP,G3,23,CTCTTATTC,030315S_RHP,024030315S_RHP_24,024030315S_RHP_24,030315P_RHP,H3,24,AGGACTCTC,030315S_RHP,
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025030315S_RHP_25,025030315S_RHP_25,030315P_RHP,A4,25,GCATTCCAA,030315S_RHP,026030315S_RHP_26,026030315S_RHP_26,030315P_RHP,B4,26,TCAAGGTCA,030315S_RHP,027030315S_RHP_27,027030315S_RHP_27,030315P_RHP,C4,27,CACTCCGTT,030315S_RHP,028030315S_RHP_28,028030315S_RHP_28,030315P_RHP,D4,28,CAGCCAGTT,030315S_RHP,029030315S_RHP_29,029030315S_RHP_29,030315P_RHP,E4,29,AGCAGCACA,030315S_RHP,030030315S_RHP_30,030030315S_RHP_30,030315P_RHP,F4,30,TTCCGTAAG,030315S_RHP,031030315S_RHP_31,031030315S_RHP_31,030315P_RHP,G4,31,TCCTGTGGA,030315S_RHP,032030315S_RHP_32,032030315S_RHP_32,030315P_RHP,H4,32,GTGATAGCC,030315S_RHP,033030315S_RHP_33,033030315S_RHP_33,030315P_RHP,A5,33,TAGCTCTGA,030315S_RHP,034030315S_RHP_34,034030315S_RHP_34,030315P_RHP,B5,34,GCGAGTTGA,030315S_RHP,035030315S_RHP_35,035030315S_RHP_35,030315P_RHP,C5,35,TAGGTAATG,030315S_RHP,036030315S_RHP_36,036030315S_RHP_36,030315P_RHP,D5,36,GTAACTATA,030315S_RHP,037030315S_RHP_37,037030315S_RHP_37,030315P_RHP,E5,37,CTCCAGCCG,030315S_RHP,038030315S_RHP_38,038030315S_RHP_38,030315P_RHP,F5,38,AATATACCG,030315S_RHP,039030315S_RHP_39,039030315S_RHP_39,030315P_RHP,G5,39,GCGAGACGT,030315S_RHP,040030315S_RHP_40,040030315S_RHP_40,030315P_RHP,H5,40,CCACCGGAT,030315S_RHP,041030315S_RHP_41,041030315S_RHP_41,030315P_RHP,A6,41,CGACGAGGT,030315S_RHP,042030315S_RHP_42,042030315S_RHP_42,030315P_RHP,B6,42,GCGCTGGCA,030315S_RHP,043030315S_RHP_43,043030315S_RHP_43,030315P_RHP,C6,43,GGCACTAGG,030315S_RHP,044030315S_RHP_44,044030315S_RHP_44,030315P_RHP,D6,44,CTGGAATCG,030315S_RHP,045030315S_RHP_45,045030315S_RHP_45,030315P_RHP,E6,45,CTTGTTATC,030315S_RHP,046030315S_RHP_46,046030315S_RHP_46,030315P_RHP,F6,46,AACCACTTA,030315S_RHP,047030315S_RHP_47,047030315S_RHP_47,030315P_RHP,G6,47,GGCGCTTCT,030315S_RHP,048030315S_RHP_48,048030315S_RHP_48,030315P_RHP,H6,48,CCGAGGCTT,030315S_RHP,049030315S_RHP_49,049030315S_RHP_49,030315P_RHP,A7,49,TCGATCGTT,030315S_RHP,050030315S_RHP_50,050030315S_RHP_50,030315P_RHP,B7,50,TTGGCTACG,030315S_RHP,051030315S_RHP_51,051030315S_RHP_51,030315P_RHP,C7,51,TATTGCGTC,030315S_RHP,052030315S_RHP_52,052030315S_RHP_52,030315P_RHP,D7,52,GATTCTAGG,030315S_RHP,053030315S_RHP_53,053030315S_RHP_53,030315P_RHP,E7,53,TCCAACACT,030315S_RHP,054030315S_RHP_54,054030315S_RHP_54,030315P_RHP,F7,54,TACCGAGGT,030315S_RHP,055030315S_RHP_55,055030315S_RHP_55,030315P_RHP,G7,55,TTGTACCGA,030315S_RHP,056030315S_RHP_56,056030315S_RHP_56,030315P_RHP,H7,56,TAGTGGAGG,030315S_RHP,057030315S_RHP_57,057030315S_RHP_57,030315P_RHP,A8,57,GACCTGTTA,030315S_RHP,058030315S_RHP_58,058030315S_RHP_58,030315P_RHP,B8,58,TTCTTCCTA,030315S_RHP,059030315S_RHP_59,059030315S_RHP_59,030315P_RHP,C8,59,ATTCCGGTT,030315S_RHP,060030315S_RHP_60,060030315S_RHP_60,030315P_RHP,D8,60,GTTAGGCTC,030315S_RHP,061030315S_RHP_61,061030315S_RHP_61,030315P_RHP,E8,61,AGTCTGACT,030315S_RHP,062030315S_RHP_62,062030315S_RHP_62,030315P_RHP,F8,62,ATACATAAC,030315S_RHP,063030315S_RHP_63,063030315S_RHP_63,030315P_RHP,G8,63,CGTTACGGC,030315S_RHP,064030315S_RHP_64,064030315S_RHP_64,030315P_RHP,H8,64,CCGCACTGG,030315S_RHP,065030315S_RHP_65,065030315S_RHP_65,030315P_RHP,A9,65,CACGTAGGC,030315S_RHP,066030315S_RHP_66,066030315S_RHP_66,030315P_RHP,B9,66,TAGAGCCAC,030315S_RHP,067030315S_RHP_67,067030315S_RHP_67,030315P_RHP,C9,67,TTGTCCAAT,030315S_RHP,068030315S_RHP_68,068030315S_RHP_68,030315P_RHP,D9,68,CCTGGTTCA,030315S_RHP,069030315S_RHP_69,069030315S_RHP_69,030315P_RHP,E9,69,ATCAATATG,030315S_RHP,070030315S_RHP_70,070030315S_RHP_70,030315P_RHP,F9,70,TGGTAACCG,030315S_RHP,071030315S_RHP_71,071030315S_RHP_71,030315P_RHP,G9,71,TTCTTGACG,030315S_RHP,072030315S_RHP_72,072030315S_RHP_72,030315P_RHP,H9,72,GTTCGTATC,030315S_RHP,
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073030315S_RHP_73,073030315S_RHP_73,030315P_RHP,A10,73,ATCCTAGGA,030315S_RHP,074030315S_RHP_74,074030315S_RHP_74,030315P_RHP,B10,74,GCATTATAT,030315S_RHP,075030315S_RHP_75,075030315S_RHP_75,030315P_RHP,C10,75,TGACGTCTA,030315S_RHP,076030315S_RHP_76,076030315S_RHP_76,030315P_RHP,D10,76,TCAGATCCA,030315S_RHP,077030315S_RHP_77,077030315S_RHP_77,030315P_RHP,E10,77,CTCTGTGGT,030315S_RHP,078030315S_RHP_78,078030315S_RHP_78,030315P_RHP,F10,78,AGCGAGCGC,030315S_RHP,079030315S_RHP_79,079030315S_RHP_79,030315P_RHP,G10,79,ACTCCTACG,030315S_RHP,080030315S_RHP_80,080030315S_RHP_80,030315P_RHP,H10,80,CGTAACATC,030315S_RHP,081030315S_RHP_81,081030315S_RHP_81,030315P_RHP,A11,81,CCGGTGTAT,030315S_RHP,082030315S_RHP_82,082030315S_RHP_82,030315P_RHP,B11,82,CGGATCCTG,030315S_RHP,083030315S_RHP_83,083030315S_RHP_83,030315P_RHP,C11,83,AGGCGCTAC,030315S_RHP,084030315S_RHP_84,084030315S_RHP_84,030315P_RHP,D11,84,ATTCTGCTA,030315S_RHP,085030315S_RHP_85,085030315S_RHP_85,030315P_RHP,E11,85,ACTTGTAGG,030315S_RHP,086030315S_RHP_86,086030315S_RHP_86,030315P_RHP,F11,86,GCCTGTTGT,030315S_RHP,087030315S_RHP_87,087030315S_RHP_87,030315P_RHP,G11,87,ACACGACCA,030315S_RHP,088030315S_RHP_88,088030315S_RHP_88,030315P_RHP,H11,88,CAGCTCGGT,030315S_RHP,089030315S_RHP_89,089030315S_RHP_89,030315P_RHP,A12,89,ATCAACCTA,030315S_RHP,090030315S_RHP_90,090030315S_RHP_90,030315P_RHP,B12,90,GCGGAAGCG,030315S_RHP,091030315S_RHP_91,091030315S_RHP_91,030315P_RHP,C12,91,CCTGTTAGG,030315S_RHP,092030315S_RHP_92,092030315S_RHP_92,030315P_RHP,D12,92,ATCTGAGCC,030315S_RHP,093030315S_RHP_93,093030315S_RHP_93,030315P_RHP,E12,93,ACCTCCTCA,030315S_RHP,094030315S_RHP_94,094030315S_RHP_94,030315P_RHP,F12,94,CGCGAAGAG,030315S_RHP,095030315S_RHP_95,095030315S_RHP_95,030315P_RHP,G12,95,GTTCTCCTG,030315S_RHP,096030315S_RHP_96,096030315S_RHP_96,030315P_RHP,H12,96,GAATGACCA,030315S_RHP,
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Anhang 3: AmplifikatBewertung mittelseines qPCR-Geräts
ListederReagenzien
Artikel Lagerung Geliefertdurch20×TEPuffer(pH7.5) 4°C Promega
LambdaDNAStandard(100ng/μL) 4°C Promega200×QuantiFluordsDNADye 4°C PromegaSterilesH2O 20°Cbis25
°CBenutzer
KlasseI-Amplifikationplatte(n) 4°C Schritt2KlasseII-Amplifikationplatte(n) 4°C Schritt2
Protokoll1. Herstellung einer seriellen Verdünnungmittels 1,5mLMikrozentrifugenröhrchen und
dem QuantiFluor Lambda DNA Standard (100 ng/μL). Befolge die nachstehendeVerdünnungstabelle:
LabelaufdemGefäß
InputDNA VolumenDNA(μL)
Volumen1xTE(μL)
EndKonz.(ng/μL)
Standard1 LambdaDNAStandard(100ng/μl)
7,5μL 492,5μL 1,5ng/μL
Standard2 Standard1 250μL 250μL 0,75ng/μLStandard3 Standard2 250μL 250μL 0,38ng/μLStandard4 Standard3 250μL 250μL 0,19ng/μLStandard5 Standard4 250μL 250μL 0,09ng/μLStandard6 Standard5 250μL 250μL 0,05ng/μLStandard7,Blank
Blank 0μL 250μL 0ng/μL
2. Vorbereitung der Amplifikat-Verdünnungsplatte mit Hilfe einer 96-Well Deep-WellPlatte (1 mL pro Well Fassungsvermögen) Zugabe von 498 μL 1×TE Buffer pro WellentsprechendderAmplifikate-Platte.Zugabevon2μLDNAausderAmplifikate-PlatteindasentsprechendeWellaufderAmplifikat-Verdünnungsplatte.DiePipettenspitzesollteimmergründlichgespültwerden.DiePlatteversiegelnundgutvortexen.Platte für10Sekundenzentrifugieren
3. 1×QuantiFluor Dye working solution nach folgendem Rezept vorbereiten 0,5 μLQuantiFluorDye(200X)+99,5μL1×TEPuffer.Ausreichend1×QuantiFluorDyeWorkingSolution vorbereiten, so dass jede Probe (gesamte Proben auf der Amplifikate-Platte)undderStandard(6StandardsundeinBlankLaufindoppelterAusfertigung)einAliquotvon50μLbekommt.
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4. Ineineneue96-Well-Platte,diekompatibelzumjeweiligenqPCRGerätist,Aliquotevon50μL1×QuantiFluorDyeWorkingSolutionindieverwendetenWellpipettieren.
5. Unter Verwendung der vorangegangenen Standards-Vorbereitung, 50 μL von jedemStandard im Doppel in einzelne Wells der 96-Well-Bewertungsplatte auftragen(insgesamt14Wells)MixendurchPipettieren.
6. Dann50μLder verdünntenAmplifikateder entsprechendenWells in dieAmplifikate-Verdünnungsplatten indie jeweiligenWells der 96-Well-Bewertungsplattenauftragen.MixendurchPipettieren.
7. Eine Bewertungsplatte nach der anderen in das qPCR-Gerät stellen und folgendesProgrammlaufenlassen:
AnzahlderZyklen Temperatur Zeit1 25
°C10Sekunden
2
25°C
15Sekunden25°C
30Sekunden(Datenerwerb)
8. DieKonzentrationderDNAinderAmplifikate-Bewertungsplatte,unterVerwendungder
unverarbeitetenRFU-Daten,erzeugtvomqPCRGerät,berechnen.
9. Die DNA in den Amplifikate-Platten mit sterilem H2O verdünnen, so dass dieEndkonzentrationderDNAca.67ng/μLbetrifft.
§ Im Fall einer DNA-Konzentration von 150 ng/μL odermehr: Zugabe von 25 μLH2O
§ ImFalleinerDNA-Konzentrationzwischen100-150ng/μL:Zugabevon10μLH2O
§ IstdieDNA-Konzentrationwenigerals100ng/μL:Zugabevon0μLH2O