Parc recercaBiomèdica Barcelona

connectem ciència i diversitat en un esPai creatiu únic desembre 2013 - Gener 2014 NÚM. 70 www.prbb.org GRATUÏT

Editorial

Resilience

In October last year I joined the PRBB as head of adminis­tration. These past months

have allowed me to get to know this young, dynamic, collabora­tive community that develops high level research in a cutting­edge infrastructure, from within. Is admirable how, despite the complicated economic situation, and thanks to a huge effort, the PRBB centres continue to carry out science of excellence. This is reflected in the 17 grants from the European Research Council that the centres accumulate, as well as the high number of ICREA re­searchers working here, 20 spread between the CRG, UPF and IMIM. The success in this year’s La Marató is also remarkable. These results demonstrate the amazing resilience of the scien­tific and management teams at the centres in the park, some­thing that has allowed them to confront and overcome the budgetary restrictions. Even so, it is necessary to keep working in order to get a commitment from the government to allocate sta­ble resources, to enable a return to the levels achieved in 2009 and help convert knowledge into a driving force in our economy.

Marga Sala

Resiliència

L’octubre del 2012 em vaig incorporar al PRBB com a administradora

general. Aquests mesos m’han permès conèixer des de dins una comunitat jove, dinàmica, col·laborativa i que desenvolupa recerca d’alt nivell en una infra­estructura d’avantguarda. És d’admirar com, malgrat la difícil situació econòmica i grà­cies a un gran esforç, els centres del PRBB continuen fent ciència d’excel·lència. Ho demostren el total de 17 beques del Consell Europeu de Recerca que acu­mulen, així com l’alt nombre d’investigadors ICREA que hi treballen, 20 entre el CRG, la UPF i l’IMIM. També és destacable l’èxit en La Marató d’enguany. Això demostra l’admirable resiliència dels equips científics i de gestió dels centres del parc, que els ha permès afrontar les restriccions pressupostàries. Tot i així, cal continuar treballant per aconseguir un compromís de les administracions perquè hi destinin recursos estables que permetin tornar als nivells asso­lits el 2009 i ajudin a convertir el coneixement en un motor de la nostra economia.

Marga Sala

«L’evolució no pot produir bons dissenys»sEgon simposi anual dEl cExs-upf/ sEcond annual symposium of thE cExs-upf

seus dubtes sobre les funcions reguladores de l’anomenat ADN escombraries. Els éssers humans porten una càrrega evolutiva o, com ho va ex­pressar Randolph Nesse, «l’evo­lució no pot produir un bon dis­seny». Per exemple: els humans poden morir a causa de la defici­ència de vitamina C. Això és un mal disseny, sobretot tenint en compte que la natura ha inven­tat la síntesi de vitamina C per a altres animals com gats i gossos. Nesse, de la Universitat de Michi­gan i representant de l’emergent camp de la medicina evolutiva, va emfatitzar que només podrem entendre les nostres malalties si entenem com els éssers humans s’han desenvolupat a través de l’evolució.

“Evolution cannot produce good design”

The 2nd CEXS­UPF Sympo­sium was held on Novem­ber 26 at the PRBB under

the title “Perspectives in Evolutio­nary Biology”, with six leading ex­perts in the field as guest speakers. Luc Steels from the IBE (CSIC­UPF) presented models on the evolution of language including videos of humanoid robots lear­ning to speak by giving invented names to colours and gestures. Then it was the turn of Dan Graur from the University of Houston. Graur is a fierce opponent of the ENCODE project that was set up to identify all the functional elements in the genome. It was a controversial session, with the

speaker planting doubts about the regulatory functions of junk DNA. During the conference it be­came clear that humans carry an evolutionary burden or, as Randolph Nesse put it: “evoluti­on cannot produce good design”. Take as an example the fact that humans can die from vitamin C deficiency. This is a bad design, particularly since nature has in­vented vitamin C synthesis for other animals like cats and dogs. Nesse, from the University of Michigan, represents the emer­ging field of evolutionary medi­cine. The researcher highlighted the importance of this field by making the point that we can only understand our diseases if we un­derstand how humans developed through their evolution ■

Reimund fickert

El segon simposi del CEXS­UPF es va celebrar el 26 de novembre al PRBB amb el

títol «Perspectives de la biologia evolutiva», amb sis experts líders en el camp com a convidats. Luc Steels, de l’IBE (CSIC­UPF), va presentar models sobre l’evolució del llenguatge, inclo­ent­hi uns vídeos de robots hu­manoides que aprenen a parlar tot inventant noms per als colors o els gestos. Després va ser el torn de Dan Graur, de la Universitat de Houston. Graur és un ferotge opositor del projecte ENCODE, que es va crear per identificar tots els elements funcionals en el genoma. Va ser una sessió con­trovertida, on va fer públics els

dEstacat / highlight

al pRBB persisteix la internacionalització

Encara que l’estabilitat és la tònica general en les dades demogràfiques del Parc, per primera vegada després de set anys de creisement continu es produeix un lleuger descens de població, amb 54 residents menys que l’any 2012. Els 1.379 residents censats a 1 d’octubre de 2013 segueixen donant un caire internacional al Parc, amb

un 25% d’estrangers, un 35% si tenim en compte només la fran­ja de personal investigador. Pel que fa a la procedència, els es­trangers provenen de 53 països diferents i el primer lloc el con­tinuen ocupant els italians (83), seguits dels alemanys (37) i dels francesos (28). Aquest any han irromput amb força els residents de l’Índia, el nombre dels quals ha augmentat fins a 20 persones, i s’han situat en quart lloc en el rànquing de països.

internationalisation persists at the pRBB

Although stability is the perva­ding feature of the park’s demo­graphics, for the first time after seven years of continous growth there has been a slight decrease in the population of the PRBB, there being 54 residents less than in 2012. The 1,379 members of staff registered on October 1, 2013, keep on giving the park its inter­

national flavour, with 25% of the residents hailing from abroad. The figure rises to 35% if one looks only at the research staff. The non­natives come from 53 different countries with the Ita­lians taking first place (83), fol­lowed by the Germans (37) and then the French (28). This year the Indian residents have raced up the leader board, rising to 20 people. This gives India the fourth place in the ranking of foreign countries ■

Robots Qrio inventant el seu propi idioma / Qrio robots inventing their own language

©

Luc

Ste

els,

IBE

(CSIC

-UPF

), Son

y CS L

abor

ator

y Pa

ris

ciència www.prbb.org | desembre 2013 - gener 2014 2

notÍcia ciEntÍfica / sciEntific nEWs

Els científics utilitzen un mètode anome­nat seqüenciació de l’ARN (RNA­seq) per veure com els gens s’expressen al llarg de tot el genoma. Però, com poden analitzar aques­ta informació? I, és prou bo i precís el soft­ware que fan servir? Això és el que ha avaluat el consorci RNA­seq Genome Annotation Assessment Project (RGASP), una iniciativa associada a ENCODE. Els científics han tro­bat quins mètodes funcionen bé per a algu­nes tasques i quines àrees caldria millorar.

laia cendrós

Investigadors del CRG i de la UB han par­ticipat en la valoració sistemàtica i a gran escala del software per analitzar l’expres­

sió dels gens. Els resultats, publicats a Natu­re Methods, contribuiran a obtenir millors mètodes i a facilitar­ne l’aplicació en camps diversos com la medicina i la biotecnologia, segons Roderic Guigó, un dels autors.

large-scale assessment of transcriptome analysis software

Scientists at the CRG and UB have taken part in a consortium that has carried out a systematic assessment of gene ex­

pression analysis software. The results, which appear in two papers in Nature Methods, will help extract more information from nucleic acid sequencing methods and facilitate their application to fields as diverse as medicine and biotechnology, says author Roderic Guigó.

Valoració del programari d’anàlisi d’expressió gènica Scientists use a method called RNA se­quencing (RNA­seq) to see how genes are expressed across an entire genome. But how can they analyse this information, and how good is the software they use to do so? The RNA­seq Genome Annotation Assessment Project (RGASP), an ENCODE­affiliated ini­tiative, evaluated the performance of a wide range of RNA­seq computer programmes and found out which approaches work well for certain tasks and which areas can be im­proved ■

«La meva feina és 80% passió»SALVADOR CARRANZA - GRUP DE FILOGÈNIA I SISTEMÀTICA ANIMAL DE L’IBE (CSIC-UPF)

maruxa martínez-campos

Als 14 anys Salvador Carranza ja feia expedicions per recollir serps i altres bèsties. Avui el cap del grup de Filo­

gènia i Sistemàtica Animal de l’IBE (CSIC­UPF) ha fet de la seva afició la seva professió i recull rèptils per estudiar els processos que generen i mantenen la diversitat animal. El grup és molt dinàmic, sempre amb visitants estrangers; no en va és un referent europeu en el seu camp: la filogènia de rèptils.

illes i rèptils

«Com que són de sang freda, són molt sen­sibles als factors ambientals, i a causa de la seva baixa mobilitat estan molt afectats per les barreres físiques», diu Carranza dels seus objectes d’estudi. Això els fa bons indicadors d’esdeveniments biogeogràfics i climàtics. El biòleg ha treballat amb la majoria de rèptils: serps, escíncids, dragons (geckos)... «Els dra­gons posen ous calcaris resistents a l’aigua sa­lada, així que han colonitzat la majoria d’illes del món», explica el barceloní. Les illes són, precisament, l’altra pota del seu model: «Són ideals per estudiar la generació de diversitat, perquè constitueixen un ecosistema simplifi­cat i contingut». El seu projecte principal és a l’illa de Soco­tra, a 100 quilòmetres de Somàlia. «La flora és espectacular: hi ha boscos de dragos, arbres de carbassons... Això fa que els animals que hi arriben es reinventin, s’adaptin i apareguin noves espècies: l’evolució en acció», afirma. També ha treballat al Marroc, a les Canà­ries, al Cap Verd, al Iemen i a l’Aràbia Saudita, a més d’arreu d’Europa i a Oman, on el grup hi és present des de 2004. Quan arriben a un lloc nou, el primer que fan és esbrinar quines espècies hi ha i on es troben. «Podem trigar dos anys a trobar aquesta informació. Fem col·leccions científiques de referència si hi ha espècies noves —n’hem descobert vuit de dragons a Oman— i descripcions morfolò­giques. Després analitzem marcadors genè­tics per construir arbres filogenètics», explica Carranza. És aleshores quan poden fer­se preguntes: com ha actuat la selecció natural? Són els canvis morfològics a les illes més rà­pids que al continent? Mitjançant algoritmes que integren tota la informació genètica i ge­ogràfica, també fan propostes per identificar les àrees ecològicament prioritàries d’un país.

tecnologia de paper i llapis

El grup sol fer dues expedicions l’any, a la pri­mavera i a la tardor. En cada expedició poden recollir fins a unes mil mostres, i necessiten permisos de recol·lecció i exportació. El cost d’una expedició a Oman d’un mes, tot inclòs, s’acosta als 1.500 euros per persona. «Com que és un país de beduïns, pots acampar on vulguis; és la seva tradició», diu l’investigador. Tot i que porten tablets amb connexió a internet i les tecnologies més capdavanteres, els investigadors utilitzen paper i llapis per anotar les dades del que recullen. «En un lloc amb tant de sol, no veus la pantalla de l’ordi­nador, i amb la sorra i el vent pot espatllar­se. El llapis, en canvi, és infal·lible. Ni tan sols va bé el bolígraf, perquè se’t pot córrer la tinta: llapis», somriu el cap del grup. Les tecnologi­es d’informació geogràfica són, però, essenci­als per preparar l’expedició i també durant els viatges. Viatges en els quals acumulen milers d’anècdotes, algunes divertides i d’altres peri­lloses, com picades de serps verinoses. «Mai he treballat en zones tropicals, que són molt interessants, perquè per arribar al fons de la qüestió necessites un sistema ric, però que puguis dominar. Has de poder­lo convertir en un model per avançar un cop has definit les espècies. Oman és perfecte per­què té només 86 espècies de rèptils: Mèxic en té més de 700», comenta. Carranza defineix el laboratori com a em­píric i productor de noves dades. «Cada cop costa menys seqüenciar, i es poden analitzar bases de dades més ràpid... Però sempre con­tinuarem necessitant les mostres inicials, que és el que nosaltres recol·lectem», conclou.

“my job is 80% passion”

Aged 14, Salvador Carranza was already going on expeditions to collect snakes and other creatures. Today the head of

the Animal Phylogeny and Systematics group at the IBE (CSIC­UPF) has made his hobby his profession, and he collects reptiles in order to study the processes that generate and main­tain animal diversity. The group is very dyna­mic, and always has foreign visitors; afterall, it is a European reference lab in the field of reptile phylogeny.

islands and reptiles

“Being cold­blooded, reptiles are very sensiti­ve to environmental factors, and due to their low mobility physical barriers affect them a lot”, says Carranza of his study subjects. This makes them good climate and biogeography indica­tors. The biologist has worked with the majo­rity of reptiles: snakes, skinks, geckos and so on. “Geckos lay salt water­resistant calcareous eggs, so they have colonised the majority of the world’s islands”, explains the Barcelona­native. In fact, islands are the flip side of his model. “They are ideal for studying the generation of diversity, as they represent simplified and con­tained ecosystems”. His main project is on the island of Socotra, 100 km from Somalia. “The flora is specta­cular: there are forests of dragon blood trees, and cucumber trees among other things. This means the animals that arrive there have to reinvent themselves; they adapt and new spe­cies appear: it’s evolution in action”. He has also worked in Morocco, the Canary Islands, Cape Verde, Yemen and Saudi Arabia, as well as throughout Europe and Oman, where the

lab has been present since 2004. When the group gets to a new site the first thing they do is find out which species are present, and where they are found. “It can take us two years to gather this information. We make reference collections of any new species —we have dis­covered eight new geckos in Oman— and wri­te morphological descriptions of them. Later we analyse their genetic markers to construct phylogenetic trees”, explains Carranza. It is at this point they can ask questions: how has na­tural selection taken place? Are morphological changes on islands faster than on the conti­nent? Using algorithms that integrate all the genetic and geographical information, they also identify prospective areas of ecological priority in a country.

pen and paper technology

The group usually goes on two expeditions a year, in spring and autumn. On each expedi­tion they can gather up to 1,000 samples, and they need collection and export permits. The cost of a month’s expedition to Oman, all inclu­sive, is around 1,500 Euros per person. “As it’s a Bedouin country, you can camp where you want, it’s traditional”, says the researcher. Although they carry tablets with internet connection and cutting­edge technology, the researchers use pen and paper to re­cord the data they collect. “In a place with so much sun, you can’t see the computer screens, and sand and wind can cause them to break down. The pencil, on the other hand, never fails. Not even pens, that can run out of ink: just pencils”, smiles the head of the group. Geographic information technology is, however, crucial both when preparing an expedition and during the trip. Trips from which they have accumulated thousands of anecdotes, some funny and some dange­rous, including poisonous snake bites. “I’ve never worked in tropical areas, which are really interesting, because to get to the heart of the matter you need a rich system, but one that you are on top of. You have to be able to convert it into a model to move forward once you have defined the species. Oman is perfect because there are only 86 species of reptiles: Mexico has more than 700”. Carranza thinks about the lab as empirical and a producer of new data. “Sequencing is less and less expen­sive, and databases can be analysed faster, but we will always need the initial samples, which is what we collect”, he concludes ■

pERfil dE gRup / gRoup pRofilE

El grup de biòlegs dirigit per Salvador Carranza, amb els rèptils objecte del seu estudi The group of biologists led by Salvador Carranza with the reptiles they study

Foto

de

Mar

uxa

Mar

tÍnez

(PR

BB)

7 febrer de 2011 | www.prbb.org 3 desembre 2013 - gener 2014 | www.prbb.org ciència

notÍciEs ciEntÍfiQuEs / sciEntific nEWs

laia cendrós

La senescència és un estat en què les cèl·lules limiten la seva proliferació en resposta a l’estrès i sempre s’ha

associat a l’envelliment i a la patologia. Ara, investigadors del CRG i del CNIO han descrit independentment en dos articles a Cell que aquest estat no està relacionat només amb l’estrès o la proliferació de tumors, sinó que és quelcom necessari durant el desenvolupament embrionari. «El nostre estudi mostra que l’eliminació de cèl·lules senescents realitzada de ma­nera coordinada pels macròfags dirigeix la remodelació dels teixits durant el desen­volupament. Això és vital per a la formació normal d’un embrió», explica Bill Keyes, que ha dirigit un dels estudis. Els autors han descrit la senescència com un procés essencial en dos dels principals centres de

La senescència cel·lular és un procés normal en l’embrió

senyalització en l’embrió de ratolí que aju­den a controlar el desenvolupament de les extremitats i el sistema nerviós. Aquests dos teixits són precisament uns dels més afec­tats quan hi ha defectes congènits de naixe­ment, la qual cosa suggereix que entendre els mecanismes que regulen la senescència en l’embrió podria ajudar a explicar les cau­ses d’alguns d’aquests problemes. «Aquesta troballa canvia definitivament la manera com enteníem la senescència i ens apor­ta nova informació per abordar el càncer i l’envelliment», comenta Mekayla Storer, primera autora del treball del CRG.

senescence is a normal process in the embryo

Senescence is a state by which cells limit their proliferation in response to stress and has been described in

ageing and cancer. Now, researchers at the CRG and CNIO reveal independently in two Cell papers that this state is not exclusively related to stress and tumour proliferation, but that it is also needed during normal embryonic development. “Our study shows how the coordinated removal of senescent cells by macropha­ges plays a key role in the remodelling of the developing tissues, a process that is re­quired for normal patterning”, explains Bill Keyes, head of the lab at the CRG. The au­thors describe senescence as essential in two major signalling centres in the embryo that help control normal limb and ner­vous system development. Interestingly, these two tissues are amongst those most frequently affected by congenital birth de­fects, suggesting that an understanding of senescence regulating mechanisms in the embryo might help to explain the causes

of some developmental abnormalities. “These findings change the way we un­derstand senescence, and give us impor­tant information for tackling cancer and ageing”, says Mekayla Storer, PhD student and first author on the study done at the CRG ■

L’estudi s’ha realitzat en embrions de ratolíThe study was done in mouse embryos

© M

ekay

la S

tore

r

L’article publicat a la revista Nature Cell Biology suposa una revolució en el camp de la biomedicina. L’obtenció d’aquests primordis cel·lulars genera esperances perquè un dia puguem utilitzar les nos­

Zoila Babot

Un equip d’investigadors del CMRB, del Salk Institute de Califòrnia i de l’Hospital Clínic ha aconseguit

crear estructures renals tridimensionals en cultiu utilitzant cèl·lules mare huma­nes. Aquest avenç facilitarà l’estudi de les malalties renals i el descobriment de nous fàrmacs, i és un pas més cap a l’aplicació de teràpies basades en cèl·lules mare. L’equip dirigit per Juan Carlos Izpisúa Belmonte va utilitzar cèl·lules mare em­brionàries i cèl·lules iPS obtingudes a partir de cèl·lules de la pell. Després de convertir­les en cèl·lules progenitores del sistema renal en tan sols quatre dies en cultiu, els investigadors les van cultivar conjuntament amb cèl·lules del ronyó embrionari de ratolí. Els dos tipus de cèl­lules es van acoblar formant estructures tridimensionals similars al ronyó embrio­nari que amb el temps van recapitular, en cultiu, els processos de desenvolupament del ronyó humà.

«Mini-ronyons» creats a partir de cèl·lules maretres pròpies cèl·lules per regenerar els nostres òrgans malalts, de manera que se solucionarà l’escassetat d’òrgans per a trasplantaments. A més, el treball fa possible reproduir al laboratori malalties renals humanes i valorar diferents estra­tègies terapèutiques. De fet, els investiga­dors van generar «mini­ronyons» de dos pacients diagnosticats amb malaltia poli­quística renal.

“mini-kidneys” from human stem cells

A team of researchers from the CMRB, the Salk Institute in Califor­nia and the Hospital Clinic has cre­

ated three­dimensional kidney structures in culture using human stem cells. This will facilitate the study of kidney diseases, the discovery of new drugs and is a step forward towards the implementation of stem cell­based therapies. The researchers led by Juan Carlos Izpisúa Belmonte used embryonic stem

cells and induced pluripotent stem (iPS) cells obtained from human skin cells. After just four days in culture they became renal filtration and collection system progeni­tor cells which were then cultured with embryonic mouse kidney cells. The two types of cells combined forming three­dimensional structures similar to the em­bryonic kidney. These three­dimensional structures, with time, recapitulated the de­velopment processes of the human kidney. The paper, published in Nature Cell Biology, represents a revolution in the field of biomedicine. The generation of these well­organised 3D renal struc­tures allows us to hope that one day we could use our own cells to regenerate our diseased organs, thus solving the problem of transplant organ shortages. The work also enables human renal diseases to be reproduced in the lab for testing different therapeutic strategies. In fact, the scien­tists already created “mini­kidneys” from two patients diagnosed with polycystic kidney disease ■

© C

MR

B

Primordi de ronyó format per cèl·lules humanes (groc) i de ratolí (blaves) / Renal primordium

with human (yellow) and mice (blue) cells

Rosa manaut / maribel pérez

Un equip de metges de l’Hospi­tal del Mar i d’investigadors de l’IMIM, dirigits per Esther Bar­

reiro, ha trobat dos prometedors bio­marcadors per predir l’evolució del càn­cer de pulmó en pacients amb malaltia pulmonar obstructiva crònica (MPOC). L’estrès oxidatiu —el desequilibri entre la producció d’oxidants i d’antioxidants a les cèl·lules— i la inflamació són dos pa­ràmetres relacionats amb la progressió del càncer de pulmó que es troben ele­vats a la sang i al teixit tumoral. L’estudi ha demostrat per primera vegada que

Nous avenços en el diagnòstic del càncer de pulmó

també es troben elevats a la part superior de l’aparell respiratori no afectada per la lesió tumoral en pacients amb càncer de pulmó i que a la vegada tenen MPOC. Els investigadors han publicat a la re­vista Free Radical Biology and Medicine la comparació de 52 pacients amb càncer de pulmó i 21 persones sense càncer. «Els dos paràmetres que hem trobat elevats, l’ADN danyat per oxidació i el factor de necrosi tumoral alfa —una proteïna infla­matòria—, es poden detectar fàcilment en sang, i això facilitaria el seu ús com a marcadors en la pràctica clínica. Però caldran més estudis per confirmar el seu valor predictiu», explica Barreiro.

new advances in lung cancer diagnosis

A team of doctors from the Hospital del Mar and researchers from the IMIM, led by Esther Barreiro, has found two

promising biomarkers for predicting the evo­lution of lung cancer in patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Oxidative stress —the imbalance be­tween the production of oxidants and an­tioxidants in cells— and inflammation are both parameters related to the progression of lung cancer that are found raised in the blood and tumour tissue. The study has shown for the first time that they are also

elevated in the airways, the upper part of the respiratory system not affected by the tumour lesion, in patients with lung cancer who are also suffering COPD. In the journal Free Radical Biology and Medicine the researchers have published a comparison of 52 patients with lung can­cer and 21 people without cancer. “The two parameters that we found raised, the DNA damaged by oxidation and the tumour ne­crosis factor alpha, an inflammatory pro­tein, can easily be detected in blood, and this fact would greatly facilitate their use as markers in clinical practice. But further studies will be needed to confirm their pre­dictive value”, explains Barreiro ■

ciència www.prbb.org | abril de 2011 4ciència www.prbb.org | desembre 2013 - gener 2014 4

caRRERa ciEntÍfica / sciEntific caREER

pERfil / pRofilEpare de tres fills, Baldo oliva fa tretze anys que dirigeix el grup de Bioinfor-màtica Estructural al gRiB (upf-imim). aquest químic de 50 anys, nascut a gràcia i resident a terrassa, combina aquesta tasca amb fer classes als estudiants de biologia i del màster de bioinformàtica de la upf.

father of three, Baldo oliva has been directing the structural bioinformatics group at gRiB (upf-imim) for the last 13 years. this 50 year old chemist, born in gràcia and currently living in terrassa, combines this with lecturing to biology students and on the Bioinformatics msc. at the upf.

«Per ser científic cal ser pacient i tossut»maruxa martínez-campos

d’on va sorgir el teu interès per la ciència?

Com molts nens, de petit m’inte­ressava la natura, col·leccionar insectes, etc. Volia entendre els

mecanismes de funcionament dels éssers vius i vaig estudiar bioquímica. Durant la carrera em van agradar molt la física i les matemàtiques, així que els darrers anys vaig començar també la carrera de mate­màtiques.

En què vas fer el doctorat?Havia de fer una mutació dirigida d’un enzim per millorar­lo, però vaig veure que no serveixo per a la part experimental. Per la meva manca de paciència —vaig exercir massa pressió en un aparell—, vam tenir una explosió al laboratori que va afectar la visió d’un company! A partir d’aleshores vaig dedicar­me a la teoria, al reconeixement del comportament d’es­tructures de proteïnes. Els dos darrers anys els vaig fer a Suècia, on vaig aprendre dinàmica molecular. Els coneixements de física i programació que vaig adquirir es­tudiant matemàtiques em van ajudar, tot i que vaig haver de deixar la carrera.

millor teoria que pràctica, doncs?Em frustra el poc control que tenim sobre l’experimentació. Després d’una setmana d’experiments, en intentar fer una tinció amb plata d’una proteïna a les nou de la nit d’un diumenge, no va funcionar. Això em va passar diverses vegades seguides. Frustrat, vaig revisar tot el procediment fil per randa. Al final va resultar que el bi­carbonat s’hidratava al cap d’uns dies i la concentració que estava utilitzant no era la que creia... Amb els ordinadors, en canvi, ho controles tot tu; si alguna cosa surt ma­lament, és perquè no l’has programat bé.

Què va venir després del doctorat?El 1992 em van fer un contracte a la UAB per gestionar una base de dades genèti­ca. Hi vaig estar set anys, durant els quals vaig codirigir algunes tesis doctorals i vaig fer diverses estades de tres o quatre me­sos al laboratori de Michael Sternberg, a Londres. El 2000 vaig formar el meu propi grup a la UPF.

BALDOMERO OLIVA – CAP DEL GRUP DE BIOINFORMÀTICA ESTRUCTURAL (GRIB:UPF-IMIM)

Quin ha estat el canvi més gran que has viscut en la recerca?La seqüenciació era una novetat durant el meu doctorat, i ho va revolucionar tot. Avui dia ja no parlem d’entendre una molècula, sinó el conjunt de molècules d’un sistema. Hem passat dels gens a la genòmica, de les proteïnes a la proteòmica... Hem fet un salt gegant pel que fa a l’escala.

El millor i el pitjor de la recerca?Sempre t’estàs preguntant coses, sempre hi ha alguna cosa nova... No et pots avor­rir. Però la burocràcia és molt pesada. Més del 50% del meu temps l’esmerço a buscar finançament o a administrar­lo.

portes feina a casa?La recerca és molt flexible pel que fa a ho­raris, i això m’ha facilitat la conciliació amb la vida familiar. Però als ordinadors, és molt fàcil enganxar­s’hi! Un cop els meus fills dormen, si em poso amb programació, m’hi puc estar fins a les tres de la matinada.

Què cal per dedicar-se a la recerca?Prou curiositat per fer­te preguntes i prou tossuderia per arribar a contestar­les. Per això els nens són científics per excel­lència!

“to be a scientist you have to be patient and stubborn”

Where did your interest in science come from?

Aas a child I was interested in collec­ting insects. Later I wanted to un­derstand how human beings work

so I studied biochemistry. During my studies I liked physics and maths, so in the last ye­ars I started doing a mathematics degree.

What did you do your phd on?I was supposed to do a targeted mutation of an enzyme to improve it, but I realised I was no good at the experimental part. Due to my lack of patience —I exerted a bit too much pressure on a device— we had an explosion in the lab that affected a collea­gue’s vision! From then on, I’ve dedicated myself to theory, examining the behaviour of protein structures. I spent the last two years of my PhD in Sweden, where I learned about molecular dynamics. The knowledge of physics and programming that I acqui­red studying maths helped me a lot, even though I didn’t finish the degree.

Better theory than practice then?It frustrates me how little control we have

over experiments. After a week of trying to make a silver staining of a protein, at nine pm on a Sunday it still wouldn’t work. That happened to me several times in a row. Frustrated, I reviewed the who­le procedure piece by piece. In the end it turned out that after a few days the bicar­bonate had hydrated and the concentra­tion that I was using was not what I had thought... With computers, on the other hand, you control everything, if some­thing goes wrong, it is because you have not done the programming well.

What came after your phd?In 1992, I got a contract at the UAB to manage a genetic database. I was there for seven years, during which time I co­directed some doctoral theses and did several three or four month stays in Mic­hael Sternberg’s lab, in London. In 2000 I started up my own group at UPF.

What is the biggest change you’ve seen in research?Sequencing was new during my docto­rate, and it revolutionised everything. Today, we no longer talk about unders­tanding a molecule, rather the set of mo­lecules in a system. We have gone from genes to genomics, from proteins to pro­teomics. We’ve made a giant leap in terms of scale.

What are the best and worst things about research?You’re always questioning things, the­re’s always something new; you can’t get bored. But the bureaucracy is really an­noying. More than 50% of my time is spent looking for or administering funding.

do you take your work home with you?Research is pretty flexible in terms of ti­metable, and this enables me to balance it with family life. But with computers, it is very easy to get hooked! Once my chil­dren are asleep, if I start programming, I can be up til three o’clock in the morning.

What do you need to devote yourself to research?To be curious enough to ask yourself questions and stubborn enough to answer them. That’s why children are sci­entists par excellence! ■

confERÈnciEs pRBB-cRg / confEREncEs pRBB-cRg conference programme financed by the cRg and the pRBB

JoEl schWaRtZ, monday december 9. Schwar tz, from Harvard School of Public Health in Boston, US, has played a leading and crucial role in the

discovery of the health effects of lead on neurodevelopment and the urban air pollution effects on respiratory and cardiovascular diseases, with special attention to the underlying mechanisms. He is also interested in methodological questions regarding the modell ing of non-linear functions. Finally, he wants to understand the effects of antioxidants on respiratory health. He has been invited by Jordi Sunyer (CREAL).

pER ahlBERg, monday december 16. Ahlberg, from the Evolutionary Biology Centre at the Uppsala University, Sweden, has two principal fields of research: Palaeozoic

vertebrate evolution with focus on the origin of tetrapods —the morphological transition from fish to tetrapod— and the relationship of molecular and developmental patterning to morphological evolution. Specifically he is looking into the evolution of muscles and bones in vertebrate heads, necks and limbs, bringing together molecular techniques such as transgenic cell lineage labeling with palaeontological data in a single analysis. He has been invited by James Sharpe (CRG).

michaEla fRyE, friday January 10. Frye, from the Cambridge Stem Cell Institute, Wellcome Trust-MRC, in Cambridge, UK, is using a comprehensive approach

combining system-wide approaches, mouse models and in vitro differentiation assays to study epithelial stem cell homeostasis and cancer and identify key factors regulating stem cell differentiation in adult tissues. In particular she wants to answer how post-transcriptional modifications control stem cell fate in normal tissues and how aberrant cytosine-5 methylation pathways can cause human diseases. She has been invited by Kiana Toufighi (CRG).

fRanÇoisE pflumio, monday January 27. Pflumio, from Insti-tut de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire (IRCM), in France, studies the mechanisms that

maintain stem cell quiescence and those that allow them to enter the cell cycle and diffe-rentiate into different hematopoietic lineages. She is also working on the characterization of the leukemic stem cells and trying to un-derstand their resistance to drugs. Her group combines genetic, molecular and cellular approaches with imaging to monitor the deve lopment of leukemia or the initiation of normal hematopoiesis in xenograft models. She has been invited by Anna Bigas (IMIM).

Foto

de

Mar

uxa

Mar

tÍnez

(PR

BB)

7 febrer de 2011 | www.prbb.org 5 desembre 2013 - gener 2014 | www.prbb.org ciència

notÍciEs ciEntÍfiQuEs / sciEntific nEWs

gisela sanmartín

La plena lactància, o lactància ex­clusiva, entre els 6 i els 12 mesos millora el desenvolupament de

les funcions cognitives dels infants als quatre anys, segons confirma un estu­di liderat per l’investigador Jordi Júlvez, del CREAL, centre de recerca de l’aliança ISGlobal. Altres factors com els indica­dors d’intel·ligència de les mares, els símptomes psicopatològics, la classe so­cial o els àcids grassos del calostre (llet dels primers dies després del part) eren independents d’aquesta associació, tot i que alguns d’ells també influeixen en el neurodesenvolupament. El treball publicat a Developmental Medicine and Child Neurology ha analit­zat 434 mares i fills de la cohort de naixe­ment del projecte INMA a Sabadell. No­més 51 mares van fer plena lactància du­rant més de sis mesos, i la durada mitjana va ser de poc més de quatre mesos. Una durada que «no és suficient perquè re­sulti beneficiosa per al desenvolupament neurològic del nadó», diu Júlvez. Segons l’estudi, només la lactància materna ex­clusiva a llarg termini millora les capaci­

laia cendrós

En un treball publicat a la revista PLOS Computational Biology, els grups liderats per Johannes Jae­

ger al CRG i Julio R. Banga a l’IIM­CSIC han presentat un model matemàtic que prediu amb gran detall la regulació dels gens. Els científics han desenvolupat al­goritmes per crear un model mitjançant el qual es repeteix diverses vegades el procés de simulació per anar ajustant el model a les dades obtingudes al laborato­ri fins que les prediccions es corresponen amb la realitat. En aquest cas, els investigadors han estudiat el desenvolupament dels seg­ments corporals en la mosca de la frui­

Rosa manaut

Investigadors de l’IMIM liderats per San­dra Peiró han descrit una nova funció de dues molècules clau en la progressió

dels tumors: el factor de transcripció Snail1 i l’enzim LOXL2. L’estudi, que s’ha publicat a la revista Molecular Cell, col·loca l’enzim LOXL2 com a possible diana terapèutica per al tractament de càncers com ara els de mama, de laringe, de pulmó o de pell. Durant la transició epiteli­mesènquima (EMT) les cèl·lules epitelials es convertei­xen en cèl·lules mesènquimes, capaces de

Beneficis de la lactància materna a llarg termini

Models computacionals per desxifrar problemes biològics

Descrita la funció de dues molècules implicades en la metàstasi

tats cognitives dels nens. De fet, aquesta és un dels factors del neurodesenvolupa­ment més estudiats en els darrers anys. El cervell és molt sensible a les exposicions ambientals durant els primers anys de vida i qualsevol factor que l’afecti podria tenir com a conseqüència efectes perma­nents en la funció cerebral.

long-term breastfeeding benefits

Full breastfeeding (exclusive or al­most exclusive) of babies aged 6 to 12 months improves the cognitive

development of these children at four years of age, according to a study led by researcher Jordi Júlvez from the CREAL, research centre of the ISGlobal Alliance. Other factors such as the intelligence in­dicators of the mothers, the psychopatho­logical symptoms, the social class and the fatty acids in the colostrum —the milk in the first few days after birth—, some of which also influence neurodevelopment, were independent of this association. The work published in the journal De­velopmental Medicine and Child Neuro­logy analysed 434 mums and babies from the birth cohort of the INMA project in

ta, però el mateix tipus de model podria utilitzar­se per produir fàrmacs o altres productes biotecnològics. «El més im­portant en el nostre estudi és que hem demostrat que existeix una única forma coherent per abordar el problema, cosa que no s’havia aconseguit mai abans amb un model complex de regulació gènica», afirma Jaeger. «Aquest és un gran pas cap a l’aplicació d’aquests models en tot tipus de contexts biològics», afegeix el científic. El treball forma part del projecte euro­peu BioPreDyn, coordinat per Jaeger, on onze socis de vuit països, incloent­hi tres empreses (Evolva, InSilico Biotechnology, i CoSMo Company), comparteixen un únic objectiu: desenvolupar models computa­cionals per analitzar xarxes biològiques a escala múltiple.

Sabadell. Only 51 mothers fully breastfed for more than six months: the average length was little more than four months. A length of time which “is not sufficient to be beneficial for the baby’s neurologi­cal development”, explains Júlvez. According to the study only full long­term breastfeeding led to an improve­

computational models to decipher biological problems

In a paper published in the Open Ac­cess journal PLOS Computational Biology, groups led by Johannes Jaeger

at the CRG and Julio R. Banga at IIM­CSIC demonstrate a mathematical model that closely predicts post­transcriptional gene regulation. The researchers developed algorithms to use in a “systems biology modelling cycle”, in which they repeatedly adjusted a model to gene expression data obtained from laboratory experiments un­til a good fit was obtained between the pre­dicted and measured outcomes. They studied the development of body segments in the fruit fly, but these models could be also applied to optimise the pro­

ment of the children’s cognitive skills. In fact, breastfeeding is one of the most studied neurodevelopmental factors of the past few years. The brain is very sen­sitive to environmental exposures dur­ing the first years of life and any factor that affects it could permanently impact brain function ■

duction of drugs and other biotechnological products. “What is important in our study is that we proved there was a unique and consist­ent solution to the problem, something that has never before been achieved for a realis­tic complex model of gene regulation”, de­clares Jaeger. “This is a big step towards ap­plying the systems biology cycle routinely, in all kinds of biological contexts”, adds the researcher. The work is part of the EU project Bio­PreDyn, coordinated by Jaeger, in which eleven partners from eight countries, in­cluding three industrial partners (Evolva, InSilico Biotechnology, and the CoSMo Company), are developing computational models to analyse multi­scale biological networks ■

migrar i resistents a la mort cel·lular progra­mada, entre d’altres coses. És així com les cèl·lules tumorals poden moure’s i arribar a altres teixits. L’estudi demostra que durant la conversió en cèl·lules mesènquimes, l’ADN, plegat dins de la cèl·lula en forma de cromatina, s’ha de reorganitzar per tal d’adaptar­se a les noves funcions cel·lulars. El factor de transcripció Snail1, a través de LOXL2, és l’arquitecte d’aquesta reestructu­ració. D’aquesta manera, qualsevol meca­nisme capaç de bloquejar­ho impediria la transició epiteli­mesènquima i, per tant, la metàstasi.

Roles of two molecules involved in metastasis are described

Researchers from the IMIM, led by Sandra Peiró, have described a new function of two key molecules in tu­

mour progression, the transcription factor Snail1 and the enzyme LOXL2. The study, published in the journal Molecular Cell, suggests enzyme LOXL2 as a possible ther­apeutic target for the treatment of cancers such as breast, larynx, lung and skin cancer. During the epithelial­mesenchymal transition (EMT) epithelial cells turn into

mesenchymal cells which are able to mi­grate and are resistant to programmed cell death, amongst other things. This is how tumour cells can move and reach other tissues. The study shows that during the conversion into mesenchymal cells, the DNA, folded inside the cell in the form of chromatin, must reorganise in order to adapt to the new cell functions. The tran­scription factor Snail1, through LOXL2, is the architect of this restructuring. So any mechanism that was able to block it would prevent the epithelial­mesenchymal tran­sition and thus metastasis ■

ciència www.prbb.org | abril de 2011 4ciència www.prbb.org | desembre 2013 - gener 2014 6

ciÈncia al dEscoBERt / sciEncE uncoVEREd

maurizio gentile

Els patògens generalment envaeixen el nostre cos a través de la pell o les mucoses. Quan es produeix la inva­

sió, les cèl·lules del nostre sistema immune detecten la presència dels microbis intru­sos i els eliminen mitjançant unes respos­tes protectores caracteritzades per una es­pecificitat creixent. El sistema immunitari es divideix en du­es categories: innata i adaptativa. La im­munitat innata es refereix als mecanismes de defensa, no específica, que entren en joc immediatament després de l’aparició d’un agent patogen al cos. Aquests meca­nismes inclouen barreres físiques com la pell, productes químics a la sang i cèl·lules que ataquen els elements estranys al cos. La immunitat adaptativa es refereix a una resposta immune específica a un an­tigen i és més complexa i lenta. L’antigen primer ha de ser processat i reconegut. Un cop reconegut, es crea un exèrcit de cèl·lules immunes específicament disse­nyades per atacar­lo. Uns dels principals protagonistes són els limfòcits B, especi­

El poder dels anticossosalitzats en la producció d’anticossos que potencialment poden lluitar contra mili­ons de microbis. Cada anticòs té una diana única, un antigen present en l’organisme invasor. Aquest antigen és una mena de clau que ajuda l’anticòs a identificar l’or­ganisme. Quan s’insereix la clau al pany, l’anticòs s’activa i neutralitza al patogen. La intel·ligència del sistema no s’atura aquí. Algunes cèl·lules B diferenciades mi­gren a la medul·la òssia i hi viuen durant anys, on continuen produint anticossos fins i tot quan l’antigen ha estat eliminat. Això explica la memòria de la immunitat adap­tativa: la seva capacitat de «recordar» un organisme invasor i reaccionar­hi amb més rapidesa quan hi torna a estar exposat.

the power of antibodies

Pathogens usually invade our body through the skin or mucosal sur­faces. When invasion occurs, so­

me of our immune system cells sense the presence of the intruding microbes and remove them by mounting protective responses characterised by progressively increased specificity.

as the skin, chemicals in the blood, and cells that attack foreign elements in the body. Adaptive immunity refers to an an­tigen­specific immune response and is more complex. The antigen must first be processed and recognised. Once it has been identified, an army of immune cells specifically designed to attack that anti­gen is created. One of the main players are B cells, lymphocytes specialised in antibody production that can potentially fight millions of microbes. Each antibody has a unique target, an antigen present in the invading organism. The antigen is like a key that helps the antibody identify the organism. When the key is inserted into the lock, so to speak, the antibody is acti­vated, neutralising the target. The cleverness of the system does not stop there. Some of the differentiated B cells migrate to the bone marrow where they live for several years, continuing to produce antibodies even when the anti­gen has been eliminated. This explains the “memory” of adaptive immunity: its capa­city to “remember” an invader and react more rapidly to subsequent exposure to the same organism ■

The immune system is divided into two categories: innate and adaptive. Innate im­munity refers to non­specific defence mec­hanisms that come into play immediately or within hours of a pathogen appearing in the body. This includes physical barriers such

Representació d’anticossos monoclonals units a antigens a la superfície cel·lular

A representation of monoclonal antibodies binding to antigens on a cell surface

foto ciEntÍfica / sciEntific photogEnt dEl pRBB / pRBB pEoplE

Un arbre comença amb una llavor, les cèl·lules de la qual es dividei­xen per produir les arrels, el tronc,

les fulles i, finalment, una immensa enti­tat viva que no solament és vital per a la nostra existència, sinó que també embe­lleix el nostre món. El conjunt de cèl·lules mare que hi ha a la imatge s’ajusta perfec­tament a aquest pensament. La fotografia, feta per Julia Burnier al Laboratori de Disseny de Sistemes Bio­lògics del CRG, forma part de l’exposició «Tree of Life. La complexitat de la vida: de la cèl·lula a l’organisme viu». L’exhibi­ció recull imatges fetes per investigadors del CRG i ha estat presentada a Can Ma­nyé Espai d’Art i Creació d’Alella durant el mes de novembre. L’objectiu de la mostra és compartir no només la recerca que es fa al centre, sinó també la bellesa i la sin­gularitat d’aquestes imatges, així com els paral·lelismes i sinèrgies que s’establei­xen entre l’art i la ciència.

“there are trees that shout green”

A tree starts with a seed, the cells di­vide to produce roots, a trunk, lea­ves and, finally, it becomes a vast

living entity that is not only vital to our existence, but which beautifies our world. The group of stem cells in the image per­fectly square with this thought. The photo, taken by Julia Burnier who worked at the Design of Biological Systems lab at the CRG, forms part of the exhibition “Tree of Life. The complexity

«Hi ha arbres que llancen crits verds»

Mara Dierssen

Pablo Cironi

of life: from the cell to the living orga­nism”. The display includes images taken by CRG researchers, and was open to the general public at the Can Manyé Art and Creation Space in Alella during the whole of November. The aim of the exhi­bition was to share not only the research that takes place at the centre, but also the beauty and uniqueness of the images, and the parallels and synergies between art and science ■

laia cendrós

Mara Dierssen, la cap del grup de Biologia Cel·lular i de Siste­mes del CRG ha estat nomena­

da presidenta de la Societat Espanyola de Neurociències (SENC) per al període 2013­2015. Dierssen va ser elegida pre­sidenta fa dos anys, però el seu mandat, aprovat el passat 27 de setembre per l’as­semblea de la SENC durant el seu 15è Congrés Nacional, acaba de començar a l’octubre. L’assemblea també va aprovar el nomenament dels altres set membres de la nova junta directiva.

mara dierssen, new president of sEnc, the spanish society of neuroscience

Mara Dierssen, head of the Ce­llular and Systems Biology group at the CRG has been

named president of the Spanish So­ciety of Neuroscience (SENC) for 2013­2015. Dierssen was elected two years ago but her term of office, approved by the SENC assembly during its 15th Na­tional Congress, took up the role in Oc­tober. The assembly also approved the appointment of seven members to the new board of directors ■

laia cendrós

El químic argentí Pablo Cironi serà el nou responsable de transferèn­cia tecnològica del CRG. Cironi té

més de 14 anys d’experiència en recerca i desenvolupament de fàrmacs, biologia molecular i biologia sintètica, i altres sis anys en transferència de tecnologia i pro­cessos de comercialització. Després de gaudir d’una beca postdoctoral Fulbright a la Universitat de Harvard, Cironi es va incorporar a la Fundació Marcelino Botín com a Senior Innovation & Technology Transfer Manager. Al CRG ara la seva tas­ca serà facilitar l’explotació dels resultats de recerca dels investigadors del centre.

new department head for cRg’s technology transfer

The Argentine chemist Pablo Ciro­ni will be the centre’s new head of technology transfer. He has over 14

years of research and development expe­rience in drug discovery, molecular bio­logy and synthetic biology, and six years managing technology transfer and com­mercialization processes. After enjoying a Fulbright postdoctoral fellowship at Harvard University, Cironi joined the Marcelino Botín Foundation as Senior Innovation & Technology Transfer Ma­nager. At the CRG his task will now be to facilitate the exploitation of the research results coming out of the centre■

© A

nna

Tanc

zos,

Wel

lcom

e Im

ages

7 febrer de 2011 | www.prbb.org 7 desembre 2013 - gener 2014 | www.prbb.org diversitat

REtRat / poRtRait

antonio martíBarcelona, 1948

Cap d’Auxiliars de Seguretat (Trablisa)

Quina és la teva rutina diària?He treballat al PRBB més de set anys, llevant­me cada dia a les quatre del matí. i treballant primer de les cinc del matí a les 8 del vespre, i ara només de sis a dues. Obro els llums i les portes del moll de càrrega, estic a recepció i vaig a fer rondes de vigilància, incloent­hi l’estabulari, on comprovo la temperatura dels peixos.

alguna anècdota de la feina?A la nit he vist investigadors dormint als sofàs de les recepcions, vaig trobar una piragua en una de les terrasses, i he vist un investigador­surfista entrant al Parc amb la seva planxa... i en banyador eslip!

Que faràs quan et jubilis al desembre?He treballat des de l’any 1964, i el que no vull és quedar­me al sofà. M’apuntaré a un gimnàs, i també aniré a caminar. I, és clar, per fi sortiré més amb la meva dona, ja que els horaris que he tingut aquests anys, amb només un cap de setmana lliure al mes, no ens han permès fer gaire coses junts!

Què trobaràs a faltar del pRBB?Els meus companys i, en general, la gent del Parc. Hi ha moltíssima gent que conec de vista, hi ha un noi de l’IMIM que em trobo cada dia a les cinc del matí! És clar que hi ha hagut moments de molts nervis però el 95% del temps ho he passat molt bé aquí.

What is your daily routine? I’ve been working at the PRBB for over seven years, getting up every day at four am. At first I was working from five in the morning to 8pm, and now six am to two pm. When I arrive, I turn on the lights and open the loading bay doors. Then I go reception and do surveillance rounds, including the animal facility, where I check the temperature of the fish there.

have you got a job-related anecdote?Doing the rounds in the evening I have found researchers sleeping on the sofas in the reception areas! Also, once I found a canoe on one of the terraces, and I’ve spotted one surf dude researcher coming in with his board ...in only his speedos!

What are you going to do when you retire in december? I’ve worked non­stop since 1964, and what I don’t want to do is sit on the sofa all day. I’ll sign up to a gym, and I’ll also walk. And, of course, finally I’ll be able to go out with my wife, since the timetable I’ve had all these years, with only one weekend off every month, hasn’t allowed us to do many things together!

What you will miss at the pRBB? My colleagues and the people in the park in general. There are loads of people I know by sight; there’s a guy at the IMIM I bump into every day at five in the morning! Of course there have been fraught periods and heated moments, but 95% of my time here has been great ■

dEBat actual / cuRREnt-affaiRs dEBatE

En un article recent de The Economist s’afirma que hi ha «problemes al laboratori», ja que una quantitat cada vegada més gran de la recerca publicada no és fiable. L’any passat, investigadors de l’empresa de biotecnologia Amgen van trobar que només podien reproduir sis dels 53 estudis més «emblemàtics» de recerca en càn-cer. I prèviament John Ioannidis, epidemiòleg a la Universitat de Stanford, va afir-mar que «la majoria dels resultats de recerca publicats probablement són falsos», sobretot a causa de la manca de rellevància estadística. Què està passant amb el sistema de revisió per parells que suposadament evita la publicació d’errors en articles científics? Els codis de bones pràctiques científiques, com el del PRBB, són eficaços a l’hora d’evitar la publicació de recerca de mala qualitat?

is science going wrong?

In a recent article The Economist claimed that there is “trouble at the lab”, be-cause an increasing amount of unreliable research is getting published. Last year researchers at the biotech firm Amgen found they could reproduce just six of 53 “landmark” studies in cancer research. And previously John Ioannidis, an epide-miologist from Stanford University, argued that “most published research findings are probably false”, mainly due to a lack of statistical significance. What is hap-pening in the peer review system which supposedly avoids the publication of mistakes in scientific articles? Are Codes of Good Scientific Practice, like that of the PRBB, effective in preventing the publication of shoddy research?

arcadi navarro (CEXS-UPF)

«El fet que la ciència ha­gi esdevingut un esforç mundial massiu, no no­més garanteix un progrés

més ràpid i sorpreses impressionants. També té dues conseqüències negatives: en primer lloc, que la recerca s’ha conver­tit en un terreny fèrtil en què prosperen de­linqüents que es dediquen, per exemple, a la creació de revistes d’accés obert falses o de conferències inexistents per estafar els ingenus. I en segon lloc, que els investiga­dors honestos irremeiablement publiquen un creixent nombre de resultats que no resistiran la prova del temps, entre altres raons perquè el sistema de revisió per pa­rells no està dissenyat per detectar errors de tipus I o de tipus II (falsos positius o ne­gatius). El primer problema es pot deixar a la Interpol, però el darrer cau de ple sobre les nostres espatlles, les dels científics. És la comunitat científica en conjunt la que, amb el temps, se suposa que ha de detec­tar i corregir aquests falsos resultats. Ara, més que mai, la replicació independent de resultats és la pedra angular sobre la qual descansa el gran edifici de la ciència.»

‘‘The fact that science has become a massive, worldwide endeavour does not only guarantee faster progress and breathtaking surprises. It also has two negative outcomes: first, that research has become fertile ground for crooks to flourish in by, for instance, creating fake open­source journals or bogus scientific conferences to rip off the gullible; and, second, that honest researchers will necessarily publish an increasing number of results that will not stand the test of time, amongst other things, because the peer review system is not designed to spot type I or type II errors (false positives or negatives). The former problem may be an issue for Interpol, but the latter falls squarely on the shoulders of us scientists. Now, more than ever, successful and independent replication is the cornerstone on which the edifice of science rests.”

Va malament la ciència?

miquel porta (IMIM)

«The Economist és tan amable… Quina mena de capitalisme és aquest? Àdhuc abans de 2008,

els inversors en la indústria biotecnolò­gica van perdre més de 90.000.000.000 dòlars (molts eren diners públics). Aquí al PRBB, n’hem analitzat les causes i les conseqüències? El màxim directiu de Ge­nentech digué, ‘‘És la indústria que més diners ha perdut mai. És una hemorràgia”. Hi ha hagut una “bombolla genòmica” gegant, científicament lamentable: milers de promeses incomplertes. Les promeses no tenien una base científica sòlida. No eren bona “recerca bàsica”. Als promotors de promeses els amoïnaven poc els ma­lalts i les poblacions. Has de saber poca fisiopatologia humana, ser terriblement “ingenu” —i un pensador pobre— per fer certes prediccions clíniques. No gaire diferent de “Inside job”. Nosaltres? Cri­si, quina crisi? En diferents mesures, al PRBB també hem d’analitzar les nostres responsabilitats en aquesta crisi terrible.»

‘‘The Economist is so kind.. . What capitalism is this? Even before 2008, investors in the biotech industry lost over $90,000,000,000 (much of which was public money). Here at PRBB, did we analyse the reasons and the cons equences? The top executive of Genentech said, ‘It’s the biggest money­losing industr y of all t ime. It is hemorrhaging’. There has been a gigantic, scientifically regrettable ‘g e n o m i c b u b b l e ’ : t h o u s a n d s o f unfulfilled promises. Promises lacked a solid scientific rationale. They were not good ‘basic science’. Promoters of the promises barely cared about patients and populations. You’ve got to know little human pathophysiology, be terribly ‘naive’ —and a poor thinker— to make certain clinical predictions. Not that different from ‘Inside job’. We, us? Crisis, what crisis? In different ways and degrees, at PRBB we also have to analyze our responsibilities in this terrible crisis.”

Juan Ramón gonzález (CREAL)

« Al meu entendre, no és un problema del sis­tema de revisió per pa­rells, sinó una qüestió

ètica. La responsabilitat de proporcionar uns resultats fiables és tan sols de l’autor. L’existència de codis de bones pràctiques científiques, com el que tenim al PRBB, pot resultar eficaç, tot i que al cap i a la fi són només recomanacions. Caldrien estratègies més intervencionistes, com ara sol·licitar als autors que publiquin les dades en les quals es basen els seus resultats en els formats originals, abans que siguin processades. Des d’un punt de vista estadístic, això tindria un bene­fici immediat. L’anàlisi d’aquestes dades «brutes» pot proporcionar la confirmació de les sospites inicials de frau mitjançant la identificació de signes de creació de dades falses.»

‘‘In my opinion, this is not a peer review problem. It is an ethics issue. It is the author’s responsibility to provide reliable research. The existence of Codes of Good Scientific Practice, such as the one we have at the PRBB, can be effective although, at the end of the day, they are only recommendations. More interventionist strategies are necessary. For instance, requiring authors to post the raw data that supports their results. From a statistical point of view, there is an immediate benefit. An analysis of the raw data could provide confirmation of any suspicions of fraud by identifying signs of data fabrication.”

Juan Valcárcel (CRG)

«D’una banda, les avalu­acions científiques són cada vegada més superfi­cials, la qual cosa pot con­

duir a una mala dinàmica de publicacions. Hem d’insistir als nostres joves científics que no es tracta d’aconseguir un article a Nature; es tracta de fer les coses bé. D’altra banda, sembla que hi ha una in­tenció, al meu parer totalment equivoca­da, de soscavar el valor de les inversions públiques en ciència bàsica. Amb tanta feina feta i tantes tecnologies disponibles, les dades o conclusions errònies tindran, de ben segur, una vida útil molt limitada. En realitat, molt poques activitats huma­nes estan sotmeses a un control tan es­tricte.»

‘‘The evaluation of science is increasingly superficial, which may lead to vicious publication dynamics. We need to insist to our young scientists that it is not about a paper in Nature, it is about accuracy.

On the other hand, there seems to be, what is in my view, a terribly mistaken agenda to undermine the value of public investment in basic science. With such a vast quantity of work on any given topic and so many enabling technologies available, any erroneous data and conclusions are bound to have a very limited life span. There are, in fact, very few human activities that are subject to such stringent control.” ■

Edifici www.prbb.org | desembre 2013 - gener 2014 8

Si voleu enviar una «carta al director» per a la seva publicació a l’El·lipse, si us plau envieu el vostre text a comunicacio@prbb.orgIf you would like to send a “letter to the editor” for its publication in El·lipse, please send it to comunicacio@prbb.org

direcció:Jordi Camí, Reimund Fickert i Elvira López

assessor: Manuel Lamas

Editora:Maruxa Martínez-Campos

comitè editorial:Rosa Manaut (IMIM/Hospital del Mar)

Maribel Pérez (Hospital del Mar) Gisela Sanmartín (CREAL)

Marc Permanyer (UPF)Núria Pérez (UPF)

Glòria Lligadas (CRG)Zoila Babot (CMRB)

Mònica Rodríguez (PRBB)María Escrivá (FPM)

centres: Institut Hospital del Mar d'Investigacions

Mèdiques (IMIM)Departament de Ciències Experimentals

i de la Salut de la Universitat Pompeu Fabra (CEXS-UPF)

Centre de Regulació Genòmica (CRG)Centre de Medicina Regenerativa

de Barcelona (CMRB)Centre de Recerca en Epidemiologia

Ambiental (CREAL)Institut de Biologia Evolutiva (CSIC-UPF)

Fundació Pasqual Maragall (FPM)

adreça:Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB)

c/ Dr. Aiguader, 88 • E-08003 Barcelona E-mail: comunicacio@prbb.org

Web: www.prbb.org

maquetació i impressió:Taller Editorial CEGE (www.tallereditorial.com)

Imprès en paper reciclatDipòsit legal: B. 23.796-2009

Si voleu rebre una versió digital d’aquest diari, registreu-vos a www.prbb.org/divulgacio

agEnda

Fotografia d’Albert Català (PRBB) Photo by Albert Català (PRBB)

Envieu les vostres fotos relacionades amb el PRBB a / Send your pictures related to the PRBB to: comunicacio@prbb.org

la foto dEl mEs / photo of thE month

pREmis / aWaRds

Nous premis i distincions

maruxa martínez-campos

L’Organització Europea de Biologia Molecular va seleccionar al novem­bre 23 Joves Investigadors EMBO de

tot Europa. L’investigador ICREA del CEXS i cap de grup a l’IBE Tomàs Màrques­Bo­net i el científic del CRG Pedro Carvalho són dos dels únics tres premiats que treba­llen en centres espanyols. Els investigadors rebran 15.000 euros anuals durant tres anys com a suport a la recerca que duen a terme. D’altra banda, Toni Gabaldón, cap del Laboratori de Genòmica Comparativa del CRG, i Marc Martí­Renom, científic del Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG) i del CRG, han estat nomenats re­centment professors d’investigació ICREA per la Institució Catalana de Recerca i Es­tudis Avançats. Al CREAL, l’epidemiòleg de contaminació de l’aire Payam Dad­vand ha aconseguit un contracte Ramón y Cajal per als propers cinc anys.

new awards and distinctions

In November, the European Molecular B i o l o g y O r g a n i s a t i o n ( E M B O ) announced the selection of 23 young

researchers from across Europe as EMBO Young Investigators. ICREA and IBE researcher Tomàs Màrques­Bonet and CRG scientist Pedro Carvalho are two of only three awarded scientists working in Spanish centres. The researchers will receive 15,000 euros per year for three years to support their research. Toni Gabaldón, head of the Compara­tive Genomics laboratory at the CRG and Marc Martí­Renom, a joint researcher at the National Centre for Genomic Analy­sis (CNAG) and the CRG, have also re­cently been appointed ICREA Research Professors by the Catalan Institution for Research and Advanced Studies. At the CREAL, epidemiologist Payam Dadvand, who works on air pollution, has won a prestigious Ramón y Cajal contract for the next five years ■

Pedro Carvalho, Tomàs Màrques-Bonet, Marc Martí-Renom, Payam Dadvand i Toni Gabaldón

notÍcia gEnERal / gEnERal nEWs

maruxa martínez-campos

Dels 42 projectes de recerca en càn­cer finançats per La Marató de TV3 en l’edició de 2012, 12 estan vincu­

lats als centres del PRBB: sis a l’IMIM i un a l’Hospital del Mar (1,8 milions d’euros), dos al CEXS­UPF (500.000 euros), dos al CRG (300.000 euros) i un al CMRB (200.000 euros). Així doncs, han anat a parar al Parc quasi tres dels més d’11 milions d’euros re­partits —la inversió més important que ha fet la Fundació en les 21 edicions del pro­grama, gràcies al rècord de recaptació que va obtenir La Marató 2012—. Tres investigadors de l’IMIM lideraran projectes propis: Lluís Espinosa estudiarà una possible diana terapèutica per al càn­cer colorectal, Sandra Peiró investigarà la histona H3 i Miquel Porta els compostos or­ganoclorats i el risc de càncer de pàncrees. Els quatre investigadors que han aconseguit fons en cooperació amb altres institucions han estat Francesc Alameda, Beatriz Bello­sillo, Ramon Gimeno i José Yélamos López, el qual coliderarà un projecte en què també participa Juan Martín Caballero, director de l’estabulari del PRBB. Al CRG rebran sub­venció Luciano di Croce i Fátima Gebauer, i al CEXS­UPF Núria López Bigas estudia­rà la genètica dels tumors i Rubén Vicente García l’efecte antitumoral dels cannabi­noides. El CMRB coordinarà un estudi so­bre el càncer de pàncrees.

Ajuts de La Marató per a investigadors del PRBB

la marató awards

Of the 42 cancer research projects fun­ded by the 2012 edition of La Marató de TV3, 12 are linked to PRBB cen­

tres: six to the IMIM and one to the Hospital del Mar (1.8 million €), two to the CEXS­UPF (500,000 €), two to the CRG (300,000 €), and one to the CMRB (200,000 €). This means that three of the more than 11 million euros raised by the programme have gone to the park. This was the most important invest­ment the Foundation has made in 21 edi­tions of the programme, thanks to record­breaking fundraising by the Marató 2012. Three researchers at the IMIM are hea­ding up their own projects: Luis Espinosa will look at a possible therapeutic target for colorectal cancer; Sandra Peiró will in­vestigate the histone H3, and Miquel Porta will study organochlorine compounds and the risk of pancreatic cancer. The four re­searchers who have been granted funding in cooperation with other institutions are Francesc Alameda, Beatriz Bellosillo, Ra­mon Gimeno and José Yélamos López, who will co­lead a project which also in­volves Juan Martín Caballero, the director of the PRBB animal facility. The CRG has received grants for Luciano di Croce and Fátima Gebauer. At the CEXS­UPF, Núria López Bigas will study the genetics of tu­mours and Vicente García the anti­tumoural effect of cannabinoids. The CMRB will coor­dinate a study on pancreatic cancer ■

16 de desembre a 3 de gener. Recollida de joguines al PRBB. Les joguines, no-ves i sense embolicar, es poden diposi-tar a la recepció de la planta 0.

10 i 24 de gener. Deadline for the abs-tracts (10) and the registration (24) for the Integrative and Computational Bio-logy Symposium, that will take place at the PRBB Auditorium on March 27-28, 2014. http://www.imppc.org.

14 i 21 de gener. «Mindfluness para me-jorar la maestría personal y la gestión del tiempo», amb Andrés Martín Asuero. Info: intervals.prbb.org.

17 de gener. «Roedores axénicos. Im-portancia de la microbiota en los mode-los animales», xerrada a càrrec de Juan Martín-Caballero dins les jornades de formació continua per a professionals de l’animal de laboratori coorganitzades per Charles River i el PRBB. De 13 a 15 h a l’Auditori del PRBB. Inscripció gratuï-ta per mail: teresa.delacueva@crl.com.

24 de gener: «Redactar y publicar tra-bajos en revistas de impacto: cómo ser eficiente y evitar rechazos», amb Marta Pulido. Info: intervals.prbb.org.

31 de gener. «Técnicas actorales para la comunicación científica», amb Fernando Gallego. Info: intervals.prbb.org.

Per a més informació, aneu a www.prbb.orgFor more information please go to www.prbb.org

Foto

de

Mar

uxa

Mar

tÍnez

(PR

BB)