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Corso di introduzione alla ricerca bibliografica per i dottorandi del I anno della Scuola in Scienze della vita e della salute
Gruppo di progetto «Formazione e Promozione» del Sistema Bibliotecario di Ateneo Dott.ssa Barbara Martin
Torino, settembre 2013
Le slides del corso possono essere scaricate da:
http://www.unito.it/unitoWAR/page/biblioteche4/B073/B073_Materiali_didattici1
Le banche dati > alcune sono liberamente accessibili, altre sono acquisite
dalle Biblioteche e rappresentano una delle maggiori opportunità di ricerca!
Le riviste > alcune sono gratuitamente accessibili (open access), altre sono
a pagamento (tra queste, molte sono sottoscritte dall’Università di Torino)
I siti web > non sempre i siti liberamente accessibili sono di scarsa qualità!
Per i siti prettamente medici, per esempio, esiste la certificazione
Health On the Net (HON): HONcode
http://www.healthonnet.org/HONcode/
3
Richiedono:
strategie di ricerca particolari
sufficiente conoscenza dell’inglese scritto
consapevolezza dell’esistenza di fonti diverse,
appropriate a quesiti di diverso genere e tipo
capacità (almeno embrionale) di valutare criticamente
il materiale reperito
4
BANCHE DATI MOTORI DI RICERCA
• I contenuti sono indicizzati da specialisti
del settore e sono stati precedentemente
sottoposti alla peer reviewing
• L’informazione contenuta è organizzata e
stabile
• Consentono la ricerca tramite molteplici
campi
• Permettono la ricerca tramite voci di
soggetto
• Consentono di visualizzare la cronologia
delle ricerche effettuate, di combinare le
ricerche tra loro, di salvare le ricerche, di
impostare degli avvisi sulle novità
concernenti le ricerche effettuate
• E’ possibile raffinare la ricerca tramite filtri
e limiti dettagliati e peculiari
• I contenuti non devono adeguarsi ad alcuno
standard qualitativo
• L’informazione non è né organizzata né
stabile
• Gli esiti recuperati sono il prodotto di
“crawlers” automatici, non di ricerche
condotte in modo ponderato
• Non consentono le ricerche tramite voci di
soggetto
• Hanno poche possibilità di applicare limiti
e/o filtri
• Sono semplici da utilizzare
5
Il contenuto preponderante delle banche dati è rappresentato da citazioni da riviste internazionali, in tal caso si dice che una rivista è “recensita” da una bd
Gli articoli contenuti in una rivista sono stati sottoposti al rigido esame di un gruppo di “referees” (o “peer reviewers”) il cui compito è la valutazione della qualità degli elaborati proposti per la stampa
Tutte le riviste (sia quelle cartacee che online) sono suddivise in fascicoli e volumi
6
Abbreviated Journal Title
Impact
Factor
NEW ENGL J MED 47.050
LANCET 30.758
JAMA-J AM MED ASSOC 28.899
ANN INTERN MED 16.225
BRIT MED J 13.660
PLOS MED 13.050
Non tutte le riviste hanno la stessa reputazione scientifica, alle principali viene attribuito un indice numerico sulla base delle citazioni ricevute.
Per le riviste settoriali, l’IF viene «pesato» considerando la frequenza citazionale della disciplina. La banca dati che calcola l’IF è Journal Citation Reports della ISI Thomson
7
Blowers S, Ramsey P, Grooms J, Merriman C. Autori
Patterns of Peer Tutoring in Nursing. Titolo dell’articolo
Journal of Nursing Education. 2003; 42 (5): 204-11.
Titolo Rivista Anno Vol. Fascicolo Pagine
J. = Journal Rev. = Revue, Review Riv. = Rivista Bull. = Bulletin Proc. = Proceedings Ann. = Annals, Annual Soc. = Society, Social Phys. = Physics, Physical Chem. = Chemistry, Chemical Biol. = Biology, Biological Am., Amer. = America, American Can., Canad. = Canada, Canadian Brit. = British It., Ital. = Italy, Italian
Spesso le BD bibliografiche abbreviano i titoli
delle riviste, utilizzando acronimi standard
(NB non tutte le BD usano le stesse forme
abbreviate). Ecco un breve elenco delle
abbreviazioni più diffuse
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a. Tramite il catalogo UNITO (http://cavour.cilea.it/SebinaOpac/Opac)
b. Tramite TROVA per le sole risorse elettroniche (riviste online, e-books)
(http://sfx.cineca.it:9003/unito/az/unito)
c. Cliccando sull’ icona presente in molte banche dati (se collegati
da pc universitari o tramite l’accesso privilegiato http://proxy-medicina.unito.it
inserendo le proprie credenziali di posta universitaria)
d. ...e se l’articolo che sto disperatamente cercando non è
disponibile né in cartaceo né online????
9
Jacobson JO, Polovich M, Gilmore TR, Schulmeister L, Esper P, Lefebvre KB, Neuss MN. Revisions to the 2009 american society of clinical oncology/oncology nursing society chemotherapy administration safety standards: expanding the scope to include inpatient settings. Journal of Oncology Practice 2012 Jan;8(1):2-6. Brown IH. History and epidemiology of Swine influenza in europe. Current Topics Microbiology and Immunology 2013;370:133-46. Chambers H. Physiotherapy and lumbar facet joint injections as a combination treatment for chronic low back pain. A narrative review of lumbar facet joint injections, lumbar spinal mobilizations, soft tissue massage and lower back mobility exercises. Musculoskeletal Care. 2013 Jun;11(2):106-20. doi: 10.1002/msc.1045. Epub 2013 Mar 7. PubMed PMID: 23468052 …il tutto in 10’…
ESERCITAZIONE : Devo recuperare questi articoli …
ATTENZIONE: un articolo di rivista si cerca tramite il titolo della rivista! 10
Population : come definiresti il tuo paziente? Quali
caratteristiche ha? Età, genere, gruppo etnico,
stadio della malattia, potenziale esposizione a
fattori nocivi (lavoro, abitazione, attività abituali...?)
Intervention : Quale intervento fondamentale stai
per prendere in considerazione? Prescrizione di un
farmaco? di un test diagnostico? di un intervento
chirurgico?
Comparison : Quali sono le alternative principali all’intervento preso in esame?
Outcome : Che cosa vuoi ottenere, misurare, migliorare o modificare? In casi
specifici, è bene coinvolgere il paziente nelle scelte e quindi nella definizione
dell’outcome: a quali risutati volete giungere?
Quesito: la gestione della nausea e del vomito causato dalla
chemioterapia
Elementi del PICO PICO in pratica Traduzione del PICO in
inglese
Popolazione: come definiresti il tuo
paziente? Quali caratteristiche ha? Età,
genere, gruppo etnico, stadio della
malattia, potenziale esposizione a fattori
nocivi (lavoro, abitazione, attività
abituali...?)
Pazienti che stanno ricevendo un
trattamento di chemioterapia e che
sperimentano moderata nausea e vomito
In patients receiving
chemotherapy who are
experiencing moderate
nausea and vomiting
Intervention: Quale intervento
fondamentale stai per prendere in
considerazione? Prescrizione di un
farmaco? di un test diagnostico? di un
intervento chirurgico?
l’utilizzo dello zenzero the use of ginger
Comparison : Quali sono le alternative
principali all’intervento preso in esame?
è altrettanto efficace della prochlorperazina As effective as
prochlorperazine
Outcome: Che cosa vuoi ottenere,
misurare, migliorare o modificare? In casi
specifici, è bene coinvolgere il paziente
nelle scelte e quindi nella definizione
dell’outcome: a quali risultati volete
giungere?
nel ridurre nausea e vomito In reducing nausea and
vomiting
gli operatori booleani
Le parole individuate verranno combinate tra loro per formare la stringa di ricerca tramite...
le parentesi
AND produrrà risultati che
includeranno TUTTE le parole
ricercate
OR produrrà risultati che
includeranno almeno UNA delle
parole ricercate
NOT esclude il reperimento di uno
o più termini di ricerca.
Le “” (virgolette) Permettono di ricercare due o più termini nell’ordine preciso con il quale vengono scritte ES: “Air Pollution” Il motore cercherà nei vari campi testuali esattamente le due parole “AND” e nel preciso ordine in cui sono state scritte. Se non fossero presenti le virgolette l’ordine non sarebbe considerato, sarebbe calcolata la sola presenza delle 2 parole nel testo.
L’asterisco* Permette di ricercare all’interno dei campi tutte le parole con una stessa radice. ES. Pollut* Il motore cercherà nei vari campi testuali tutte quelle parole che cominciano con “pollut” come pollution, pollutions, pollutant, polluttants, …
Quesito: la gestione della nausea e del vomito causato dalla chemioterapia
patients receiving chemotherapy AND (ginger OR prochlorperazine) AND reducing
nausea and vomiting
stringa di ricerca
Le parentesi sono indispensabili per modulare l’ordine in cui i termini di ricerca sono analizzati dal sistema : quelli tra parentesi sono analizzati per primi Senza le parentesi:
il primo operatore booleano a sinistra viene processato per primo AND viene processato prima di OR
Una ricerca con "influenza AND vaccine OR vaccination" avrà come esito articoli che hanno sia il termine "influenza" che il termine "vaccine", ma fornirà anche tutti gli articoli su "vaccination" Per cambiare il risultato si possono utilizzare le parentesi in questo modo: "influenza AND (vaccine OR vaccination)"
Gli articoli scientifici differiscono profondamente tra loro:
per la qualità metodologica dello studio stesso
per la tipologia di disegno clinico alla base della loro stesura
Greenhalgh T. How to read a paper. Getting your bearings (deciding what the paper is about). BMJ. 1997 Lug 26;315(7102):243-246.
Letteratura secondaria ha come
oggetto altra letteratura
Letteratura primaria ha come
oggetto pazienti o gruppi di pazienti
Linee guida
Revisioni sistematiche
Metanalisi
Studi osservazionali (studi di
casi/serie di casi, studi di coorte, studi
caso-controllo…)
Studi di trattamento (studi
randomizzati e controllati – in cieco,
doppio cieco etc.-, trial non
randomizzati)
Meta analisi
Revisioni sistematiche
Trial randomizzati controllati
Studi di coorte
Studi di casi/serie di casi Maggiori controlli e confronti
Minore bias
Metodologia più rigorosa
La maggior parte degli articoli scientifici seguono il formato IMRAD:
Introduction = perché gli autori hanno deciso di affrontare quel particolare quesito
di ricerca
Methods = Come è stata svolta la ricerca e in che modo hanno analizzato i risultati
Results = Cosa è stato provato/scoperto
(Author’s) Discussion = Cosa gli autori pensano possano significare i risultati ottenuti
Di queste parti, quella da considerare con maggior attenzione al momento della
valutazione di un articolo è la sezione Methods
Nell’ambito delle scienze biomediche la principale banca dati è
Parte dal 1948/50
Prodotto dalla National Library of Medicine
Indicizza solo articoli di riviste (80% del contenuto in
lingua inglese)
Settori: Medicine, Biology,Environmental science, Marine
biology, Plant and animal science, Biophysics, Chemistry,
Nursing, Dentistry, Veterinary medicine, Allied health, Pre-
clinical sciences
Tesauro:MESH (Medical Subject Headings della NLM)
GRATUITO da www.pubmed.gov ma:
per PC Unito collegarsi dai siti delle Biblioteche Unito
oppure da casa tramite proxy:
http://proxy-medicina.unito.it inserendo le proprie credenziali di posta Unito
Questo per avere i vantaggi di:
Mi dice se è disponibile il full text
Nel caso in cui non sia disponibile,
mi collega al catalogo Unito per
verificare il posseduto del cartaceo da
parte di qualche biblioteca Unito
tutorial e FAQ strumenti risorse utili
Ricerca avanzata
La ricerca avanzata di Pubmed avviene tramite il PubMed Advanced Search Builder.
Dal menu a tendina si sceglie un campo specifico da associare al termine (Author, MeSH terms ecc.). Con il link Show index list vengono visualizzati e suggeriti i termini
corrispondenti nell’indice di PubMed (Index List) e il numero di record associati ad ognuno di questi. E’ possibile scegliere più termini in campi diversi, associandoli con gli operatori booleani opportuni.
Per la ricerca tramite i termini MeSH, meglio utilizzare il MeSH Database.
Inserendo le parole della ricerca, Pubmed procede con la funzione di
completamento automatico, suggerendo i termini
Sulla sinistra della schermata trovo gli esiti della ricerca:
selezionando gli articoli posso:
• mandare le citazioni in un file,
• mandarle in una collection virtuale
all’interno di MY NCBI,
• mandarle nel “clipboard”=parcheggio
temporaneo (max 8 ore) di citazioni
• inviarle via mail
• importarle in un gestore di bibliografia
Posso ottenere diverse visualizzazioni del formato della citazione all’interno della pagina
Sulla destra della schermata trovo*:
La possibilità di capire come il sistema ha
interpretato la mia ricerca
La possibilità di visualizzare le ultime ricerche
effettuate
La possibilità di visionare la distribuzione
delle pubblicazioni nel tempo, utilizzando
le frecce per selezionare i risultati
(strumento disponibile solo con 10.000 o
più citazioni)
La possibilità di visionare un minimo di 4 immagini pertinenti alla
ricerca effettuata (alle seguenti condizioni: in presenza di un minimo
250 citazioni, filtri non impostati, ricerca effettuata senza l’aiuto degli
operatori booleani)
La possibilità di ripetere la ricerca all’interno
di altre banche dati NCBI
Sulla sinistra della schermata trovo:
La possibilità di scegliere
tra i limiti/filtri proposti
oppure, cliccando su
Choose additional filters,
di aggiungerne altri da
selezionare
Tramite Clear all posso
eliminare tutti i limiti/filtri
impostati
precedentemente (o
deseleziono quelli già
scelti)
Come Pubmed ha interpretato la ricerca – tramite parole libere - di
patient satisfaction :
"patient satisfaction"[MeSH Terms] OR ("patient"[All Fields] AND
"satisfaction"[All Fields]) OR "patient satisfaction"[All Fields]
La chiave per accedere: a. all’eventuale full-text
b. al catalogo d’Ateneo
Questa citazione era stata selezionata per l’invio in clipboard, resta segnalato anche nel corso di
ulteriori ricerche
In Advanced Search trovo:
la “search history”
cliccando sui numero di esiti
di ogni ricerca,
ritorno all’elenco complessivo
cliccando sul numero progressivo di ogni ricerca, posso:
combinare le ricerche con gli operatori,
cancellarle,
rilanciarle,
vedere come il sistema ha interpretato la ricerca,
salvarla in MY NCBI
ESERCITAZIONE : La ricerca per parole libere
Provare ad inserire i seguenti gruppi di parole dalla
schermata iniziale di Pubmed:
depression in medical students
community gardens nutrition
…il tutto in 10’…
Opzione di ricerca tramite termini MeSH
Tabella tratta da: Pagliari C, Sloan D, Gregor P, Sullivan F, Detmer D, Kahan JP, Oortwijn W, MacGillivray S What Is eHealth (4): A Scoping Exercise to Map the Field J Med Internet Res 2005;7(1):e9
Inserimento termine “libero”
2 funzioni importanti: 1. restringere la ricerca ai soli articoli aventi questo
soggetto come argomento PRINCIPALE 2. non includere nella ricerca gli articoli soggettati con le
diramazioni “figlie” di questo termine
Definizione del termine MeSH
Il sistema “interpreta” il termine, suggerendo il termine di vocabolario controllato semanticamente più vicino al termine di partenza
Sottodescrittori: essenziali per capire da quale
punto di vista mi interessa l’argomento cercato
1. Seleziono il/i
sottodescrittore/i che meglio
si adatta alla ricerca da
effettuare
2. Se congruenti,
seleziono anche una o
entrambi queste opzioni
3. Aggiungo la ricerca
così impostata al
SEARCH BUILDER
1. Inserisco il successivo termine da ricercare
2. Imposto le opzioni
di ricerca
3. Aggiungo il nuovo
termine e le relative
impostazioni nel
SEARCH BUILDER,
selezionando dal
menu a tendina
l’operatore booleano
più congeniale
Prima di lanciare la
ricerca, controllo che le
parentesi nel SEARCH
BUILDER siano state
correttamente inserite
Terminata la ricerca clicco su Search PubMed
Non utilizzare i MeSH per:
Argomenti recenti
Argomenti poco studiati o poco consueti
Articoli inseriti nel database nel corso delle
ultime settimane
La ricerca per “parole libere” > posso accostare liberamente le parole, unendole con gli operatori booleani o creando magari “mini-frasi” Es. Caring for muslim patients La ricerca per termini MeSH >impone la scomposizione delle parole in concetti singoli
Il concetto di “Caring” può essere ricondotto al termine MeSH “Delivery of Health Care”
Il concetto di “Muslim patients” (intendendo con ciò la complessità e la ricchezza di sfumature psicologiche che il background culturale di una persona comporta) può essere reso con:
"Islam/psychology"[Mesh] Creando poi la stringa di ricerca:
"Islam/psychology"[Mesh] AND "Delivery of Health Care"[Mesh]
Nulla impedisce di combinare termini Mesh e parole libere per arricchire e
direzionare meglio la ricerca:
Es. "Islam/psychology"[Mesh] AND nursing
ESERCITAZIONE : La ricerca con i termini MESH
Ora cerca gli stessi argomenti dell’esercitazione precedente:
depression in medical students
community gardens nutrition
utilizzando ora i termini MeSH più adatti
Qualche suggerimento:
Tra gli articoli pertinenti rintracciati visionare i termini MeSH
correlati…
All’interno del mapping realizzato da Pubmed vedere quali termini
MeSH sono stati rintracciati…
…il tutto in 30’…
Consentono di delimitare dei sottoinsiemi di articoli di PubMed
Selezionano in automatico gli articoli più significativi nell'ambito di:
terapia
diagnosi
eziologia
prognosi
guide di previsione clinica
Ci sono due livelli fondamentali per le ricerche tramite le Clinical Queries:
Il richiamo o sensitivity (ottieni un maggior numero di articoli rispetto alle
ricerche con maggior precisione, ma con un minor grado di rilevanza rispetto a
quello desiderato)
La precisione o specificity (ottieni articoli molto rilevanti ma puoi anche
perderne qualcuno valido)
Offre un collegamento diretto a
Consente l’accesso all’informazione sui trial condotti, in fase di creazione e/o di
reclutamento dei volontari in 170 nazioni del mondo.
Dettaglia il fine di un trial, i potenziali partecipanti, il luogo, i recapiti del gruppo che
sta conducendo o sta per condurre un trial.
Registrazione per apertura account in Pubmed, che consente di:
Salvare le ricerche (anche in modalità alert = con avviso automatico di ulteriori pubblicazioni
inerenti la ricerca salvata)
Salvare collezioni di citazioni bibliografiche
Salvare la propria bibliografia, anche di altra letteratura non indicizzata in Pubmed
Visionare le ricerche svolte negli ultimi 6 mesi (solo se collegati nel corso di sessioni in My NCBI)
Personalizzare i filtri di ricerca
Attività recente (ultimi 6 mesi)
Propria bibliografia
Collezioni salvate Ricerche salvate
Personalizzazione filtri
Da qui posso salvare la ricerca in My NCBI
Da qui, dopo averli selezionati, invio gli articoli nelle “Collections”
Esempio di comunicazione dell’avvenuto inserimento di nuova citazione
all’interno di una ricerca salvata in Pubmed con funzione di “alert”
Le collections possono essere rese “pubbliche”, in questo modo posso comunicare il link a dei
colleghi o inserire l’URL all’interno di blog, pagine web…
Di fianco alla citazione bibliografica, troviamo spesso delle indicazioni tra parentesi. 3 di queste si riferiscono ad informazioni relative all’attribuzione dei termini MeSH: • [PubMed - indexed for MEDLINE] – I termini MeSH sono stati assegnati • [PubMed - in process] – I termini MeSH non sono stati ancora assegnati. • [PubMed - as supplied by publisher] - termini MeSH non sono stati ancora
assegnati
L’indicazione: [Epub ahead of print] : indica citazioni che gli editori inviano a Pubmed per articoli che appaiono in forma elettronica prima della impaginazione definitiva. Alcuni editori limitano l’accesso degli articoli [Epub ahead of print] a particolari formule di abbonamento.
Ricercare gli articoli corrispondenti a questi PMID in Pubmed: 21877973 21877970 21877975 21877974 21877972 20189168 Mandare i riferimenti bibliografici recuperati nella Clipboard e, successivamente, con gli stessi, creare una collezione Recuperare tutti i MeSH collegati ai singoli articoli e, tra questi, individuare quelli principali
ESERCITAZIONE : La ricerca in Pubmed [1]
…il tutto in 30’…
60
Oreste, un botanico di 35 anni, ha ricevuto una diagnosi di depressione (depressive
disorder). Preferisce non assumere i farmaci che gli sono stati prescritti, preferendo optare
verso rimedi tipici della medicina alternativa, che, secondo lui, funzionano altrettanto
bene. Tu pensi che il suo problema potrebbe essere affrontato con la prescrizione di
inibitori selettivi della ricaptazione della serotonina (serotonin uptake inhibitors), ma
Oreste insiste che l’iperico (hypericum) sarebbe altrettanto efficace.
In adulti sofferenti di depressione, gli inibitori selettivi della ricaptazione della serotonina
sono altrettanto efficaci dell’iperico nel ridurre i sintomi depressivi?
P: I: C: O:
A voi la ricerca…
ESERCITAZIONE : La ricerca in Pubmed [2]
…il tutto in 20’…
ESERCITAZIONE : La ricerca in Pubmed e nelle banche dati citazionali
Effettuare la seguente ricerca in Pubmed, in WOS e in SCOPUS, incrociando i termini:
diet
growth factor
impostando i limiti che si ritengono più opportuni.
Importare in Zotero:
i primi 10 item da Pubmed, da WOS e da SCOPUS Creare con i 30 item importati una bibliografia in stile
Vancouver
