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生醫類文獻查找必知：PubMed
林口長庚紀念醫院圖書館
主講人：黃筱惠
Tel：03-3281200轉3484
課 程 大 綱
PubMed簡介
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PubMed查詢功能介紹
PubMed個人化功能
PubMed檢索工具
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PubMed簡介
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PubMed簡介
PubMed為美國國家醫學圖書館(NLM)的國家生技資訊中心(NCBI)製作，
為醫學期刊文獻索引摘要資料庫。
收錄內容:
• 臨床與基礎醫學、護理、牙科學、獸醫、健康照護等
• 3,000萬+筆書目；現刊5,500+種
• 英語為主，及其他38種語言
• 全文：提供部分免費及付費全文連結服務，並包含即將出版的醫學文獻
（可否下載取決於所在機構訂購或為免費全文）
PubMed v.s Ovid MedlinePubMed Ovid Medline
建置年代 1996 1960s
資料量
(*2019/09)約3000萬 約2500萬
收錄範圍
1) 收錄於MEDLINE的文章2) 即將收錄至 MEDLINE 的處理中數據
[In-process] 3) MEDLINE收錄期刊中，非屬MEDLINE
收錄範圍的文章4) NCBI Bookshelf上的圖書5) 尚未正式發表的期刊文章[Epub ahead
of print] (由出版社自行提交) 6) OLDMEDLINE中尚未更新為近代辭彙，
或尚未收錄於MEDLINE的OLDMEDLINE資料
7) NIH 基金資助作者的文獻
經文獻選擇委員會 (LSTRC) 篩選收錄之生命科學類期刊中的生醫類文章
全文取得提供PMC, 出版社或部份資料庫之連結 (欲取得本院有訂購的全文，則需先設定院外連線)
需先設定院外連線即可取得本館有訂購的全文
文章有無MeSH
部份文章沒有 所有文章皆有
MEDLINE及PubMed都是由美國國家醫學圖書館 (National Library of
Medicine，簡稱NLM)所建置，但兩者在本質上有所不同，
MEDLINE是資料庫，PubMed則是資料庫平台。透過PubMed可以查找到MEDLINE資料庫所收錄之資料，
但不限於MEDLINE。
MEDLINE資料庫除了可以透過PubMed查詢外，亦有其他不同介面的查詢平台，包括OVID、EBSCOhost等，使用者可依個人使用習慣與偏好選擇。
在MEDLINE與PubMed搜尋到的資料內容有什麼不同呢？MEDLINE收錄約5,400本出版於美國及全球超過80個國家的生物醫學期刊索引與摘要，且所有文章均由專業圖書館員加上醫學標題 (Medical Subject
Headings，簡稱MeSH)，以協助使用者更精確的找到所需文章。
PubMed與Ovid Medline之比較
PubMed 已經大於並且包含 MEDLINE 的內容。但也可以在 PubMed中，選擇只查詢 MEDLINE 的範圍。
(例如：您不希望查詢到 MEDLINE 以外那些非生醫領域的文獻、尚未加上 MeSH的文獻、以及尚未發表而書目資料還有疑慮的文獻)
【在 PubMed 中可以只查詢 MEDLINE 的文獻嗎？】
在 PubMed 查詢結果的左側，有用於篩選查詢結果的「Filters」。請勾選「Journal category 」中的「MEDLINE」，就可以將查詢結果限縮在 MEDLINE 了
PubMed連線方式
院內:院內首頁→教學與圖書→電子資源→林口長庚→Pubmed院外:Google林口長庚醫院圖書館→電子資源→Pubmed
※帳/密：長庚網路郵局帳密
※登入電子資源(ERMG)後才能取得本院有購買之全文
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個人化服務
檢索欄位
輸入關鍵字、布林邏輯 AND/OR/NOT、#檢索編號
→找特定一筆書目
→臨床文獻最佳化篩選介面
→批次引文查詢→期刊資料庫
→醫學主題詞表
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PubMed網站介紹◆ Search Field【檢索欄位】
2. Advanced search：進階檢索與檢索歷史( Search History )
檢索歷史(保留8小時)
用戶指南
→建立檢索(限定欄位)
PubMed網站介紹◆ Sign in to NCBI / My NCBI【個人化服務】
可免費申請新帳號或利用Gmail帳號
帳號登入後可享個人化服務。如：My Bibliography、Saved Searches、 Filters、Preferences等。
儲存檢索策略寄送最新文章
設定個人 Filters
個人化服務
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PubMed檢索工具
PubMed查詢功能介紹首頁即「一般查詢」介面，Google式的檢索框，可輸入查詢關鍵詞：
限縮查詢欄位：有時找到的文獻過多，需要限制關鍵字只在某些重要欄位中查詢，例如限定關鍵字必須出現在文章標題中。在 PubMed 中，是以「關鍵字 [欄位代碼] 」的指令表達，例如：「 pain [TI] 」表示查詢標題中有「pain」的文章；「 pain [TI] AND ache [TI] 」表示查詢標題中有「pain」且有「ache」的文章。
PubMed搜尋技巧檢索技巧 使用說明 範例
布林邏輯 在關鍵詞間加入AND(交集)、OR(聯集)、NOT(差集)
lung AND cancer *用於相異概念詞彙縮小檢索範圍Cancer OR tumor*用於相同概念詞彙擴大檢索範圍lung cancer NOT female*排除不相關的範圍
括號( ) 承上，當關鍵詞組間的結合有先後順序，可用括號包覆。如同數學邏輯，括號內先運算。
lung AND (cancer OR tumor)
切截 以*作為切截符號 例如「chemotherap*」可查到「chemotherapy」、「chemotherapeutic」等不同詞性拼法。
限縮查詢欄位 有時找到的文獻過多，我們想限制關鍵字只在某些重要欄位中查詢，例如限定關鍵字必須出現在文章標題中。在 PubMed 中，是以「關鍵字 [欄位代碼] 」的指令表達
例如 pain[ti] OR ache[ti]，表示查詢標題中有pain或ache的文章欄位代碼表
MeSH Term(醫學標題表)
出版機構 美國國家醫學圖書館(NLM)
性質： 針對生物醫學資料所整理出的主題詞彙。
NLM用以分析生物醫學方面之期刊文獻、圖書、視聽資料、電子資源等資源的主題內容，所使用之控制詞彙表。
目的: 輸入關鍵字時，能比對到正確的使用詞彙，無須煩惱因縮寫、別名而遺漏相關文獻，或使用同義詞擴大查詢出相關文獻協助找出精確符合主題的資料。
如何查ＭeSH詞彙
輸入關鍵字，系統會自動比對出所有您可能想查詢的相關 MeSH terms：
相符的Mesh term結果
詞彙間的縱向整理廣義
狹義
樹狀結構呈現主題間關係；愈上層主題涵蓋範圍越大
以查詢cancer為例
可點擊展開後表示還有更專指的主題詞彙
MeSH Term(醫學標題表)
使用控制詞彙的優點
詞彙一致:如在PubMed的「MeSH」中,癌症的主題詞就是
「neoplasms」,只要以「neoplasms」就可以找出所有探
討癌症的文章,無論文章內使用的關鍵字是「cancer」、「
tumors」、「carcinoma」
提高查詢的相關度:部分PubMed資料庫的文章經專家閱讀後
標註MeSH Term,可確保文章內容與主題相關.
Keyword v.s MeSH
兩者比較 Keyword 關鍵字 MeSH 醫學標題詞
是否出現在內文中 是 不一定
標註者 作者 NLM聘請之學術專家
代表文章概念 不一定
可
區分主要概念 (Major Topic打*號) 或次要概念
若查找主題較新或關鍵字不常見、或搜尋到的文獻非常少時，則不適用MeSH檢索，建議改用關鍵字搜尋！
重點: 用MeSH檢索 = 用主題查詢較不用擔心漏掉同義詞或同概念詞彙的問題
PubMed搜尋技巧•範例：想查詢「患有糖尿病的老年婦女如果嚴格控制血糖是否能降低心血管疾病」?
關鍵詞1 患有糖尿病的老年女性
關鍵詞2 嚴格控制血糖
關鍵詞3 降低心血管疾病
PubMed搜尋技巧
•搜尋step
1. 形成關鍵字:同義詞與MeSH
2. 執行檢索:利用布林邏輯 and or not彈性組合
3. 利用篩選條件篩出想要的文獻
(EX:性別、年齡等條件可使用filter功能做篩選)
1.形成關鍵字:同義詞與MeSH
主要檢索詞 同義詞 MeSH
糖尿病DM or diabetes or diabetes Mellitus
Diabetes Mellitus
控制血糖Glycemic control or sugar control or HbA1c or blood glucoses
Blood GlucoseHemoglobin A, Glycated
心血管疾病
Cardiovascular diseaseCardiovascular riskCardiovascularcomplication
CardiovascularDiseases
老年、婦女凡性別、年齡等條件可使用filter功能做篩選,故可不直接輸入關鍵字
ORAND
ORAND
2.執行檢索:利用布林邏輯 and or not彈性組合
(1).一次輸入:於空白欄位內輸入所有主要關鍵詞,執行search
適用於對關鍵字非常熟悉,或求快速時取得資料時可使用
2.執行檢索:利用布林邏輯 and or not彈性組合
(2).分次輸入:於空白欄位內分別輸入關鍵詞,執行search
當你對關鍵字沒有把握時,或想要彈性組合各組關鍵字時,可採逐次輸入各組關鍵字,再於History進行組合
2.執行檢索:利用布林邏輯 and or not彈性組合
切換到Advanced, History and Search Details呈現在檢索欄位下方(可瀏覽查詢過的檢索歷程,紀錄保留8小時)
選擇檢索項目,點選Actions,利用add with and or not組合,加入Query box進行檢索
在#數字旁,點選‘’…‘’彈跳視窗有項目可選擇
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3.利用篩選條件篩出想要的文獻
篩選結果以Best match排序,可點選齒輪更改成其他方式排序 可利用左側的filters篩選想要的文獻類型
PubMed-Filter功能介紹在 PubMed 中，無論您是透過「自然語言查詢」、或「MeSH查詢」，當您的查詢結果過多、無法逐一瀏覽閱讀時，就需要利用查詢結果頁面左側的 Filter 功能進行篩選
左側的 Filters 功能可篩選需要的文章
PubMed-Filters功能介紹
左側共有 10 種「Property」，包括：文獻類型(Article types)、出版時間(Publication dates)、主題(Subjects)、語文(Languages)…等。每個「Property」下又細分為數種不同的「Filter」，例如：「文獻類型(Article types)」下就分為：Journal Article、Review、Newspaper Article等，使用者可選擇所需作限縮。
PubMed-Filter功能介紹
要顯示出哪些「Property」以及「Filter」是可以自訂的。
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可顯示更多「Filter」選單
「勾選 / 取消」→「Show」以決定「顯示 / 隱藏」
PubMed-Filter功能介紹※ 注意篩選原則：
區塊內勾選多個相同的「Filters」，
「Filters」之間是以「OR」邏輯結合。
例如:勾選同為「Article types」下的
「Meta Analysis」和「Systematic Reviews」，
表示文獻類型為「 Meta Analysis 」或
「Systematic Reviews」都符合。
勾選多個不同區塊間的「Filters」，
是以「AND」邏輯結合。
例如勾選「Sex」下的「Female」，
以及「Ages」下的「Middle Aged:45-64years」，
表示性別為女且年齡介在45-64歲才符合。
PubMed-Filter功能介紹【自訂 Filter 功能：MY NCBI Filters】
左上角有客制化的「 MY NCBI Filters 」功能，可設定最多 15 個自己常用的 Filters，使其預設顯示在右上角，方便日後直接點選使用。
有些項目是預設的「Filters」中沒有的，可以將某些常用的篩選策略做成客製化 Filter，可多加利用。
本功能需登入個人帳號
PubMed自訂filter快速篩選實證文獻類型
Step 1 申請My NCBI帳號
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PubMed自訂filter快速篩選實證文獻類型Step 2 進入My NCBI設定自訂filter
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1. 點選Properties2. Meta-Analysis及RCT在Publication type類別下3. SR在Subsets類別下4. 點選方框即可設為常用篩選條件5. 排序為您點選的順序
設定完成後，只要您登入My NCBI，每次檢索後，網頁右方即會出現客製化的Filters連結，點選該連結即會出現所選項目之檢索結果。
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即可顯示EBM常用篩選條件
檢索結果的排版位置略有調整，並新增以下功能：
1.檢索結果預設為Best Match排序，將最相關的文獻呈現在檢索結果最上方，以提高文獻查找相關度。
2.使用者輸入的關鍵字會以粗體標示。
3.單篇文章的引用及分享(Cite and Share)：A. 引用功能部分，提供4種引用書目
格式(AMA、MLA、APA、NLM)，可直接複製使用。另外亦提供單篇文章可直接匯入Endnote。
B. 分享書目紀錄至FB/Twitter或取得永久連結。
4.儲存(Save)、Email及傳送至(Send to)功能：即舊版PubMed的Send to功能。
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檢索結果
書目資料呈現及取得全文1 在書目資料頁新增以下功能：
1.標示常見文獻類型。
2. Affiliation點選expand可展開閱讀作者資訊。
3.全文連結(Full Text Links)：顯示至多5個外部工具圖示，取得全文。
4.Cite & Favorites ：系統提供4種引用格式，並可將文獻加入My NCBI的Collection的Favorites 。5.分享(Share)：可將文獻分享至FB/Twitter或取得永久連結。
6.相關連結：可快速切換到特定主題區塊，便於立即瀏覽感興趣的資料內容。
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檢索結果呈現修改
點選檢索右上方之Sort by，將Format summary修改成Abstract，除可看到文章之摘要外，亦可快速看到該篇文章是否有林口長庚電子期刊的超連結。
PubMed個人化功能
【自訂個人化 Filter：Manage Filters】
【儲存文獻書目】
【儲存查詢策略 + 儲存 Alerts】
PubMed網站介紹◆ Sign in to NCBI / My NCBI【個人化服務】
可免費申請新帳號或利用Gmail帳號
帳號登入後可享個人化服務。如：My Bibliography、Saved Searches、 Filters、Preferences等。
登入後即可看到所有已儲存的個人化功能及設定。
Saved Searches(已儲存的檢索策略) *需先註冊並登入My NCBI。
您可透過以下方式儲存您的檢索策略，儲存成功後，只要登入My NCBI點選已儲存的策略，系統便會自動執行並跑出檢索結果，並可設定alert，隨時追蹤最新研究文獻資訊。
透過排程設定可以追蹤所儲存的檢索策略，當此檢索策略有更新文獻時，會以Email通知並寄送最新文獻資料
管理檢索結果介面上提供多種方式幫助您管理檢索結果，點選檢索欄位下的選單，即會出現相關功能。
Saved：
可將所選書目資料根據所選之Format及排序方式匯出成.txt、csv等檔案格式，可做儲存或列印。
Email：
可將所選書目資料根據所選之Format、排序、內含書目筆數等方式寄到指定Email信箱。
加入成功，可進到MyBibliography查看，如欲分享給其他使用者可點選下方連結修改權限
不論何時何地，只要登入My NCBI，這些書目資料都會永久保存在您的My NCBI中。
加入成功，可進到MyNCBI>>Collections查看
Citation manager(輸出成書目管理軟體可用檔案)
按Create File後，可直接開啟Endnote或儲存檔案
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PubMed Tools【檢索工具】
如何利用ＭeSH詞彙查詢PubMed
如何利用ＭeSH詞彙查PubMed
輸入關鍵字，系統會自動比對出所有您可能想查詢的相關 MeSH terms：
相符的Mesh term結果
點選特定的MeSH Term 後，會進入該 MeSH Term 的專頁，請留意以下 5 項資訊：
1.
2.
3.
4.
5.
Scope Note
如何利用ＭeSH詞彙查PubMed
確認該詞彙就是您要查的 MeSH Term 後，點選右方「Add to Search
Builder」，即可將查詢指令加至空白方框中
若希望結合其他MeSH Term 一起查詢，在不關閉視窗的狀況下，繼續於上方查詢框輸入下一個詞彙，找到後，先選擇結合邏輯(AND、OR、NOT)，再點選「Add
to Search Builder」，添加查詢指令
1.
2.確認想查詢的MeSH
Terms 都已經添加完成後，點選「Search PubMed
」，即可將指令送入PubMed 查詢：
如何利用ＭeSH詞彙查PubMed
輸入第二個概念「人類」(Human) → 找到「Humans」這個詞→ 「Add to search builder」
直接在 MeSH Database 中輸入「Asia」→找到「Asia」這個詞→「Add to search builder」
【範例：在亞洲地區，人類感染禽流感的治療研究】 利用MESH
輸入第三個概念「禽流感」(Bird flu) → 找到MeSH 中的Term「Influenza in birds」→進一步查看副標目，發現與第四個概念「治療」相關的「drug therapy」、「therapy」，將之勾選→ 「Add to search builder」
所有概念都已包含了，點選「Search PubMed」，查詢相符的文獻
查詢結果
透過書目資訊頁中的MeSH terms, 可以快速了解此文章的重點及探討面向有標註「*」號的「MeSH
Terms」，為文中主要探討的內容；未標註「*」表示為次要主題。
如何快速查詢單筆文獻?
Single Citation Matcher單筆引文查詢
The New England journal of medicine
360 961
賓果!
如何快速取得臨床資源相關的文獻?
Clinical Queries
醫師希望優先閱讀臨床的診斷、治療、預防方面的文獻，或證據等級較高的系統性評論文獻？
如何下達正確有效的檢索指令，撈出這種主題範圍性的文獻群？
PubMed 很貼心地設計了「Clinical Queries」滿足實證導向文獻搜尋，提供臨床問題之快速查詢，免除使用者自行輸入繁複的檢索策略。共提供三種篩選機制：clinical study categories(臨床研究文獻篩選)、Systematic reviews(系統性評論文獻篩選)、Medical Genetics(遺傳學文獻篩選)
Clinical Queries
((clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) OR
clinical trials as topic[MeSH Terms] OR clinical
trial[Publication Type] OR random*[Title/Abstract] OR
random allocation[MeSH Terms] OR therapeutic
use[MeSH Subheading])
PubMed 設計好用來檢索「臨床治療」主題文獻的指令
使用者可以直接套用，再加上其他關鍵詞，例如：「Ritalin」、「ADHD」，就可以查詢「以Ritalin 治療ADHD 在臨床方面」的文獻了。
Clinical Queries
進入「Clinical Queries」後，查詢介面下方可看到這三個主題，分為三大區塊：
Clinical Study Categories：臨床文獻研究，其下又分為多個不同層面，包含 Therapy(治療)、Diagnosis(診斷)、Etiology(病因)、Prognosis(預後)、Clinical prediction guides(臨床預測指南)。
Systematic Reviews：系統評論性文獻。一篇文章中就已經回顧了多篇研究，並加以總結與評論，適合需要閱讀高度證據力文獻以快速獲得解答的臨床醫學界。
Medical Genetics：遺傳學文獻，其下又分為多個不同層面，包含Diagnosis(診斷)、Differential Diagnosis(鑑別診斷)、Clinical Description(臨床描述)、Management(管理)、Genetic Counseling(遺傳諮詢)、Molecular Genetics(分子遺傳學)..等
Clinical Queries
在這裡輸入的關鍵字，也是送到 PubMed 中查詢，但回傳的結果會限縮在這三種主題之下，以三區塊分別呈現：
關鍵字查詢
可看出三大區塊查到哪些文獻
Clinical Queries
「Clinical Study Categories」和「Medical Genetics」都有再細分為不同的層面，因此檢索結果中，都有提供下拉選單可作篩選。
「Clinical Study Categories」下的每個層面都可再細分為「Broad」和「Narrow」，這是廣義和狹義的區別。
「Broad」表示條件較鬆，找到的文獻量較多，但可能會撈到一些不是非常切合的文獻；
「Narrow」表示條件較嚴格，找到的文獻量較少，但可較精準命中需求。 (可以根據查詢結果的數量、相關性選擇切換「Broad」或「Narrow」)
Clinical Queries
點選see all可連回pubmed查看完整筆數
課後問卷
長庚紀念醫院圖書館 71
