BACTERIOFICHES Techniques en Bacteriologie Clinique

Jean-Louis FAUCHERE

BACTERIOFICHES Techniques en Bacteriologie Clinique

.1

T a b l e d e s m a t i ^ r e s

C h a p i t r e 1 Classif ication, nomenclature et identification des bacteries medicales 11

1. Bases d e la t a x o n o m i e b a c t ^ r i e n n e 11 A) Def in i t ions 11 B) Les unites taxonomiques 12 C) Nomenc la ture bacter ienne 12 D) Me thodo log i e en t axonomie — 12

a) Marqueurs ph^notypiques _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ — ™_ , 12 b) Marqueurs g^fiotypiques 16

2 . A p p l i c a t i o n s des m e t h o d e s t a x o n o m i q u e s 1 8 A) Def in i t ion des groupes taxonomiques _ 18 B ) Identif ication des bacteries en bacter io logie c l i n ique 20

C h a p i t r e 2

Isolement des bacteries anaerobies en bacteriologie medicale 24 1. Les a n a e r o b i e s e n p a t h o l o g i e i n f e c t i e u s e 2 5 2 . P r e i e v e m e n t s 2 6 3. E x a m e n d i r e c t 2 6 4 . M e t h o d e s d ' i s o l e m e n t 2 7 5. I n c u b a t i o n 2 7 6 . S u b c u l t u r e s _ _ _ _ 2 7 7. I den t i f i c a t i on _ 2 8 8. C a r a c t e r e s b i o c h i m i q u e s 2 8 9 . f t u d e d e la s e n s i b i l i t e a u x a n t i b i o t i q u e s 2 9

C h a p i t r e 3 L'antibiogramme . 30

1. I n t r o d u c t i o n ™- 3 0 2 . C r i t e r e s d e c h o i x d ' u n a n t i b i o t i q u e : c h o i x p r o b a b i l i s t e p u i s g u i d e pa r l ' a n t i b i o g r a m m e 3 0 3. P a r ame t r e s d e I 'act iv i te in v i t r o d e s a n t i b i o t i q u e s 31

A) Parametres de bacteriostase 32 B) Parametres de bacter ic id ie 32

4 . T e c h n i q u e s u t i l i s ees e n p r a t i q u e c o u r a n t e 3 3 A) L 'ant ib iogramme par di f fus ion en mi l i eu gelose 33 B) Techn iques automatisees 34 C) Recherche d ' enzyme inact ivan l les ant ibiot iques 35 D) E-test - 36 E) Cont r6 le de qual i te 36

5. P h e n o t y p e s d e r e s i s t ance a u x a n t i b i o t i q u e s 3 6 A) Pr incipes de determinat ion 36

a) Correlations clinico-biologiques 37 b) La lecture interpretative de rantibiogramme 37

6 BACteriofiches

B) Phenotypes de resistance des pr inc ipa les especes . 38 a) Les enterobact^ries - ~~ 38 b) S t a p h y l o c o c c u s a u r e u s .— 44 c) H a e m o p h i l u s i n f l u e n z a e 48 d) S t r e p t o c o c c u s p n e u m o n i a e 48 e) P s e u d o m o n a s a e r u g i n o s a — 50

C h a p i t r e 4

S e r o d i a g n o s t i c s b a c t e r i e n s 53

1. R e p o n s e i m m u n i t a i r e a n t i - b a c t e r i e n n e 5 3

2 . M e t h o d e s des s e r o d i a g n o s t i c s — 5 4 A) Reactions immuno log iques in vitro util isees dans les serodiagnostics bacteriens usuels 54

a) Les reactions « classiques » 54 b) Les tests • r^cents » utilisant des anti-irrmiunoglobtrws humairtes marquees 54

B) C h o i x de I'antigene 56 C ) Expression des resultats - performances des methodes 56

a) Methodes semi-quantitatives 56 b) Methodes quantitalives (ELISAs) 56

D) Interpretation des reactions serologiques 57 E) Indications d u serodiagnost ic bacter ien 58 F) Les l imites du serodiagnostic 59

3 . P r i n c i p a u x d i a g n o s t i c s i nd i r e c t s e n b a c t e r i o l o g i e c l i n i q u e 5 9

F i c h e s t e c h n i q u e s 6 0

C h a p i t r e 5

E x a m e n s c y t o l o g i q u e s e t b a c t e r i o l o g i q u e s a u c o u r s d e s i n f e c t i o n s u r i n a i r e s 65

1. R a p p e l p h y s i o p a t h o l o g i q u e 6 5

2 . A p p o r t d e s e x a m e n s b a c t e r i o l o g i q u e s 6 6 A) Examen cytobacter io log ique standard des urines (ECBU) 66

a) Preievement, conservation et transport de I'echantillon d'urifte 66 b) Examen microscopique des urines 66 c) Urocullure - 67 d) Identification et antibiogramme des bactiries isoiees 68 e) Resultat et interpretation d'un ECBU 68

B) Examens b io log iques complementa i res 69 a) Recherche des anticorps fixes sur les bacteries urinaires (AFBU) 69 b) Examen bacteriologique des urines fractionnees 69

C) Surve i l lance b io log ique de devo lut ion d 'une infect ion ur inaire 69

F i c h e s t e c h n i q u e s P r e i e v e m e n t d ' u r i n e e n v u e d ' u n E C B U 7 0 E x a m e n c y t o b a c t e r i o l o g i q u e d e s u r i n e s - 7 2 R e c h e r c h e d e s a n t i c o r p s f i xe s sur les b a c t e r i e s u r i n a i r e s ( A F B U ) 74

C h a p i t r e 6 E x a m e n s b a c t e r i o l o g i q u e s a u c o u r s d e s s e p t i c e m i e s 7 5

1. P h y s i o p a t h o l o g i e 7 5 a) Septicemie thrombophiebitique 75 b) Septicemic ^ point de depart lymphatique ™ . ™ „ 75 c) Septicemie endocarditique 75 d) Autres scenario! physiopathologiques 76

2 . D i a g n o s t i c b a c t e r i o l o g i q u e d e s s e p t i c e m i c s 7 6

'riofiches Table des m a t i e r e s '

3g 3. L ' h e m o c u l t u r e ~~ 7 7 , 38 A) Cons iderat ions gen^rales ^ — 77

44 B) Preievement -— 77 • C) Examen au laboratoire des hemocul tures — 7 8 • D) Detect ion automatisee des hemocul tures posit ives _ 7 8

E) Interpretation des resultats ~ - - - — 7 9 4 . E x a m e n s a p r a t i q u e r d a n s les i n f e c t i o n s s e p t i c e m i q u e s d e r i m m u n o - d e p r i m e — „ _ — 8 0

5 3 A) Spienectomtse febri le ™- 81 5 3 B) Neut ropen ique febri le — 81

C) Seropositif V I H febrile 81

54 5. E x a m e n s a p r a t i q u e r d a n s les i n f e c t i o n s s e p t i c e m i q u e s d u nouveau-ne 8 2 54 A) Infection in u t e r o o u lors de I 'accouchement 8 2 54 a) Examens pratiques avant la naissance • 82 5^ b) Examens pratiques immediatement ap r^ la naissarnre 82 eg B) Infection post-natale 83

56 F i c h e s t e c h n i q u e s 5^ H e m o c u l t u r e _ - — 8 4 57 D e t e r m i n a t i o n d u p o u v o i r b a c t e r i c i d e d u s e r u m (ou d u L C R ) 8 6 58 59 C h a p i t r e 7 5 9 E x a m e n s c y t o b a c t e r i o l o g i q u e s a u c o u r s d e s m e n i n g i t e s 88

1. R a p p e l s a n a l o m i q u e s et p h y s i o p a t h o l o g i q u e s — - 8 8 A) Le l iqu ide cephalo-rachid ien 8 8 B) Les meningites infectieuses 9 0

^ 5 a) Les meningites purulentes 91 b) Les meningites d liquide clair 91 c) Aspects cliniques 92

2. A p p o r t d u l a b o r a t o i r e d e m i c r o b i o l o g i e d a n s le d i a g n o s t i c ^ et le t r a i t e m e n t d e s m e n i n g i t e s 9 2 ^ A) Pre ievement 9 2 67 B) Examens b io log iques d u LCR 93

a) Cultures bacteriologiques , — 93 gg b) Examens microscopiques — 93 gg c) Antibiogramnw ™. _ _ _ _ _ _ 94

d) Examens chimiques 94 e) Mise en evidence d'antigdnes solubles bacteriens —- 94 0 Isolement de vinjs 94

C) Surve i l lance b io log ique de r e vo lu t i on d 'une meningi te 9 5

F i c h e s t e c h n i q u e s j 2 P o n c t i o n l o m b a i r e _ - 9 6 _ E x a m e n c y t o b a c t e r i o l o g i q u e d u l i q u i d e c e p h a l o - r a c h i d i e n 9 7

C h a p i t r e 8 E x a m e n s b a c t e r i o l o g i q u e s a u c o u r s d e s i n f e c t i o n s p u l m o n a i r e s 100

1. P h y s i o p a t h o l o g i e - c l i n i q u e 1 0 0 75 A) Phys iopatholog ie 1 0 0

... 75 B) Ce rmes en cause 101 75 C) Signes c l in iques et rad io logiques 101

„ 76

. 7 6

8 B a c t i r i o f i c h e s

2 . A p p o r t des e x a m e n s b a c t e r i o l o g i q u e s 1 0 2 A) Diagnost ic e t io log ique . 102

a) Preievements contamines 102 b) Hemocultures 103 c) Preievements in situ .... - 103 d) Recherche de pathog^nes speciHques 104

B) Regies d' interpretation des resultots 106 C) Ant ib iogrammes 107

F i c h e s t e c h n i q u e s E x a m e n c y t o b a c t e r i o l o g i q u e d e s p r e i e v e m e n t s p u l m o n a i r e s c o n t a m i n e s 1 0 8 E x a m e n b a c t e r i o l o g i q u e d ' u n p r e i e v e m e n t p u l m o n a i r e i n s i t u 1 1 0

C h a p i t r e 9 E x a m e n s b a c t e r i o l o g i q u e s a u c o u r s d e s m y c o b a c t e r i o s c s 112

1. P h y s i o p a t h o l o g i e - c l i n i q u e ~- 1 1 2 A) La tuberculose -, - — 112

a) Primo-infection tuberculeuse 113 b) Tuberculose maladie 113

B) Les mycobacter ioscs non tuberculeuses 113

C) U lepre 113 2 . D i a g n o s t i c et s u i v i m i c r o b i o l o g i q u e s d e s t u b e r c u l o s e s 1 1 3

A) Diagnost ic , .™ ™- 114 a) Preievement 114 b) Examen microscopique direct 114 c) Culture 114 d) Identification — 115 e) Methodes nwieculaires t t S f) Diagnostic irxiirect . _ 115

B) An t ib iog ramme 116 C) Surve i l lance de r e vo lu t i on et d u traitement — - 117

F i c h e s t e c h n i q u e s R e c h e r c h e d e m y c o b a c t e r i e s p a r e x a m e n d i r e c t et c u l t u r e ( m e t h o d e t r a d i t i o n n e l l e ) 1 1 8 Iden t i f i c a t i on d e m y c o b a c t e r i e s - _ 121 A n t i b i o g r a m m e d e s m y c o b a c t e r i e s ( m e t h o d e s d e s p r o p o r t i o n s ) 1 2 4

C h a p i t r e 10

E x a m e n s c y t o b a c t e r i o l o g i q u e s a u c o u r s d e s i n f e c t i o n s d e l a s p h e r e O R L 126

1. P h y s i o p a t h o l o g i e - c l i n i q u e 1 2 6

2. R h i n o p h a r y n g i t e s , p h a r y n g o - a m y g d a l i t e s et l a r yng i tes 1 2 6 A) Donnees c l in iques et et io logiques 126

a) Les rhinopharyngites . 126 b) Les pharyngo-amygdalites 127 c) Les laryngites 128

B) R6le du laboratoire dans le d iagnost ic des infections rh inopharyngees 128 a) Diagrwstic des pharyngo-amygdalites ^ streptocoque A 128 b) Oiagrrostic d'une angine diphterique 130 c) Diagnostic d'une rrxinonucieose infeaieuse 130 d) DiagrKWtic d'infections pharyngeesdiverses — 131

3. S i nus i t e s 131

4. O t i t e s 1 3 2 A) Donnees c l in iques _- 132 B) Appor t du laboratoire au diagrK)Stic e t io log ique et au traitement 132

r Table des m a t i e r e s

1 0 2 102

. 102

. 103

. 103

. 104 106

. 107

1 0 8 . 1 1 0

112

1 1 2 . 1 1 2 . 113 . 113 _ 1 1 3 . 1 1 3

1 1 3 . 114 _ 114 _ 1 1 4 _ 114 ^ 115 _ lis _ 115 - 1 1 6 _ 117

_ 1 1 8 . 121 . 1 2 4

F i c h e s t e c h n i q u e s E x a m e n c y t o b a c t e r i o l o g i q u e d ' u n p r e i e v e m e n t p h a r y n g e

C h a p i t r e 11 Examens bacteriologiques au cours des infections digestives

Infections intestinales

1. P h y s i o p a t h o l o g i e A) Eau et intestin 8) Les bacteries intestinales C) V i ru l ence des enteropathogenes

a) S6crftion de toxines b) Pouvoir entero-invasif

2. O r i e n t a t i o n d i a g n o s t i q u e A) Signes c l in iques d 'or ientat ion B) Signes b io log iques d 'or ientat ion C) C h o i x des micro-organismes ct rechercher

3 . R e c h e r c h e d e s p r i n c i p a l e s b a c t e r i e s e n t e r o p a t h o g e n e s A) S a l m o n e l l a e n t e r i c a B) S h i g e l l a C) C a m p y l o b a c t e r D) Yersinia E) Vibrio c h o l e r a e F) £. c o l i -

a) f. cofi enteropathogenes (EPEO b) E. coli enterotoxirMg^e (ETEQ c) f. co/( entero-invasif(EIEC) d) f. coli entero-hemorragique (EHEO e) f. coli entero-aggr6galif (EAggEO —

G) C l o s t r i d i u m difficile —

F i c h e s t e c h n i q u e s P r e i e v e m e n t et o r i e n t a t i o n d i a g n o s t i q u e a u c o u r s d e s d i a r r h e e s e l en t6r i t es R e c h e r c h e d e C a m p y / o b a c f e r d a n s les se l l e s R e c h e r c h e d e S a l m o n e l l a et S h i g e l l a d a n s les se l l e s R e c h e r c h e d e Y e r s i n i a d a n s les se l l e s

1 3 3

1 3 6

„ 1 3 6 . 1 3 6 „ 136 _ 1 3 7 _ 137 - 137 _ 1 3 8

1 3 8 138 138

. 1 3 9 1 4 0 140

. 140

. 141 141

. 142 142

. 142

. 143

. 143

. 143

. 143

. 143

1 4 5 1 4 6 1 4 8 1 5 2

Infection gastrique it Hel icobacter

1. R 6 l e d e H. p y l o r i d a n s les m a l a d i e s gas t r i ques

2. D i a g n o s t i c b a c t e r i o l o g i q u e A) Methodes invasives B) Me thodes non invasives C) Suivi b io log ique de I' infection par H. p y l o r i

F i c h e s t e c h n i q u e s R e c h e r c h e b a c t e r i o l o g i q u e d e H e l i c o b a c t e r p y l o r i d a n s u n e b i o p s i e g a s t r i q u e

153

1 5 3 1 5 3

. 1 5 3

. 154 154

1 5 6

10 B a d M o f i c h e s

C h a p i t r e 12 Examens c y t o b a c t e r i o l o g i q u e s a u c o u r s d e s i n f e c t i o n s g e n i t a l e s 158

D i a g n o s t i c m i c r o b i o l o g i q u e d e s i n f e c t i o n s g e n i t a l e s f ^ m i n i n e s basses 158

1. P h y s i o p a t h o l o g i e - e t i o l o g i e s 1 5 8

2 . S i t u a t i o n c l i n i q u e - m e t h o d e s d e d i a g n o s t i c 1 5 9 A) Lesions des muqueuses 160

a) Clinique - 160 b) Diagnostic baa^riologique d'une Ifeton des muqueuses genitales 161

B) Vaginites et cervicites 162 a) Clinique - 162 b) Diagnostic microbiologique des vaginites et cervicites .—, 163 c) Resultats :— 165 d) Interpretatkm _ _ _ _ _ _ _ _ 165

D i a g n o s t i c d e s i n f e c t i o n s g e n i t a l e s h a u t e s c h e z l a f e m m e 166

1. P h y s i o p a t h o l o g i e - e t i o l o g i e s 1 6 6

2 . S i t ua t i ons c l i n i q u e s - M e t h o d e s d e d i a g n o s t i c m i c r o b i o l o g i q u e 1 6 6

D i a g n o s t i c m i c r o b i o l o g i q u e d e s i n f e c t i o n s g e n i t a l e s m a s c u l i n e s 167

1. P h y s i o p a t h o l o g i e - c l i n i q u e 1 6 7

2 . D i a g n o s t i c b a c t e r i o l o g i q u e d ' u n e ur^t r i te m a s c u l i n e 1 6 8 A) Signes d 'or ientat ion diagnost ique 168 B) Preievement 168 C) Recherche de pathogenes specif iques 168

3. D i a g n o s t i c b a c t e r i o l o g i q u e d ' u n e i n f e c t i o n g e n i t a l e h a u t e c h e z I ' h o m m e 1 6 8 A) Signes c l in iques d'or ientat ion 168 B) Recherches bacter io logiques 168

4 . D i a g n o s t i c b a c t e r i o l o g i q u e d ' u n e l e s i o n c u t a n e o - m u q u e u s e c h e z I ' h o m m e _ _ — 1 6 8

F i c h e s t e c h n i q u e s D i a g n o s t i c d ' u n e l e s i o n g e n i t a l e c u t a n e o - m u q u e u s e { chez I ' h o m m e o u l a f e m m e ) 1 6 9 E x a m e n c y t o b a c t e r i o l o g i q u e d ' u n p r e i e v e m e n t v a g i n a l et c e r v i c a l 171 E x a m e n c y t o b a c t e r i o l o g i q u e d ' u n p r e i e v e m e n t ure t ra l c h e z I ' h o m m e 1 7 4

O u v r a g e s k c o n s u l t e r '. 1 7 5

Cette nouvelle Edition entidrement refondue et actualJs6e est un manuel destine a §tre utilise par les praticiens dans leur activity quoti-dienne. II est aussi destine aux etudiants en biologie medicale, aux tectiniciens et aux etudiants des 6coies de laboratoire. Sa conception rend 6galement ce manuel de bacteriologie lisible par les cliniciens.

En effet, cet ouvrage ne traite pas les bacteries pathogenes dans une logique de classification bacterienne. Cheque chapitre d^crit chronolo-giquement les examens bacteriologiques qui sent pratiques, depuis les signes cliniques jusqu'aux resultats en passant par les methodes de preievement et les techniques de recherche des germes pathogenes. Cette demarche est celle sulvie dans la pratique quotidienne et fait de cet ouvrage, un manuel de terrain.

Les auteurs sent des biologistes praticiens et enseignants exergant dans un CHU. lis decrivent des methodes diagnostiques dont lis ont eux-m6mes I'experience pratique.

Illlllllllllllll 782729 847227 ISBN 2-7298-4722-7