12
1 @ PROSIDING SEMINAR NASIONAL PENDIDIKAN BIOLOGI DAN BIOLOGI FMIPA UNIVERSITAS N EGERI YOGYAKARTA Yogyakarta,Tanggal 20 OKober 2012 ISBNr 978-602-95166-1-6 Tema: "GLOBAL PERSPECTIVE IN CURRENT BIOLOGICAL RESEARCH AND EDUCATION" Jurusan Pendidikan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Yogyakarta Tahun 2O12

Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

  • Upload
    vulien

  • View
    222

  • Download
    2

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

1

@PROSIDING SEMINAR NASIONALPENDIDIKAN BIOLOGI DAN BIOLOGIFMIPA UNIVERSITAS N EGERI YOGYAKARTAYogyakarta,Tanggal 20 OKober 2012

ISBNr 978-602-95166-1-6

Tema:"GLOBAL PERSPECTIVE IN CURRENT

BIOLOGICAL RESEARCH AND EDUCATION"

Jurusan Pendidikan BiologiFakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Universitas Negeri YogyakartaTahun 2O12

Page 2: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

PROSIDING SEMINAR NASIONALPENDIDIKAN BIOLOGI DAN BIOLOGIFI\iIPA UNIVERSITAS N EGERI YOGYAKARTAYogya ka rta,Ta n99a I 20 Oktober 2012

ISBN: 978-602-95166-1-6Tim Editor:

1. Prof. Djukri2. Dr. Slamet Suyanto, M.EC3. Dr. Heru Nurcahyo, M.Kes4. Sukiya, M.Si5. Surachman, M.S

,-fd

Tema :,.GLOBAL PERSPECTIVE IN CURRENTBIOLOGICAL RESEARCH AND EDUCATION"

Jurusan Pendidikan BiologiFakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan,Alam

Univercitas Negeri yogyakartaTahun 2012

Page 3: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

Fi,ji;li g Se,jirut ijusitnui FettL:iiiiiuri Biuio|i tiutj BioioE;Jutdilc Biologi IlMlpt, {Jni|ct.sit!$ Negct.i )bg\}oka a. 20 Oktoher 20tJ

rsBN : 97s 6A2-95 t66_ t-6

ANALTSIS OrZ DINGAN pENANDA N,IOLIKULER SEUAGATiTiETODE KAiiri.ii PEliii.RiSri.ii SiF..iT-SiFAT KUriiiTiTr\Ti F

Parrmiia Cahyaningrtm Kuswanrii

iut utut Fetniiiiiun i;iuiuyi i,\iii,i Lii

d nqTD Atr

Sifat l<1rantitatif adalah s!atu lenotipc dcngan distribr.rsi yang kontinu, yaitrr,jeiigan prliiiiiliiiLill ).rllg 'Dcil.1riiisi (hiirri sulid lJ(rtiLriiisi. lc\rnristirl iif;;-siilii i.unu;iiLiii'diduga karcna pengaruh lebih dari.dua gen atau poligen sc a adanya pcngarul. lingkrngan.Kajian pcwtu isan sifat-sirat leantitatif dapar dirarerkan de.gan pcntlekatan sr.rtisLik da'iamilmu gcnctika. Pcrlu dilakukan analisis tcrhadap lol(us-lokus gcn yang dil(cnal scbagdi eTL(Quahtitati\)e :li'ai[ Loci) atau Lol-us Silat K anlitaljt] Analisis elL ."nggur,nknnpcldlkalon statistik dcng.! rn,rlihat h!!t'!t'!ga'' anl^ra fc!01ipc dcngar gclot ipi prnarciayang digunal<an. penanda (narkar) digunakan unruk mcwakili pc;bed;an g"n.ii. nntor.individu. Penanda molekrrlcr.iumlahnya lebih banyak dan cenclcnrng ridalidipengarLrhioleh_ iingi<ungan arau iase pcrkcmbangan organisme sehingga iebih sering ciigunakan

-ciaiam

-ialisis QTL. i,ieioJe tang diguriakar bo:.lasar ieknili; (l) h;'o.idisa;i, (2ttCR, d.,i (l)sekucn DNA. Manlaat analisis QTL tclah banyak digunakan C,al^fi na*.r rrssistct/breeding (btdang perlanian), idenrillkasi pcnyakit geDetis dalnm suatu populasi (bidangkcdolderan), kajian gcnctis anlar lopulasi (bidang evolusi), dan kajian bioclivcrsitas scrtil(oii,cr'.,....i liigi:,ligrn. ,\r.llisr eTL scdeng clihcnrb:,.ngkan inchl,.ri :lrloclc ;,r.rgmengg'rn,'kr!1 lflnrirrn OTI dcnorn nr:nocrahrran rohrrn'' o.nom rrnrrrk kaiirn cksnrr.sr-gen dan idenrifikasi gen.

Kaii iiiiiici : Siiat k-aii,;ta.,Lii aiiaiisis euuniitutive T uil iu.i (eTL), t!1ri!',ia 'roirl(iiiei

Peritlaiiuiuarii(eragaman sifar yang rampak pada n'akiliuk iridup dapat ciikeiompokkan nrenjadi sifar-

sifat kualitatif dan sifat-sifat kuantiiatii. pcibcdaan yang n:cndasai pa.iii kcd.,rani.a ailaltih sifattersobut dapat dibcdakan sccara jelas (dikategorjkan dalam kelonpok terrentlr ) atau tidak. sii.atkialjiaiif tcimasiik sifat-sifat pada tanai'j.ial kapn (,';,li;ii .iail.,'ii;;;) lang digiilakan l,,lcnaicl scbagaiobjck pcnciiiiannya karcna meurpunyai siiai-siiai yang ciapai ciibcciaka' ticrrgan jeius scprri rvamab..uga (',rngu-putjh) dan .;,.ama br.;i (.1:,rning-hrlcu). Kenyatran bahwc baryak sjfat ).engmemrnjukkan variasi yang kontinu atau mempunyai keragarlan yang tidak dapat sccara langsLrngdlkelonpckkan menintbrll<an kcsi.rpula:l ycrg c'.rl<up I<oiiti.as ilcrgar pcie..iaii l,4endcl tcntairg;rcwarisair siiii-sifat taiig ciil;ai dibtii;ikal $.iii.ii iiiibai r',inia Jci.,uiii lr.irii b.iii;i:, Jrri rvd,iir i,;iih..1, . qn.nr^n t-.n";

Kcragalt an atau variasi yang kontinLr discbut.jLrga sil.irl tnch.tk kitrcna tcrsitttult_l pl(lipcngu.L.'..ran. L4ctodc )/s.g dig'.lnakcn unt.k rllc.glrkrr rcrErrl.rg prdr. :irilr ;,:lng rr:r' .!rlrlltl.Bai,yak sifat-sifat k'.ianijiaif yang iricii;pii:yai njlai ckonoiilis baik ilala;; jrciiiiir;an irjaiijl.Linpctcm.rka!'!. ScLair it',r pcr'.rbahrn ,lllant rrikrc'-cvolusi .jLrgt banl,aI tc!.jrdi p.!{ir sitrt_-(it!1kuantitatill Pada cabang il11r. tcrseb.t gcnctika dapat diaprikasikan pada pcnr.saraha, di dararnilnu terapa! dan teori e.,,olusi (Falconer, l98l).

PrJ; 5iden6 Liolo;i tc;apar scpciij paiiai.iian dan pctci_-.tiilia;1. bar;.ali r;ifat;,a;g clia;rggapsan'at pcntjng secara ckononris. Misalnva h:rsjl dan krralitas Drnen se'J,, kefihrnAn tcrh;r.iNDpenyakit. Sifat-sifat tcrscbut biasanya dikendalikan olch beberapa gen dan disebut sifat k"rantitatil,sifa1 krraotilatif, lt1cnltrr!t FaJcolef (19E1.), selrclamya ticlak selnlLr silal yalrg da|at dir.rkrr sccat:ir

z-ar SEMINAR f,' nl\\\!-0t

FMIPA UNY

Page 4: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

^ A//.rirjlj v i L n(tlEu4,..

larssuns. sifat-sifat v.rne dikcndalikan oleh bcbcrapa gcn dapat menrbcntrk sebaran (llta vansmendekati pola sifat yang kontinu meskipun scbcnamya dapat dibcdakan sccara jclas. scbagaicontoh kctahanan terhadap pcnyakit atau terhadap cckarnan kckcringan. pcnggolongan dilakLrkanhanya ncnjadi tanaman yang tahan dan tidak tahan. Sclain it', adanya pcngar'h lingkLLngan paclasuatu sifat juza akan rlcnrbuat batasan vans jclas pada sifat yanu diskontinu mcniadi kontinukarena ada interaksi a.ttara gen dan lilg.hrngan,

Daffah-dacrab di dalam genonr yang mengendalikan sifat-sifat kuantitatif discbLrt eTL(Quanlilarive n'air Loci). Idcotjfikasi QTL hanya bcrdas:rr cvaluasi lcnotipik akarr sangat slrlituntl* dilakukan. Barryaknya iaktor-faktor yang benrcnEarub dan cksDrcsi fcnotiDc ylngdipcngamhi oleh bcberapa gcn serta pengamh lingkr"rngan akan mcnyulitkan dala'r ruenentukanpola pewarisan atau identifikasi gen pengendali suatu sifat. salah satu tcrobosan yang mcrnbukapeluang untuk melihat QTL adalah penggunaan penanda ruolekuler. penggunaan aralisis erl- saatini sudah banyak dilakukan dalam konstrnksi peta tautan baik untuk spcsies he va atau turnbuhan.Peta tautan digunakan untuk identifikasi daeratr pada kromosorn yang nrengandung gen pcngendalisifat sedcrhana (dikcndalikar olch satu gcn) scfta sifat kuantitatif yang dapat dikcnclalikan olchbebcrapa gcn. Penanda nrolclanler ydng ber-tautan dengan sifatsifat pcnting bagi manrsia dapatdigunakan sebagai alat uttuk progran pergcmbangan tanamao atau hewan tcltentu, Bebcrapacontoh adalah marker assisted selecllor (lr4AS) yang sudah banyak dilakukan cli bidang penanianurituk seleksi saat perl)buatal vaietas baru sehirrgga Liiirarapkrur dapal rnelirrgi<aikal prqciirksipangan dunia karena program menghasilkan varjctas yang bam akan mcnjadi lcbih acpat dancfisien Cuntoh lain aciaiah peoggLinaan pcrancia i'noiekrLier sebagai ideniifikasi saat lrcnciaftaranvarictas Baru (PVT), scbagai pcnciri plasma nutfah yang spesifik di dacr.ah tcftcntu. at r ka-iiakcklribJtan 5aili FrLlr i.irr]buhait al;lI hcr.r'an (CJliJrJ.:005j.

Penggunaan analisis QTL yang sudah banyak dircrapkan dalanr bcrbagai bidarrg nrasihpcri11 rlipcikcnaiikai-r dan riikaji lcbiir iaujui schingga dapal ciii-rrarrfaatkari scc.rrir ilak5ilral L.iair

ciicskplorasi mengenai nretode cian progran analisisnya. Makalah ini bcrrLrjrLan unrrrk mcrnbcrikanpcmahaman dasar tcntang analisis QTL scrta i}ianfaatrya dalairr kajian sifat kuantitatif cll i,.crbrgeibJdang. sclain itr, nrakalah ini bcrlujran rntuk n)cndorong Icbih bany.k pc.clitirn erL dilndoncsia dcngan kciagamar srinbci dnya ajairi dnn poicnsi jrcncliii kiiii ilar.i bcibiigai clisipliirillnr r.

i e iii ii i, ii ,_' s,-r ii1. Sifat Kuantitatif

Sij'ri inlai]iiiaiii' aiiaiirii sifui dir:raira var iasi ytitrg iari;1rak !iib,iijabkaji uicir 'Lrcbci a1:rzr

arau banyak gcn poiin.rorfik cicngan pcngaruh masing-ntasing aici icbiir i<ccii ciaripaciap(iii;riiin iiiiEii:ii6;:j. ;ii.,..,)u I,.:.t-iii,. ":it:i: iirii lii{tttctnprtnyai l'crrotipc dcogao variasi yang kontitrrr. McskipuI siliit-silr{ kLuntitntil'tcrlilrlllniii.iii i:iiuk dipeiajari. akir, teiapj sangai penijng iint!ik d;lakiikan drjiiii l;idang iliriitancnttl sopcrii para pcnciiii cii pcrlLriiaau rrn0nrirn irru itrtiiciayrr rclnirk. i)aiurrr iritirrrrg

^:'_' r" ^-"" f L 'urr,ir..)i i:ij ri;ij.t..:: !i ;, jiii:g It.., .r,..,,-,penling sepefti hasil tanantan atari bobot hewan. Bidang lain yang n.ren.]pelajari sifatt.-,--r;r-!,f-.r-.^t ^t,t: ^^-^rit.^,\^-

,-.i .r^n ^,.^t,,.; ..._,. i...1, ,...tit.", t , , ^ , , i , , . - , . ^ . . , , , . , . .J'.iii; i:i;ii, i.,jiii,.,i i,-s,.ii:ii.jii:j jiii,iti

sifaa iriaiiip!i beiltbait atau'ovrevuiiisi dajaiit sua'rtr putjLriasi (Ktarsy dill i]ut!ry. i996).Sifilt h.lalrtitatif .1it.nt',rkan olch suatu ,.i3ring'yrng tcrdir: C:r.i b:';,:r.L. io!:*s 1:rlg

bcrintcraksi dan olch bcrbagai faktor lingkungan (Falconcr dan Mackay, 1996). ltori-^lid^n..)n.,1;t^!r,!t.Lrr ^t^l\ l\t.rL^r /tOtlr ,,\^,r,h^ri ..!r,h.r.n h.t1r,.L t^t,,, .^-^irt rJljuJrrr, Jj.rrr.\ ,.!.r..r-. jr"..L

Page 5: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

Pii:,.tiiiig Sctninui iius hrtui iierriitiiiun B ioilgi tiu,i B ioi,tyiJuldik Biologi FMIPI, Universitas Ncgcti )bgrakatta,20 Oktohet )012

ISBN : 973-602-9 5 I 66' l -6

masing-nasing mcnrp[nyai pengaruh yang sama kecilnya scrla bcrsifat aditii Saat iniivrdapai bcbcrapa kurrs,;p baru ruerrgvriii siiai kuariiiaiii Sepcrii dikeruLrkakarr oiuir

Mackay (2001) cit. W\ et al. (2007), yaitu sifat kuantitatif nenrpunyai kode genctis yang

(i) dikendaiikau uicir balyak iokus dcrrgau keiipaiarr 50 scsuai ticrrgan hasil pcrrciiii:ur

Shrirl]pton cirn :iobcrlson { lqE}i'. l2l g!'n-gcn Ircngcnd:rltt(:Il scLrrJ irdlrtl. ci |]'tn!n.!yr\,du\ UL Ed 6r rn J. UJ 'r6NUi.t)ir.r. rJ/ u!id. r)d liiig,rii ii (irp IL,ibcwariasi, (4) gcn yang sama dapat n'rcmpcngamhi sifat fcnotipe yang berbcda ntelaluiprrrurL(.,pLru clrsur) ua[ \J./ tsuu-tsElt jelxg rU€Lrlp'rr]ts,dr !urL suarLL brlar NudrrLr!dUr uaira!

rcrscbar cii ciaianr gcnorn sccara rrndorn arau cicngln pola rencnru.

Quauiiiai i1.e Ti aii Luei

Genetika kuantitatif, atau genetika biornetric, adaiab suatu bidang ihru yang

rirvri;rciajrui pcwarisarr siiai-siiai yarg ciiscbabkarr ulL:ir gvrrutipc yarg sLriii tiipuiajarisccara iangsung dari icnotipc yrng lrnprk. Scbagai contoh adaiah stirt tinggl bildan ianur'ts^a( Nclcrudsd! lrdud lrdous,d, pdud rdlrdl'idrr u!'u'ud)d.

' dk'

sifat-sifat tcrsebut tidak ada bltas yang jelas antara satu 'tampilan' sifat dengan benhrk

tdrrrPrran rdn'u)d, llrr\dudlrts rrd u\(ttuP J.rtd' r!r.rLrPr !(lr'tsgJ l\ii:rrrl ^e5a:j !i:a,ii

variasi yang kontinu. Siiar-sifar scpeni iu <iinanakan sifat kuanriratii urcrrjc. arau kotriiuu:,rr.,L qor11.,rrl."r-r,. .1a.."- r:f^+ rifn.,,--^ !.^.1- c-^^-- i-l^- n.-,, ,t^1,^-+:.-. Clf^r .,if^rrrJq uvrr6au or,qr

Lrantitatif sccara umrrrr dikendalikan oleh lebih dari satn gen, scringkali oleh banyak gen

\r2-/)Ltr.^vdroJUurrrvv ,\r.,/w/ trJui.lrp!,iib!i,liiiiii^

gcrr-gcrr pcrrgcrrciaii siiai-siiai kLraliiiaiii (siiai-siiai poiigcrrik). Saai iri, isiiiair poiigcrrhi."".lic.\.,r /r-.-.r r'\Tr \'..,, 'r.^n,n.rl.rn i..L",.,.,r,ri t, ,h,t,.,t:,- t--,t t ;.i^1,,,

Sifat Kuantitati0.A^-,,,,^h /rnnt\ -.^--.+i1,"- .\l-! h.,!1-;' .-nl. ,^h-^n -^- f^i^^j .^h^,.nr1,.!!vu5u!ql\u! 6rtt !!tn/r n.uclrt Lj r

rdrld irrc LruMd' ur u<1rarlr t'r!\)!r JdrrE ruturrl udtr bdrri ilran rcoirl gtnfrrnoeionel p.n^1.5n .JTI tniliri dari rneli(i< lrnh,,ho,n .nirrr hr(;l ahcen,aci rlr- r.l"tidal,inya penanda alel yang talah dipetakan ke dalam peta tautan. Suatlr QTL dinyatakaneda jjl{j] s'rrbh.lit.nl,r!.'n hali{,^ hlh!rncrn

"'rr"r rl!!:r; ,,l.ro'1/,.; /l^n14- nenrhl' f;.J,Lr:^^t-^rr-^-

pcmcia:n OTI danat iroa flcnrrnirrkkrn hrhrno:rn .nt.rr o.noiin. n^dr l^La<i

genom yang bcrvariasi dengan suatu data sifat-sifat klrantitatil'. llubr.rngan yang dilihatadrlah j,,nrlah nn<i<j cfelt ihr.r,kci dln rrlcintrnni rlari nTI drn n.ra.n,h ini.r'Lci OTI.l^,.r-,,- l;,.,.1.,,-^^,. ' f', , : , , ^ - . , r , , . - - - -^-.^r^^n aYl-l /arr/\/\,\,L.L\I....-I:I..,J

dacrah pada krorlosorn vanq sccara slgnifikan bcrlcncanrh icrhadnll vrriasi sil'rtkr,rantitatif di dalalD sualu populasi.

Pcngndr l,lclckulcrQuanlitativc Trait Loci (Ql l-) daDat didctcksi dcniran DcnA|dN utolckulcr. SLr|tu

QTL scbcnarnya rncngganrbarkan sLlatlr dacrah pacla krontosorn yang cli.jclitsklrr itlchtalltan dcDtan individu nrarkcr (pcn.lnda) atau dua nlarkcr l,arrg bcraclir nrrclir kcdLra sisinTI Penznal1 ln.lekrrler va4q 4liqtlrik1n dalam eraliciq OTI <eli'oirn he<^r n1.noi.rrpirda pcnanda DNA (Gupta, 2002).

Penanda molckuler mcmpakan salah satu pcnanda gcnctis yang digunakan LrntLtk

ncmbcdakan antar individu atau antar spcsias. Secara uurum, Dcnanda gcnctis bukan

Page 6: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

Fuiutiiiu C K / Atiuiisis QTL cicrigu,i ...

mempakan suatu gen tetapi lrnnya sebasai 'sioval' atau 'tanda' adanya suatu sen fatalbcberapa gcn), pada suatu individll tertcntu. Tcrdapat tiga nracant penanda genctis. yaitr :

(1) :rorfologis, (2) biokcnis, dan (3) DNA atau molchrlcr. Pcnanda n.rorfologi dan

biokcmis biasanya junlahnya terbatas dan sangat dipcngamhi oieh lingkungan atau tahap

oerkcrnbangan ltewan atau turlbuhan. Oleb karcna itu ocnanda molekulcr icbih serincdigunakan karcla pcnancia dari pcrbcdaan sckucn di dalaltl DNA.jumlahnya sangal banyakdan tcrjadi akjbaL n'lLrtasi. Pcnandl DNA yang digLrnrkan biasanyr bcradr ;sirtla nott-totlinurcgloz schinggr borsifat nctral atau tidak nrcngakibrtl<an pcmbrltrn lcnotipc yr g

signifikan (Collard et a1.. 2005).

Terdaplt banyak pcnanda tnolekuler terDasuk re,th.ic/ian ./i'agment lengthpolynlorphisn (RFLP), random ampli"fied pol.yntorp,4ic DNI (RAPD). antplified f.agnenllength polymoryhisrr (AFLP), nrikrosatclit dan gingle nucleotide polymorphisnt (SNP).

Zidenga (2004) telah menjelaskan bahwa tiap netode lnenrpunyai kejebihan dan

kclarrangan rnasing-lDasing lcrgantung pada tujuan pcnclitial yang dilakukan RFLPadalah rnctode yaog berdasarkau pada clctcksi vatiasj panjaltg flagntcn tcr.cstr.iksi pada

suatu DNA spesifik dalam sckelompok individu. Lokasi gen dapat dicari dengan rrelihatR-FLP yang hanpir selalu diwariskan bersanta. RAPD adalah fragnrcn DNA yang

men'rpunyai ulatran polinorfik dan diperolch dengan IICR nenggun rkan sarlr araLt duaprirrter atau oiigolLrkeioiida yaltg riiarrtbil sccata aca|.. iiAPD atialab pcrartia yarrg bersifaidominan dan polanya dapat digunakan untuk idcntifikasi strain atau varictas, pada AIrLp.Di',iA ditambah ticngar cnzinr ruslrksi yang kcnrLrriilr ciianrplilikasi irrcnggunakan lCii.Mctodc ini n'rcrllungkinkan'rntuk mciaktrkan anrplifikasi fragnrcn lcstriiisi sccrrr scicktilscitillgga ciapat nlen]uncuil(an Dcrianda liaiani jun',lab banyak Si.li'iinlrli ii.fuL-,rlriii s;rii1

basa pada sckucn nuklcotiJa DNA. .lLrurlah potcnsiaL pcornda SNI, sangat tinggi schinggadapai ditcn-riikan di scr,tua bagian gctic'iir. ivi,kiosatciii iiliii s, rrpic s,.lucncc icpcais (SSR)acialah sckuen DNr\ yang pcnclck, biasanya 2 atau 3 basn. yang bcrLiianu sccrira acak. SSii

r--^i^- ^^-^...L(Ioapit oi n3nlili icinlll. .r..iii! .jii iiii.:.i:i .il:ilt:pcnbuatan pcta gen.

4. Pembuutan Peta Trutnn (Linkage friap)Peta tau,,sn nenunjukkan pcsisi dan.jarak genctis (se,ara r.eLatif) an1ir. p.nlrd.l

dalam sltattt klot]tosottt. Manfaat patat tautarl aclalah untLrk idcntifikasi lokasi krontosorn.,.-^ .*,-^--r,,-d -^- ,{-n a\'t I ...nd r.^,L,,I.,,-^^- ,1,.. . .-

t \I uqrr v r L )urri; i(iij(iJiii,bJ.i ii:i > i:i::,: ii.i:i::.Fcnrctaan QTL dilakukair bcrdasar priirsip bai-riva gcit (iar'l ilcitanda '0crscgiugasi saairrciosis sel.tingga dapat diLrF.lkan alallsis pade. keturlrrsnnyr (pettcrsol]. l9_Q6 rjt. Ccllardel al., 2005), Pada ;uatu populasi akan tcrdapat gcnotipe sepctli tetua clan hasil-nL,n$lr;n.ci lr^L,'^nci n^n^,i,\^ r^l/^!,1hir,^ ,r.n,.r ,t..., .,r1. ,,r ,,,.r,,! ,,).,,,,1,,r,,,

tiacimbiti.i;oti .i actiorit J,ang Jigunaka0 iiiitrik ntcliliat .iaiak aniai pcianda. I'cnaitda i.ailgr]lfll]Duflyai ficlQtensi rekonhinasi kurang dari 501/c rliscb,:t 'furlinlietl'iitarr tidal: berlautclan diasur-rsikan tidak bcrdekatan pada satu kron)osom atau bcrada pirda kromosont yang

bcrt-.cda,

^l^-.',-,, L,^.1-,. /,.ir.^.r 'lO,la\ r;,.^ l.-l ...n. l;n,.,.1,,t.i":' r,'r'- (irlriiriin Lir .:i;rr: . ;:iiii.i:i::iIL iL

adalah. (l)sjf.i aiatl fcnotilc yang akan dirnrali. 12) nr:nanda rolintorfik rlarr n\ srrrrktrrr

genetis dari suatu populasj. I)ata feootipc suatu individu Llntlrk srfirt yang sedang dianratincnunjr&kal pelgrr,th genetis dri QTL ,J.n linqkrrtgrlr tq1l4l4pr pqllslqllnrgar sifatte$cb'.rt. PerI3r]Ca nlclektlcr digunakan kereua Captlt dilacak &n dipctaksr scpctti gcr]-gcrl

Page 7: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

Prositiitg Seriiiriur iiu.-ioriui Pettiidiiuti B ioio!; LiLui E i()iLig;Jurrlik Biologi FMIP,I, U1i'enitas Negeri yogyakafla, 2l) Oktabet. 2012

lsBN . 973 602-q5166-t-6

yang bakerja sacara individu. Poin kctiga, yaitu stmlitur genctis darj suatlr populasj

rnsriuljLd(iar scgtcgasi QTL liau poia lckotr'uirrasi ariar gcLr piicia iokus yarg'oyriauial.Penclitian tcntang pcll, ctaat QTL biasanya dilakukan unt k irelihat pengarLrh

genciis dari soaiu pcrbcdaar icluiipik auiar ciua popLliasi aiarrli aiau aliar dua spcsics yarrg

berbedr. D!n cirrr popuiasi. brasanya ciiialrrJ<an persijcngrn unrrrk rtrenghasrikan i'rblcr.\r

"It"N .[!r,b d\ Nrir pupL,d\r ulja^.,rii iii( j aiJi:

nrclakukan persilangan antar hibrid F'l uotuk ncnghasilkan populasi F2. Analisis QTLuJl_,r, uD,'^Lr djr pJr,d p\rplrdsj )dllts r'.LJU L,rr5cgrr'gasi iintSJi;t)a jtOilit .]S. i -l

unnlk neiihar iokasi QTL yang berperan ciaiam variasi sifar yang bcrbecia anrar popuinsLL,^*,,--1.;-^- ^r-r1.^+ --^^^^ .^^,4\ /.i^-,^t ,i^i.1ii.6+.\_ i^+-4wwal, !vrrLU,r ljirrruL,o!uu trira

tautan untuk pcreobaan pada tanaman dapat dilakukan dengan langkah-langkah scbagai

a) FcrrrbuaiarL popLLiasi uniuk pcrneiaa:o (nupping pctprliaii<.tn)

nirc"l.l,rn q,,ar,, n^n],l..ri .,.hrt ha."--.^n".i rt-naan i,r,il.r. <a)-1<n in,livi^,,

Tetua yang digunakan hams berbcda dalam salah satu atau bcberapa sifat yang dikaji.! Inh,l. 1.n.r,.h ---.,-.1.,,1. r4.,liai Li..rn..,^ .ri.-.-.1..- r.^nr,-.i.,,.1 /;,"7.,.-,A

scdailgkaii iiiiiLik iliir.i .ri iiiaiiyci'rrik siitrig tiigiii]aiari itiirii pais;inrtgajt iaiii,th.rr.r^.id^r d,n hr.l^i,t "r"- hn-^.;-^r \.4enr1rdr qr rh,l,n q^rdrrFn /l006\ nohitih,npopulasi dengao penanda yang sesuai sangat pcnting dalanr anaLisis QTL. I,cnrilihanra+,), ir,di h'-rc nl,,m; .Jrn .a.,r. -^n^1i. .,,t,,n h^rla^.I. ,,,\h,1, hi^rnhr.ilL,.,l

JdrB e!1nuB,vtsdn . pupur.ir N!!u' !'rdr'. edrN ulr utrd i ,. iiilsii

bo,-l:r't":ss, rccoli1hi!!,!n! lir?. a1lr-r ysng !:iin jLrg:r .Jisr:LLai!:n ,l, "gan pcr:rr.i.r ),a!gakan digunakan.Scbagai contoh pcnggutaan Rf,LP scbagai pcnanda kodoruinan akanl.hih h.nn^nf..t.l.noen nrcnrorrnaJran nonrlr<i f,2 \/.no (.no.t h.n/iriici i'(.or.o,eil

l.\ lr^..1;r'il.-..; -^t;...^-ti--.^

ldcntifiknsi pcnatrd^ [)NA r]ilakrrkan ltnflrk n)cnln.ilkkalt ncr.bcrlaln rntar lctl]rl

dcngan adanya penanda yang poiimorfik. Ekstraksi DNA Car.i kedua tetlra dan

kelrqrrran yaog birscgrcgnsi (njsaLlyr F2) cliLaklrkan dari tian irdividrr dalarl.rn^nll..l ..lrh ,-lilrni,.+L"-,1^--.- c"t.h .ah. -.^f^.t- ,tnh,t- $^rih.r,,,nr-.t^ -.^r-11'l.ri'"-'.'-,.,",'^-,',(RFLP RAPD. AFLR dII).

c) Analisis tautan (lirtkage anaht.gi.s)

I)ata untuk tiap pcnanda DNA dibcri kodc ultuk tiap individu clan djlakukirn!nali<;< frliA, nrenoornalrqn nrncranr L'nnrnrrrnr T',,1.h rnr,r h.h.n,-J, hi.(rhv. ,Ji,,L-r,r

dcngan 'odds ratio'yang. dicksorcsikan d^l^fi laset.ithtll ol odtls (LOD ) atau LOI)value. Program konputcr yang biasa digrnakan adalah MtpMakcr/LlXp dlnMaoMauager OTX. Contoh dari konstruksi Dcta tautan daDat dilihat Dada ranrbar l.

Te(lalrat dr!a !-ic!1clck11r!1 drhlrt Dqtlbllttlrli n.i. ncnrn.li v^no n.rrlrrnr rd,rlihdengan asurlsi bahwa rckombinasi yang tefadi akar nren]pcngaruiri rckontbinasi laindalant dacrah yang bcrdckatan. Pcndekxtan ini digunakan dalanr ltlctodc Ko.r.?rrl5/

Mapping Function Pcndekatan kcdua. bcrdasalkan pada asu:rsi bahrva tid.rk ada

hubunsan antar kcjadian rekombinasi ata:rr cnssino ovet-. Metodc jni clistrnakan dalarilHaldane Mapping I'inction.

Page 8: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

iaiaiiiiia C l{/ Aiialiiis QTL dexgati ...

Mappi'rA poFrrt.rion

I

f)N/\ cxtracrions zrn(t I,CRI

Mrpl)ing prosEnl

l

Gambar 1. Pcnlbuatan pcta tautan bcrdasar populasi IllL (t.econbinant hbred lint). Tctta['l dcngan kodc'A'dan tetua P2 dcngan kodc'B'. pcta ttlrtiin ini disusun dcngan prograntMapManagcr QTX rDeDggurakarr llaldanc rnapping furlction (Manly r:l al.. 2001 cit.Collard el a/., 2005)

5. Anslisis QTLAnalisis QTL dilakukal dcngan pcndckatan untuk ntclakukan korclnsi antar.a

keragarnan genotis untuk suatu sifat dengan daerah gcnoln yang potilnortik ciari hasilidcntifikasi penanda molclflrler. Sepcrti pengcrtian gen olcb Mcndel, dcrrjat scgrcgasi genpada lokus yang berbeda mcnunjukkan jarak gcnetis antar lokus, pada aralisis dcngandasar h.hrm Mcndel, h'bln3an antarr fcnotipc dan gcnotipc adalarr sccara langsLrng antrrsrtlr dcngar yang lain, schingga lcbih mudah uotrrk nrcnyLrsLrn pcta gcn bc.d.sasarkantiekucnsi rakonbi'lasi, untuk sitarsitat kuantltatit, nlctodc tcrscbut tidak bisa cirgunakankarcna fcnotipc yang ntuncul adalah produk dari bcbcrapa gcn dar lingkLrnlan. Variasifcnotipc yang ruuncul hanya ntcmbcrikan scbagian infor.nrasi yang diinglnkln schingcapcrlu ntctodc statistil( untuk ntendapat inl.onltasi tanibahan rucngcnai hutrungan eTLdcngan pc.lrnda (Acquurh. 2rlu /).

Banyak rretodc yang talah dikcmbangkan untuk pcl.netaan eTL (l looschclc e1 al.l99l; Lynch dan Waish 1998 cll. Wu et ai., 20Ot). jvlerodc-lnetodc rcrsebur ciapardikelonrpokkan mcnjadi uji-t, analisis varian, least-,square analvsis (LS), marinlLtnliikeiihooci anaiysis (ML), dan riL.lesian anailsis. perbeciaon aurar rDetocic rcrsebut adaialrpada cara pcrhitungan. cfisicnsi dalam hat pcngautbilan data, flcksibilitas clalarrpengananan <iata yang beragam cian kcrnarnpuan untuk ntclnctakfln ocbcnpa eTt_

24

Page 9: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

|'re,si,litig Sti;tiatt ii'i.;i,tii,il itt;,lilil;,iii ilii!i;,,q;.itiii Biiil.)EiJudik Biologi f MlP11, Uni\lersitat Negeri yogyalafla, 20 Oktabo 2012

sekaligus, Metode I S sangat sederhana dan cfisien tetapi terbatas pada beberapa rancanganpcrsilangan. Metode ML lebih sering digunakan pada pcrsitangan dengan control atausilsilah (pedigree) yang berstruktur.

Dari berbagai metode yang digunakan diatas, secara umr.rm dapat dibagi menjaditiga macam analisis yaits: single marker analysis, simple interval mapping, dan compositeinlet"vai mappmg. Untuk anaiisis singie-marker, tidak ciibunrhkan peta gcnctis darlperhiflingan dilakukan berdasar rerata dan varian dari tiap kclas genotipe. Analisis.slzgle-morker merupakan pendaherluan dalam rangka pemetaan yang iebih lanjut untuk detckiQTL di dalam genom (Routman dan Cheverud, 1997 cit. W\ et al. 2007). Cara yang

sederhana <ialam mengiCenrifikasi QTL adalah membanciingkan kcias pcnancia yang

bersifat homosigot dengan lokus penanda, Cara tersebut membandingkan nilai romta untuksuatu sifat ciari keias yang bcrbccia untuk tiap lokus pcnancia ciaiam bcntuk anaiisis variansatu tallor atau ANOVA (Analysis oJ Variance). Selain ANOVA, dapat digunakan nji-t,regresi iinear, dan ntaximum iikeiihooti esiimaie, Acianya hubungan yang signifikan aniarapenanda dengan QTL menunjukkan kemungkinan Letak QTL yang berdekatan denganpenancia tctapi iiCak pada sisi kanan atau kiri pcnancia (hcquaah,200?). iicgrcsi iiniu..jugadapat digunakao karcna nllar kouirsrcn detcmltnasl (Rr) ll]cnul]JukkJn vanasl fcnotrplkakiilat QTL yai]g 'DL'iiaLriari deiigaii peiiaiitia. iiasii eiari single nurier unullti,tmenunjukkan k.o,l)osonl (jika diketahui) atan linkage gi?tlp yang nengandung penanda

QTL, uiiai pori.:a'r.:iiiltrr, tiiu perselias rr:varirisi fulolipik yaug dlviaslau oieli QTL (*).Metoae inter"vai mapping aaaiin metocie iain ciaiam pemetaan QTL. Hipotesis

yang digrinaiian adalah bahr,a QTL berada di tcagah d',ta lo'*is penanda .tang 5iiiauian.Analisis statistik dilakukan dengan program-program komput$ seperti MapMaker yangur^crru('rts^dr s^. rdvqUddI..vu//. 'vicioija iit: Oa'ilai niDiEi iticniaijisinlpie iniet"vai mapping (Slivr) dan composirc iruervai ruapping (CiM). iiacia Siivi.digrnakan peta tautan dan analisis intcrval antar penanda yang bertl u1 dan berciekatan,

sccam bersamaan. Sedanckan rada ClM. dieunakan rcgrcsi linicr dan pcnanda gcnctis

tambahan selain pcnanda yang berdekatan seperti pada SIM (Col1ard el a/., 2005),

6

4

0----,,,..01020304050

Gambar 2. Diagim output untuk profil LOD suatLl lcomosom dengan garis putus-putus pada LOD score = 3 sebagai batas signifikan. l-lasil nenunjnkkan bahrva posisi

QTLkenungkinan berada diantara Q dan R.

Page 10: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

ulL rittiNttj ,.,

6. Manfaat Analisis QTLManfaat analisjs QTL dapat dibagi lrrcniadi dua nranfaat yang komplcn.renter yaitu

fundamental dan apiikatif (Prioul e/ al. 199'7 cit. yin et al., 2003). Contoh manfaatfundamental adalah dalam bidane fisiolosi dinrana erl- ditcliti untuk nrelihat kort busikomponcn fisiologis tcrhadap sifat sccara mako. Dengan analisis eTL dapat dilihathubungan altar kontponcn fisiologis yang secara konvcnsional akan sulit clihkukan.Manfaat yang kedua sangat beraganr, mulai dari bidang pemuliaan tanautau atau hewan.ekologi. mauDun evolusi,

Dalan.r bidang fisiologi pen.rbungaan tclah dilakr.rkan pcnelitian nengcnaihubnngan QTL dengan waktu pembungaan pada Brassica oleracea. popvlasi yangdigunakan adalah popualsi doubled haploid (DH), yang nerupakan populasi honlosigot.Metodc analisis yang digunakan adalah siagle ntarker dan interval ntappin,q. l-lasiL yangdipcroleh mcm,njukkan urinimal cnant QTL yang bcrpengarlh tcrhadap waktupenibuugaan. Diteliukan lokus gcn co yaug ntcngliasilkan produk yallg u]eltgltantbaipcrnbnngaan (Bohu an et al.,1998).

Dalarn bidang pernuliaan (breccling) tananrar) ttrauplul hcwarr, pcnanila n)olckulo.telah digunakan dalam bebcrapa cara untuk mcntbuat proses pcnruliaan icbjh cfisicn.Ivlauiaat clari pclrggulaarl pcuauda dart riralisis QTL tiapat diliri.uiial urriuk perrrgiiaanbidang pertani.u maupun petenakan. Mctode MAS (marker-assisted selecllor) digunakanuntuk selcksi siiat yang ditiuga dipcngarui banyak gcn. pcnggunaan iviAS hurus cicnganpertimbangan tanalDan atau hewan tcntak serta ntetodc seLcksi yang digunakau.P.riiirbangar bi^ya proses pemirliaan yang bisa lebih rendab iian walftr yang lcL-,ih sii-,g',<r,t

nlcnlbuat MAS sangat bcnlrlntrat bagi scktor ini (AcqLriuh. 2007). Scbagri conloh nilulirlrpcngclirbar:gau pc[anda ON-A rintuli sifat tai]ai'r kciilg pada iai]aiilali iclt (Niisiirir ciau Scii-Mandi,2004) dan tanarran soighum (Kuswancii, 2009). pcneiitian Mishra cian Scn-Niuncii(20c4) mcnrnjukkan bahwa nrcnggunakan iirctodc riApD ii.rp.rt diidcntir.ikasi pcnair.ranrlckuler yang bcrkaitan dcngan aktivitas cnzim yang bckcfia saat tanar;rn daLan ko.disi kekcrirgan. i'letode an;lrsis yang dig.ranakan adalih siiiglc-iraikci dengan icgic:ii .!ir.rt krrsncrnukan hubungun arit|ra vi,riabol tiepcricir:rr ( kiivit s onzirD) dcrrgun vdrlubclindcpenden (pita hasil IL{PD). Lla3ir i,ang scnrp0 ditcr''Lrrian oleh Kus.,yanci (2009).!crs0rtananan sorghurr. sifat tahan kekcringan pada sorghurn juga dapat dildentfifikasi denganpcnanda nolckuler rnengg,rnakan teknil< RApD dan anillisis rcgrcsi Lratull mcnuljliklarkcragaDan fcroiipc iananali tahi,,] kc.ir'rg dan iidak yaLrg bcrkolciisi tlcngal Licbciiipa pitahasil RAPD.

Dalam bidang petemakan, analisis eTL dapat dilaLlkan untr* rnclihat gcn-gen

;rng bcrpcngartl: rcrhrdrp sifir-.,if:r kLrcnlit:tif icp.rli icn*'::::l:.:r. I,crrt. J,:: .if:r .-rr)-ang psniing sccara ckonoriis. Bccvcr r/ a/. (1990) rnciicliti litLbungan aninio i,cnairilagenetis dengan sifat pertumbuhar dan carcass parla farnili half-sib sapi llasil yangdiperoleh mcnunjukkan bahwa secara ckonomis akan rcbih rnengrtnhlngkan urclakukananalisls QTI ittrttrk $cnc!iti sifat.arc€-!-e da pada pcllulllblrhan,,A"kan tctal,rj pcnget:blanmcngcnai QTL sifat pcftrnnblhan dapat digunakan ..nrtrl( iiloning gcu_gcl pcrlunrb,.rhrirdan rnclihaf das:rr gcnctjs scr-fa fisiologis sif'rl,sifirt pcrtlrnrhlrlrrn l.rnclr srpi r1;rrr rr:rnaklainnya.

Manfa,lt tcknolegi ntolckLr !cr.jugit tclah dirrs:r!an cb!.rlu Lridrng bi,.rlogi. kh!!slrs!t)/ilkonscnasi. ts!bcrapr r'.-tc{lc pclance rnclckulel telah digunakan unt."lk iccrtifilixsi tct'ra,

Page 11: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

,,, a, r, 0,.,i [i "]'i i,t',u::":, I X::; " ; ;';: *; ;:, :"' " ;x' ;i::;:, ",i ; i ;

ISBN ; 973-602 95166_l_6

hubungan kekcrabatan, identifikasi individrL-individu dalam populasi. dan pcnandr yangpupuiasi-spesifii< (ilaig, i99il). iviaridai iairi p€lggulaar pe!irlda rrroi€kojvr acitriair rjaiarugcnetiJ<a konservasi (.Wan el a1.,2004) yaitu dengan focus pada pengaruh struhr genetls

ieriraciap kcberiangsulgarr hiciup suair.r sposies. Fetralda yau11 liigulakan, baik iiLr bcrLrpu

nri'(rosateirt. rnciisis nrlDNA atau yang iain. axan sanpilt lc-ganrunp pacia trrjrrar anairsis

)drrE r^drr ru,"u,r. PUpu,d5i )aig ia:i-,llii' pii:.]n L:jid ljdmcmiliki tingkat homosigositas yang tinggi schingga tidak bisa ncnggunakan penancia

ririklosaieli kal iita.jrrLitiait ,",k'osaieiit daiaii't geiioii-r popiilasi ieisg'oLli sailgiii ieitd.lLt.

Daiam bidang keschatan, anaiisis QTL juga teiah ciiiai.-r.rkan, rDisrinya ciriam-^-^ll+l^- +^-+^-^ uI\/ D^-^1:+i^n --lit^t-,,r-^- ;^h,^- n"^-^)-^-.+q,t--: ...^,t^l ,^.^+^*^+i-Lrjjj6i\irr; ri iinr i

untuk mengidcntifikasi QTL -r'ang berperan dalaur serangan vims HIV di dalanr tubuh,.'^-- ^^4.--,ab urpvrurlr L'r!".1a'diir Llrdp', iiaii ijaJii parrlrrridj, Liij ei tji.

(2003), diporoich QTi- Lrl'Luk pclkcrnbangau virus icrscbLri dar isriiirai adarya pcrLgaruir.^i.14,i. A.n liql.^^- 4n-..,t111,--,nr dxii n'rl D^halirirn lal\ih lani,!i .liljori6t/4n /l.nart! rrJ ir i!r utint(Pr\dri u;P;l

membantu dalatn mencari altematiftcrapi untuk penderita AIDS.

KeJirarpiiiaii iiari Sar'ariRrn\'r!, cicrr L ""-iir"rif -",1" nr.L,hl,,l, hi/,',a .i n.rrn n.hiinn hr;!

secara alami (biologis) atau ber'l'tanfaat bagi manusia secara ekononris. Sifat-silatLa,r.ri,.,if,,..,^ .li,l .o. AIV^^l^t;U!, ^l^t, h.(.-.n. ,.^,r c,,lj, ,,,r,!,1. ,1,,^t,r, .^..","

u!|6d,r 'rdlJa pL|d,i!,d iiiiiioiogi; saia. ivjcioocterbai',r ildala!'! ds!!qalr lrlclihat ncnqnrrrh l.lil t;rn d.n.r,,, l,rt-r(,l.norn rnrli<i< Ol'lyang nrcnggunakan penanda nrolckulcr atau DNA. Pcrbcdaan sckucn DNA dapat1!!e j'Irbealal<1n srt! irrli-,jdrr rlcnqan varq !ain qehiroor drnat dio,rqLrn rrnf,rl.- tr1.n1Fr'L.trl^l^,c -^,- ^^---,,1^li ";fa+ .ia.+ I-..-+i+^+i€ q,,n-^+ -.,--^r,.1-t^,,i ---l;^;- r]-r -L,t^L ^,1--.,-u1. uJLnn!-e)id!dr sd,riij J;iiijj!i; ! L !.u!td1' ogni,jd .

(l) sifat atall fcnotipc yang akan diamati, (2) penandn polirrrorfik. dan (3) sirrrktrrr oenetis

dad suatu populasi. Analisrs statistik yang digLrnakan dapat scdcrhana bcrupa.rlrglc,norker onol)tsis atarr [lcrgr4 intcrval antan pcrrr!'tda dan lokLts sifat Kcgrlrrrn arrrlisisr.)l'I .a-'.r Jur.'^61 tr,rlr;.1.r; il'11r,.1^..!. ki^t^-i ."-,-.,; .l^,,.,", it,.1,,;t-.,, t^""-r-r:!iia:r:L _....-.

sepefii pcrtanian. Detcmakan. drrn kcdqktctan. Maofaat QTL dilDat lnclrbanhl konscnasisumber daya alam dunia, ll,cilingkatkan prodtLksi tanarnan atau tcntak untuk kctahananpangan nanusia dan sebagai alat idcntifikasi Dcnvakit pada ntarrusia atau ntakhlrrk hiduplrin <ahinoaa d..^i dil^niItL.ai drlqn nnnnlrtian nehc^l\Arrn n.hv^L.ii r.r<.h,,f

'l:::j

J:.': :.::.''..'

Manfaat analisis OTL utuk sifat-sifat klrantitatif dalanr bcrbagai bidanc rnasihdapat dicksplorasi lcbih lanir-it dan dlaplikasikan daLarlr bcrbagai bidang di Indoncsia.I(ckavaan aiaru Indoncsia clan Dcntingllyil kclahanan Dlnritn unllr( ucnclrrrlLrk lnrloncsialtasib rnqncrhrlraa lcbib ball,ak !5alr d11 dalr lr|1., mfrlinot.rl-ir pcrrr:Liriar ilcngrrtpcndckatan QTL.

Daftar PustakaAcqlraah- G 200'/. Princinler of Plant Geneti.r and Braetling,. Illackwcll prrblishin1I Lrd. Oxford

llal 250-251

Bccvcr, J..E., l'.D.Ccorgc, R.L.Fcfl)ando, C..1,Stonl)olrt, chn Il.A.Lcrvin. 1990. AssociatioDsLletween Genatic Markers and Growth and Carcass Traits In A I'atemal Ilalf-Sib IranrityofAngu$ Ca11le. ./oronal tt Aninal Science. 6E : 337 -344.

Page 12: Analisis QTL dengan Penanda Molekuler sebagai Metode Kajian

Futdiii;iu C K/'liiulitis Q?L cienguii .,..:

Bohuon, E.J.R., L.D.Ramsay, J.A.Craft, A.E.Arthur, D.F.Marshall. D.J.Lydiate , dan M.J.t(earsey.1998. The Association of Flowering Time Quantitative Trait Loci with DuplicatedRegions and Candidate Loci in -Brasrlca oleraceae. Genetics. I50t 393 - 401.

Collard. B.C.Y. M.Z.Z.Jahufer. J.B.Brourvcr. dan E.C.K. Pans. 2004. An Introduction To Markcrs.

Quantitativc Trait Loci (QTL) Mapping and Marker-Assisred Selection for CropIruprovement : the Basic Concepts. Euphytica 142 : 169 - 196

Falconer, F.S. 198. Intrcduction To Quantitative Cenetics. Longnan. London. Hal. 94-97Gupta, PK. 2002. Molecular Markers and OTL Analvsis in CroD Plants. Current Science. 83 (2) :

I l3- 114

Haig. S,.'vi. i993. i"iuie.uia Cuniri'uuticrus Tu Cuoscr vaiiurr. Er c,1o,gv. iq i2) . 4\i - 425Kearsy, M.J., dan Il.S. Pooni. 1996. The Genetical Analysis ol QLtantitatiye Ii?l/J. Chaprnan and

Fiaii. Lumion.

Kuswandi, P.C.200i. Identtliicasi Penanda MPD yang lArpaut ciengan Sr1'at tahan KermgDutt unt. r|entn. rru$d[r rdbldidr.Jdija rcitairilri. UtuveLSiIaS \]acjaj:L iviaoa.

Yogyakarta.

Luu. z-.!v. uirrr lvr.J. :lsdrssy. rryz. rlrrElvdr ltrapprilg ur Vitaiiiii:rii1'; ji.1ii Lu(r iir Ai_r i_Popuiation. iiercciity. o9 : 236 - 242u J-- c i,u,jiiuts u'ju ijar(iu;jii)(-{ji oi iji.\^ .\iiiiiiaiAssociated With Droughr Tolerance ln Tea Clones Growing ln Darjeeling. Current

t'v./.uv-uv,Staub, .i,E., F.C.Serquen, and ivi. Gupia. i996. Genciic iviarkers, iviap Consiruciion, anci Tireir

d$lbqr!or ir Irlrnl Q-..,ri-- u^r''<:-i.v.- 1l /s\ ' _71o-- ?ro

Wan, Q., ll.Wri, T.Fujihara, dan S. Fang.2004. Which Genetic Marker for Which Conscrvation

^^n^1i^. r. r-.,- 6.l-^h"^^L^-^-)-

YYU, rL) \- , rvrar uall \J, \-asturra, zvvl, DIl SucuL Qeneitct oj vLtunitiuitve itutLs. Jpilrjggi Scletre,NerY York.

Yin, X., Pstam, M,J.CKropff, dar A.H.M.C.Schapendonk. 2003. Crop Modelling, QTL Mapping:nd I-heir Ccmplcncnlrl P.ol3 i:': tlcnL Ereedirg..4gtcnct:1 -It:t:.t:a! 95 : 90 qY

CahPti.a V^l lr1fl-t\. r5-1?

Zhu, I W.Hou dan R. Wu.2003. A Llaplotype Block Model for Fine Mapping of euantitative Traitl^.i R^o,l,rino lllV-l palhoq.nesi( !o'!rnnl ^t 7'h..lati.^t A,,tp/li.i,,o s rl-4r ))? -234

7.idenoa, T. ),i04, DNA-ha.rad M,'tholls in ,Sn"r.h ,fl Div^it.\t ,\rurJier onrJ lt'lDrnvpmpntwww. isb.vt, cd u, Dinkscs trnggal 3 lrabrurri 2005.

F M l t'A {.l l'.i Y