ANALISIS PREVALENSI WSSV (White Spot Syndrome Virus) .ANALISIS PREVALENSI WSSV (White Spot Syndrome

  • View
    216

  • Download
    0

Embed Size (px)

Text of ANALISIS PREVALENSI WSSV (White Spot Syndrome Virus) .ANALISIS PREVALENSI WSSV (White Spot Syndrome

ANALISIS PREVALENSI WSSV (White Spot Syndrome Virus) PADA

UDANG VANNAME (Litopanaeus vannamei) DI AREA PERTAMBAKAN

KECAMATAN KENDIT SITUBONDO DENGAN METODE PCR

(Polymerase Chain Reaction)

SKRIPSI

Untuk Memenuhi Persyaratan

Memperoleh Gelar Sarjana

FITRIA KURNIAWATI

NIM: 201410260311085

JURUSAN PERIKANAN

FAKULTAS PERTANIAN PETERNAKAN

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG

2018

iv

v

vi

KATA PENGANTAR

Assalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh

Alhamdulillahirabbilalamin, rasa syukur kami panjatkan kehadirat Allah

SWT, atas berkah dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan penyusunan

laporan penelitian yang berjudul Analisis Prevalensi WSSV (White spot syndrome

virus) pada Udang Vanname (Litopanaeus vannamei) di Area Pertambakan

Kecamatan Kendit Situbondo Dengan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction)

ini dengan lancar.

Tujuan penulisan laporan penelitian ini adalah dalam rangka menyelesaikan

rangkaian tugas akhir guna memenuhi persyaratan untuk memperoleh gelar sarjana

di Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.

Sehubungan dengan semua itu, maka pada kesempatan ini penulis

mengucapkan penghargaan dan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada:

1. Bapak Dr. Ir. David Hermawan MP. IPM. Selaku Dekan Fakultas Pertanian - Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang

2. Bapak Ganjar Adhywirawan, S. S.Pi. MP. Selaku Ketua Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.

3. Bapak Riza Rahman Hakim, S.Pi. M.Sc Selaku Pembimbing Utama dan Bapak Ganjar Adhywirawan S. S.Pi, M.Si Selaku Pembimbing Pendamping

yang senantiasa meluangkan waktu untuk membimbing dari awal pengajuan

hingga terselesaikannya penyusunan laporan skripsi.

4. Segenap jajaran BPBAP Situbondo yang telah memberikan fasilitas, arahan dan tempat sehingga penelitian ini berjalan dengan lancar.

5. Bapak Jati Waluya A.Pi Selaku pembimbing lapang di Laboratorium Kesehatan Ikan dan Lingkungan BPBAP Situbondo.

6. Rasa hormat dan sayang kepada kedua Orang tua, Kakak-kakak, dan Adik yang telah memberikan semangat, motivasi, dorongan dan doa yang tulus

hingga penulis dapat menggapai cita-cita.

7. Sahabat-sahabat penulis terkasih Titik Fauziati dan Ika Mukharomi yang selalu memberikan kritikan, saran, semangat, dukungan sehingga

terselesaikannya laporan skripsi ini.

Demikianlah, mudah-mudahan semua ini dapat bermanfaat khususnya bagi

penulis untuk jalan meretas kehidupan dan masa depan yang lebih baik dan penuh

harap atas ridho Allah SWT. Aamiin. Selanjutnya selama 4 tahun ini menempuh

pendidikan di Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian - Peternakan Universitas

Muhammadiyah Malang, apabila ada kekurangan dan kesalahan penulis

menyampaikan mohon maaf yang sebesar-besarnya dan berharap semoga

kedepannya lebih baik lagi. Demikianlah atas perhatiannya disampaikan

terimakasih.

Wassalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh

Malang,... Juni 2018

Fitria Kurniawati

vii

DAFTAR ISI

COVER

HALAMAN PERSETUJUAN ............................................................................. ii

RINGKASAN ....................................................................................................... iv

SUMMARY ........................................................................................................... v

KATA PENGANTAR .......................................................................................... vi

DAFTAR ISI ........................................................................................................ vii

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ ix

DAFTAR TABEL ................................................................................................. x

DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ xi

1 PENDAHULUAN ............................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ............................................................................................... 1

1.2 Rumusan Masalah .......................................................................................... 3

1.3 Tujuan ............................................................................................................ 3

1.4 Manfaat .......................................................................................................... 4

I TINJAUAN PUSTAKA ..................................................................................... 5

2.1 Klasifikasi dan Morfologi Udang Vanname ................................................. 5

2.2 Sifat Biologis ................................................................................................. 6

2.3 Habitat dan siklus Hidup ............................................................................... 8

2.4 Virus WSSV ................................................................................................ 11

2.4.1 Biologi WSSV ...................................................................................... 11

2.4.2 Perkembangbiakan Virus ...................................................................... 13

2.4.3 Lingkungan Hidup ................................................................................ 14

2.6 Diagnosa Penyakit Virus ............................................................................. 15

2.7 Metode Identifikasi Virus ............................................................................ 17

2.7.1 Koleksi Sampel ..................................................................................... 17

2.7.2 Isolasi DNA .......................................................................................... 17

2.7.3 Amplifikasi PCR ................................................................................... 18

2.7.4 Uji Kualitatif dan Kuantitatif DNA ...................................................... 19

2.8 Prevalensi ..................................................................................................... 21

viii

2.9 Penelitian Tentang WSSV pada udang Vanname ....................................... 22

III METODOLOGI PENELITIAN .................................................................. 23

3.1 Waktu dan Tempat ...................................................................................... 23

3.2 Alat dan Bahan ............................................................................................ 23

3.2.1 Alat........................................................................................................ 23

3.2.2 Bahan .................................................................................................... 24

3.3 Metode Penelitian ........................................................................................ 25

3.4 Populasi dan Sampel ................................................................................... 25

3.5 Instrumen Penelitian .................................................................................... 27

3.6 Prosedur Penelitian ...................................................................................... 28

3.6.1 Ekstraksi DNA ...................................................................................... 28

3.6.2 Amplifikasi DNA .................................................................................. 29

3.6.3 Elektroforesis ........................................................................................ 30

IV HASIL DAN PEMBAHASAN ...................................................................... 33

4.1 Polymerase Chain Reaction (PCR) ............................................................. 33

4.1.1 Ekstraksi................................................................................................ 34

4.1.2 Amplifikasi ........................................................................................... 36

4.1.3 Elektroforesis ........................................................................................ 41

4.1.4 Visualisasi DNA ................................................................................... 42

4.2 Hasil Deteksi WSSV.................................................................................... 44

4.3 Prevalensi ..................................................................................................... 48

4.4 Gejala Klinis ................................................................................................ 50

V PENUTUP ........................................................................................................ 53

5.1 Kesimpulan .................................................................................................. 53

5.2 Saran ............................................................................................................ 53

DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 55

LAMPIRAN

ix

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman