Upload
dinhkhuong
View
227
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
ANALISIS PREVALENSI WSSV (White Spot Syndrome Virus) PADA
UDANG VANNAME (Litopanaeus vannamei) DI AREA PERTAMBAKAN
KECAMATAN KENDIT SITUBONDO DENGAN METODE PCR
(Polymerase Chain Reaction)
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana
FITRIA KURNIAWATI
NIM: 201410260311085
JURUSAN PERIKANAN
FAKULTAS PERTANIAN – PETERNAKAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG
2018
vi
KATA PENGANTAR
Assalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh
Alhamdulillahirabbil’alamin, rasa syukur kami panjatkan kehadirat Allah
SWT, atas berkah dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan penyusunan
laporan penelitian yang berjudul “Analisis Prevalensi WSSV (White spot syndrome
virus) pada Udang Vanname (Litopanaeus vannamei) di Area Pertambakan
Kecamatan Kendit Situbondo Dengan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction)”
ini dengan lancar.
Tujuan penulisan laporan penelitian ini adalah dalam rangka menyelesaikan
rangkaian tugas akhir guna memenuhi persyaratan untuk memperoleh gelar sarjana
di Fakultas Pertanian – Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.
Sehubungan dengan semua itu, maka pada kesempatan ini penulis
mengucapkan penghargaan dan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada:
1. Bapak Dr. Ir. David Hermawan MP. IPM. Selaku Dekan Fakultas Pertanian
- Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang
2. Bapak Ganjar Adhywirawan, S. S.Pi. MP. Selaku Ketua Jurusan Perikanan
Fakultas Pertanian – Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.
3. Bapak Riza Rahman Hakim, S.Pi. M.Sc Selaku Pembimbing Utama dan
Bapak Ganjar Adhywirawan S. S.Pi, M.Si Selaku Pembimbing Pendamping
yang senantiasa meluangkan waktu untuk membimbing dari awal pengajuan
hingga terselesaikannya penyusunan laporan skripsi.
4. Segenap jajaran BPBAP Situbondo yang telah memberikan fasilitas, arahan
dan tempat sehingga penelitian ini berjalan dengan lancar.
5. Bapak Jati Waluya A.Pi Selaku pembimbing lapang di Laboratorium
Kesehatan Ikan dan Lingkungan BPBAP Situbondo.
6. Rasa hormat dan sayang kepada kedua Orang tua, Kakak-kakak, dan Adik
yang telah memberikan semangat, motivasi, dorongan dan doa yang tulus
hingga penulis dapat menggapai cita-cita.
7. Sahabat-sahabat penulis terkasih Titik Fauziati dan Ika Mukharomi yang
selalu memberikan kritikan, saran, semangat, dukungan sehingga
terselesaikannya laporan skripsi ini.
Demikianlah, mudah-mudahan semua ini dapat bermanfaat khususnya bagi
penulis untuk jalan meretas kehidupan dan masa depan yang lebih baik dan penuh
harap atas ridho Allah SWT. Aamiin. Selanjutnya selama 4 tahun ini menempuh
pendidikan di Jurusan Perikanan Fakultas Pertanian - Peternakan Universitas
Muhammadiyah Malang, apabila ada kekurangan dan kesalahan penulis
menyampaikan mohon maaf yang sebesar-besarnya dan berharap semoga
kedepannya lebih baik lagi. Demikianlah atas perhatiannya disampaikan
terimakasih.
Wassalamualaikum Warahmatullahi Wabarakatuh
Malang,... Juni 2018
Fitria Kurniawati
vii
DAFTAR ISI
COVER
HALAMAN PERSETUJUAN ............................................................................. ii
RINGKASAN ....................................................................................................... iv
SUMMARY ........................................................................................................... v
KATA PENGANTAR .......................................................................................... vi
DAFTAR ISI ........................................................................................................ vii
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ ix
DAFTAR TABEL ................................................................................................. x
DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ xi
1 PENDAHULUAN ............................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang ............................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah .......................................................................................... 3
1.3 Tujuan ............................................................................................................ 3
1.4 Manfaat .......................................................................................................... 4
I TINJAUAN PUSTAKA ..................................................................................... 5
2.1 Klasifikasi dan Morfologi Udang Vanname ................................................. 5
2.2 Sifat Biologis ................................................................................................. 6
2.3 Habitat dan siklus Hidup ............................................................................... 8
2.4 Virus WSSV ................................................................................................ 11
2.4.1 Biologi WSSV ...................................................................................... 11
2.4.2 Perkembangbiakan Virus ...................................................................... 13
2.4.3 Lingkungan Hidup ................................................................................ 14
2.6 Diagnosa Penyakit Virus ............................................................................. 15
2.7 Metode Identifikasi Virus ............................................................................ 17
2.7.1 Koleksi Sampel ..................................................................................... 17
2.7.2 Isolasi DNA .......................................................................................... 17
2.7.3 Amplifikasi PCR ................................................................................... 18
2.7.4 Uji Kualitatif dan Kuantitatif DNA ...................................................... 19
2.8 Prevalensi ..................................................................................................... 21
viii
2.9 Penelitian Tentang WSSV pada udang Vanname ....................................... 22
III METODOLOGI PENELITIAN .................................................................. 23
3.1 Waktu dan Tempat ...................................................................................... 23
3.2 Alat dan Bahan ............................................................................................ 23
3.2.1 Alat........................................................................................................ 23
3.2.2 Bahan .................................................................................................... 24
3.3 Metode Penelitian ........................................................................................ 25
3.4 Populasi dan Sampel ................................................................................... 25
3.5 Instrumen Penelitian .................................................................................... 27
3.6 Prosedur Penelitian ...................................................................................... 28
3.6.1 Ekstraksi DNA ...................................................................................... 28
3.6.2 Amplifikasi DNA .................................................................................. 29
3.6.3 Elektroforesis ........................................................................................ 30
IV HASIL DAN PEMBAHASAN ...................................................................... 33
4.1 Polymerase Chain Reaction (PCR) ............................................................. 33
4.1.1 Ekstraksi................................................................................................ 34
4.1.2 Amplifikasi ........................................................................................... 36
4.1.3 Elektroforesis ........................................................................................ 41
4.1.4 Visualisasi DNA ................................................................................... 42
4.2 Hasil Deteksi WSSV.................................................................................... 44
4.3 Prevalensi ..................................................................................................... 48
4.4 Gejala Klinis ................................................................................................ 50
V PENUTUP ........................................................................................................ 53
5.1 Kesimpulan .................................................................................................. 53
5.2 Saran ............................................................................................................ 53
DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 55
LAMPIRAN
ix
DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1. Morfologi Udang Vanname ............................................................................. 6
2. Siklus hidup udang .......................................................................................... 10
3. WSSV pada udang ......................................................................................... 11
4. Biologi WSSV ................................................................................................ 12
5. Skema pemeriksaan virus .............................................................................. 28
6. Sampel hasil sentrifugasi ............................................................................... 35
7. Thermalcycler ................................................................................................ 37
8. Proses Elektroforesis ...................................................................................... 42
9. UV Transiluminator ....................................................................................... 42
10. Hasil pengujian .............................................................................................. 43
11. Hasil uji udang vanname ................................................................................ 47
12. Contoh hasil uji positif ................................................................................... 48
13. Sampel udang vanname ................................................................................. 51
14. Udang terinfeksi WSSV ................................................................................. 52
x
DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
1. Alat dan Kegunaan ......................................................................................... 23
2. Bahan dan Kegunaan ..................................................................................... 24
3. Komposisi Larutan PCR ................................................................................. 30
4. Komposisi PCR .............................................................................................. 36
5. Jumlah sampel uji ........................................................................................... 44
xi
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran Halaman
1. Laporan Hasil Uji ............................................................................................ 58
2. Surat keterangan .............................................................................................. 62
3. Dokumentasi kegiatan ..................................................................................... 63
4. Surat Pernyataan .............................................................................................. 66
55
DAFTAR PUSTAKA
Afsharnasab, M.,R. Mortezaei, V. Yegane, B. Kazemi. 2009. Gross Sign,
Histophatology and Polymerase Chain Reaction Observation of White Spot
Syndrome Virus in Shrimp Specific Phatogen Free Litopanaeus vannamei
in Iran. Asian Journal of Animal and Veterinary Advances 4 (6): 297-305
Atabaki. M.A, Sri Widyarti, dan Yuni Kilawati, 2015. Dampak stres salinitas
terhadap prevalensi WSSV pada udang vanname. Research Journal Of Life
Science. Volume 02 No 01.
Avault, J.W,.1996. Fundamental of Aquaculture a Step by Step Guide to Comercial
Aquaculture. AVA Publishing. Baton Rouge. USA.
BPBAP Situbondo. 2013. Pembenihan Udang Vannamei. Standarisasi dan
Informasi. Situbondo
Balai Uji Standar Karanina Ikan. 2011. Pemeriksaan parasit pada ikan hidup.
Laboratorium Parasitologi Balai Uji Standar Karantina Ikan. Jakarta
Bettelheim, F. A dan Landesberg, J. M. 2007. Laboratory Experiments for General,
Organic, and Biochemistry. 6 th edition. Chaput, J.C. ISBN-13:
9780495015048.
Corteel, M. 2013. WSSV infection in p.vannamei and M.rosen bergil: experimental
atudiea on auaceptibility to infection and deases.Theaia Belgium. Ghent
University
Fachtiyah. M. 2011. Immunostimulan pada hewan akuatik. Jurnal Akuakultur
Indonesia 1(2). Hal 87-90
Fegan, D. F. 2003. Budidaya Udang Vannamei ( Litopenaeus vannamei) di Asia
Gold Coin Indonesia Specialities. Jakarta.
Feng Tsai, Meng, Chu-Fang Lo, Marie lle C. W. van Hulten, Huey-Fen Tzeng,
Chih-Ming Chou, Chang-Jen Huang, Chung-Hsiung Wang, Jung-Yaw Lin,
Just M. Vlak & Guang-Hsiung Kou. 2000. Transcriptional analysis of the
ribonucleotide reductase genes of shrimp white spot syndrome virus.
Virology. 277, 92–99 doi:10.1006/viro.2000.0596.
Fernando, C. F. J.L Furtado, A. V Gussev, G. Honek and S.A. Kakonge. 1972.
Methods for the Study of Fresh Water Fish Parasites. University of
Waterloo. Biologi Series: 1-76
56
Haliman dan Adijaya. 2005. Pembudidayaan dan Prospek Pasar Udang Putih
yang Tahan Penyakit. Udang Vannamei. Penebar Swadaya. Jakarta.
Haliman, R.W. & Adijaya D. 2006. Budidaya udang vannamei. Penebar Swadaya.
Jakarta. 74 hal.
Hastuti, 2012. Patogenesis Infeksi White Spot Syndrome Virus pada Udang
vannamei. Penaeus vannamei . Fab. FPIK IPB. Bogor. Jurnal Akuakultur
Indonesia, 4(1): 79-87
Hastuti, 2013. Penerapan Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Diagnosis
Penyakit Infeksi. Jurusan Farmasi FMIPA ITB.
Hendrajat, E. M., dan Mangapa, H. 2007. Budidaya udang vannamei pola
tradisional plus di Kabupaten Maros Sulawesi Selatan. Jurnal Media
Akuakultur 2 (2): 67-70.
Kordi, M.G.H. dan A.B.Tancung. 2007. Pengelolaan Kualitas Air Dalam Budidaya
Perairan. Rineka Cipta. Jakarta.
Kordi, Gufran. 2009. Budidaya Perairan Jilid 2. PT Citra Aditya Bakti. Bandung
Lightner, D.V., 1996. A Handbook of pathology and diagnostic Procedures for
Diseases of Penaeid Shrimp. Baton Rouge, LA, USA: World Aquaculture
Society.
Lio-Po, G. D. dan Inui,Y. 20114. Healt Management in Aquaculture Second
Edition. Shouthes Asian Fisheries Development Center, Aquaculture
Department.
Maftuchat, 2014. Pemantauan Penyakit White Spot Syndrome Virus (WSSV) pada
Udang Windu Penaeus Monodon. Jurnal Akuakultur Indonesia. Institute
Pertanian Bogor.
Mahardika K., Zafran dan I. Koesharyani. 2004. Deteksi White Spot Syndrome
Virus (WSSV) Pada Udang Vannamei(Penaeus vannamei) di Bali dan
Jawa Timur Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR).
Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 10 (1): 55-60.
Martosudarmo dan Wulani. 1993. Petunjuk Pemeliharaan Kultur Murni dan
Massal Mikroalga. Proyek Pengembangan Budidaya Udang Situbondo.
Situbondo.
Meng, Xian Hong, Qing-YinWang, Jie Kong, Kun Luo, Sheng Luan,Qing-Wen
Zhang, Ning Liu, Baoxiang Cao. 2011. Tolerance of Fenneropenaeus
Chinesis “Huanghai” No.2 to White Spot Syndrome Virus. Journal of
Sellfish Research vol 30: 375-380
57
Moh., Nazir. 1999. Metode Penelitian. Cetakan Ketiga, Jakarta, Ghalia Indonesia.
Nunan, L.M. and D.V. Lightner, 2011. Optimized PCR assay for detection of White
Spot Syndrome Virus. Journal of Virological Methods 171: 318-321
Rahman, M.M., M. Corteel, C.M. Escobedo-Bonilla, M. Wille, V. Alday-Sanz &
M.B. Pensaert, 2007. Virulence of white spot syndrome virus (WSSV)
isolates may be correlated with the degree of replication in gills of
Penaeus vannamei Juveniles. Dis Aquat Organ, 79(3): 191-198.
Soetomo, M. H. A. 2000. Teknik Budidaya Udang Windu. Sinar Baru Algensindo.
Bandung
Sugiyono. 2011. Metode Penelitian Pendidikan. Alfabeta, Bandung.
Sugiyono. 2012. Metode penelitian kuantitatif,kualitatif dan R&D. Alfabeta.
Bandung.
Tang , K.F.J dan Lightner, D.V. 2000. Quantification Of White Spot Syndrome
Virus DNA Through a Competitive Polymerase Chain Reaction.
Aquaculture 189: 11-12
Tsai.Shinn S, Hsieh, Chia Y.Hsieh, Po C. Chuang, Li C. Chen, Chien Tu, Maw S.
Chien, Kwo C. Huang, Hui F. Kao, Ming C. Tung. 1999. Shrimp
Pathology Course. Department of Veterinasy Science, University of
Arizona.
Waluyo, 2012. Deteksi Virus WSSV (White Spot Syndrome Virus) Pada Udang
Windu (Penaeus Monidon) dan Vektor di Areal Pertambakan Sorong
Wyban, J. W & Sweeney, J.N. 1991. Intensive Shrimp Production Technology.
The Oceanic Institute Shrimp Manual. Honolulu, Hawai, USA. 158
halaman.
Yuwono, T. 2006. Bioteknologi. Gadjah Mada University Press. Yogyakarta