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2011.07- テーマ別ガイダンス「医学・生命科学系のための文献検索+RefWorks 入門」 情報基盤センター学術情報リテラシー係
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■ 講習の進め方(60 分) 【1】 あるテーマについての雑誌論文を探す:
PubMed (例題 1, 2) Web of Science (例題 3)
【2】 文献管理ツール RefWorks を使うには:
PubMed からのインポート (例題 4) Web of Science からのインポート (例題 5) 文献リストの作成 (例題 6)
【3】 インパクトファクターを調べるには : Journal Citation Reports (例題 7)
■ 配布資料
・ 「医学・生命科学系のための文献検索」 実習問題&解説 ・ Web of Science クイックレファレンスカード ・ Journal Citation Reports クイックレファレンスカード
■ データベースへの入口 【学内・学外 OK】⇒http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/index.html ※東京大学 OPAC 画面上部の「データベース」からリンクしています。
「医学・生命科学系のための文献検索」 実習問題&解説
GACoS(ガコス)
この資料に関するお問合せ: 東京大学情報基盤センター学術情報リテラシー係
TEL: 03-5841-2649(内線:22649) メール: [email protected]
2011.07- テーマ別ガイダンス「医学・生命科学系のための文献検索+RefWorks 入門」 情報基盤センター学術情報リテラシー係
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例題 1 女性のストレスについての論文を探す。
(1) women stress と入力し、Search をクリック。 【Point!】 ※検索式の確認
検索した後、どのような検索式が実行されたのかを、"Search Details" 画面で確認。 必要に応じて、検索式を修正して再検索。
RefWorks に保存するには? (p.7 参照) ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 例題 2 アルコールの摂取に関する論文を探す。 (キーワード入力例) (a) alcohol intake (b) alcohol consumption 検索した後、Advanced Search 画面を見てみましょう。
PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ijputmlib 【東大専用入口】 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
【1】あるテーマについての雑誌論文を探す ① PubMed
(2)Search Details で検索式を確認。 MeSH=Medical Subject Headings 米国国立医学図書館作成のシソーラス(統制語)。 入力語に関連する MeSH 用語でも自動的に検索される。
入力した women については、 このように MeSH 用語を含めて検索され
た。(=自動マッピング機能)
入力した stress については、このような検索になった。 雑誌名”Stress”での検索は不要なら、 検索式のその部分を削除して、再度、Search をクリック。
Advanced Search 画面で検索履歴を確認できる。 検索履歴を AND, OR, NOT で組み合わせて検索できる。 例: #3 OR #4
Search Builder では、検索項目の指定や、”Show index”を クリックして候補語から選んだ言葉で検索することができる。
2011.07- テーマ別ガイダンス「医学・生命科学系のための文献検索+RefWorks 入門」 情報基盤センター学術情報リテラシー係
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AND 検索 OR 検索 NOT 検索
① 複数検索語の掛け合わせ
【参 考】 スペースでも AND 検索になるが、例えば egg allergy と入力するとフレーズとして認識されて検索される。 論理演算をしたい場合は、egg AND allergy と入力すると、指示が明確になる。
② 絞り込み
・Limits 機能を活用して条件を指定。 文献タイプ、言語、動物・人間、性別、収録誌の種類、年齢等による限定が可能。
③ 検索項目を限定した検索
・特定の項目を対象に検索する場合は、タグをつけて検索。 ★タグ検索では自動マッピング機能は働かない。
項目名 タグ 入力例 備考
naito k[au] smith re[au](ミドルネームあり)
smith r@[au](smith r だけをヒット) 著者 [au]
naito kunihiko[au] 2002 年以降ならフルネームでも検索可
所属機関 [ad] university of Tokyo[ad] 第一著者のみ
論文
タイトル [ti] stomach cancer[ti]
british medical journal[ta] The は入れない 収録誌名 [ta]
bmj[ta] 略称形も可
出版年 [dp] 2010[dp] 2008:2010[dp] 2008/09:2010/03[dp]
出版タイプ [pt] review[pt]
MeSH [mh] stomach neoplasms[mh]
④ Advanced Search ・タグを知らなくても、プルダウンメニューで検索項目を限定して検索することが可能。 ・検索履歴の掛け合わせ検索が可能。 例) #1 AND #2
⑤ 前方一致検索
・複数形のような語尾変化などに対応。★自動マッピング機能は働かない。 例) bacter* ⇒bacteria 、bacterium など bacterで始まるものを検索
*もっと詳しく知りたい方は、医学図書館作成のマニュアル「PubMed の使い方」を参照。
⇒医学図書館ホームページ掲載 http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/
surgery NOT endoscopic surgery
stomach cancer AND nutrition stomach cancer OR stomach ulcer stomach cancer OR stomach ulcer
【 PubMed の効果的な検索のために 】
論理演算子(AND/OR/NOT)は半角大文字で入力
次の検索時にも引き続き 初に設定した
Limits 条件が残るので、必要に応じて
検索結果画面左上で変更/解除する。
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【自動マッピング機能に頼らず自分で MeSH 用語をチェックして検索に使う方法】 ① トップ画面において、「Search」のプルダウンメニューで検索対象を「MeSH」に選択。 ② 検索語を入力し、Search ボタンをクリック。 ③ 検索結果の MeSH 用語に適当なものがあればクリックし、画面右のリンクから PubMed を選択して検索。
□1 ~□5 : MeSH 用語をクリックすると、上・下位語、関連語や Subheading(副標目)等が表示される ので、適宜組み合わせをして検索することも可能。
PubMed 検索上級編 【 MeSH 検索: シソーラス用語による検索 】
□1
□3 □2
□4
□5
①
②
③
対応する MeSH 用語へ誘導
選択した MeSH 用語で PubMed を検索
選択した MeSH 用語を 中心主題とする文献を PubMed で検索
選択した MeSH 用語の Subheadings(副標目)や ツリー構造の表示画面。 組合せると、多様な検索が可能。
MeSH 用語の上位語・下位語表示。 Stomach Neoplasms は 下位語と して位置づけられている。
Subheadings を複数選択した場合の検索方法
□1 MeSH 用語をクリック
□2 Subheadings を複数選択
□3 ”AND, OR, NOT" を選び 「Add to search builder」をクリック
□4 search builder 欄に検索式が表示される(修正可)
□5 「Search PubMed」ボタンをクリック
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RefWorks に 保存するには? (p.8 参照)
被引用数: この文献が引用されている文献 引用文献: この文献が引用した文献 関連レコード: この文献と引用文献が共通の文献
例題 3 ビタミン A と癌のリスクに関する論文を探す。 http://www.webofknowledge.com/wos 【学内から】 ※2011/7/17 バージョンアップ
https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 【学外から SSL-VPN Gateway サービス】 <トピック欄で、以下2通りの入力例で検索> (a) “vitamin* a” risk cancer (b) “vitamin* a” (risk near/5 cancer) 【 Web of Science 検索テクニック 】 (「ヘルプ」>「検索の規則」 参照) (1) フレーズ検索 “ ” でくくるとフレーズ検索になる。 ※スペースだけでは AND 検索となり、単語が離れていたり単語の順序が逆であってもヒット。 (2) 部分一致検索 アスタリスク (*) =文字がない場合を含む任意の文字列を表す。単語の前後、中間に使用可能。
※「トピック」と「タイトル」欄では検索語のスペルのバリエーションは*を付けなくても自動検索される。 ※フレーズ検索では上記の自動検索が無効になるので*が必要。
例: s*food ⇒ seafood, soyfood enzym* ⇒ enzyme, enzymes, enzymatic, enzymic Hof*man* ⇒ Hofman, Hofmann, Hoffman, Hoffmann
(3) 論理演算子 (AND, OR, NOT, NEAR) 大文字・小文字どちらでも可
NEAR/X =指定したワード数(X)の範囲内にそれぞれの用語を含むものを検索。 /x なしで NEAR を使用した場合は 15 ワード内にあるものを検索。
<(b)の例で検索後、「被引用数-多い順」で並べ替えて、上から 1 番目のレコードの詳細画面>
Web of Science
【1】あるテーマについての雑誌論文を探す ② Web of Science
ここからジャーナルのインパクトファクターを 確認 (p.11 参照)
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<「検索履歴」画面の使い方> (1) 「検索履歴」をクリック。 (2) 検索履歴のセットを AND, OR で組み合わせて検索できる。 例: #1 OR #2 (3) 検索履歴を保存しておき、後日、検索に再度使うことができる。 (*Web of Knowledge のユーザ登録をしてサインインが必要)
http://www.refworks.com/refworks 【学内から】 http://www.refworks.com/refworks 【学外から】※「リモートアクセス」画面で 東大のグループコードを入力 https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 【学外から】※ECCS アカウントが必要
【Point!】 ユーザ登録が必要。
初めて RefWorks を使う時は、学内から RefWorks にアクセスし、画面上でユーザ登録をする。 (「個人アカウントの作成」をクリック)
【Point!】 文献管理のコツ!取り込んだレコードはその都度こまめにフォルダに移しましょう。 (1) 「フォルダ」⇒「新規作成」をクリック。 (2) フォルダ名を入力し、「OK」をクリック。
(3)
(1) (2)
RefWorks
(1)
(2)
保存した検索履歴を 開くのはここから
【2】文献管理ツール RefWorks を使うには
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例題 4 PubMed のデータをインポートする。 (1) PubMed 検索結果画面で、保存したいデータの左端にチェックをつけて選択。 (2) 「Send to」のプルダウンメニューで「File」を選択し、Format は「MEDLINE」に変更。 (3) 「Create File」をクリック。「ファイルのダウンロード」画面が表示されたら「保存」をクリック。 (4) RefWorks の画面で、「レコード」⇒「インポート」を選択。 (5) 「インポートフィルター/データソース」は「NLM PubMed」、「データベース」は「PubMed」を選択。 (6) 「次のフォルダへインポートする」で、既に作成したフォルダの中から任意のフォルダ名を指定。 (7) 「次のテキスト形式ファイルからインポートする」の「参照」をクリックし、取り込むファイルを指定。 (8) 「インポート」ボタンをクリック。
(1) (2)
(3)
(5)
(6)
(7)
(8)
(4)
【補 足】 RefWorks 画面上部メニューバーの 「検索」⇒「オンラインカタログ・データベース」 ⇒「PubMed」でダイレクトにインポートすることも
可能。
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例題 5 Web of Science のデータをインポートする。 (1) Web of Science 検索結果画面で、RefWorks に取り込みたいデータの左端にチェックをつける。 (2) 「RefWorks」をクリック。 (3) 完了のメッセージが表示される。 (4) RefWorks 画面で、「インポートが完了しました」のメッセージが表示される。 「 近インポートしたレコードフォルダを通覧する」をクリック。 (5) 「すべてのレコード」にチェックをつけ、フォルダ名を選択すると、選択したフォルダにレコードが移る。
(1)
(2)
(3)
(4)
(5)
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例題 6 文献リストを作成する。 (1) メニューバーの「参考文献」をクリック。 (2) 出力フォーマットは、投稿する雑誌で指定されている、文献リストの書式を選択。(例: 「Vancouver」) (3) 「レコード一覧から生成」にチェックをつける。 (4) ファイル形式は「HTML」を選択。 (5) 対象レコードは、参考文献リストにしたい文献のフォルダを選択。 (6) 「参考文献の生成」をクリック。 別画面が開き、指定した書式での文献リストが表示される。(コピーして原稿に貼り付けるなどして活用。)
(1)
(2)
(3) (5)
(6)
(4)
【補 足】 出力フォーマットに対応していない
書式の場合は、 既存の出力フォーマットを流用し
て出力フォーマットをカスタマイズ
することも可能
リストに必要な書式が無ければ、 当係 [email protected] まで 投稿規程の URL をメールでお知らせください。
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[プラグインツール“Write-N-Cite”を使う方法] (1) RefWorksのメニューバーの「ツール」から「Write-N-Cite」を選択し、ダウンロードおよびインストール。 (2) 論文原稿を Word ファイルで用意する。 (Word を起動すると、ツールバーに「Write-N-Cite」のアイコンが表示される。) (3) 「Write-N-Cite」のアイコンをクリックするとログイン画面が表示されるので、ログインする。 (4) 「Always on top」にチェックを入れると、「Write-N-Cite」が常時手前に表示される。 (5) Word の論文の必要な箇所にカーソルを合わせる。 (6) 「Write-N-Cite」の引用したいレコードの左にある「引用する」をクリックすると、(5)の位置に入る。 (7) Word ファイルを上書き保存。⇒原稿ファイル (修正や編集はこちらのファイルで。)
(8) 「Write-N-Cite」のメニューバーから「参考文献」をクリックし、出力フォーマットを選択する。 (9) 「参考文献の生成」をクリック。 (10) 指定した書式の文献リスト付きで Word 文書が表示されるので、別名で保存する。⇒完成ファイル (この完成版 Word ファイルは、原稿ファイルとは別に、「名前をつけて保存」で保存すること。)
(3)
(5)
(6)
(4)
(8)
(9)
(1) RefWorks 画面
(2)
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http://isiknowledge.com/JCR 【学内から】 https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 【学外から】※ECCS アカウントが必要
【インパクトファクターについて】 ある雑誌の一論文あたりの平均被引用数。特定の1年間に、ある雑誌に掲載された論文が平均的にど
れくらい引用されているかを示す。雑誌の評価指標の1つとして、たとえば論文投稿先を決める際など、
同じ分野の複数の雑誌を比較する判断材料にできる。
例題 7 「Nature」のインパクトファクターを調べる。 (1) 「Edition」と「年」を選択。 ※毎年 6-7 月頃に 新版がリリースされる。 (2) 「Search for a specific journal」を選択し、「SUBMIT」をクリック。 (3) 「Full Journal Title」の条件で、「nature」と入力して検索。 (4) 一覧が表示される。NATURE をクリック。
【インパクトファクターの算出方法】 *2010 年のインパクトファクターの場合
(2008 年と 2009 年にある雑誌 X に掲載された論文が、2010 年に引用された回数) ÷(2008 年と 2009 年にある雑誌 X に掲載された論文数) (次のページへつづく)
Journal Citation Reports
分野ごとに調べる場合は、 こちらを選択する。
【3】インパクトファクターを調べるには
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(5) 雑誌の詳細情報画面が表示される。
Journal Summary List で、同じ分野に分類された他の雑誌と比較できる。 インパクトファクター順など、様々な項目で並べ替えてランキングを見ることが可能。
Category Data で、この分野の平均データを見ることができる。
Median Impact Factor: この分野の全ての雑誌をインパクトファクターの高い順に並べたときに、 ちょうど中間に位置する雑誌のインパクトファクターのこと。 Aggregate Impact Factor: この分野の平均的なインパクトファクターのこと。 計算方法は個別の雑誌のインパクトファクターと同じで、「引用された回数」と「論文数」をこの分野の全雑誌の
合計の数字に置き換えて計算する。