Upload
alban
View
89
Download
0
Tags:
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Работа с программой The Swiss-PdbViewer. Работу выполнила студентка 5курса гр. ФФ07-14С Почебыт Н.П. Начало работы. Загрузка файлов. Меню File содержит следующие команды: Open PDB File Open mmcif File Open MOL File Import. Загрузка некоординатных файлов. Open Text File Run Script - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Работа с программой The Swiss-PdbViewer
Работу выполнила студентка 5курса гр. ФФ07-14СПочебыт Н.П.
Начало работы
Загрузка файлов
Меню File содержит следующие команды:
Open PDB File
Open mmcif File
Open MOL File
Import
Загрузка некоординатных файлов
Open Text File
Run Script
Open Surface
Open ElectrostaticPotential Map
Open ElectronDensity Map
Сохранение данных
Layer
Project
Save SelectedResidues
mmcif
молекулярные координаты
Сохранение данныхнекоординатные файлы
Surface
ElectrostaticPotential
Sequence (FASTA)
Alignment
Ramachandran PlotValues
Сохранение данныхизображения
Image
Stereo Image
POV3 Scene
Mega POV scene
Закрытие программы The Swiss-PdbViewer
Discard
Close, Close All Layers
Exit
Основные команды The Swiss-PdbViewer
2. Перевод, масштабирование и вращение молекул
1. Центрирование молекул
Работа с инструментами
3. Измерение расстояний между атомами
4. Измерение углов связей
5. Измерение двухгранных углов
6. Выявление групп и атомов
7. Отображение / выбор группы в радиусе взятого атома
8. Центрированный вид подобранного атома
Работа с меню
Edit меню
Rename CurrentLayer
Rename SelectedHETATMs
Fix AtomsNomenclature
Select меню1. Основной выбор
All
None
Inverse Selection
Visible groups
Pick on screen
Extend to other layers
Groups with same color as
2. Выбор групп по типу
Ala (A) [...] Val (V)
G, A, T, C, U
HETATM
Solvent
SS-bonds
3. Выбор групп по свойствам
Basic
Acidic
Polar
non-Polar
4. Выбор групп по вторичной структуре
Helices
Strands
Coils
non-TRANS aa
aa with Phi/Psi out of Core Regions
aa with Phi/Psi out of Allowed Regions
5. Выбор групп по относительным ссылки
aa identical to ref
aa similar to ref.
aa matching ref. structure
6. Выбор групп по расстоянию
Neighbors of selected aa
Groups close to another chain
Groups close to another layer
7. Выбор групп по структурным критериям
Accessible aa
aa Making Clashes
aa Making Clashes with Backbone
Sidechains lacking Proper H-bonds
Reconstructed amino-acids
Display меню
1. Команда Views
Save
Reset
Delete
2. Настройки стиля
Group Name
Atom Name
Atom Type
Atom Charge
Atom Code(GROMOS 96)
Color меню
1. Первый блок
By CPK
By Type
By RMS
By B-Factor
By SecondaryStructure
By SecondaryStruct. Success.
2. Второй блок
By Selection
By Layer
By Chain
3. Третий блок
By Alignment Diversity
By Accessibility
By Threading Energy
By Force Field Energy
By Protein Problems
4. Четвертый блок
By Other Color
By Backbone, Sidechain, Ribbon, Surface, Label Color
Специальные команды
Просмотр файлов PDB
Навигация в текстовых файлах Ctrl +
Помощь
Использование панели управления
Панель управления
Изменение активного слоя
Отображение поверхностей
VDW ::v
Accessible ::a
Molecular ::m
User ::u
Окраска молекулы
Col В+S
Col B
Col S
Col R
Col L
Col U
Просмотр / перемещение слоя
Использование окна об информации слоев
Настройка изображения слоев
vis mov axis CA O H
Hbnd Hdst Side HOH cyc