DeepView – The Swiss-PdbViewer

Доступные режимы моделирования

First approach mode:выравнивание целевых последовательностей и шаблонов

Optimise mode:представление запросов как modeling-projects отDeepView

Oligomer modeling:моделирование multimeric proteins

GPCR mode: Модели 7 трансмембранных спиральных части с G-белковым рецептором

Homology modeling

The Optimise (project) mode

1. Loading files

SwissModel>Load Raw Sequence –загрузка целевой последовательности FastA file

File>Import - загрузка целевой последовательности SWISS-PROT file

Finding homologous templatesПоиск гомологичных шаблонов

Скачивание

выбранного ExPDB файла, его сохранение и открытие через Deep View

BLAST оценка

Нажав Detail видим цель / детали

шаблона выравнивания.

Экспериментальные

данные: метод и разрешение

Ссылка на PDB, записи о PDB

веб-сайтах

Описание белков

SwissModel>Find Appropriate ExPDB Templates

Edit>Blast Selection vs. ExPDB: result list

Выберите один присоединенный код чтобы скачать файл

Finding homologous templates

Edit>Blast Selection vs. ExPDB

2. Generating a modeling - project Наложения и выравнивание всех гомологичных шаблоны

- click Fit>Magic Fit and Fit>Generate Structural Alignment

- click Fit>Iterative Magic Fit (структурное выравнивание будет выполнено

автоматически)

Целевая последовательность

Шаблоны

Целевая последовательность Унифицированные шаблоны

Aligning the target sequence onto the templates Выравнивание последовательности-мишени на шаблонах

Click Fit>Fit Raw Sequence для генерации последовательности согласованной между целью и шаблоном Это обеспечит ЦП с предварительной 3D-структурой, нужной для дальнейшей корректировки и лучшего согласования

Создание предварительная 3D-структуры для цели

Viewing the threading energy

Manually refining the alignment Ручные процедуры выравнивания

Внимание разрыв

Удален пробел

Оригинальный разрыв

Перемещенный разрыв

`

Длинные связи соответствуютпробелам в последовательности-мишени

Глобальные потоки энергии.

Фланговые пробелы в энергии аминокислотных последовательностей. Нахождение разрыва ниже нулевого уровня

3. Submitting a modeling - project

SwissModel>Submit Modelling Request: Swiss-Model Optimise Mode

Адрес Вашей электронной почты, имя иназвание проекта

Скопируйте первую строку в текстовое поле или нажмите кнопкуBrowse, чтобы выбрать ваш проектBefore submitting the modeling-projectAfter submitting the modeling-project

4 . Improving a return model

Незначительные регулировки

Display Modes Режимы отображения

- Display > Slab: это включает и выключает Slab mode, который ограничивает молекулы, удаляя те группы, которые находятся слишком далеко от экрана (глубину Slab (в Å) можно регулировать в настройках> Display)

- Slab mode позволяет просматривать сечение конкретных групп, что очень полезно для изучения интерьера белков

Обычные режимы отображения

Обеспечивает быстрое отображение реального времени и высокую частоту кадров рендеринга

Наиболее подходящий режим для прямого работы

В этих режимах можно применять все команды DeepView, включая все вычислительные и установочные инструменты

Display>Use OpenGL Rendering and Display>Render in solid 3D

Preferences > Surfaces: Preferences > Ribbons:Preferences > 3D Rendering

STEREOSCOPIC MODESСтереоскопические режимы отображения

Нажмите Display>Stereo View :включения и выключения стерео визуализации

Swiss-PdbViever поддерживает три различных режима стерео: red and blue, side by side, and hardware stereo

Red and blue stereoКрасный и синий

Перекрывание изображений отображаются на дисплее. Красное изображение поворачивается ‘-2’ градуса вокруг вертикальной оси, а синее изображение - ‘+2’ градуса

Preferences>Stereo Display

Очки

Side by side stereoБок о бок

Оба изображения слегка наклоненный влево, каждый глаз будет видеть несколько иную сторону объекта и мозг будет сочетать в себе два изображения в 3D-объект

Настройка Stereoscopic View Settings

- разделение, в пикселях: чем дальше друг от друга изображения, тем труднее поддерживать 3D

- угол поворота в градусах

Аппаратное стерео

Режим выше / ниже стерео (Above/Below, АВ): двойная вертикальная синхронизация экрана: первая

половина экрана (слева) освещается ,изображение восходит к верхней части экрана и отображает в нижней части уже справа. Изображения отображаются попеременно на экране с очень высокой частотой

Истинное стерео OpenGL: различные буфера экрана для левого глаза и правого глаза; переключение выполняет графическая карта при отправке соответствующего сигнала на излучательНет потери разрешения экрана

SETTING PREFERENCES

Loading preferences

Real time display preferences

Rock and Roll

Labels settings

Color settings

Ribbon preferences

Surface preferences

Electrostatic potential parameters

Electron density maps (EDM) parameters

E minimization preferences

H-bond detection threshold(порог обнаружения)

Ramachandran Plot preferences

Alignment window(окно выравнивания) preferences

Swiss-Model server settings

DeepView file server settings

For using BLAST and importing PDB files, you must define the Web server:

3D rendering parameters

3D light settings