PubMed para principiantes octubre_2016_slideshare

Concepción Campos Asensio Octubre 2016 BibliotecariaHospital Universitario de Getafe

PubMed

Iniciación Avanzado

Qué es PubMed

Historia

Acceso

Búsqueda sencilla:Mapeo automáticoFiltrosOperadores booleanos

Visualización de los resultados

Manejo de los resultados

Búsqueda avanzada Personalización

Pantalla de búsqueda avanzada

Búsqueda booleana con etiquetas de campos

Búsqueda con descriptores MeSH

Configuración de una cuenta

personal en PubMed

Definición de filtros para los resultados

Salvar los resultadosde mis búsquedas

Salvar estrategias yCreación de alertas

•La mayor base de datos mundial de ciencias de la salud, producida por la NLM

•Indiza 5.642 revistas de ámbito mundial (30.000 revistas editadas en todo el mundo) en 40 idiomas (91% en inglés)

•La cobertura temática de ciencias de la salud, especialmente de biomedicina, abarcando los campos de la medicina, enfermería, odontología, veterinaria, sistemas de salud, ciencias preclínicas, salud pública,…

•Recoge unos 22,5 millones de referencias bibliográficas, desde 1946 hasta el presente

•83% con resumen escrito por los autores de los artículos

•Los artículos son indizados con el tesauro MeSH

• PubMed es un motor de búsqueda de libre acceso a la base de datos MEDLINE • PubMed (25 millones de citas) ofrece servicios añadidos para optimizar las búsquedas

como:Artículos de revistas del repositorio de PMC con acceso al texto completo de artículos No solo citas de artículos… ahora también incluye referencias de libros y sus capítulos de libros de NCBI BookshelfOpciones de búsqueda:

Avanzada Filtros metodológicos (“Clinical Queries” y “Special Queries”)Artículos relacionados o información en “Discovery Ads”Buscador de citas (“Single Citation Matcher”)

Personalización con MyNCBI que permite:Salvar búsquedasGuardar resultadosRecibir actualizaciones automática de las búsquedas por correo electrónico Personalizar preferencias creando filtros propiosIdentificar suscripciones y enlazar al texto completoGestionar la actividad reciente

• Es la plataforma de acceso a MEDLINE más utilizada pero no la única

25(22,5

Ejemplo otitis pág. 1 y 50

1.8 millones de citas,la mayoría sin resumen, publicadas con anterioridad a1965

Hay artículos de revistas que se indizan selectivamente (p. ej.: geología)

Se les asigna la etiqueta [PubMed]

Out-of-scope articles

PMC

Books & Documents

Ventana deVentana de búsqueda básicabúsqueda básica

141414

Clinical Queries:Clinical Queries: Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos: Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos: - Clinical Study CategoryClinical Study Category- Systematic ReviewsSystematic Reviews- Medical GeneticsMedical Genetics

Pantalla Advanced Search Builder

OTROS RECURSOS / More ResourcesOTROS RECURSOS / More ResourcesMESH Database: permite buscar por descriptores/ palabras clave (MESH) que la base de datos ha asignado a los referencias.

Journal Database: incluye todas las revistas indizadas en PubMed, y se pueden localizar por: título, abreviatura, ISSN, especialidades…

• Acrónimo de Medical Subject Headings (MeSH)• Vocabulario controlado de términos biomédicos que describen el

contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos Medline

• Es una característica distintiva de MEDLINE• Aproximadamente 27.500 términos médicos• Revisados anualmente• Organizados de manera polijerárquica• Major/minor terms• 1 referencia bibliográfica = 12 términos del Tesauro

MeSH Browser disponible en: http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc. 2001 Jul-Aug;8(4):317-23. Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: 11418538; PubMed Central PMCID: PMC130076.

Estructura jerárquica de más general a específico:

Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy

: ATM, Filtros y operadores booleanos

1 Identificar los conceptos claves de nuestra búsqueda

2 Escribir nuestros términos o conceptos claves (en inglés) en la ventana de búsqueda.

3 Pinchar en botón Search

4 Borrar

Auto-Suggest: Podemos seleccionar entre las sugerencias que nos ofrece

¿?

BÚSQUEDA BÁSICA

Colon cancer

Localiza cualquier término/s presente/s en las referencias

(título, resumen, materia… y mapea)

BÚSQUEDA BÁSICA

Colon cancer

PubMed automaticamente comprueba lo que hemos escrito frente a varios índices en el orden siguiente:

Temática (MeSH)Revista Autor

Si lo encuentra, nos buscará por el término del MeSH y en texto libreSi no lo encuentra lo divide en partes y vuelve a intentar el mapeo de cada parteCualquier término que no pueda ser encontrado, lo buscará en ALL FIELDS

272727

FOETUS

Estrategia de búsqueda con mapeo del término

Lo que hemos escrito en la ventana de búsqueda

Cuando encuentra una correspondencia temática

30PubMed for Trainers

¡Se detiene el proceso!

Revised 2015/09

Automatic Term Mapping

Si PubMed no encuentra una correspondencia en los MeSH, buscará por:

TemáticaRevistaAutor

31PubMed for Trainers Revised 2015/09

32PubMed for Trainers

¡El proceso se detiene!Revised 2015/09

Si PubMed no encuentra correspondencia en la lista de revistas, busca por:

TemáticaRevistaAutor

33PubMed for Trainers Revised 2015/09

Automatic Term Mapping

34PubMed for Trainers

¡El proceso se detiene!Revised 2015/09

353535

Colon cancer

363636

Search details: Nos muestra la verdadera estrategia de búsqueda

373737

Estrategia de búsqueda con mapeo del término

Lo que hemos escrito en la ventana de búsqueda

383838

Mapeo automático de términos

Colon cancer

Introducir la palabra o palabras dentro de la ventana de búsqueda y pulsar el botón SEARCH o la tecla ENTER

Recupera los registros en los que encuentra correspondencia con el término

Vamos a intentar esta búsqueda:Ejemplo

Buscar artículos sobre la indigestión y el dolor abdominal

Conceptos claves son:indigestionabdominal pain

PARTE CENTRAL:Referencias obtenidas se muestran de 20 en 20, en

formato Summary y ordenadas empezando por las citas más recientes introducidas en PubMed

Similar ArticlesLas referencias tienen el enlace “Similar Articles”

Es un algoritmo de búsqueda en el que PubMed compara palabras del Title y Abstract de cada cita, así como los encabezamientos MeSH asignados.Los resultados se muestra en orden de relevancia y no por fecha

494949

Results by year

PMC Images Search

505050

Hay muchas razones para refinar nuestra estrategia. Si queremos:

Excluir idiomas que no entendemosBuscamos artículos que han sido publicados en cierto periodo de tiempoRecuperar artículos referentes a una población específica Buscar sólo estudios de investigación clínica, ensayos clínicos, revisiones,…

Es posible aplicar más de un filtro

Sólo los filtros más populares aparecen por defecto. Si queremos ver mas:Show additional filters

Tipos de filtros

Article Type Text availability PubMed Commons Publication Dates Species (Humans or Animals) Languages Sex Subjects Journals categories Ages Search Field

Usando operadores BooleanosAND, OR, NOT

stress AND depressiondepression OR sadness OR unhappy depression NOT manic

salmonella mayonnaise

Intersección: Selecciona solo los documentos que contienen los términos indicados

42Salmonella

AND Mayonnaise

199Mayonnaise 70.169Salmonella

ResultadosTérmino

Unión: Selecciona los documentos que contienen alguno o todos los términos indicados

Football OR hockey OR soccer

Exclusión: Excluye los documentos que contienen el término indicado.

Arthritis NOT letter

En PubMed el operador AND es el que aplica por defecto

Se procesan de izquierda a derecha

Los operadores booleanos se escriben en mayúsculas

salmonella AND hamburger OR eggs

salmonella AND (hamburger OR eggs)

Neurol*NeurologyNeurologíaNeurologicNeuroléptico, etc…

Ejemplo: buscar brain cancer y brain cancer*

ASTERISCO * Permite recuperar todos los términos que poseen la misma raíz

El uso del asterisco deshace el mapeo automático del término

707070

History

717171

727272

737373

Página de resultados

747474

Filtros

Discovery Adds

Las citas se muestran en formato Summary, 20 por página y ordenadas

de más recientesintroducidas en PubMed

Seleccionamos el formato Abstract

Formato Abstract

Entramos en el PubMed personalizado del Hospital de Getafe

Visualizamos la referencia en formato Abstract

Pinchamos sobre el icono “Localizar en mi Biblioteca”

Acceso al texto completo desde MEDLINE/PubMed

Acceso al texto completo desde MEDLINE/PubMed1era. situación: Aparece el texto completo del artículo

Pinchando sobre el icono PDF, veremos el artículo en este

formato

Pinchamos sobre el icono “Localizar en mi Biblioteca”

PubMed Hospital de Getafe: Visualización en formato “Abstract”

Acceso al texto completo desde Acceso al texto completo desde MEDLINE/PubMedMEDLINE/PubMed2da. Situación: No disponemos del acceso 2da. Situación: No disponemos del acceso al formato electrónicoal formato electrónico

25617399

Acceso al texto completo desde MEDLINE/PubMed

3ra. Situación: Ya ha sido solicitado 3ra. Situación: Ya ha sido solicitado previamente por otro usuariopreviamente por otro usuario

878787

Cortar-pegar la referencia en formato Vancouver

888888

• File:File: Permite guardar las referencias como archivo.Permite guardar las referencias como archivo.• E-mailE-mail: : Permite enviar por correo-e las referencias.Permite enviar por correo-e las referencias.• ClipboardClipboard: Portapapeles temporal donde vamos enviando las referencias : Portapapeles temporal donde vamos enviando las referencias

para luego gestionarlas de forma conjunta. El número máximo que se puede para luego gestionarlas de forma conjunta. El número máximo que se puede guardar es de 500 referencias.guardar es de 500 referencias.

• Opciones avanzadas: Opciones avanzadas: Collections Collections que Permite guardar las referencias en que Permite guardar las referencias en MyNCBI y MyNCBI y My Bibliography (necesario tener cuenta personal en MyNCBI)My Bibliography (necesario tener cuenta personal en MyNCBI)..

• Opción no disponible: Opción no disponible: OrderOrder

898989

Clipboard

909090

Clipboard

919191

Clipboard

Menú desplegable “Send to”

Preguntas…