View
57
Download
0
Category
Preview:
DESCRIPTION
MIKROBIOLOGI
Citation preview
Analisis Filogenetik GenNukleokapsid Protein Virus Tetelo
Isolat Bali
1. Zahrina Nur Laela (4401412020)2. Shella Aprilia C.Z (4401412021)3. Ros Setiani (4401412040)4. Futikhatul Fitriana (4401412043)
Rombel 2 Pendidikan Biologi
Mikromol (Filogenetik)
Semakin dekat => Semakin dekat kekerabatan
Filogenetik
Mikromolekul
Komposisi dasar nukleotida dari DNA bakteri=> komposisi DNA G (Guanine) dan C (Cytosine) dari sumber tunggal
selalu sama, sebagaimana A (Adenine) dan T (Thymine).
Keberadaan C + G menandakan bakteri memiliki kekerabatan yang
dekat
Kloning, Sikuensing dan Analisis Filogenetik Gen
Nukleokapsid Protein Virus Tetelo Isolat Bali-1/07
Anak Agung Ayu Mirah Adi1, I Made Kardena1, Nyoman Mantik Astawa2,Ketut Santhia Adhy Putra3, Yoshihiro Hayashi4,Yasunobu Matsumoto4
Laboratorium Patologi, 2.Laboratorium Virologi Fakultas Kedokteran HewanUniversitas Udayana, Jln. P B Sudirman Denpasar BaliTelepon:(0361) 223791;email:mirah638@yahoo.co.id
Newcastle disease virus (NDV)
Tetelo (Newcastle disease )
1. Diamplifikasi dengan RT-PCR
2. Kloning
4. Sikuensing dan Analisis Filogenetik
3. Perbanyakan dan Purifikasi Plasmid Rekombinan
METODE YANG DIGUNAKAN
Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)
RNA Virus Tetelo diisolasi
transkripsi balik yakni RNA virus tetelo diubah menjadi cDNA
Produk PCR yang didapat kemudian diamati dengan elektroforesis
divisualisasikan dengan larutan ethidium bromide dan dimurnikan
Pemurnian DNA dan reaksi PCR A overhang
Potongan gel yang berisi pita sasaran 540 bps dimurnikan dengan mempergunakan wizard SV gel and PCR clean up system
Pemurnian DNA
PCR A overhang
menambahkan ujung adenin dilakukan pada mesin thermocyler pada suhu 72derajat C selama 10 menit
Hasil reaksi ini dinamai dengan DNA A+
Kloning
proses ligasi (ligation) yaitu penempelan DNA ke dalam vektor (plasmid) untuk membuat plasmid rekombinan
Fragmen DNA A+ ditempelkan kedalam vektor pT7BlueT
proses transformasi yaitu proses transfeksi vektor ke dalam sel kompeten.
Vektor plasmid yang telah diligasi dengan DNA insert (sisipan) kemudian ditransfeksikan ke dalam sel kompeten E coli (Nova Blues singles-Novagen) dengan metode Heat shock
Ada 2 Tahap
PCR E coli dan Pembuatan Replika Memilih 8 koloni yang berwarna putih
Masing-masing disubkultur untuk membuat replika pada lempengan agar LB
Dihomogenkan dengan mesin thermocycler
Produk PCR di elektrophoresis(20 menit) dan diwarnai dengan ethidium bromide
Sementara itu lempengan agar replika diinkubator
PCR mixture
Memilih koloni pada plate agar LB replika
Inkubasi pd Shaker inkubatorDikultur pada falcon tube
(5ml media LB)
Purifikasi plasmid rekombinan
Mengukur konsentrasi PR
Disimpan pada suhu – 20 C
Sekuensing dan Analisis Filogenetik
Dilabel CEQ TM , DTCS Quick start kit,
Dipilih 3 klon plasmid rekombinan
dijajarkan dengan sekuens nukleotida gen NP representasi NDV strain virulen dan avirulen
Analisis filogenetik dengan program MEGA 4
Disekuensing dengan CEQ – 200x L DNA Analysis system
Hasil= sekuens nukleotida
nukleokapsid protein (NP) -> purifikasi -> ligasi -> vektor pT7BlueT (plasmid pUC19) -> host E.colii
gen NP isolat Bali-1/07, berada dalamsatu cluster dengan isolat virulen dari genotip
VII seperti: Guangxii, KBNP dan Sterna denganprosentase kemiripan sikuen nukleotida
berturut-turut sbb; 92%,91,4% dan 91 %.
KESIMPULANIsolat Bali-1/07 berada dalam satu kelompok dengan isolat virulen dari genotipe VII. Prosentase kemiripan sikuen nukleotida berturut-turut sbb; 92%, 91,4% dan 91 %.
Isolat ini berada dalam kelompok yang berbeda dengan virus ND strain avirulen/vaksin seperti B1/47 dan LaSota/46.
Daftar Pustaka
Adi, Anak Agung Ayu Mirah dkk. 2011. Kloning, Sikuensing dan Analisis Filogenetik Gen Nukleokapsid Protein Virus Tetelo Isolat Bali-1/07. Jurnal Veteriner. Vol. 12 No. 3: 173-179.
Jawetz, Melnic, & Adelberg’s. 2005. Mikrobiologi Kedokteran. Jakarta : Salemba Medika.
Triana, Evi. 2005. Analisis Filogenetik Rhizobia yang Diisolasi dari Aeschynomene spp. B I O D I V E R S I T A S. Volume 6, Nomor 4 Oktober 2005 Halaman: 233-237.
1. Apa penyebab tetelo dan bagaimana dan pencegahannya? (Iis Sutiyani)
Jawab :Penyebab dari tetelo adalah Cara pencegahan Vaksinasi yang teratur sesuai dengan program yang dianjurkan yaitu:1) Umur ayam antara Umur ayam antara 4-7 hari, vaksinasi dengan vaksin aktif melalui tetes mata
yaitu cukup tetes pada mata kiri atau kanan juga dilakukan vaksinasi inaktif yang disuntikan pada kulit leher dengan menggunakan Spuit atau spet dengan dosis 0,2-0,25 CC pada waktu yang sama.
2) Umur ayam antara 18 hari - 21 hari dilakukan vaksinasi(revaksinasi) dengan vaksin aktif galur lasota / Clone melalui tetes mata atau air minum.
3) Setelah vaksinasi kedua, vaksinasi selanjutnya dapat dilakukan pada umur ayam tiga bulan atau empat bulan atau setiap akan memasuki bulan peralihan.
Memelihara ayam dalam kandang terbatas serta menjaga kebersihan ayam, jangan memasukkan ayam luar sebelum dikarantina atau divaksin dan dipastikan tidak membawa penyakit.
2. Apabila NDS menyerang manusia, gejala apa yang muncul akibat penyakit tersebut? (Syahrizal)Jawab:
NDS (Tetelo) juga dapat menyerang manusia. Manusia dapat tertular NDV tetapi tidak memberikan gejala yang signifikan, biasanya berupa konjungtivitis (radang selaput mata).
3. Mengapa dilakukan pewarnaan dengan ethidium bromide setelah produk PCR di elektroforesis? (Windy Oktaviani)
Jawab : Karena untuk membentuk flouresensi terang pada ikatannya
dengan DNA sehingga sejumlah kecil fragmen DNA dapat difoto pada gel.
Recommended