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第7回グリッドトレーニング

NAREGIミドルウェアを用いたプログラム実行

実習編実習編

Kento Aida, National Institute of Informatics

アプリケーション利用者編

1.Proxy証明書の生成(1) ユーザ管理ツールの起動

(2) ユーザ管理ツールへのログイン

(3) パスフレーズの入力とProxy証明書の登録

2.サインオンとサインアウト

3.ワークフローツール（WFT）の利用(1) ワークフローツールの起動

(2) ワークフローの読み込み

(3) 入力フイルの編集(3) 入力ファイルの編集

(4) ワークフローの実行

アプリケーション開発者編

1.PSEの利用(1) PSEの起動

(2) アプリケーションの登録

(3) アプリケーションのコンパイル

(4) アプリケーションのデプロイ

2.ワークフローツール（WFT）の利用(1) ワークフローツール（WFT）の起動

(2) 入力データのアップロード

(3) ワークフローの編集

(4) ワークフローの実行

(5) ワークフローのエクスポート

情報サービスの利用

1.情報サービス（Information Service）画面の起動

2.検索条件の入力

3 情報表示

3.情報表示

アプリケーション利用者編

1. Proxy証明書の生成(1) ユーザ管理ツールの起動

1.NAREGIポータルにアクセス

https://pfg1002.naregi.org/portal/

2.ユーザ管理ツールの起動User Management Serverの「login」をクリック．

補足：ユーザ管理ツールは，Proxy証明書の作成と登録を補足：ユーザ管理ツールは，Proxy証明書の作成と登録を

y行うためのツールです．

1. Proxy証明書の生成(2) ユーザ管理ツールへのログイン

1.ログインUser NameとPasswordを入力

「login」をクリック

1. Proxy証明書の生成(3) パスフレーズの入力とProxy証明書発行

1.パスフレーズ入力Private Key Passphraseを入力

入力

New Proxy Certificate Passphraseを入力

2.Proxy証明書発行と登録「Register」をクリック

3.ログアウト次の画面で「logout」をクリック．

2. サインオンとサインアウト

1.サインオン「Sign On」メニューを選択．

User NameとRegistered

User NameとRegistered Proxy Certificate Passphraseを入力．

2. サインオンとサインアウト

1.サインアウト「Sign Out」メニューを選択．

「Sign Out」を選択

「Sign Out」を選択．

引き続き実習を行いますので，実際はサインアウトしないでください．

3. ワークフローツール（WFT）の利用予備知識

ワークフローツールワークフローのメイン画面

ワークフローの作成読み込

ワクフロの作成，読み込み，保存などを行う．

ワークフローエディタ：ワークフローの編集画面

ワークフローモニタ

実行中のワーフクローの状態を表示．

態を表示．

水色：実行待ち

青：実行中

緑：実行終了

赤：異常終了

実習で用いるサンプルプログラムの説明

Helloプログラム入力フイル名前

入力ファイル：名前

出力ファイル：あいさつ文

入力ファイル

Helloプログラム実行ファイル：greeting入力ファイル：name.txt出力ファイル：hello.txt

出力ファイル

入力ファイル出力ファイル

3. ワークフローツール（WFT）の利用(1) WFTの起動

1.WFTの起動「Grid Workflow Tool」をクリック．

リック．

3. ワークフローツール（WFT）の利用(2) ワークフローの読み込み

1.作業用フォルダを作成．Folderを右クリックして，「New Folder」を選択．

New Folder」を選択．

補足：ワークフローを保存するためのフォルダ，名前は自由．

2.ワークフローの読み込み

右側のウィンドウで右クリックして，「Import Workflow Icon」を選択．

3. ワークフローツール（WFT）の利用(2) ワークフローの読み込み

1.登録済ワークフローの検索

Fieldとして「ApplicationName」を選択

Name」を選択．

Queryにアプリケーション名を入力．（greeting）「Search」をクリック．

2.検索結果の確認と読み込み（Import）の指示み（Import）の指示

Application Nameを確認

3.「Import」をクリック．

ワークフローツール画面にインポートしたワークフローのアイコンが表示される．

3. ワークフローツール（WFT）の利用(3) 入力ファイルの編集

1.ワークフローエディタの起動．

ワークフローアイコンを右ク

ワクフロアイコンを右クリックして，「Open」を選択

ワークフローエディタが起動される．

name.txt : 入力ファイル

Program: プログラム

hello.txt: 出力ファイル

3. ワークフローツール（WFT）の利用(3) 入力ファイルの編集

1.入力ファイルの編集

入力ファイルのアイコン（name.txt）を右クリックして，「を選択

「Edit」を選択．

2.テキストエディタ（TextViewer）上で編集．

名前を入力名前を入力

Fileメニューから「Save」を選択．

3.エディタを終了．Workflow EditorとTextViewerの両方．

3. ワークフローツール（WFT）の利用(4) ワークフローの実行

1.ワークフローの実行

ワークフローツール上で，ワークフローアイコンを右ク

ワクフロアイコンを右クリック

「Run」を選択．

1.実行中ワークフローの状況確認

「Job List」を選択

「Job List」を選択．

実行中のジョブ（ワークフロー）の一覧（Job List）が表示される．

「Refresh Interval」を30秒に設定して，「Apply」をクリック

Job Listウィンドウ中で詳細表示したいジョブ（greeting）上で右クリックして，「Open」を選択．

1.モニタリングMonitorウィンドウ上で，実行

中のワークフローのモニタリ

中のワクフロのモタリングができる．

水色：実行待ち

青：実行中

緑：実行終了

赤：異常終了

1.出力ファイルの確認．

ワークフローの実行が終了したら，出力ファイルのアイコン

たら，出力ファイルのアイコン（hello.txt）を右クリックして，「Edit」を選択」

表示例：

Hello Kento! How are you?

表示例：

Hello Kento! How are you?

アプリケーション開発者編

アプリケーション開発者編予備知識

２つのソーティングプログラム整数列を入力して，昇順ソートと降順ソトを行う

プログラムと入力ファイルは参加者PCのディスクに保存されています．昇順ソート：sort1.zip（sort1.c, comp1.sh）降順ソート：sort2.zip（sort2.c, comp2.sh）

と降順ソートを行う．

ソートプログラム（昇順）実行ファイル：sort1入力ファイル：in1.txt出力ファイル：out1.txt

ソートプログラム（降順）実行ファイル：sort2入力ファイル：in2.txt出力ファイル：out2.txt

p , p入力ファイルin1.txt:

入力ファイル

出力ファイル

アプリケーション開発者編予備知識

コンパイル用シェルスクリプト（comp1.sh）

#!/bin/sh -fecho '%% '`date`' %%'echo '%% Starting to make the program. %%'

gcc -o sort1 sort1.c

echo '%% End. %%'h '%% '`d t `' %%'

echo '%% '`date`' %%'

1. PSEの利用(1) PSEの起動

1.PSEの起動「Grid PSE」をクリック．

1. PSEの利用(1) アプリケーションの登録

1.アプリケーション登録の開始

「Register Application」をク

「Register Application」をクリック．

1.アプリケーションタイプの選択

アプリケーションのタイプとし

アプリケションのタイプとして「Source」を選択

「New」をクリック

2.アプリケーションファイルのアップロード

「参照」をクリックしてアップ「参照」をクリックして，アップロードするアプリケーションファイル（sort1.zip）を選択．

「Upload」をクリック．

1.アプリケーション情報の入力

Application Name:

Application Name:ユーザ名-sort1Executable File Name:sort1 (a.outを書き換える．）

Compile Script: comp1.sh「Next」をクリック

2.次の画面では何もせずに「Next」をクリック．

1.アプリケーションの標準およびエラー出力ファイル名の入力

の入力File Name for Standard Output:stdout1.txtFile Name for Standard Error:stderr1.txt

2.下へスクロール．

1.入力ファイル数の入力Input Data Files

Number of Files: 1

Number of Files: 1「set」をクリック．

2.入力ファイル名の入力Input Data File Name:in1.txt「OK」をクリック．

1.出力ファイル数の入力Output Data Files

Number of Files: 1

Number of Files: 1「set」をクリック．

2.出力ファイル名の入力Output Data File Name:out1.txt「OK」をクリック．

1.「Next」をクリック．

1.OS Nameの選択「LINUX」を選択．

今回のアプリケーションは

今回のアプリケションはLINUX上で実行させる必要ガあると仮定．

2.入力完了「Register」をクリック．

次の画面で入力内容を確認できる．

1.入力内容を確認．

問題なければ「

2.問題なければ，「Register」をクリック

3. メッセージの確認Registration Request Submitted.この時点では，まだ登録は完了していない，リクエストしただけ．

4.PSEのメニュー画面に戻る．「Menu」をクリックKento Aida, National Institute of Informatics

1.状況確認「Status」をクリック．

リクエストした登録作業の進

リクエストした登録作業の進み具合を確認．

2. 登録作業の確認「Reload」をクリックして情報を更新を更新．

リクエストしたアプリケーション名の「REGISTERSUCCESS」が表示されれば，登録完了．

「Menu」をクリック．

1. PSEの利用(2) アプリケーションのコンパイル

1.コンパイルの開始「Compile」をクリック

1.登録済アプリケーションの検索

Fieldとして「Application

Fieldとして「ApplicationName」を選択．

Queryにアプリケーション名を入力．(ユーザ名-sort1)「Search」をクリック．

2.検索結果の確認とコンパ2.検索結果の確認とンイルの指示

3.「Compile」をクリック．

1. PSEの利用(2) アプリケーションのコンパイル 1.コンパイルホストの選択

コンパイルを実行するホストにチェックを入れる．

今回は1台しか表示されない．今回は1台しか表示されない．

「コンパイル」をクリック

2.メッセージ確認Compilation Request Submitted.

今回台表なホスト名を覚えておく．今回台表なホスト名を覚えておく．

この時点ではまだコンパイルされていない．コンパイルがジョブとしてリクエストされただけ．

3.PSEのメニューに戻る．「Menu」をクリック

リクエストしたコンパイルジョ

リクエストしたコンパイルジョブの進み具合を確認．

2. コンパイル作業の確認「Reload」をクリックして情報を更新．

リクエストしたアプリケーショリクストしたアプリケション名の「COMPILECOMPLETE」（「UPDATE SUCCESS」ではない）が表示されれば，コンパイル完了．

1. PSEの利用(3) アプリケーションのデプロイ

1.デプロイの開始「Deploy」をクリック

Queryにアプリケーション名を入力．(ユーザ名-sort1)「Search」をクリック．

2.検索結果の確認とデプロ2.検索結果の確認とデプイの指示

3.「Deploy」をクリック．

1.内容の確認内容（Source/Executable, Compile Script,…）を確認し

Compile Script,…）を確認して，

「Deploy」をクリック．

1.デプロイ先のホストの選択

デプロイ先のホストにチェックを入れる．

を入れる．

「Deploy」をクリック

2.メッセージ確認

今回は1台しか表示されない．今回は1台しか表示されない．

確認Deployment Request Submitted.この時点ではまだデプロイされていない．デプロイがリクエストされただけ．

リクエストしたデプロイの進み

リクエストしたデプロイの進み具合を確認．

2. 登録作業の確認「Reload」をクリックして情報を更新を更新．

リクエストしたアプリケーション名の「DEPLOYSUCCESS」が表示されれば，デプロイ完了．

1. PSEの利用アプリケーションの登録・コンパイル・デプロイ

もう一つのアプリケーション（sort2）についても，同様に登録，コンパイル，デプロイ（スライド番号27からの手順）を行う．

アプリケーション情報アップロードするアプリケーションファイル: sort2.zipApplication Name: ユーザ名-sort2Executable File Name: sort2Compile Script: comp2.sh

標準出力エラ出力フイル名標準出力・エラー出力ファイル名File Name for Standard Output: stdout2.txtFile Name for Error Output: stderr2.txt

入出力ファイル名Input Data File Name: in2.txtoutput Data File Name: out2.txt

2. ワークフローツール（WFT）の利用(1) WFTの起動

1.WFTの起動「Grid Workflow Tool」をクリック．

リック．

2.作業用フォルダを作成

ワークフローを保存するためのフォルダ

2. ワークフローツール（WFT）の利用(2) 入力ファイルのアップロード

1.アップロードの開始「Upload」をクリック．

1.アップロード先ディレクトリの指定

PSEでアプリケーションをデ

PSEでアプリケションをデ

プロイした計算機上のホームディレクトリを選択．

「OK」をクリック

1.アップロードするファイル名の入力

「参照」をクリック

「参照」をクリック．

会場のPC上に保存されている「in1.txt」を選択して，アップロード．

2.アップロード終了

アップロードが終了したら「Close」をクリック．

2. ワークフローツール（WFT）の利用(3) ワークフローの編集

1.アプリケーションの読み込み

フォルダを選択（先ほど作成

フォルダを選択（先ほど作成したもの）．

右のウィンドウで右クリックして，「New Workflow Icon」を選択．

Fil メから「I tFileメニューから「Import Application」を選択．

Queryにアプリケーション名を入力．（ユーザ名-sort1）「Search」をクリック．

2.検索結果の確認と読み込2.検索結果の確認と読み込み（Import）の指示

3.「Import」をクリック．

1.アプリケーションアイコンの名前変更

読み込まれたアプリケーショ

読み込まれたアプリケションアイコン上で右クリック．

メニューの「Rename」を選択．

アイコン名を入力（sort1）

1.読み込まれたアプリケーションの設定

読み込まれたアプリケーショ

読み込まれたアプリケションアイコンを選択．

Fileメニューの「Property」を選択．

2. ワークフローツール（WFT）の利用(3) ワークフローの編集 1.PSEで入力したアプリケー

ション情報の確認Output, Error のファイル名

Input/Output のファイル名

2.アプリケーション情報の設定入力

WallTimeLimit: 120

3.「OK」をクリック

もう一つのアプリケーション（ユーザ名-sort2）についても，同様に読み込みと設定（スライド番号51のImport Applicationからの手順）を行う．ただし，今開いているWorkflow Editor画面上で．

1.入力ファイルのためのデータアイコンの作成

Fileメニューの「Add Data

Fileメニュの「Add Data Icon」を選択．

2.「Browse」をクリック

1.入力ファイルの選択

ホームディレクトリ上にあるアップロードした入力ファイル

アップロドした入力ファイルを選択．（in1.txt）「OK」をクリック

2.ファイル名を確認して，「OK」をクリック．

1.出力ファイルのためのデータアイコン作成

Fileメニューの「Add Data

Fileメニュの「Add DataIcon」を選択．

1.出力ファイル名の入力

ホームディレクトリに移動し，出力ファイルを入力．

出力ファイルを入力．（out2.txt）「OK」をクリック

2.ファイル名を確認して，「OK」をクリック．

1.ワークフローの作成

データアイコンとプログラムアイコンを接続．

インを接続．

例：

in.txtアイコンの右の□をドラッグして，Programアイコンの[1]と接続する．

1.ワークフローの保存Fileメニューの「Save」を選択

ファイル名を指定して，「OK」をクリック

（ユーザ名-sorting）

1.実行するワークフローの選択．

ワークフローが保存されてい

ワクフロが保存されているフォルダに移動．

実行するワークフローのアイコンを右クリック

「Run」を選択

1.実行中のワークフローの状況確認

「Job List」を選択

「Job List」を選択．

実行中のジョブ（ワークフロー）の一覧（Job List）が表示される．

2.実行中のワークフローのモニタリング

Refresh Intervalを30秒に設定して，「Apply」をクリック．

Job Listウィンドウ中で詳細

表示したいジョブを選択して，右クリックして，「Open」を選択．

1.Monitorウィンドウ上で，実

行中のワークフローのモニタリングができる

タリングができる．水色：実行待ち

青：実行中

緑：実行終了

赤：異常終了

2. ワークフローツール（WFT）の利用(5) ワークフローのエクスポート

1.ワークフローのエクスポート

ワークフローツール上でエ

ワクフロツル上で，エクスポートするワークフローアイコンを右クリック．

メニューの「Export Workflow Icon」を選択．

クポト名を指定2.エクスポート名を指定

エクスポートするワーフクローの名前を入力．

「Register」をクリック

情報サービスの利用

1. 情報サービス画面の起動

1.情報サービスの表示「Information Service」をクリック．

リック．

2.「Next」をクリック．」をリ

2. 検索条件の入力

1.表示内容の指示．「vo1」をクリック

「pfg1004 naregi org

「pfg1004.naregi.org [ScdDB]」をクリック．

「CPULoad-Graph」を選択．

「Select」をクリック．

3. 情報の表示

1.CPULoadを表示するホストの選択．

ホストを選択（最大6）

ホストを選択（最大6）．「Display」をクリック．

← 表示例

お疲れ様でした．

http://www.naregi.org

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Documents

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