View
59
Download
0
Category
Preview:
DESCRIPTION
Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk. - Botanická informatika ako časť rozvíjajúcej sa disciplíny “biodiversity informatics” Medzinárodné štandardy na tvorbu taxonomických databáz - Metadáta a ich popis - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Botanická informatika2
Karol Marhold
kontakt: karol.marhold@savba.sk
- Botanická informatika ako časť rozvíjajúcej sa disciplíny “biodiversity informatics”- Medzinárodné štandardy na tvorbu taxonomických databáz - Metadáta a ich popis - Digitalizácia jednotkových údajov z herbárových zbierok, národné a medzinárodné projekty - Medzinárodné projekty a medzinárodné organizácie v oblasti
informačných zdrojov o biodiverzite- Ďalšie informačné databázy dostupné na internete
Biologické zbierky - Zbierky prírodných objektov (herbáre, zoologické
zbierky)- Živé zbierky (záhrady, génové banky, zbierky kultúr) - Zbierky dát (výsledky mapovania výskytu druhov,
výsledky monitoringu)- Multimediálne zbierky (zvuky, obrázky)- Prírodné látky (DNA)
Dáta o zbierkach- Metadáta – údaje popisujúce zbierku- Jednotkové dáta – dáta popisujúce jednotlivé objekty v zbierkach
Popisné dáta
Všetky záznamy (na každej úrovni): názov, opis, adresa, kontaktná osoba, URL
Údaje špecifikujúce zbierky: druh zbierky, druh objektov, počet objektov, počet druhov, kód zbierky (Index Herbariorum, atp.), stupeň digitalizácie
Kľúčové slová
Taxonomické skupiny, geografický rozsah, časové rozpätie
Metadáta - obsah
Ž ivé zb ie rky (B o ta n ická záh ra d a)
H e rba riu m G e ne ra le Z b ie rka h á lok
H e rb ariu m B e ro lin e n se
BGBM
Metadáta - štruktúra, príklad
Organizácia
Zbierky
Časti zbierok
<site> <country>Afghanistan</country> <place>Tangi Gharuh</place> <lat>34.16</lat> <long>69.48</long> </site> <date> <day>21</day> <month>8</month> <year>1952</year> </date>
Detailne štrukturovaný záznam vo formáte xml
<site><text>BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nascasca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt. 1200 m.</text> </site> <date><text>16 Apr. 1993</text></date>
Neštrukturovaný záznam vo formáte xml
http://www.biocase.org/index.shtml
Schéma prenosu jednotkových dát
Unit DataProvider
unit wrapperXML / CGI
Provider Domain
Client
Client DomainInternet
Queryusing ABCD concepts
BioCASE Protocol
XML
http
Response
BioCASE Protocol
XML
ABCD SchemaABCDdata
XML
httpPSF
CMF
configurationXML files
SQL
BioCASE software
http://www.gbif.org/
Global Biodiversity Information Facility
Portal
Data providerProvider Services
RequestMarshaller
QueryEngine
RegistryInstitutionsProvidersServices
( UDDI )
ResourceMetadata
ResourceMetadata
Architektúra GBIF
Index
Name providerProvider Services
ResourceMetadata
ResourceMetadata
CacheMetadata
Accounting
SOAP
DiGIR
HTTP
other
Portal
Data providerProvider Services
Providerquery
RequestMarshaller
QueryEngine
Availableproviders
RegistryInstitutionsProvidersServices
( UDDI )
User
ResourceMetadata
ResourceMetadata
Index
Name providerProvider Services
ResourceMetadata
ResourceMetadata
Metadataand name
query
Metadataresponse
Full dataquery
Full data
response
Metadata and
statisticsSynonyms
Publishavailability
CacheMetadata
Accounting
SOAP
DiGIR
HTTP
other
Informačný model GBIF
Informačný model GBIF
Biodiversity Data Index
Services Registry
Nodes
Services
Records
GBIF PortalParticipant NodesData Nodes
Taxonomic Name ServiceSpecimen/Observation ServiceGeneral Resource ServiceName List Service …
Taxonomic NamesSpecimen/Observation RecordsHTML PagesImages …
holds metadata
for
provides index of
holds metadata
for
provide
supply
Rôzne možnosti poskytovania dát
v GBIF
Rôzne možnosti poskytovania dát
v GBIF
Decentralizované Centralizované
Portál účastníka A
Portál účastníka C
Portál účastníka B
Depozit dát
GBIFPortál
GBIFRegister
GBIFIndex
Depozit dát
Euro+Med PlantBase - European Initiative for the Euro+Med PlantBase
Trvanie: IX. 2000 - VIII. 2003
www: www.euromed.org.uk
partnerské krajiny projektu
http://ww2.bgbm.org/EuroPlusMed/query.asp
Integrácia databáz:
Vyššie rastliny (Euro+Med PlantBase)
Terestrická makrofauna (Fauna Europaea)
Morské organizmy všetkých skupín (European Register of Marine Species)
A Pan-European Species-directories Infrastructure - PESI
Trvanie: V. 2008 - IV. 2011
www: www.eu-nomen.eu/portal/index.php
http://www.bgbm.fu-berlin.de/IOPI/GPC/query.asp
Provisional Global Plant Checklist
• Flora Europaea (ESFEDS) • Catalogue of the Flowering Plants and Gymnosperms of
Peru (Peru Checklist) • Australian Plant Name Index (APNI) • USDA Plants Database (PLANTS) • Vascular Plants of Russia and Adjacent Countries• Med-Checklist (Vol. 1 & 3)• Euro+Med preliminary checklist (version: May, 2002)
http://www.floraiberica.org
• Federácia databáz (založená v roku 1996 zástupcami 18 globálnych databáz)• Cieľom je vytvoriť globálnu databázu, ktorá by zahŕňala všetky známe organizmy
Spolupráca s ITIS na projekte Catalogue of Life
ITIS – Integrated Taxonomic Information System (partnerstvo agentúr a organizácií z USA, Kanady a Mexika)
http://www.sp2000.org
http://www.chromosomes.sav.sk/
http://www.cbif.gc.ca/spp_pages/brass/index_e.php
http://www.eol.org/
http://www.lifewatch.eu/
http://delta-intkey.com/
http://www.mun.ca/biology/delta/arcticf/
Recommended