Botanická informatika2

Karol Marhold

kontakt: karol.marhold@savba.sk

- Botanická informatika ako časť rozvíjajúcej sa disciplíny “biodiversity informatics”- Medzinárodné štandardy na tvorbu taxonomických databáz - Metadáta a ich popis - Digitalizácia jednotkových údajov z herbárových zbierok, národné a medzinárodné projekty - Medzinárodné projekty a medzinárodné organizácie v oblasti

informačných zdrojov o biodiverzite- Ďalšie informačné databázy dostupné na internete

Biologické zbierky - Zbierky prírodných objektov (herbáre, zoologické

zbierky)- Živé zbierky (záhrady, génové banky, zbierky kultúr) - Zbierky dát (výsledky mapovania výskytu druhov,

výsledky monitoringu)- Multimediálne zbierky (zvuky, obrázky)- Prírodné látky (DNA)

Dáta o zbierkach- Metadáta – údaje popisujúce zbierku- Jednotkové dáta – dáta popisujúce jednotlivé objekty v zbierkach

Popisné dáta

Všetky záznamy (na každej úrovni): názov, opis, adresa, kontaktná osoba, URL

Údaje špecifikujúce zbierky: druh zbierky, druh objektov, počet objektov, počet druhov, kód zbierky (Index Herbariorum, atp.), stupeň digitalizácie

Kľúčové slová

Taxonomické skupiny, geografický rozsah, časové rozpätie

Metadáta - obsah

Ž ivé zb ie rky (B o ta n ická záh ra d a)

H e rba riu m G e ne ra le Z b ie rka h á lok

H e rb ariu m B e ro lin e n se

BGBM

Metadáta - štruktúra, príklad

Organizácia

Zbierky

Časti zbierok

<site>  <country>Afghanistan</country>   <place>Tangi Gharuh</place>   <lat>34.16</lat>   <long>69.48</long>   </site>  <date>    <day>21</day>   <month>8</month>   <year>1952</year>   </date>

Detailne štrukturovaný záznam vo formáte xml

<site><text>BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nascasca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt. 1200 m.</text>   </site>  <date><text>16 Apr. 1993</text></date> 

Neštrukturovaný záznam vo formáte xml

http://www.biocase.org/index.shtml

Schéma prenosu jednotkových dát

Unit DataProvider

unit wrapperXML / CGI

Provider Domain

Client

Client DomainInternet

Queryusing ABCD concepts

BioCASE Protocol

XML

http

Response

BioCASE Protocol

XML

ABCD SchemaABCDdata

XML

httpPSF

CMF

configurationXML files

SQL

BioCASE software

http://www.gbif.org/

Global Biodiversity Information Facility

Portal

Data providerProvider Services

RequestMarshaller

QueryEngine

RegistryInstitutionsProvidersServices

( UDDI )

ResourceMetadata

ResourceMetadata

Architektúra GBIF

Index

Name providerProvider Services

ResourceMetadata

ResourceMetadata

CacheMetadata

Accounting

SOAP

DiGIR

HTTP

other

Portal

Data providerProvider Services

Providerquery

RequestMarshaller

QueryEngine

Availableproviders

RegistryInstitutionsProvidersServices

( UDDI )

User

ResourceMetadata

ResourceMetadata

Index

Name providerProvider Services

ResourceMetadata

ResourceMetadata

Metadataand name

query

Metadataresponse

Full dataquery

Full data

response

Metadata and

statisticsSynonyms

Publishavailability

CacheMetadata

Accounting

SOAP

DiGIR

HTTP

other

Informačný model GBIF

Informačný model GBIF

Biodiversity Data Index

Services Registry

Nodes

Services

Records

GBIF PortalParticipant NodesData Nodes

Taxonomic Name ServiceSpecimen/Observation ServiceGeneral Resource ServiceName List Service …

Taxonomic NamesSpecimen/Observation RecordsHTML PagesImages …

holds metadata

for

provides index of

holds metadata

for

provide

supply

Rôzne možnosti poskytovania dát

v GBIF

Rôzne možnosti poskytovania dát

v GBIF

Decentralizované Centralizované

Portál účastníka A

Portál účastníka C

Portál účastníka B

Depozit dát

GBIFPortál

GBIFRegister

GBIFIndex

Depozit dát

Euro+Med PlantBase - European Initiative for the Euro+Med PlantBase

Trvanie: IX. 2000 - VIII. 2003

www: www.euromed.org.uk

partnerské krajiny projektu

http://ww2.bgbm.org/EuroPlusMed/query.asp

Integrácia databáz:

Vyššie rastliny (Euro+Med PlantBase)

Terestrická makrofauna (Fauna Europaea)

Morské organizmy všetkých skupín (European Register of Marine Species)

A Pan-European Species-directories Infrastructure - PESI

Trvanie: V. 2008 - IV. 2011

www: www.eu-nomen.eu/portal/index.php

http://www.bgbm.fu-berlin.de/IOPI/GPC/query.asp

Provisional Global Plant Checklist

• Flora Europaea (ESFEDS) • Catalogue of the Flowering Plants and Gymnosperms of

Peru (Peru Checklist) • Australian Plant Name Index (APNI) • USDA Plants Database (PLANTS) • Vascular Plants of Russia and Adjacent Countries• Med-Checklist (Vol. 1 & 3)• Euro+Med preliminary checklist (version: May, 2002)

http://www.floraiberica.org

• Federácia databáz (založená v roku 1996 zástupcami 18 globálnych databáz)• Cieľom je vytvoriť globálnu databázu, ktorá by zahŕňala všetky známe organizmy

Spolupráca s ITIS na projekte Catalogue of Life

ITIS – Integrated Taxonomic Information System (partnerstvo agentúr a organizácií z USA, Kanady a Mexika)

http://www.sp2000.org

http://www.chromosomes.sav.sk/

http://www.cbif.gc.ca/spp_pages/brass/index_e.php

http://www.eol.org/

http://www.lifewatch.eu/

http://delta-intkey.com/

http://www.mun.ca/biology/delta/arcticf/