How  to  use  Tutorial Benchmark  &  Predic/on  tools  for  miRNAs  iden/fica/on  

www.integra/vebioinforma/cs.me/mirquest  

Ø Trough  this  tutorial  you  will  learn  how  to:  Ø   Perform  benchmark  between  the  currently  available  miRNA  predic/on  tools  

in  order  to  choose  the  best  one  to  work  with  your  organims;  

Ø   Iden/fy  miRNAs  using  your  own  datasets.  

Ø The  first  step  is  to  go  to  the  TOOL  tab,  marked  with  the  yellow  arrow.    

Ø Once  there,  you  should  see  the  currently  available  tools  for  the  microRNAs  predic/on.    Ø It  is  possible  to  select  one  or  more  tools.  

Ø AJer   you   choose   one   or   more   of   them,   you   will   be   able   to   set   (if   needed)     different  parameters.  Default  values  are  shown.  

Ø AJer   define   the   soJware   parameters,   you   need   to   choose   between   the   two   main  func/onali/es  of  miRQuest:  Benchmark  or  Iden,fica,on    

Ø   If  you  choose  to  perform  a  Benchmark  analysis,  It  is  necessary  provide  e-­‐mail  to  receive  the  results  and  defined  the  two  dataset  file  (posi/ve  and  nega/ve)  in  FASTA  format.  

Ø You  can  see  below  the  examples  about  the  two  files.  Note  that  there  are  some  exemplary  files  available  to  download:  

 

Ø Posi%ve  file:  Mul/  FASTA  file  containing  proved  miRNA  sequences.  It  must  have  FASTA,  FA  or  TXT  extension  and  it  cannot  be  larger  than  5  mb.  For  example:  

       

Ø Nega%ve  file:  Mul/  FASTA  file  containing  non  miRNA  sequences  (i.e.  mRNA  sequences).  It  must  have  FASTA,  FA  or  TXT  extension  and  it  cannot  be  larger  than  5  mb.  For  example:  

Ø Finally,  clicking  Process  will  trigger  the  benchmark  calcula/on.  You  should  receive  an  email  with  the  graphs  &  sta/s/cs  among  the  different  selected  soJwares.  

Ø On  the  other  hand,  if  you  choose  to  perform  a  Iden,fica,on  analysis,  you  only  need  to  point  out  your  e-­‐mail  and  the  mul/  FASTA  file  with  the  sequences  to  be  analyzed.  

How  to  Tutorial Benchmark  &  Predic/on  tools  for  miRNAs  predic/ons    

www.integra/vebioinforma/cs.me/mirquest