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Representa y DIVmapas

Mauricio Parra QuijanoConsultor FAOTratado Internacional sobre los Recursos FitogenéticosPara la Alimentación y la AgriculturaCoordinador Programa CAPFITOGEN

Representa

Evalúa la representatividad ecogeográfica de las colecciones de germoplasma

Representatividad genética

A B C

accggtccc accggtcgc accggtctc

A B C

A A A

A B CAAA

A

B

BBB

C BA

Representatividad ecogeográfica

A BBBBBBB CCC

A B C Único

A BB CC Uniforme

A BBBB CC Proporcional

Representatividad usando un mapa ELC

y

x

Coordenadas de los datos de pasaporteMapa ELC de Cuba

Sitios donde se ha observado la especie

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Categorías ELC

No.

ent

rada

s

100

200

300

Banco germoplasma

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Categorías ELC

No.

ent

rada

s

100

200

300Fuentes externas1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

Categorías ELC

% c

elda

s

25

50

75

Distribución totalcategorías mapa

Pruebas Χ2

altamedia altamedia bajabaja

Cuartiles

Validación mediante caracterizaciones

-Evidentes

-No evidentes

DIV mapas

Obtención de mapas de diversidad de tipo fenotípico, genotípico y/o ecogeográfico

Midiendo la diversidad de las colecciones

Caracterización

Morfológica

Bioquímica/Molecular

Agronómica/Fisiológica/Fitosantiaria

Ecogeográfica

1246

711

883

1247

012

471

1247

212

473

1248

312

484 11

461

1247

812

479

1148

111

868

2302

1186

911

401

1140

511

406

1140

711

408

1183

511

832

1183

311

484

1182

711

828

1154

211

539

1154

012

468

1189

112

465

1149

311

494

1150

811

506

1150

711

496

1149

211

490

1149

1 1148

911

501

1156

311

504

1150

211

503

1154

311

546

1154

712

474

1183

811

534

1153

211

533

1152

911

527

1152

811

535

1156

411

764

1152

411

523

1152

211

521

1152

011

519

1151

711

518

1185

411

841

1184

212

477

1247

512

476

1246

911

473

1147

211

471

1146

911

470

1147

711

474

1147

511

467

1146

8 1151

611

514

1151

512

461

1184

812

480

1154

912

466

1246

212

463

1187

911

875

1187

211

874

1245

512

456

1148

012

448

1146

011

458

1145

912

453

1245

412

458

1245

912

452

1145

511

453

1145

211

451

1144

811

450 1

1454

1145

611

457

1246

411

466

1146

511

462

1146

4 1245

711

857

1185

311

852

1185

011

851

1244

912

450

1245

112

440

1141

211

410

1141

111

413

1141

412

436

1243

7 1141

612

441

1243

812

439

1141

711

419

1143

111

430

1142

811

427

1142

611

425

1142

411

423

1142

111

422

1243

511

432

1143

311

551

1143

811

439 1155

011

437

1143

611

434

1143

512

442

1244

311

556

1156

011

557

1155

812

447

1244

412

445

1144

711

445

1144

611

440

1144

111

444

1144

211

443

1148

811

482

1228

312

284

1148

511

487

05

1015

Cluster analysis

hclust (*, "average")

Hei

ght

Como hemos visualizado la diversidad genética

-0.2 0.0 0.2 0.4

-0.3

-0.2

-0.1

0.0

0.1

0.2

0.3

PCO for genotypic characterization

PCO 1

PC

O 2

d = 2

1

2

3 4 5 6

7 8 9 10 11 12

13 14

25 26

33 34 35 36 37 38 39 40

41 42 43 44 45 46 47

48 49 50 51 52

54 55 56 57

58 59 60 61 62 63 64

65 66 67

69

74

75

76 77 78

79 80

81 82 83 84 85

86 87 88

89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99

100 101 102 103 104 105 106

107 108

109

113 120

121

122

123 124

125 126 127

128 129 130

131

132 133 134 135

136

137

138

139

140 141 142 143

144

145

148 149 150

151 152

153 154

157 158 159

160 161 162 163

164

165 166

167 168 169

170 171

172

173 174

175

176

177

178

179 180

181 182 183 184

185

186 187 188 189 190

192 193

X

alt

slope

bio_15

bio_12

bio_18

bio_17

bio_1

bio_9

t_sand

t_caco3

t_cec_clay

t_silt

t_ph_h2o

t_ece

Eigenvalues

Como hemos visualizado la diversidad genética

DIV mapas

Una forma diferente de visualizar la diversidad Sitios de recolección con una calidad mínima de georreferenciación

DIV mapas

Superposición de cuadrículas (celdas de XxX km)

DIV mapas

Selección de celdas donde tenemos sitios de recolección

DIV mapas

Detección de celdas de vecindario (a un radio del centroide de X km)

DIV mapas

Generación de áreas de influencia a partir de cada centroide Detección de entradas recolectadas dentro de la zona de influcencia

DIV mapas

OTU 89 233 152

89 0

233 10 0

152 15 14 0

OTU VAR1 VAR2 VAR3 VAR4 VAR5

89 233 0.56 13 600 0

233 198 1.43 13 700 0

152 201 0.88 10 600 1

Algoritmo de distancia

Promedio distancia = (10+15+14)/3

= 13

Análisis multivariante/multivariado local

DIV mapas

Igualmente para todas las celdas donde caen sitios de recolección

DIV mapas

Igualmente para las celdas vecindario

DIV mapas

0 0 0 0 1 3 2

1 1 0 1 1 2 1

1 1 0 1 1 0 0

0 0 0 0 0 0 0

Resultado 1:Número de entradas analizadas por celda

DIV mapas

0 13 8

0 0 0 0 2 0

0 0 0 0

Resultado 2:Distancias promedio asignadas a cada celda

DIV mapas

Sesgos en la recolección? Corrección por «bootstrapping»

12......n

Mediana = 2

DIV mapas aplicado

Colección ecuatoriana deArachis hipogaea L.

DIV mapas aplicado

Número de sitios de Recolección por celda

DIV mapas aplicado

Promedio de la distanciaeuclídea